Result of FASTA (omim) for
pFN21AB6233
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB6233, 748 aa
1>>>pF1KB6233 748 - 748 aa - 748 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.4167+/-0.00048; mu= 15.2020+/- 0.030
mean_var=110.8783+/-22.347, 0's: 0 Z-trim(110.8): 84 B-trim: 0 in 0/51
Lambda= 0.121801
statistics sampled from 19195 (19273) to 19195 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.592), E-opt: 0.2 (0.226), width: 16
Scan time: 8.870
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_003142 (OMIM: 600558,612253) signal transducer ( 748) 4944 880.7 0
XP_006712782 (OMIM: 600558,612253) PREDICTED: sign ( 748) 4944 880.7 0
XP_011510007 (OMIM: 600558,612253) PREDICTED: sign ( 748) 4944 880.7 0
NP_001230764 (OMIM: 600558,612253) signal transduc ( 748) 4944 880.7 0
XP_016860273 (OMIM: 600558,612253) PREDICTED: sign ( 500) 3121 560.2 7.2e-159
NP_009330 (OMIM: 600555,613796,614162,614892) sign ( 750) 2569 463.4 1.6e-129
XP_006712781 (OMIM: 600555,613796,614162,614892) P ( 750) 2569 463.4 1.6e-129
XP_016860272 (OMIM: 600555,613796,614162,614892) P ( 752) 2569 463.4 1.6e-129
NP_644671 (OMIM: 600555,613796,614162,614892) sign ( 712) 2536 457.6 8.3e-128
XP_016880464 (OMIM: 102582,147060,615952) PREDICTE ( 769) 2360 426.7 1.8e-118
XP_005257673 (OMIM: 102582,147060,615952) PREDICTE ( 769) 2360 426.7 1.8e-118
NP_003141 (OMIM: 102582,147060,615952) signal tran ( 769) 2360 426.7 1.8e-118
NP_644805 (OMIM: 102582,147060,615952) signal tran ( 770) 2354 425.6 3.7e-118
XP_005257674 (OMIM: 102582,147060,615952) PREDICTE ( 770) 2354 425.6 3.7e-118
XP_011523447 (OMIM: 102582,147060,615952) PREDICTE ( 770) 2354 425.6 3.7e-118
XP_016880463 (OMIM: 102582,147060,615952) PREDICTE ( 721) 2347 424.3 8.3e-118
XP_016880465 (OMIM: 102582,147060,615952) PREDICTE ( 721) 2347 424.3 8.3e-118
XP_016880462 (OMIM: 102582,147060,615952) PREDICTE ( 721) 2347 424.3 8.3e-118
NP_998827 (OMIM: 102582,147060,615952) signal tran ( 722) 2342 423.5 1.5e-117
XP_011523448 (OMIM: 102582,147060,615952) PREDICTE ( 722) 2342 423.5 1.5e-117
XP_016880461 (OMIM: 102582,147060,615952) PREDICTE ( 722) 2342 423.5 1.5e-117
NP_005410 (OMIM: 600556,616636) signal transducer ( 851) 1767 322.5 4.6e-87
NP_938146 (OMIM: 600556,616636) signal transducer ( 847) 1755 320.4 2e-86
XP_016875393 (OMIM: 600556,616636) PREDICTED: sign ( 607) 1277 236.3 2.9e-61
XP_011537001 (OMIM: 600556,616636) PREDICTED: sign ( 592) 1019 190.9 1.3e-47
XP_011537000 (OMIM: 600556,616636) PREDICTED: sign ( 855) 975 183.3 3.6e-45
XP_005269168 (OMIM: 600556,616636) PREDICTED: sign ( 464) 894 168.9 4.3e-41
XP_011536999 (OMIM: 600556,616636) PREDICTED: sign ( 859) 856 162.4 7.1e-39
XP_016880466 (OMIM: 245590,604260) PREDICTED: sign ( 693) 775 148.1 1.2e-34
NP_036580 (OMIM: 245590,604260) signal transducer ( 787) 775 148.1 1.3e-34
NP_001275648 (OMIM: 601511) signal transducer and ( 764) 766 146.5 3.7e-34
NP_001275647 (OMIM: 601511) signal transducer and ( 794) 766 146.6 3.8e-34
NP_003143 (OMIM: 601511) signal transducer and act ( 794) 766 146.6 3.8e-34
XP_011537002 (OMIM: 600556,616636) PREDICTED: sign ( 615) 758 145.1 8.4e-34
XP_005257681 (OMIM: 601511) PREDICTED: signal tran ( 761) 745 142.9 4.8e-33
NP_001171552 (OMIM: 601512) signal transducer and ( 737) 563 110.9 2e-23
NP_001171551 (OMIM: 601512) signal transducer and ( 737) 563 110.9 2e-23
NP_001171549 (OMIM: 601512) signal transducer and ( 847) 563 110.9 2.2e-23
XP_006719638 (OMIM: 601512) PREDICTED: signal tran ( 847) 563 110.9 2.2e-23
NP_001171550 (OMIM: 601512) signal transducer and ( 847) 563 110.9 2.2e-23
NP_003144 (OMIM: 601512) signal transducer and act ( 847) 563 110.9 2.2e-23
NP_001275649 (OMIM: 601511) signal transducer and ( 763) 429 87.3 2.5e-16
XP_011537011 (OMIM: 601512) PREDICTED: signal tran ( 755) 316 67.5 2.4e-10
XP_011537010 (OMIM: 601512) PREDICTED: signal tran ( 755) 316 67.5 2.4e-10
XP_011537005 (OMIM: 601512) PREDICTED: signal tran ( 865) 316 67.5 2.6e-10
XP_011537006 (OMIM: 601512) PREDICTED: signal tran ( 865) 316 67.5 2.6e-10
XP_011537007 (OMIM: 601512) PREDICTED: signal tran ( 865) 316 67.5 2.6e-10
XP_011537009 (OMIM: 601512) PREDICTED: signal tran ( 865) 316 67.5 2.6e-10
XP_011537008 (OMIM: 601512) PREDICTED: signal tran ( 865) 316 67.5 2.6e-10
XP_005257683 (OMIM: 245590,604260) PREDICTED: sign ( 497) 297 64.0 1.7e-09
>>NP_003142 (OMIM: 600558,612253) signal transducer and (748 aa)
initn: 4944 init1: 4944 opt: 4944 Z-score: 4702.0 bits: 880.7 E(85289): 0
Smith-Waterman score: 4944; 100.0% identity (100.0% similar) in 748 aa overlap (1-748:1-748)
10 20 30 40 50 60
pF1KB6 MSQWNQVQQLEIKFLEQVDQFYDDNFPMEIRHLLAQWIENQDWEAASNNETMATILLQNL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 MSQWNQVQQLEIKFLEQVDQFYDDNFPMEIRHLLAQWIENQDWEAASNNETMATILLQNL
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB6 LIQLDEQLGRVSKEKNLLLIHNLKRIRKVLQGKFHGNPMHVAVVISNCLREERRILAAAN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 LIQLDEQLGRVSKEKNLLLIHNLKRIRKVLQGKFHGNPMHVAVVISNCLREERRILAAAN
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB6 MPVQGPLEKSLQSSSVSERQRNVEHKVAAIKNSVQMTEQDTKYLEDLQDEFDYRYKTIQT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 MPVQGPLEKSLQSSSVSERQRNVEHKVAAIKNSVQMTEQDTKYLEDLQDEFDYRYKTIQT
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB6 MDQSDKNSAMVNQEVLTLQEMLNSLDFKRKEALSKMTQIIHETDLLMNTMLIEELQDWKR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 MDQSDKNSAMVNQEVLTLQEMLNSLDFKRKEALSKMTQIIHETDLLMNTMLIEELQDWKR
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB6 RQQIACIGGPLHNGLDQLQNCFTLLAESLFQLRRQLEKLEEQSTKMTYEGDPIPMQRTHM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 RQQIACIGGPLHNGLDQLQNCFTLLAESLFQLRRQLEKLEEQSTKMTYEGDPIPMQRTHM
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB6 LERVTFLIYNLFKNSFVVERQPCMPTHPQRPLVLKTLIQFTVKLRLLIKLPELNYQVKVK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 LERVTFLIYNLFKNSFVVERQPCMPTHPQRPLVLKTLIQFTVKLRLLIKLPELNYQVKVK
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB6 ASIDKNVSTLSNRRFVLCGTNVKAMSIEESSNGSLSVEFRHLQPKEMKSSAGGKGNEGCH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 ASIDKNVSTLSNRRFVLCGTNVKAMSIEESSNGSLSVEFRHLQPKEMKSSAGGKGNEGCH
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB6 MVTEELHSITFETQICLYGLTIDLETSSLPVVMISNVSQLPNAWASIIWYNVSTNDSQNL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 MVTEELHSITFETQICLYGLTIDLETSSLPVVMISNVSQLPNAWASIIWYNVSTNDSQNL
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KB6 VFFNNPPPATLSQLLEVMSWQFSSYVGRGLNSDQLHMLAEKLTVQSSYSDGHLTWAKFCK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 VFFNNPPPATLSQLLEVMSWQFSSYVGRGLNSDQLHMLAEKLTVQSSYSDGHLTWAKFCK
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KB6 EHLPGKSFTFWTWLEAILDLIKKHILPLWIDGYVMGFVSKEKERLLLKDKMPGTFLLRFS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 EHLPGKSFTFWTWLEAILDLIKKHILPLWIDGYVMGFVSKEKERLLLKDKMPGTFLLRFS
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KB6 ESHLGGITFTWVDHSESGEVRFHSVEPYNKGRLSALPFADILRDYKVIMAENIPENPLKY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 ESHLGGITFTWVDHSESGEVRFHSVEPYNKGRLSALPFADILRDYKVIMAENIPENPLKY
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KB6 LYPDIPKDKAFGKHYSSQPCEVSRPTERGDKGYVPSVFIPISTIRSDSTEPHSPSDLLPM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 LYPDIPKDKAFGKHYSSQPCEVSRPTERGDKGYVPSVFIPISTIRSDSTEPHSPSDLLPM
670 680 690 700 710 720
730 740
pF1KB6 SPSVYAVLRENLSPTTIETAMKSPYSAE
::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 SPSVYAVLRENLSPTTIETAMKSPYSAE
730 740
>>XP_006712782 (OMIM: 600558,612253) PREDICTED: signal t (748 aa)
initn: 4944 init1: 4944 opt: 4944 Z-score: 4702.0 bits: 880.7 E(85289): 0
Smith-Waterman score: 4944; 100.0% identity (100.0% similar) in 748 aa overlap (1-748:1-748)
10 20 30 40 50 60
pF1KB6 MSQWNQVQQLEIKFLEQVDQFYDDNFPMEIRHLLAQWIENQDWEAASNNETMATILLQNL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_006 MSQWNQVQQLEIKFLEQVDQFYDDNFPMEIRHLLAQWIENQDWEAASNNETMATILLQNL
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB6 LIQLDEQLGRVSKEKNLLLIHNLKRIRKVLQGKFHGNPMHVAVVISNCLREERRILAAAN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_006 LIQLDEQLGRVSKEKNLLLIHNLKRIRKVLQGKFHGNPMHVAVVISNCLREERRILAAAN
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB6 MPVQGPLEKSLQSSSVSERQRNVEHKVAAIKNSVQMTEQDTKYLEDLQDEFDYRYKTIQT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_006 MPVQGPLEKSLQSSSVSERQRNVEHKVAAIKNSVQMTEQDTKYLEDLQDEFDYRYKTIQT
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB6 MDQSDKNSAMVNQEVLTLQEMLNSLDFKRKEALSKMTQIIHETDLLMNTMLIEELQDWKR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_006 MDQSDKNSAMVNQEVLTLQEMLNSLDFKRKEALSKMTQIIHETDLLMNTMLIEELQDWKR
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB6 RQQIACIGGPLHNGLDQLQNCFTLLAESLFQLRRQLEKLEEQSTKMTYEGDPIPMQRTHM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_006 RQQIACIGGPLHNGLDQLQNCFTLLAESLFQLRRQLEKLEEQSTKMTYEGDPIPMQRTHM
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB6 LERVTFLIYNLFKNSFVVERQPCMPTHPQRPLVLKTLIQFTVKLRLLIKLPELNYQVKVK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_006 LERVTFLIYNLFKNSFVVERQPCMPTHPQRPLVLKTLIQFTVKLRLLIKLPELNYQVKVK
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB6 ASIDKNVSTLSNRRFVLCGTNVKAMSIEESSNGSLSVEFRHLQPKEMKSSAGGKGNEGCH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_006 ASIDKNVSTLSNRRFVLCGTNVKAMSIEESSNGSLSVEFRHLQPKEMKSSAGGKGNEGCH
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB6 MVTEELHSITFETQICLYGLTIDLETSSLPVVMISNVSQLPNAWASIIWYNVSTNDSQNL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_006 MVTEELHSITFETQICLYGLTIDLETSSLPVVMISNVSQLPNAWASIIWYNVSTNDSQNL
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KB6 VFFNNPPPATLSQLLEVMSWQFSSYVGRGLNSDQLHMLAEKLTVQSSYSDGHLTWAKFCK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_006 VFFNNPPPATLSQLLEVMSWQFSSYVGRGLNSDQLHMLAEKLTVQSSYSDGHLTWAKFCK
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KB6 EHLPGKSFTFWTWLEAILDLIKKHILPLWIDGYVMGFVSKEKERLLLKDKMPGTFLLRFS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_006 EHLPGKSFTFWTWLEAILDLIKKHILPLWIDGYVMGFVSKEKERLLLKDKMPGTFLLRFS
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KB6 ESHLGGITFTWVDHSESGEVRFHSVEPYNKGRLSALPFADILRDYKVIMAENIPENPLKY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_006 ESHLGGITFTWVDHSESGEVRFHSVEPYNKGRLSALPFADILRDYKVIMAENIPENPLKY
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KB6 LYPDIPKDKAFGKHYSSQPCEVSRPTERGDKGYVPSVFIPISTIRSDSTEPHSPSDLLPM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_006 LYPDIPKDKAFGKHYSSQPCEVSRPTERGDKGYVPSVFIPISTIRSDSTEPHSPSDLLPM
670 680 690 700 710 720
730 740
pF1KB6 SPSVYAVLRENLSPTTIETAMKSPYSAE
::::::::::::::::::::::::::::
XP_006 SPSVYAVLRENLSPTTIETAMKSPYSAE
730 740
>>XP_011510007 (OMIM: 600558,612253) PREDICTED: signal t (748 aa)
initn: 4944 init1: 4944 opt: 4944 Z-score: 4702.0 bits: 880.7 E(85289): 0
Smith-Waterman score: 4944; 100.0% identity (100.0% similar) in 748 aa overlap (1-748:1-748)
10 20 30 40 50 60
pF1KB6 MSQWNQVQQLEIKFLEQVDQFYDDNFPMEIRHLLAQWIENQDWEAASNNETMATILLQNL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 MSQWNQVQQLEIKFLEQVDQFYDDNFPMEIRHLLAQWIENQDWEAASNNETMATILLQNL
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB6 LIQLDEQLGRVSKEKNLLLIHNLKRIRKVLQGKFHGNPMHVAVVISNCLREERRILAAAN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 LIQLDEQLGRVSKEKNLLLIHNLKRIRKVLQGKFHGNPMHVAVVISNCLREERRILAAAN
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB6 MPVQGPLEKSLQSSSVSERQRNVEHKVAAIKNSVQMTEQDTKYLEDLQDEFDYRYKTIQT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 MPVQGPLEKSLQSSSVSERQRNVEHKVAAIKNSVQMTEQDTKYLEDLQDEFDYRYKTIQT
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB6 MDQSDKNSAMVNQEVLTLQEMLNSLDFKRKEALSKMTQIIHETDLLMNTMLIEELQDWKR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 MDQSDKNSAMVNQEVLTLQEMLNSLDFKRKEALSKMTQIIHETDLLMNTMLIEELQDWKR
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB6 RQQIACIGGPLHNGLDQLQNCFTLLAESLFQLRRQLEKLEEQSTKMTYEGDPIPMQRTHM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 RQQIACIGGPLHNGLDQLQNCFTLLAESLFQLRRQLEKLEEQSTKMTYEGDPIPMQRTHM
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB6 LERVTFLIYNLFKNSFVVERQPCMPTHPQRPLVLKTLIQFTVKLRLLIKLPELNYQVKVK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 LERVTFLIYNLFKNSFVVERQPCMPTHPQRPLVLKTLIQFTVKLRLLIKLPELNYQVKVK
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB6 ASIDKNVSTLSNRRFVLCGTNVKAMSIEESSNGSLSVEFRHLQPKEMKSSAGGKGNEGCH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 ASIDKNVSTLSNRRFVLCGTNVKAMSIEESSNGSLSVEFRHLQPKEMKSSAGGKGNEGCH
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430 440 450 460 470 480
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XP_016 MVTEELHSITFETQICLYGLTIDLETSSLPVVMISNVSQLPNAWASIIWYNVSTNDSQGL
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.. .. : .: : : :..: :: ::::.. :. .... :.: .:... .:: .:
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::::: :::::: . :::::: ::..:::: :.:.::.:::: :.::: ::: ..
NP_009 KRRQQSACIGGPPNACLDQLQNWFTIVAESLQQVRQQLKKLEELEQKYTYEHDPITKNKQ
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. .:. :. .:...:::::::::::::::::::::: .:::::::::.:: ::::..:
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::: .:::::::..::::.: ::.:::::.:::::.::::::::..::::.:::. .
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. .:: :: .:: : .:: ::.:::::: . :::: :::.::.::: .. :: .
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:::::::: . :.::::::..:..: : ::.::::.: .:::. : ::.:.:::. :::
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pF1KB6 IPENPLKYLYPDIPKDKAFGKHYSSQPCEVSRPTE-RGDKG--YVPSVFIPISTIRSDST
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.. .. : .: : : :..: :: ::::.. :. .... :.: .:... .:: .:
XP_006 REHETNGVAKSDQKQEQLLLKKMYLMLDNKRKEVVHKIIELLNVTELTQNALINDELVEW
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pF1KB6 KRRQQIACIGGPLHNGLDQLQNCFTLLAESLFQLRRQLEKLEEQSTKMTYEGDPIPMQRT
::::: :::::: . :::::: ::..:::: :.:.::.:::: :.::: ::: ..
XP_006 KRRQQSACIGGPPNACLDQLQNWFTIVAESLQQVRQQLKKLEELEQKYTYEHDPITKNKQ
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. .:. :. .:...:::::::::::::::::::::: .:::::::::.:: ::::..:
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pF1KB6 VKASIDKNVSTLSN----RRFVLCGTNVKAMSIEESSNGSLSVEFRHLQPKEMKSSAGGK
::. .::.:. .. :.: . ::..:.:..:::.::::..:::::: ::.:. :: .
XP_006 VKVLFDKDVNERNTVKGFRKFNILGTHTKVMNMEESTNGSLAAEFRHLQLKEQKN-AGTR
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::: .:::::::..::::.: ::.:::::.:::::.::::::::..::::.:::. .
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pF1KB6 NDSQNLVFFNNPPPATLSQLLEVMSWQFSSYVGRGLNSDQLHMLAEKLTVQSSYSDGHLT
. .:: :: .:: : .:: ::.:::::: . :::: :::.::.::: .. :: .
XP_006 AEPRNLSFFLTPPCARWAQLSEVLSWQFSSVTKRGLNVDQLNMLGEKLLGPNASPDGLIP
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:::::::: . :.::::::..:..: : ::.::::.: .:::. : ::.:.:::. :::
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XP_006 Q--TTDNLLPMSPEEFDEVSRIVGSVEFDSMMNTV
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start: Mon Nov 7 00:10:45 2016 done: Mon Nov 7 00:10:46 2016
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]