Result of FASTA (ccds) for
pFN21AB7558
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB7558, 271 aa
1>>>pF1KB7558 271 - 271 aa - 271 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 7.4317+/-0.000878; mu= 5.7273+/- 0.053
mean_var=123.7329+/-24.695, 0's: 0 Z-trim(110.0): 53 B-trim: 5 in 1/50
Lambda= 0.115301
statistics sampled from 11246 (11295) to 11246 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.709), E-opt: 0.2 (0.347), width: 16
Scan time: 2.040
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS8803.1 ATF1 gene_id:466|Hs108|chr12 ( 271) 1696 292.8 1.8e-79
CCDS2374.1 CREB1 gene_id:1385|Hs108|chr2 ( 327) 1030 182.0 4.6e-46
CCDS2375.1 CREB1 gene_id:1385|Hs108|chr2 ( 341) 1013 179.2 3.4e-45
CCDS7181.1 CREM gene_id:1390|Hs108|chr10 ( 299) 883 157.5 9.9e-39
CCDS7180.1 CREM gene_id:1390|Hs108|chr10 ( 300) 845 151.2 7.9e-37
CCDS7185.1 CREM gene_id:1390|Hs108|chr10 ( 270) 839 150.2 1.4e-36
CCDS7186.1 CREM gene_id:1390|Hs108|chr10 ( 245) 832 149.0 3e-36
CCDS58075.1 CREM gene_id:1390|Hs108|chr10 ( 138) 513 95.8 1.7e-20
CCDS7187.1 CREM gene_id:1390|Hs108|chr10 ( 120) 429 81.8 2.4e-16
CCDS7182.1 CREM gene_id:1390|Hs108|chr10 ( 248) 434 82.8 2.6e-16
CCDS7188.1 CREM gene_id:1390|Hs108|chr10 ( 112) 421 80.5 5.8e-16
CCDS53521.1 CREM gene_id:1390|Hs108|chr10 ( 102) 420 80.3 6e-16
CCDS53518.1 CREM gene_id:1390|Hs108|chr10 ( 108) 420 80.3 6.3e-16
CCDS31181.1 CREM gene_id:1390|Hs108|chr10 ( 236) 425 81.3 6.9e-16
CCDS58076.1 CREM gene_id:1390|Hs108|chr10 ( 125) 400 77.0 7.2e-15
CCDS58074.1 CREM gene_id:1390|Hs108|chr10 ( 282) 400 77.2 1.4e-14
CCDS53517.1 CREM gene_id:1390|Hs108|chr10 ( 121) 391 75.5 2e-14
CCDS53520.1 CREM gene_id:1390|Hs108|chr10 ( 113) 383 74.2 4.7e-14
CCDS53519.1 CREM gene_id:1390|Hs108|chr10 ( 109) 382 74.0 5.1e-14
CCDS7183.1 CREM gene_id:1390|Hs108|chr10 ( 221) 387 75.0 5.2e-14
>>CCDS8803.1 ATF1 gene_id:466|Hs108|chr12 (271 aa)
initn: 1696 init1: 1696 opt: 1696 Z-score: 1540.4 bits: 292.8 E(32554): 1.8e-79
Smith-Waterman score: 1696; 100.0% identity (100.0% similar) in 271 aa overlap (1-271:1-271)
10 20 30 40 50 60
pF1KB7 MEDSHKSTTSETAPQPGSAVQGAHISHIAQQVSSLSESEESQDSSDSIGSSQKAHGILAR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS88 MEDSHKSTTSETAPQPGSAVQGAHISHIAQQVSSLSESEESQDSSDSIGSSQKAHGILAR
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB7 RPSYRKILKDLSSEDTRGRKGDGENSGVSAAVTSMSVPTPIYQTSSGQYIAIAPNGALQL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS88 RPSYRKILKDLSSEDTRGRKGDGENSGVSAAVTSMSVPTPIYQTSSGQYIAIAPNGALQL
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB7 ASPGTDGVQGLQTLTMTNSGSTQQGTTILQYAQTSDGQQILVPSNQVVVQTASGDMQTYQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS88 ASPGTDGVQGLQTLTMTNSGSTQQGTTILQYAQTSDGQQILVPSNQVVVQTASGDMQTYQ
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB7 IRTTPSATSLPQTVVMTSPVTLTSQTTKTDDPQLKREIRLMKNREAARECRRKKKEYVKC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS88 IRTTPSATSLPQTVVMTSPVTLTSQTTKTDDPQLKREIRLMKNREAARECRRKKKEYVKC
190 200 210 220 230 240
250 260 270
pF1KB7 LENRVAVLENQNKTLIEELKTLKDLYSNKSV
:::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS88 LENRVAVLENQNKTLIEELKTLKDLYSNKSV
250 260 270
>>CCDS2374.1 CREB1 gene_id:1385|Hs108|chr2 (327 aa)
initn: 576 init1: 533 opt: 1030 Z-score: 940.4 bits: 182.0 E(32554): 4.6e-46
Smith-Waterman score: 1030; 65.5% identity (85.4% similar) in 261 aa overlap (13-270:72-326)
10 20 30 40
pF1KB7 MEDSHKSTTSETAPQPGSAVQGAHISHIAQQVSSLSESEESQ
: :: :..:. ... . :.:...:::.::
CCDS23 PAAHATSSAPTVTLVQLPNGQTVQVHGVIQAAQP-SVIQSPQVQTV--QISTIAESEDSQ
50 60 70 80 90
50 60 70 80 90
pF1KB7 DSSDSIGSSQKAHGILARRPSYRKILKDLSSEDT---RGRKGDGENSGVSAAVTSMSVPT
.: ::. .::: . ::.:::::::::.::::. : .. .:. . :.:...:::
CCDS23 ESVDSVTDSQKRREILSRRPSYRKILNDLSSDAPGVPRIEEEKSEEETSAPAITTVTVPT
100 110 120 130 140 150
100 110 120 130 140 150
pF1KB7 PIYQTSSGQYIAIAPNGALQLASPGTDGVQGLQTLTMTNSGSTQQGTTILQYAQTSDGQQ
:::::::::::::. .::.:::. :::::::::::::::...:: ::::::::::.::::
CCDS23 PIYQTSSGQYIAITQGGAIQLANNGTDGVQGLQTLTMTNAAATQPGTTILQYAQTTDGQQ
160 170 180 190 200 210
160 170 180 190 200 210
pF1KB7 ILVPSNQVVVQTASGDMQTYQIRTTPSATSLPQTVVMTSPVTLTSQTTKTDDPQLKREIR
:::::::::::.::::.:::::::.:..: : .:. .::. : .: . .. :::.:
CCDS23 ILVPSNQVVVQAASGDVQTYQIRTAPTSTIAPGVVMASSPA-LPTQPA--EEAARKREVR
220 230 240 250 260 270
220 230 240 250 260 270
pF1KB7 LMKNREAARECRRKKKEYVKCLENRVAVLENQNKTLIEELKTLKDLYSNKSV
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.::::: .::
CCDS23 LMKNREAARECRRKKKEYVKCLENRVAVLENQNKTLIEELKALKDLYCHKSD
280 290 300 310 320
>>CCDS2375.1 CREB1 gene_id:1385|Hs108|chr2 (341 aa)
initn: 551 init1: 532 opt: 1013 Z-score: 924.8 bits: 179.2 E(32554): 3.4e-45
Smith-Waterman score: 1013; 68.3% identity (86.8% similar) in 243 aa overlap (31-270:101-340)
10 20 30 40 50 60
pF1KB7 MEDSHKSTTSETAPQPGSAVQGAHISHIAQQVSSLSESEESQDSSDSIGSSQKAHGILAR
:.:...:::.::.: ::. .::: . ::.:
CCDS23 QAAQPSVIQSPQVQTVQSSCKDLKRLFSGTQISTIAESEDSQESVDSVTDSQKRREILSR
80 90 100 110 120 130
70 80 90 100 110
pF1KB7 RPSYRKILKDLSSEDT---RGRKGDGENSGVSAAVTSMSVPTPIYQTSSGQYIAIAPNGA
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CCDS23 RPSYRKILNDLSSDAPGVPRIEEEKSEEETSAPAITTVTVPTPIYQTSSGQYIAITQGGA
140 150 160 170 180 190
120 130 140 150 160 170
pF1KB7 LQLASPGTDGVQGLQTLTMTNSGSTQQGTTILQYAQTSDGQQILVPSNQVVVQTASGDMQ
.:::. :::::::::::::::...:: ::::::::::.:::::::::::::::.::::.:
CCDS23 IQLANNGTDGVQGLQTLTMTNAAATQPGTTILQYAQTTDGQQILVPSNQVVVQAASGDVQ
200 210 220 230 240 250
180 190 200 210 220 230
pF1KB7 TYQIRTTPSATSLPQTVVMTSPVTLTSQTTKTDDPQLKREIRLMKNREAARECRRKKKEY
::::::.:..: : .:. .::. : .: ... :::.:::::::::::::::::::
CCDS23 TYQIRTAPTSTIAPGVVMASSPA-LPTQP--AEEAARKREVRLMKNREAARECRRKKKEY
260 270 280 290 300
240 250 260 270
pF1KB7 VKCLENRVAVLENQNKTLIEELKTLKDLYSNKSV
:::::::::::::::::::::::.::::: .::
CCDS23 VKCLENRVAVLENQNKTLIEELKALKDLYCHKSD
310 320 330 340
>>CCDS7181.1 CREM gene_id:1390|Hs108|chr10 (299 aa)
initn: 770 init1: 372 opt: 883 Z-score: 808.8 bits: 157.5 E(32554): 9.9e-39
Smith-Waterman score: 883; 56.1% identity (80.0% similar) in 280 aa overlap (1-269:22-297)
10 20 30
pF1KB7 MEDSHKSTTSETAPQPGSA-VQ---GAHISHIAQQVSSL
.:..: .. . . . :: :: : . ::...
CCDS71 MSKCARKKYIKTNPRQMTMETVESQHDGSITASLTESKSAHVQTQTGQNSIPALAQVAAI
10 20 30 40 50 60
40 50 60 70 80 90
pF1KB7 SESEESQDSSDSIGSSQKAHGILARRPSYRKILKDLSSEDTRG----RKGDGENSGVSAA
.:..:: .: ... .:.: . ::.:::::::::..::: :. : .. .:. :. .
CCDS71 AETDESAES-EGVIDSHKRREILSRRPSYRKILNELSS-DVPGVPKIEEERSEEEGTPPS
70 80 90 100 110
100 110 120 130 140 150
pF1KB7 VTSMSVPTPIYQTSSGQYIAIAPNGALQLASPGTDGVQGLQTLTMTNSGSTQQGTTILQY
...:.::: :::::.::::::: .:..:...::.:::::::.:::::::. :.::.::
CCDS71 IATMAVPTSIYQTSTGQYIAIAQGGTIQISNPGSDGVQGLQALTMTNSGAPPPGATIVQY
120 130 140 150 160 170
160 170 180 190 200
pF1KB7 A-QTSDG-QQILVPSNQVVVQTASGDMQTYQIRTTPSATSLPQTVVMT-SPVTLTSQTTK
: :..:: ::..::..:::::.:.::: :::::. :.: .::: :::. :: .: :
CCDS71 AAQSADGTQQFFVPGSQVVVQAATGDMPTYQIRA-PTA-ALPQGVVMAASPGSLHSPQQL
180 190 200 210 220 230
210 220 230 240 250 260
pF1KB7 TDDPQLKREIRLMKNREAARECRRKKKEYVKCLENRVAVLENQNKTLIEELKTLKDLYSN
... :::.::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.::::: .
CCDS71 AEEATRKRELRLMKNREAARECRRKKKEYVKCLENRVAVLENQNKTLIEELKALKDLYCH
240 250 260 270 280 290
270
pF1KB7 KSV
:
CCDS71 KVE
>>CCDS7180.1 CREM gene_id:1390|Hs108|chr10 (300 aa)
initn: 816 init1: 334 opt: 845 Z-score: 774.6 bits: 151.2 E(32554): 7.9e-37
Smith-Waterman score: 845; 53.7% identity (79.0% similar) in 281 aa overlap (1-270:22-298)
10 20 30
pF1KB7 MEDSHKSTTSETAPQPGSA-VQ---GAHISHIAQQVSSL
.:..: .. . . . :: :: : . ::...
CCDS71 MSKCARKKYIKTNPRQMTMETVESQHDGSITASLTESKSAHVQTQTGQNSIPALAQVAAI
10 20 30 40 50 60
40 50 60 70 80 90
pF1KB7 SESEESQDSSDSIGSSQKAHGILARRPSYRKILKDLSSEDTRG----RKGDGENSGVSAA
.:..:: .: ... .:.: . ::.:::::::::..::: :. : .. .:. :. .
CCDS71 AETDESAES-EGVIDSHKRREILSRRPSYRKILNELSS-DVPGVPKIEEERSEEEGTPPS
70 80 90 100 110
100 110 120 130 140 150
pF1KB7 VTSMSVPTPIYQTSSGQYIAIAPNGALQLASPGTDGVQGLQTLTMTNSGSTQQGTTILQY
...:.::: :::::.::::::: .:..:...::.:::::::.:::::::. :.::.::
CCDS71 IATMAVPTSIYQTSTGQYIAIAQGGTIQISNPGSDGVQGLQALTMTNSGAPPPGATIVQY
120 130 140 150 160 170
160 170 180 190 200
pF1KB7 A-QTSDG-QQILVPSNQVVVQTASGDMQTYQIRTTPSATSLPQTVVMT-SPVTLTSQTTK
: :..:: ::..::..:::::.:.::: :::::. :.: .::: :::. :: .: :
CCDS71 AAQSADGTQQFFVPGSQVVVQAATGDMPTYQIRA-PTA-ALPQGVVMAASPGSLHSPQQL
180 190 200 210 220 230
210 220 230 240 250 260
pF1KB7 TDDPQLKREIRLMKNREAARECRRKKKEYVKCLENRVAVLENQNKTLIEELKTLKDLYSN
... :::.:::::::::.::::.:::::::::.:::::: ::: :::::.::::. :
CCDS71 AEEATRKRELRLMKNREAAKECRRRKKEYVKCLESRVAVLEVQNKKLIEELETLKDICSP
240 250 260 270 280 290
270
pF1KB7 KSV
:.
CCDS71 KTDY
300
>>CCDS7185.1 CREM gene_id:1390|Hs108|chr10 (270 aa)
initn: 816 init1: 334 opt: 839 Z-score: 770.0 bits: 150.2 E(32554): 1.4e-36
Smith-Waterman score: 839; 57.2% identity (83.2% similar) in 250 aa overlap (28-270:23-268)
10 20 30 40 50 60
pF1KB7 MEDSHKSTTSETAPQPGSAVQGAHISHIAQQVSSLSESEESQDSSDSIGSSQKAHGILAR
. ..:....:..:: .: ... .:.: . ::.:
CCDS71 MWWHQHNLCFRRPIEEDYSSGDVEEKVAAIAETDESAES-EGVIDSHKRREILSR
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110
pF1KB7 RPSYRKILKDLSSEDTRG----RKGDGENSGVSAAVTSMSVPTPIYQTSSGQYIAIAPNG
::::::::..::: :. : .. .:. :. ....:.::: :::::.::::::: .:
CCDS71 RPSYRKILNELSS-DVPGVPKIEEERSEEEGTPPSIATMAVPTSIYQTSTGQYIAIAQGG
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KB7 ALQLASPGTDGVQGLQTLTMTNSGSTQQGTTILQYA-QTSDG-QQILVPSNQVVVQTASG
..:...::.:::::::.:::::::. :.::.::: :..:: ::..::..:::::.:.:
CCDS71 TIQISNPGSDGVQGLQALTMTNSGAPPPGATIVQYAAQSADGTQQFFVPGSQVVVQAATG
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KB7 DMQTYQIRTTPSATSLPQTVVMT-SPVTLTSQTTKTDDPQLKREIRLMKNREAARECRRK
:: :::::. :.: .::: :::. :: .: : ... :::.:::::::::.::::.
CCDS71 DMPTYQIRA-PTA-ALPQGVVMAASPGSLHSPQQLAEEATRKRELRLMKNREAAKECRRR
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270
pF1KB7 KKEYVKCLENRVAVLENQNKTLIEELKTLKDLYSNKSV
:::::::::.:::::: ::: :::::.::::. : :.
CCDS71 KKEYVKCLESRVAVLEVQNKKLIEELETLKDICSPKTDY
240 250 260 270
>>CCDS7186.1 CREM gene_id:1390|Hs108|chr10 (245 aa)
initn: 816 init1: 334 opt: 832 Z-score: 764.3 bits: 149.0 E(32554): 3e-36
Smith-Waterman score: 832; 58.1% identity (83.3% similar) in 246 aa overlap (32-270:2-243)
10 20 30 40 50 60
pF1KB7 EDSHKSTTSETAPQPGSAVQGAHISHIAQQVSSLSESEESQDSSDSIGSSQKAHGILARR
:....:..:: .: ... .:.: . ::.::
CCDS71 MVAAIAETDESAES-EGVIDSHKRREILSRR
10 20 30
70 80 90 100 110
pF1KB7 PSYRKILKDLSSEDTRG----RKGDGENSGVSAAVTSMSVPTPIYQTSSGQYIAIAPNGA
:::::::..::: :. : .. .:. :. ....:.::: :::::.::::::: .:.
CCDS71 PSYRKILNELSS-DVPGVPKIEEERSEEEGTPPSIATMAVPTSIYQTSTGQYIAIAQGGT
40 50 60 70 80
120 130 140 150 160 170
pF1KB7 LQLASPGTDGVQGLQTLTMTNSGSTQQGTTILQYA-QTSDG-QQILVPSNQVVVQTASGD
.:...::.:::::::.:::::::. :.::.::: :..:: ::..::..:::::.:.::
CCDS71 IQISNPGSDGVQGLQALTMTNSGAPPPGATIVQYAAQSADGTQQFFVPGSQVVVQAATGD
90 100 110 120 130 140
180 190 200 210 220 230
pF1KB7 MQTYQIRTTPSATSLPQTVVMT-SPVTLTSQTTKTDDPQLKREIRLMKNREAARECRRKK
: :::::. :.: .::: :::. :: .: : ... :::.:::::::::.::::.:
CCDS71 MPTYQIRA-PTA-ALPQGVVMAASPGSLHSPQQLAEEATRKRELRLMKNREAAKECRRRK
150 160 170 180 190 200
240 250 260 270
pF1KB7 KEYVKCLENRVAVLENQNKTLIEELKTLKDLYSNKSV
::::::::.:::::: ::: :::::.::::. : :.
CCDS71 KEYVKCLESRVAVLEVQNKKLIEELETLKDICSPKTDY
210 220 230 240
>>CCDS58075.1 CREM gene_id:1390|Hs108|chr10 (138 aa)
initn: 503 init1: 334 opt: 513 Z-score: 481.4 bits: 95.8 E(32554): 1.7e-20
Smith-Waterman score: 513; 64.5% identity (83.3% similar) in 138 aa overlap (136-270:1-136)
110 120 130 140 150 160
pF1KB7 SGQYIAIAPNGALQLASPGTDGVQGLQTLTMTNSGSTQQGTTILQYA-QTSDG-QQILVP
:::::. :.::.::: :..:: ::..::
CCDS58 MTNSGAPPPGATIVQYAAQSADGTQQFFVP
10 20 30
170 180 190 200 210 220
pF1KB7 SNQVVVQTASGDMQTYQIRTTPSATSLPQTVVMT-SPVTLTSQTTKTDDPQLKREIRLMK
..:::::.:.::: :::::. :.: .::: :::. :: .: : ... :::.::::
CCDS58 GSQVVVQAATGDMPTYQIRA-PTA-ALPQGVVMAASPGSLHSPQQLAEEATRKRELRLMK
40 50 60 70 80
230 240 250 260 270
pF1KB7 NREAARECRRKKKEYVKCLENRVAVLENQNKTLIEELKTLKDLYSNKSV
:::::.::::.:::::::::.:::::: ::: :::::.::::. : :.
CCDS58 NREAAKECRRRKKEYVKCLESRVAVLEVQNKKLIEELETLKDICSPKTDY
90 100 110 120 130
>>CCDS7187.1 CREM gene_id:1390|Hs108|chr10 (120 aa)
initn: 417 init1: 340 opt: 429 Z-score: 406.8 bits: 81.8 E(32554): 2.4e-16
Smith-Waterman score: 429; 65.5% identity (81.9% similar) in 116 aa overlap (155-269:8-118)
130 140 150 160 170 180
pF1KB7 TDGVQGLQTLTMTNSGSTQQGTTILQYAQTSDGQQILVPSNQVVVQTASGDMQTYQIRTT
.: . :.::.... :.::: :::::.
CCDS71 MAVTGDDTDEETELAPSHMAA---ATGDMPTYQIRA-
10 20 30
190 200 210 220 230 240
pF1KB7 PSATSLPQTVVMT-SPVTLTSQTTKTDDPQLKREIRLMKNREAARECRRKKKEYVKCLEN
:.: .::: :::. :: .: : ... :::.:::::::::::::::::::::::::
CCDS71 PTA-ALPQGVVMAASPGSLHSPQQLAEEATRKRELRLMKNREAARECRRKKKEYVKCLEN
40 50 60 70 80 90
250 260 270
pF1KB7 RVAVLENQNKTLIEELKTLKDLYSNKSV
:::::::::::::::::.::::: .:
CCDS71 RVAVLENQNKTLIEELKALKDLYCHKVE
100 110 120
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10 20 30
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40 50 60 70 80 90
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...:.::: :::::.::: : .::
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190 200 210 220 230 240
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