Result of FASTA (ccds) for
pFN21AB5246
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB5246, 480 aa
1>>>pF1KB5246 480 - 480 aa - 480 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.5345+/-0.00104; mu= 19.2728+/- 0.063
mean_var=135.8506+/-25.276, 0's: 0 Z-trim(109.4): 56 B-trim: 0 in 0/50
Lambda= 0.110038
statistics sampled from 10837 (10889) to 10837 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.696), E-opt: 0.2 (0.334), width: 16
Scan time: 3.410
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS7630.1 HTRA1 gene_id:5654|Hs108|chr10 ( 480) 3174 515.6 4.5e-146
CCDS6110.1 HTRA4 gene_id:203100|Hs108|chr8 ( 476) 1613 267.8 1.8e-71
CCDS3400.1 HTRA3 gene_id:94031|Hs108|chr4 ( 453) 1547 257.3 2.5e-68
CCDS75105.1 HTRA3 gene_id:94031|Hs108|chr4 ( 357) 1256 211.0 1.7e-54
CCDS1951.1 HTRA2 gene_id:27429|Hs108|chr2 ( 458) 1107 187.5 2.7e-47
CCDS58900.1 IGFBP7 gene_id:3490|Hs108|chr4 ( 279) 377 71.3 1.5e-12
CCDS3512.1 IGFBP7 gene_id:3490|Hs108|chr4 ( 282) 377 71.3 1.5e-12
CCDS1952.1 HTRA2 gene_id:27429|Hs108|chr2 ( 361) 375 71.1 2.2e-12
>>CCDS7630.1 HTRA1 gene_id:5654|Hs108|chr10 (480 aa)
initn: 3174 init1: 3174 opt: 3174 Z-score: 2735.9 bits: 515.6 E(32554): 4.5e-146
Smith-Waterman score: 3174; 100.0% identity (100.0% similar) in 480 aa overlap (1-480:1-480)
10 20 30 40 50 60
pF1KB5 MQIPRAALLPLLLLLLAAPASAQLSRAGRSAPLAAGCPDRCEPARCPPQPEHCEGGRARD
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CCDS76 MQIPRAALLPLLLLLLAAPASAQLSRAGRSAPLAAGCPDRCEPARCPPQPEHCEGGRARD
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB5 ACGCCEVCGAPEGAACGLQEGPCGEGLQCVVPFGVPASATVRRRAQAGLCVCASSEPVCG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS76 ACGCCEVCGAPEGAACGLQEGPCGEGLQCVVPFGVPASATVRRRAQAGLCVCASSEPVCG
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB5 SDANTYANLCQLRAASRRSERLHRPPVIVLQRGACGQGQEDPNSLRHKYNFIADVVEKIA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS76 SDANTYANLCQLRAASRRSERLHRPPVIVLQRGACGQGQEDPNSLRHKYNFIADVVEKIA
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB5 PAVVHIELFRKLPFSKREVPVASGSGFIVSEDGLIVTNAHVVTNKHRVKVELKNGATYEA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS76 PAVVHIELFRKLPFSKREVPVASGSGFIVSEDGLIVTNAHVVTNKHRVKVELKNGATYEA
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB5 KIKDVDEKADIALIKIDHQGKLPVLLLGRSSELRPGEFVVAIGSPFSLQNTVTTGIVSTT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS76 KIKDVDEKADIALIKIDHQGKLPVLLLGRSSELRPGEFVVAIGSPFSLQNTVTTGIVSTT
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB5 QRGGKELGLRNSDMDYIQTDAIINYGNSGGPLVNLDGEVIGINTLKVTAGISFAIPSDKI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS76 QRGGKELGLRNSDMDYIQTDAIINYGNSGGPLVNLDGEVIGINTLKVTAGISFAIPSDKI
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB5 KKFLTESHDRQAKGKAITKKKYIGIRMMSLTSSKAKELKDRHRDFPDVISGAYIIEVIPD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS76 KKFLTESHDRQAKGKAITKKKYIGIRMMSLTSSKAKELKDRHRDFPDVISGAYIIEVIPD
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB5 TPAEAGGLKENDVIISINGQSVVSANDVSDVIKRESTLNMVVRRGNEDIMITVIPEEIDP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS76 TPAEAGGLKENDVIISINGQSVVSANDVSDVIKRESTLNMVVRRGNEDIMITVIPEEIDP
430 440 450 460 470 480
>>CCDS6110.1 HTRA4 gene_id:203100|Hs108|chr8 (476 aa)
initn: 1618 init1: 1221 opt: 1613 Z-score: 1396.6 bits: 267.8 E(32554): 1.8e-71
Smith-Waterman score: 1628; 52.8% identity (77.5% similar) in 479 aa overlap (8-479:15-476)
10 20 30 40 50
pF1KB5 MQIPRAALLPLLLLLLAAPASAQLSRAGRSAPLAAGCPDRCEPARCPPQPEHC
::: :::::. :. .. .. : .:: :.:.::: : :
CCDS61 MIRPQLRTAGLGRCLLPGLLLLLV-PVLWAGAEKLHTQP---SCPAVCQPTRCPALPT-C
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100
pF1KB5 EGGRAR--DACGCCEVCGAPEGAACGLQEG-PCGEGLQCVVPF--GVPASATVRRRAQAG
: . : : ::.:: : : .:: .: ::. ::::. :. : :..
CCDS61 ALGTTPVFDLCRCCRVCPAAEREVCGGAQGQPCAPGLQCLQPLRPGFPST----------
60 70 80 90 100
110 120 130 140 150 160
pF1KB5 LCVCAS-SEPVCGSDANTYANLCQLRAASRRSERLHRPPVIVLQRGACGQ-GQEDPNSLR
: : . . ::::: :: ..: ::: .: ..:: . :.. .: : ::. : .. . ::
CCDS61 -CGCPTLGGAVCGSDRRTYPSMCALRAENRAARRLGKVPAVPVQWGNCGDTGTRSAGPLR
110 120 130 140 150 160
170 180 190 200 210 220
pF1KB5 HKYNFIADVVEKIAPAVVHIELFRKLPFSKREVPVASGSGFIVSEDGLIVTNAHVVTNKH
..::::: ::::.::.:::..:. .: ..: ::: :::::::::::::.:::::: :..
CCDS61 RNYNFIAAVVEKVAPSVVHVQLWGRLLHGSRLVPVYSGSGFIVSEDGLIITNAHVVRNQQ
170 180 190 200 210 220
230 240 250 260 270 280
pF1KB5 RVKVELKNGATYEAKIKDVDEKADIALIKIDHQGKLPVLLLGRSSELRPGEFVVAIGSPF
..: :.::: ::: .::.: : :.:.:::. ...::::.:::::.:: ::::::.::::
CCDS61 WIEVVLQNGARYEAVVKDIDLKLDLAVIKIESNAELPVLMLGRSSDLRAGEFVVALGSPF
230 240 250 260 270 280
290 300 310 320 330 340
pF1KB5 SLQNTVTTGIVSTTQRGGKELGLRNSDMDYIQTDAIINYGNSGGPLVNLDGEVIGINTLK
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CCDS61 SLQNTATAGIVSTKQRGGKELGMKDSDMDYVQIDATINYGNSGGPLVNLDGDVIGVNSLR
290 300 310 320 330 340
350 360 370 380 390 400
pF1KB5 VTAGISFAIPSDKIKKFLTESHDRQAKGKAITKKKYIGIRMMSLTSSKAKELKDRHRDFP
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CCDS61 VTDGISFAIPSDRVRQFLAEYHEHQMKGKAFSNKKYLGLQMLSLTVPLSEELKMHYPDFP
350 360 370 380 390 400
410 420 430 440 450 460
pF1KB5 DVISGAYIIEVIPDTPAEAGGLKENDVIISINGQSVVSANDVSDVIKRESTLNMVVRRGN
:: ::.:. .:. : :...::...:::..:::. .....:: .. .: :.:.: ::.
CCDS61 DVSSGVYVCKVVEGTAAQSSGLRDHDVIVNINGKPITTTTDVVKALDSDS-LSMAVLRGK
410 420 430 440 450 460
470 480
pF1KB5 EDIMITVIPEEIDP
.....::::: :.
CCDS61 DNLLLTVIPETIN
470
>>CCDS3400.1 HTRA3 gene_id:94031|Hs108|chr4 (453 aa)
initn: 1739 init1: 753 opt: 1547 Z-score: 1340.2 bits: 257.3 E(32554): 2.5e-68
Smith-Waterman score: 1716; 57.4% identity (78.0% similar) in 472 aa overlap (14-478:6-452)
10 20 30 40 50 60
pF1KB5 MQIPRAALLPLLLLLLAAPASAQLSRAGRSAPLAAGCPDRCEPARCPPQPEHCEGGRARD
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CCDS34 MQARALLLAALAALALARE----PPAAPCPARCDVSRCP-SPR-CPGGYVPD
10 20 30 40
70 80 90 100 110
pF1KB5 ACGCCEVCGAPEGAACGLQ-EGPCGEGLQCVVPFGVPASATVRRRAQAGLCVCASSEPVC
:.:: ::.: :: :: ..::::.:.:: ::: : :. ::
CCDS34 LCNCCLVCAASEGEPCGGPLDSPCGESLECV----------------RGLCRCRWSHAVC
50 60 70 80 90
120 130 140 150 160 170
pF1KB5 GSDANTYANLCQLRAASRRSERLHRPPVIVLQRGACGQGQEDPNSLRHKYNFIADVVEKI
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CCDS34 GTDGHTYANVCALQAASRRALQLSGTPVRQLQKGACPLGLHQLSSPRYKFNFIADVVEKI
100 110 120 130 140 150
180 190 200 210 220 230
pF1KB5 APAVVHIELFRKLPFSKREVPVASGSGFIVSEDGLIVTNAHVVTN------KHRVKVELK
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CCDS34 APAVVHIELFLRHPLFGRNVPLSSGSGFIMSEAGLIITNAHVVSSNSAAPGRQQLKVQLQ
160 170 180 190 200 210
240 250 260 270 280 290
pF1KB5 NGATYEAKIKDVDEKADIALIKIDHQGKLPVLLLGRSSELRPGEFVVAIGSPFSLQNTVT
:: .::: :::.:.:.::: ::: . ::::::::.:..::::::::::::::.::::::
CCDS34 NGDSYEATIKDIDKKSDIATIKIHPKKKLPVLLLGHSADLRPGEFVVAIGSPFALQNTVT
220 230 240 250 260 270
300 310 320 330 340 350
pF1KB5 TGIVSTTQRGGKELGLRNSDMDYIQTDAIINYGNSGGPLVNLDGEVIGINTLKVTAGISF
::::::.:: :.:::::.::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 TGIVSTAQREGRELGLRDSDMDYIQTDAIINYGNSGGPLVNLDGEVIGINTLKVTAGISF
280 290 300 310 320 330
360 370 380 390 400 410
pF1KB5 AIPSDKIKKFLTESHDRQAKGKAITKKKYIGIRMMSLTSSKAKELKDRHRDFPDVISGAY
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CCDS34 AIPSDRITRFLTEFQDKQIKDW---KKRFIGIRMRTITPSLVDELKASNPDFPEVSSGIY
340 350 360 370 380
420 430 440 450 460 470
pF1KB5 IIEVIPDTPAEAGGLKENDVIISINGQSVVSANDVSDVIKRESTLNMVVRRGNEDIMITV
. :: :..:.. ::....:.:...::. .:......... :: : . :::::.:.....
CCDS34 VQEVAPNSPSQRGGIQDGDIIVKVNGRPLVDSSELQEAVLTESPLLLEVRRGNDDLLFSI
390 400 410 420 430 440
480
pF1KB5 IPEEIDP
:: .
CCDS34 APEVVM
450
>>CCDS75105.1 HTRA3 gene_id:94031|Hs108|chr4 (357 aa)
initn: 1442 init1: 755 opt: 1256 Z-score: 1091.7 bits: 211.0 E(32554): 1.7e-54
Smith-Waterman score: 1425; 62.0% identity (78.4% similar) in 371 aa overlap (14-377:6-354)
10 20 30 40 50 60
pF1KB5 MQIPRAALLPLLLLLLAAPASAQLSRAGRSAPLAAGCPDRCEPARCPPQPEHCEGGRARD
::::: :. :.: : :: :: ::. .::: .:. : :: . :
CCDS75 MQARALLLAALAALALARE----PPAAPCPARCDVSRCP-SPR-CPGGYVPD
10 20 30 40
70 80 90 100 110
pF1KB5 ACGCCEVCGAPEGAACGLQ-EGPCGEGLQCVVPFGVPASATVRRRAQAGLCVCASSEPVC
:.:: ::.: :: :: ..::::.:.:: ::: : :. ::
CCDS75 LCNCCLVCAASEGEPCGGPLDSPCGESLECV----------------RGLCRCRWSHAVC
50 60 70 80 90
120 130 140 150 160 170
pF1KB5 GSDANTYANLCQLRAASRRSERLHRPPVIVLQRGACGQGQEDPNSLRHKYNFIADVVEKI
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CCDS75 GTDGHTYANVCALQAASRRALQLSGTPVRQLQKGACPLGLHQLSSPRYKFNFIADVVEKI
100 110 120 130 140 150
180 190 200 210 220 230
pF1KB5 APAVVHIELFRKLPFSKREVPVASGSGFIVSEDGLIVTNAHVVTN------KHRVKVELK
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CCDS75 APAVVHIELFLRHPLFGRNVPLSSGSGFIMSEAGLIITNAHVVSSNSAAPGRQQLKVQLQ
160 170 180 190 200 210
240 250 260 270 280 290
pF1KB5 NGATYEAKIKDVDEKADIALIKIDHQGKLPVLLLGRSSELRPGEFVVAIGSPFSLQNTVT
:: .::: :::.:.:.::: ::: . ::::::::.:..::::::::::::::.::::::
CCDS75 NGDSYEATIKDIDKKSDIATIKIHPKKKLPVLLLGHSADLRPGEFVVAIGSPFALQNTVT
220 230 240 250 260 270
300 310 320 330 340 350
pF1KB5 TGIVSTTQRGGKELGLRNSDMDYIQTDAIINYGNSGGPLVNLDGEVIGINTLKVTAGISF
::::::.:: :.:::::.::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 TGIVSTAQREGRELGLRDSDMDYIQTDAIINYGNSGGPLVNLDGEVIGINTLKVTAGISF
280 290 300 310 320 330
360 370 380 390 400 410
pF1KB5 AIPSDKIKKFLTESHDRQAKGKAITKKKYIGIRMMSLTSSKAKELKDRHRDFPDVISGAY
:::::.: .:::: .:.: :. ..
CCDS75 AIPSDRITRFLTEFQDKQIKAPSLAVH
340 350
>>CCDS1951.1 HTRA2 gene_id:27429|Hs108|chr2 (458 aa)
initn: 1103 init1: 869 opt: 1107 Z-score: 962.7 bits: 187.5 E(32554): 2.7e-47
Smith-Waterman score: 1107; 53.8% identity (81.6% similar) in 316 aa overlap (162-476:140-455)
140 150 160 170 180 190
pF1KB5 LRAASRRSERLHRPPVIVLQRGACGQGQEDPNSLRHKYNFIADVVEKIAPAVVHIELFRK
: : : .:::::::::: :::::.::.. .
CCDS19 ALGAGGAVLLLLWGGGRGPPAVLAAVPSPPPASPRSQYNFIADVVEKTAPAVVYIEILDR
110 120 130 140 150 160
200 210 220 230 240 250
pF1KB5 LPFSKREVPVASGSGFIVSEDGLIVTNAHVVTNKHRVKVELKNGATYEAKIKDVDEKADI
:: ::::...::::.:. :::::::::::....::.:.: .: :::: . :: :::
CCDS19 HPFLGREVPISNGSGFVVAADGLIVTNAHVVADRRRVRVRLLSGDTYEAVVTAVDPVADI
170 180 190 200 210 220
260 270 280 290 300 310
pF1KB5 ALIKIDHQGKLPVLLLGRSSELRPGEFVVAIGSPFSLQNTVTTGIVSTTQRGGKELGLRN
: ..:. . ::.: ::::...: ::::::.::::.::::.:.::::..:: ...::: .
CCDS19 ATLRIQTKEPLPTLPLGRSADVRQGEFVVAMGSPFALQNTITSGIVSSAQRPARDLGLPQ
230 240 250 260 270 280
320 330 340 350 360 370
pF1KB5 SDMDYIQTDAIINYGNSGGPLVNLDGEVIGINTLKVTAGISFAIPSDKIKKFLTESHDRQ
....:::::: :..::::::::::::::::.::.:::::::::::::....:: ... ..
CCDS19 TNVEYIQTDAAIDFGNSGGPLVNLDGEVIGVNTMKVTAGISFAIPSDRLREFLHRGEKKN
290 300 310 320 330 340
380 390 400 410 420 430
pF1KB5 AK-GKAITKKKYIGIRMMSLTSSKAKELKDRHRDFPDVISGAYIIEVIPDTPAEAGGLKE
.. : . ....:::. :..:. : ::. :. .:::: :. : .:: .::. .::.
CCDS19 SSSGISGSQRRYIGVMMLTLSPSILAELQLREPSFPDVQHGVLIHKVILGSPAHRAGLRP
350 360 370 380 390 400
440 450 460 470 480
pF1KB5 NDVIISINGQSVVSANDVSDVIKRESTLNMVVRRGNEDIMITVIPEEIDP
.:::..:. : : .:.:: .... .: : . .::: : . . : ::
CCDS19 GDVILAIGEQMVQNAEDVYEAVRTQSQLAVQIRRGRETLTLYVTPEVTE
410 420 430 440 450
>>CCDS58900.1 IGFBP7 gene_id:3490|Hs108|chr4 (279 aa)
initn: 376 init1: 191 opt: 377 Z-score: 338.7 bits: 71.3 E(32554): 1.5e-12
Smith-Waterman score: 377; 41.1% identity (58.9% similar) in 168 aa overlap (1-158:1-159)
10 20 30 40 50
pF1KB5 MQIP--RAALLPLL-LLLLAAPASAQLSRAGRSAPLAAGCPDRCEPARCPPQPE-HCEGG
:. : :: :: :::: : :.. : . .: :::: ::: : : :
CCDS58 MERPSLRALLLGAAGLLLLLLPLSSS-SSSDTCGP--------CEPASCPPLPPLGCLLG
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KB5 RARDACGCCEVCGAPEGAACG---LQEGPCGEGLQCVVPFGV---PASATVRRRAQAGLC
..::::::: .:. :: :: .: :. :..:: :.:.. . .:.:
CCDS58 ETRDACGCCPMCARGEGEPCGGGGAGRGYCAPGMECVKSRKRRKGKAGAAAGGPGVSGVC
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KB5 VCASSEPVCGSDANTYANLCQLRAASRRSERLHRPPVIVLQRGACGQGQEDPNSLRHKYN
:: : ::::::..:: . :::::::.:.: . . ...:.: ::
CCDS58 VCKSRYPVCGSDGTTYPSGCQLRAASQRAESRGEKAITQVSKGTCEQGPSIVTPPKDIWN
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KB5 FIADVVEKIAPAVVHIELFRKLPFSKREVPVASGSGFIVSEDGLIVTNAHVVTNKHRVKV
CCDS58 VTGAQVYLSCEVIGIPTPVLIWNKVKRGHYGVQRTELLPGDRDNLAIQTRGGPEKHEVTG
180 190 200 210 220 230
>>CCDS3512.1 IGFBP7 gene_id:3490|Hs108|chr4 (282 aa)
initn: 376 init1: 191 opt: 377 Z-score: 338.7 bits: 71.3 E(32554): 1.5e-12
Smith-Waterman score: 377; 41.1% identity (58.9% similar) in 168 aa overlap (1-158:1-159)
10 20 30 40 50
pF1KB5 MQIP--RAALLPLL-LLLLAAPASAQLSRAGRSAPLAAGCPDRCEPARCPPQPE-HCEGG
:. : :: :: :::: : :.. : . .: :::: ::: : : :
CCDS35 MERPSLRALLLGAAGLLLLLLPLSSS-SSSDTCGP--------CEPASCPPLPPLGCLLG
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KB5 RARDACGCCEVCGAPEGAACG---LQEGPCGEGLQCVVPFGV---PASATVRRRAQAGLC
..::::::: .:. :: :: .: :. :..:: :.:.. . .:.:
CCDS35 ETRDACGCCPMCARGEGEPCGGGGAGRGYCAPGMECVKSRKRRKGKAGAAAGGPGVSGVC
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KB5 VCASSEPVCGSDANTYANLCQLRAASRRSERLHRPPVIVLQRGACGQGQEDPNSLRHKYN
:: : ::::::..:: . :::::::.:.: . . ...:.: ::
CCDS35 VCKSRYPVCGSDGTTYPSGCQLRAASQRAESRGEKAITQVSKGTCEQGPSIVTPPKDIWN
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KB5 FIADVVEKIAPAVVHIELFRKLPFSKREVPVASGSGFIVSEDGLIVTNAHVVTNKHRVKV
CCDS35 VTGAQVYLSCEVIGIPTPVLIWNKVKRGHYGVQRTELLPGDRDNLAIQTRGGPEKHEVTG
180 190 200 210 220 230
>>CCDS1952.1 HTRA2 gene_id:27429|Hs108|chr2 (361 aa)
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: : : .:::::::::: :::::.::.. .
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:: ::::...::::.:. :::::::::::....::.:.: .: :::: . :: :::
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: ..:
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:: ..::::::::::::::::.::.:::::::::::::....:: ... ..
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.. : . ....:::. :..: : .: ::.
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]