Result of FASTA (omim) for
pFN21AB7727
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB7727, 431 aa
1>>>pF1KB7727 431 - 431 aa - 431 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.8209+/-0.00031; mu= 11.9173+/- 0.019
mean_var=122.3443+/-25.005, 0's: 0 Z-trim(119.9): 13 B-trim: 0 in 0/55
Lambda= 0.115953
statistics sampled from 34531 (34544) to 34531 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.752), E-opt: 0.2 (0.405), width: 16
Scan time: 10.370
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_036250 (OMIM: 608468) nocturnin [Homo sapiens] ( 431) 2963 506.4 5.8e-143
XP_011532907 (OMIM: 608951) PREDICTED: CCR4-NOT tr ( 552) 238 50.6 1.2e-05
XP_016865161 (OMIM: 608951) PREDICTED: CCR4-NOT tr ( 428) 233 49.7 1.7e-05
XP_016865159 (OMIM: 608951) PREDICTED: CCR4-NOT tr ( 462) 233 49.7 1.8e-05
XP_016865160 (OMIM: 608951) PREDICTED: CCR4-NOT tr ( 462) 233 49.7 1.8e-05
XP_005266010 (OMIM: 608951) PREDICTED: CCR4-NOT tr ( 557) 233 49.8 2.1e-05
XP_011532909 (OMIM: 608951) PREDICTED: CCR4-NOT tr ( 557) 233 49.8 2.1e-05
XP_011532908 (OMIM: 608951) PREDICTED: CCR4-NOT tr ( 557) 233 49.8 2.1e-05
NP_001290170 (OMIM: 608951) CCR4-NOT transcription ( 557) 233 49.8 2.1e-05
>>NP_036250 (OMIM: 608468) nocturnin [Homo sapiens] (431 aa)
initn: 2963 init1: 2963 opt: 2963 Z-score: 2687.7 bits: 506.4 E(85289): 5.8e-143
Smith-Waterman score: 2963; 100.0% identity (100.0% similar) in 431 aa overlap (1-431:1-431)
10 20 30 40 50 60
pF1KB7 MFHSPRRLCSALLQRDAPGLRRLPAPGLRRPLSPPAAVPRPASPRLLAAASAASGAARSC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_036 MFHSPRRLCSALLQRDAPGLRRLPAPGLRRPLSPPAAVPRPASPRLLAAASAASGAARSC
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB7 SRTVCSMGTGTSRLYSALAKTLNSSAASQHPEYLVSPDPEHLEPIDPKELLEECRAVLHT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_036 SRTVCSMGTGTSRLYSALAKTLNSSAASQHPEYLVSPDPEHLEPIDPKELLEECRAVLHT
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB7 RPPRFQRDFVDLRTDCPSTHPPIRVMQWNILAQALGEGKDNFVQCPVEALKWEERKCLIL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_036 RPPRFQRDFVDLRTDCPSTHPPIRVMQWNILAQALGEGKDNFVQCPVEALKWEERKCLIL
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB7 EEILAYQPDILCLQEVDHYFDTFQPLLSRLGYQGTFFPKPWSPCLDVEHNNGPDGCALFF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_036 EEILAYQPDILCLQEVDHYFDTFQPLLSRLGYQGTFFPKPWSPCLDVEHNNGPDGCALFF
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB7 LQNRFKLVNSANIRLTAMTLKTNQVAIAQTLECKESGRQFCIAVTHLKARTGWERFRSAQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_036 LQNRFKLVNSANIRLTAMTLKTNQVAIAQTLECKESGRQFCIAVTHLKARTGWERFRSAQ
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB7 GCDLLQNLQNITQGAKIPLIVCGDFNAEPTEEVYKHFASSSLNLNSAYKLLSADGQSEPP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_036 GCDLLQNLQNITQGAKIPLIVCGDFNAEPTEEVYKHFASSSLNLNSAYKLLSADGQSEPP
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB7 YTTWKIRTSGECRHTLDYIWYSKHALNVRSALDLLTEEQIGPNRLPSFNYPSDHLSLVCD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_036 YTTWKIRTSGECRHTLDYIWYSKHALNVRSALDLLTEEQIGPNRLPSFNYPSDHLSLVCD
370 380 390 400 410 420
430
pF1KB7 FSFTEESDGLS
:::::::::::
NP_036 FSFTEESDGLS
430
>>XP_011532907 (OMIM: 608951) PREDICTED: CCR4-NOT transc (552 aa)
initn: 297 init1: 111 opt: 238 Z-score: 222.5 bits: 50.6 E(85289): 1.2e-05
Smith-Waterman score: 258; 23.9% identity (51.6% similar) in 368 aa overlap (103-392:142-501)
80 90 100 110 120
pF1KB7 RLYSALAKTLNSSAASQHPEYLVSPDPEHLEPIDPKELLE---ECRAVLHTRPPRFQRDF
:: ..::. . .: .:: :..
XP_011 LPFELGKLFQLQTLGLKGNPLTQDILNLYQEPDGTRRLLNYLLDNLSVTTEQPP--PRSW
120 130 140 150 160
130 140 150 160 170 180
pF1KB7 VDLRTDCPSTHPP--IRVMQWNILAQALGEGKDNFVQCPVEALKWEERKCLILEEILAYQ
. :. :.: . :: .:.: . . .. . :: ::.:. :: :..:::. .
XP_011 IMLQEP-DRTRPTALFSVMCYNVLCDKYAT-RQLYGYCPSWALNWDYRKKAIIQEILSCN
170 180 190 200 210 220
190 200 210 220 230 240
pF1KB7 PDILCLQEVD--HYFDTFQPLLSRLGYQGTFFPKPWSPCLDVEHNNGPDGCALFFLQNRF
::. ::::. .:.. : :.. ::.: : :: . .. .. . ::::.:: ..:
XP_011 ADIVSLQEVETEQYYSFFLVELKERGYNGFFSPKSRARTMSEQERKHVDGCAIFFKTEKF
230 240 250 260 270 280
250 260 270
pF1KB7 KLVNSANIRLTAMTLKTNQ--------------VAIAQTLECKE------SGRQ------
::.. ..... ... ... ...: :: .. ::.
XP_011 TLVQKHTVEFNQLAMANSEGSEAMLNRVMTKDNIGVAVLLELRKESIEMPSGKPHLGTEK
290 300 310 320 330 340
280 290 300 310 320
pF1KB7 --FCIAVTHLKARTGWERFRSAQGCDLLQNLQNITQGAK-------------IPLIVCGD
. .: .:.. . . .: .:....:: . :. :::..:.:
XP_011 QLILVANAHMHWDPEYSDVKLVQTMMFLSEVKNIIDKASRNLKSSVLGEFGTIPLVLCAD
350 360 370 380 390 400
330 340 350
pF1KB7 FNAEPTEEVYKHFASSSLNLNS------------------------------AYKLLSAD
.:. : : ......... : ..:: ::
XP_011 LNSLPDSGVVEYLSTGGVETNHKDFKELRYNESLTNFSCHGKNGTTNGRITHGFKLQSAY
410 420 430 440 450 460
360 370 380 390 400 410
pF1KB7 GQSEPPYTTWKIRTSGECRHTLDYIWYSKHALNVRSALDLLTEEQIGPNRLPSFNYPSDH
.. :::.. . .: .:::.::: ::. . :
XP_011 ESGLMPYTNYTFDFKG----IIDYIFYSKPQLNTLGILGPLDHHWLVENNISGCPHPLIP
470 480 490 500 510 520
420 430
pF1KB7 LSLVCDFSFTEESDGLS
XP_011 SDHFSLFAQLELLLPFLPQVNGIHLPGRR
530 540 550
>>XP_016865161 (OMIM: 608951) PREDICTED: CCR4-NOT transc (428 aa)
initn: 230 init1: 111 opt: 233 Z-score: 219.6 bits: 49.7 E(85289): 1.7e-05
Smith-Waterman score: 239; 24.5% identity (54.3% similar) in 269 aa overlap (115-337:162-426)
90 100 110 120 130 140
pF1KB7 SAASQHPEYLVSPDPEHLEPIDPKELLEECRAVLHTRPPRFQRDFVDLRTDCPSTHPP--
. . .:: :... :. . :.:
XP_016 LTQDILNLYQEPDGTRRLLNYLLDNLSGTAKRITTEQPP--PRSWIMLQ-EPDRTRPTAL
140 150 160 170 180
150 160 170 180 190 200
pF1KB7 IRVMQWNILAQALGEGKDNFVQCPVEALKWEERKCLILEEILAYQPDILCLQEVD--HYF
. :: .:.: . . .. . :: ::.:. :: :..:::. . ::. ::::. .:.
XP_016 FSVMCYNVLCDKYAT-RQLYGYCPSWALNWDYRKKAIIQEILSCNADIVSLQEVETEQYY
190 200 210 220 230 240
210 220 230 240 250 260
pF1KB7 DTFQPLLSRLGYQGTFFPKPWSPCLDVEHNNGPDGCALFFLQNRFKLVNSANIRLTAMTL
. : :.. ::.: : :: . .. .. . ::::.:: ..: ::.. ..... ...
XP_016 SFFLVELKERGYNGFFSPKSRARTMSEQERKHVDGCAIFFKTEKFTLVQKHTVEFNQLAM
250 260 270 280 290 300
270 280 290
pF1KB7 KTNQ--------------VAIAQTLECKE------SGRQ--------FCIAVTHLKARTG
... ...: :: .. ::. . .: .:..
XP_016 ANSEGSEAMLNRVMTKDNIGVAVLLELRKESIEMPSGKPHLGTEKQLILVANAHMHWDPE
310 320 330 340 350 360
300 310 320 330
pF1KB7 WERFRSAQGCDLLQNLQNITQGAK-------------IPLIVCGDFNAEPTEEVYK-HFA
. . .: .:....:: . :. :::..:.:.:. : . ::
XP_016 YSDVKLVQTMMFLSEVKNIIDKASRNLKSSVLGEFGTIPLVLCADLNSLPDSGYNRLHFL
370 380 390 400 410 420
340 350 360 370 380 390
pF1KB7 SSSLNLNSAYKLLSADGQSEPPYTTWKIRTSGECRHTLDYIWYSKHALNVRSALDLLTEE
XP_016 F
>>XP_016865159 (OMIM: 608951) PREDICTED: CCR4-NOT transc (462 aa)
initn: 274 init1: 111 opt: 233 Z-score: 219.1 bits: 49.7 E(85289): 1.8e-05
Smith-Waterman score: 253; 23.5% identity (51.6% similar) in 353 aa overlap (115-392:67-411)
90 100 110 120 130 140
pF1KB7 SAASQHPEYLVSPDPEHLEPIDPKELLEECRAVLHTRPPRFQRDFVDLRTDCPSTHPP--
. . .:: :... :. :.:
XP_016 LTQDILNLYQEPDGTRRLLNYLLDNLSGTAKRITTEQPP--PRSWIMLQEP-DRTRPTAL
40 50 60 70 80 90
150 160 170 180 190 200
pF1KB7 IRVMQWNILAQALGEGKDNFVQCPVEALKWEERKCLILEEILAYQPDILCLQEVD--HYF
. :: .:.: . . .. . :: ::.:. :: :..:::. . ::. ::::. .:.
XP_016 FSVMCYNVLCDKYAT-RQLYGYCPSWALNWDYRKKAIIQEILSCNADIVSLQEVETEQYY
100 110 120 130 140 150
210 220 230 240 250 260
pF1KB7 DTFQPLLSRLGYQGTFFPKPWSPCLDVEHNNGPDGCALFFLQNRFKLVNSANIRLTAMTL
. : :.. ::.: : :: . .. .. . ::::.:: ..: ::.. ..... ...
XP_016 SFFLVELKERGYNGFFSPKSRARTMSEQERKHVDGCAIFFKTEKFTLVQKHTVEFNQLAM
160 170 180 190 200 210
270 280 290
pF1KB7 KTNQ--------------VAIAQTLECKE------SGRQ--------FCIAVTHLKARTG
... ...: :: .. ::. . .: .:..
XP_016 ANSEGSEAMLNRVMTKDNIGVAVLLELRKESIEMPSGKPHLGTEKQLILVANAHMHWDPE
220 230 240 250 260 270
300 310 320 330
pF1KB7 WERFRSAQGCDLLQNLQNITQGAK-------------IPLIVCGDFNAEPTEEVYKHFAS
. . .: .:....:: . :. :::..:.:.:. : : .....
XP_016 YSDVKLVQTMMFLSEVKNIIDKASRNLKSSVLGEFGTIPLVLCADLNSLPDSGVVEYLST
280 290 300 310 320 330
340 350 360
pF1KB7 SSLNLNS------------------------------AYKLLSADGQSEPPYTTWKIRTS
.... : ..:: :: .. :::.. . .
XP_016 GGVETNHKDFKELRYNESLTNFSCHGKNGTTNGRITHGFKLQSAYESGLMPYTNYTFDFK
340 350 360 370 380 390
370 380 390 400 410 420
pF1KB7 GECRHTLDYIWYSKHALNVRSALDLLTEEQIGPNRLPSFNYPSDHLSLVCDFSFTEESDG
: .:::.::: ::. . :
XP_016 G----IIDYIFYSKPQLNTLGILGPLDHHWLVENNISGCPHPLIPSDHFSLFAQLELLLP
400 410 420 430 440
>>XP_016865160 (OMIM: 608951) PREDICTED: CCR4-NOT transc (462 aa)
initn: 274 init1: 111 opt: 233 Z-score: 219.1 bits: 49.7 E(85289): 1.8e-05
Smith-Waterman score: 253; 23.5% identity (51.6% similar) in 353 aa overlap (115-392:67-411)
90 100 110 120 130 140
pF1KB7 SAASQHPEYLVSPDPEHLEPIDPKELLEECRAVLHTRPPRFQRDFVDLRTDCPSTHPP--
. . .:: :... :. :.:
XP_016 LTQDILNLYQEPDGTRRLLNYLLDNLSGTAKRITTEQPP--PRSWIMLQEP-DRTRPTAL
40 50 60 70 80 90
150 160 170 180 190 200
pF1KB7 IRVMQWNILAQALGEGKDNFVQCPVEALKWEERKCLILEEILAYQPDILCLQEVD--HYF
. :: .:.: . . .. . :: ::.:. :: :..:::. . ::. ::::. .:.
XP_016 FSVMCYNVLCDKYAT-RQLYGYCPSWALNWDYRKKAIIQEILSCNADIVSLQEVETEQYY
100 110 120 130 140 150
210 220 230 240 250 260
pF1KB7 DTFQPLLSRLGYQGTFFPKPWSPCLDVEHNNGPDGCALFFLQNRFKLVNSANIRLTAMTL
. : :.. ::.: : :: . .. .. . ::::.:: ..: ::.. ..... ...
XP_016 SFFLVELKERGYNGFFSPKSRARTMSEQERKHVDGCAIFFKTEKFTLVQKHTVEFNQLAM
160 170 180 190 200 210
270 280 290
pF1KB7 KTNQ--------------VAIAQTLECKE------SGRQ--------FCIAVTHLKARTG
... ...: :: .. ::. . .: .:..
XP_016 ANSEGSEAMLNRVMTKDNIGVAVLLELRKESIEMPSGKPHLGTEKQLILVANAHMHWDPE
220 230 240 250 260 270
300 310 320 330
pF1KB7 WERFRSAQGCDLLQNLQNITQGAK-------------IPLIVCGDFNAEPTEEVYKHFAS
. . .: .:....:: . :. :::..:.:.:. : : .....
XP_016 YSDVKLVQTMMFLSEVKNIIDKASRNLKSSVLGEFGTIPLVLCADLNSLPDSGVVEYLST
280 290 300 310 320 330
340 350 360
pF1KB7 SSLNLNS------------------------------AYKLLSADGQSEPPYTTWKIRTS
.... : ..:: :: .. :::.. . .
XP_016 GGVETNHKDFKELRYNESLTNFSCHGKNGTTNGRITHGFKLQSAYESGLMPYTNYTFDFK
340 350 360 370 380 390
370 380 390 400 410 420
pF1KB7 GECRHTLDYIWYSKHALNVRSALDLLTEEQIGPNRLPSFNYPSDHLSLVCDFSFTEESDG
: .:::.::: ::. . :
XP_016 G----IIDYIFYSKPQLNTLGILGPLDHHWLVENNISGCPHPLIPSDHFSLFAQLELLLP
400 410 420 430 440
>>XP_005266010 (OMIM: 608951) PREDICTED: CCR4-NOT transc (557 aa)
initn: 297 init1: 111 opt: 233 Z-score: 217.9 bits: 49.8 E(85289): 2.1e-05
Smith-Waterman score: 253; 23.5% identity (51.6% similar) in 353 aa overlap (115-392:162-506)
90 100 110 120 130 140
pF1KB7 SAASQHPEYLVSPDPEHLEPIDPKELLEECRAVLHTRPPRFQRDFVDLRTDCPSTHPP--
. . .:: :... :. :.:
XP_005 LTQDILNLYQEPDGTRRLLNYLLDNLSGTAKRITTEQPP--PRSWIMLQEP-DRTRPTAL
140 150 160 170 180
150 160 170 180 190 200
pF1KB7 IRVMQWNILAQALGEGKDNFVQCPVEALKWEERKCLILEEILAYQPDILCLQEVD--HYF
. :: .:.: . . .. . :: ::.:. :: :..:::. . ::. ::::. .:.
XP_005 FSVMCYNVLCDKYAT-RQLYGYCPSWALNWDYRKKAIIQEILSCNADIVSLQEVETEQYY
190 200 210 220 230 240
210 220 230 240 250 260
pF1KB7 DTFQPLLSRLGYQGTFFPKPWSPCLDVEHNNGPDGCALFFLQNRFKLVNSANIRLTAMTL
. : :.. ::.: : :: . .. .. . ::::.:: ..: ::.. ..... ...
XP_005 SFFLVELKERGYNGFFSPKSRARTMSEQERKHVDGCAIFFKTEKFTLVQKHTVEFNQLAM
250 260 270 280 290 300
270 280 290
pF1KB7 KTNQ--------------VAIAQTLECKE------SGRQ--------FCIAVTHLKARTG
... ...: :: .. ::. . .: .:..
XP_005 ANSEGSEAMLNRVMTKDNIGVAVLLELRKESIEMPSGKPHLGTEKQLILVANAHMHWDPE
310 320 330 340 350 360
300 310 320 330
pF1KB7 WERFRSAQGCDLLQNLQNITQGAK-------------IPLIVCGDFNAEPTEEVYKHFAS
. . .: .:....:: . :. :::..:.:.:. : : .....
XP_005 YSDVKLVQTMMFLSEVKNIIDKASRNLKSSVLGEFGTIPLVLCADLNSLPDSGVVEYLST
370 380 390 400 410 420
340 350 360
pF1KB7 SSLNLNS------------------------------AYKLLSADGQSEPPYTTWKIRTS
.... : ..:: :: .. :::.. . .
XP_005 GGVETNHKDFKELRYNESLTNFSCHGKNGTTNGRITHGFKLQSAYESGLMPYTNYTFDFK
430 440 450 460 470 480
370 380 390 400 410 420
pF1KB7 GECRHTLDYIWYSKHALNVRSALDLLTEEQIGPNRLPSFNYPSDHLSLVCDFSFTEESDG
: .:::.::: ::. . :
XP_005 G----IIDYIFYSKPQLNTLGILGPLDHHWLVENNISGCPHPLIPSDHFSLFAQLELLLP
490 500 510 520 530 540
>>XP_011532909 (OMIM: 608951) PREDICTED: CCR4-NOT transc (557 aa)
initn: 297 init1: 111 opt: 233 Z-score: 217.9 bits: 49.8 E(85289): 2.1e-05
Smith-Waterman score: 253; 23.5% identity (51.6% similar) in 353 aa overlap (115-392:162-506)
90 100 110 120 130 140
pF1KB7 SAASQHPEYLVSPDPEHLEPIDPKELLEECRAVLHTRPPRFQRDFVDLRTDCPSTHPP--
. . .:: :... :. :.:
XP_011 LTQDILNLYQEPDGTRRLLNYLLDNLSGTAKRITTEQPP--PRSWIMLQEP-DRTRPTAL
140 150 160 170 180
150 160 170 180 190 200
pF1KB7 IRVMQWNILAQALGEGKDNFVQCPVEALKWEERKCLILEEILAYQPDILCLQEVD--HYF
. :: .:.: . . .. . :: ::.:. :: :..:::. . ::. ::::. .:.
XP_011 FSVMCYNVLCDKYAT-RQLYGYCPSWALNWDYRKKAIIQEILSCNADIVSLQEVETEQYY
190 200 210 220 230 240
210 220 230 240 250 260
pF1KB7 DTFQPLLSRLGYQGTFFPKPWSPCLDVEHNNGPDGCALFFLQNRFKLVNSANIRLTAMTL
. : :.. ::.: : :: . .. .. . ::::.:: ..: ::.. ..... ...
XP_011 SFFLVELKERGYNGFFSPKSRARTMSEQERKHVDGCAIFFKTEKFTLVQKHTVEFNQLAM
250 260 270 280 290 300
270 280 290
pF1KB7 KTNQ--------------VAIAQTLECKE------SGRQ--------FCIAVTHLKARTG
... ...: :: .. ::. . .: .:..
XP_011 ANSEGSEAMLNRVMTKDNIGVAVLLELRKESIEMPSGKPHLGTEKQLILVANAHMHWDPE
310 320 330 340 350 360
300 310 320 330
pF1KB7 WERFRSAQGCDLLQNLQNITQGAK-------------IPLIVCGDFNAEPTEEVYKHFAS
. . .: .:....:: . :. :::..:.:.:. : : .....
XP_011 YSDVKLVQTMMFLSEVKNIIDKASRNLKSSVLGEFGTIPLVLCADLNSLPDSGVVEYLST
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