FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KB5917, 505 aa
  1>>>pF1KB5917 505 - 505 aa - 505 aa
Library: human.CCDS.faa
  18511270 residues in 32554 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 7.0780+/-0.000818; mu= 12.2777+/- 0.050
 mean_var=145.9651+/-29.308, 0's: 0 Z-trim(112.8): 103  B-trim: 240 in 2/53
 Lambda= 0.106157
 statistics sampled from 13410 (13519) to 13410 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.745), E-opt: 0.2 (0.415), width:  16
 Scan time:  3.360

The best scores are:                                      opt bits E(32554)
CCDS13220.1 SNTA1 gene_id:6640|Hs108|chr20         ( 505) 3322 520.2 2.1e-147
CCDS6334.1 SNTB1 gene_id:6641|Hs108|chr8           ( 538) 1603 257.0 3.9e-68
CCDS10873.1 SNTB2 gene_id:6645|Hs108|chr16         ( 540) 1432 230.8   3e-60


>>CCDS13220.1 SNTA1 gene_id:6640|Hs108|chr20              (505 aa)
 initn: 3322 init1: 3322 opt: 3322  Z-score: 2759.9  bits: 520.2 E(32554): 2.1e-147
Smith-Waterman score: 3322; 100.0% identity (100.0% similar) in 505 aa overlap (1-505:1-505)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB5 MASGRRAPRTGLLELRAGAGSGAGGERWQRVLLSLAEDVLTVSPADGDPGPEPGAPREQE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 MASGRRAPRTGLLELRAGAGSGAGGERWQRVLLSLAEDVLTVSPADGDPGPEPGAPREQE
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KB5 PAQLNGAAEPGAGPPQLPEALLLQRRRVTVRKADAGGLGISIKGGRENKMPILISKIFKG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 PAQLNGAAEPGAGPPQLPEALLLQRRRVTVRKADAGGLGISIKGGRENKMPILISKIFKG
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KB5 LAADQTEALFVGDAILSVNGEDLSSATHDEAVQVLKKTGKEVVLEVKYMKDVSPYFKNST
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 LAADQTEALFVGDAILSVNGEDLSSATHDEAVQVLKKTGKEVVLEVKYMKDVSPYFKNST
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KB5 GGTSVGWDSPPASPLQRQPSSPGPTPRNFSEAKHMSLKMAYVSKRCTPNDPEPRYLEICS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 GGTSVGWDSPPASPLQRQPSSPGPTPRNFSEAKHMSLKMAYVSKRCTPNDPEPRYLEICS
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KB5 ADGQDTLFLRAKDEASARSWATAIQAQVNTLTPRVKDELQALLAATSTAGSQDIKQIGWL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 ADGQDTLFLRAKDEASARSWATAIQAQVNTLTPRVKDELQALLAATSTAGSQDIKQIGWL
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KB5 TEQLPSGGTAPTLALLTEKELLLYLSLPETREALSRPARTAPLIATRLVHSGPSKGSVPY
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 TEQLPSGGTAPTLALLTEKELLLYLSLPETREALSRPARTAPLIATRLVHSGPSKGSVPY
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400       410       420
pF1KB5 DAELSFALRTGTRHGVDTHLFSVESPQELAAWTRQLVDGCHRAAEGVQEVSTACTWNGRP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 DAELSFALRTGTRHGVDTHLFSVESPQELAAWTRQLVDGCHRAAEGVQEVSTACTWNGRP
              370       380       390       400       410       420

              430       440       450       460       470       480
pF1KB5 CSLSVHIDKGFTLWAAEPGAARAVLLRQPFEKLQMSSDDGASLLFLDFGGAEGEIQLDLH
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 CSLSVHIDKGFTLWAAEPGAARAVLLRQPFEKLQMSSDDGASLLFLDFGGAEGEIQLDLH
              430       440       450       460       470       480

              490       500     
pF1KB5 SCPKTIVFIIHSFLSAKVTRLGLLA
       :::::::::::::::::::::::::
CCDS13 SCPKTIVFIIHSFLSAKVTRLGLLA
              490       500     

>>CCDS6334.1 SNTB1 gene_id:6641|Hs108|chr8                (538 aa)
 initn: 1690 init1: 541 opt: 1603  Z-score: 1336.7  bits: 257.0 E(32554): 3.9e-68
Smith-Waterman score: 1665; 50.8% identity (75.6% similar) in 532 aa overlap (2-505:15-538)

                            10        20        30        40       
pF1KB5              MASGRRAPRTGLLELRAGAGSGAGGERWQRVLLSLAEDVLTVSPADG
                     :.: :: :.::::. .        .::..::..:.::.:..:  .:
CCDS63 MAVAAAAAAAGPAGAGGGRAQRSGLLEVLV-------RDRWHKVLVNLSEDALVLSSEEG
               10        20        30               40        50   

        50         60        70                          80        
pF1KB5 DPGPEP-GAPREQEPAQLNGAAEPGAG---PP---------------QLPEALLLQRRRV
         . .  :.  .    .  ::..::::   ::               :.::..  :.: :
CCDS63 AAAYNGIGTATNGSFCRGAGAGHPGAGGAQPPDSPAGVRTAFTDLPEQVPESISNQKRGV
            60        70        80        90       100       110   

       90       100       110       120       130       140        
pF1KB5 TVRKADAGGLGISIKGGRENKMPILISKIFKGLAADQTEALFVGDAILSVNGEDLSSATH
        : : . ::::::::::.::::::::::::::::::::.::.:::::::::: :: .:::
CCDS63 KVLKQELGGLGISIKGGKENKMPILISKIFKGLAADQTQALYVGDAILSVNGADLRDATH
           120       130       140       150       160       170   

      150       160       170       180       190        200       
pF1KB5 DEAVQVLKKTGKEVVLEVKYMKDVSPYFKNSTGGTSVGWDSPPA-SPLQRQPSSPGPTPR
       :::::.::..::::.::::::....:: :...  . .::..::  ::     .:  :. .
CCDS63 DEAVQALKRAGKEVLLEVKYMREATPYVKKGSPVSEIGWETPPPESPRLGGSTSDPPSSQ
           180       190       200       210       220       230   

       210          220       230       240       250       260    
pF1KB5 NFS---EAKHMSLKMAYVSKRCTPNDPEPRYLEICSADGQDTLFLRAKDEASARSWATAI
       .::   . : . ::: ::..  .  ::: : ::: : :.. :..::.:: :.:..: .::
CCDS63 SFSFHRDRKSIPLKMCYVTRSMALADPENRQLEIHSPDAKHTVILRSKDSATAQAWFSAI
           240       250       260       270       280       290   

          270       280       290       300       310          320 
pF1KB5 QAQVNTLTPRVKDELQALLAATSTAGSQDIKQIGWLTEQLPSGGTA---PTLALLTEKEL
       ...:: :  ::  :..  :. :. :::..:...:::.:..:. .     :.:..::::.:
CCDS63 HSNVNDLLTRVIAEVREQLGKTGIAGSREIRHLGWLAEKVPGESKKQWKPALVVLTEKDL
           300       310       320       330       340       350   

             330       340       350       360       370       380 
pF1KB5 LLYLSLPETREALSRPARTAPLIATRLVHSGPSKGSVPYDAELSFALRTGTRHGVDTHLF
       :.: :.:. .::   :..: ::.:::::::::.:::    ..:::: :::::.:..::::
CCDS63 LIYDSMPRRKEAWFSPVHTYPLLATRLVHSGPGKGSPQAGVDLSFATRTGTRQGIETHLF
           360       370       380       390       400       410   

             390       400       410       420       430           
pF1KB5 SVESPQELAAWTRQLVDGCHRAAEGVQEVSTACTWNGRPCSLSVHIDKGFTLWAAEP--G
        .:. ..:. :::..:.::: .:: . :.:::::.... : :..: ..::.. ..::  :
CCDS63 RAETSRDLSHWTRSIVQGCHNSAELIAEISTACTYKNQECRLTIHYENGFSI-TTEPQEG
           420       430       440       450       460        470  

     440       450       460       470       480       490         
pF1KB5 AARAVLLRQPFEKLQMSSDDGASLLFLDFGGAEGEIQLDLHSCPKTIVFIIHSFLSAKVT
       :   .....:.:::.::::::  .:.::::: .:::::::::::: ::::::::::::.:
CCDS63 AFPKTIIQSPYEKLKMSSDDGIRMLYLDFGGKDGEIQLDLHSCPKPIVFIIHSFLSAKIT
            480       490       500       510       520       530  

     500     
pF1KB5 RLGLLA
       ::::.:
CCDS63 RLGLVA
             

>>CCDS10873.1 SNTB2 gene_id:6645|Hs108|chr16              (540 aa)
 initn: 1422 init1: 443 opt: 1432  Z-score: 1195.1  bits: 230.8 E(32554): 3e-60
Smith-Waterman score: 1458; 47.6% identity (71.4% similar) in 532 aa overlap (1-504:16-539)

                              10        20        30        40     
pF1KB5                MASGRRAPRTGLLELRAGAGSGAGGERWQRVLLSLAEDVLTVS--
                      ::   :: ..::.::          ::: ::.  :. . :...  
CCDS10 MRVAAATAAAGAGPAMAVWTRATKAGLVELLLR-------ERWVRVVAELSGESLSLTGD
               10        20        30               40        50   

                50            60         70                80      
pF1KB5 --PADGDP--GPEP----GAPREQEPAQ-LNGAAEPGAGPPQLP--------EALLLQR-
          :. .:  ::      : :     .. : :.   : :::. :        ::      
CCDS10 AAAAELEPALGPAAAAFNGLPNGGGAGDSLPGSPSRGLGPPSPPAPPRGPAGEAGASPPV
            60        70        80        90       100       110   

          90       100       110       120       130       140     
pF1KB5 RRVTVRKADAGGLGISIKGGRENKMPILISKIFKGLAADQTEALFVGDAILSVNGEDLSS
       ::: : : .::::::::::::::.::::::::: ::::::..:: .::::::::: :: .
CCDS10 RRVRVVKQEAGGLGISIKGGRENRMPILISKIFPGLAADQSRALRLGDAILSVNGTDLRQ
           120       130       140       150       160       170   

         150       160       170       180        190        200   
pF1KB5 ATHDEAVQVLKKTGKEVVLEVKYMKDVSPYFKNSTGGTSVGWD-SPPASP-LQRQPSSPG
       ::::.:::.::..::::.::::....:.::.:. .  ... :. . : :: .. . .: .
CCDS10 ATHDQAVQALKRAGKEVLLEVKFIREVTPYIKKPSLVSDLPWEGAAPQSPSFSGSEDSGS
           180       190       200       210       220       230   

           210        220       230       240       250       260  
pF1KB5 PTPRNFSEAKHM-SLKMAYVSKRCTPNDPEPRYLEICSADGQDTLFLRAKDEASARSWAT
       :  .: .. ...  ::: ....  .  : : : .:. : :...::.:: :: :.:.:: .
CCDS10 PKHQNSTKDRKIIPLKMCFAARNLSMPDLENRLIELHSPDSRNTLILRCKDTATAHSWFV
           240       250       260       270       280       290   

            270       280       290        300        310          
pF1KB5 AIQAQVNTLTPRVKDELQALLAATSTAG-SQDIKQIGWLTEQLP-SGGTA---PTLALLT
       ::.... .: :.:  ::.:.:.:::::: :...:.:.::.::   .::     :.:  .:
CCDS10 AIHTNIMALLPQVLAELNAMLGATSTAGGSKEVKHIAWLAEQAKLDGGRQQWRPVLMAVT
           300       310       320       330       340       350   

       320       330       340       350       360       370       
pF1KB5 EKELLLYLSLPETREALSRPARTAPLIATRLVHSGPSKGSVPYDAELSFALRTGTRHGVD
       ::.::::  .: ::.: . : .. ::.:::::::: .  :    ..:.:: :::.:.:..
CCDS10 EKDLLLYDCMPWTRDAWASPCHSYPLVATRLVHSGSGCRSPSLGSDLTFATRTGSRQGIE
           360       370       380       390       400       410   

       380       390       400       410       420       430       
pF1KB5 THLFSVESPQELAAWTRQLVDGCHRAAEGVQEVSTACTWNGRPCSLSVHIDKGFTLWAAE
        ::: ::. ..:..::: ::.::: ::: ..::: .:  ::.   :..: ..:::. . :
CCDS10 MHLFRVETHRDLSSWTRILVQGCHAAAELIKEVSLGCMLNGQEVRLTIHYENGFTI-SRE
           420       430       440       450       460        470  

       440       450       460       470       480       490       
pF1KB5 PGAARAVLLRQPFEKLQMSSDDGASLLFLDFGGAEGEIQLDLHSCPKTIVFIIHSFLSAK
        :.. ..: : :::.:.::.:::   :.::::: :::. .::::::: :::..:.:::::
CCDS10 NGGSSSILYRYPFERLKMSADDGIRNLYLDFGGPEGELTMDLHSCPKPIVFVLHTFLSAK
            480       490       500       510       520       530  

       500     
pF1KB5 VTRLGLLA
       :::.::: 
CCDS10 VTRMGLLV
            540




505 residues in 1 query   sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
 Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]