Result of FASTA (ccds) for
pFN21AB6280
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB6280, 781 aa
1>>>pF1KB6280 781 - 781 aa - 781 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 7.1915+/-0.00111; mu= 14.2603+/- 0.068
mean_var=203.0183+/-42.185, 0's: 0 Z-trim(109.6): 53 B-trim: 0 in 0/50
Lambda= 0.090013
statistics sampled from 10954 (10982) to 10954 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.674), E-opt: 0.2 (0.337), width: 16
Scan time: 3.670
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS9749.2 SIX4 gene_id:51804|Hs108|chr14 ( 781) 4994 662.1 9.8e-190
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CCDS9748.1 SIX1 gene_id:6495|Hs108|chr14 ( 284) 916 132.0 1.3e-30
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CCDS1821.1 SIX3 gene_id:6496|Hs108|chr2 ( 332) 751 110.6 4.2e-24
>>CCDS9749.2 SIX4 gene_id:51804|Hs108|chr14 (781 aa)
initn: 4994 init1: 4994 opt: 4994 Z-score: 3519.8 bits: 662.1 E(32554): 9.8e-190
Smith-Waterman score: 4994; 99.9% identity (99.9% similar) in 781 aa overlap (1-781:1-781)
10 20 30 40 50 60
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CCDS97 AAARVSGEEGAVAAAAAGAAADQVQLHSELLGRHHHAAAAAAQTPLAFSPDHVACVCEAL
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130 140 150 160 170 180
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS97 QQGGNLDRLARFLWSLPQSDLLRGNESLLKARALVAFHQGIYPELYSILESHSFESANHP
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS97 LLQQLWYKARYTEAERARGRPLGAVDKYRLRRKFPLPRTIWDGEETVYCFKEKSRNALKE
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS97 LYKQNRYPSPAEKRHLAKITGLSLTQVSNWFKNRRQRDRNPSETQSKSESDGNPSTEDES
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310 320 330 340 350 360
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS97 SKGHEDLSPHPLSSSSDGITNLSLSSHMEPVYMQQIGNAKISLSSSGVLLNGSLVPASTS
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS97 PVFLNGNSFIQGPSGVILNGLNVGNTQAVALNPPKMSSNIVSNGISMTDILGSTSQDVKE
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS97 FKVLQSSANSATTTSYSPSVPVSFPGLIPSTEVKREGIQTVASQDGGSVVTFTTPVQINQ
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pF1KB6 YGIVQIPNSGANSQFLNGSIGFSPLQLPPVSVAASQGNISVSSSTSDGSTFTSESTTVQQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS97 YGIVQIPNSGANSQFLNGSIGFSPLQLPPVSVAASQGNISVSSSTSDGSTFTSESTTVQQ
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pF1KB6 GKVFLSSLAPSAVVYTVPNTGQTIGSVKQEGLERSLVFSQLMPVNQNAQVNANLSSENIS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS97 GKVFLSSLAPSAVVYTVPNTGQTIGSVKQEGLERSLVFSQLMPVNQNAQVNANLSSENIS
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KB6 GSGLPPLASSLVNVSPTHNFSLSPSTLLNPTELNRDIADSQPMSAPVASKSTVTSVSNTN
:::: :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS97 GSGLHPLASSLVNVSPTHNFSLSPSTLLNPTELNRDIADSQPMSAPVASKSTVTSVSNTN
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KB6 YATLQNCSLITGQDLLSVPMTQAALGEIVPTAEDQVGHPSPAVHQDFVQEHRLVLQSVAN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS97 YATLQNCSLITGQDLLSVPMTQAALGEIVPTAEDQVGHPSPAVHQDFVQEHRLVLQSVAN
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730 740 750 760 770 780
pF1KB6 MKENFLSNSESKATSSLMMLDSKSKYVLDGMVDTVCEDLETDKKELAKLQTVQLDEDMQD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS97 MKENFLSNSESKATSSLMMLDSKSKYVLDGMVDTVCEDLETDKKELAKLQTVQLDEDMQD
730 740 750 760 770 780
pF1KB6 L
:
CCDS97 L
>>CCDS12673.1 SIX5 gene_id:147912|Hs108|chr19 (739 aa)
initn: 907 init1: 853 opt: 1066 Z-score: 763.3 bits: 152.0 E(32554): 3.4e-36
Smith-Waterman score: 1104; 36.8% identity (59.9% similar) in 715 aa overlap (36-701:10-690)
10 20 30 40 50 60
pF1KB6 PTGQIASAADIKQENGMESASEGQEAHREVAGGAAVGLSPPAPAPFPLEPGDAATAAARV
:: :: : . : : : .: .
CCDS12 MATLPAEPSAGPAAGGEAVAAAAATEEEEEEARQLLQTL
10 20 30
70 80 90 100 110 120
pF1KB6 SGEEGAVAAAAAGAAADQVQLHSELLGR-----HHHAAAAAAQTPLAFSPDHVACVCEAL
.. :: :::::::.: . .: : ::. : : :::..::::::::
CCDS12 QAAEGE-AAAAAGAGAGAAAAGAEGPGSPGVPGSPPEAASEPPTGLRFSPEQVACVCEAL
40 50 60 70 80 90
130 140 150 160 170 180
pF1KB6 QQGGNLDRLARFLWSLPQSDLLRGNESLLKARALVAFHQGIYPELYSILESHSFESANHP
:.:. ::.::: .:: .. :::.. .:.:::::::..: : ::: .:::. : .:.:
CCDS12 LQAGHAGRLSRFLGALPPAERLRGSDPVLRARALVAFQRGEYAELYRLLESRPFPAAHHA
100 110 120 130 140 150
190 200 210 220 230 240
pF1KB6 LLQQLWYKARYTEAERARGRPLGAVDKYRLRRKFPLPRTIWDGEETVYCFKEKSRNALKE
.::.:. .::: :::::::: ::::::::::.:::::.::::::::::::::.:: :::
CCDS12 FLQDLYLRARYHEAERARGRALGAVDKYRLRKKFPLPKTIWDGEETVYCFKERSRAALKA
160 170 180 190 200 210
250 260 270 280 290
pF1KB6 LYKQNRYPSPAEKRHLAKITGLSLTQVSNWFKNRRQRDRNPSE--TQSKSESDGNPSTED
:. ::::.: :::.:: .::::::::::::::::::::. . . ::::::::.:::
CCDS12 CYRGNRYPTPDEKRRLATLTGLSLTQVSNWFKNRRQRDRTGAGGGAPCKSESDGNPTTED
220 230 240 250 260 270
300 310 320 330 340 350
pF1KB6 ESSKGHEDLSPHPLSSSSDGITNLSLSSHMEPVYMQQIGNAKISLSSSGVLLNGSLVPAS
:::.. ::: :... .. : ... : .::..:.:::.. ::
CCDS12 ESSRSPEDLERGAAPVSAEAAAQGS-------IFLAGTGPPAPCPASSSILVNGSFLAAS
280 290 300 310 320 330
360 370 380 390 400
pF1KB6 TSP-VFLNGNSFIQGPSGVILNGLNVGNTQAVAL--------NPPKMSSNIVSNGISMTD
:: :.::: :: ::.::: .:...... :: . : .. . .
CCDS12 GSPAVLLNG-----GP--VIINGLALGEASSLGPLLLTGGGGAPPPQPSPQGASETKTSL
340 350 360 370 380
410 420 430 440 450
pF1KB6 ILGSTSQDVKEFKVLQSSA---NSATTTSYSPSV------PVS--FPGLIPSTEVKREGI
.: . .:. .. :: : ..: ... .:.. :.. :: :.. .
CCDS12 VLDPQTGEVR-LEEAQSEAPETKGAQVAAPGPALGEEVLGPLAQVVPG-PPTAATFPLPP
390 400 410 420 430 440
460 470 480 490 500
pF1KB6 QTVASQDGGSVVTFTTP----VQINQYG-IVQIPNSGANSQFLNGSIGFSPLQL----P-
: . . .:: .. : . .. . ....:. .:: .. . .:::: :
CCDS12 GPVPAVAAPQVVPLSPPPGYPTGLSPTSPLLNLPQVVPTSQVVTLPQAVGPLQLLAAGPG
450 460 470 480 490 500
510 520 530 540 550 560
pF1KB6 -PVSVAASQGNISVSSSTSDGSTFTSESTTVQQGKVFLSSLAPSAVVYTVPNTGQTI--G
::.:::. : .: .: .. :..: . :. ::. . . : .:. : :
CCDS12 SPVKVAAAAGPANVHLINSGVGV-----TALQ----LPSATAPGNFLLANPVSGSPIVTG
510 520 530 540 550
570 580 590 600 610 620
pF1KB6 SVKQEGLERSLVFSQLMPVNQNAQVNANLSSENISGSGLPPLASSLVNVSPTHNFSLSPS
. :.: ..... .:... :. : : .:: . ..: : .. ..::
CCDS12 VALQQG---KIILTATFPTSM--LVSQVLPPA--PGLALPLKPETAISV-PEGGLPVAPS
560 570 580 590 600
630 640 650 660 670 680
pF1KB6 TLLNPTELNRDIADSQPMSAPVASKSTVTSVSNTNYATLQNCSLITGQDLL----SVPMT
: .. .. .:: : ....:: : . . : : . :. .::.
CCDS12 PALPEAHALGTLSAQQPPPAAATTSSTSLPFSPDSPGLLPNFPAPPPEGLMLSPAAVPVW
610 620 630 640 650 660
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pF1KB6 QAAL----G-EIVPTAEDQVGHPSPAVHQDFVQEHRLVLQSVANMKENFLSNSESKATSS
.:.: : : . :: .: .:
CCDS12 SAGLELSAGTEGLLEAEKGLGTQAPHTVLRLPDPDPEGLLLGATAGGEVDEGLEAEAKVL
670 680 690 700 710 720
>>CCDS9748.1 SIX1 gene_id:6495|Hs108|chr14 (284 aa)
initn: 920 init1: 891 opt: 916 Z-score: 662.8 bits: 132.0 E(32554): 1.3e-30
Smith-Waterman score: 916; 59.7% identity (79.4% similar) in 243 aa overlap (106-342:7-244)
80 90 100 110 120 130
pF1KB6 AAGAAADQVQLHSELLGRHHHAAAAAAQTPLAFSPDHVACVCEALQQGGNLDRLARFLWS
..:. ..::::::.:::::::.::.:::::
CCDS97 MSMLPSFGFTQEQVACVCEVLQQGGNLERLGRFLWS
10 20 30
140 150 160 170 180 190
pF1KB6 LPQSDLLRGNESLLKARALVAFHQGIYPELYSILESHSFESANHPLLQQLWYKARYTEAE
:: : :. :::.:::.:.::::.: . :::.:::::.: ::: ::::: ::.:.:::
CCDS97 LPACDHLHKNESVLKAKAVVAFHRGNFRELYKILESHQFSPHNHPKLQQLWLKAHYVEAE
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200 210 220 230 240 250
pF1KB6 RARGRPLGAVDKYRLRRKFPLPRTIWDGEETVYCFKEKSRNALKELYKQNRYPSPAEKRH
. :::::::: :::.:::::::::::::::: ::::::::..:.: : .: :::: :::.
CCDS97 KLRGRPLGAVGKYRVRRKFPLPRTIWDGEETSYCFKEKSRGVLREWYAHNPYPSPREKRE
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pF1KB6 LAKITGLSLTQVSNWFKNRRQRDRNPSETQSKSESDGNPSTEDESSKGHEDLSP----HP
::. :::. ::::::::::::::: .:.. . ....: : ::. ...::: .:
CCDS97 LAEATGLTTTQVSNWFKNRRQRDRA-AEAKERENTENNNS----SSNKQNQLSPLEGGKP
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320 330 340 350 360
pF1KB6 LSSSSDGITNLSLSSHMEPVYMQQ--IGNAKISLSSSGVLLNGSLVPASTSPVFLNGNSF
: :::. . : .. : . : .:.:. :
CCDS97 LMSSSEEEFSPPQSPDQNSVLLLQGNMGHARSSNYSLPGLTASQPSHGLQTHQHQLQDSL
220 230 240 250 260 270
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pF1KB6 IQGPSGVILNGLNVGNTQAVALNPPKMSSNIVSNGISMTDILGSTSQDVKEFKVLQSSAN
CCDS97 LGPLTSSLVDLGS
280
>>CCDS1822.1 SIX2 gene_id:10736|Hs108|chr2 (291 aa)
initn: 890 init1: 863 opt: 869 Z-score: 629.7 bits: 125.9 E(32554): 9.4e-29
Smith-Waterman score: 874; 50.0% identity (70.5% similar) in 302 aa overlap (106-404:7-290)
80 90 100 110 120 130
pF1KB6 AAGAAADQVQLHSELLGRHHHAAAAAAQTPLAFSPDHVACVCEALQQGGNLDRLARFLWS
..:. ..::::::.::::::..::.:::::
CCDS18 MSMLPTFGFTQEQVACVCEVLQQGGNIERLGRFLWS
10 20 30
140 150 160 170 180 190
pF1KB6 LPQSDLLRGNESLLKARALVAFHQGIYPELYSILESHSFESANHPLLQQLWYKARYTEAE
:: . :. :::.:::.:.::::.: . :::.:::::.: :: ::::: ::.: :::
CCDS18 LPACEHLHKNESVLKAKAVVAFHRGNFRELYKILESHQFSPHNHAKLQQLWLKAHYIEAE
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pF1KB6 RARGRPLGAVDKYRLRRKFPLPRTIWDGEETVYCFKEKSRNALKELYKQNRYPSPAEKRH
. :::::::: :::.::::::::.::::::: ::::::::..:.: : .: :::: :::.
CCDS18 KLRGRPLGAVGKYRVRRKFPLPRSIWDGEETSYCFKEKSRSVLREWYAHNPYPSPREKRE
100 110 120 130 140 150
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pF1KB6 LAKITGLSLTQVSNWFKNRRQRDRNPSETQSKSESDGNPSTEDE-SSKGHEDLSPHPLSS
::. :::. ::::::::::::::: . ... ..: .... ...:. :. .
CCDS18 LAEATGLTTTQVSNWFKNRRQRDRAAEAKERENNENSNSNSHNPLNGSGKSVLGSSEDEK
160 170 180 190 200 210
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pF1KB6 SSDGITNLSLSSHMEPVYMQQIGNAKI-SLSSSGVLLNGSLVPASTSPVFLNGNS-FIQG
. .: . : :: :. . . . :: : : . : ::. :: .:.. .:
CCDS18 TPSGTPDHSSSS---PALLLSPPPPGLPSLHSLGHPPGPSAVPV---PVPGGGGADPLQH
220 230 240 250 260 270
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pF1KB6 PSGVILNGLNVGNTQAVALNPPKMSSNIVSNGISMTDILGSTSQDVKEFKVLQSSANSAT
:. : ::: ::.:.:. :
CCDS18 HHGL----------QDSILNP--MSANLVDLGS
280 290
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pF1KB6 TTSYSPSVPVSFPGLIPSTEVKREGIQTVASQDGGSVVTFTTPVQINQYGIVQIPNSGAN
>>CCDS9747.1 SIX6 gene_id:4990|Hs108|chr14 (246 aa)
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Smith-Waterman score: 768; 51.1% identity (74.3% similar) in 237 aa overlap (103-326:3-239)
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pF1KB6 AAAAAGAAADQVQLHSELLGRHHHAAAAAAQTP-LAFSPDHVACVCEALQQGGNLDRLAR
: : : :::..:: :::.:...:...::.:
CCDS97 MFQLPILNFSPQQVAGVCETLEESGDVERLGR
10 20 30
140 150 160 170 180
pF1KB6 FLWSLPQS----DLLRGNESLLKARALVAFHQGIYPELYSILESHSFESANHPLLQQLWY
:::::: . . : :::.:.:::.:::: : : ::: :::.:.: . .: :: ::
CCDS97 FLWSLPVAPAACEALNKNESVLRARAIVAFHGGNYRELYHILENHKFTKESHAKLQALWL
40 50 60 70 80 90
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pF1KB6 KARYTEAERARGRPLGAVDKYRLRRKFPLPRTIWDGEETVYCFKEKSRNALKELYKQNRY
.:.: :::. :::::: :::::.:.::::::::::::. ..::::..:. :.: : :. :
CCDS97 EAHYQEAEKLRGRPLGPVDKYRVRKKFPLPRTIWDGEQKTHCFKERTRHLLREWYLQDPY
100 110 120 130 140 150
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pF1KB6 PSPAEKRHLAKITGLSLTQVSNWFKNRRQRDRNPS---ETQSKSESDGNPSTEDESSKGH
:.:..::.::. :::. :::.::::::::::: . . :.. :.:. . . :
CCDS97 PNPSKKRELAQATGLTPTQVGNWFKNRRQRDRAAAAKNRLQQQVLSQGSGRALRAEGDGT
160 170 180 190 200 210
310 320 330 340 350
pF1KB6 EDL-----SPHPLSSSSDGITNLSLSSHMEPVYMQQIGNAKISLSSSGVLLNGSLVPAST
.. :: ::. . . .:..:
CCDS97 PEVLGVATSPAASLSSKAATSAISITSSDSECDI
220 230 240
>>CCDS1821.1 SIX3 gene_id:6496|Hs108|chr2 (332 aa)
initn: 793 init1: 613 opt: 751 Z-score: 546.2 bits: 110.6 E(32554): 4.2e-24
Smith-Waterman score: 756; 44.7% identity (68.3% similar) in 293 aa overlap (56-326:42-325)
30 40 50 60 70 80
pF1KB6 SEGQEAHREVAGGAAVGLSPPAPAPFPLEPGDAATAAARVSGEEGAVAAAAAGAAADQVQ
: :. ... .: :. :..:.:... .
CCDS18 SHFLLPNFADSHHRSILLASSGGGNGAGGGGGAGGGSGGGNGAGGGGAGGAGGGGGGGSR
20 30 40 50 60 70
90 100 110 120 130 140
pF1KB6 LHSELLGRHHHAAAAAAQTP-LAFSPDHVACVCEALQQGGNLDRLARFLWSLPQS----D
: :. : : : :::..:: :::.:.. :...::.::::::: . .
CCDS18 APPEELSMF--------QLPTLNFSPEQVASVCETLEETGDIERLGRFLWSLPVAPGACE
80 90 100 110 120
150 160 170 180 190 200
pF1KB6 LLRGNESLLKARALVAFHQGIYPELYSILESHSFESANHPLLQQLWYKARYTEAERARGR
. .::.:.:::.:::: : . .:: :::.:.: . .: :: .: .:.: :::. :::
CCDS18 AINKHESILRARAVVAFHTGNFRDLYHILENHKFTKESHGKLQAMWLEAHYQEAEKLRGR
130 140 150 160 170 180
210 220 230 240 250 260
pF1KB6 PLGAVDKYRLRRKFPLPRTIWDGEETVYCFKEKSRNALKELYKQNRYPSPAEKRHLAKIT
::: :::::.:.::::::::::::. ..::::..:. :.: : :. ::.:..::.::. :
CCDS18 PLGPVDKYRVRKKFPLPRTIWDGEQKTHCFKERTRSLLREWYLQDPYPNPSKKRELAQAT
190 200 210 220 230 240
270 280 290 300
pF1KB6 GLSLTQVSNWFKNRRQRDR-------------NPSETQSKSESDGNP---STEDESSKGH
::. :::.::::::::::: .:: .: .: : : :.:. :. .
CCDS18 GLTPTQVGNWFKNRRQRDRAAAAKNRLQHQAIGPSGMRSLAEP-GCPTHGSAESPSTAAS
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB6 EDLSPHPLSSSSD-GITNLSLSSHMEPVYMQQIGNAKISLSSSGVLLNGSLVPASTSPVF
: :. .: : . ::..:
CCDS18 PTTSVSSLTERADTGTSILSVTSSDSECDV
310 320 330
781 residues in 1 query sequences
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