Result of FASTA (ccds) for
pFN21AB6104
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB6104, 614 aa
1>>>pF1KB6104 614 - 614 aa - 614 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.6451+/-0.00108; mu= 13.1395+/- 0.065
mean_var=105.6240+/-20.743, 0's: 0 Z-trim(105.8): 73 B-trim: 16 in 2/50
Lambda= 0.124794
statistics sampled from 8529 (8600) to 8529 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.629), E-opt: 0.2 (0.264), width: 16
Scan time: 3.310
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS9704.1 FRMD6 gene_id:122786|Hs108|chr14 ( 614) 4116 752.3 4.3e-217
CCDS58318.1 FRMD6 gene_id:122786|Hs108|chr14 ( 622) 4090 747.6 1.1e-215
CCDS58319.1 FRMD6 gene_id:122786|Hs108|chr14 ( 264) 1740 324.3 1.3e-88
CCDS5306.1 FRMD1 gene_id:79981|Hs108|chr6 ( 549) 889 171.3 3.1e-42
CCDS47518.1 FRMD1 gene_id:79981|Hs108|chr6 ( 481) 845 163.3 6.7e-40
CCDS47096.1 PTPN13 gene_id:5783|Hs108|chr4 (2294) 502 101.9 9.5e-21
CCDS47095.1 PTPN13 gene_id:5783|Hs108|chr4 (2466) 501 101.8 1.1e-20
CCDS47094.1 PTPN13 gene_id:5783|Hs108|chr4 (2485) 501 101.8 1.1e-20
CCDS47093.1 PTPN13 gene_id:5783|Hs108|chr4 (2490) 501 101.8 1.1e-20
CCDS81460.1 FRMPD2 gene_id:143162|Hs108|chr10 (1284) 428 88.5 6e-17
CCDS31195.1 FRMPD2 gene_id:143162|Hs108|chr10 (1309) 426 88.1 7.8e-17
>>CCDS9704.1 FRMD6 gene_id:122786|Hs108|chr14 (614 aa)
initn: 4116 init1: 4116 opt: 4116 Z-score: 4011.0 bits: 752.3 E(32554): 4.3e-217
Smith-Waterman score: 4116; 100.0% identity (100.0% similar) in 614 aa overlap (1-614:1-614)
10 20 30 40 50 60
pF1KB6 MNKLNFHNNRVMQDRRSVCIFLPNDESLNIIINVKILCHQLLVQVCDLLRLKDCHLFGLS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS97 MNKLNFHNNRVMQDRRSVCIFLPNDESLNIIINVKILCHQLLVQVCDLLRLKDCHLFGLS
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB6 VIQNNEHVYMELSQKLYKYCPKEWKKEASKGIDQFGPPMIIHFRVQYYVENGRLISDRAA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS97 VIQNNEHVYMELSQKLYKYCPKEWKKEASKGIDQFGPPMIIHFRVQYYVENGRLISDRAA
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB6 RYYYYWHLRKQVLHSQCVLREEAYFLLAAFALQADLGNFKRNKHYGKYFEPEAYFPSWVV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS97 RYYYYWHLRKQVLHSQCVLREEAYFLLAAFALQADLGNFKRNKHYGKYFEPEAYFPSWVV
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB6 SKRGKDYILKHIPNMHKDQFALTASEAHLKYIKEAVRLDDVAVHYYRLYKDKREIEASLT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS97 SKRGKDYILKHIPNMHKDQFALTASEAHLKYIKEAVRLDDVAVHYYRLYKDKREIEASLT
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB6 LGLTMRGIQIFQNLDEEKQLLYDFPWTNVGKLVFVGKKFEILPDGLPSARKLIYYTGCPM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS97 LGLTMRGIQIFQNLDEEKQLLYDFPWTNVGKLVFVGKKFEILPDGLPSARKLIYYTGCPM
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB6 RSRHLLQLLSNSHRLYMNLQPVLRHIRKLEENEEKKQYRESYISDNLDLDMDQLEKRSRA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS97 RSRHLLQLLSNSHRLYMNLQPVLRHIRKLEENEEKKQYRESYISDNLDLDMDQLEKRSRA
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB6 SGSSAGSMKHKRLSRHSTASHSSSHTSGIEADTKPRDTGPEDSYSSSAIHRKLKTCSSMT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS97 SGSSAGSMKHKRLSRHSTASHSSSHTSGIEADTKPRDTGPEDSYSSSAIHRKLKTCSSMT
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB6 SHGSSHTSGVESGGKDRLEEDLQDDEIEMLVDDPRDLEQMNEESLEVSPDMCIYITEDML
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS97 SHGSSHTSGVESGGKDRLEEDLQDDEIEMLVDDPRDLEQMNEESLEVSPDMCIYITEDML
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KB6 MSRKLNGHSGLIVKEIGSSTSSSSETVVKLRGQSTDSLPQTICRKPKTSTDRHSLSLDDI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS97 MSRKLNGHSGLIVKEIGSSTSSSSETVVKLRGQSTDSLPQTICRKPKTSTDRHSLSLDDI
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KB6 RLYQKDFLRIAGLCQDTAQSYTFGCGHELDEEGLYCNSCLAQQCINIQDAFPVKRTSKYF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS97 RLYQKDFLRIAGLCQDTAQSYTFGCGHELDEEGLYCNSCLAQQCINIQDAFPVKRTSKYF
550 560 570 580 590 600
610
pF1KB6 SLDLTHDEVPEFVV
::::::::::::::
CCDS97 SLDLTHDEVPEFVV
610
>>CCDS58318.1 FRMD6 gene_id:122786|Hs108|chr14 (622 aa)
initn: 3502 init1: 3502 opt: 4090 Z-score: 3985.6 bits: 747.6 E(32554): 1.1e-215
Smith-Waterman score: 4090; 98.7% identity (98.7% similar) in 622 aa overlap (1-614:1-622)
10 20 30 40 50 60
pF1KB6 MNKLNFHNNRVMQDRRSVCIFLPNDESLNIIINVKILCHQLLVQVCDLLRLKDCHLFGLS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 MNKLNFHNNRVMQDRRSVCIFLPNDESLNIIINVKILCHQLLVQVCDLLRLKDCHLFGLS
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110
pF1KB6 VIQNNEHVYMELSQKLYKYCPKEWKKEASK--------GIDQFGPPMIIHFRVQYYVENG
:::::::::::::::::::::::::::::: ::::::::::::::::::::::
CCDS58 VIQNNEHVYMELSQKLYKYCPKEWKKEASKVRQYEVTWGIDQFGPPMIIHFRVQYYVENG
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KB6 RLISDRAARYYYYWHLRKQVLHSQCVLREEAYFLLAAFALQADLGNFKRNKHYGKYFEPE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 RLISDRAARYYYYWHLRKQVLHSQCVLREEAYFLLAAFALQADLGNFKRNKHYGKYFEPE
130 140 150 160 170 180
180 190 200 210 220 230
pF1KB6 AYFPSWVVSKRGKDYILKHIPNMHKDQFALTASEAHLKYIKEAVRLDDVAVHYYRLYKDK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 AYFPSWVVSKRGKDYILKHIPNMHKDQFALTASEAHLKYIKEAVRLDDVAVHYYRLYKDK
190 200 210 220 230 240
240 250 260 270 280 290
pF1KB6 REIEASLTLGLTMRGIQIFQNLDEEKQLLYDFPWTNVGKLVFVGKKFEILPDGLPSARKL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 REIEASLTLGLTMRGIQIFQNLDEEKQLLYDFPWTNVGKLVFVGKKFEILPDGLPSARKL
250 260 270 280 290 300
300 310 320 330 340 350
pF1KB6 IYYTGCPMRSRHLLQLLSNSHRLYMNLQPVLRHIRKLEENEEKKQYRESYISDNLDLDMD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 IYYTGCPMRSRHLLQLLSNSHRLYMNLQPVLRHIRKLEENEEKKQYRESYISDNLDLDMD
310 320 330 340 350 360
360 370 380 390 400 410
pF1KB6 QLEKRSRASGSSAGSMKHKRLSRHSTASHSSSHTSGIEADTKPRDTGPEDSYSSSAIHRK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 QLEKRSRASGSSAGSMKHKRLSRHSTASHSSSHTSGIEADTKPRDTGPEDSYSSSAIHRK
370 380 390 400 410 420
420 430 440 450 460 470
pF1KB6 LKTCSSMTSHGSSHTSGVESGGKDRLEEDLQDDEIEMLVDDPRDLEQMNEESLEVSPDMC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 LKTCSSMTSHGSSHTSGVESGGKDRLEEDLQDDEIEMLVDDPRDLEQMNEESLEVSPDMC
430 440 450 460 470 480
480 490 500 510 520 530
pF1KB6 IYITEDMLMSRKLNGHSGLIVKEIGSSTSSSSETVVKLRGQSTDSLPQTICRKPKTSTDR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 IYITEDMLMSRKLNGHSGLIVKEIGSSTSSSSETVVKLRGQSTDSLPQTICRKPKTSTDR
490 500 510 520 530 540
540 550 560 570 580 590
pF1KB6 HSLSLDDIRLYQKDFLRIAGLCQDTAQSYTFGCGHELDEEGLYCNSCLAQQCINIQDAFP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 HSLSLDDIRLYQKDFLRIAGLCQDTAQSYTFGCGHELDEEGLYCNSCLAQQCINIQDAFP
550 560 570 580 590 600
600 610
pF1KB6 VKRTSKYFSLDLTHDEVPEFVV
::::::::::::::::::::::
CCDS58 VKRTSKYFSLDLTHDEVPEFVV
610 620
>>CCDS58319.1 FRMD6 gene_id:122786|Hs108|chr14 (264 aa)
initn: 1740 init1: 1740 opt: 1740 Z-score: 1704.6 bits: 324.3 E(32554): 1.3e-88
Smith-Waterman score: 1740; 100.0% identity (100.0% similar) in 264 aa overlap (351-614:1-264)
330 340 350 360 370 380
pF1KB6 PVLRHIRKLEENEEKKQYRESYISDNLDLDMDQLEKRSRASGSSAGSMKHKRLSRHSTAS
::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 MDQLEKRSRASGSSAGSMKHKRLSRHSTAS
10 20 30
390 400 410 420 430 440
pF1KB6 HSSSHTSGIEADTKPRDTGPEDSYSSSAIHRKLKTCSSMTSHGSSHTSGVESGGKDRLEE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 HSSSHTSGIEADTKPRDTGPEDSYSSSAIHRKLKTCSSMTSHGSSHTSGVESGGKDRLEE
40 50 60 70 80 90
450 460 470 480 490 500
pF1KB6 DLQDDEIEMLVDDPRDLEQMNEESLEVSPDMCIYITEDMLMSRKLNGHSGLIVKEIGSST
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 DLQDDEIEMLVDDPRDLEQMNEESLEVSPDMCIYITEDMLMSRKLNGHSGLIVKEIGSST
100 110 120 130 140 150
510 520 530 540 550 560
pF1KB6 SSSSETVVKLRGQSTDSLPQTICRKPKTSTDRHSLSLDDIRLYQKDFLRIAGLCQDTAQS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 SSSSETVVKLRGQSTDSLPQTICRKPKTSTDRHSLSLDDIRLYQKDFLRIAGLCQDTAQS
160 170 180 190 200 210
570 580 590 600 610
pF1KB6 YTFGCGHELDEEGLYCNSCLAQQCINIQDAFPVKRTSKYFSLDLTHDEVPEFVV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 YTFGCGHELDEEGLYCNSCLAQQCINIQDAFPVKRTSKYFSLDLTHDEVPEFVV
220 230 240 250 260
>>CCDS5306.1 FRMD1 gene_id:79981|Hs108|chr6 (549 aa)
initn: 1032 init1: 889 opt: 889 Z-score: 871.8 bits: 171.3 E(32554): 3.1e-42
Smith-Waterman score: 1258; 39.7% identity (63.8% similar) in 605 aa overlap (14-614:52-549)
10 20 30 40
pF1KB6 MNKLNFHNNRVMQDRRSVCIFLPNDESLNIIINVKILCHQLLV
..:.: ..::. :.: . ..:: ..:.
CCDS53 PSGARCMEPSPERPACSQQEPTLGMDAMASEHRDVLVLLPSREQLRLAVGVKATGRELFQ
30 40 50 60 70 80
50 60 70 80 90 100
pF1KB6 QVCDLLRLKDCHLFGLSVIQNNEHVYMELSQKLYKYCPKEWKKEASKGIDQFGPPMIIHF
:::.. ..: ..::: :..:::...:.: ::: :: :.:::: ..: .. :.. .
CCDS53 QVCNVASIRDAQFFGLCVVRNNEYIFMDLEQKLSKYFSKDWKKERNEGNEKPRAPFVAFL
90 100 110 120 130 140
110 120 130 140 150 160
pF1KB6 RVQYYVENGRLISDRAARYYYYWHLRKQVLHSQCVLREEAYFLLAAFALQADLGNFKRNK
:::.::::::.:::. ::. :: ::...::.:::. :::::::::: :::::::. ...
CCDS53 RVQHYVENGRVISDHRARHLYYCHLKERVLRSQCAHREEAYFLLAACALQADLGEHRESA
150 160 170 180 190 200
170 180 190 200 210 220
pF1KB6 HYGKYFEPEAYFPSWVVSKRGKDYILKHIPNMHKDQFALTASEAHLKYIKEAVRLDDVAV
: :.::::..:::.:...::: ::::.:.:..:... .:. .:: : .:.:: ::.:: :
CCDS53 HAGRYFEPHSYFPQWIITKRGIDYILRHMPTLHRERQGLSPKEAMLCFIQEACRLEDVPV
210 220 230 240 250 260
230 240 250 260 270 280
pF1KB6 HYYRLYKDKREIEASLTLGLTMRGIQIFQNLDEEKQLLYDFPWTNVGKLVFVGKKFEILP
:..::.:::.: . .. :::..::..:.: :::.::
CCDS53 HFFRLHKDKKEGRPTVILGLALRGVHIYQ-----------------------GKKLEIQL
270 280 290
290 300 310 320 330 340
pF1KB6 DGLPSARKLIYYTGCPMRSRHLLQLLSNSHRLYMNLQPVLRHIRKLEENEEKKQYRESYI
::::.:.::.::::: ::::::.:: ::.:.. ..:.:...:. :: :::..::::::
CCDS53 DGLPAAQKLVYYTGCTWRSRHLLHLLRASHQLHLRVRPTLQQLRQREEAEEKQHYRESYI
300 310 320 330 340 350
350 360 370 380 390 400
pF1KB6 SDNLDLDMDQLEKRSR-ASGSSAGSMKHKRLSRHSTASHSSSHTSGIEADTKPRDTGPED
::.:.:: : .:: .:: :. : :::::. ::.::.::::.:.. :..
CCDS53 SDELELD---LASRSFPGSGVSSQHCPHC-LSRHSADSHGSSYTSGIKANSWLRESR---
360 370 380 390 400 410
410 420 430 440 450 460
pF1KB6 SYSSSAIHRKLKTCSSMTSHGSSHTSGVESGGKDRLEEDLQDDEIEMLVDDPRDLEQMNE
:: :: : ... ..:
CCDS53 ---------------------------------------------EMSVDVPLEVHGLHE
420
470 480 490 500 510 520
pF1KB6 ESLEVSPDMCIYITEDMLMSRKLNGHSGLIVKEIGSSTSSSSE--TVVKLRGQSTDSLPQ
. :: : .: . :.: .. .: : :. ::::.... :
CCDS53 KEPSSSP-------------RTSRSHPST----RGDSQATRQEPCTQVRTRGQSAEAVHQ
430 440 450 460
530 540 550 560 570 580
pF1KB6 TICRKPKTSTDRHSLSLDDIRLYQKDFLRIAGLCQDTAQSYTFGCGHELDEEGLYCNSCL
.: ..:: .:::..:.: .: :. :.:: : ..: : :
CCDS53 IQEMTAGVSEEQHSHGLDDMQLHQ-----LALHPAPTSLSHTF---H----RALDCR--L
470 480 490 500 510
590 600 610
pF1KB6 AQQCINIQDAFPVKRTSKYFSLDLTHDEVP-EFVV
: : . . ..: ::.:. ..::: . : ::::
CCDS53 AGPC-ETRATLPSKRSSNCLALDLFGEAPPQEFVV
520 530 540
>>CCDS47518.1 FRMD1 gene_id:79981|Hs108|chr6 (481 aa)
initn: 988 init1: 845 opt: 845 Z-score: 829.9 bits: 163.3 E(32554): 6.7e-40
Smith-Waterman score: 1214; 39.9% identity (63.3% similar) in 586 aa overlap (33-614:3-481)
10 20 30 40 50 60
pF1KB6 KLNFHNNRVMQDRRSVCIFLPNDESLNIIINVKILCHQLLVQVCDLLRLKDCHLFGLSVI
.:: ..:. :::.. ..: ..::: :.
CCDS47 MDDVKATGRELFQQVCNVASIRDAQFFGLCVV
10 20 30
70 80 90 100 110 120
pF1KB6 QNNEHVYMELSQKLYKYCPKEWKKEASKGIDQFGPPMIIHFRVQYYVENGRLISDRAARY
.:::...:.: ::: :: :.:::: ..: .. :.. .:::.::::::.:::. ::.
CCDS47 RNNEYIFMDLEQKLSKYFSKDWKKERNEGNEKPRAPFVAFLRVQHYVENGRVISDHRARH
40 50 60 70 80 90
130 140 150 160 170 180
pF1KB6 YYYWHLRKQVLHSQCVLREEAYFLLAAFALQADLGNFKRNKHYGKYFEPEAYFPSWVVSK
:: ::...::.:::. :::::::::: :::::::. ... : :.::::..:::.:...:
CCDS47 LYYCHLKERVLRSQCAHREEAYFLLAACALQADLGEHRESAHAGRYFEPHSYFPQWIITK
100 110 120 130 140 150
190 200 210 220 230 240
pF1KB6 RGKDYILKHIPNMHKDQFALTASEAHLKYIKEAVRLDDVAVHYYRLYKDKREIEASLTLG
:: ::::.:.:..:... .:. .:: : .:.:: ::.:: ::..::.:::.: . .. ::
CCDS47 RGIDYILRHMPTLHRERQGLSPKEAMLCFIQEACRLEDVPVHFFRLHKDKKEGRPTVILG
160 170 180 190 200 210
250 260 270 280 290 300
pF1KB6 LTMRGIQIFQNLDEEKQLLYDFPWTNVGKLVFVGKKFEILPDGLPSARKLIYYTGCPMRS
:..::..:.: :::.:: ::::.:.::.::::: ::
CCDS47 LALRGVHIYQ-----------------------GKKLEIQLDGLPAAQKLVYYTGCTWRS
220 230 240
310 320 330 340 350 360
pF1KB6 RHLLQLLSNSHRLYMNLQPVLRHIRKLEENEEKKQYRESYISDNLDLDMDQLEKRSR-AS
::::.:: ::.:.. ..:.:...:. :: :::..::::::::.:.:: : .:: .:
CCDS47 RHLLHLLRASHQLHLRVRPTLQQLRQREEAEEKQHYRESYISDELELD---LASRSFPGS
250 260 270 280 290 300
370 380 390 400 410 420
pF1KB6 GSSAGSMKHKRLSRHSTASHSSSHTSGIEADTKPRDTGPEDSYSSSAIHRKLKTCSSMTS
: :. : :::::. ::.::.::::.:.. :..
CCDS47 GVSSQHCPHC-LSRHSADSHGSSYTSGIKANSWLRESR----------------------
310 320 330 340
430 440 450 460 470 480
pF1KB6 HGSSHTSGVESGGKDRLEEDLQDDEIEMLVDDPRDLEQMNEESLEVSPDMCIYITEDMLM
:: :: : ... ..:. ::
CCDS47 --------------------------EMSVDVPLEVHGLHEKEPSSSP------------
350 360
490 500 510 520 530
pF1KB6 SRKLNGHSGLIVKEIGSSTSSSSE--TVVKLRGQSTDSLPQTICRKPKTSTDRHSLSLDD
: .: . :.: .. .: : :. ::::.... : .: ..:: .:::
CCDS47 -RTSRSHPST----RGDSQATRQEPCTQVRTRGQSAEAVHQIQEMTAGVSEEQHSHGLDD
370 380 390 400 410 420
540 550 560 570 580 590
pF1KB6 IRLYQKDFLRIAGLCQDTAQSYTFGCGHELDEEGLYCNSCLAQQCINIQDAFPVKRTSKY
..:.: .: :. :.:: :. .: : :: : . . ..: ::.:.
CCDS47 MQLHQ-----LALHPAPTSLSHTF---HR----ALDCR--LAGPC-ETRATLPSKRSSNC
430 440 450 460
600 610
pF1KB6 FSLDLTHDEVP-EFVV
..::: . : ::::
CCDS47 LALDLFGEAPPQEFVV
470 480
>>CCDS47096.1 PTPN13 gene_id:5783|Hs108|chr4 (2294 aa)
initn: 338 init1: 266 opt: 502 Z-score: 486.0 bits: 101.9 E(32554): 9.5e-21
Smith-Waterman score: 523; 23.7% identity (58.4% similar) in 531 aa overlap (14-541:570-1059)
10 20 30 40
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.::.: :.: : . :.. ..: .:....
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