Result of FASTA (ccds) for
pFN21AB5958
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB5958, 550 aa
1>>>pF1KB5958 550 - 550 aa - 550 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.6858+/-0.00104; mu= 16.1422+/- 0.062
mean_var=70.9163+/-14.879, 0's: 0 Z-trim(104.0): 73 B-trim: 902 in 2/48
Lambda= 0.152300
statistics sampled from 7628 (7705) to 7628 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.602), E-opt: 0.2 (0.237), width: 16
Scan time: 3.120
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS2383.1 PTH2R gene_id:5746|Hs108|chr2 ( 550) 3797 844.0 0
CCDS82565.1 PTH2R gene_id:5746|Hs108|chr2 ( 439) 2990 666.6 1.7e-191
CCDS2747.1 PTH1R gene_id:5745|Hs108|chr3 ( 593) 1684 379.7 5.2e-105
CCDS58827.1 VIPR1 gene_id:7433|Hs108|chr3 ( 409) 711 165.9 8.7e-41
CCDS58828.1 VIPR1 gene_id:7433|Hs108|chr3 ( 416) 711 165.9 8.8e-41
CCDS2698.1 VIPR1 gene_id:7433|Hs108|chr3 ( 457) 711 165.9 9.5e-41
CCDS2127.1 SCTR gene_id:6344|Hs108|chr2 ( 440) 687 160.6 3.6e-39
CCDS45712.1 CRHR1 gene_id:1394|Hs108|chr17 ( 444) 635 149.2 9.9e-36
CCDS5433.1 ADCYAP1R1 gene_id:117|Hs108|chr7 ( 468) 634 149.0 1.2e-35
CCDS78295.1 VIPR2 gene_id:7434|Hs108|chr7 ( 422) 605 142.6 9.1e-34
CCDS5950.1 VIPR2 gene_id:7434|Hs108|chr7 ( 438) 605 142.6 9.4e-34
CCDS54177.1 GCGR gene_id:2642|Hs108|chr17 ( 477) 590 139.3 1e-32
CCDS56481.1 ADCYAP1R1 gene_id:117|Hs108|chr7 ( 447) 580 137.1 4.3e-32
CCDS55125.1 CALCR gene_id:799|Hs108|chr7 ( 508) 560 132.7 1e-30
CCDS5432.1 GHRHR gene_id:2692|Hs108|chr7 ( 423) 538 127.8 2.5e-29
CCDS77049.1 CRHR1 gene_id:1394|Hs108|chr17 ( 314) 525 124.9 1.4e-28
CCDS45714.1 CRHR1 gene_id:1394|Hs108|chr17 ( 375) 525 125.0 1.6e-28
CCDS5631.1 CALCR gene_id:799|Hs108|chr7 ( 474) 526 125.2 1.7e-28
CCDS42350.1 CRHR1 gene_id:1394|Hs108|chr17 ( 415) 525 125.0 1.8e-28
CCDS56477.1 CRHR2 gene_id:1395|Hs108|chr7 ( 397) 517 123.2 5.7e-28
CCDS5429.1 CRHR2 gene_id:1395|Hs108|chr7 ( 411) 517 123.2 5.9e-28
CCDS56478.1 CRHR2 gene_id:1395|Hs108|chr7 ( 438) 517 123.2 6.2e-28
CCDS58556.1 CRHR1 gene_id:1394|Hs108|chr17 ( 240) 501 119.6 4.2e-27
CCDS58829.1 VIPR1 gene_id:7433|Hs108|chr3 ( 247) 463 111.3 1.4e-24
CCDS75576.1 CRHR2 gene_id:1395|Hs108|chr7 ( 387) 463 111.4 2.1e-24
CCDS2293.1 CALCRL gene_id:10203|Hs108|chr2 ( 461) 454 109.4 9.6e-24
CCDS11150.1 GLP2R gene_id:9340|Hs108|chr17 ( 553) 403 98.2 2.6e-20
CCDS45713.1 CRHR1 gene_id:1394|Hs108|chr17 ( 401) 400 97.5 3.2e-20
CCDS12671.1 GIPR gene_id:2696|Hs108|chr19 ( 466) 393 96.0 1e-19
CCDS56480.1 ADCYAP1R1 gene_id:117|Hs108|chr7 ( 496) 386 94.5 3.2e-19
CCDS4839.1 GLP1R gene_id:2740|Hs108|chr6 ( 463) 383 93.8 4.8e-19
CCDS82367.1 GIPR gene_id:2696|Hs108|chr19 ( 430) 319 79.7 7.7e-15
CCDS9272.1 ADGRD1 gene_id:283383|Hs108|chr12 ( 874) 309 77.7 6.5e-14
CCDS81753.1 ADGRD1 gene_id:283383|Hs108|chr12 ( 906) 309 77.7 6.7e-14
CCDS59361.1 ADGRE2 gene_id:30817|Hs108|chr19 ( 765) 273 69.7 1.4e-11
CCDS32935.1 ADGRE2 gene_id:30817|Hs108|chr19 ( 823) 273 69.8 1.5e-11
CCDS74296.1 ADGRE3 gene_id:84658|Hs108|chr19 ( 526) 267 68.3 2.5e-11
CCDS74297.1 ADGRE3 gene_id:84658|Hs108|chr19 ( 600) 267 68.4 2.8e-11
CCDS12315.1 ADGRE3 gene_id:84658|Hs108|chr19 ( 652) 267 68.4 3e-11
>>CCDS2383.1 PTH2R gene_id:5746|Hs108|chr2 (550 aa)
initn: 3797 init1: 3797 opt: 3797 Z-score: 4508.3 bits: 844.0 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 3797; 100.0% identity (100.0% similar) in 550 aa overlap (1-550:1-550)
10 20 30 40 50 60
pF1KB5 MAGLGASLHVWGWLMLGSCLLARAQLDSDGTITIEEQIVLVLKAKVQCELNITAQLQEGE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS23 MAGLGASLHVWGWLMLGSCLLARAQLDSDGTITIEEQIVLVLKAKVQCELNITAQLQEGE
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB5 GNCFPEWDGLICWPRGTVGKISAVPCPPYIYDFNHKGVAFRHCNPNGTWDFMHSLNKTWA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS23 GNCFPEWDGLICWPRGTVGKISAVPCPPYIYDFNHKGVAFRHCNPNGTWDFMHSLNKTWA
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB5 NYSDCLRFLQPDISIGKQEFFERLYVMYTVGYSISFGSLAVAILIIGYFRRLHCTRNYIH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS23 NYSDCLRFLQPDISIGKQEFFERLYVMYTVGYSISFGSLAVAILIIGYFRRLHCTRNYIH
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB5 MHLFVSFMLRATSIFVKDRVVHAHIGVKELESLIMQDDPQNSIEATSVDKSQYIGCKIAV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS23 MHLFVSFMLRATSIFVKDRVVHAHIGVKELESLIMQDDPQNSIEATSVDKSQYIGCKIAV
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB5 VMFIYFLATNYYWILVEGLYLHNLIFVAFFSDTKYLWGFILIGWGFPAAFVAAWAVARAT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS23 VMFIYFLATNYYWILVEGLYLHNLIFVAFFSDTKYLWGFILIGWGFPAAFVAAWAVARAT
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB5 LADARCWELSAGDIKWIYQAPILAAIGLNFILFLNTVRVLATKIWETNAVGHDTRKQYRK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS23 LADARCWELSAGDIKWIYQAPILAAIGLNFILFLNTVRVLATKIWETNAVGHDTRKQYRK
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB5 LAKSTLVLVLVFGVHYIVFVCLPHSFTGLGWEIRMHCELFFNSFQGFFVSIIYCYCNGEV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS23 LAKSTLVLVLVFGVHYIVFVCLPHSFTGLGWEIRMHCELFFNSFQGFFVSIIYCYCNGEV
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB5 QAEVKKMWSRWNLSVDWKRTPPCGSRRCGSVLTTVTHSTSSQSQVAASTRMVLISGKAAK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS23 QAEVKKMWSRWNLSVDWKRTPPCGSRRCGSVLTTVTHSTSSQSQVAASTRMVLISGKAAK
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KB5 IASRQPDSHITLPGYVWSNSEQDCLPHSFHEETKEDSGRQGDDILMEKPSRPMESNPDTE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS23 IASRQPDSHITLPGYVWSNSEQDCLPHSFHEETKEDSGRQGDDILMEKPSRPMESNPDTE
490 500 510 520 530 540
550
pF1KB5 GCQGETEDVL
::::::::::
CCDS23 GCQGETEDVL
550
>>CCDS82565.1 PTH2R gene_id:5746|Hs108|chr2 (439 aa)
initn: 2990 init1: 2990 opt: 2990 Z-score: 3551.6 bits: 666.6 E(32554): 1.7e-191
Smith-Waterman score: 2990; 100.0% identity (100.0% similar) in 439 aa overlap (112-550:1-439)
90 100 110 120 130 140
pF1KB5 SAVPCPPYIYDFNHKGVAFRHCNPNGTWDFMHSLNKTWANYSDCLRFLQPDISIGKQEFF
::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS82 MHSLNKTWANYSDCLRFLQPDISIGKQEFF
10 20 30
150 160 170 180 190 200
pF1KB5 ERLYVMYTVGYSISFGSLAVAILIIGYFRRLHCTRNYIHMHLFVSFMLRATSIFVKDRVV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS82 ERLYVMYTVGYSISFGSLAVAILIIGYFRRLHCTRNYIHMHLFVSFMLRATSIFVKDRVV
40 50 60 70 80 90
210 220 230 240 250 260
pF1KB5 HAHIGVKELESLIMQDDPQNSIEATSVDKSQYIGCKIAVVMFIYFLATNYYWILVEGLYL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS82 HAHIGVKELESLIMQDDPQNSIEATSVDKSQYIGCKIAVVMFIYFLATNYYWILVEGLYL
100 110 120 130 140 150
270 280 290 300 310 320
pF1KB5 HNLIFVAFFSDTKYLWGFILIGWGFPAAFVAAWAVARATLADARCWELSAGDIKWIYQAP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS82 HNLIFVAFFSDTKYLWGFILIGWGFPAAFVAAWAVARATLADARCWELSAGDIKWIYQAP
160 170 180 190 200 210
330 340 350 360 370 380
pF1KB5 ILAAIGLNFILFLNTVRVLATKIWETNAVGHDTRKQYRKLAKSTLVLVLVFGVHYIVFVC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS82 ILAAIGLNFILFLNTVRVLATKIWETNAVGHDTRKQYRKLAKSTLVLVLVFGVHYIVFVC
220 230 240 250 260 270
390 400 410 420 430 440
pF1KB5 LPHSFTGLGWEIRMHCELFFNSFQGFFVSIIYCYCNGEVQAEVKKMWSRWNLSVDWKRTP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS82 LPHSFTGLGWEIRMHCELFFNSFQGFFVSIIYCYCNGEVQAEVKKMWSRWNLSVDWKRTP
280 290 300 310 320 330
450 460 470 480 490 500
pF1KB5 PCGSRRCGSVLTTVTHSTSSQSQVAASTRMVLISGKAAKIASRQPDSHITLPGYVWSNSE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS82 PCGSRRCGSVLTTVTHSTSSQSQVAASTRMVLISGKAAKIASRQPDSHITLPGYVWSNSE
340 350 360 370 380 390
510 520 530 540 550
pF1KB5 QDCLPHSFHEETKEDSGRQGDDILMEKPSRPMESNPDTEGCQGETEDVL
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS82 QDCLPHSFHEETKEDSGRQGDDILMEKPSRPMESNPDTEGCQGETEDVL
400 410 420 430
>>CCDS2747.1 PTH1R gene_id:5745|Hs108|chr3 (593 aa)
initn: 1384 init1: 1022 opt: 1684 Z-score: 1998.7 bits: 379.7 E(32554): 5.2e-105
Smith-Waterman score: 1684; 56.6% identity (78.3% similar) in 442 aa overlap (63-495:108-537)
40 50 60 70 80 90
pF1KB5 TIEEQIVLVLKAKVQCELNITAQLQEGEGNCFPEWDGLICWPRGTVGKISAVPCPPYIYD
:.:::: ..::: :. :.. ::::: ::::
CCDS27 PRKDKASGKLYPESEEDKEAPTGSRYRGRPCLPEWDHILCWPLGAPGEVVAVPCPDYIYD
80 90 100 110 120 130
100 110 120 130 140 150
pF1KB5 FNHKGVAFRHCNPNGTWDFMHSLNKTWANYSDCLRFLQPDISIGKQEFFERLYVMYTVGY
::::: :.:.:. ::.:... . :.::::::.:..:: . ..: :.:: ..:::::
CCDS27 FNHKGHAYRRCDRNGSWELVPGHNRTWANYSECVKFLTNETR--EREVFDRLGMIYTVGY
140 150 160 170 180 190
160 170 180 190 200 210
pF1KB5 SISFGSLAVAILIIGYFRRLHCTRNYIHMHLFVSFMLRATSIFVKDRVVHAHIGVKELES
:.:..::.::.::..:::::::::::::::::.::::::.:::::: :... . : :
CCDS27 SVSLASLTVAVLILAYFRRLHCTRNYIHMHLFLSFMLRAVSIFVKDAVLYSGATLDEAER
200 210 220 230 240 250
220 230 240 250 260
pF1KB5 L-------IMQDDPQNSIEATSVDKSQYIGCKIAVVMFIYFLATNYYWILVEGLYLHNLI
: : : : . :.. : ::..::..:.::::::::::::::::::.::
CCDS27 LTEEELRAIAQAPPPPATAAAG-----YAGCRVAVTFFLYFLATNYYWILVEGLYLHSLI
260 270 280 290 300 310
270 280 290 300 310 320
pF1KB5 FVAFFSDTKYLWGFILIGWGFPAAFVAAWAVARATLADARCWELSAGDIKWIYQAPILAA
:.::::. :::::: ..:::.::.:::.:. .:::::.. ::.::.:. ::: :.::::.
CCDS27 FMAFFSEKKYLWGFTVFGWGLPAVFVAVWVSVRATLANTGCWDLSSGNKKWIIQVPILAS
320 330 340 350 360 370
330 340 350 360 370 380
pF1KB5 IGLNFILFLNTVRVLATKIWETNAVGHDTRKQYRKLAKSTLVLVLVFGVHYIVFVCLPHS
: ::::::.: :::::::. :::: :::.::::: ::::::. .::::::::. :..
CCDS27 IVLNFILFINIVRVLATKLRETNAGRCDTRQQYRKLLKSTLVLMPLFGVHYIVFMATPYT
380 390 400 410 420 430
390 400 410 420 430 440
pF1KB5 -FTGLGWEIRMHCELFFNSFQGFFVSIIYCYCNGEVQAEVKKMWSRWNLSVDWKRTPPCG
.: :...:: :..:::::::::.::::.::::::::.:: ::::.:..:.:: :
CCDS27 EVSGTLWQVQMHYEMLFNSFQGFFVAIIYCFCNGEVQAEIKKSWSRWTLALDFKRKARSG
440 450 460 470 480 490
450 460 470 480 490 500
pF1KB5 SRRCGSVLTTVTHSTSSQSQVAASTRMVL-ISGKAAKIASRQPDSHITLPGYVWSNSEQD
: : :.:. : ..:. . . : .: . :. ..: :::.
CCDS27 SSSY-SYGPMVSHT--SVTNVGPRVGLGLPLSPRLLPTATT--NGHPQLPGHAKPGTPAL
500 510 520 530 540
510 520 530 540 550
pF1KB5 CLPHSFHEETKEDSGRQGDDILMEKPSRPMESNPDTEGCQGETEDVL
CCDS27 ETLETTPPAMAAPKDDGFLNGSCSGLDEEASGPERPPALLQEEWETVM
550 560 570 580 590
>>CCDS58827.1 VIPR1 gene_id:7433|Hs108|chr3 (409 aa)
initn: 973 init1: 417 opt: 711 Z-score: 845.8 bits: 165.9 E(32554): 8.7e-41
Smith-Waterman score: 993; 38.8% identity (64.7% similar) in 425 aa overlap (61-472:14-409)
40 50 60 70 80 90
pF1KB5 TITIEEQIVLVLKAKVQCELNITAQLQEGEGNCFPEWDGLICWPRGTVGKISAVPCPPYI
:.: ::.: ::: :.. .. :: .
CCDS58 MRAGRRPRLGPWAGGCSKMWDNLTCWPATPRGQVVVLACPLIF
10 20 30 40
100 110 120 130 140
pF1KB5 YDFNH-KGVAF-RHCNPNGTWDFMHSLNKTWANYSDCLRFLQPDISIGKQE-FFERLYVM
:. .: : :. .: : .. : : . :. .: :. . .
CCDS58 KLFSSIQGRNVSRSCTDEG-WTHLEPGPYPIACGLD-----DKAASLDEQTMFYGSVKTG
50 60 70 80 90
150 160 170 180 190 200
pF1KB5 YTVGYSISFGSLAVAILIIGYFRRLHCTRNYIHMHLFVSFMLRATSIFVKDRVVHAHIGV
::.::..:...: :: :.. ::.:::::::::::::.::.:::...:.::
CCDS58 YTIGYGLSLATLLVATAILSLFRKLHCTRNYIHMHLFISFILRAAAVFIKD---------
100 110 120 130 140
210 220 230 240 250 260
pF1KB5 KELESLIMQDDPQNSIEATSVDKSQYIGCKIAVVMFIYFLATNYYWILVEGLYLHNLIFV
: . : : :. . .... .::: :.:.: : . .:..:.:::::::..:. :
CCDS58 -----LALFD----SGESDQCSEGS-VGCKAAMVFFQYCVMANFFWLLVEGLYLYTLLAV
150 160 170 180 190
270 280 290 300 310 320
pF1KB5 AFFSDTKYLWGFILIGWGFPAAFVAAWAVARATLADARCWELSAGDIKWIYQAPILAAIG
.:::. ::.::.:::::: :..:. .:..:: . : ::. ... :: ..:::..:
CCDS58 SFFSERKYFWGYILIGWGVPSTFTMVWTIARIHFEDYGCWDTINSSLWWIIKGPILTSIL
200 210 220 230 240 250
330 340 350 360 370 380
pF1KB5 LNFILFLNTVRVLATKIWETNAVGHDTRKQYRKLAKSTLVLVLVFGVHYIVFVCLPHSFT
.:::::. .:.: :. . :. . : .::.:::.:. .::::::.:. .: .:
CCDS58 VNFILFICIIRILLQKLRPPDIRKSDS-SPYSRLARSTLLLIPLFGVHYIMFAFFPDNFK
260 270 280 290 300 310
390 400 410 420 430 440
pF1KB5 GLGWEIRMHCELFFNSFQGFFVSIIYCYCNGEVQAEVKKMWSRWNLS--VDWK---RTPP
:..: :: .::::: :.:.::. :::::::... : ::.:. . :. : :
CCDS58 P---EVKMVFELVVGSFQGFVVAILYCFLNGEVQAELRRKWRRWHLQGVLGWNPKYRHPS
320 330 340 350 360 370
450 460 470 480 490
pF1KB5 CGSR--RCG---SVLTTVTHSTSSQSQVAASTRMVLISGKAAKIASRQPDSHITLPGYVW
:: :. :.:: :. .. .:. : . .:
CCDS58 GGSNGATCSTQVSMLTRVSPGARRSSSFQAEVSLV
380 390 400
500 510 520 530 540 550
pF1KB5 SNSEQDCLPHSFHEETKEDSGRQGDDILMEKPSRPMESNPDTEGCQGETEDVL
>>CCDS58828.1 VIPR1 gene_id:7433|Hs108|chr3 (416 aa)
initn: 991 init1: 417 opt: 711 Z-score: 845.6 bits: 165.9 E(32554): 8.8e-41
Smith-Waterman score: 997; 38.6% identity (64.7% similar) in 433 aa overlap (54-472:13-416)
30 40 50 60 70 80
pF1KB5 AQLDSDGTITIEEQIVLVLKAKVQCELNITAQLQEGEGNCFPEWDGLICWPRGTVGKISA
:::.. .: ::.: ::: :.. .
CCDS58 MIEVQHKQCLEEAQLENETIGCSKMWDNLTCWPATPRGQVVV
10 20 30 40
90 100 110 120 130
pF1KB5 VPCPPYIYDFNH-KGVAF-RHCNPNGTWDFMHSLNKTWANYSDCLRFLQPDISIGKQE--
. :: . :. .: : :. .: : .. : : . :. .:.
CCDS58 LACPLIFKLFSSIQGRNVSRSCTDEG-WTHLEPGPYPIACGLD-----DKAASLDEQQTM
50 60 70 80 90
140 150 160 170 180 190
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:. . . ::.::..:...: :: :.. ::.:::::::::::::.::.:::...:.::
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: . : : :. . .... .::: :.:.: : . .:..:.:::::
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::..:. :.:::. ::.::.:::::: :..:. .:..:: . : ::. ... :: .
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.:::..: .:::::. .:.: :. . :. . : .::.:::.:. .::::::.:
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. .: .: :..: :: .::::: :.:.::. :::::::... : ::.:. . :
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. : : :: :. :.:: :. .. .:. : . .:
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::::::::::.::.:::...:.:: : . : : :. . .... .
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CCDS26 FQAEVSLV
450
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CCDS21 DLGTEQPVPGCEGMWDNISCWPSSVPGRMVEVECPRFLRMLTSRNGSLFRNCTQDG-WS-
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. .:: . . .:::.:.. .. .:::...: ::.: ::. ... . :
CCDS45 YYDNEKCWFGKRPGVYTDYIYQGPMILVLLINFIFLFNIVRILMTKLRASTT---SETIQ
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::: .:.::::. ..:. :..: : .. . .. . :..::::::::..::. :
CCDS45 YRKAVKATLVLLPLLGITYMLFFVNPGE-DEVSRVVFIYFNSFLESFQGFFVSVFYCFLN
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pF1KB5 GEVQAEVKKMWSRWNLSVDWKRTPPCGSRRCGSVLTTVTHSTSSQSQVAASTRMVLISGK
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CCDS45 SEVRSAIRKRWHRWQDKHSIRARVARAMSIPTSPTRVSFHSIKQSTAV
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CCDS54 PGCPGMWDNITCWKPAHVGEMVLVSCPELFRIFNPDQVWETETIGESDFGDSNSLDLSDM
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CCDS54 GVVSRNCTEDG-W------SEPFPHYFDACGFDEYESETGDQDYYYLSVKALYTVGYSTS
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CCDS54 LVTLTTAMVILCRFRKLHCTRNFIHMNLFVSFMLRAISVFIKDWILYAE-----------
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pF1KB5 QDDPQNSIEATSVDKSQYIGCKIAVVMFIYFLATNYYWILVEGLYLHNLIFVAFFSDTKY
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CCDS54 QDS--NHCFISTVE------CKAVMVFFHYCVVSNYFWLFIEGLYLFTLLVETFFPERRY
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CCDS54 FYWYTIIGWGTPTVCVTVWATLRLYFDDTGCWDMNDSTALWWVIKGPVVGSIMVNFVLFI
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CCDS54 GIIVILVQKL-QSPDMGGNESSIYLRLARSTLLLIPLFGIHYTVFAFSPENVSK---RER
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pF1KB5 MHCELFFNSFQGFFVSIIYCYCNGEVQAEVKKMWSRWNLS----VDWKRTPPC--GSRRC
. :: ..::::: :...::. :::::::.:. : :... ::.:. : .:
CCDS54 LVFELGLGSFQGFVVAVLYCFLNGEVQAEIKRKWRSWKVNRYFAVDFKHRHPSLASSGVN
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pF1KB5 GSVLTTVTHSTSSQSQVAASTRMVLISGKAAKIASRQPDSHITLPGYVWSNSEQDCLPHS
:.. .. ..:::
CCDS54 GGTQLSILSKSSSQIRMSGLPADNLAT
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CCDS78 PATLQGHTSLPGCQEEPARDPQSGLPQITSESSSFSE-GSLPSWSSGPAGAKLNA-----
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pF1KB5 YIYDFNHKGVAFRHCNPNGTWDFMHSLNKTWANYSDCLRFLQPDISIGKQEFFERLYVMY
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CCDS78 -----SHEGIG---SSSDGNGDSKAATERVVSAM-DTVRRKHPEIT-----FYILVKAIY
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CCDS78 TLGYSVSLMSLATGSIILCLFRKLHCTRNYIHLNLFLSFILRAISVLVKDDVLYSSSG--
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CCDS78 ---TLHCPDQP-----------SSWVGCKLSLVFLQYCIMANFFWLLVEGLYLHTLL-VA
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CCDS78 MLPPRRCFLAYLLIGWGLPTVCIGAWTAARLYLEDTGCWDTNDHSVPWWVIRIPILISII
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CCDS78 VNFVLFISIIRILLQKLTSPDVGGND-QSQYKRLAKSTLLLIPLFGVHYMVFAVFPISIS
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CCDS78 S---KYQILFELCLGSFQGLVVAVLYCFLNSEVQCELKRKWRSRCPTPSASRDYRVCGSS
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pF1KB5 --RCGSVLTTVTHSTS-SQSQVAASTRMVLISGKAAKIASRQPDSHITLPGYVWSNSEQD
: :: . : : .:: . . : ..
CCDS78 FSRNGSEGALQFHRGSRAQSFLQTETSVI
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550 residues in 1 query sequences
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]