Result of FASTA (omim) for
pFN21AB5932
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB5932, 538 aa
1>>>pF1KB5932 538 - 538 aa - 538 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.8412+/-0.000368; mu= 12.2447+/- 0.023
mean_var=162.2353+/-32.958, 0's: 0 Z-trim(119.1): 336 B-trim: 407 in 1/56
Lambda= 0.100694
statistics sampled from 32208 (32666) to 32208 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.718), E-opt: 0.2 (0.383), width: 16
Scan time: 11.010
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_066301 (OMIM: 600026) beta-1-syntrophin [Homo s ( 538) 3549 527.9 3e-149
XP_011515541 (OMIM: 600026) PREDICTED: beta-1-synt ( 382) 2481 372.6 1.2e-102
NP_006741 (OMIM: 600027) beta-2-syntrophin [Homo s ( 540) 1990 301.4 4.5e-81
NP_003089 (OMIM: 601017,612955) alpha-1-syntrophin ( 505) 1603 245.2 3.6e-64
XP_005260574 (OMIM: 601017,612955) PREDICTED: alph ( 504) 1423 219.0 2.7e-56
XP_011527310 (OMIM: 601017,612955) PREDICTED: alph ( 495) 1202 186.9 1.2e-46
XP_011527309 (OMIM: 601017,612955) PREDICTED: alph ( 496) 1202 186.9 1.2e-46
XP_016859860 (OMIM: 608715) PREDICTED: gamma-2-syn ( 317) 349 62.8 1.8e-09
XP_016859861 (OMIM: 608715) PREDICTED: gamma-2-syn ( 317) 349 62.8 1.8e-09
XP_016859859 (OMIM: 608715) PREDICTED: gamma-2-syn ( 337) 349 62.8 1.9e-09
XP_016859858 (OMIM: 608715) PREDICTED: gamma-2-syn ( 345) 349 62.8 1.9e-09
XP_016859857 (OMIM: 608715) PREDICTED: gamma-2-syn ( 349) 349 62.8 1.9e-09
XP_016859855 (OMIM: 608715) PREDICTED: gamma-2-syn ( 436) 349 62.9 2.3e-09
XP_016859854 (OMIM: 608715) PREDICTED: gamma-2-syn ( 437) 349 62.9 2.3e-09
XP_016859851 (OMIM: 608715) PREDICTED: gamma-2-syn ( 537) 349 63.0 2.6e-09
NP_061841 (OMIM: 608715) gamma-2-syntrophin [Homo ( 539) 349 63.0 2.6e-09
XP_016859850 (OMIM: 608715) PREDICTED: gamma-2-syn ( 540) 349 63.0 2.6e-09
XP_016859863 (OMIM: 608715) PREDICTED: gamma-2-syn ( 270) 341 61.6 3.6e-09
XP_016859852 (OMIM: 608715) PREDICTED: gamma-2-syn ( 480) 341 61.8 5.4e-09
XP_016869071 (OMIM: 608714) PREDICTED: gamma-1-syn ( 304) 296 55.1 3.7e-07
XP_016869070 (OMIM: 608714) PREDICTED: gamma-1-syn ( 316) 296 55.1 3.8e-07
NP_001308704 (OMIM: 608714) gamma-1-syntrophin iso ( 435) 296 55.2 4.7e-07
NP_001308706 (OMIM: 608714) gamma-1-syntrophin iso ( 435) 296 55.2 4.7e-07
NP_001308707 (OMIM: 608714) gamma-1-syntrophin iso ( 435) 296 55.2 4.7e-07
NP_001308705 (OMIM: 608714) gamma-1-syntrophin iso ( 435) 296 55.2 4.7e-07
XP_011515850 (OMIM: 608714) PREDICTED: gamma-1-syn ( 472) 296 55.3 5e-07
NP_001274743 (OMIM: 608714) gamma-1-syntrophin iso ( 480) 296 55.3 5e-07
NP_001308702 (OMIM: 608714) gamma-1-syntrophin iso ( 517) 296 55.3 5.3e-07
NP_001274742 (OMIM: 608714) gamma-1-syntrophin iso ( 517) 296 55.3 5.3e-07
NP_061840 (OMIM: 608714) gamma-1-syntrophin isofor ( 517) 296 55.3 5.3e-07
XP_016869069 (OMIM: 608714) PREDICTED: gamma-1-syn ( 517) 296 55.3 5.3e-07
XP_016869068 (OMIM: 608714) PREDICTED: gamma-1-syn ( 517) 296 55.3 5.3e-07
NP_001017408 (OMIM: 606845) Golgi-associated PDZ a ( 454) 263 50.5 1.3e-05
NP_065132 (OMIM: 606845) Golgi-associated PDZ and ( 462) 263 50.5 1.4e-05
NP_066943 (OMIM: 300189,300850) disks large homolo ( 817) 231 46.1 0.0005
XP_006724689 (OMIM: 300189,300850) PREDICTED: disk ( 831) 231 46.1 0.00051
XP_011529185 (OMIM: 300189,300850) PREDICTED: disk ( 835) 231 46.1 0.00051
XP_006724688 (OMIM: 300189,300850) PREDICTED: disk ( 849) 231 46.1 0.00052
XP_011522004 (OMIM: 602887) PREDICTED: disks large ( 664) 215 43.7 0.0022
NP_001308005 (OMIM: 602887) disks large homolog 4 ( 664) 215 43.7 0.0022
NP_001308006 (OMIM: 602887) disks large homolog 4 ( 664) 215 43.7 0.0022
XP_016879779 (OMIM: 602887) PREDICTED: disks large ( 697) 215 43.7 0.0023
XP_016879778 (OMIM: 602887) PREDICTED: disks large ( 699) 215 43.7 0.0023
XP_016879777 (OMIM: 602887) PREDICTED: disks large ( 702) 215 43.7 0.0023
NP_001122299 (OMIM: 602887) disks large homolog 4 ( 721) 215 43.7 0.0023
XP_016859853 (OMIM: 608715) PREDICTED: gamma-2-syn ( 466) 212 43.1 0.0023
NP_001308004 (OMIM: 602887) disks large homolog 4 ( 724) 215 43.7 0.0023
XP_005256548 (OMIM: 602887) PREDICTED: disks large ( 754) 215 43.7 0.0024
NP_001308003 (OMIM: 602887) disks large homolog 4 ( 764) 215 43.7 0.0024
NP_001356 (OMIM: 602887) disks large homolog 4 iso ( 767) 215 43.7 0.0024
>>NP_066301 (OMIM: 600026) beta-1-syntrophin [Homo sapie (538 aa)
initn: 3549 init1: 3549 opt: 3549 Z-score: 2800.4 bits: 527.9 E(85289): 3e-149
Smith-Waterman score: 3549; 100.0% identity (100.0% similar) in 538 aa overlap (1-538:1-538)
10 20 30 40 50 60
pF1KB5 MAVAAAAAAAGPAGAGGGRAQRSGLLEVLVRDRWHKVLVNLSEDALVLSSEEGAAAYNGI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_066 MAVAAAAAAAGPAGAGGGRAQRSGLLEVLVRDRWHKVLVNLSEDALVLSSEEGAAAYNGI
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB5 GTATNGSFCRGAGAGHPGAGGAQPPDSPAGVRTAFTDLPEQVPESISNQKRGVKVLKQEL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_066 GTATNGSFCRGAGAGHPGAGGAQPPDSPAGVRTAFTDLPEQVPESISNQKRGVKVLKQEL
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB5 GGLGISIKGGKENKMPILISKIFKGLAADQTQALYVGDAILSVNGADLRDATHDEAVQAL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_066 GGLGISIKGGKENKMPILISKIFKGLAADQTQALYVGDAILSVNGADLRDATHDEAVQAL
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB5 KRAGKEVLLEVKYMREATPYVKKGSPVSEIGWETPPPESPRLGGSTSDPPSSQSFSFHRD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_066 KRAGKEVLLEVKYMREATPYVKKGSPVSEIGWETPPPESPRLGGSTSDPPSSQSFSFHRD
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB5 RKSIPLKMCYVTRSMALADPENRQLEIHSPDAKHTVILRSKDSATAQAWFSAIHSNVNDL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_066 RKSIPLKMCYVTRSMALADPENRQLEIHSPDAKHTVILRSKDSATAQAWFSAIHSNVNDL
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB5 LTRVIAEVREQLGKTGIAGSREIRHLGWLAEKVPGESKKQWKPALVVLTEKDLLIYDSMP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_066 LTRVIAEVREQLGKTGIAGSREIRHLGWLAEKVPGESKKQWKPALVVLTEKDLLIYDSMP
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB5 RRKEAWFSPVHTYPLLATRLVHSGPGKGSPQAGVDLSFATRTGTRQGIETHLFRAETSRD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_066 RRKEAWFSPVHTYPLLATRLVHSGPGKGSPQAGVDLSFATRTGTRQGIETHLFRAETSRD
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB5 LSHWTRSIVQGCHNSAELIAEISTACTYKNQECRLTIHYENGFSITTEPQEGAFPKTIIQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_066 LSHWTRSIVQGCHNSAELIAEISTACTYKNQECRLTIHYENGFSITTEPQEGAFPKTIIQ
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530
pF1KB5 SPYEKLKMSSDDGIRMLYLDFGGKDGEIQLDLHSCPKPIVFIIHSFLSAKITRLGLVA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_066 SPYEKLKMSSDDGIRMLYLDFGGKDGEIQLDLHSCPKPIVFIIHSFLSAKITRLGLVA
490 500 510 520 530
>>XP_011515541 (OMIM: 600026) PREDICTED: beta-1-syntroph (382 aa)
initn: 2481 init1: 2481 opt: 2481 Z-score: 1963.8 bits: 372.6 E(85289): 1.2e-102
Smith-Waterman score: 2481; 100.0% identity (100.0% similar) in 378 aa overlap (1-378:1-378)
10 20 30 40 50 60
pF1KB5 MAVAAAAAAAGPAGAGGGRAQRSGLLEVLVRDRWHKVLVNLSEDALVLSSEEGAAAYNGI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 MAVAAAAAAAGPAGAGGGRAQRSGLLEVLVRDRWHKVLVNLSEDALVLSSEEGAAAYNGI
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB5 GTATNGSFCRGAGAGHPGAGGAQPPDSPAGVRTAFTDLPEQVPESISNQKRGVKVLKQEL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 GTATNGSFCRGAGAGHPGAGGAQPPDSPAGVRTAFTDLPEQVPESISNQKRGVKVLKQEL
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB5 GGLGISIKGGKENKMPILISKIFKGLAADQTQALYVGDAILSVNGADLRDATHDEAVQAL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 GGLGISIKGGKENKMPILISKIFKGLAADQTQALYVGDAILSVNGADLRDATHDEAVQAL
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB5 KRAGKEVLLEVKYMREATPYVKKGSPVSEIGWETPPPESPRLGGSTSDPPSSQSFSFHRD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 KRAGKEVLLEVKYMREATPYVKKGSPVSEIGWETPPPESPRLGGSTSDPPSSQSFSFHRD
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB5 RKSIPLKMCYVTRSMALADPENRQLEIHSPDAKHTVILRSKDSATAQAWFSAIHSNVNDL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 RKSIPLKMCYVTRSMALADPENRQLEIHSPDAKHTVILRSKDSATAQAWFSAIHSNVNDL
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB5 LTRVIAEVREQLGKTGIAGSREIRHLGWLAEKVPGESKKQWKPALVVLTEKDLLIYDSMP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 LTRVIAEVREQLGKTGIAGSREIRHLGWLAEKVPGESKKQWKPALVVLTEKDLLIYDSMP
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB5 RRKEAWFSPVHTYPLLATRLVHSGPGKGSPQAGVDLSFATRTGTRQGIETHLFRAETSRD
::::::::::::::::::
XP_011 RRKEAWFSPVHTYPLLATSPHP
370 380
>>NP_006741 (OMIM: 600027) beta-2-syntrophin [Homo sapie (540 aa)
initn: 1690 init1: 609 opt: 1990 Z-score: 1576.4 bits: 301.4 E(85289): 4.5e-81
Smith-Waterman score: 1990; 56.8% identity (79.2% similar) in 549 aa overlap (1-537:3-539)
10 20 30 40 50
pF1KB5 MAVAAAAAAAGPAGAGGGRAQRSGLLEVLVRDRWHKVLVNLSEDALVLSSEEGAA---
.:.:.:::.:::: : :: ..::.:.:.:.:: .:...:: ..: :... .::
NP_006 MRVAAATAAAGAGPAMAVWTRATKAGLVELLLRERWVRVVAELSGESLSLTGDAAAAELE
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KB5 -AYNGIGTATNGSFCRGAGAGH--PGAG--GAQPPDSPAGVRTAFTDLPEQVPESISNQK
: . ..: :: . :.::: ::. : ::. :: : . . :
NP_006 PALGPAAAAFNG-LPNGGGAGDSLPGSPSRGLGPPSPPAPPRGPAGEAGASPPV------
70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KB5 RGVKVLKQELGGLGISIKGGKENKMPILISKIFKGLAADQTQALYVGDAILSVNGADLRD
: :.:.::: ::::::::::.::.::::::::: ::::::..:: .:::::::::.:::.
NP_006 RRVRVVKQEAGGLGISIKGGRENRMPILISKIFPGLAADQSRALRLGDAILSVNGTDLRQ
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220
pF1KB5 ATHDEAVQALKRAGKEVLLEVKYMREATPYVKKGSPVSEIGWETPPPESPRLGGST-SDP
::::.:::::::::::::::::..::.:::.:: : ::.. :: :.:: ..:: :
NP_006 ATHDQAVQALKRAGKEVLLEVKFIREVTPYIKKPSLVSDLPWEGAAPQSPSFSGSEDSGS
180 190 200 210 220 230
230 240 250 260 270 280
pF1KB5 PSSQSFSFHRDRKSIPLKMCYVTRSMALADPENRQLEIHSPDAKHTVILRSKDSATAQAW
:. :. . .::: ::::::...:.... : ::: .:.::::...:.::: ::.:::..:
NP_006 PKHQNST--KDRKIIPLKMCFAARNLSMPDLENRLIELHSPDSRNTLILRCKDTATAHSW
240 250 260 270 280 290
290 300 310 320 330 340
pF1KB5 FSAIHSNVNDLLTRVIAEVREQLGKTGIAG-SREIRHLGWLAE--KVPGESKKQWKPALV
: :::.:. :: .:.::. .:: :. :: :.:..:..:::: :. : ...::.:.:.
NP_006 FVAIHTNIMALLPQVLAELNAMLGATSTAGGSKEVKHIAWLAEQAKLDG-GRQQWRPVLM
300 310 320 330 340 350
350 360 370 380 390 400
pF1KB5 VLTEKDLLIYDSMPRRKEAWFSPVHTYPLLATRLVHSGPGKGSPQAGVDLSFATRTGTRQ
..::::::.:: :: ..:: :: :.:::.:::::::: : ::. : ::.::::::.::
NP_006 AVTEKDLLLYDCMPWTRDAWASPCHSYPLVATRLVHSGSGCRSPSLGSDLTFATRTGSRQ
360 370 380 390 400 410
410 420 430 440 450 460
pF1KB5 GIETHLFRAETSRDLSHWTRSIVQGCHNSAELIAEISTACTYKNQECRLTIHYENGFSIT
::: ::::.:: :::: ::: .::::: .:::: :.: .: ..:: ::::::::::.:.
NP_006 GIEMHLFRVETHRDLSSWTRILVQGCHAAAELIKEVSLGCMLNGQEVRLTIHYENGFTIS
420 430 440 450 460 470
470 480 490 500 510 520
pF1KB5 TEPQEGAFPKTIIQSPYEKLKMSSDDGIRMLYLDFGGKDGEIQLDLHSCPKPIVFIIHSF
: .:. . . . :.:.::::.::::: ::::::: .::. .:::::::::::..:.:
NP_006 RE--NGGSSSILYRYPFERLKMSADDGIRNLYLDFGGPEGELTMDLHSCPKPIVFVLHTF
480 490 500 510 520
530
pF1KB5 LSAKITRLGLVA
::::.::.::.
NP_006 LSAKVTRMGLLV
530 540
>>NP_003089 (OMIM: 601017,612955) alpha-1-syntrophin [Ho (505 aa)
initn: 1647 init1: 541 opt: 1603 Z-score: 1273.0 bits: 245.2 E(85289): 3.6e-64
Smith-Waterman score: 1665; 50.8% identity (75.6% similar) in 532 aa overlap (15-538:2-505)
10 20 30 40 50
pF1KB5 MAVAAAAAAAGPAGAGGGRAQRSGLLEVLVR-------DRWHKVLVNLSEDALVLSSEEG
:.: :: :.::::. . .::..::..:.::.:..: .:
NP_003 MASGRRAPRTGLLELRAGAGSGAGGERWQRVLLSLAEDVLTVSPADG
10 20 30 40
60 70 80 90 100 110
pF1KB5 AAAYNGIGTATNGSFCRGAGAGHPGAGGAQPPDSPAGVRTAFTDLPEQVPESISNQKRGV
. . :. . . ::..:::: :: :.::.. :.: :
NP_003 DPGPEP-GAPREQEPAQLNGAAEPGAG---PP---------------QLPEALLLQRRRV
50 60 70 80
120 130 140 150 160 170
pF1KB5 KVLKQELGGLGISIKGGKENKMPILISKIFKGLAADQTQALYVGDAILSVNGADLRDATH
: : . ::::::::::.::::::::::::::::::::.::.:::::::::: :: .:::
NP_003 TVRKADAGGLGISIKGGRENKMPILISKIFKGLAADQTEALFVGDAILSVNGEDLSSATH
90 100 110 120 130 140
180 190 200 210 220 230
pF1KB5 DEAVQALKRAGKEVLLEVKYMREATPYVKKGSPVSEIGWETPPPESPRLGGSTSDPPSSQ
:::::.::..::::.::::::....:: :... . .::..:: :: .: :. .
NP_003 DEAVQVLKKTGKEVVLEVKYMKDVSPYFKNSTGGTSVGWDSPPA-SPLQRQPSSPGPTPR
150 160 170 180 190 200
240 250 260 270 280 290
pF1KB5 SFSFHRDRKSIPLKMCYVTRSMALADPENRQLEIHSPDAKHTVILRSKDSATAQAWFSAI
.:: . : . ::: ::.. . ::: : ::: : :.. :..::.:: :.:..: .::
NP_003 NFS---EAKHMSLKMAYVSKRCTPNDPEPRYLEICSADGQDTLFLRAKDEASARSWATAI
210 220 230 240 250 260
300 310 320 330 340 350
pF1KB5 HSNVNDLLTRVIAEVREQLGKTGIAGSREIRHLGWLAEKVPGESKKQWKPALVVLTEKDL
...:: : :: :.. :. :. :::..:...:::.:..:. . :.:..::::.:
NP_003 QAQVNTLTPRVKDELQALLAATSTAGSQDIKQIGWLTEQLPSGGT---APTLALLTEKEL
270 280 290 300 310 320
360 370 380 390 400 410
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538 residues in 1 query sequences
60827320 residues in 85289 library sequences
Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]