Result of FASTA (omim) for
pFN21AB6540
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB6540, 391 aa
1>>>pF1KB6540 391 - 391 aa - 391 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.2741+/-0.00045; mu= 11.6087+/- 0.028
mean_var=77.6805+/-15.429, 0's: 0 Z-trim(110.4): 131 B-trim: 51 in 1/54
Lambda= 0.145518
statistics sampled from 18595 (18731) to 18595 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.58), E-opt: 0.2 (0.22), width: 16
Scan time: 8.220
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_036529 (OMIM: 604445) serpin B13 isoform 2 [Hom ( 391) 2531 541.3 1.5e-153
XP_011524331 (OMIM: 604445) PREDICTED: serpin B13 ( 390) 2514 537.7 1.7e-152
NP_001294852 (OMIM: 604445) serpin B13 isoform 1 [ ( 400) 2099 450.6 3e-126
XP_005266764 (OMIM: 604445) PREDICTED: serpin B13 ( 255) 1548 334.9 1.3e-91
NP_008850 (OMIM: 600517) serpin B3 [Homo sapiens] ( 390) 1521 329.3 9.9e-90
NP_002965 (OMIM: 600518) serpin B4 isoform 1 [Homo ( 390) 1507 326.3 7.6e-89
XP_011524440 (OMIM: 600518) PREDICTED: serpin B4 i ( 390) 1507 326.3 7.6e-89
XP_011524329 (OMIM: 602058) PREDICTED: serpin B10 ( 397) 1146 250.5 5.1e-66
NP_005015 (OMIM: 602058) serpin B10 [Homo sapiens] ( 397) 1146 250.5 5.1e-66
NP_536723 (OMIM: 615682) serpin B11 isoform a [Hom ( 392) 1083 237.3 4.8e-62
XP_011524553 (OMIM: 615682) PREDICTED: serpin B11 ( 392) 1083 237.3 4.8e-62
XP_011512637 (OMIM: 130135) PREDICTED: leukocyte e ( 330) 968 213.1 7.6e-55
NP_109591 (OMIM: 130135) leukocyte elastase inhibi ( 379) 968 213.2 8.6e-55
XP_011512635 (OMIM: 130135) PREDICTED: leukocyte e ( 379) 968 213.2 8.6e-55
XP_011512636 (OMIM: 130135) PREDICTED: leukocyte e ( 379) 968 213.2 8.6e-55
XP_011512978 (OMIM: 173321,613453) PREDICTED: serp ( 332) 947 208.7 1.6e-53
XP_016866430 (OMIM: 173321,613453) PREDICTED: serp ( 332) 947 208.7 1.6e-53
NP_001258753 (OMIM: 173321,613453) serpin B6 isofo ( 376) 947 208.7 1.8e-53
NP_001284629 (OMIM: 173321,613453) serpin B6 isofo ( 376) 947 208.7 1.8e-53
XP_011512975 (OMIM: 173321,613453) PREDICTED: serp ( 376) 947 208.7 1.8e-53
XP_011512976 (OMIM: 173321,613453) PREDICTED: serp ( 376) 947 208.7 1.8e-53
NP_001258754 (OMIM: 173321,613453) serpin B6 isofo ( 376) 947 208.7 1.8e-53
NP_004559 (OMIM: 173321,613453) serpin B6 isoform ( 376) 947 208.7 1.8e-53
NP_001284628 (OMIM: 173321,613453) serpin B6 isofo ( 376) 947 208.7 1.8e-53
NP_001182220 (OMIM: 173321,613453) serpin B6 isofo ( 380) 947 208.8 1.8e-53
XP_016866429 (OMIM: 173321,613453) PREDICTED: serp ( 380) 947 208.8 1.8e-53
NP_001258751 (OMIM: 173321,613453) serpin B6 isofo ( 390) 947 208.8 1.9e-53
NP_001258752 (OMIM: 173321,613453) serpin B6 isofo ( 395) 947 208.8 1.9e-53
XP_011512974 (OMIM: 173321,613453) PREDICTED: serp ( 454) 947 208.8 2.2e-53
NP_536722 (OMIM: 615662) serpin B12 isoform 2 [Hom ( 405) 920 203.1 9.9e-52
XP_016881556 (OMIM: 615662) PREDICTED: serpin B12 ( 425) 918 202.7 1.4e-51
XP_011524550 (OMIM: 615662) PREDICTED: serpin B12 ( 425) 918 202.7 1.4e-51
NP_001294857 (OMIM: 615662) serpin B12 isoform 1 [ ( 425) 918 202.7 1.4e-51
XP_011524551 (OMIM: 615662) PREDICTED: serpin B12 ( 425) 918 202.7 1.4e-51
XP_011524548 (OMIM: 615662) PREDICTED: serpin B12 ( 432) 918 202.7 1.4e-51
XP_005266835 (OMIM: 615662) PREDICTED: serpin B12 ( 437) 918 202.7 1.4e-51
XP_016866431 (OMIM: 601799) PREDICTED: serpin B9 i ( 325) 916 202.2 1.4e-51
XP_016866432 (OMIM: 601799) PREDICTED: serpin B9 i ( 325) 916 202.2 1.4e-51
XP_011512980 (OMIM: 601799) PREDICTED: serpin B9 i ( 325) 916 202.2 1.4e-51
NP_004146 (OMIM: 601799) serpin B9 [Homo sapiens] ( 376) 916 202.2 1.6e-51
XP_005249241 (OMIM: 601799) PREDICTED: serpin B9 i ( 376) 916 202.2 1.6e-51
NP_001035237 (OMIM: 603357,615598) serpin B7 isofo ( 380) 916 202.2 1.7e-51
NP_001248759 (OMIM: 603357,615598) serpin B7 isofo ( 380) 916 202.2 1.7e-51
NP_003775 (OMIM: 603357,615598) serpin B7 isoform ( 380) 916 202.2 1.7e-51
XP_011524330 (OMIM: 602058) PREDICTED: serpin B10 ( 268) 888 196.3 7.1e-50
NP_002566 (OMIM: 173390) plasminogen activator inh ( 415) 871 192.8 1.3e-48
NP_001137290 (OMIM: 173390) plasminogen activator ( 415) 871 192.8 1.3e-48
NP_942130 (OMIM: 601697,617115) serpin B8 isoform ( 374) 859 190.3 6.6e-48
NP_002631 (OMIM: 601697,617115) serpin B8 isoform ( 374) 859 190.3 6.6e-48
NP_001248760 (OMIM: 603357,615598) serpin B7 isofo ( 363) 812 180.4 6e-45
>>NP_036529 (OMIM: 604445) serpin B13 isoform 2 [Homo sa (391 aa)
initn: 2531 init1: 2531 opt: 2531 Z-score: 2877.8 bits: 541.3 E(85289): 1.5e-153
Smith-Waterman score: 2531; 99.7% identity (100.0% similar) in 391 aa overlap (1-391:1-391)
10 20 30 40 50 60
pF1KB6 MDSLGAVSTRLGFDLFKELKKTNDGNIFFSPVGILTAIGMVLLGTRGATASQLEEVFHSE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_036 MDSLGAVSTRLGFDLFKELKKTNDGNIFFSPVGILTAIGMVLLGTRGATASQLEEVFHSE
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB6 KETKSSRIKAEEKEVIENTEAVHQQFQKFLTEISKLTNDYELNITNRLFGEKTYLFLQKY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_036 KETKSSRIKAEEKEVIENTEAVHQQFQKFLTEISKLTNDYELNITNRLFGEKTYLFLQKY
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB6 LDYVEKYYHASLEPVDFVNAADESRKKINSWVESKTNEKIKDLFPDGSISSSTKLVLVNM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_036 LDYVEKYYHASLEPVDFVNAADESRKKINSWVESKTNEKIKDLFPDGSISSSTKLVLVNM
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB6 VYFKGQWDREFKKENTKEEKFWMNKSTSKSVQMMTQSHSFSFTFLEDLQAKILGIPYKNN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_036 VYFKGQWDREFKKENTKEEKFWMNKSTSKSVQMMTQSHSFSFTFLEDLQAKILGIPYKNN
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB6 DLSMFVLLPNDIDGLEKIIDKISPEKLVEWTSPGHMEERKVNLHLPRFEVEDSYDLEAVL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.:::::::
NP_036 DLSMFVLLPNDIDGLEKIIDKISPEKLVEWTSPGHMEERKVNLHLPRFEVEDGYDLEAVL
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB6 AAMGMGDAFSEHKADYSGMSSGSGLYAQKFLHSSFVAVTEEGTEAAAATGIGFTVTSAPG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_036 AAMGMGDAFSEHKADYSGMSSGSGLYAQKFLHSSFVAVTEEGTEAAAATGIGFTVTSAPG
310 320 330 340 350 360
370 380 390
pF1KB6 HENVHCNHPFLFFIRHNESNSILFFGRFSSP
:::::::::::::::::::::::::::::::
NP_036 HENVHCNHPFLFFIRHNESNSILFFGRFSSP
370 380 390
>>XP_011524331 (OMIM: 604445) PREDICTED: serpin B13 isof (390 aa)
initn: 2075 init1: 2075 opt: 2514 Z-score: 2858.6 bits: 537.7 E(85289): 1.7e-152
Smith-Waterman score: 2514; 99.5% identity (99.7% similar) in 391 aa overlap (1-391:1-390)
10 20 30 40 50 60
pF1KB6 MDSLGAVSTRLGFDLFKELKKTNDGNIFFSPVGILTAIGMVLLGTRGATASQLEEVFHSE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 MDSLGAVSTRLGFDLFKELKKTNDGNIFFSPVGILTAIGMVLLGTRGATASQLEEVFHSE
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB6 KETKSSRIKAEEKEVIENTEAVHQQFQKFLTEISKLTNDYELNITNRLFGEKTYLFLQKY
:::::::::::::: :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 KETKSSRIKAEEKE-IENTEAVHQQFQKFLTEISKLTNDYELNITNRLFGEKTYLFLQKY
70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KB6 LDYVEKYYHASLEPVDFVNAADESRKKINSWVESKTNEKIKDLFPDGSISSSTKLVLVNM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 LDYVEKYYHASLEPVDFVNAADESRKKINSWVESKTNEKIKDLFPDGSISSSTKLVLVNM
120 130 140 150 160 170
190 200 210 220 230 240
pF1KB6 VYFKGQWDREFKKENTKEEKFWMNKSTSKSVQMMTQSHSFSFTFLEDLQAKILGIPYKNN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 VYFKGQWDREFKKENTKEEKFWMNKSTSKSVQMMTQSHSFSFTFLEDLQAKILGIPYKNN
180 190 200 210 220 230
250 260 270 280 290 300
pF1KB6 DLSMFVLLPNDIDGLEKIIDKISPEKLVEWTSPGHMEERKVNLHLPRFEVEDSYDLEAVL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.:::::::
XP_011 DLSMFVLLPNDIDGLEKIIDKISPEKLVEWTSPGHMEERKVNLHLPRFEVEDGYDLEAVL
240 250 260 270 280 290
310 320 330 340 350 360
pF1KB6 AAMGMGDAFSEHKADYSGMSSGSGLYAQKFLHSSFVAVTEEGTEAAAATGIGFTVTSAPG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 AAMGMGDAFSEHKADYSGMSSGSGLYAQKFLHSSFVAVTEEGTEAAAATGIGFTVTSAPG
300 310 320 330 340 350
370 380 390
pF1KB6 HENVHCNHPFLFFIRHNESNSILFFGRFSSP
:::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 HENVHCNHPFLFFIRHNESNSILFFGRFSSP
360 370 380 390
>>NP_001294852 (OMIM: 604445) serpin B13 isoform 1 [Homo (400 aa)
initn: 2072 init1: 2072 opt: 2099 Z-score: 2387.5 bits: 450.6 E(85289): 3e-126
Smith-Waterman score: 2503; 97.5% identity (97.8% similar) in 400 aa overlap (1-391:1-400)
10 20 30 40 50 60
pF1KB6 MDSLGAVSTRLGFDLFKELKKTNDGNIFFSPVGILTAIGMVLLGTRGATASQLEEVFHSE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 MDSLGAVSTRLGFDLFKELKKTNDGNIFFSPVGILTAIGMVLLGTRGATASQLEEVFHSE
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110
pF1KB6 KETKSSRIKAEEKEV---------IENTEAVHQQFQKFLTEISKLTNDYELNITNRLFGE
::::::::::::::: ::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 KETKSSRIKAEEKEVVRIKAEGKEIENTEAVHQQFQKFLTEISKLTNDYELNITNRLFGE
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KB6 KTYLFLQKYLDYVEKYYHASLEPVDFVNAADESRKKINSWVESKTNEKIKDLFPDGSISS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 KTYLFLQKYLDYVEKYYHASLEPVDFVNAADESRKKINSWVESKTNEKIKDLFPDGSISS
130 140 150 160 170 180
180 190 200 210 220 230
pF1KB6 STKLVLVNMVYFKGQWDREFKKENTKEEKFWMNKSTSKSVQMMTQSHSFSFTFLEDLQAK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 STKLVLVNMVYFKGQWDREFKKENTKEEKFWMNKSTSKSVQMMTQSHSFSFTFLEDLQAK
190 200 210 220 230 240
240 250 260 270 280 290
pF1KB6 ILGIPYKNNDLSMFVLLPNDIDGLEKIIDKISPEKLVEWTSPGHMEERKVNLHLPRFEVE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 ILGIPYKNNDLSMFVLLPNDIDGLEKIIDKISPEKLVEWTSPGHMEERKVNLHLPRFEVE
250 260 270 280 290 300
300 310 320 330 340 350
pF1KB6 DSYDLEAVLAAMGMGDAFSEHKADYSGMSSGSGLYAQKFLHSSFVAVTEEGTEAAAATGI
:.::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 DGYDLEAVLAAMGMGDAFSEHKADYSGMSSGSGLYAQKFLHSSFVAVTEEGTEAAAATGI
310 320 330 340 350 360
360 370 380 390
pF1KB6 GFTVTSAPGHENVHCNHPFLFFIRHNESNSILFFGRFSSP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 GFTVTSAPGHENVHCNHPFLFFIRHNESNSILFFGRFSSP
370 380 390 400
>>XP_005266764 (OMIM: 604445) PREDICTED: serpin B13 isof (255 aa)
initn: 1548 init1: 1548 opt: 1548 Z-score: 1765.6 bits: 334.9 E(85289): 1.3e-91
Smith-Waterman score: 1548; 97.9% identity (99.6% similar) in 238 aa overlap (154-391:18-255)
130 140 150 160 170 180
pF1KB6 VEKYYHASLEPVDFVNAADESRKKINSWVESKTNEKIKDLFPDGSISSSTKLVLVNMVYF
.. .::::::::::::::::::::::::::
XP_005 MGKMRTSPSILPANPLSARPSEKIKDLFPDGSISSSTKLVLVNMVYF
10 20 30 40
190 200 210 220 230 240
pF1KB6 KGQWDREFKKENTKEEKFWMNKSTSKSVQMMTQSHSFSFTFLEDLQAKILGIPYKNNDLS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 KGQWDREFKKENTKEEKFWMNKSTSKSVQMMTQSHSFSFTFLEDLQAKILGIPYKNNDLS
50 60 70 80 90 100
250 260 270 280 290 300
pF1KB6 MFVLLPNDIDGLEKIIDKISPEKLVEWTSPGHMEERKVNLHLPRFEVEDSYDLEAVLAAM
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.::::::::::
XP_005 MFVLLPNDIDGLEKIIDKISPEKLVEWTSPGHMEERKVNLHLPRFEVEDGYDLEAVLAAM
110 120 130 140 150 160
310 320 330 340 350 360
pF1KB6 GMGDAFSEHKADYSGMSSGSGLYAQKFLHSSFVAVTEEGTEAAAATGIGFTVTSAPGHEN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 GMGDAFSEHKADYSGMSSGSGLYAQKFLHSSFVAVTEEGTEAAAATGIGFTVTSAPGHEN
170 180 190 200 210 220
370 380 390
pF1KB6 VHCNHPFLFFIRHNESNSILFFGRFSSP
::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 VHCNHPFLFFIRHNESNSILFFGRFSSP
230 240 250
>>NP_008850 (OMIM: 600517) serpin B3 [Homo sapiens] (390 aa)
initn: 1197 init1: 1197 opt: 1521 Z-score: 1731.9 bits: 329.3 E(85289): 9.9e-90
Smith-Waterman score: 1521; 58.4% identity (85.5% similar) in 392 aa overlap (1-391:1-390)
10 20 30 40 50 60
pF1KB6 MDSLGAVSTRLGFDLFKELKKTNDGNIFFSPVGILTAIGMVLLGTRGATASQLEEVFHSE
:.::. ..:.. ::::....:....:::.::..: .:.::::::.. ::.:...:.: .
NP_008 MNSLSEANTKFMFDLFQQFRKSKENNIFYSPISITSALGMVLLGAKDNTAQQIKKVLHFD
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB6 KETKSSRIKAEEKEVIENTEAVHQQFQKFLTEISKLTNDYELNITNRLFGEKTYLFLQKY
. :... :: .: . . ::.::::.:::..: :. :::.:.:.:::::::::::.:
NP_008 QVTENTTGKAATYHV-DRSGNVHHQFQKLLTEFNKSTDAYELKIANKLFGEKTYLFLQEY
70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KB6 LDYVEKYYHASLEPVDFVNAADESRKKINSWVESKTNEKIKDLFPDGSISSSTKLVLVNM
:: ..:.:..:.: :::.:: .::::::::::::.::::::.:.:.:.:.:.: :::::
NP_008 LDAIKKFYQTSVESVDFANAPEESRKKINSWVESQTNEKIKNLIPEGNIGSNTTLVLVNA
120 130 140 150 160 170
190 200 210 220 230 240
pF1KB6 VYFKGQWDREFKKENTKEEKFWMNKSTSKSVQMMTQSHSFSFTFLEDLQAKILGIPYKNN
.::::::...:.::.::::::: ::.: ::.::: : :: :. :::.:::.: ::::..
NP_008 IYFKGQWEKKFNKEDTKEEKFWPNKNTYKSIQMMRQYTSFHFASLEDVQAKVLEIPYKGK
180 190 200 210 220 230
250 260 270 280 290 300
pF1KB6 DLSMFVLLPNDIDGLEKIIDKISPEKLVEWTSPGHMEERKVNLHLPRFEVEDSYDLEAVL
::::.:::::.::::.:. .:.. :::.:::: .:.: .:.::::::.::.::::. .:
NP_008 DLSMIVLLPNEIDGLQKLEEKLTAEKLMEWTSLQNMRETRVDLHLPRFKVEESYDLKDTL
240 250 260 270 280 290
310 320 330 340 350
pF1KB6 AAMGMGDAFSEHKADYSGMSSGSGLYAQKFLHSSFVAVTEEGTEAAAATGI-GFTVTSAP
.::: : :. :: :::... :: . ::..:: :::::.::::::.. :: . .
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NP_008 TNEEFHCNHPFLFFIRQNKTNSILFYGRFSSP
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pF1KB6 AAMGMGDAFSEHKADYSGMSSGSGLYAQKFLHSSFVAVTEEGTEAAAATGIGFTVTSAPG
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pF1KB6 -HENVHCNHPFLFFIRHNESNSILFFGRFSSP
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XP_011 RMILVNALYFKGIWEHQFLVQNTTEKPFRINETTSKPVQMMFMKKKLHIFHIEKPKAVGL
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XP_011 DIRIRVPSIE-FNANHPFLFFIRHNKTNTILFYGRLCSP
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>>NP_005015 (OMIM: 602058) serpin B10 [Homo sapiens] (397 aa)
initn: 1112 init1: 1028 opt: 1146 Z-score: 1306.3 bits: 250.5 E(85289): 5.1e-66
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pF1KB6 MDSLGAVSTRLGFDLFKELKKTNDG-NIFFSPVGILTAIGMVLLGTRGATASQLEEV--F
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NP_005 RMILVNALYFKGIWEHQFLVQNTTEKPFRINETTSKPVQMMFMKKKLHIFHIEKPKAVGL
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pF1KB6 YDLEAVLAAMGMGDAFSEHKADYSGMSSGSGLYAQKFLHSSFVAVTEEGTEAAAATGIGF
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NP_005 YDLKSTLSSMGMSDAFSQSKADFSGMSSARNLFLSNVFHKAFVEINEQGTEAAAGSGSEI
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pF1KB6 TVT-SAPGHENVHCNHPFLFFIRHNESNSILFFGRFSSP
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NP_005 DIRIRVPSIE-FNANHPFLFFIRHNKTNTILFYGRLCSP
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>>NP_536723 (OMIM: 615682) serpin B11 isoform a [Homo sa (392 aa)
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pF1KB6 MDSLGAVSTRLGFDLFKELKKTNDG-NIFFSPVGILTAIGMVLLGTRGATASQLEEVFHS
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NP_536 MGSLSTANVEFCLDVFKELNSNNIGDNIFFSSLSLLYALSMVLLGARGETEEQLEKVLHF
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NP_536 SHTVDS--LKPGFKDSPKCSQAGRIHSEFGVEFSQINQPDSNCTLSIANRLYGTKTMAFH
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NP_536 QQYLSCSEKWYQARLQTVDFEQSTEETRKTINAWVENKTNGKVANLFGKSTIDPSSVMVL
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NP_536 LPMRAQFKANHPFLFFIRHTHTNTILFCGKLASP
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391 residues in 1 query sequences
60827320 residues in 85289 library sequences
Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
start: Sun Nov 6 13:39:32 2016 done: Sun Nov 6 13:39:33 2016
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]