Result of FASTA (ccds) for
pFN21AB7637
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB7637, 326 aa
1>>>pF1KB7637 326 - 326 aa - 326 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.0297+/-0.000932; mu= 12.7616+/- 0.056
mean_var=107.5154+/-22.934, 0's: 0 Z-trim(107.4): 197 B-trim: 10 in 1/49
Lambda= 0.123691
statistics sampled from 9355 (9580) to 9355 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.673), E-opt: 0.2 (0.294), width: 16
Scan time: 2.620
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS9028.1 ALX1 gene_id:8092|Hs108|chr12 ( 326) 2195 402.5 2.4e-112
CCDS31468.1 ALX4 gene_id:60529|Hs108|chr11 ( 411) 782 150.4 2.3e-36
CCDS819.1 ALX3 gene_id:257|Hs108|chr1 ( 343) 686 133.2 2.9e-31
CCDS14215.1 ARX gene_id:170302|Hs108|chrX ( 562) 397 81.8 1.4e-15
CCDS3693.1 PITX2 gene_id:5308|Hs108|chr4 ( 271) 382 78.9 5.1e-15
CCDS3694.1 PITX2 gene_id:5308|Hs108|chr4 ( 324) 382 79.0 5.9e-15
CCDS3692.1 PITX2 gene_id:5308|Hs108|chr4 ( 317) 377 78.1 1.1e-14
CCDS44388.2 DRGX gene_id:644168|Hs108|chr10 ( 263) 356 74.2 1.3e-13
CCDS58767.1 VSX1 gene_id:30813|Hs108|chr20 ( 301) 345 72.3 5.4e-13
CCDS13168.1 VSX1 gene_id:30813|Hs108|chr20 ( 365) 345 72.4 6.2e-13
CCDS4182.1 PITX1 gene_id:5307|Hs108|chr5 ( 314) 344 72.2 6.3e-13
CCDS44074.1 PAX7 gene_id:5081|Hs108|chr1 ( 505) 346 72.7 7e-13
CCDS44075.1 PAX7 gene_id:5081|Hs108|chr1 ( 518) 346 72.7 7.1e-13
CCDS186.1 PAX7 gene_id:5081|Hs108|chr1 ( 520) 346 72.7 7.2e-13
CCDS7532.1 PITX3 gene_id:5309|Hs108|chr10 ( 302) 342 71.8 7.8e-13
CCDS9827.1 VSX2 gene_id:338917|Hs108|chr14 ( 361) 341 71.7 1e-12
CCDS34583.1 UNCX gene_id:340260|Hs108|chr7 ( 531) 339 71.5 1.7e-12
CCDS3463.1 PHOX2B gene_id:8929|Hs108|chr4 ( 314) 328 69.3 4.6e-12
CCDS2450.1 PAX3 gene_id:5077|Hs108|chr2 ( 403) 324 68.7 9e-12
CCDS2449.1 PAX3 gene_id:5077|Hs108|chr2 ( 407) 324 68.7 9.1e-12
CCDS8214.1 PHOX2A gene_id:401|Hs108|chr11 ( 284) 321 68.0 1e-11
CCDS42826.1 PAX3 gene_id:5077|Hs108|chr2 ( 479) 324 68.7 1e-11
CCDS46522.1 PAX3 gene_id:5077|Hs108|chr2 ( 483) 324 68.8 1e-11
CCDS42825.1 PAX3 gene_id:5077|Hs108|chr2 ( 484) 324 68.8 1e-11
CCDS2448.1 PAX3 gene_id:5077|Hs108|chr2 ( 505) 324 68.8 1.1e-11
CCDS4039.1 OTP gene_id:23440|Hs108|chr5 ( 325) 320 67.9 1.3e-11
CCDS43164.1 SHOX2 gene_id:6474|Hs108|chr3 ( 331) 320 67.9 1.3e-11
CCDS11972.1 RAX gene_id:30062|Hs108|chr18 ( 346) 317 67.4 1.9e-11
CCDS33884.2 SHOX2 gene_id:6474|Hs108|chr3 ( 355) 317 67.4 1.9e-11
CCDS1291.1 PRRX1 gene_id:5396|Hs108|chr1 ( 217) 313 66.5 2.2e-11
CCDS31451.1 PAX6 gene_id:5080|Hs108|chr11 ( 422) 317 67.5 2.2e-11
CCDS31452.1 PAX6 gene_id:5080|Hs108|chr11 ( 436) 317 67.5 2.3e-11
CCDS1290.1 PRRX1 gene_id:5396|Hs108|chr1 ( 245) 311 66.2 3.1e-11
CCDS33640.1 ISX gene_id:91464|Hs108|chr22 ( 245) 309 65.8 4e-11
CCDS12112.1 RAX2 gene_id:84839|Hs108|chr19 ( 184) 303 64.7 6.7e-11
>>CCDS9028.1 ALX1 gene_id:8092|Hs108|chr12 (326 aa)
initn: 2195 init1: 2195 opt: 2195 Z-score: 2130.5 bits: 402.5 E(32554): 2.4e-112
Smith-Waterman score: 2195; 100.0% identity (100.0% similar) in 326 aa overlap (1-326:1-326)
10 20 30 40 50 60
pF1KB7 MEFLSEKFALKSPPSKNSDFYMGAGGPLEHVMETLDNESFYSKASAGKCVQAFGPLPRAE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS90 MEFLSEKFALKSPPSKNSDFYMGAGGPLEHVMETLDNESFYSKASAGKCVQAFGPLPRAE
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB7 HHVRLERTSPCQDSSVNYGITKVEGQPLHTELNRAMDNCNSLRMSPVKGMQEKGELDELG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS90 HHVRLERTSPCQDSSVNYGITKVEGQPLHTELNRAMDNCNSLRMSPVKGMQEKGELDELG
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB7 DKCDSNVSSSKKRRHRTTFTSLQLEELEKVFQKTHYPDVYVREQLALRTELTEARVQVWF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS90 DKCDSNVSSSKKRRHRTTFTSLQLEELEKVFQKTHYPDVYVREQLALRTELTEARVQVWF
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB7 QNRRAKWRKRERYGQIQQAKSHFAATYDISVLPRTDSYPQIQNNLWAGNASGGSVVTSCM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS90 QNRRAKWRKRERYGQIQQAKSHFAATYDISVLPRTDSYPQIQNNLWAGNASGGSVVTSCM
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB7 LPRDTSSCMTPYSHSPRTDSSYTGFSNHQNQFSHVPLNNFFTDSLLTGATNGHAFETKPE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS90 LPRDTSSCMTPYSHSPRTDSSYTGFSNHQNQFSHVPLNNFFTDSLLTGATNGHAFETKPE
250 260 270 280 290 300
310 320
pF1KB7 FERRSSSIAVLRMKAKEHTANISWAM
::::::::::::::::::::::::::
CCDS90 FERRSSSIAVLRMKAKEHTANISWAM
310 320
>>CCDS31468.1 ALX4 gene_id:60529|Hs108|chr11 (411 aa)
initn: 697 init1: 579 opt: 782 Z-score: 766.4 bits: 150.4 E(32554): 2.3e-36
Smith-Waterman score: 782; 52.5% identity (78.6% similar) in 238 aa overlap (96-325:175-410)
70 80 90 100 110 120
pF1KB7 ERTSPCQDSSVNYGITKVEGQPLHTELNRAMDNCN-SLRMSPVKGMQEKGELDELG--DK
::. :.. . ::: :... : . .:
CCDS31 GHSAALQVPCYAKESSLGEPELPPDSDTVGMDSSYLSVKEAGVKGPQDRASSDLPSPLEK
150 160 170 180 190 200
130 140 150 160 170 180
pF1KB7 CDSNVSSSKKRRHRTTFTSLQLEELEKVFQKTHYPDVYVREQLALRTELTEARVQVWFQN
::. ...::::.:::::: ::::::::::::::::::.:::::.::.::::::::::::
CCDS31 ADSESNKGKKRRNRTTFTSYQLEELEKVFQKTHYPDVYAREQLAMRTDLTEARVQVWFQN
210 220 230 240 250 260
190 200 210 220 230 240
pF1KB7 RRAKWRKRERYGQIQQAKSHFAATYDISVLPRTDSYPQIQNNLWAGNASGGSVVTSCMLP
::::::::::.::.::...::...:.. .: :...: :::: : :: ...: : .:..:
CCDS31 RRAKWRKRERFGQMQQVRTHFSTAYELPLLTRAENYAQIQNPSWLGNNGAASPVPACVVP
270 280 290 300 310 320
250 260 270 280 290
pF1KB7 RD-TSSCMTPYSHSPRTD-SSYTGFSNHQNQFSHVP---LNNFFTDSLLTGATNGHAFET
: . .::.:..: : . :: : : . .. ::: ....: . :. . ::. ..
CCDS31 CDPVPACMSPHAHPPGSGASSVTDFLSVSGAGSHVGQTHMGSLFGAASLSPGLNGYELNG
330 340 350 360 370 380
300 310 320
pF1KB7 KPEFERRSSSIAVLRMKAKEHTANISWAM
.: .:..::::.::::::::.: ::::
CCDS31 EP--DRKTSSIAALRMKAKEHSAAISWAT
390 400 410
>>CCDS819.1 ALX3 gene_id:257|Hs108|chr1 (343 aa)
initn: 704 init1: 578 opt: 686 Z-score: 674.9 bits: 133.2 E(32554): 2.9e-31
Smith-Waterman score: 686; 52.9% identity (75.0% similar) in 208 aa overlap (119-324:140-341)
90 100 110 120 130 140
pF1KB7 HTELNRAMDNCNSLRMSPVKGMQEKGELDELGDKCDSNVSSSKKRRHRTTFTSLQLEELE
: :. . ..:::::.::::...::::::
CCDS81 CRGGPRDGPSNLQGSPGPCLASLHLPLSPGLPDSMELAKNKSKKRRNRTTFSTFQLEELE
110 120 130 140 150 160
150 160 170 180 190 200
pF1KB7 KVFQKTHYPDVYVREQLALRTELTEARVQVWFQNRRAKWRKRERYGQIQQAKSHFAATYD
::::::::::::.::::::::.::::::::::::::::::::::::.::.... :.:.::
CCDS81 KVFQKTHYPDVYAREQLALRTDLTEARVQVWFQNRRAKWRKRERYGKIQEGRNPFTAAYD
170 180 190 200 210 220
210 220 230 240 250 260
pF1KB7 ISVLPRTDSYPQIQNNLWAGNASGGSVVTSCML-PRDTSS-CMTPYSHSPRTDSSYTGFS
:::::::::.::.::.:::. .:: : :.. :. : ::.:::: . ... :
CCDS81 ISVLPRTDSHPQLQNSLWASPGSG-SPGGPCLVSPEGIPSPCMSPYSHPHGSVAGFMGVP
230 240 250 260 270 280
270 280 290 300 310 320
pF1KB7 NHQNQFSHVPLNNFFTDSLLTGATNGHAFETKPEFERRSSSIAVLRMKAKEHTANISWAM
. . . : .: .::.:: . . . .: :.. ::.: :: . ..:
CCDS81 APSAAHPGIYSIHGFPPTL-----GGHSFEPSSDGDYKSPSLVSLRVKPKEPPGLLNWTT
290 300 310 320 330 340
>>CCDS14215.1 ARX gene_id:170302|Hs108|chrX (562 aa)
initn: 454 init1: 352 opt: 397 Z-score: 393.3 bits: 81.8 E(32554): 1.4e-15
Smith-Waterman score: 446; 39.1% identity (62.1% similar) in 235 aa overlap (120-323:316-547)
90 100 110 120 130 140
pF1KB7 TELNRAMDNCNSLRMSPVKGMQEKGELDELGDKCDSNVSSSKKRRHRTTFTSLQLEELEK
:. . .. . :.::.:::::: ::::::.
CCDS14 GGELSPKEELLLHPEDAEGKDGEDSVCLSAGSDSEEGLLKRKQRRYRTTFTSYQLEELER
290 300 310 320 330 340
150 160 170 180 190 200
pF1KB7 VFQKTHYPDVYVREQLALRTELTEARVQVWFQNRRAKWRKRERYG-QIQQAKSHF----A
.:::::::::..::.::.: .:::::::::::::::::::::. : : . : .
CCDS14 AFQKTHYPDVFTREELAMRLDLTEARVQVWFQNRRAKWRKREKAGAQTHPPGLPFPGPLS
350 360 370 380 390 400
210 220 230 240 250
pF1KB7 ATYDISVLPRTDSYP-----QIQNNLWAGNASGGSVVTSCMLPRDTSSCMTPYSHSPRTD
::. .: : :. : .. :.. :...... . : :. . : : .:
CCDS14 ATHPLS--PYLDASPFPPHHPALDSAWTAAAAAAAAAFPSLPPPPGSASLPP-SGAPLGL
410 420 430 440 450 460
260 270 280 290 300
pF1KB7 SSYTGFS--NHQNQFSHVPLNNFFTDSLLTGATNGHAFETKPE-----------------
:.. : . : .: . : : . ::.:... :. .:
CCDS14 STFLGAAVFRHPAFISPAFGRLFSTMAPLTSASTAAALLRQPTPAVEGAVASGALADPAT
470 480 490 500 510 520
310 320
pF1KB7 --FERRSSSIAVLRMKAKEHTANISWAM
.::.::::.::.:::::.:...
CCDS14 AAADRRASSIAALRLKAKEHAAQLTQLNILPGTSTGKEVC
530 540 550 560
>>CCDS3693.1 PITX2 gene_id:5308|Hs108|chr4 (271 aa)
initn: 396 init1: 348 opt: 382 Z-score: 383.1 bits: 78.9 E(32554): 5.1e-15
Smith-Waterman score: 419; 35.7% identity (62.3% similar) in 244 aa overlap (98-320:4-247)
70 80 90 100 110 120
pF1KB7 TSPCQDSSVNYGITKVEGQPLHTELNRAMDNCNSLRMSPVKGMQEKGELDELGDKCDSNV
:: .: . :. ..:.. . : .
CCDS36 METNCRKLVSACVQLEKDKSQQGKNEDVGAEDP
10 20 30
130 140 150 160 170 180
pF1KB7 SSSKK-RRHRTTFTSLQLEELEKVFQKTHYPDVYVREQLALRTELTEARVQVWFQNRRAK
:..:. ::.:: ::: ::.::: .::...:::. .::..:. :.::::::.:::.:::::
CCDS36 SKKKRQRRQRTHFTSQQLQELEATFQRNRYPDMSTREEIAVWTNLTEARVRVWFKNRRAK
40 50 60 70 80 90
190 200 210 220 230 240
pF1KB7 WRKRERYGQIQQAKSHFAATYDISVLPRTDSYPQIQNNLWAGNASGGSVVTSCMLPRDTS
:::::: : . :. :. .. . : : :: . : ::... .. ... .: .:
CCDS36 WRKRERNQQAELCKNGFGPQFNGLMQPYDDMYPGYSYNNWAAKGLTSASLSTKSFPFFNS
100 110 120 130 140 150
250 260 270 280 290
pF1KB7 SCMTPYSHS-----PRTDSSYTGFSNH-QNQFSHVP---------LNNFFTDSLLTGATN
..: : . : . ::.. :. . . :: :::. . :: ... .
CCDS36 MNVNPLSSQSMFSPPNSISSMSMSSSMVPSAVTGVPGSSLNSLNNLNNLSSPSLNSAVPT
160 170 180 190 200 210
300 310 320
pF1KB7 G---HAFETKPEFERRS--SSIAVLRMKAKEHTANISWAM
.: : : : . ::.: ::.:::.:..
CCDS36 PACPYAPPTPPYVYRDTCNSSLASLRLKAKQHSSFGYASVQNPASNLSACQYAVDRPV
220 230 240 250 260 270
>>CCDS3694.1 PITX2 gene_id:5308|Hs108|chr4 (324 aa)
initn: 396 init1: 348 opt: 382 Z-score: 382.0 bits: 79.0 E(32554): 5.9e-15
Smith-Waterman score: 430; 33.6% identity (60.1% similar) in 301 aa overlap (49-320:3-300)
20 30 40 50 60 70
pF1KB7 DFYMGAGGPLEHVMETLDNESFYSKASAGKCVQAFGPLPRAEHHVRLERTSPCQDSSVNY
:.. ::: . ::.. . : ..:: ..
CCDS36 MNCMK--GPL-HLEHRAAGTKLSAVSSSSCHH
10 20
80 90 100 110 120 130
pF1KB7 ----GITKV--EGQP--LHTELNRAMDNCNSLRMSPVKGMQEKGELDELGDKCDSNVSSS
....: ::: : . .: . : :: . ..:.. . : . :..
CCDS36 PQPLAMASVLAPGQPRSLDSSKHRLEVHTISDTSSPEAAEKDKSQQGKNEDVGAEDPSKK
30 40 50 60 70 80
140 150 160 170 180
pF1KB7 KK-RRHRTTFTSLQLEELEKVFQKTHYPDVYVREQLALRTELTEARVQVWFQNRRAKWRK
:. ::.:: ::: ::.::: .::...:::. .::..:. :.::::::.:::.::::::::
CCDS36 KRQRRQRTHFTSQQLQELEATFQRNRYPDMSTREEIAVWTNLTEARVRVWFKNRRAKWRK
90 100 110 120 130 140
190 200 210 220 230 240
pF1KB7 RERYGQIQQAKSHFAATYDISVLPRTDSYPQIQNNLWAGNASGGSVVTSCMLPRDTSSCM
::: : . :. :. .. . : : :: . : ::... .. ... .: .: .
CCDS36 RERNQQAELCKNGFGPQFNGLMQPYDDMYPGYSYNNWAAKGLTSASLSTKSFPFFNSMNV
150 160 170 180 190 200
250 260 270 280 290
pF1KB7 TPYSHS-----PRTDSSYTGFSNH-QNQFSHVP---------LNNFFTDSLLTGATNG--
.: : . : . ::.. :. . . :: :::. . :: ... .
CCDS36 NPLSSQSMFSPPNSISSMSMSSSMVPSAVTGVPGSSLNSLNNLNNLSSPSLNSAVPTPAC
210 220 230 240 250 260
300 310 320
pF1KB7 -HAFETKPEFERRS--SSIAVLRMKAKEHTANISWAM
.: : : : . ::.: ::.:::.:..
CCDS36 PYAPPTPPYVYRDTCNSSLASLRLKAKQHSSFGYASVQNPASNLSACQYAVDRPV
270 280 290 300 310 320
>>CCDS3692.1 PITX2 gene_id:5308|Hs108|chr4 (317 aa)
initn: 396 init1: 348 opt: 377 Z-score: 377.3 bits: 78.1 E(32554): 1.1e-14
Smith-Waterman score: 414; 35.6% identity (63.9% similar) in 233 aa overlap (108-320:63-293)
80 90 100 110 120 130
pF1KB7 YGITKVEGQPLHTELNRAMDNCNSLRMSPVKGMQEKGELDELGDKCDSNVSSSKKRRHRT
: ...:. ...: . :. ....::.::
CCDS36 KKVEFTDSPESRKEAASSKFFPRQHPGANEKDKSQQGKNEDVGAEDPSK--KKRQRRQRT
40 50 60 70 80 90
140 150 160 170 180 190
pF1KB7 TFTSLQLEELEKVFQKTHYPDVYVREQLALRTELTEARVQVWFQNRRAKWRKRERYGQIQ
::: ::.::: .::...:::. .::..:. :.::::::.:::.::::::::::: : .
CCDS36 HFTSQQLQELEATFQRNRYPDMSTREEIAVWTNLTEARVRVWFKNRRAKWRKRERNQQAE
100 110 120 130 140 150
200 210 220 230 240 250
pF1KB7 QAKSHFAATYDISVLPRTDSYPQIQNNLWAGNASGGSVVTSCMLPRDTSSCMTPYSHS--
:. :. .. . : : :: . : ::... .. ... .: .: ..: : .
CCDS36 LCKNGFGPQFNGLMQPYDDMYPGYSYNNWAAKGLTSASLSTKSFPFFNSMNVNPLSSQSM
160 170 180 190 200 210
260 270 280 290
pF1KB7 ---PRTDSSYTGFSNH-QNQFSHVP---------LNNFFTDSLLTGATNG---HAFETKP
: . ::.. :. . . :: :::. . :: ... . .: : :
CCDS36 FSPPNSISSMSMSSSMVPSAVTGVPGSSLNSLNNLNNLSSPSLNSAVPTPACPYAPPTPP
220 230 240 250 260 270
300 310 320
pF1KB7 EFERRS--SSIAVLRMKAKEHTANISWAM
: . ::.: ::.:::.:..
CCDS36 YVYRDTCNSSLASLRLKAKQHSSFGYASVQNPASNLSACQYAVDRPV
280 290 300 310
>>CCDS44388.2 DRGX gene_id:644168|Hs108|chr10 (263 aa)
initn: 355 init1: 316 opt: 356 Z-score: 358.2 bits: 74.2 E(32554): 1.3e-13
Smith-Waterman score: 356; 38.2% identity (61.8% similar) in 212 aa overlap (120-322:22-220)
90 100 110 120 130 140
pF1KB7 TELNRAMDNCNSLRMSPVKGMQEKGELDELGDKCDSNVSSSKKRRHRTTFTSLQLEELEK
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