Result of FASTA (ccds) for
pFN21AB5802
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB5802, 471 aa
1>>>pF1KB5802 471 - 471 aa - 471 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.8888+/-0.0012; mu= 14.6412+/- 0.071
mean_var=169.0348+/-71.571, 0's: 0 Z-trim(102.2): 362 B-trim: 843 in 2/47
Lambda= 0.098648
statistics sampled from 6263 (6861) to 6263 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.55), E-opt: 0.2 (0.211), width: 16
Scan time: 2.590
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS9405.1 HTR2A gene_id:3356|Hs108|chr13 ( 471) 3069 450.4 1.9e-126
CCDS53867.1 HTR2A gene_id:3356|Hs108|chr13 ( 387) 2195 325.9 4.8e-89
CCDS14564.1 HTR2C gene_id:3358|Hs108|chrX ( 458) 939 147.2 3.4e-35
CCDS2483.1 HTR2B gene_id:3357|Hs108|chr2 ( 481) 782 124.9 1.9e-28
CCDS7410.1 HTR7 gene_id:3363|Hs108|chr10 ( 432) 626 102.6 8.4e-22
CCDS7409.1 HTR7 gene_id:3363|Hs108|chr10 ( 445) 626 102.7 8.6e-22
CCDS7408.1 HTR7 gene_id:3363|Hs108|chr10 ( 479) 626 102.7 8.9e-22
CCDS4347.1 ADRA1B gene_id:147|Hs108|chr5 ( 520) 620 101.9 1.7e-21
CCDS6099.1 ADRB3 gene_id:155|Hs108|chr8 ( 408) 562 93.5 4.5e-19
CCDS6054.1 ADRA1A gene_id:148|Hs108|chr8 ( 466) 541 90.6 3.9e-18
CCDS6052.1 ADRA1A gene_id:148|Hs108|chr8 ( 429) 540 90.4 4.1e-18
CCDS6053.1 ADRA1A gene_id:148|Hs108|chr8 ( 455) 540 90.4 4.2e-18
CCDS34869.1 ADRA1A gene_id:148|Hs108|chr8 ( 475) 540 90.5 4.3e-18
CCDS13079.1 ADRA1D gene_id:146|Hs108|chr20 ( 572) 537 90.1 6.4e-18
CCDS5936.1 HTR5A gene_id:3361|Hs108|chr7 ( 357) 523 87.9 1.9e-17
CCDS59174.1 HTR2C gene_id:3358|Hs108|chrX ( 248) 519 87.1 2.3e-17
CCDS4393.1 DRD1 gene_id:1812|Hs108|chr5 ( 446) 507 85.7 1.1e-16
CCDS197.1 HTR6 gene_id:3362|Hs108|chr1 ( 440) 489 83.1 6.3e-16
CCDS8361.1 DRD2 gene_id:1813|Hs108|chr11 ( 443) 463 79.5 8.2e-15
CCDS8362.1 DRD2 gene_id:1813|Hs108|chr11 ( 414) 462 79.3 8.7e-15
CCDS5006.1 HTR1E gene_id:3354|Hs108|chr6 ( 365) 455 78.2 1.6e-14
CCDS83269.1 ADRA1A gene_id:148|Hs108|chr8 ( 342) 454 78.0 1.7e-14
CCDS7586.1 ADRB1 gene_id:153|Hs108|chr10 ( 477) 454 78.2 2.1e-14
CCDS7710.1 DRD4 gene_id:1815|Hs108|chr11 ( 419) 439 76.0 8.5e-14
CCDS4395.1 HRH2 gene_id:3274|Hs108|chr5 ( 359) 412 72.1 1.1e-12
CCDS47344.1 HRH2 gene_id:3274|Hs108|chr5 ( 397) 412 72.1 1.2e-12
CCDS33829.1 DRD3 gene_id:1814|Hs108|chr3 ( 367) 410 71.8 1.4e-12
CCDS2978.1 DRD3 gene_id:1814|Hs108|chr3 ( 400) 410 71.8 1.4e-12
CCDS47004.1 ADRA2C gene_id:152|Hs108|chr4 ( 462) 410 71.9 1.6e-12
CCDS34168.1 HTR1A gene_id:3350|Hs108|chr5 ( 422) 401 70.6 3.6e-12
CCDS7569.2 ADRA2A gene_id:150|Hs108|chr10 ( 465) 399 70.4 4.7e-12
CCDS56129.1 ADRA2B gene_id:151|Hs108|chr2 ( 450) 390 69.1 1.1e-11
CCDS4986.1 HTR1B gene_id:3351|Hs108|chr6 ( 390) 388 68.7 1.2e-11
CCDS3405.1 DRD5 gene_id:1816|Hs108|chr4 ( 477) 388 68.8 1.4e-11
CCDS2920.1 HTR1F gene_id:3355|Hs108|chr3 ( 366) 379 67.4 2.9e-11
CCDS4292.1 ADRB2 gene_id:154|Hs108|chr5 ( 413) 378 67.3 3.5e-11
CCDS1616.1 CHRM3 gene_id:1131|Hs108|chr1 ( 590) 380 67.8 3.5e-11
CCDS231.1 HTR1D gene_id:3352|Hs108|chr1 ( 377) 369 66.0 8e-11
>>CCDS9405.1 HTR2A gene_id:3356|Hs108|chr13 (471 aa)
initn: 3069 init1: 3069 opt: 3069 Z-score: 2383.5 bits: 450.4 E(32554): 1.9e-126
Smith-Waterman score: 3069; 100.0% identity (100.0% similar) in 471 aa overlap (1-471:1-471)
10 20 30 40 50 60
pF1KB5 MDILCEENTSLSSTTNSLMQLNDDTRLYSNDFNSGEANTSDAFNWTVDSENRTNLSCEGC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS94 MDILCEENTSLSSTTNSLMQLNDDTRLYSNDFNSGEANTSDAFNWTVDSENRTNLSCEGC
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB5 LSPSCLSLLHLQEKNWSALLTAVVIILTIAGNILVIMAVSLEKKLQNATNYFLMSLAIAD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS94 LSPSCLSLLHLQEKNWSALLTAVVIILTIAGNILVIMAVSLEKKLQNATNYFLMSLAIAD
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB5 MLLGFLVMPVSMLTILYGYRWPLPSKLCAVWIYLDVLFSTASIMHLCAISLDRYVAIQNP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS94 MLLGFLVMPVSMLTILYGYRWPLPSKLCAVWIYLDVLFSTASIMHLCAISLDRYVAIQNP
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB5 IHHSRFNSRTKAFLKIIAVWTISVGISMPIPVFGLQDDSKVFKEGSCLLADDNFVLIGSF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS94 IHHSRFNSRTKAFLKIIAVWTISVGISMPIPVFGLQDDSKVFKEGSCLLADDNFVLIGSF
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB5 VSFFIPLTIMVITYFLTIKSLQKEATLCVSDLGTRAKLASFSFLPQSSLSSEKLFQRSIH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS94 VSFFIPLTIMVITYFLTIKSLQKEATLCVSDLGTRAKLASFSFLPQSSLSSEKLFQRSIH
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB5 REPGSYTGRRTMQSISNEQKACKVLGIVFFLFVVMWCPFFITNIMAVICKESCNEDVIGA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS94 REPGSYTGRRTMQSISNEQKACKVLGIVFFLFVVMWCPFFITNIMAVICKESCNEDVIGA
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB5 LLNVFVWIGYLSSAVNPLVYTLFNKTYRSAFSRYIQCQYKENKKPLQLILVNTIPALAYK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS94 LLNVFVWIGYLSSAVNPLVYTLFNKTYRSAFSRYIQCQYKENKKPLQLILVNTIPALAYK
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470
pF1KB5 SSQLQMGQKKNSKQDAKTTDNDCSMVALGKQHSEEASKDNSDGVNEKVSCV
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS94 SSQLQMGQKKNSKQDAKTTDNDCSMVALGKQHSEEASKDNSDGVNEKVSCV
430 440 450 460 470
>>CCDS53867.1 HTR2A gene_id:3356|Hs108|chr13 (387 aa)
initn: 2195 init1: 2195 opt: 2195 Z-score: 1712.2 bits: 325.9 E(32554): 4.8e-89
Smith-Waterman score: 2195; 100.0% identity (100.0% similar) in 333 aa overlap (139-471:55-387)
110 120 130 140 150 160
pF1KB5 TNYFLMSLAIADMLLGFLVMPVSMLTILYGYRWPLPSKLCAVWIYLDVLFSTASIMHLCA
::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 GTLHQFNYCERCSESQNNKCISCVDPEDKWYRWPLPSKLCAVWIYLDVLFSTASIMHLCA
30 40 50 60 70 80
170 180 190 200 210 220
pF1KB5 ISLDRYVAIQNPIHHSRFNSRTKAFLKIIAVWTISVGISMPIPVFGLQDDSKVFKEGSCL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 ISLDRYVAIQNPIHHSRFNSRTKAFLKIIAVWTISVGISMPIPVFGLQDDSKVFKEGSCL
90 100 110 120 130 140
230 240 250 260 270 280
pF1KB5 LADDNFVLIGSFVSFFIPLTIMVITYFLTIKSLQKEATLCVSDLGTRAKLASFSFLPQSS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 LADDNFVLIGSFVSFFIPLTIMVITYFLTIKSLQKEATLCVSDLGTRAKLASFSFLPQSS
150 160 170 180 190 200
290 300 310 320 330 340
pF1KB5 LSSEKLFQRSIHREPGSYTGRRTMQSISNEQKACKVLGIVFFLFVVMWCPFFITNIMAVI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 LSSEKLFQRSIHREPGSYTGRRTMQSISNEQKACKVLGIVFFLFVVMWCPFFITNIMAVI
210 220 230 240 250 260
350 360 370 380 390 400
pF1KB5 CKESCNEDVIGALLNVFVWIGYLSSAVNPLVYTLFNKTYRSAFSRYIQCQYKENKKPLQL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 CKESCNEDVIGALLNVFVWIGYLSSAVNPLVYTLFNKTYRSAFSRYIQCQYKENKKPLQL
270 280 290 300 310 320
410 420 430 440 450 460
pF1KB5 ILVNTIPALAYKSSQLQMGQKKNSKQDAKTTDNDCSMVALGKQHSEEASKDNSDGVNEKV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 ILVNTIPALAYKSSQLQMGQKKNSKQDAKTTDNDCSMVALGKQHSEEASKDNSDGVNEKV
330 340 350 360 370 380
470
pF1KB5 SCV
:::
CCDS53 SCV
>>CCDS14564.1 HTR2C gene_id:3358|Hs108|chrX (458 aa)
initn: 1240 init1: 769 opt: 939 Z-score: 745.4 bits: 147.2 E(32554): 3.4e-35
Smith-Waterman score: 1413; 55.0% identity (78.0% similar) in 409 aa overlap (74-471:53-458)
50 60 70 80 90 100
pF1KB5 NWTVDSENRTNLSCEGCLSPSCLSLLHLQEKNWSALLTAVVIILTIAGNILVIMAVSLEK
.:: :: ...::.::.::::::::::.::
CCDS14 SDISVSPVAAIVTDIFNTSDGGRFKFPDGVQNWPALSIVIIIIMTIGGNILVIMAVSMEK
30 40 50 60 70 80
110 120 130 140 150 160
pF1KB5 KLQNATNYFLMSLAIADMLLGFLVMPVSMLTILYGYRWPLPSKLCAVWIYLDVLFSTASI
::.::::::::::::::::.:.::::.:.:.::: : :::: :: ::: ::::::::::
CCDS14 KLHNATNYFLMSLAIADMLVGLLVMPLSLLAILYDYVWPLPRYLCPVWISLDVLFSTASI
90 100 110 120 130 140
170 180 190 200 210 220
pF1KB5 MHLCAISLDRYVAIQNPIHHSRFNSRTKAFLKIIAVWTISVGISMPIPVFGLQDDSKVF-
::::::::::::::.:::.::::::::::..:: ::.::.:.:.::::.::.:. :::
CCDS14 MHLCAISLDRYVAIRNPIEHSRFNSRTKAIMKIAIVWAISIGVSVPIPVIGLRDEEKVFV
150 160 170 180 190 200
230 240 250 260 270 280
pF1KB5 KEGSCLLADDNFVLIGSFVSFFIPLTIMVITYFLTIKSLQKEATLCVSDLGTRAKLASFS
.. .:.: : :::::::::.:::::::::::: ::: :...: . . . :..
CCDS14 NNTTCVLNDPNFVLIGSFVAFFIPLTIMVITYCLTIYVLRRQALMLLHGHTEEPPGLSLD
210 220 230 240 250 260
290 300 310 320 330
pF1KB5 FLP--------QSSLSSEKLFQRSIHREPGSYTGRRTMQSISNEQKACKVLGIVFFLFVV
:: . . .. . : . .:. : :::.:.::.:: ::::::::.:..
CCDS14 FLKCCKRNTAEEENSANPNQDQNARRRKKKERRPRGTMQAINNERKASKVLGIVFFVFLI
270 280 290 300 310 320
340 350 360 370 380 390
pF1KB5 MWCPFFITNIMAVICKESCNEDVIGALLNVFVWIGYLSSAVNPLVYTLFNKTYRSAFSRY
::::::::::..:.:..:::. .. ::::::::::. :..:::::::::: :: ::: :
CCDS14 MWCPFFITNILSVLCEKSCNQKLMEKLLNVFVWIGYVCSGINPLVYTLFNKIYRRAFSNY
330 340 350 360 370 380
400 410 420 430 440 450
pF1KB5 IQCQYKENKKPLQLILVNTIPALAYKSSQLQMGQKKNSKQDA--KTTDNDCSMVALGKQH
..:.:: .::: . . . : : .. .:... ..... . :..::. .. . .
CCDS14 LRCNYKVEKKP-PVRQIPRVAATALSGRELNVNIYRHTNEPVIEKASDNEPGIEM--QVE
390 400 410 420 430
460 470
pF1KB5 SEEASKDNSDGVNEKVSCV
. : . :. :.:..: :
CCDS14 NLELPVNPSSVVSERISSV
440 450
>>CCDS2483.1 HTR2B gene_id:3357|Hs108|chr2 (481 aa)
initn: 1182 init1: 628 opt: 782 Z-score: 624.4 bits: 124.9 E(32554): 1.9e-28
Smith-Waterman score: 1200; 53.4% identity (78.0% similar) in 350 aa overlap (75-403:55-403)
50 60 70 80 90 100
pF1KB5 WTVDSENRTNLSCEGCLSPSCLSLLHLQEKNWSALLTAVVIILTIAGNILVIMAVSLEKK
.:.::: .::: ::.:: :::.:::::::
CCDS24 HVISSNWSGLQTESIPEEMKQIVEEQGNKLHWAALLILMVIIPTIGGNTLVILAVSLEKK
30 40 50 60 70 80
110 120 130 140 150 160
pF1KB5 LQNATNYFLMSLAIADMLLGFLVMPVSMLTILYGYRWPLPSKLCAVWIYLDVLFSTASIM
:: ::::::::::.::.:.:..:::...:::.. :::: :: .:..:::::::::::
CCDS24 LQYATNYFLMSLAVADLLVGLFVMPIALLTIMFEAMWPLPLVLCPAWLFLDVLFSTASIM
90 100 110 120 130 140
170 180 190 200 210 220
pF1KB5 HLCAISLDRYVAIQNPIHHSRFNSRTKAFLKIIAVWTISVGISMPIPVFGLQDDSKVFKE
::::::.:::.::..::. ...:::. ::.:: .:: ::.::..:.:. :.. : ..
CCDS24 HLCAISVDRYIAIKKPIQANQYNSRATAFIKITVVWLISIGIAIPVPIKGIETDVDNPNN
150 160 170 180 190 200
230 240 250 260 270 280
pF1KB5 GSCLLADD---NFVLIGSFVSFFIPLTIMVITYFLTIKSLQKEATLCVSDLGTRAKLASF
.:.:. . .:.:.::...:: ::.::..::::::..:::.: : . : .
CCDS24 ITCVLTKERFGDFMLFGSLAAFFTPLAIMIVTYFLTIHALQKKAYLVKNKPPQRLTWLTV
210 220 230 240 250 260
290 300 310 320
pF1KB5 SFLPQSSL----SSEKLFQRSIHRE----PGS----------YTGRRTMQSISNEQKACK
: . : . : ::. . . :. :.: :....:.:::::.: :
CCDS24 STVFQRDETPCSSPEKVAMLDGSRKDKALPNSGDETLMRRTSTIGKKSVQTISNEQRASK
270 280 290 300 310 320
330 340 350 360 370 380
pF1KB5 VLGIVFFLFVVMWCPFFITNIMAVICKESCNEDVIGALLNVFVWIGYLSSAVNPLVYTLF
:::::::::..:::::::::: :.: .:::. .. ::..::::::.::.:::::::::
CCDS24 VLGIVFFLFLLMWCPFFITNITLVLC-DSCNQTTLQMLLEIFVWIGYVSSGVNPLVYTLF
330 340 350 360 370 380
390 400 410 420 430 440
pF1KB5 NKTYRSAFSRYIQCQYKENKKPLQLILVNTIPALAYKSSQLQMGQKKNSKQDAKTTDNDC
:::.:.::.::: :.:. .:
CCDS24 NKTFRDAFGRYITCNYRATKSVKTLRKRSSKIYFRNPMAENSKFFKKHGIRNGINPAMYQ
390 400 410 420 430 440
>>CCDS7410.1 HTR7 gene_id:3363|Hs108|chr10 (432 aa)
initn: 528 init1: 326 opt: 626 Z-score: 504.9 bits: 102.6 E(32554): 8.4e-22
Smith-Waterman score: 634; 31.8% identity (64.7% similar) in 380 aa overlap (36-404:51-409)
10 20 30 40 50 60
pF1KB5 EENTSLSSTTNSLMQLNDDTRLYSNDFNSGEANTSDAFNWTVDSENRTNLSCEGCLSPSC
:...: : .: . .: . ::
CCDS74 LPEVGRGLPDLSPDGGADPVAGSWAPHLLSEVTASPAPTWDAPPDNAS-----GCGEQ--
30 40 50 60 70
70 80 90 100 110 120
pF1KB5 LSLLHLQEKNWSALLTAVVIILTIAGNILVIMAVSLEKKLQNATNYFLMSLAIADMLLGF
.. .... ...:: .. .:::::: ::...: . :::.. .::...:::.::. ..
CCDS74 INYGRVEKVVIGSILT-LITLLTIAGNCLVVISVCFVKKLRQPSNYLIVSLALADLSVAV
80 90 100 110 120 130
130 140 150 160 170 180
pF1KB5 LVMPVSMLTILYGYRWPLPSKLCAVWIYLDVLFSTASIMHLCAISLDRYVAIQNPIHHS-
::: .: : : .: . .: :.: .::. ::::: ::.::.:::..: :. .
CCDS74 AVMPFVSVTDLIGGKWIFGHFFCNVFIAMDVMCCTASIMTLCVISIDRYLGITRPLTYPV
140 150 160 170 180 190
190 200 210 220 230 240
pF1KB5 RFNSRTKAFLKIIAVWTISVGISMPIPVFGLQDDSKVFKEGSCLLADD-NFVLIGSFVSF
: :.. : . :..:: .:..:..: :.:: .. : . ::...: .... .. :.:
CCDS74 RQNGKCMAKM-ILSVWLLSASITLP-PLFGWAQN--VNDDKVCLISQDFGYTIYSTAVAF
200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB5 FIPLTIMVITYFLTIKSLQKEATLCVSDLGTRAKLASFSFL-PQSSLSSEKL--FQRSIH
.::...:.. :. :. .: :. . :. .: . :.: .. . . .:. ..
CCDS74 YIPMSVMLFMYYQIYKAARKSAA--------KHKFPGFPRVEPDSVIALNGIVKLQKEVE
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350
pF1KB5 REPG-SYTGRRTMQSIS---NEQKACKVLGIVFFLFVVMWCPFFI-TNIMAVICKESCNE
. . : .. ..:: :::: .:::. :.: : :::. .. :: ::.
CCDS74 ECANLSRLLKHERKNISIFKREQKAATTLGIIVGAFTVCWLPFFLLSTARPFICGTSCSC
310 320 330 340 350 360
360 370 380 390 400 410
pF1KB5 DVIGALLNVFVWIGYLSSAVNPLVYTLFNKTYRSAFSRYIQCQYKE-NKKPLQLILVNTI
. . .:.:.:: .: .::..:..::. :... .::::.. :.:
CCDS74 -IPLWVERTFLWLGYANSLINPFIYAFFNRDLRTTYRSLLQCQYRNINRKLSAAGMHEAL
370 380 390 400 410
420 430 440 450 460 470
pF1KB5 PALAYKSSQLQMGQKKNSKQDAKTTDNDCSMVALGKQHSEEASKDNSDGVNEKVSCV
CCDS74 KLAERPERPEFVL
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CCDS43 LGSFYIPLAVILVMYCRVYIVAKRTTKNLEAGVMKEMSNSKELTLRIHSKNFHEDTLSST
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CCDS43 LGGCAYTYRPWTRGGSLERSQSRKDSLDDSGSCLSGSQRTLPSASPSPGYLGRGAPPPVE
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CCDS60 EWKFFSSMPRGSARITVSKDQSSCTTARVRSKSFLQVCCCVGPSTPSLDKNHQVPTIKVH
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]