Result of FASTA (ccds) for
pFN21AB6150
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB6150, 640 aa
1>>>pF1KB6150 640 - 640 aa - 640 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.6312+/-0.00101; mu= 13.2988+/- 0.061
mean_var=93.3677+/-18.061, 0's: 0 Z-trim(106.7): 26 B-trim: 0 in 0/51
Lambda= 0.132732
statistics sampled from 9097 (9117) to 9097 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.638), E-opt: 0.2 (0.28), width: 16
Scan time: 3.650
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS12439.1 UBA2 gene_id:10054|Hs108|chr19 ( 640) 4204 815.6 0
CCDS14275.1 UBA1 gene_id:7317|Hs108|chrX (1058) 445 95.9 3.1e-19
CCDS2910.1 UBA3 gene_id:9039|Hs108|chr3 ( 449) 385 84.2 4.1e-16
CCDS2909.1 UBA3 gene_id:9039|Hs108|chr3 ( 463) 385 84.2 4.3e-16
CCDS3516.1 UBA6 gene_id:55236|Hs108|chr4 (1052) 334 74.6 7.6e-13
>>CCDS12439.1 UBA2 gene_id:10054|Hs108|chr19 (640 aa)
initn: 4204 init1: 4204 opt: 4204 Z-score: 4352.6 bits: 815.6 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 4204; 100.0% identity (100.0% similar) in 640 aa overlap (1-640:1-640)
10 20 30 40 50 60
pF1KB6 MALSRGLPRELAEAVAGGRVLVVGAGGIGCELLKNLVLTGFSHIDLIDLDTIDVSNLNRQ
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CCDS12 MALSRGLPRELAEAVAGGRVLVVGAGGIGCELLKNLVLTGFSHIDLIDLDTIDVSNLNRQ
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB6 FLFQKKHVGRSKAQVAKESVLQFYPKANIVAYHDSIMNPDYNVEFFRQFILVMNALDNRA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 FLFQKKHVGRSKAQVAKESVLQFYPKANIVAYHDSIMNPDYNVEFFRQFILVMNALDNRA
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB6 ARNHVNRMCLAADVPLIESGTAGYLGQVTTIKKGVTECYECHPKPTQRTFPGCTIRNTPS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 ARNHVNRMCLAADVPLIESGTAGYLGQVTTIKKGVTECYECHPKPTQRTFPGCTIRNTPS
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB6 EPIHCIVWAKYLFNQLFGEEDADQEVSPDRADPEAAWEPTEAEARARASNEDGDIKRIST
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 EPIHCIVWAKYLFNQLFGEEDADQEVSPDRADPEAAWEPTEAEARARASNEDGDIKRIST
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB6 KEWAKSTGYDPVKLFTKLFKDDIRYLLTMDKLWRKRKPPVPLDWAEVQSQGEETNASDQQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 KEWAKSTGYDPVKLFTKLFKDDIRYLLTMDKLWRKRKPPVPLDWAEVQSQGEETNASDQQ
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB6 NEPQLGLKDQQVLDVKSYARLFSKSIETLRVHLAEKGDGAELIWDKDDPSAMDFVTSAAN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 NEPQLGLKDQQVLDVKSYARLFSKSIETLRVHLAEKGDGAELIWDKDDPSAMDFVTSAAN
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB6 LRMHIFSMNMKSRFDIKSMAGNIIPAIATTNAVIAGLIVLEGLKILSGKIDQCRTIFLNK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 LRMHIFSMNMKSRFDIKSMAGNIIPAIATTNAVIAGLIVLEGLKILSGKIDQCRTIFLNK
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB6 QPNPRKKLLVPCALDPPNPNCYVCASKPEVTVRLNVHKVTVLTLQDKIVKEKFAMVAPDV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 QPNPRKKLLVPCALDPPNPNCYVCASKPEVTVRLNVHKVTVLTLQDKIVKEKFAMVAPDV
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KB6 QIEDGKGTILISSEEGETEANNHKKLSEFGIRNGSRLQADDFLQDYTLLINILHSEDLGK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 QIEDGKGTILISSEEGETEANNHKKLSEFGIRNGSRLQADDFLQDYTLLINILHSEDLGK
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KB6 DVEFEVVGDAPEKVGPKQAEDAAKSITNGSDDGAQPSTSTAQEQDDVLIVDSDEEDSSNN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 DVEFEVVGDAPEKVGPKQAEDAAKSITNGSDDGAQPSTSTAQEQDDVLIVDSDEEDSSNN
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640
pF1KB6 ADVSEEERSRKRKLDEKENLSAKRSRIEQKEELDDVIALD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 ADVSEEERSRKRKLDEKENLSAKRSRIEQKEELDDVIALD
610 620 630 640
>>CCDS14275.1 UBA1 gene_id:7317|Hs108|chrX (1058 aa)
initn: 484 init1: 235 opt: 445 Z-score: 458.9 bits: 95.9 E(32554): 3.1e-19
Smith-Waterman score: 585; 32.4% identity (59.0% similar) in 478 aa overlap (10-419:461-928)
10 20 30
pF1KB6 MALSRGLPRELAEAVAGGRVLVVGAGGIGCELLKNLVLT
.: : .. . ..::::.::::::::...
CCDS14 CLPEDKEVLTEDKCLQRQNRYDGQVAVFGSDLQEKLGKQKYFLVGAGAIGCELLKNFAMI
440 450 460 470 480 490
40 50 60 70 80 90
pF1KB6 GFS-----HIDLIDLDTIDVSNLNRQFLFQKKHVGRSKAQVAKESVLQFYPKANIVAYHD
:.. .: . :.:::. :::::::::. : . :...: .: :. :. ... :.
CCDS14 GLGCGEGGEIIVTDMDTIEKSNLNRQFLFRPWDVTKLKSDTAAAAVRQMNPHIRVTS-HQ
500 510 520 530 540
100 110 120 130 140 150
pF1KB6 SIMNPD----YNVEFFRQFILVMNALDNRAARNHVNRMCLAADVPLIESGTAGYLGQVTT
. ..:: :. .::... : ::::: :: ...: :. ::.:::: : :.: .
CCDS14 NRVGPDTERIYDDDFFQNLDGVANALDNVDARMYMDRRCVYYRKPLLESGTLGTKGNVQV
550 560 570 580 590 600
160 170 180 190 200
pF1KB6 IKKGVTECYECHPKPTQRTFPGCTIRNTPSEPIHCIVWAKYLFNQLFGE--EDADQEVS-
. .:: : : ....: ::..: :. : . ::. :. :: . :...: ..
CCDS14 VIPFLTESYSSSQDPPEKSIPICTLKNFPNAIEHTLQWARDEFEGLFKQPAENVNQYLTD
610 620 630 640 650 660
210 220 230 240 250 260
pF1KB6 P---DRADPEAAWEPTEA-EARARASNEDGDIKRISTKEWAKSTGYDPVKLFTKLFKDDI
: .:. :. .: :. :: :. ..: .: :: . . . :. ....:
CCDS14 PKFVERTLRLAGTQPLEVLEAVQRSLV----LQRPQT--WADCVTWACHHWHTQ-YSNNI
670 680 690 700 710 720
270 280 290
pF1KB6 RYLLTM---DKL-------WR--KRKP---------PVPLDW----AEVQSQ-----GEE
: :: :.: : :: : :. ::. :.. .: : .
CCDS14 RQLLHNFPPDQLTSSGAPFWSGPKRCPHPLTFDVNNPLHLDYVMAAANLFAQTYGLTGSQ
730 740 750 760 770 780
300 310 320 330
pF1KB6 TNA-------SDQQNE--PQLGLK----DQQVLDVKSYARLFSKSIETLRVHLA--EKGD
: : : : :. :.: ::.. ... : . .. .: :.. : .:
CCDS14 DRAAVATFLQSVQVPEFTPKSGVKIHVSDQELQSAN--ASVDDSRLEELKATLPSPDKLP
790 800 810 820 830 840
340 350 360 370 380 390
pF1KB6 GAELI---WDKDDPSA--MDFVTSAANLRMHIFSMNMKSRFDIKSMAGNIIPAIATTNAV
: .. ..::: : :::...:.::: . ... .: : .::.::::::::.:.
CCDS14 GFKMYPIDFEKDDDSNFHMDFIVAASNLRAENYDIPSADRHKSKLIAGKIIPAIATTTAA
850 860 870 880 890 900
400 410 420 430 440 450
pF1KB6 IAGLIVLEGLKILSG--KIDQCRTIFLNKQPNPRKKLLVPCALDPPNPNCYVCASKPEVT
..::. :: :...: ..:. .. :::
CCDS14 VVGLVCLELYKVVQGHRQLDSYKNGFLNLALPFFGFSEPLAAPRHQYYNQEWTLWDRFEV
910 920 930 940 950 960
>>CCDS2910.1 UBA3 gene_id:9039|Hs108|chr3 (449 aa)
initn: 587 init1: 290 opt: 385 Z-score: 402.7 bits: 84.2 E(32554): 4.1e-16
Smith-Waterman score: 548; 42.4% identity (63.1% similar) in 236 aa overlap (19-239:57-288)
10 20 30 40
pF1KB6 MALSRGLPRELAEAVAGGRVLVVGAGGIGCELLKNLVLTGFSHIDLID
.:::.::::.::::::::.:.:: .: .::
CCDS29 VKKFLERSGPFTHPDFEPSTESLQFLLDTCKVLVIGAGGLGCELLKNLALSGFRQIHVID
30 40 50 60 70 80
50 60 70 80 90 100
pF1KB6 LDTIDVSNLNRQFLFQKKHVGRSKAQVAKESVLQFYPKANIVAYHDSIMNPDYNVEFFRQ
.::::::::::::::. : .:: ::.:: : . . :. :.: . ..:. :.: :.::
CCDS29 MDTIDVSNLNRQFLFRPKDIGRPKAEVAAEFLNDRVPNCNVVPHFNKIQ--DFNDTFYRQ
90 100 110 120 130 140
110 120 130 140 150
pF1KB6 FILVMNALDNRAARNHVNRMCLA----AD--------VPLIESGTAGYLGQVTTIKKGVT
: ... .::. :: .: : .. : ::::..:: :. :.. .: :.:
CCDS29 FHIIVCGLDSIIARRWINGMLISLLNYEDGVLDPSSIVPLIDGGTEGFKGNARVILPGMT
150 160 170 180 190 200
160 170 180 190 200 210
pF1KB6 ECYECHPK--PTQRTFPGCTIRNTPSEPIHCIVWAKYLFNQLFGEEDADQEVSPDRADPE
: :: . : : .:: ::: . : : ::: ....: : :. . : : :::
CCDS29 ACIECTLELYPPQVNFPMCTIASMPRLPEHCIEYVRML--QWPKEQPFGEGVPLDGDDPE
210 220 230 240 250 260
220 230 240 250 260 270
pF1KB6 -AAWEPTEAEARARASNEDGDIKRISTKEWAKSTGYDPVKLFTKLFKDDIRYLLTMDKLW
: .. :: : : :..
CCDS29 HIQWIFQKSLERASQYNIRGVTYRLTQGVVKRIIPAVASTNAVIAAVCATEVFKIATSAY
270 280 290 300 310 320
>>CCDS2909.1 UBA3 gene_id:9039|Hs108|chr3 (463 aa)
initn: 587 init1: 290 opt: 385 Z-score: 402.5 bits: 84.2 E(32554): 4.3e-16
Smith-Waterman score: 548; 42.4% identity (63.1% similar) in 236 aa overlap (19-239:71-302)
10 20 30 40
pF1KB6 MALSRGLPRELAEAVAGGRVLVVGAGGIGCELLKNLVLTGFSHIDLID
.:::.::::.::::::::.:.:: .: .::
CCDS29 VKKFLERSGPFTHPDFEPSTESLQFLLDTCKVLVIGAGGLGCELLKNLALSGFRQIHVID
50 60 70 80 90 100
50 60 70 80 90 100
pF1KB6 LDTIDVSNLNRQFLFQKKHVGRSKAQVAKESVLQFYPKANIVAYHDSIMNPDYNVEFFRQ
.::::::::::::::. : .:: ::.:: : . . :. :.: . ..:. :.: :.::
CCDS29 MDTIDVSNLNRQFLFRPKDIGRPKAEVAAEFLNDRVPNCNVVPHFNKIQ--DFNDTFYRQ
110 120 130 140 150
110 120 130 140 150
pF1KB6 FILVMNALDNRAARNHVNRMCLA----AD--------VPLIESGTAGYLGQVTTIKKGVT
: ... .::. :: .: : .. : ::::..:: :. :.. .: :.:
CCDS29 FHIIVCGLDSIIARRWINGMLISLLNYEDGVLDPSSIVPLIDGGTEGFKGNARVILPGMT
160 170 180 190 200 210
160 170 180 190 200 210
pF1KB6 ECYECHPK--PTQRTFPGCTIRNTPSEPIHCIVWAKYLFNQLFGEEDADQEVSPDRADPE
: :: . : : .:: ::: . : : ::: ....: : :. . : : :::
CCDS29 ACIECTLELYPPQVNFPMCTIASMPRLPEHCIEYVRML--QWPKEQPFGEGVPLDGDDPE
220 230 240 250 260 270
220 230 240 250 260 270
pF1KB6 -AAWEPTEAEARARASNEDGDIKRISTKEWAKSTGYDPVKLFTKLFKDDIRYLLTMDKLW
: .. :: : : :..
CCDS29 HIQWIFQKSLERASQYNIRGVTYRLTQGVVKRIIPAVASTNAVIAAVCATEVFKIATSAY
280 290 300 310 320 330
>>CCDS3516.1 UBA6 gene_id:55236|Hs108|chr4 (1052 aa)
initn: 641 init1: 235 opt: 334 Z-score: 344.1 bits: 74.6 E(32554): 7.6e-13
Smith-Waterman score: 529; 27.3% identity (54.5% similar) in 565 aa overlap (2-486:445-991)
10 20 30
pF1KB6 MALSRGLPRELAEAVAGGRVLVVGAGGIGCE
:: . : . . . ...:: :.::::
CCDS35 QWLYLEAADIVESLGKPECEEFLPRGDRYDALRACIGDTLCQKLQNLNIFLVGCGAIGCE
420 430 440 450 460 470
40 50 60 70 80
pF1KB6 LLKNLVLTGFS------HIDLIDLDTIDVSNLNRQFLFQKKHVGRSKAQVAKESVLQFYP
.:::..: : . : . : : :. :::::::::. .:. . :. .: ...:..
CCDS35 MLKNFALLGVGTSKEKGMITVTDPDLIEKSNLNRQFLFRPHHIQKPKSYTAADATLKINS
480 490 500 510 520 530
90 100 110 120 130 140
pF1KB6 KANIVAYHDSIMNPD---YNVEFFRQFILVMNALDNRAARNHVNRMCLAADVPLIESGTA
. .: :. ... :: ::. . ....:::: :: .:. ::: ::..:::
CCDS35 QIKIDAHLNKVCPTTETIYNDEFYTKQDVIITALDNVEARRYVDSRCLANLRPLLDSGTM
540 550 560 570 580 590
150 160 170 180 190
pF1KB6 GYLGQVTTIKKGVTECYECHPKPTQRTFPGCTIRNTPSEPIHCIVWAK-----------Y
: :.. .: .:: :. : : .. .: ::... :. : : ::.
CCDS35 GTKGHTEVIVPHLTESYNSHRDPPEEEIPFCTLKSFPAAIEHTIQWARDKFESSFSHKPS
600 610 620 630 640 650
200 210 220 230 240
pF1KB6 LFNQLF----GEEDADQEVSPDRADPEAAWEPTEAEARARASNEDGDIKRISTKEWAKST
:::... . :.. :... .. :. .. . .: : : . .. .. .. :
CCDS35 LFNKFWQTYSSAEEVLQKIQSGHSL-EGCFQVIKLLSR-RPRNWSQCVE-LARLKFEKYF
660 670 680 690 700 710
250 260 270 280 290 300
pF1KB6 GYDPVKLFTKLFKDDIRYLLTMDKLWRK-RKPPVPLDWAEVQSQGEETNASDQQNEPQL-
.. ..:. . : ::: : . .:.. ..:: :. . . .: . : :: .:
CCDS35 NHKALQLL-HCFPLDIR-LKDGSLFWQSPKRPPSPIKF----DLNEPLHLSFLQNAAKLY
720 730 740 750 760
310 320 330
pF1KB6 -----------GLKDQQVLDVKSYARL--FSKSIETLRV--------HL-----------
:. . .:.. : ... :. : ..... :.
CCDS35 ATVYCIPFAEEDLSADALLNILSEVKIQEFKPSNKVVQTDETARKPDHVPISSEDERNAI
770 780 790 800 810 820
340 350 360 370
pF1KB6 -----------AEKGD--GAELIWDKDDPSA--MDFVTSAANLRMHIFSMNMKSRFDIKS
: :.: : : ..::: .::.:.:.::: ...:.. .:: :
CCDS35 FQLEKAILSNEATKSDLQMAVLSFEKDDDHNGHIDFITAASNLRAKMYSIEPADRFKTKR
830 840 850 860 870 880
380 390 400 410 420 430
pF1KB6 MAGNIIPAIATTNAVIAGLIVLEGLKILSG-KIDQCRTIFLNKQPNPRKKLLVPCALDPP
.::.::::::::.:...::..:: .:. .: .. .. ::: : .: ..
CCDS35 IAGKIIPAIATTTATVSGLVALEMIKVTGGYPFEAYKNCFLN--------LAIPIVVFTE
890 900 910 920 930
440 450 460 470 480 490
pF1KB6 NPNCYVCASKPEVTV----RLNVHKVTVLTLQDKI--VKEKFAMVAPDVQIEDGKGTILI
. . . .. : .:: .:: : : ::::.. . : . .. :
CCDS35 TTEVRKTKIRNGISFTIWDRWTVHGKEDFTLLDFINAVKEKYG-IEPTMVVQGVKMLYVP
940 950 960 970 980 990
500 510 520 530 540 550
pF1KB6 SSEEGETEANNHKKLSEFGIRNGSRLQADDFLQDYTLLINILHSEDLGKDVEFEVVGDAP
CCDS35 VMPGHAKRLKLTMHKLVKPTTEKKYVDLTVSFAPDIDGDEDLPGPPVRYYFSHDTD
1000 1010 1020 1030 1040 1050
640 residues in 1 query sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
start: Sun Nov 6 06:14:28 2016 done: Sun Nov 6 06:14:29 2016
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]