Result of FASTA (omim) for
pFN21AB5757
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB5757, 814 aa
1>>>pF1KB5757 814 - 814 aa - 814 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 7.5725+/-0.000338; mu= 10.3325+/- 0.021
mean_var=123.4661+/-25.255, 0's: 0 Z-trim(118.9): 407 B-trim: 1378 in 2/49
Lambda= 0.115425
statistics sampled from 32007 (32417) to 32007 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.716), E-opt: 0.2 (0.38), width: 16
Scan time: 14.770
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_004924 (OMIM: 114019,612580) cadherin-15 prepro ( 814) 5490 925.6 0
NP_001239268 (OMIM: 603006) cadherin-4 isoform 3 [ ( 842) 2082 358.1 9.3e-98
NP_001239267 (OMIM: 603006) cadherin-4 isoform 2 [ ( 879) 2082 358.1 9.6e-98
NP_001785 (OMIM: 603006) cadherin-4 isoform 1 prep ( 916) 2082 358.1 1e-97
XP_011524090 (OMIM: 114020) PREDICTED: cadherin-2 ( 821) 2061 354.6 1e-96
NP_001295105 (OMIM: 114020) cadherin-2 isoform 2 [ ( 875) 2061 354.6 1.1e-96
NP_001783 (OMIM: 114020) cadherin-2 isoform 1 prep ( 906) 2061 354.6 1.1e-96
XP_016881003 (OMIM: 114020) PREDICTED: cadherin-2 ( 848) 1738 300.8 1.6e-80
XP_011521105 (OMIM: 600023) PREDICTED: cadherin-11 ( 796) 1381 241.4 1.2e-62
XP_005255819 (OMIM: 600023) PREDICTED: cadherin-11 ( 796) 1381 241.4 1.2e-62
XP_005255820 (OMIM: 600023) PREDICTED: cadherin-11 ( 796) 1381 241.4 1.2e-62
NP_001788 (OMIM: 600023) cadherin-11 isoform 1 pre ( 796) 1381 241.4 1.2e-62
XP_005255818 (OMIM: 600023) PREDICTED: cadherin-11 ( 796) 1381 241.4 1.2e-62
XP_016881012 (OMIM: 605806) PREDICTED: cadherin-7 ( 785) 1342 234.9 1.1e-60
NP_004352 (OMIM: 605806) cadherin-7 isoform 1 prep ( 785) 1342 234.9 1.1e-60
NP_387450 (OMIM: 605806) cadherin-7 isoform 1 prep ( 785) 1342 234.9 1.1e-60
NP_001787 (OMIM: 603008) cadherin-8 preproprotein ( 799) 1312 229.9 3.5e-59
NP_001304156 (OMIM: 600562) cadherin-12 isoform 1 ( 794) 1295 227.0 2.5e-58
NP_004052 (OMIM: 600562) cadherin-12 isoform 1 pre ( 794) 1295 227.0 2.5e-58
XP_016864410 (OMIM: 600562) PREDICTED: cadherin-12 ( 794) 1295 227.0 2.5e-58
XP_016864409 (OMIM: 600562) PREDICTED: cadherin-12 ( 794) 1295 227.0 2.5e-58
XP_011512229 (OMIM: 600562) PREDICTED: cadherin-12 ( 794) 1295 227.0 2.5e-58
NP_114097 (OMIM: 605807) cadherin-20 preproprotein ( 801) 1286 225.5 7.1e-58
XP_016864399 (OMIM: 603007) PREDICTED: cadherin-6 ( 790) 1285 225.4 7.9e-58
XP_011512223 (OMIM: 603007) PREDICTED: cadherin-6 ( 790) 1285 225.4 7.9e-58
NP_004923 (OMIM: 603007) cadherin-6 preproprotein ( 790) 1285 225.4 7.9e-58
NP_004351 (OMIM: 114480,137215,167000,176807,19209 ( 882) 1283 225.1 1.1e-57
NP_001317505 (OMIM: 600023) cadherin-11 isoform 3 ( 670) 1273 223.3 2.7e-57
XP_016864419 (OMIM: 603019) PREDICTED: cadherin-18 ( 790) 1261 221.4 1.3e-56
XP_006714498 (OMIM: 603019) PREDICTED: cadherin-18 ( 790) 1261 221.4 1.3e-56
NP_004925 (OMIM: 603019) cadherin-18 isoform 1 pre ( 790) 1261 221.4 1.3e-56
XP_016864413 (OMIM: 603019) PREDICTED: cadherin-18 ( 790) 1261 221.4 1.3e-56
NP_001278885 (OMIM: 603019) cadherin-18 isoform 1 ( 790) 1261 221.4 1.3e-56
XP_016864416 (OMIM: 603019) PREDICTED: cadherin-18 ( 790) 1261 221.4 1.3e-56
XP_016864414 (OMIM: 603019) PREDICTED: cadherin-18 ( 790) 1261 221.4 1.3e-56
XP_016864421 (OMIM: 603019) PREDICTED: cadherin-18 ( 790) 1261 221.4 1.3e-56
XP_016864415 (OMIM: 603019) PREDICTED: cadherin-18 ( 790) 1261 221.4 1.3e-56
XP_016864418 (OMIM: 603019) PREDICTED: cadherin-18 ( 790) 1261 221.4 1.3e-56
XP_016864417 (OMIM: 603019) PREDICTED: cadherin-18 ( 790) 1261 221.4 1.3e-56
XP_016864420 (OMIM: 603019) PREDICTED: cadherin-18 ( 790) 1261 221.4 1.3e-56
XP_005248285 (OMIM: 603019) PREDICTED: cadherin-18 ( 790) 1261 221.4 1.3e-56
NP_001304125 (OMIM: 114021,225280,601553) cadherin ( 774) 1249 219.4 4.9e-56
NP_001304124 (OMIM: 114021,225280,601553) cadherin ( 784) 1249 219.4 5e-56
XP_011521102 (OMIM: 114021,225280,601553) PREDICTE ( 808) 1249 219.4 5.1e-56
NP_001784 (OMIM: 114021,225280,601553) cadherin-3 ( 829) 1249 219.4 5.2e-56
XP_011512230 (OMIM: 603019) PREDICTED: cadherin-18 ( 724) 1246 218.9 6.6e-56
NP_057363 (OMIM: 609974) cadherin-9 preproprotein ( 789) 1243 218.4 1e-55
NP_004940 (OMIM: 125645,610476) desmocollin-2 isof ( 847) 1230 216.2 4.8e-55
NP_077740 (OMIM: 125645,610476) desmocollin-2 isof ( 901) 1230 216.2 5e-55
NP_077741 (OMIM: 600271) desmocollin-3 isoform Dsc ( 839) 1205 212.1 8.5e-54
>>NP_004924 (OMIM: 114019,612580) cadherin-15 preproprot (814 aa)
initn: 5490 init1: 5490 opt: 5490 Z-score: 4943.4 bits: 925.6 E(85289): 0
Smith-Waterman score: 5490; 100.0% identity (100.0% similar) in 814 aa overlap (1-814:1-814)
10 20 30 40 50 60
pF1KB5 MDAAFLLVLGLLAQSLCLSLGVPGWRRPTTLYPWRRAPALSRVRRAWVIPPISVSENHKR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 MDAAFLLVLGLLAQSLCLSLGVPGWRRPTTLYPWRRAPALSRVRRAWVIPPISVSENHKR
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB5 LPYPLVQIKSDKQQLGSVIYSIQGPGVDEEPRGVFSIDKFTGKVFLNAMLDREKTDRFRL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 LPYPLVQIKSDKQQLGSVIYSIQGPGVDEEPRGVFSIDKFTGKVFLNAMLDREKTDRFRL
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB5 RAFALDLGGSTLEDPTDLEIVVVDQNDNRPAFLQEAFTGRVLEGAVPGTYVTRAEATDAD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 RAFALDLGGSTLEDPTDLEIVVVDQNDNRPAFLQEAFTGRVLEGAVPGTYVTRAEATDAD
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB5 DPETDNAALRFSILQQGSPELFSIDELTGEIRTVQVGLDREVVAVYNLTLQVADMSGDGL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 DPETDNAALRFSILQQGSPELFSIDELTGEIRTVQVGLDREVVAVYNLTLQVADMSGDGL
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB5 TATASAIITLDDINDNAPEFTRDEFFMEAIEAVSGVDVGRLEVEDRDLPGSPNWVARFTI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 TATASAIITLDDINDNAPEFTRDEFFMEAIEAVSGVDVGRLEVEDRDLPGSPNWVARFTI
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB5 LEGDPDGQFTIRTDPKTNEGVLSIVKALDYESCEHYELKVSVQNEAPLQAAALRAERGQA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 LEGDPDGQFTIRTDPKTNEGVLSIVKALDYESCEHYELKVSVQNEAPLQAAALRAERGQA
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB5 KVRVHVQDTNEPPVFQENPLRTSLAEGAPPGTLVATFSARDPDTEQLQRLSYSKDYDPED
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 KVRVHVQDTNEPPVFQENPLRTSLAEGAPPGTLVATFSARDPDTEQLQRLSYSKDYDPED
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB5 WLQVDAATGRIQTQHVLSPASPFLKGGWYRAIVLAQDDASQPRTATGTLSIEILEVNDHA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 WLQVDAATGRIQTQHVLSPASPFLKGGWYRAIVLAQDDASQPRTATGTLSIEILEVNDHA
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KB5 PVLAPPPPGSLCSEPHQGPGLLLGATDEDLPPHGAPFHFQLSPRLPELGRNWSLSQVNVS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 PVLAPPPPGSLCSEPHQGPGLLLGATDEDLPPHGAPFHFQLSPRLPELGRNWSLSQVNVS
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KB5 HARLRPRHQVPEGLHRLSLLLRDSGQPPQQREQPLNVTVCRCGKDGVCLPGAAALLAGGT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 HARLRPRHQVPEGLHRLSLLLRDSGQPPQQREQPLNVTVCRCGKDGVCLPGAAALLAGGT
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KB5 GLSLGALVIVLASALLLLVLVLLVALRARFWKQSRGKGLLHGPQDDLRDNVLNYDEQGGG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 GLSLGALVIVLASALLLLVLVLLVALRARFWKQSRGKGLLHGPQDDLRDNVLNYDEQGGG
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KB5 EEDQDAYDISQLRHPTALSLPLGPPPLRRDAPQGRLHPQPPRVLPTSPLDIADFINDGLE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 EEDQDAYDISQLRHPTALSLPLGPPPLRRDAPQGRLHPQPPRVLPTSPLDIADFINDGLE
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KB5 AADSDPSVPPYDTALIYDYEGDGSVAGTLSSILSSQGDEDQDYDYLRDWGPRFARLADMY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 AADSDPSVPPYDTALIYDYEGDGSVAGTLSSILSSQGDEDQDYDYLRDWGPRFARLADMY
730 740 750 760 770 780
790 800 810
pF1KB5 GHPCGLEYGARWDHQAREGLSPGALLPRHRGRTA
::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 GHPCGLEYGARWDHQAREGLSPGALLPRHRGRTA
790 800 810
>>NP_001239268 (OMIM: 603006) cadherin-4 isoform 3 [Homo (842 aa)
initn: 1668 init1: 712 opt: 2082 Z-score: 1876.1 bits: 358.1 E(85289): 9.3e-98
Smith-Waterman score: 2105; 45.2% identity (71.0% similar) in 772 aa overlap (30-781:77-837)
10 20 30 40 50
pF1KB5 MDAAFLLVLGLLAQSLCLSLGVPGWRRPTTLYPW---RRAPALSRVRRAWVIPPISVSE
:: :: . : .: : .: ::::::.: :
NP_001 VAQTSSPHSGHKPQKGKKVVALDPSPPPKDTLLPWPQHQNANGLRRRKRDWVIPPINVPE
50 60 70 80 90 100
60 70 80 90 100 110
pF1KB5 NHKRLPYP--LVQIKSDKQQLGSVIYSIQGPGVDEEPRGVFSIDKFTGKVFLNAMLDREK
: .: :.: ::.:.:::.. . ::: : :.:. : :::::...:..... .:::.
NP_001 N-SRGPFPQQLVRIRSDKDNDIPIRYSITGVGADQPPMEVFSIDSMSGRMYVTRPMDREE
110 120 130 140 150 160
120 130 140 150 160 170
pF1KB5 TDRFRLRAFALDLGGSTLEDPTDLEIVVVDQNDNRPAFLQEAFTGRVLEGAVPGTYVTRA
..::: :.:..:. .:.: :: : :.:.::::: :......: : ::. ::::: .
NP_001 HASYHLRAHAVDMNGNKVENPIDLYIYVIDMNDNRPEFINQVYNGSVDEGSKPGTYVMTV
170 180 190 200 210 220
180 190 200 210 220 230
pF1KB5 EATDADDPETDNAALRFSILQQG--SP--ELFSIDELTGEIRTVQVGLDREVVAVYNLTL
:.:::: : :. .:. :. : :: ..:.:. ::.: :: .::::: : :.. .
NP_001 TANDADDSTTANGMVRYRIVTQTPQSPSQNMFTINSETGDIVTVAAGLDREKVQQYTVIV
230 240 250 260 270 280
240 250 260 270 280
pF1KB5 QVADMSGD---GLTATASAIITLDDINDNAPEFTRDEFFMEAIEAVSGVDVGRLEVEDRD
:..:: :. ::. ::.::::. :.::: :::: . : :. : . :. : : :::
NP_001 QATDMEGNLNYGLSNTATAIITVTDVNDNPPEFTASTFAGEVPENRVETVVANLTVMDRD
290 300 310 320 330 340
290 300 310 320 330 340
pF1KB5 LPGSPNWVARFTILEGDPDGQFTIRTDPKTNEGVLSIVKALDYESCEHYELKVSVQNEAP
: :::: : . :. :::.:.:..:::: ::::....:::.::: . . : : :.:.::
NP_001 QPHSPNWNAVYRIISGDPSGHFSVRTDPVTNEGMVTVVKAVDYELNRAFMLTVMVSNQAP
350 360 370 380 390 400
350 360 370 380 390 400
pF1KB5 LQAAALRAERGQAKVRVHVQDTNEPPVFQENPLRTSLAEGAPPGTLVATFSARDPDTEQL
: .. . .. : : . ..: :: : : : : ::.::::...:::: ::: .
NP_001 LASGIQMSFQSTAGVTISIMDINEAPYFPSNHKLIRLEEGVPPGTVLTTFSAVDPDRFMQ
410 420 430 440 450 460
410 420 430 440 450 460
pF1KB5 QRLSYSKDYDPEDWLQVDAATGRIQTQHVLSPASPFLKGGWYRAIVLAQDDASQPRTATG
: . ::: :: .::...:..:.: : ::. : . :.. :.: :: :.. : ..::
NP_001 QAVRYSKLSDPASWLHINATNGQITTAAVLDRESLYTKNNVYEATFLAADNGIPPASGTG
470 480 490 500 510 520
470 480 490 500 510 520
pF1KB5 TLSIEILEVNDHAPVLAPPPPGSLCSEPHQGPGLLLGATDEDLPPHGAPFHFQLSPRLPE
::.: ....::.:: : : ...: .:. . .. . :.: :. :. .:. :.: : .:
NP_001 TLQIYLIDINDNAPELLPKE-AQICEKPNLN-AINITAADADVDPNIGPYVFEL-PFVPA
530 540 550 560 570 580
530 540 550 560 570 580
pF1KB5 LGR-NWSLSQVNVSHARLRPRHQVPE-GLHRLSLLLRDSGQPPQQREQPLNVTVCRCGKD
: ::.....: ..:.: : : :.. . ... :::.:: . . ..: :: : .
NP_001 AVRKNWTITRLNGDYAQLSLRILYLEAGMYDVPIIVTDSGNPPLSNTSIIKVKVCPCDDN
590 600 610 620 630 640
590 600 610 620 630 640
pF1KB5 GVCLP-GAAALLAGGTGLSLGALVIVLASALLLLVLVLLVAL-RARFWKQSRGKGLLHGP
: : ::.: ..::. ::.: .: :.::..::: .. : :. . : :: :
NP_001 GDCTTIGAVA----AAGLGTGAIVAILICILILLTMVLLFVMWMKRREKERHTKQLLIDP
650 660 670 680 690
650 660 670 680 690 700
pF1KB5 QDDLRDNVLNYDEQGGGEEDQDAYDISQLRHPTALS-LPLGPPPLRR--DAPQGRLHPQP
.::.:::.:.:::.:::::::: ::.:::..: :.. .: : .:: . : : .::
NP_001 EDDVRDNILKYDEEGGGEEDQD-YDLSQLQQPEAMGHVPSKAPGVRRVDERPVGA-EPQY
700 710 720 730 740 750
710 720 730 740 750
pF1KB5 P-RVLPTSPLDIADFINDGLEAADSDPSVPPYDTALIYDYEGDGSVAGTLSSILSSQGDE
: : . : ::.::::.::.:::.::..::::. :..::::.::.::..:: :.:...
NP_001 PIRPMVPHPGDIGDFINEGLRAADNDPTAPPYDSLLVFDYEGSGSTAGSVSS-LNSSSSG
760 770 780 790 800 810
760 770 780 790 800 810
pF1KB5 DQDYDYLRDWGPRFARLADMYGHPCGLEYGARWDHQAREGLSPGALLPRHRGRTA
::::::: :::::: .::::::
NP_001 DQDYDYLNDWGPRFKKLADMYGGGEED
820 830 840
>>NP_001239267 (OMIM: 603006) cadherin-4 isoform 2 [Homo (879 aa)
initn: 1668 init1: 712 opt: 2082 Z-score: 1875.8 bits: 358.1 E(85289): 9.6e-98
Smith-Waterman score: 2105; 45.2% identity (71.0% similar) in 772 aa overlap (30-781:114-874)
10 20 30 40 50
pF1KB5 MDAAFLLVLGLLAQSLCLSLGVPGWRRPTTLYPW---RRAPALSRVRRAWVIPPISVSE
:: :: . : .: : .: ::::::.: :
NP_001 VAQTSSPHSGHKPQKGKKVVALDPSPPPKDTLLPWPQHQNANGLRRRKRDWVIPPINVPE
90 100 110 120 130 140
60 70 80 90 100 110
pF1KB5 NHKRLPYP--LVQIKSDKQQLGSVIYSIQGPGVDEEPRGVFSIDKFTGKVFLNAMLDREK
: .: :.: ::.:.:::.. . ::: : :.:. : :::::...:..... .:::.
NP_001 N-SRGPFPQQLVRIRSDKDNDIPIRYSITGVGADQPPMEVFSIDSMSGRMYVTRPMDREE
150 160 170 180 190 200
120 130 140 150 160 170
pF1KB5 TDRFRLRAFALDLGGSTLEDPTDLEIVVVDQNDNRPAFLQEAFTGRVLEGAVPGTYVTRA
..::: :.:..:. .:.: :: : :.:.::::: :......: : ::. ::::: .
NP_001 HASYHLRAHAVDMNGNKVENPIDLYIYVIDMNDNRPEFINQVYNGSVDEGSKPGTYVMTV
210 220 230 240 250 260
180 190 200 210 220 230
pF1KB5 EATDADDPETDNAALRFSILQQG--SP--ELFSIDELTGEIRTVQVGLDREVVAVYNLTL
:.:::: : :. .:. :. : :: ..:.:. ::.: :: .::::: : :.. .
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780 790 800 810
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.::::::
XP_011 KLADMYGGGDD
820
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pF1KB5 RLADMYGHPCGLEYGARWDHQAREGLSPGALLPRHRGRTA
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NP_001 KLADMYGGGDD
870
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