Result of FASTA (omim) for
pFN21AB5690
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB5690, 518 aa
1>>>pF1KB5690 518 - 518 aa - 518 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.1228+/-0.000368; mu= 14.8390+/- 0.023
mean_var=89.7963+/-18.052, 0's: 0 Z-trim(114.5): 30 B-trim: 188 in 2/50
Lambda= 0.135346
statistics sampled from 24379 (24405) to 24379 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.641), E-opt: 0.2 (0.286), width: 16
Scan time: 10.280
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_036237 (OMIM: 605668) beta-secretase 2 isoform ( 518) 3437 681.4 1.7e-195
XP_016883803 (OMIM: 605668) PREDICTED: beta-secret ( 423) 2762 549.6 6.8e-156
NP_620477 (OMIM: 605668) beta-secretase 2 isoform ( 396) 2503 499.0 1.1e-140
NP_620476 (OMIM: 605668) beta-secretase 2 isoform ( 468) 2149 429.9 8e-120
NP_036236 (OMIM: 604252) beta-secretase 1 isoform ( 501) 1535 310.0 1e-83
NP_001193977 (OMIM: 604252) beta-secretase 1 isofo ( 401) 1288 261.7 2.9e-69
NP_620427 (OMIM: 604252) beta-secretase 1 isoform ( 457) 1043 213.9 8e-55
NP_001193978 (OMIM: 604252) beta-secretase 1 isofo ( 376) 914 188.7 2.6e-47
NP_620428 (OMIM: 604252) beta-secretase 1 isoform ( 476) 914 188.8 3.2e-47
NP_620429 (OMIM: 604252) beta-secretase 1 isoform ( 432) 913 188.5 3.4e-47
NP_001901 (OMIM: 116890) cathepsin E isoform a pre ( 396) 359 80.3 1.1e-14
XP_011507546 (OMIM: 116890) PREDICTED: cathepsin E ( 401) 355 79.6 2e-14
NP_002621 (OMIM: 169740) gastricsin isoform 1 prep ( 388) 332 75.1 4.4e-13
NP_000528 (OMIM: 179820,267430,613092) renin prepr ( 406) 318 72.3 3e-12
NP_001304260 (OMIM: 116890) cathepsin E isoform c ( 288) 309 70.5 7.7e-12
NP_683865 (OMIM: 116890) cathepsin E isoform b pre ( 363) 309 70.6 9.3e-12
XP_011507547 (OMIM: 116890) PREDICTED: cathepsin E ( 368) 305 69.8 1.6e-11
NP_004842 (OMIM: 605631) napsin-A preproprotein [H ( 420) 296 68.0 6.1e-11
XP_011525842 (OMIM: 605631) PREDICTED: napsin-A is ( 420) 296 68.0 6.1e-11
NP_001159896 (OMIM: 169740) gastricsin isoform 2 p ( 315) 221 53.3 1.2e-06
NP_001073275 (OMIM: 169710) pepsin A-3 preproprote ( 388) 216 52.4 2.9e-06
NP_055039 (OMIM: 169730) pepsin A-5 preproprotein ( 388) 216 52.4 2.9e-06
XP_016854970 (OMIM: 169720) PREDICTED: pepsin A-4 ( 388) 216 52.4 2.9e-06
NP_001073276 (OMIM: 169720) pepsin A-4 preproprote ( 388) 216 52.4 2.9e-06
XP_016883001 (OMIM: 605631) PREDICTED: napsin-A is ( 411) 211 51.4 5.9e-06
NP_001900 (OMIM: 116840,610127) cathepsin D prepro ( 412) 185 46.4 0.0002
>>NP_036237 (OMIM: 605668) beta-secretase 2 isoform A pr (518 aa)
initn: 3437 init1: 3437 opt: 3437 Z-score: 3630.7 bits: 681.4 E(85289): 1.7e-195
Smith-Waterman score: 3437; 100.0% identity (100.0% similar) in 518 aa overlap (1-518:1-518)
10 20 30 40 50 60
pF1KB5 MGALARALLLPLLAQWLLRAAPELAPAPFTLPLRVAAATNRVVAPTPGPGTPAERHADGL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_036 MGALARALLLPLLAQWLLRAAPELAPAPFTLPLRVAAATNRVVAPTPGPGTPAERHADGL
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB5 ALALEPALASPAGAANFLAMVDNLQGDSGRGYYLEMLIGTPPQKLQILVDTGSSNFAVAG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_036 ALALEPALASPAGAANFLAMVDNLQGDSGRGYYLEMLIGTPPQKLQILVDTGSSNFAVAG
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB5 TPHSYIDTYFDTERSSTYRSKGFDVTVKYTQGSWTGFVGEDLVTIPKGFNTSFLVNIATI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_036 TPHSYIDTYFDTERSSTYRSKGFDVTVKYTQGSWTGFVGEDLVTIPKGFNTSFLVNIATI
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB5 FESENFFLPGIKWNGILGLAYATLAKPSSSLETFFDSLVTQANIPNVFSMQMCGAGLPVA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_036 FESENFFLPGIKWNGILGLAYATLAKPSSSLETFFDSLVTQANIPNVFSMQMCGAGLPVA
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB5 GSGTNGGSLVLGGIEPSLYKGDIWYTPIKEEWYYQIEILKLEIGGQSLNLDCREYNADKA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_036 GSGTNGGSLVLGGIEPSLYKGDIWYTPIKEEWYYQIEILKLEIGGQSLNLDCREYNADKA
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB5 IVDSGTTLLRLPQKVFDAVVEAVARASLIPEFSDGFWTGSQLACWTNSETPWSYFPKISI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_036 IVDSGTTLLRLPQKVFDAVVEAVARASLIPEFSDGFWTGSQLACWTNSETPWSYFPKISI
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB5 YLRDENSSRSFRITILPQLYIQPMMGAGLNYECYRFGISPSTNALVIGATVMEGFYVIFD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_036 YLRDENSSRSFRITILPQLYIQPMMGAGLNYECYRFGISPSTNALVIGATVMEGFYVIFD
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB5 RAQKRVGFAASPCAEIAGAAVSEISGPFSTEDVASNCVPAQSLSEPILWIVSYALMSVCG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_036 RAQKRVGFAASPCAEIAGAAVSEISGPFSTEDVASNCVPAQSLSEPILWIVSYALMSVCG
430 440 450 460 470 480
490 500 510
pF1KB5 AILLVLIVLLLLPFRCQRRPRDPEVVNDESSLVRHRWK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_036 AILLVLIVLLLLPFRCQRRPRDPEVVNDESSLVRHRWK
490 500 510
>>XP_016883803 (OMIM: 605668) PREDICTED: beta-secretase (423 aa)
initn: 2762 init1: 2762 opt: 2762 Z-score: 2919.7 bits: 549.6 E(85289): 6.8e-156
Smith-Waterman score: 2762; 99.8% identity (100.0% similar) in 416 aa overlap (103-518:8-423)
80 90 100 110 120 130
pF1KB5 GAANFLAMVDNLQGDSGRGYYLEMLIGTPPQKLQILVDTGSSNFAVAGTPHSYIDTYFDT
.:::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 MAALHLYKKLQILVDTGSSNFAVAGTPHSYIDTYFDT
10 20 30
140 150 160 170 180 190
pF1KB5 ERSSTYRSKGFDVTVKYTQGSWTGFVGEDLVTIPKGFNTSFLVNIATIFESENFFLPGIK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 ERSSTYRSKGFDVTVKYTQGSWTGFVGEDLVTIPKGFNTSFLVNIATIFESENFFLPGIK
40 50 60 70 80 90
200 210 220 230 240 250
pF1KB5 WNGILGLAYATLAKPSSSLETFFDSLVTQANIPNVFSMQMCGAGLPVAGSGTNGGSLVLG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 WNGILGLAYATLAKPSSSLETFFDSLVTQANIPNVFSMQMCGAGLPVAGSGTNGGSLVLG
100 110 120 130 140 150
260 270 280 290 300 310
pF1KB5 GIEPSLYKGDIWYTPIKEEWYYQIEILKLEIGGQSLNLDCREYNADKAIVDSGTTLLRLP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 GIEPSLYKGDIWYTPIKEEWYYQIEILKLEIGGQSLNLDCREYNADKAIVDSGTTLLRLP
160 170 180 190 200 210
320 330 340 350 360 370
pF1KB5 QKVFDAVVEAVARASLIPEFSDGFWTGSQLACWTNSETPWSYFPKISIYLRDENSSRSFR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 QKVFDAVVEAVARASLIPEFSDGFWTGSQLACWTNSETPWSYFPKISIYLRDENSSRSFR
220 230 240 250 260 270
380 390 400 410 420 430
pF1KB5 ITILPQLYIQPMMGAGLNYECYRFGISPSTNALVIGATVMEGFYVIFDRAQKRVGFAASP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 ITILPQLYIQPMMGAGLNYECYRFGISPSTNALVIGATVMEGFYVIFDRAQKRVGFAASP
280 290 300 310 320 330
440 450 460 470 480 490
pF1KB5 CAEIAGAAVSEISGPFSTEDVASNCVPAQSLSEPILWIVSYALMSVCGAILLVLIVLLLL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 CAEIAGAAVSEISGPFSTEDVASNCVPAQSLSEPILWIVSYALMSVCGAILLVLIVLLLL
340 350 360 370 380 390
500 510
pF1KB5 PFRCQRRPRDPEVVNDESSLVRHRWK
::::::::::::::::::::::::::
XP_016 PFRCQRRPRDPEVVNDESSLVRHRWK
400 410 420
>>NP_620477 (OMIM: 605668) beta-secretase 2 isoform B pr (396 aa)
initn: 2503 init1: 2503 opt: 2503 Z-score: 2646.8 bits: 499.0 E(85289): 1.1e-140
Smith-Waterman score: 2503; 100.0% identity (100.0% similar) in 378 aa overlap (1-378:1-378)
10 20 30 40 50 60
pF1KB5 MGALARALLLPLLAQWLLRAAPELAPAPFTLPLRVAAATNRVVAPTPGPGTPAERHADGL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_620 MGALARALLLPLLAQWLLRAAPELAPAPFTLPLRVAAATNRVVAPTPGPGTPAERHADGL
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB5 ALALEPALASPAGAANFLAMVDNLQGDSGRGYYLEMLIGTPPQKLQILVDTGSSNFAVAG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_620 ALALEPALASPAGAANFLAMVDNLQGDSGRGYYLEMLIGTPPQKLQILVDTGSSNFAVAG
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB5 TPHSYIDTYFDTERSSTYRSKGFDVTVKYTQGSWTGFVGEDLVTIPKGFNTSFLVNIATI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_620 TPHSYIDTYFDTERSSTYRSKGFDVTVKYTQGSWTGFVGEDLVTIPKGFNTSFLVNIATI
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB5 FESENFFLPGIKWNGILGLAYATLAKPSSSLETFFDSLVTQANIPNVFSMQMCGAGLPVA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_620 FESENFFLPGIKWNGILGLAYATLAKPSSSLETFFDSLVTQANIPNVFSMQMCGAGLPVA
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB5 GSGTNGGSLVLGGIEPSLYKGDIWYTPIKEEWYYQIEILKLEIGGQSLNLDCREYNADKA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_620 GSGTNGGSLVLGGIEPSLYKGDIWYTPIKEEWYYQIEILKLEIGGQSLNLDCREYNADKA
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB5 IVDSGTTLLRLPQKVFDAVVEAVARASLIPEFSDGFWTGSQLACWTNSETPWSYFPKISI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_620 IVDSGTTLLRLPQKVFDAVVEAVARASLIPEFSDGFWTGSQLACWTNSETPWSYFPKISI
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB5 YLRDENSSRSFRITILPQLYIQPMMGAGLNYECYRFGISPSTNALVIGATVMEGFYVIFD
::::::::::::::::::
NP_620 YLRDENSSRSFRITILPQKLQVLQCLKFPGLSQQRM
370 380 390
>>NP_620476 (OMIM: 605668) beta-secretase 2 isoform C pr (468 aa)
initn: 2149 init1: 2149 opt: 2149 Z-score: 2272.2 bits: 429.9 E(85289): 8e-120
Smith-Waterman score: 2971; 90.3% identity (90.3% similar) in 518 aa overlap (1-518:1-468)
10 20 30 40 50 60
pF1KB5 MGALARALLLPLLAQWLLRAAPELAPAPFTLPLRVAAATNRVVAPTPGPGTPAERHADGL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_620 MGALARALLLPLLAQWLLRAAPELAPAPFTLPLRVAAATNRVVAPTPGPGTPAERHADGL
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB5 ALALEPALASPAGAANFLAMVDNLQGDSGRGYYLEMLIGTPPQKLQILVDTGSSNFAVAG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_620 ALALEPALASPAGAANFLAMVDNLQGDSGRGYYLEMLIGTPPQKLQILVDTGSSNFAVAG
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB5 TPHSYIDTYFDTERSSTYRSKGFDVTVKYTQGSWTGFVGEDLVTIPKGFNTSFLVNIATI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_620 TPHSYIDTYFDTERSSTYRSKGFDVTVKYTQGSWTGFVGEDLVTIPKGFNTSFLVNIATI
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB5 FESENFFLPGIKWNGILGLAYATLAKPSSSLETFFDSLVTQANIPNVFSMQMCGAGLPVA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_620 FESENFFLPGIKWNGILGLAYATLAKPSSSLETFFDSLVTQANIPNVFSMQMCGAGLPVA
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB5 GSGTNGGSLVLGGIEPSLYKGDIWYTPIKEEWYYQIEILKLEIGGQSLNLDCREYNADKA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_620 GSGTNGGSLVLGGIEPSLYKGDIWYTPIKEEWYYQIEILKLEIGGQSLNLDCREYNADKA
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB5 IVDSGTTLLRLPQKVFDAVVEAVARASLIPEFSDGFWTGSQLACWTNSETPWSYFPKISI
::::::::::::::::::::::::::::
NP_620 IVDSGTTLLRLPQKVFDAVVEAVARASL--------------------------------
310 320
370 380 390 400 410 420
pF1KB5 YLRDENSSRSFRITILPQLYIQPMMGAGLNYECYRFGISPSTNALVIGATVMEGFYVIFD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_620 ------------------LYIQPMMGAGLNYECYRFGISPSTNALVIGATVMEGFYVIFD
330 340 350 360 370
430 440 450 460 470 480
pF1KB5 RAQKRVGFAASPCAEIAGAAVSEISGPFSTEDVASNCVPAQSLSEPILWIVSYALMSVCG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_620 RAQKRVGFAASPCAEIAGAAVSEISGPFSTEDVASNCVPAQSLSEPILWIVSYALMSVCG
380 390 400 410 420 430
490 500 510
pF1KB5 AILLVLIVLLLLPFRCQRRPRDPEVVNDESSLVRHRWK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_620 AILLVLIVLLLLPFRCQRRPRDPEVVNDESSLVRHRWK
440 450 460
>>NP_036236 (OMIM: 604252) beta-secretase 1 isoform A pr (501 aa)
initn: 1512 init1: 668 opt: 1535 Z-score: 1623.8 bits: 310.0 E(85289): 1e-83
Smith-Waterman score: 1535; 49.6% identity (77.0% similar) in 448 aa overlap (71-512:54-500)
50 60 70 80 90 100
pF1KB5 RVVAPTPGPGTPAERHADGLALALEPALASPAGAANFLAMVDNLQGDSGRGYYLEMLIGT
:. ..:. :::::.: ::.:::.:: .:.
NP_036 HGIRLPLRSGLGGAPLGLRLPRETDEEPEEPGRRGSFVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGS
30 40 50 60 70 80
110 120 130 140 150 160
pF1KB5 PPQKLQILVDTGSSNFAVAGTPHSYIDTYFDTERSSTYRSKGFDVTVKYTQGSWTGFVGE
::: :.::::::::::::...:: .. :.. . :::::. : : ::::.: : .:
NP_036 PPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGT
90 100 110 120 130 140
170 180 190 200 210 220
pF1KB5 DLVTIPKGFNTSFLVNIATIFESENFFLPGIKWNGILGLAYATLAKPSSSLETFFDSLVT
:::.::.: :.. .:::.: ::..::. : .:.:::::::: .:.:..::: ::::::
NP_036 DLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVK
150 160 170 180 190 200
230 240 250 260 270
pF1KB5 QANIPNVFSMQMCGAGLPVAGS---GTNGGSLVLGGIEPSLYKGDIWYTPIKEEWYYQIE
:...::.::.:.::::.:. : .. :::...:::. ::: :..:::::..::::..
NP_036 QTHVPNLFSLQLCGAGFPLNQSEVLASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVI
210 220 230 240 250 260
280 290 300 310 320 330
pF1KB5 ILKLEIGGQSLNLDCREYNADKAIVDSGTTLLRLPQKVFDAVVEAVARASLIPEFSDGFW
:...::.::.:..::.::: ::.::::::: ::::.:::.:.:... :: .: ::::
NP_036 IVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFW
270 280 290 300 310 320
340 350 360 370 380 390
pF1KB5 TGSQLACWTNSETPWSYFPKISIYLRDENSSRSFRITILPQLYIQPMMGAGLNYE-CYRF
: ::.:: . :::. :: ::.:: : ...::::::::: :..:. .. . . ::.:
NP_036 LGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVEDVATSQDDCYKF
330 340 350 360 370 380
400 410 420 430 440 450
pF1KB5 GISPSTNALVIGATVMEGFYVIFDRAQKRVGFAASPCAEIAGAAVSEISGPFSTEDVASN
.:: :... :.::..::::::.::::.::.:::.: : .. . ::: : :. .
NP_036 AISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDC
390 400 410 420 430 440
460 470 480 490 500 510
pF1KB5 CVPAQSLSEPILWIVSYALMSVCGAILLVLIVLLLLPFRCQR--RPRDPEVVNDESSLVR
. .: : ..:.. ..: :.... . :.. .:: : : . . ..: : :
NP_036 GYNIPQTDESTLMTIAYVMAAIC-ALFMLPLCLMVCQWRCLRCLRQQHDDFADDISLLK
450 460 470 480 490 500
pF1KB5 HRWK
>>NP_001193977 (OMIM: 604252) beta-secretase 1 isoform E (401 aa)
initn: 1263 init1: 611 opt: 1288 Z-score: 1364.6 bits: 261.7 E(85289): 2.9e-69
Smith-Waterman score: 1288; 47.6% identity (75.2% similar) in 399 aa overlap (122-512:3-400)
100 110 120 130 140
pF1KB5 YYLEMLIGTPPQKLQILVDTGSSNFAVAGTPHSYIDTYFD--TERSSTYRSKGFDVTVKY
: :....: . :::::. : : :
NP_001 MVPFIYLQAHFTLCSGWSSTYRDLRKGVYVPY
10 20 30
150 160 170 180 190 200
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::: :::::: :...::.::.:.::::.:. : .. :::...:::. ::: :..:::
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NP_001 DFADDISLLK
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pF1KB5 PPQKLQILVDTGSSNFAVAGTPHSYIDTYFDTERSSTYRSKGFDVTVKYTQGSWTGFVGE
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NP_620 PPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGT
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pF1KB5 DLVTIPKGFNTSFLVNIATIFESENFFLPGIKWNGILGLAYATLAKPSSSLETFFDSLVT
::
NP_620 DL----------------------------------------------------------
230 240 250 260 270
pF1KB5 QANIPNVFSMQMCGAGLPVAGS---GTNGGSLVLGGIEPSLYKGDIWYTPIKEEWYYQIE
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NP_620 -----------LCGAGFPLNQSEVLASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVI
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pF1KB5 ILKLEIGGQSLNLDCREYNADKAIVDSGTTLLRLPQKVFDAVVEAVARASLIPEFSDGFW
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NP_620 IVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFW
200 210 220 230 240 250
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pF1KB5 TGSQLACWTNSETPWSYFPKISIYLRDENSSRSFRITILPQLYIQPMMGAGLNYE-CYRF
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NP_620 LGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVEDVATSQDDCYKF
260 270 280 290 300 310
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pF1KB5 GISPSTNALVIGATVMEGFYVIFDRAQKRVGFAASPCAEIAGAAVSEISGPFSTEDVASN
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NP_620 AISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDC
320 330 340 350 360 370
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pF1KB5 CVPAQSLSEPILWIVSYALMSVCGAILLVLIVLLLLPFRCQR--RPRDPEVVNDESSLVR
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NP_620 GYNIPQTDESTLMTIAYVMAAIC-ALFMLPLCLMVCQWRCLRCLRQQHDDFADDISLLK
380 390 400 410 420 430
pF1KB5 HRWK
518 residues in 1 query sequences
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]