Result of FASTA (omim) for
pFN21AB5793
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB5793, 831 aa
1>>>pF1KB5793 831 - 831 aa - 831 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.8382+/-0.000323; mu= 19.6741+/- 0.020
mean_var=94.3741+/-18.991, 0's: 0 Z-trim(116.8): 37 B-trim: 0 in 0/55
Lambda= 0.132022
statistics sampled from 28229 (28266) to 28229 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.667), E-opt: 0.2 (0.331), width: 16
Scan time: 13.150
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_002950 (OMIM: 602458,613589) sortilin isoform 1 ( 831) 5664 1089.4 0
XP_005271157 (OMIM: 602458,613589) PREDICTED: sort ( 830) 5641 1085.0 0
XP_005271159 (OMIM: 602458,613589) PREDICTED: sort ( 695) 4701 905.9 0
XP_006710875 (OMIM: 602458,613589) PREDICTED: sort ( 695) 4701 905.9 0
XP_005271158 (OMIM: 602458,613589) PREDICTED: sort ( 695) 4701 905.9 0
NP_001192157 (OMIM: 602458,613589) sortilin isofor ( 694) 4678 901.6 0
NP_065828 (OMIM: 606284) VPS10 domain-containing r (1159) 872 176.8 4.9e-43
XP_011511818 (OMIM: 606284) PREDICTED: VPS10 domai (1160) 872 176.8 4.9e-43
XP_016863970 (OMIM: 606284) PREDICTED: VPS10 domai (1166) 872 176.8 5e-43
XP_011511816 (OMIM: 606284) PREDICTED: VPS10 domai (1173) 872 176.8 5e-43
XP_011511817 (OMIM: 606284) PREDICTED: VPS10 domai (1173) 872 176.8 5e-43
XP_005248044 (OMIM: 606284) PREDICTED: VPS10 domai (1174) 872 176.8 5e-43
NP_055793 (OMIM: 606285) VPS10 domain-containing r (1222) 826 168.1 2.2e-40
XP_011537503 (OMIM: 606283) PREDICTED: VPS10 domai (1116) 801 163.3 5.6e-39
NP_001193499 (OMIM: 606283) VPS10 domain-containin (1130) 801 163.3 5.7e-39
XP_016871104 (OMIM: 606283) PREDICTED: VPS10 domai (1159) 801 163.3 5.8e-39
NP_001193500 (OMIM: 606283) VPS10 domain-containin (1159) 801 163.3 5.8e-39
NP_443150 (OMIM: 606283) VPS10 domain-containing r (1168) 801 163.3 5.8e-39
NP_001193498 (OMIM: 606283) VPS10 domain-containin (1179) 801 163.3 5.9e-39
NP_001193501 (OMIM: 606283) VPS10 domain-containin (1179) 801 163.3 5.9e-39
XP_011537501 (OMIM: 606283) PREDICTED: VPS10 domai (1187) 801 163.3 5.9e-39
NP_001013049 (OMIM: 606283) VPS10 domain-containin (1198) 801 163.3 6e-39
XP_016871103 (OMIM: 606283) PREDICTED: VPS10 domai (1203) 801 163.3 6e-39
XP_016871105 (OMIM: 606283) PREDICTED: VPS10 domai (1031) 763 156.0 8e-37
XP_016871106 (OMIM: 606283) PREDICTED: VPS10 domai (1018) 761 155.6 1e-36
XP_016873660 (OMIM: 104300,602005) PREDICTED: sort (1769) 697 143.6 7.4e-33
XP_016873659 (OMIM: 104300,602005) PREDICTED: sort (2039) 697 143.7 8.2e-33
XP_016873658 (OMIM: 104300,602005) PREDICTED: sort (2110) 697 143.7 8.5e-33
XP_011541265 (OMIM: 104300,602005) PREDICTED: sort (2176) 697 143.7 8.7e-33
NP_003096 (OMIM: 104300,602005) sortilin-related r (2214) 697 143.7 8.8e-33
XP_011537844 (OMIM: 606285) PREDICTED: VPS10 domai ( 866) 638 132.1 1e-29
XP_016871107 (OMIM: 606283) PREDICTED: VPS10 domai ( 726) 560 117.2 2.7e-25
XP_011541267 (OMIM: 104300,602005) PREDICTED: sort (1701) 400 87.0 7.7e-16
>>NP_002950 (OMIM: 602458,613589) sortilin isoform 1 pre (831 aa)
initn: 5664 init1: 5664 opt: 5664 Z-score: 5828.3 bits: 1089.4 E(85289): 0
Smith-Waterman score: 5664; 100.0% identity (100.0% similar) in 831 aa overlap (1-831:1-831)
10 20 30 40 50 60
pF1KB5 MERPWGAADGLSRWPHGLGLLLLLQLLPPSTLSQDRLDAPPPPAAPLPRWSGPIGVSWGL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 MERPWGAADGLSRWPHGLGLLLLLQLLPPSTLSQDRLDAPPPPAAPLPRWSGPIGVSWGL
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB5 RAAAAGGAFPRGGRWRRSAPGEDEECGRVRDFVAKLANNTHQHVFDDLRGSVSLSWVGDS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 RAAAAGGAFPRGGRWRRSAPGEDEECGRVRDFVAKLANNTHQHVFDDLRGSVSLSWVGDS
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB5 TGVILVLTTFHVPLVIMTFGQSKLYRSEDYGKNFKDITDLINNTFIRTEFGMAIGPENSG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 TGVILVLTTFHVPLVIMTFGQSKLYRSEDYGKNFKDITDLINNTFIRTEFGMAIGPENSG
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB5 KVVLTAEVSGGSRGGRIFRSSDFAKNFVQTDLPFHPLTQMMYSPQNSDYLLALSTENGLW
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 KVVLTAEVSGGSRGGRIFRSSDFAKNFVQTDLPFHPLTQMMYSPQNSDYLLALSTENGLW
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB5 VSKNFGGKWEEIHKAVCLAKWGSDNTIFFTTYANGSCKADLGALELWRTSDLGKSFKTIG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 VSKNFGGKWEEIHKAVCLAKWGSDNTIFFTTYANGSCKADLGALELWRTSDLGKSFKTIG
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB5 VKIYSFGLGGRFLFASVMADKDTTRRIHVSTDQGDTWSMAQLPSVGQEQFYSILAANDDM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 VKIYSFGLGGRFLFASVMADKDTTRRIHVSTDQGDTWSMAQLPSVGQEQFYSILAANDDM
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB5 VFMHVDEPGDTGFGTIFTSDDRGIVYSKSLDRHLYTTTGGETDFTNVTSLRGVYITSVLS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 VFMHVDEPGDTGFGTIFTSDDRGIVYSKSLDRHLYTTTGGETDFTNVTSLRGVYITSVLS
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB5 EDNSIQTMITFDQGGRWTHLRKPENSECDATAKNKNECSLHIHASYSISQKLNVPMAPLS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 EDNSIQTMITFDQGGRWTHLRKPENSECDATAKNKNECSLHIHASYSISQKLNVPMAPLS
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KB5 EPNAVGIVIAHGSVGDAISVMVPDVYISDDGGYSWTKMLEGPHYYTILDSGGIIVAIEHS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 EPNAVGIVIAHGSVGDAISVMVPDVYISDDGGYSWTKMLEGPHYYTILDSGGIIVAIEHS
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KB5 SRPINVIKFSTDEGQCWQTYTFTRDPIYFTGLASEPGARSMNISIWGFTESFLTSQWVSY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 SRPINVIKFSTDEGQCWQTYTFTRDPIYFTGLASEPGARSMNISIWGFTESFLTSQWVSY
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KB5 TIDFKDILERNCEEKDYTIWLAHSTDPEDYEDGCILGYKEQFLRLRKSSVCQNGRDYVVT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 TIDFKDILERNCEEKDYTIWLAHSTDPEDYEDGCILGYKEQFLRLRKSSVCQNGRDYVVT
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KB5 KQPSICLCSLEDFLCDFGYYRPENDSKCVEQPELKGHDLEFCLYGREEHLTTNGYRKIPG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 KQPSICLCSLEDFLCDFGYYRPENDSKCVEQPELKGHDLEFCLYGREEHLTTNGYRKIPG
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KB5 DKCQGGVNPVREVKDLKKKCTSNFLSPEKQNSKSNSVPIILAIVGLMLVTVVAGVLIVKK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 DKCQGGVNPVREVKDLKKKCTSNFLSPEKQNSKSNSVPIILAIVGLMLVTVVAGVLIVKK
730 740 750 760 770 780
790 800 810 820 830
pF1KB5 YVCGGRFLVHRYSVLQQHAEANGVDGVDALDTASHTNKSGYHDDSDEDLLE
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 YVCGGRFLVHRYSVLQQHAEANGVDGVDALDTASHTNKSGYHDDSDEDLLE
790 800 810 820 830
>>XP_005271157 (OMIM: 602458,613589) PREDICTED: sortilin (830 aa)
initn: 5639 init1: 3736 opt: 5641 Z-score: 5804.7 bits: 1085.0 E(85289): 0
Smith-Waterman score: 5641; 99.8% identity (99.9% similar) in 831 aa overlap (1-831:1-830)
10 20 30 40 50 60
pF1KB5 MERPWGAADGLSRWPHGLGLLLLLQLLPPSTLSQDRLDAPPPPAAPLPRWSGPIGVSWGL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 MERPWGAADGLSRWPHGLGLLLLLQLLPPSTLSQDRLDAPPPPAAPLPRWSGPIGVSWGL
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB5 RAAAAGGAFPRGGRWRRSAPGEDEECGRVRDFVAKLANNTHQHVFDDLRGSVSLSWVGDS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 RAAAAGGAFPRGGRWRRSAPGEDEECGRVRDFVAKLANNTHQHVFDDLRGSVSLSWVGDS
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB5 TGVILVLTTFHVPLVIMTFGQSKLYRSEDYGKNFKDITDLINNTFIRTEFGMAIGPENSG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 TGVILVLTTFHVPLVIMTFGQSKLYRSEDYGKNFKDITDLINNTFIRTEFGMAIGPENSG
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB5 KVVLTAEVSGGSRGGRIFRSSDFAKNFVQTDLPFHPLTQMMYSPQNSDYLLALSTENGLW
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 KVVLTAEVSGGSRGGRIFRSSDFAKNFVQTDLPFHPLTQMMYSPQNSDYLLALSTENGLW
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB5 VSKNFGGKWEEIHKAVCLAKWGSDNTIFFTTYANGSCKADLGALELWRTSDLGKSFKTIG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::: .:::::::::::::::::::::
XP_005 VSKNFGGKWEEIHKAVCLAKWGSDNTIFFTTYANGSC-TDLGALELWRTSDLGKSFKTIG
250 260 270 280 290
310 320 330 340 350 360
pF1KB5 VKIYSFGLGGRFLFASVMADKDTTRRIHVSTDQGDTWSMAQLPSVGQEQFYSILAANDDM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 VKIYSFGLGGRFLFASVMADKDTTRRIHVSTDQGDTWSMAQLPSVGQEQFYSILAANDDM
300 310 320 330 340 350
370 380 390 400 410 420
pF1KB5 VFMHVDEPGDTGFGTIFTSDDRGIVYSKSLDRHLYTTTGGETDFTNVTSLRGVYITSVLS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 VFMHVDEPGDTGFGTIFTSDDRGIVYSKSLDRHLYTTTGGETDFTNVTSLRGVYITSVLS
360 370 380 390 400 410
430 440 450 460 470 480
pF1KB5 EDNSIQTMITFDQGGRWTHLRKPENSECDATAKNKNECSLHIHASYSISQKLNVPMAPLS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 EDNSIQTMITFDQGGRWTHLRKPENSECDATAKNKNECSLHIHASYSISQKLNVPMAPLS
420 430 440 450 460 470
490 500 510 520 530 540
pF1KB5 EPNAVGIVIAHGSVGDAISVMVPDVYISDDGGYSWTKMLEGPHYYTILDSGGIIVAIEHS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 EPNAVGIVIAHGSVGDAISVMVPDVYISDDGGYSWTKMLEGPHYYTILDSGGIIVAIEHS
480 490 500 510 520 530
550 560 570 580 590 600
pF1KB5 SRPINVIKFSTDEGQCWQTYTFTRDPIYFTGLASEPGARSMNISIWGFTESFLTSQWVSY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 SRPINVIKFSTDEGQCWQTYTFTRDPIYFTGLASEPGARSMNISIWGFTESFLTSQWVSY
540 550 560 570 580 590
610 620 630 640 650 660
pF1KB5 TIDFKDILERNCEEKDYTIWLAHSTDPEDYEDGCILGYKEQFLRLRKSSVCQNGRDYVVT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 TIDFKDILERNCEEKDYTIWLAHSTDPEDYEDGCILGYKEQFLRLRKSSVCQNGRDYVVT
600 610 620 630 640 650
670 680 690 700 710 720
pF1KB5 KQPSICLCSLEDFLCDFGYYRPENDSKCVEQPELKGHDLEFCLYGREEHLTTNGYRKIPG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 KQPSICLCSLEDFLCDFGYYRPENDSKCVEQPELKGHDLEFCLYGREEHLTTNGYRKIPG
660 670 680 690 700 710
730 740 750 760 770 780
pF1KB5 DKCQGGVNPVREVKDLKKKCTSNFLSPEKQNSKSNSVPIILAIVGLMLVTVVAGVLIVKK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 DKCQGGVNPVREVKDLKKKCTSNFLSPEKQNSKSNSVPIILAIVGLMLVTVVAGVLIVKK
720 730 740 750 760 770
790 800 810 820 830
pF1KB5 YVCGGRFLVHRYSVLQQHAEANGVDGVDALDTASHTNKSGYHDDSDEDLLE
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 YVCGGRFLVHRYSVLQQHAEANGVDGVDALDTASHTNKSGYHDDSDEDLLE
780 790 800 810 820 830
>>XP_005271159 (OMIM: 602458,613589) PREDICTED: sortilin (695 aa)
initn: 4701 init1: 4701 opt: 4701 Z-score: 4838.1 bits: 905.9 E(85289): 0
Smith-Waterman score: 4701; 100.0% identity (100.0% similar) in 695 aa overlap (137-831:1-695)
110 120 130 140 150 160
pF1KB5 DLRGSVSLSWVGDSTGVILVLTTFHVPLVIMTFGQSKLYRSEDYGKNFKDITDLINNTFI
::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 MTFGQSKLYRSEDYGKNFKDITDLINNTFI
10 20 30
170 180 190 200 210 220
pF1KB5 RTEFGMAIGPENSGKVVLTAEVSGGSRGGRIFRSSDFAKNFVQTDLPFHPLTQMMYSPQN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 RTEFGMAIGPENSGKVVLTAEVSGGSRGGRIFRSSDFAKNFVQTDLPFHPLTQMMYSPQN
40 50 60 70 80 90
230 240 250 260 270 280
pF1KB5 SDYLLALSTENGLWVSKNFGGKWEEIHKAVCLAKWGSDNTIFFTTYANGSCKADLGALEL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 SDYLLALSTENGLWVSKNFGGKWEEIHKAVCLAKWGSDNTIFFTTYANGSCKADLGALEL
100 110 120 130 140 150
290 300 310 320 330 340
pF1KB5 WRTSDLGKSFKTIGVKIYSFGLGGRFLFASVMADKDTTRRIHVSTDQGDTWSMAQLPSVG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 WRTSDLGKSFKTIGVKIYSFGLGGRFLFASVMADKDTTRRIHVSTDQGDTWSMAQLPSVG
160 170 180 190 200 210
350 360 370 380 390 400
pF1KB5 QEQFYSILAANDDMVFMHVDEPGDTGFGTIFTSDDRGIVYSKSLDRHLYTTTGGETDFTN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 QEQFYSILAANDDMVFMHVDEPGDTGFGTIFTSDDRGIVYSKSLDRHLYTTTGGETDFTN
220 230 240 250 260 270
410 420 430 440 450 460
pF1KB5 VTSLRGVYITSVLSEDNSIQTMITFDQGGRWTHLRKPENSECDATAKNKNECSLHIHASY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 VTSLRGVYITSVLSEDNSIQTMITFDQGGRWTHLRKPENSECDATAKNKNECSLHIHASY
280 290 300 310 320 330
470 480 490 500 510 520
pF1KB5 SISQKLNVPMAPLSEPNAVGIVIAHGSVGDAISVMVPDVYISDDGGYSWTKMLEGPHYYT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 SISQKLNVPMAPLSEPNAVGIVIAHGSVGDAISVMVPDVYISDDGGYSWTKMLEGPHYYT
340 350 360 370 380 390
530 540 550 560 570 580
pF1KB5 ILDSGGIIVAIEHSSRPINVIKFSTDEGQCWQTYTFTRDPIYFTGLASEPGARSMNISIW
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 ILDSGGIIVAIEHSSRPINVIKFSTDEGQCWQTYTFTRDPIYFTGLASEPGARSMNISIW
400 410 420 430 440 450
590 600 610 620 630 640
pF1KB5 GFTESFLTSQWVSYTIDFKDILERNCEEKDYTIWLAHSTDPEDYEDGCILGYKEQFLRLR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 GFTESFLTSQWVSYTIDFKDILERNCEEKDYTIWLAHSTDPEDYEDGCILGYKEQFLRLR
460 470 480 490 500 510
650 660 670 680 690 700
pF1KB5 KSSVCQNGRDYVVTKQPSICLCSLEDFLCDFGYYRPENDSKCVEQPELKGHDLEFCLYGR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 KSSVCQNGRDYVVTKQPSICLCSLEDFLCDFGYYRPENDSKCVEQPELKGHDLEFCLYGR
520 530 540 550 560 570
710 720 730 740 750 760
pF1KB5 EEHLTTNGYRKIPGDKCQGGVNPVREVKDLKKKCTSNFLSPEKQNSKSNSVPIILAIVGL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 EEHLTTNGYRKIPGDKCQGGVNPVREVKDLKKKCTSNFLSPEKQNSKSNSVPIILAIVGL
580 590 600 610 620 630
770 780 790 800 810 820
pF1KB5 MLVTVVAGVLIVKKYVCGGRFLVHRYSVLQQHAEANGVDGVDALDTASHTNKSGYHDDSD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 MLVTVVAGVLIVKKYVCGGRFLVHRYSVLQQHAEANGVDGVDALDTASHTNKSGYHDDSD
640 650 660 670 680 690
830
pF1KB5 EDLLE
:::::
XP_005 EDLLE
>>XP_006710875 (OMIM: 602458,613589) PREDICTED: sortilin (695 aa)
initn: 4701 init1: 4701 opt: 4701 Z-score: 4838.1 bits: 905.9 E(85289): 0
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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:::::
XP_006 EDLLE
>>XP_005271158 (OMIM: 602458,613589) PREDICTED: sortilin (695 aa)
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110 120 130 140 150 160
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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830
pF1KB5 EDLLE
:::::
XP_005 EDLLE
>>NP_001192157 (OMIM: 602458,613589) sortilin isoform 2 (694 aa)
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::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 MTFGQSKLYRSEDYGKNFKDITDLINNTFI
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170 180 190 200 210 220
pF1KB5 RTEFGMAIGPENSGKVVLTAEVSGGSRGGRIFRSSDFAKNFVQTDLPFHPLTQMMYSPQN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 RTEFGMAIGPENSGKVVLTAEVSGGSRGGRIFRSSDFAKNFVQTDLPFHPLTQMMYSPQN
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pF1KB5 SDYLLALSTENGLWVSKNFGGKWEEIHKAVCLAKWGSDNTIFFTTYANGSCKADLGALEL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: .:::::::
NP_001 SDYLLALSTENGLWVSKNFGGKWEEIHKAVCLAKWGSDNTIFFTTYANGSC-TDLGALEL
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 EEHLTTNGYRKIPGDKCQGGVNPVREVKDLKKKCTSNFLSPEKQNSKSNSVPIILAIVGL
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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830
pF1KB5 EDLLE
:::::
NP_001 EDLLE
690
>>NP_065828 (OMIM: 606284) VPS10 domain-containing recep (1159 aa)
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::: : : : :: : . ::.
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.. :: :.:: : :: . : .: :.: ::.:.:: :
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. ..: ... : .... . :.:....:::.:: . :. . . .:.:.:
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pF1KB5 SEDYGKNFKDITDLINNTFIRTEFGMAIGPENSGKVVLTAEVSGGSRGGRIFRSSDFAKN
: :.: .. .: . : . .: : : :. ::.:.. : ..: .: :.: . .
NP_065 SSDFGTSYTKLTLQPGVTTVIDNF--YICPTNKRKVILVSS-SLSDRDQSLFLSADEGAT
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210 220 230 240 250 260
pF1KB5 FVQTDLPFHPLTQMMYSPQNSDYLLALSTENGLWVSKNFGGKWEEIHKAVCLAKWGSDNT
: . .:: : ... :.. : .:: . :. :.::...: :: ... : . .
NP_065 FQKQPIPFFVET-LIFHPKEEDKVLAYTKESKLYVSSDLGKKWTLLQERV------TKDH
250 260 270 280 290
270 280 290 300 310
pF1KB5 IFFTTYANGSCKADLGALELWRTSDLGKSFKTIGVKIYSFG-------LGGRFLFASVMA
.:... .. . :: .: ..::: .:. . :.. . ..: . .:. .
NP_065 VFWSV-SGVDADPDLVHVE---AQDLGGDFRYVTCAIHNCSEKMLTAPFAGPIDHGSLTV
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320 330 340 350 360 370
pF1KB5 DKDTTRRIHVSTDQG--------DTWSMAQLPSVGQEQFYSILAANDDMVFMHVDEPGDT
. : .:..: . . . .::. . . .:.......::. :.: .
NP_065 QDDYIFFKATSANQTKYYVSYRRNEFVLMKLPKYALPKDLQIISTDESQVFVAVQEWYQM
350 360 370 380 390 400
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pF1KB5 GFGTIFTSDDRGIVYSKSLDRHLYTTTGGET---DFTNVTSLRGVYITSVLSEDNSIQTM
... :: ::. :. :. . . :. :. .: ...::.... . :....:.
NP_065 DTYNLYQSDPRGVRYALVLQDVRSSRQAEESVLIDILEVRGVKGVFLAN-QKIDGKVMTL
410 420 430 440 450 460
430 440 450 460 470 480
pF1KB5 ITFDQGGRWTHLRKPENSECDATAKNKN----ECSLHIHASYSISQKLNVPMAPLSEPNA
::...: : .:: : : ..: : .: ::.: .. . .. . .. .:
NP_065 ITYNKGRDWDYLRPPS---MDMNGKPTNCKPPDCHLHLHLRWADNPYVSGTVH--TKDTA
470 480 490 500 510 520
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pF1KB5 VGIVIAHGSVGDAISVMVPDVYISDDGGYSWTKMLEGPHYYTILDSGGIIVAIEHSSRPI
:.... :..:. . . ..::..: :..: ...: :. :: ::.::::. .: :.
NP_065 PGLIMGAGNLGSQLVEYKEEMYITSDCGHTWRQVFEEEHHILYLDHGGVIVAIKDTSIPL
530 540 550 560 570 580
550 560 570 580 590 600
pF1KB5 NVIKFSTDEGQCWQTYTFTRDPIYFTGLASEPGARSMNISIWGFTESFLTSQWVSYTIDF
...:::.::: :.:..:: .. :: :::: ... ....: :: :.: .::
NP_065 KILKFSVDEGLTWSTHNFTSTSVFVDGLLSEPGDETLVMTVFGHI-SF-RSDWELVKVDF
590 600 610 620 630 640
610 620 630 640 650 660
pF1KB5 KDILERNCEEKDYTIWLAHSTDPEDYEDGCILGYKEQFLRLRKSSVCQNGRDYVVTKQPS
. . :.: :.::. : . . : ::.: ...: . ...: : .::... .
NP_065 RPSFSRQCGEEDYSSWELSNLQG----DRCIMGQQRSFRKRKSTSWCIKGRSFTSALTSR
650 660 670 680 690
670 680 690 700 710
pF1KB5 ICLCSLEDFLCDFGYYRPEND----SKCVEQ----PELKGHDLEFCLYGREEHLTTNGYR
.: : :::::.:. : .. .:: . : : : : . . .. :::
NP_065 VCECRDSDFLCDYGFERSSSSESSTNKCSANFWFNPLSPPDD---CALG-QTYTSSLGYR
700 710 720 730 740 750
720 730 740 750 760 770
pF1KB5 KIPGDKCQGGVNPVREVKDLKKKCTSNFLSPEKQNSKSNSVPIILAIVGLMLVTVVAGVL
:. .. :.:::.
NP_065 KVVSNVCEGGVDMQQSQVQLQCPLTPPRGLQVSIQGEAVAVRPGEDVLFVVRQEQGDVLT
760 770 780 790 800 810
>>XP_011511818 (OMIM: 606284) PREDICTED: VPS10 domain-co (1160 aa)
initn: 619 init1: 267 opt: 872 Z-score: 893.6 bits: 176.8 E(85289): 4.9e-43
Smith-Waterman score: 913; 26.9% identity (57.3% similar) in 762 aa overlap (6-728:47-765)
10 20 30
pF1KB5 MERPWGAADGLSRWPHGLG---LLLLLQLLPPSTL
::: : : : :: : . ::.
XP_011 ARAPSPGAPPPPRSPRSRPLLLLLLLLGACGAA-GRSPEPGRLGPHAQLTRVPRSPPAGR
20 30 40 50 60 70
40 50 60 70 80
pF1KB5 SQ-----DRLDAPPPPAAPLPRWSGPIGVSWGLRAAAAGGAFPRGGRWRRSAPGEDEECG
.. :: :.:: : :: . : .: :.: ::.:.:: :
XP_011 AEPGGGEDRQARGTEPGAPGPS-PGPAP-GPGEDGAPAAGY----RRWERAAP----LAG
80 90 100 110 120
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pF1KB5 RVRDFVAKLANNTHQHVFDDLRGSVSLSWVGDSTGVILVLTTF-HVPLVIMTFGQSKLYR
. ..: ... : .... . :.:....:::.:: . :. . . .:.:.:
XP_011 VASRAQVSLISTSFVLKGDATHNQAMVHWTGENSSVILILTKYYHADMGKVL--ESSLWR
130 140 150 160 170 180
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pF1KB5 SEDYGKNFKDITDLINNTFIRTEFGMAIGPENSGKVVLTAEVSGGSRGGRIFRSSDFAKN
: :.: .. .: . : . .: : : :. ::.:.. : ..: .: :.: . .
XP_011 SSDFGTSYTKLTLQPGVTTVIDNF--YICPTNKRKVILVSS-SLSDRDQSLFLSADEGAT
190 200 210 220 230 240
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