Result of FASTA (omim) for
pFN21AB3407
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB3407, 1280 aa
1>>>pF1KB3407 1280 - 1280 aa - 1280 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.5762+/-0.000635; mu= 21.3343+/- 0.039
mean_var=74.7116+/-15.125, 0's: 0 Z-trim(103.9): 307 B-trim: 703 in 1/52
Lambda= 0.148382
statistics sampled from 12036 (12348) to 12036 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.441), E-opt: 0.2 (0.145), width: 16
Scan time: 13.390
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_000918 (OMIM: 120080,171050,612244) multidrug r (1280) 8144 1754.5 0
NP_000434 (OMIM: 171060,600803,602347,614972) phos (1279) 6312 1362.4 0
NP_061337 (OMIM: 171060,600803,602347,614972) phos (1286) 6288 1357.2 0
XP_011514611 (OMIM: 171060,600803,602347,614972) P (1287) 6278 1355.1 0
XP_016867812 (OMIM: 171060,600803,602347,614972) P (1294) 6254 1350.0 0
XP_011514610 (OMIM: 171060,600803,602347,614972) P (1294) 6254 1350.0 0
XP_011514617 (OMIM: 171060,600803,602347,614972) P (1074) 5354 1157.2 0
XP_011514613 (OMIM: 171060,600803,602347,614972) P (1251) 4372 947.1 0
NP_061338 (OMIM: 171060,600803,602347,614972) phos (1232) 4364 945.3 0
XP_011514615 (OMIM: 171060,600803,602347,614972) P (1232) 4364 945.3 0
XP_011514614 (OMIM: 171060,600803,602347,614972) P (1247) 4364 945.4 0
XP_011514612 (OMIM: 171060,600803,602347,614972) P (1259) 3443 748.2 8.1e-215
XP_011513669 (OMIM: 611785) PREDICTED: ATP-binding ( 812) 2376 519.7 3.2e-146
NP_848654 (OMIM: 611785) ATP-binding cassette sub- ( 812) 2376 519.7 3.2e-146
NP_001157413 (OMIM: 611785) ATP-binding cassette s (1257) 2376 519.8 4.7e-146
XP_011510382 (OMIM: 601847,603201,605479) PREDICTE ( 936) 2166 474.8 1.2e-132
XP_011510383 (OMIM: 601847,603201,605479) PREDICTE ( 763) 2055 450.9 1.5e-125
XP_016860656 (OMIM: 601847,603201,605479) PREDICTE ( 916) 2055 451.0 1.7e-125
XP_016860655 (OMIM: 601847,603201,605479) PREDICTE (1098) 2055 451.0 2e-125
NP_003733 (OMIM: 601847,603201,605479) bile salt e (1321) 2055 451.1 2.3e-125
XP_006712880 (OMIM: 601847,603201,605479) PREDICTE (1335) 2055 451.1 2.4e-125
XP_011510379 (OMIM: 601847,603201,605479) PREDICTE (1355) 2055 451.1 2.4e-125
XP_011510380 (OMIM: 601847,603201,605479) PREDICTE (1355) 2055 451.1 2.4e-125
XP_016860654 (OMIM: 601847,603201,605479) PREDICTE (1314) 1782 392.6 9.2e-108
XP_011542437 (OMIM: 605454) PREDICTED: ATP-binding ( 559) 1175 262.5 5.9e-69
NP_036221 (OMIM: 605454) ATP-binding cassette sub- ( 738) 1175 262.6 7.4e-69
NP_001269222 (OMIM: 605464) ATP-binding cassette s ( 630) 1100 246.5 4.4e-64
NP_009119 (OMIM: 605464) ATP-binding cassette sub- ( 718) 1100 246.5 4.9e-64
NP_001269220 (OMIM: 605464) ATP-binding cassette s ( 735) 1100 246.5 5e-64
NP_062571 (OMIM: 605453) ATP-binding cassette sub- ( 766) 1082 242.7 7.5e-63
XP_011536397 (OMIM: 605453) PREDICTED: ATP-binding ( 766) 1082 242.7 7.5e-63
XP_016874592 (OMIM: 605453) PREDICTED: ATP-binding ( 766) 1082 242.7 7.5e-63
XP_011536398 (OMIM: 605453) PREDICTED: ATP-binding ( 766) 1082 242.7 7.5e-63
XP_005253615 (OMIM: 605453) PREDICTED: ATP-binding ( 548) 1074 240.9 1.9e-62
XP_011536400 (OMIM: 605453) PREDICTED: ATP-binding ( 548) 1074 240.9 1.9e-62
XP_011542438 (OMIM: 605454) PREDICTED: ATP-binding ( 442) 1050 235.7 5.5e-61
NP_001269221 (OMIM: 605464) ATP-binding cassette s ( 693) 958 216.1 6.8e-55
NP_001229943 (OMIM: 605453) ATP-binding cassette s ( 681) 915 206.9 3.9e-52
NP_982269 (OMIM: 605453) ATP-binding cassette sub- ( 683) 912 206.2 6.2e-52
NP_001278951 (OMIM: 170260,604571) antigen peptide ( 547) 889 201.3 1.6e-50
NP_000584 (OMIM: 170260,604571) antigen peptide tr ( 808) 889 201.4 2.2e-50
NP_001276972 (OMIM: 170261,604571) antigen peptide ( 686) 851 193.2 5.3e-48
NP_000535 (OMIM: 170261,604571) antigen peptide tr ( 703) 850 193.0 6.3e-48
NP_005680 (OMIM: 111600,605452,609153,614497,61540 ( 842) 843 191.5 2.1e-47
XP_016873693 (OMIM: 125853,240800,256450,600509,60 ( 900) 807 183.8 4.5e-45
XP_016873689 (OMIM: 125853,240800,256450,600509,60 (1580) 807 184.0 7.2e-45
NP_000343 (OMIM: 125853,240800,256450,600509,60617 (1581) 807 184.0 7.2e-45
XP_016873687 (OMIM: 125853,240800,256450,600509,60 (1603) 807 184.0 7.3e-45
XP_016873691 (OMIM: 125853,240800,256450,600509,60 (1103) 804 183.2 8.4e-45
XP_011518633 (OMIM: 125853,240800,256450,600509,60 (1581) 804 183.3 1.1e-44
>>NP_000918 (OMIM: 120080,171050,612244) multidrug resis (1280 aa)
initn: 8144 init1: 8144 opt: 8144 Z-score: 9416.2 bits: 1754.5 E(85289): 0
Smith-Waterman score: 8144; 99.9% identity (100.0% similar) in 1280 aa overlap (1-1280:1-1280)
10 20 30 40 50 60
pF1KB3 MDLEGDRNGGAKKKNFFKLNNKSEKDKKEKKPTVSVFSMFRYSNWLDKLYMVVGTLAAII
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 MDLEGDRNGGAKKKNFFKLNNKSEKDKKEKKPTVSVFSMFRYSNWLDKLYMVVGTLAAII
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB3 HGAGLPLMMLVFGEMTDIFANAGNLEDLMSNITNRSDINDTGFFMNLEEDMTRYAYYYSG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 HGAGLPLMMLVFGEMTDIFANAGNLEDLMSNITNRSDINDTGFFMNLEEDMTRYAYYYSG
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB3 IGAGVLVAAYIQVSFWCLAAGRQIHKIRKQFFHAIMRQEIGWFDVHDVGELNTRLTDDVS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 IGAGVLVAAYIQVSFWCLAAGRQIHKIRKQFFHAIMRQEIGWFDVHDVGELNTRLTDDVS
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB3 KINEGIGDKIGMFFQSMATFFTGFIVGFTRGWKLTLVILAISPVLGLSAAVWAKILSSFT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 KINEGIGDKIGMFFQSMATFFTGFIVGFTRGWKLTLVILAISPVLGLSAAVWAKILSSFT
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB3 DKELLAYAKAGAVAEEVLAAIRTVIAFGGQKKELERYNKNLEEAKRIGIKKAITANISIG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 DKELLAYAKAGAVAEEVLAAIRTVIAFGGQKKELERYNKNLEEAKRIGIKKAITANISIG
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB3 AAFLLIYASYALAFWYGTTLVLSGEYSIGQVLTVFFSVLIGAFSVGQASPSIEAFANARG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 AAFLLIYASYALAFWYGTTLVLSGEYSIGQVLTVFFSVLIGAFSVGQASPSIEAFANARG
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB3 AAYEIFKIIDNKPSIDSYSKSGHKPDNIKGNLEFRNVHFSYPSRKEVKILKGLNLKVQSG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 AAYEIFKIIDNKPSIDSYSKSGHKPDNIKGNLEFRNVHFSYPSRKEVKILKGLNLKVQSG
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB3 QTVALVGNSGCGKSTTVQLMQRLYDPTEGMVSVDGQDIRTINVRFLREIIGVVSQEPVLF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 QTVALVGNSGCGKSTTVQLMQRLYDPTEGMVSVDGQDIRTINVRFLREIIGVVSQEPVLF
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KB3 ATTIAENIRYGRENVTMDEIEKAVKEANAYDFIMKLPHKFDTLVGERGAQLSGGQKQRIA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 ATTIAENIRYGRENVTMDEIEKAVKEANAYDFIMKLPHKFDTLVGERGAQLSGGQKQRIA
490 500 510 520 530 540
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pF1KB3 IARALVRNPKILLLDEATSALDTESEAVVQVALDKARKGRTTIVIAHRLSTVRNADVIAG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 IARALVRNPKILLLDEATSALDTESEAVVQVALDKARKGRTTIVIAHRLSTVRNADVIAG
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KB3 FDDGVIVEKGNHDELMKEKGIYFKLVTMQTAGNEVELENAADESKSEIDALEMSSNDSRS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 FDDGVIVEKGNHDELMKEKGIYFKLVTMQTAGNEVELENAADESKSEIDALEMSSNDSRS
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pF1KB3 SLIRKRSTRRSVRGSQAQDRKLSTKEALDESIPPVSFWRIMKLNLTEWPYFVVGVFCAII
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 SLIRKRSTRRSVRGSQAQDRKLSTKEALDESIPPVSFWRIMKLNLTEWPYFVVGVFCAII
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pF1KB3 NGGLQPAFAIIFSKIIGVFTRIDDPETKRQNSNLFSLLFLALGIISFITFFLQGFTFGKA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 NGGLQPAFAIIFSKIIGVFTRIDDPETKRQNSNLFSLLFLALGIISFITFFLQGFTFGKA
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pF1KB3 GEILTKRLRYMVFRSMLRQDVSWFDDPKNTTGALTTRLANDAAQVKGAIGSRLAVITQNI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 GEILTKRLRYMVFRSMLRQDVSWFDDPKNTTGALTTRLANDAAQVKGAIGSRLAVITQNI
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pF1KB3 ANLGTGIIISFIYGWQLTLLLLAIVPIIAIAGVVEMKMLSGQALKDKKELEGAGKIATEA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.:::::::
NP_000 ANLGTGIIISFIYGWQLTLLLLAIVPIIAIAGVVEMKMLSGQALKDKKELEGSGKIATEA
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pF1KB3 IENFRTVVSLTQEQKFEHMYAQSLQVPYRNSLRKAHIFGITFSFTQAMMYFSYAGCFRFG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 IENFRTVVSLTQEQKFEHMYAQSLQVPYRNSLRKAHIFGITFSFTQAMMYFSYAGCFRFG
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pF1KB3 AYLVAHKLMSFEDVLLVFSAVVFGAMAVGQVSSFAPDYAKAKISAAHIIMIIEKTPLIDS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 AYLVAHKLMSFEDVLLVFSAVVFGAMAVGQVSSFAPDYAKAKISAAHIIMIIEKTPLIDS
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pF1KB3 YSTEGLMPNTLEGNVTFGEVVFNYPTRPDIPVLQGLSLEVKKGQTLALVGSSGCGKSTVV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 YSTEGLMPNTLEGNVTFGEVVFNYPTRPDIPVLQGLSLEVKKGQTLALVGSSGCGKSTVV
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pF1KB3 QLLERFYDPLAGKVLLDGKEIKRLNVQWLRAHLGIVSQEPILFDCSIAENIAYGDNSRVV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 QLLERFYDPLAGKVLLDGKEIKRLNVQWLRAHLGIVSQEPILFDCSIAENIAYGDNSRVV
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pF1KB3 SQEEIVRAAKEANIHAFIESLPNKYSTKVGDKGTQLSGGQKQRIAIARALVRQPHILLLD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 SQEEIVRAAKEANIHAFIESLPNKYSTKVGDKGTQLSGGQKQRIAIARALVRQPHILLLD
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1210 1220 1230 1240 1250 1260
pF1KB3 EATSALDTESEKVVQEALDKAREGRTCIVIAHRLSTIQNADLIVVFQNGRVKEHGTHQQL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 EATSALDTESEKVVQEALDKAREGRTCIVIAHRLSTIQNADLIVVFQNGRVKEHGTHQQL
1210 1220 1230 1240 1250 1260
1270 1280
pF1KB3 LAQKGIYFSMVSVQAGTKRQ
::::::::::::::::::::
NP_000 LAQKGIYFSMVSVQAGTKRQ
1270 1280
>>NP_000434 (OMIM: 171060,600803,602347,614972) phosphat (1279 aa)
initn: 6213 init1: 2896 opt: 6312 Z-score: 7296.8 bits: 1362.4 E(85289): 0
Smith-Waterman score: 6312; 76.1% identity (92.2% similar) in 1286 aa overlap (1-1278:1-1277)
10 20 30 40 50
pF1KB3 MDLEGDRNGGAKKKNF----FKLNNKSEKDKKEKKPT--VSVFSMFRYSNWLDKLYMVVG
::::. .:: : . . :.:. .:.. .:. : . ..:...::::.: :::.: .:
NP_000 MDLEAAKNGTAWRPTSAEGDFELGISSKQKRKKTKTVKMIGVLTLFRYSDWQDKLFMSLG
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KB3 TLAAIIHGAGLPLMMLVFGEMTDIFAN-AGNLEDLMSNITNRSDINDTGFFMNLEEDMTR
:. :: ::.::::::.::::::: :.. :::. .. :.. : .: . :::.:::
NP_000 TIMAIAHGSGLPLMMIVFGEMTDKFVDTAGNF-SFPVNFS-LSLLNPGKI---LEEEMTR
70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KB3 YAYYYSGIGAGVLVAAYIQVSFWCLAAGRQIHKIRKQFFHAIMRQEIGWFDVHDVGELNT
:::::::.::::::::::::::: :::::::.:::..:::::.::::::::..:. ::::
NP_000 YAYYYSGLGAGVLVAAYIQVSFWTLAAGRQIRKIRQKFFHAILRQEIGWFDINDTTELNT
120 130 140 150 160 170
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pF1KB3 RLTDDVSKINEGIGDKIGMFFQSMATFFTGFIVGFTRGWKLTLVILAISPVLGLSAAVWA
:::::.:::.::::::.:::::..::::.:::::: :::::::::.::::.:::::::::
NP_000 RLTDDISKISEGIGDKVGMFFQAVATFFAGFIVGFIRGWKLTLVIMAISPILGLSAAVWA
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KB3 KILSSFTDKELLAYAKAGAVAEEVLAAIRTVIAFGGQKKELERYNKNLEEAKRIGIKKAI
::::.:.:::: :::::::::::.:.:::::::::::.::::::.:.::.::.:::::::
NP_000 KILSAFSDKELAAYAKAGAVAEEALGAIRTVIAFGGQNKELERYQKHLENAKEIGIKKAI
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KB3 TANISIGAAFLLIYASYALAFWYGTTLVLSGEYSIGQVLTVFFSVLIGAFSVGQASPSIE
.::::.: ::::::::::::::::.:::.: ::.::...:::::.::::::::::.: :.
NP_000 SANISMGIAFLLIYASYALAFWYGSTLVISKEYTIGNAMTVFFSILIGAFSVGQAAPCID
300 310 320 330 340 350
360 370 380 390 400 410
pF1KB3 AFANARGAAYEIFKIIDNKPSIDSYSKSGHKPDNIKGNLEFRNVHFSYPSRKEVKILKGL
:::::::::: :: ::::.:.:::.:. :::::.::::::: .:::::::: .:::::::
NP_000 AFANARGAAYVIFDIIDNNPKIDSFSERGHKPDSIKGNLEFNDVHFSYPSRANVKILKGL
360 370 380 390 400 410
420 430 440 450 460 470
pF1KB3 NLKVQSGQTVALVGNSGCGKSTTVQLMQRLYDPTEGMVSVDGQDIRTINVRFLREIIGVV
::::::::::::::.:::::::::::.:::::: :: ...::::::..:: .::::::::
NP_000 NLKVQSGQTVALVGSSGCGKSTTVQLIQRLYDPDEGTINIDGQDIRNFNVNYLREIIGVV
420 430 440 450 460 470
480 490 500 510 520 530
pF1KB3 SQEPVLFATTIAENIRYGRENVTMDEIEKAVKEANAYDFIMKLPHKFDTLVGERGAQLSG
:::::::.::::::: ::: :::::::.:::::::::.::::::.:::::::::::::::
NP_000 SQEPVLFSTTIAENICYGRGNVTMDEIKKAVKEANAYEFIMKLPQKFDTLVGERGAQLSG
480 490 500 510 520 530
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pF1KB3 GQKQRIAIARALVRNPKILLLDEATSALDTESEAVVQVALDKARKGRTTIVIAHRLSTVR
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XP_011 SGCGKSTTVQLIQRLYDPDEGTINIDGQDIRNFNVNYLREIIGVVSQEPVLFSTTIAENI
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::: :::::::.:::::::::.::::::.::::::::::::::::::::::::::::::
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::::::::::::::::::: ::.::::::.:::::::::::::::::::::::.::::::
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pF1KB3 KGNHDELMKEKGIYFKLVTMQTAGNEVELENAADESKSEIDALEMSSNDSRSSLIRKRST
.:.:.::::..:.:::::.:::.:.... :. : ..: : .:. : .: :.:. ::
XP_011 QGSHSELMKKEGVYFKLVNMQTSGSQIQSEEF--ELNDEKAATRMAPNGWKSRLFRH-ST
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pF1KB3 RRSVRGSQAQDRKLSTK-EALDESIPPVSFWRIMKLNLTEWPYFVVGVFCAIINGGLQPA
......:: ...:... ..:. ..::::: ...::: :::::::::. ::: :::::::
XP_011 QKNLKNSQMCQKSLDVETDGLEANVPPVSFLKVLKLNKTEWPYFVVGTVCAIANGGLQPA
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:..:::.::..: :: .:.:. :.:::.:: ::::::.:::::::::::::::::.:
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:: :.:..:::::.::::: ::.::::.::::.:::::.:: :.:::.:.::::::::::
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::::::::::::::::.:::::..:.::::.:.:.: .::::::.:::::::::::.:::
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::::::.::: ::...: :::::..::::.:::::..::.:::::::::::::::...
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: :.::.:::::.::::.:.:..:::::::::::.::::..:..:. ::::::: :::
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:. .:::.::.::::::::: ..:::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 PDKFEGNITFNEVVFNYPTRANVPVLQGLSLEVKKGQTLALVGSSGCGKSTVVQLLERFY
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::::: : ::::.: :.::::::::.::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 DPLAGTVFVDFGFQLLDGQEAKKLNVQWLRAQLGIVSQEPILFDCSIAENIAYGDNSRVV
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::.::: ::: :::: :::.::.:: :.::::::::::::::::::::::.:::.:::::
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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XP_011 FQNGRVKEHGTHQQLLAQKGIYFSMINLEDPIWGLLRHLKFES
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>>NP_061338 (OMIM: 171060,600803,602347,614972) phosphat (1232 aa)
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pF1KB3 MDLEGDRNGGAKKKNF----FKLNNKSEKDKKEKKPT--VSVFSMFRYSNWLDKLYMVVG
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pF1KB3 TLAAIIHGAGLPLMMLVFGEMTDIFAN-AGNLEDLMSNITNRSDINDTGFFMNLEEDMTR
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NP_061 TIMAIAHGSGLPLMMIVFGEMTDKFVDTAGNF-SFPVNFS-LSLLNPGKI---LEEEMTR
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NP_061 SANISMGIAFLLIYASYALAFWYGSTLVISKEYTIGNAMTVFFSILIGAFSVGQAAPCID
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:::::::::::::::::::::::::::::::::: ::.::::::.:::::::::::::::
NP_061 GQKQRIAIARALVRNPKILLLDEATSALDTESEAEVQAALDKAREGRTTIVIAHRLSTVR
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NP_061 NADVIAGFEDGVIVEQGSHSELMKKEGVYFKLVNMQTSGSQIQSEEF--ELNDEKAATRM
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pF1KB3 SSNDSRSSLIRKRSTRRSVRGSQAQDRKLSTK-EALDESIPPVSFWRIMKLNLTEWPYFV
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NP_061 APNGWKSRLFRH-STQKNLKNSQMCQKSLDVETDGLEANVPPVSFLKVLKLNKTEWPYFV
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pF1KB3 VGVFCAIINGGLQPAFAIIFSKIIGVFTRIDDPETKRQNSNLFSLLFLALGIISFITFFL
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pF1KB3 QGFTFGKAGEILTKRLRYMVFRSMLRQDVSWFDDPKNTTGALTTRLANDAAQVKGAIGSR
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NP_061 QGFTFGKAGEILTRRLRSMAFKAMLRQDMSWFDDHKNSTGALSTRLATDAAQVQGATGTR
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NP_061 ------------------------VFSAIVFGAVALGHASSFAPDYAKAKLSAAHLFMLF
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]