FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB6295, 808 aa
1>>>pF1KB6295 808 - 808 aa - 808 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 10.7093+/-0.00123; mu= -3.9383+/- 0.074
mean_var=266.8582+/-52.241, 0's: 0 Z-trim(109.8): 19 B-trim: 14 in 1/51
Lambda= 0.078512
statistics sampled from 11145 (11162) to 11145 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.673), E-opt: 0.2 (0.343), width: 16
Scan time: 4.710
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS46552.1 LRRFIP1 gene_id:9208|Hs108|chr2 ( 808) 5214 604.6 2.1e-172
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CCDS46553.1 LRRFIP1 gene_id:9208|Hs108|chr2 ( 752) 4229 493.0 7.7e-139
CCDS46551.1 LRRFIP1 gene_id:9208|Hs108|chr2 ( 640) 1084 136.7 1.2e-31
CCDS46791.1 LRRFIP2 gene_id:9209|Hs108|chr3 ( 424) 733 96.9 7.6e-20
CCDS2664.1 LRRFIP2 gene_id:9209|Hs108|chr3 ( 721) 677 90.7 9.6e-18
CCDS2665.1 LRRFIP2 gene_id:9209|Hs108|chr3 ( 400) 474 67.5 4.9e-11
>>CCDS46552.1 LRRFIP1 gene_id:9208|Hs108|chr2 (808 aa)
initn: 5214 init1: 5214 opt: 5214 Z-score: 3208.6 bits: 604.6 E(32554): 2.1e-172
Smith-Waterman score: 5214; 99.9% identity (100.0% similar) in 808 aa overlap (1-808:1-808)
10 20 30 40 50 60
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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10 20 30 40 50 60
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS46 SRRNTSASDEDERMSVGSRGSLRVEERPEKDFTEKGSRNMPGLSAATLASLGGTSSRRGS
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS46 GDTSISIDTEASIREIKELNELKDQIQDVEGKYMQGLKEMKDSLAEVEEKYKKAMVSNAQ
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190 200 210 220 230 240
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS46 LDNEKTNFMYQVDTLKDMLLELEEQLAESRRQYEEKNKEFEREKHAHSILQFQFAEVKEA
190 200 210 220 230 240
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS46 LKQREEMLEKHGIILNSEIATNGETSDTLNNVGYQGPTKMTKEELNALKSTGDGTLGRAS
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS46 EVEVKNEIVANVGKREILHNTEKEQHTEDTVKDCVDIEVFPAGENTEDQKSSEDTAPFLG
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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430 440 450 460 470 480
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS46 ENVGEAAVTQVEEQAGTVASCPLGHSDDTVYHDDKCMVEVPQELETSTGHSLEKEFTNQE
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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550 560 570 580 590 600
pF1KB6 QNEPLDMKEPDEEKSDQQGEAFDSSQKKTKNKKKKNKKKKSPVPVETLKDVKKELTYQNT
:::::::::::::::::::::.::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS46 QNEPLDMKEPDEEKSDQQGEALDSSQKKTKNKKKKNKKKKSPVPVETLKDVKKELTYQNT
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KB6 DLSEIKEEEQVKSTDRKSAVEAQNEVTENPKQKIAAESSENVDCPENPKIKLDGKLDQEG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS46 DLSEIKEEEQVKSTDRKSAVEAQNEVTENPKQKIAAESSENVDCPENPKIKLDGKLDQEG
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KB6 DDVQTAAEEVLADGDTLDFEDDTVQSSGPRAGGEELDEGVAKDNAKIDGATQSSPAEPKS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS46 DDVQTAAEEVLADGDTLDFEDDTVQSSGPRAGGEELDEGVAKDNAKIDGATQSSPAEPKS
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KB6 EDADRCTLPEHESPSQDISDACEAESTERCEMSEHPSQTVRKALDSNSLENDDLSAPGRE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS46 EDADRCTLPEHESPSQDISDACEAESTERCEMSEHPSQTVRKALDSNSLENDDLSAPGRE
730 740 750 760 770 780
790 800
pF1KB6 PGHFNPESREDTRGGNEKGKSKEDCTMS
::::::::::::::::::::::::::::
CCDS46 PGHFNPESREDTRGGNEKGKSKEDCTMS
790 800
>>CCDS2521.1 LRRFIP1 gene_id:9208|Hs108|chr2 (784 aa)
initn: 4229 init1: 4229 opt: 4242 Z-score: 2613.8 bits: 494.5 E(32554): 2.9e-139
Smith-Waterman score: 5001; 96.9% identity (97.0% similar) in 808 aa overlap (1-808:1-784)
10 20 30 40 50 60
pF1KB6 MTSPAAAQSREIDCLSPEAQKLAEARLAAKRAARAEAREIRMKELERQQKEEDSERYSRR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS25 MTSPAAAQSREIDCLSPEAQKLAEARLAAKRAARAEAREIRMKELERQQKEEDSERYSRR
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB6 SRRNTSASDEDERMSVGSRGSLRVEERPEKDFTEKGSRNMPGLSAATLASLGGTSSRRGS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS25 SRRNTSASDEDERMSVGSRGSLRVEERPEKDFTEKGSRNMPGLSAATLASLGGTSSRRGS
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB6 GDTSISIDTEASIREIKELNELKDQIQDVEGKYMQGLKEMKDSLAEVEEKYKKAMVSNAQ
::::::::::::::::: :::::::::::::::::::
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130 140 150
190 200 210 220 230 240
pF1KB6 LDNEKTNFMYQVDTLKDMLLELEEQLAESRRQYEEKNKEFEREKHAHSILQFQFAEVKEA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS25 LDNEKTNFMYQVDTLKDMLLELEEQLAESRRQYEEKNKEFEREKHAHSILQFQFAEVKEA
160 170 180 190 200 210
250 260 270 280 290 300
pF1KB6 LKQREEMLEKHGIILNSEIATNGETSDTLNNVGYQGPTKMTKEELNALKSTGDGTLGRAS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS25 LKQREEMLEKHGIILNSEIATNGETSDTLNNVGYQGPTKMTKEELNALKSTGDGTLGRAS
220 230 240 250 260 270
310 320 330 340 350 360
pF1KB6 EVEVKNEIVANVGKREILHNTEKEQHTEDTVKDCVDIEVFPAGENTEDQKSSEDTAPFLG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS25 EVEVKNEIVANVGKREILHNTEKEQHTEDTVKDCVDIEVFPAGENTEDQKSSEDTAPFLG
280 290 300 310 320 330
370 380 390 400 410 420
pF1KB6 TLAGATYEEQVQSQILESSSLPENTVQVESNEVMGAPDDRTRTPLEPSNCWSDLDGGNHT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS25 TLAGATYEEQVQSQILESSSLPENTVQVESNEVMGAPDDRTRTPLEPSNCWSDLDGGNHT
340 350 360 370 380 390
430 440 450 460 470 480
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS25 ENVGEAAVTQVEEQAGTVASCPLGHSDDTVYHDDKCMVEVPQELETSTGHSLEKEFTNQE
400 410 420 430 440 450
490 500 510 520 530 540
pF1KB6 AAEPKEVPAHSTEVGRDHNEEEGEETGLRDEKPIKTEVPGSPAGTEGNCQEATGPSTVDT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS25 AAEPKEVPAHSTEVGRDHNEEEGEETGLRDEKPIKTEVPGSPAGTEGNCQEATGPSTVDT
460 470 480 490 500 510
550 560 570 580 590 600
pF1KB6 QNEPLDMKEPDEEKSDQQGEAFDSSQKKTKNKKKKNKKKKSPVPVETLKDVKKELTYQNT
:::::::::::::::::::::.::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS25 QNEPLDMKEPDEEKSDQQGEALDSSQKKTKNKKKKNKKKKSPVPVETLKDVKKELTYQNT
520 530 540 550 560 570
610 620 630 640 650 660
pF1KB6 DLSEIKEEEQVKSTDRKSAVEAQNEVTENPKQKIAAESSENVDCPENPKIKLDGKLDQEG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS25 DLSEIKEEEQVKSTDRKSAVEAQNEVTENPKQKIAAESSENVDCPENPKIKLDGKLDQEG
580 590 600 610 620 630
670 680 690 700 710 720
pF1KB6 DDVQTAAEEVLADGDTLDFEDDTVQSSGPRAGGEELDEGVAKDNAKIDGATQSSPAEPKS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS25 DDVQTAAEEVLADGDTLDFEDDTVQSSGPRAGGEELDEGVAKDNAKIDGATQSSPAEPKS
640 650 660 670 680 690
730 740 750 760 770 780
pF1KB6 EDADRCTLPEHESPSQDISDACEAESTERCEMSEHPSQTVRKALDSNSLENDDLSAPGRE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS25 EDADRCTLPEHESPSQDISDACEAESTERCEMSEHPSQTVRKALDSNSLENDDLSAPGRE
700 710 720 730 740 750
790 800
pF1KB6 PGHFNPESREDTRGGNEKGKSKEDCTMS
::::::::::::::::::::::::::::
CCDS25 PGHFNPESREDTRGGNEKGKSKEDCTMS
760 770 780
>>CCDS46553.1 LRRFIP1 gene_id:9208|Hs108|chr2 (752 aa)
initn: 4529 init1: 4229 opt: 4229 Z-score: 2606.1 bits: 493.0 E(32554): 7.7e-139
Smith-Waterman score: 4725; 92.9% identity (93.1% similar) in 808 aa overlap (1-808:1-752)
10 20 30 40 50 60
pF1KB6 MTSPAAAQSREIDCLSPEAQKLAEARLAAKRAARAEAREIRMKELERQQKEEDSERYSRR
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS46 MTSPAAAQSREIDCLSPEAQKLAEARLAAKRAARAEAREIRMKELERQQKE---------
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KB6 SRRNTSASDEDERMSVGSRGSLRVEERPEKDFTEKGSRNMPGLSAATLASLGGTSSRRGS
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS46 -----------------------VEERPEKDFTEKGSRNMPGLSAATLASLGGTSSRRGS
60 70 80
130 140 150 160 170 180
pF1KB6 GDTSISIDTEASIREIKELNELKDQIQDVEGKYMQGLKEMKDSLAEVEEKYKKAMVSNAQ
::::::::::::::::: :::::::::::::::::::
CCDS46 GDTSISIDTEASIREIK------------------------DSLAEVEEKYKKAMVSNAQ
90 100 110 120
190 200 210 220 230 240
pF1KB6 LDNEKTNFMYQVDTLKDMLLELEEQLAESRRQYEEKNKEFEREKHAHSILQFQFAEVKEA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS46 LDNEKTNFMYQVDTLKDMLLELEEQLAESRRQYEEKNKEFEREKHAHSILQFQFAEVKEA
130 140 150 160 170 180
250 260 270 280 290 300
pF1KB6 LKQREEMLEKHGIILNSEIATNGETSDTLNNVGYQGPTKMTKEELNALKSTGDGTLGRAS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS46 LKQREEMLEKHGIILNSEIATNGETSDTLNNVGYQGPTKMTKEELNALKSTGDGTLGRAS
190 200 210 220 230 240
310 320 330 340 350 360
pF1KB6 EVEVKNEIVANVGKREILHNTEKEQHTEDTVKDCVDIEVFPAGENTEDQKSSEDTAPFLG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS46 EVEVKNEIVANVGKREILHNTEKEQHTEDTVKDCVDIEVFPAGENTEDQKSSEDTAPFLG
250 260 270 280 290 300
370 380 390 400 410 420
pF1KB6 TLAGATYEEQVQSQILESSSLPENTVQVESNEVMGAPDDRTRTPLEPSNCWSDLDGGNHT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS46 TLAGATYEEQVQSQILESSSLPENTVQVESNEVMGAPDDRTRTPLEPSNCWSDLDGGNHT
310 320 330 340 350 360
430 440 450 460 470 480
pF1KB6 ENVGEAAVTQVEEQAGTVASCPLGHSDDTVYHDDKCMVEVPQELETSTGHSLEKEFTNQE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS46 ENVGEAAVTQVEEQAGTVASCPLGHSDDTVYHDDKCMVEVPQELETSTGHSLEKEFTNQE
370 380 390 400 410 420
490 500 510 520 530 540
pF1KB6 AAEPKEVPAHSTEVGRDHNEEEGEETGLRDEKPIKTEVPGSPAGTEGNCQEATGPSTVDT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS46 AAEPKEVPAHSTEVGRDHNEEEGEETGLRDEKPIKTEVPGSPAGTEGNCQEATGPSTVDT
430 440 450 460 470 480
550 560 570 580 590 600
pF1KB6 QNEPLDMKEPDEEKSDQQGEAFDSSQKKTKNKKKKNKKKKSPVPVETLKDVKKELTYQNT
:::::::::::::::::::::.::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS46 QNEPLDMKEPDEEKSDQQGEALDSSQKKTKNKKKKNKKKKSPVPVETLKDVKKELTYQNT
490 500 510 520 530 540
610 620 630 640 650 660
pF1KB6 DLSEIKEEEQVKSTDRKSAVEAQNEVTENPKQKIAAESSENVDCPENPKIKLDGKLDQEG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS46 DLSEIKEEEQVKSTDRKSAVEAQNEVTENPKQKIAAESSENVDCPENPKIKLDGKLDQEG
550 560 570 580 590 600
670 680 690 700 710 720
pF1KB6 DDVQTAAEEVLADGDTLDFEDDTVQSSGPRAGGEELDEGVAKDNAKIDGATQSSPAEPKS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS46 DDVQTAAEEVLADGDTLDFEDDTVQSSGPRAGGEELDEGVAKDNAKIDGATQSSPAEPKS
610 620 630 640 650 660
730 740 750 760 770 780
pF1KB6 EDADRCTLPEHESPSQDISDACEAESTERCEMSEHPSQTVRKALDSNSLENDDLSAPGRE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS46 EDADRCTLPEHESPSQDISDACEAESTERCEMSEHPSQTVRKALDSNSLENDDLSAPGRE
670 680 690 700 710 720
790 800
pF1KB6 PGHFNPESREDTRGGNEKGKSKEDCTMS
::::::::::::::::::::::::::::
CCDS46 PGHFNPESREDTRGGNEKGKSKEDCTMS
730 740 750
>>CCDS46551.1 LRRFIP1 gene_id:9208|Hs108|chr2 (640 aa)
initn: 1392 init1: 1046 opt: 1084 Z-score: 682.0 bits: 136.7 E(32554): 1.2e-31
Smith-Waterman score: 1228; 57.3% identity (69.5% similar) in 417 aa overlap (47-389:176-591)
20 30 40 50 60 70
pF1KB6 PEAQKLAEARLAAKRAARAEAREIRMKELERQQKEEDSERYSRRSRRNTSASDEDERMSV
:. . :. :. : . .:.: . : :
CCDS46 SGRPSCLYSAARPSGSYRASVLDEGSFGGTRRGSTSGSRAPSEYSGHLNSSSRASSRAS-
150 160 170 180 190 200
80 90 100 110 120 130
pF1KB6 GSRGSLRVEERPEKDFTEKGSRNMPGLSAATLASLGGTSSRRGSGDTSISIDTEASIREI
..:.: :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS46 SARASPVVEERPEKDFTEKGSRNMPGLSAATLASLGGTSSRRGSGDTSISIDTEASIREI
210 220 230 240 250 260
140 150 160 170 180 190
pF1KB6 KELNELKDQIQDVEGKYMQGLKEMKDSLAEVEEKYKKAMVSNAQLDNEKTNFMYQVDTLK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS46 KELNELKDQIQDVEGKYMQGLKEMKDSLAEVEEKYKKAMVSNAQLDNEKTNFMYQVDTLK
270 280 290 300 310 320
200 210 220 230 240
pF1KB6 DMLLELEEQLAESRRQYEEKNKEFEREKHAHSILQFQFAEVKEALKQREEMLE-------
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS46 DMLLELEEQLAESRRQYEEKNKEFEREKHAHSILQFQFAEVKEALKQREEMLEEIRQLQQ
330 340 350 360 370 380
250
pF1KB6 -------------------------------------------------------KHGII
:::::
CCDS46 KQASSIREISDLQETIEWKDKKIGALERQKEFFDSVRSERDDLREEVVMLKEELKKHGII
390 400 410 420 430 440
260 270 280 290 300
pF1KB6 LNSEIATNGETSDTLNNVGYQGPTKMTKEELNALKSTGDGTLG---------RASEVEVK
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: : .:
CCDS46 LNSEIATNGETSDTLNNVGYQGPTKMTKEELNALKSTGDGTLDIRLKKLVDERECLLEQI
450 460 470 480 490 500
310 320 330 340 350 360
pF1KB6 NEIVANVGKREILHNTEKEQHTEDTVKDCVDIEVFPAGENTEDQKSSEDTAPFLGTLAGA
... ... .:. . . .. . .:.... .:..:. .... : :. . .
CCDS46 KKLKGQLEERQKIGKLDNLRSEDDVLENGTDMHVMDLQRDANRQISDLKFKLAKSEQEIT
510 520 530 540 550 560
370 380 390 400 410 420
pF1KB6 TYEEQV---QSQILESSSLPENTVQVESNEVMGAPDDRTRTPLEPSNCWSDLDGGNHTEN
. :..: .::. . .: ::. ..:
CCDS46 ALEQNVIRLESQVSRYKSAAENAEKIEDELKAEKRKLQRELRSALDKTEELEVSNGHLVK
570 580 590 600 610 620
>>CCDS46791.1 LRRFIP2 gene_id:9209|Hs108|chr3 (424 aa)
initn: 893 init1: 662 opt: 733 Z-score: 469.8 bits: 96.9 E(32554): 7.6e-20
Smith-Waterman score: 822; 41.5% identity (68.3% similar) in 410 aa overlap (1-389:1-375)
10 20 30 40 50
pF1KB6 MTSPAAAQSREI--DCLSPEAQKL------AEARLAAKRAARAEAREIRMKELERQQKEE
: .::....: : .: : . : ::::::::::::::::.:::.::::::::
CCDS46 MGTPASGRKRTPVKDRFSAEDEALSNIAREAEARLAAKRAARAEARDIRMRELERQQKEL
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KB6 DSERYSRRSRRNTSASDEDERMSVGSRGSLRVEERPEKDFTEKGSRNMPGLSAATLASLG
: . ::.. ...:. .::: ::.. . :.
CCDS46 DEK------------SDKQY----------------AENYTRPSSRN----SASATTPLS
70 80
120 130 140 150 160 170
pF1KB6 GTSSRRGSGDTSISIDTEASIREIKELNELKDQIQDVEGKYMQGLKEMKDSLAEVEEKYK
:.:::::::::: :: ..:. :.... .::::::::::.:::::::.:.::.:::::::
CCDS46 GNSSRRGSGDTSSLIDPDTSLSELRDIYDLKDQIQDVEGRYMQGLKELKESLSEVEEKYK
90 100 110 120 130 140
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:. .... . . :. : : :... ..:.:. .. ::. .::
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]