Result of FASTA (omim) for
pFN21AB6192
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB6192, 706 aa
1>>>pF1KB6192 706 - 706 aa - 706 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 8.6319+/-0.000743; mu= 3.4200+/- 0.046
mean_var=339.9662+/-64.361, 0's: 0 Z-trim(111.7): 2071 B-trim: 74 in 1/53
Lambda= 0.069559
statistics sampled from 18029 (20362) to 18029 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.545), E-opt: 0.2 (0.239), width: 16
Scan time: 11.010
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_003424 (OMIM: 604074) zinc finger protein 132 [ ( 706) 5053 522.9 1.7e-147
NP_005764 (OMIM: 606956) zinc finger protein 256 [ ( 627) 2297 246.2 2.8e-64
XP_016882746 (OMIM: 603977) PREDICTED: zinc finger (1168) 2089 225.7 7.9e-58
NP_009084 (OMIM: 603977) zinc finger protein 208 i (1280) 2089 225.8 8.3e-58
XP_005272399 (OMIM: 601262) PREDICTED: zinc finger ( 542) 2009 217.3 1.3e-55
NP_008889 (OMIM: 601262) zinc finger protein 16 [H ( 682) 2009 217.4 1.5e-55
XP_011515600 (OMIM: 601262) PREDICTED: zinc finger ( 682) 2009 217.4 1.5e-55
NP_001025147 (OMIM: 601262) zinc finger protein 16 ( 682) 2009 217.4 1.5e-55
XP_005272398 (OMIM: 601262) PREDICTED: zinc finger ( 682) 2009 217.4 1.5e-55
NP_001316385 (OMIM: 613840) zinc finger protein 30 ( 567) 1993 215.7 4.1e-55
NP_001277248 (OMIM: 613840) zinc finger protein 30 ( 617) 1993 215.7 4.3e-55
NP_065708 (OMIM: 613840) zinc finger protein 304 i ( 659) 1993 215.8 4.4e-55
XP_011525447 (OMIM: 613840) PREDICTED: zinc finger ( 664) 1993 215.8 4.5e-55
NP_001277247 (OMIM: 613840) zinc finger protein 30 ( 706) 1993 215.8 4.6e-55
XP_016881868 (OMIM: 613904) PREDICTED: zinc finger ( 527) 1981 214.4 8.9e-55
XP_016881871 (OMIM: 613904) PREDICTED: zinc finger ( 527) 1981 214.4 8.9e-55
NP_001317411 (OMIM: 613904) zinc finger protein 56 ( 527) 1981 214.4 8.9e-55
XP_016881869 (OMIM: 613904) PREDICTED: zinc finger ( 527) 1981 214.4 8.9e-55
XP_016881867 (OMIM: 613904) PREDICTED: zinc finger ( 650) 1981 214.6 1e-54
XP_011524841 (OMIM: 613904) PREDICTED: zinc finger ( 686) 1981 214.6 1e-54
NP_689697 (OMIM: 613904) zinc finger protein 569 i ( 686) 1981 214.6 1e-54
XP_016881865 (OMIM: 613904) PREDICTED: zinc finger ( 686) 1981 214.6 1e-54
XP_016881866 (OMIM: 613904) PREDICTED: zinc finger ( 686) 1981 214.6 1e-54
XP_011524840 (OMIM: 613904) PREDICTED: zinc finger ( 710) 1981 214.6 1.1e-54
XP_006723111 (OMIM: 613904) PREDICTED: zinc finger ( 710) 1981 214.6 1.1e-54
XP_006723110 (OMIM: 613904) PREDICTED: zinc finger ( 710) 1981 214.6 1.1e-54
XP_006723109 (OMIM: 613904) PREDICTED: zinc finger ( 710) 1981 214.6 1.1e-54
NP_001276331 (OMIM: 604077) zinc finger protein 13 ( 616) 1972 213.6 1.8e-54
XP_016882731 (OMIM: 604077) PREDICTED: zinc finger ( 621) 1972 213.6 1.8e-54
XP_016882730 (OMIM: 604077) PREDICTED: zinc finger ( 628) 1972 213.6 1.9e-54
NP_001276330 (OMIM: 604077) zinc finger protein 13 ( 658) 1972 213.7 1.9e-54
XP_016882729 (OMIM: 604077) PREDICTED: zinc finger ( 658) 1972 213.7 1.9e-54
NP_003427 (OMIM: 604077) zinc finger protein 135 i ( 670) 1972 213.7 1.9e-54
XP_006723425 (OMIM: 604077) PREDICTED: zinc finger ( 670) 1972 213.7 1.9e-54
XP_006723426 (OMIM: 604077) PREDICTED: zinc finger ( 670) 1972 213.7 1.9e-54
XP_005259268 (OMIM: 604077) PREDICTED: zinc finger ( 670) 1972 213.7 1.9e-54
NP_009065 (OMIM: 604077) zinc finger protein 135 i ( 682) 1972 213.7 2e-54
XP_016870103 (OMIM: 616290) PREDICTED: zinc finger (1059) 1968 213.5 3.4e-54
XP_005272572 (OMIM: 616290) PREDICTED: zinc finger (1059) 1968 213.5 3.4e-54
NP_149350 (OMIM: 616290) zinc finger protein 658 [ (1059) 1968 213.5 3.4e-54
XP_011543981 (OMIM: 616290) PREDICTED: zinc finger (1059) 1968 213.5 3.4e-54
NP_001304845 (OMIM: 616290) zinc finger protein 65 (1059) 1968 213.5 3.4e-54
NP_001305822 (OMIM: 602277) zinc finger protein 18 ( 675) 1961 212.6 4.2e-54
XP_011513163 (OMIM: 602277) PREDICTED: zinc finger ( 675) 1961 212.6 4.2e-54
NP_001305820 (OMIM: 602277) zinc finger protein 18 ( 751) 1961 212.6 4.4e-54
NP_009080 (OMIM: 602277) zinc finger protein 184 i ( 751) 1961 212.6 4.4e-54
NP_001305821 (OMIM: 602277) zinc finger protein 18 ( 751) 1961 212.6 4.4e-54
NP_001309067 (OMIM: 600398) zinc finger protein 16 ( 782) 1958 212.4 5.6e-54
NP_001309068 (OMIM: 600398) zinc finger protein 16 ( 782) 1958 212.4 5.6e-54
NP_001309066 (OMIM: 600398) zinc finger protein 16 ( 782) 1958 212.4 5.6e-54
>>NP_003424 (OMIM: 604074) zinc finger protein 132 [Homo (706 aa)
initn: 5053 init1: 5053 opt: 5053 Z-score: 2769.1 bits: 522.9 E(85289): 1.7e-147
Smith-Waterman score: 5053; 100.0% identity (100.0% similar) in 706 aa overlap (1-706:1-706)
10 20 30 40 50 60
pF1KB6 MALPSPQVLMGLPALLMGPAQHTSWPCGSAVPTLKSMVTFEDVAVYFSQEEWELLDAAQR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 MALPSPQVLMGLPALLMGPAQHTSWPCGSAVPTLKSMVTFEDVAVYFSQEEWELLDAAQR
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB6 HLYHSVMLENLELVTSLGSWHGVEGEGAHPKQNVSVEVLQVRIPNADPSTKKANSCDMCG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 HLYHSVMLENLELVTSLGSWHGVEGEGAHPKQNVSVEVLQVRIPNADPSTKKANSCDMCG
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB6 PFLKDILHLAEHQGTQSEEKPYTCGACGRDFWLNANLHQHQKEHSGGKPFRWYKDRDALM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 PFLKDILHLAEHQGTQSEEKPYTCGACGRDFWLNANLHQHQKEHSGGKPFRWYKDRDALM
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB6 KSSKVHLSENPFTCREGGKVILGSCDLLQLQAVDSGQKPYSNLGQLPEVCTTQKLFECSN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 KSSKVHLSENPFTCREGGKVILGSCDLLQLQAVDSGQKPYSNLGQLPEVCTTQKLFECSN
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB6 CGKAFLKSSTLPNHLRTHSEEIPFTCPTGGNFLEEKSILGNKKFHTGEIPHVCKECGKAF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 CGKAFLKSSTLPNHLRTHSEEIPFTCPTGGNFLEEKSILGNKKFHTGEIPHVCKECGKAF
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB6 SHSSKLRKHQKFHTEVKYYECIACGKTFNHKLTFVHHQRIHSGERPYECDECGKAFSNRS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 SHSSKLRKHQKFHTEVKYYECIACGKTFNHKLTFVHHQRIHSGERPYECDECGKAFSNRS
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB6 HLIRHEKVHTGERPFECLKCGRAFSQSSNFLRHQKVHTQVRPYECSQCGKSFSRSSALIQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 HLIRHEKVHTGERPFECLKCGRAFSQSSNFLRHQKVHTQVRPYECSQCGKSFSRSSALIQ
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB6 HWRVHTGERPYECSECGRAFNNNSNLAQHQKVHTGERPFECSECGRDFSQSSHLLRHQKV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 HWRVHTGERPYECSECGRAFNNNSNLAQHQKVHTGERPFECSECGRDFSQSSHLLRHQKV
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KB6 HTGERPFECCDCGKAFSNSSTLIQHQKVHTGQRPYECSECRKSFSRSSSLIQHWRIHTGE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 HTGERPFECCDCGKAFSNSSTLIQHQKVHTGQRPYECSECRKSFSRSSSLIQHWRIHTGE
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KB6 KPYECSECGKAFAHSSTLIEHWRVHTKERPYECNECGKFFSQNSILIKHQKVHTGEKPYK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 KPYECSECGKAFAHSSTLIEHWRVHTKERPYECNECGKFFSQNSILIKHQKVHTGEKPYK
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KB6 CSECGKFFSRKSSLICHWRVHTGERPYECSECGRAFSSNSHLVRHQRVHTQERPYECIQC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 CSECGKFFSRKSSLICHWRVHTGERPYECSECGRAFSSNSHLVRHQRVHTQERPYECIQC
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700
pF1KB6 GKAFSERSTLVRHQKVHTRERTYECSQCGKLFSHLCNLAQHKKIHT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 GKAFSERSTLVRHQKVHTRERTYECSQCGKLFSHLCNLAQHKKIHT
670 680 690 700
>>NP_005764 (OMIM: 606956) zinc finger protein 256 [Homo (627 aa)
initn: 2245 init1: 2245 opt: 2297 Z-score: 1274.9 bits: 246.2 E(85289): 2.8e-64
Smith-Waterman score: 2373; 52.2% identity (76.2% similar) in 644 aa overlap (35-677:11-625)
10 20 30 40 50 60
pF1KB6 SPQVLMGLPALLMGPAQHTSWPCGSAVPTLKSMVTFEDVAVYFSQEEWELLDAAQRHLYH
...::::::::::: .:: ::: ::. :::
NP_005 MAAAELTAPAQGIVTFEDVAVYFSWKEWGLLDEAQKCLYH
10 20 30 40
70 80 90 100 110 120
pF1KB6 SVMLENLELVTSLGSWHGVEGEGAHPKQNVSVE-VLQVRIPNADPSTKKANSCDMCGPFL
.:::::: :.::::. :. : : .:..: . : :::::.: :: .:.: :..::: :
NP_005 DVMLENLTLTTSLGG-SGAGDEEAPYQQSTSPQRVSQVRIPKALPSPQKTNPCEICGPVL
50 60 70 80 90
130 140 150 160 170 180
pF1KB6 KDILHLAEHQGTQSEEKPYTCGACGRDFWLNANLHQHQKEHSGGKPFRWYKDRDALMKSS
..::::.:::::. .: :: ::: ... ..: ::::::.: : : :: :: ...:
NP_005 RQILHLVEHQGTHHGQKLYTDGACRKQLQFTAYLHQHQKQHVGQKHFRSNGGRDMFLSSC
100 110 120 130 140 150
190 200 210 220 230 240
pF1KB6 KVHLSENPFTCREGGKVILGSCDLLQLQAVDSGQKPYSNLGQLPEVCTTQKLFECSNCGK
..: .::::.: :: .: .:: ::. . .: . . . .... .. ..: :
NP_005 TFEVSGKPFTCKEVGKDFLVRSRFLQQQAAHTRKKSNRTKSAVA-FHSVKNHYNWGECVK
160 170 180 190 200 210
250 260 270 280 290 300
pF1KB6 AFLKSSTLPNHLRTHSEEIPFTCPTGGNFLEEKSILGNKKFHTGEIPHVCKECGKAFSHS
:: . :.:.. . :....:.: ..:.::::.:: :
NP_005 AFSYK-----HVRVQHQ---------GDLIRERS-------------YMCSECGKSFSTS
220 230 240 250
310 320 330 340 350 360
pF1KB6 SKLRKHQKFHTEVKYYECIACGKTFNHKLTFVHHQRIHSGERPYECDECGKAFSNRSHLI
.: : . :: : : : :::.. .. ... :.:::.: ::..:::::: :. . :.
NP_005 CSLSDHLRVHTSEKPYTCGECGKSYRQSSSLITHRRIHTGVRPHQCDECGKLFNRKYDLL
260 270 280 290 300 310
370 380 390 400 410 420
pF1KB6 RHEKVHTGERPFECLKCGRAFSQSSNFLRHQKVHTQVRPYECSQCGKSFSRSSALIQHWR
:..:::::::..: .::..::.::... ::..:: .::::::.::::: .::.:: : :
NP_005 IHQRVHTGERPYKCSECGKSFSHSSSLITHQRIHTGMRPYECSECGKSFIHSSSLITHQR
320 330 340 350 360 370
430 440 450 460 470 480
pF1KB6 VHTGERPYECSECGRAFNNNSNLAQHQKVHTGERPFECSECGRDFSQSSHLLRHQKVHTG
:::: ::: :::::..:... .: .:...: :: :.::::::. :. :....::.::::
NP_005 VHTGTRPYMCSECGKSFSQSCHLIKHRRLHIGEGPYECSECGKLFTYRSRFFQHQRVHTG
380 390 400 410 420 430
490 500 510 520 530 540
pF1KB6 ERPFECCDCGKAFSNSSTLIQHQKVHTGQRPYECSECRKSFSRSSSLIQHWRIHTGEKPY
: :: .::: :: . :: :..::::.:::::::: :::. .: ::.::..::: .::
NP_005 VRSHECHECGKLFSRKFDLIVHERVHTGERPYECSECGKSFTCKSYLISHWKVHTGARPY
440 450 460 470 480 490
550 560 570 580 590 600
pF1KB6 ECSECGKAFAHSSTLIEHWRVHTKERPYECNECGKFFSQNSILIKHQKVHTGEKPYKCSE
::.::::.:.:::::..: :::: :::::::::::::::.: ::.:.. ::::.::.:::
NP_005 ECGECGKSFTHSSTLLQHQRVHTGERPYECNECGKFFSQSSSLIRHRRSHTGERPYECSE
500 510 520 530 540 550
610 620 630 640 650 660
pF1KB6 CGKFFSRKSSLICHWRVHTGERPYECSECGRAFSSNSHLVRHQRVHTQERPYECIQCGKA
: : :: .:::. : :::::::::::::::..::..:.:. :::.:. :::::: .:::
NP_005 CWKSFSNHSSLVKHRRVHTGERPYECSECGKSFSQSSNLTNHQRIHSGERPYECSDCGKF
560 570 580 590 600 610
670 680 690 700
pF1KB6 FSERSTLVRHQKVHTRERTYECSQCGKLFSHLCNLAQHKKIHT
:. :.:..::.::
NP_005 FTFNSNLLKHQNVHKG
620
>>XP_016882746 (OMIM: 603977) PREDICTED: zinc finger pro (1168 aa)
initn: 1768 init1: 1768 opt: 2089 Z-score: 1159.2 bits: 225.7 E(85289): 7.9e-58
Smith-Waterman score: 2089; 46.1% identity (73.0% similar) in 603 aa overlap (111-706:366-968)
90 100 110 120 130 140
pF1KB6 HGVEGEGAHPKQNVSVEVLQVRIPNADPSTKKANSCDMCGPFLKDILHLAEHQGTQSEEK
.: .:. :: : :. :. .. ::
XP_016 AGEKPYKCKECGKAFSKFSILTKHKVIHTGEKPYKCEECGKAYKWPSTLSYHKKIHTGEK
340 350 360 370 380 390
150 160 170 180 190
pF1KB6 PYTCGACGRDFWLNANLHQHQKEHSGGKPFR------WYKDRDALMKSSKVHLSENPFTC
:: : ::. : . . : .:. :.: ::.. .. . ::. .:.: .:.:. :
XP_016 PYKCEECGKGFSMFSILTKHEVIHTGEKPYKCEECGKAFNWSSNLMEHKKIHTGETPYKC
400 410 420 430 440 450
200 210 220 230 240 250
pF1KB6 REGGKVILGSCDLLQLQAVDSGQKPYSNLGQLPEVCTTQKLFECSNCGKAFLKSSTLPNH
.: :: . : . ... .:.:::. . . .: ..: .::::: ::.: .:
XP_016 EECGKGFSMFSILTKHKVIHNGEKPYKCEECDKATHAGEKPYKCEECGKAFNWSSNLMEH
460 470 480 490 500 510
260 270 280 290 300 310
pF1KB6 LRTHSEEIPFTCPTGGNFLEEKSILGNKK-FHTGEIPHVCKECGKAFSHSSKLRKHQKFH
: :. : :. : :. . ::: ..: .:::: :. :.:::::.. :: : :.:.:
XP_016 KRIHTGEKPYKCEECGKSFSTFSILTKHKVIHTGEKPYKCEECGKAYKWSSTLSYHKKIH
520 530 540 550 560 570
320 330 340 350 360 370
pF1KB6 TEVKYYECIACGKTFNHKLTFVHHQRIHSGERPYECDECGKAFSNRSHLIRHEKVHTGER
: : :.: :::.::.. ...:.:::.::.::.:.::::.::. : : :. .:.::.
XP_016 TVEKPYKCEECGKAFNQSAILIKHKRIHTGEKPYKCEECGKTFSKVSTLTTHKAIHAGEK
580 590 600 610 620 630
380 390 400 410 420 430
pF1KB6 PFECLKCGRAFSQSSNFLRHQKVHTQVRPYECSQCGKSFSRSSALIQHWRVHTGERPYEC
:..: .::..: . :.. :. .:. .::.:..:::.::. : : .: .::::.::.:
XP_016 PYKCKECGKTFIKVSTLTTHKAIHAGEKPYKCKECGKAFSKFSILTKHKVIHTGEKPYKC
640 650 660 670 680 690
440 450 460 470 480 490
pF1KB6 SECGRAFNNNSNLAQHQKVHTGERPFECSECGRDFSQSSHLLRHQKVHTGERPFECCDCG
:::.::: .::: .:...::::.:..: :::..:: : : .:. .::::.:..: .::
XP_016 EECGKAFNWSSNLMEHKRIHTGEKPYKCEECGKSFSTFSVLTKHKVIHTGEKPYKCEECG
700 710 720 730 740 750
500 510 520 530 540 550
pF1KB6 KAFSNSSTLIQHQKVHTGQRPYECSECRKSFSRSSSLIQHWRIHTGEKPYECSECGKAFA
::.. :::: :.:.:: ..::.: :: :.:.::. ::.: :::: ::::.: ::::.:.
XP_016 KAYKWSSTLSYHKKIHTVEKPYKCEECGKAFNRSAILIKHKRIHTDEKPYKCEECGKTFS
760 770 780 790 800 810
560 570 580 590 600 610
pF1KB6 HSSTLIEHWRVHTKERPYECNECGKFFSQNSILIKHQKVHTGEKPYKCSECGKFFSRKSS
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: :..:::.:: .::.: ::::::.:: :..:: .::::
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pF1KB6 AQHKKIHT
>>NP_008889 (OMIM: 601262) zinc finger protein 16 [Homo (682 aa)
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::: . . . .:: : : ::. : : . .:
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. ...: . . .. :.. . :.:: . .. .. :. .. :. . . ..
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