Result of FASTA (ccds) for
pFN21AB3407
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB3407, 1280 aa
1>>>pF1KB3407 1280 - 1280 aa - 1280 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.0377+/-0.00164; mu= 18.5327+/- 0.098
mean_var=76.9297+/-15.304, 0's: 0 Z-trim(96.8): 81 B-trim: 3 in 1/47
Lambda= 0.146227
statistics sampled from 4752 (4832) to 4752 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.454), E-opt: 0.2 (0.148), width: 16
Scan time: 4.720
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS5608.1 ABCB1 gene_id:5243|Hs108|chr7 (1280) 8144 1729.3 0
CCDS5605.1 ABCB4 gene_id:5244|Hs108|chr7 (1279) 6312 1342.8 0
CCDS5606.1 ABCB4 gene_id:5244|Hs108|chr7 (1286) 6288 1337.7 0
CCDS5607.1 ABCB4 gene_id:5244|Hs108|chr7 (1232) 4364 931.8 0
CCDS5371.1 ABCB5 gene_id:340273|Hs108|chr7 ( 812) 2376 512.4 1.9e-144
CCDS55090.1 ABCB5 gene_id:340273|Hs108|chr7 (1257) 2376 512.4 2.9e-144
CCDS46444.1 ABCB11 gene_id:8647|Hs108|chr2 (1321) 2055 444.7 7.3e-124
CCDS1580.1 ABCB10 gene_id:23456|Hs108|chr1 ( 738) 1175 259.0 3.3e-68
CCDS64798.1 ABCB8 gene_id:11194|Hs108|chr7 ( 630) 1100 243.1 1.7e-63
CCDS5913.1 ABCB8 gene_id:11194|Hs108|chr7 ( 718) 1100 243.2 1.9e-63
CCDS64799.1 ABCB8 gene_id:11194|Hs108|chr7 ( 735) 1100 243.2 1.9e-63
CCDS9241.1 ABCB9 gene_id:23457|Hs108|chr12 ( 766) 1082 239.4 2.8e-62
CCDS64800.1 ABCB8 gene_id:11194|Hs108|chr7 ( 693) 958 213.2 1.9e-54
CCDS58287.1 ABCB9 gene_id:23457|Hs108|chr12 ( 681) 915 204.1 1e-51
CCDS58288.1 ABCB9 gene_id:23457|Hs108|chr12 ( 683) 912 203.5 1.6e-51
CCDS4758.1 TAP1 gene_id:6890|Hs108|chr6 ( 808) 889 198.7 5.3e-50
CCDS78129.1 TAP2 gene_id:6891|Hs108|chr6 ( 686) 851 190.6 1.2e-47
CCDS2436.1 ABCB6 gene_id:10058|Hs108|chr2 ( 842) 843 189.0 4.5e-47
CCDS31437.1 ABCC8 gene_id:6833|Hs108|chr11 (1581) 807 181.5 1.5e-44
CCDS73264.1 ABCC8 gene_id:6833|Hs108|chr11 (1582) 804 180.9 2.4e-44
CCDS4755.1 TAP2 gene_id:6891|Hs108|chr6 ( 653) 786 176.9 1.5e-43
CCDS10568.1 ABCC6 gene_id:368|Hs108|chr16 (1503) 789 177.7 2e-43
CCDS9474.1 ABCC4 gene_id:10257|Hs108|chr13 (1325) 749 169.2 6.3e-41
CCDS65290.1 ABCB7 gene_id:22|Hs108|chrX ( 712) 743 167.9 8.8e-41
CCDS75994.1 ABCB7 gene_id:22|Hs108|chrX ( 713) 743 167.9 8.8e-41
CCDS65291.1 ABCB7 gene_id:22|Hs108|chrX ( 752) 743 167.9 9.2e-41
CCDS14428.1 ABCB7 gene_id:22|Hs108|chrX ( 753) 743 167.9 9.2e-41
CCDS8693.1 ABCC9 gene_id:10060|Hs108|chr12 (1549) 730 165.2 1.2e-39
CCDS8694.1 ABCC9 gene_id:10060|Hs108|chr12 (1549) 713 161.7 1.4e-38
CCDS58286.1 ABCB9 gene_id:23457|Hs108|chr12 ( 703) 678 154.1 1.2e-36
CCDS42122.1 ABCC1 gene_id:4363|Hs108|chr16 (1531) 614 140.8 2.7e-32
CCDS55092.1 ABCB5 gene_id:340273|Hs108|chr7 ( 126) 588 134.9 1.3e-31
CCDS55091.1 ABCB5 gene_id:340273|Hs108|chr7 ( 131) 586 134.4 1.8e-31
CCDS56430.1 ABCC10 gene_id:89845|Hs108|chr6 (1492) 583 134.2 2.4e-30
CCDS7484.1 ABCC2 gene_id:1244|Hs108|chr10 (1545) 550 127.3 3.1e-28
CCDS43176.1 ABCC5 gene_id:10057|Hs108|chr3 (1437) 542 125.6 9.5e-28
CCDS32681.1 ABCC3 gene_id:8714|Hs108|chr17 (1527) 524 121.8 1.4e-26
CCDS4896.1 ABCC10 gene_id:89845|Hs108|chr6 (1464) 523 121.6 1.6e-26
CCDS10730.1 ABCC12 gene_id:94160|Hs108|chr16 (1359) 503 117.3 2.7e-25
CCDS10732.1 ABCC11 gene_id:85320|Hs108|chr16 (1382) 495 115.6 8.9e-25
CCDS10733.1 ABCC11 gene_id:85320|Hs108|chr16 (1344) 446 105.3 1.1e-21
CCDS5773.1 CFTR gene_id:1080|Hs108|chr7 (1480) 369 89.1 9.5e-17
CCDS6762.1 ABCA1 gene_id:19|Hs108|chr9 (2261) 342 83.5 7.1e-15
CCDS11685.1 ABCA5 gene_id:23461|Hs108|chr17 (1642) 329 80.7 3.6e-14
CCDS12055.1 ABCA7 gene_id:10347|Hs108|chr19 (2146) 327 80.3 6.1e-14
CCDS11683.1 ABCA6 gene_id:23460|Hs108|chr17 (1617) 317 78.1 2.1e-13
CCDS10466.1 ABCA3 gene_id:21|Hs108|chr16 (1704) 305 75.6 1.2e-12
CCDS747.1 ABCA4 gene_id:24|Hs108|chr1 (2273) 304 75.4 1.9e-12
CCDS47584.1 ABCA13 gene_id:154664|Hs108|chr7 (5058) 308 76.4 2.1e-12
CCDS11681.1 ABCA9 gene_id:10350|Hs108|chr17 (1624) 301 74.7 2.1e-12
>>CCDS5608.1 ABCB1 gene_id:5243|Hs108|chr7 (1280 aa)
initn: 8144 init1: 8144 opt: 8144 Z-score: 9279.7 bits: 1729.3 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 8144; 99.9% identity (100.0% similar) in 1280 aa overlap (1-1280:1-1280)
10 20 30 40 50 60
pF1KB3 MDLEGDRNGGAKKKNFFKLNNKSEKDKKEKKPTVSVFSMFRYSNWLDKLYMVVGTLAAII
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS56 MDLEGDRNGGAKKKNFFKLNNKSEKDKKEKKPTVSVFSMFRYSNWLDKLYMVVGTLAAII
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB3 HGAGLPLMMLVFGEMTDIFANAGNLEDLMSNITNRSDINDTGFFMNLEEDMTRYAYYYSG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS56 HGAGLPLMMLVFGEMTDIFANAGNLEDLMSNITNRSDINDTGFFMNLEEDMTRYAYYYSG
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB3 IGAGVLVAAYIQVSFWCLAAGRQIHKIRKQFFHAIMRQEIGWFDVHDVGELNTRLTDDVS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS56 IGAGVLVAAYIQVSFWCLAAGRQIHKIRKQFFHAIMRQEIGWFDVHDVGELNTRLTDDVS
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB3 KINEGIGDKIGMFFQSMATFFTGFIVGFTRGWKLTLVILAISPVLGLSAAVWAKILSSFT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS56 KINEGIGDKIGMFFQSMATFFTGFIVGFTRGWKLTLVILAISPVLGLSAAVWAKILSSFT
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB3 DKELLAYAKAGAVAEEVLAAIRTVIAFGGQKKELERYNKNLEEAKRIGIKKAITANISIG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS56 DKELLAYAKAGAVAEEVLAAIRTVIAFGGQKKELERYNKNLEEAKRIGIKKAITANISIG
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB3 AAFLLIYASYALAFWYGTTLVLSGEYSIGQVLTVFFSVLIGAFSVGQASPSIEAFANARG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS56 AAFLLIYASYALAFWYGTTLVLSGEYSIGQVLTVFFSVLIGAFSVGQASPSIEAFANARG
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB3 AAYEIFKIIDNKPSIDSYSKSGHKPDNIKGNLEFRNVHFSYPSRKEVKILKGLNLKVQSG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS56 AAYEIFKIIDNKPSIDSYSKSGHKPDNIKGNLEFRNVHFSYPSRKEVKILKGLNLKVQSG
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB3 QTVALVGNSGCGKSTTVQLMQRLYDPTEGMVSVDGQDIRTINVRFLREIIGVVSQEPVLF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS56 QTVALVGNSGCGKSTTVQLMQRLYDPTEGMVSVDGQDIRTINVRFLREIIGVVSQEPVLF
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KB3 ATTIAENIRYGRENVTMDEIEKAVKEANAYDFIMKLPHKFDTLVGERGAQLSGGQKQRIA
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CCDS56 ATTIAENIRYGRENVTMDEIEKAVKEANAYDFIMKLPHKFDTLVGERGAQLSGGQKQRIA
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KB3 IARALVRNPKILLLDEATSALDTESEAVVQVALDKARKGRTTIVIAHRLSTVRNADVIAG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS56 IARALVRNPKILLLDEATSALDTESEAVVQVALDKARKGRTTIVIAHRLSTVRNADVIAG
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KB3 FDDGVIVEKGNHDELMKEKGIYFKLVTMQTAGNEVELENAADESKSEIDALEMSSNDSRS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS56 FDDGVIVEKGNHDELMKEKGIYFKLVTMQTAGNEVELENAADESKSEIDALEMSSNDSRS
610 620 630 640 650 660
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pF1KB3 SLIRKRSTRRSVRGSQAQDRKLSTKEALDESIPPVSFWRIMKLNLTEWPYFVVGVFCAII
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS56 SLIRKRSTRRSVRGSQAQDRKLSTKEALDESIPPVSFWRIMKLNLTEWPYFVVGVFCAII
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KB3 NGGLQPAFAIIFSKIIGVFTRIDDPETKRQNSNLFSLLFLALGIISFITFFLQGFTFGKA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS56 NGGLQPAFAIIFSKIIGVFTRIDDPETKRQNSNLFSLLFLALGIISFITFFLQGFTFGKA
730 740 750 760 770 780
790 800 810 820 830 840
pF1KB3 GEILTKRLRYMVFRSMLRQDVSWFDDPKNTTGALTTRLANDAAQVKGAIGSRLAVITQNI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS56 GEILTKRLRYMVFRSMLRQDVSWFDDPKNTTGALTTRLANDAAQVKGAIGSRLAVITQNI
790 800 810 820 830 840
850 860 870 880 890 900
pF1KB3 ANLGTGIIISFIYGWQLTLLLLAIVPIIAIAGVVEMKMLSGQALKDKKELEGAGKIATEA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.:::::::
CCDS56 ANLGTGIIISFIYGWQLTLLLLAIVPIIAIAGVVEMKMLSGQALKDKKELEGSGKIATEA
850 860 870 880 890 900
910 920 930 940 950 960
pF1KB3 IENFRTVVSLTQEQKFEHMYAQSLQVPYRNSLRKAHIFGITFSFTQAMMYFSYAGCFRFG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS56 IENFRTVVSLTQEQKFEHMYAQSLQVPYRNSLRKAHIFGITFSFTQAMMYFSYAGCFRFG
910 920 930 940 950 960
970 980 990 1000 1010 1020
pF1KB3 AYLVAHKLMSFEDVLLVFSAVVFGAMAVGQVSSFAPDYAKAKISAAHIIMIIEKTPLIDS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS56 AYLVAHKLMSFEDVLLVFSAVVFGAMAVGQVSSFAPDYAKAKISAAHIIMIIEKTPLIDS
970 980 990 1000 1010 1020
1030 1040 1050 1060 1070 1080
pF1KB3 YSTEGLMPNTLEGNVTFGEVVFNYPTRPDIPVLQGLSLEVKKGQTLALVGSSGCGKSTVV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS56 YSTEGLMPNTLEGNVTFGEVVFNYPTRPDIPVLQGLSLEVKKGQTLALVGSSGCGKSTVV
1030 1040 1050 1060 1070 1080
1090 1100 1110 1120 1130 1140
pF1KB3 QLLERFYDPLAGKVLLDGKEIKRLNVQWLRAHLGIVSQEPILFDCSIAENIAYGDNSRVV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS56 QLLERFYDPLAGKVLLDGKEIKRLNVQWLRAHLGIVSQEPILFDCSIAENIAYGDNSRVV
1090 1100 1110 1120 1130 1140
1150 1160 1170 1180 1190 1200
pF1KB3 SQEEIVRAAKEANIHAFIESLPNKYSTKVGDKGTQLSGGQKQRIAIARALVRQPHILLLD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS56 SQEEIVRAAKEANIHAFIESLPNKYSTKVGDKGTQLSGGQKQRIAIARALVRQPHILLLD
1150 1160 1170 1180 1190 1200
1210 1220 1230 1240 1250 1260
pF1KB3 EATSALDTESEKVVQEALDKAREGRTCIVIAHRLSTIQNADLIVVFQNGRVKEHGTHQQL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS56 EATSALDTESEKVVQEALDKAREGRTCIVIAHRLSTIQNADLIVVFQNGRVKEHGTHQQL
1210 1220 1230 1240 1250 1260
1270 1280
pF1KB3 LAQKGIYFSMVSVQAGTKRQ
::::::::::::::::::::
CCDS56 LAQKGIYFSMVSVQAGTKRQ
1270 1280
>>CCDS5605.1 ABCB4 gene_id:5244|Hs108|chr7 (1279 aa)
initn: 6213 init1: 2896 opt: 6312 Z-score: 7191.0 bits: 1342.8 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 6312; 76.1% identity (92.2% similar) in 1286 aa overlap (1-1278:1-1277)
10 20 30 40 50
pF1KB3 MDLEGDRNGGAKKKNF----FKLNNKSEKDKKEKKPT--VSVFSMFRYSNWLDKLYMVVG
::::. .:: : . . :.:. .:.. .:. : . ..:...::::.: :::.: .:
CCDS56 MDLEAAKNGTAWRPTSAEGDFELGISSKQKRKKTKTVKMIGVLTLFRYSDWQDKLFMSLG
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KB3 TLAAIIHGAGLPLMMLVFGEMTDIFAN-AGNLEDLMSNITNRSDINDTGFFMNLEEDMTR
:. :: ::.::::::.::::::: :.. :::. .. :.. : .: . :::.:::
CCDS56 TIMAIAHGSGLPLMMIVFGEMTDKFVDTAGNF-SFPVNFS-LSLLNPGKI---LEEEMTR
70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KB3 YAYYYSGIGAGVLVAAYIQVSFWCLAAGRQIHKIRKQFFHAIMRQEIGWFDVHDVGELNT
:::::::.::::::::::::::: :::::::.:::..:::::.::::::::..:. ::::
CCDS56 YAYYYSGLGAGVLVAAYIQVSFWTLAAGRQIRKIRQKFFHAILRQEIGWFDINDTTELNT
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KB3 RLTDDVSKINEGIGDKIGMFFQSMATFFTGFIVGFTRGWKLTLVILAISPVLGLSAAVWA
:::::.:::.::::::.:::::..::::.:::::: :::::::::.::::.:::::::::
CCDS56 RLTDDISKISEGIGDKVGMFFQAVATFFAGFIVGFIRGWKLTLVIMAISPILGLSAAVWA
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KB3 KILSSFTDKELLAYAKAGAVAEEVLAAIRTVIAFGGQKKELERYNKNLEEAKRIGIKKAI
::::.:.:::: :::::::::::.:.:::::::::::.::::::.:.::.::.:::::::
CCDS56 KILSAFSDKELAAYAKAGAVAEEALGAIRTVIAFGGQNKELERYQKHLENAKEIGIKKAI
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KB3 TANISIGAAFLLIYASYALAFWYGTTLVLSGEYSIGQVLTVFFSVLIGAFSVGQASPSIE
.::::.: ::::::::::::::::.:::.: ::.::...:::::.::::::::::.: :.
CCDS56 SANISMGIAFLLIYASYALAFWYGSTLVISKEYTIGNAMTVFFSILIGAFSVGQAAPCID
300 310 320 330 340 350
360 370 380 390 400 410
pF1KB3 AFANARGAAYEIFKIIDNKPSIDSYSKSGHKPDNIKGNLEFRNVHFSYPSRKEVKILKGL
:::::::::: :: ::::.:.:::.:. :::::.::::::: .:::::::: .:::::::
CCDS56 AFANARGAAYVIFDIIDNNPKIDSFSERGHKPDSIKGNLEFNDVHFSYPSRANVKILKGL
360 370 380 390 400 410
420 430 440 450 460 470
pF1KB3 NLKVQSGQTVALVGNSGCGKSTTVQLMQRLYDPTEGMVSVDGQDIRTINVRFLREIIGVV
::::::::::::::.:::::::::::.:::::: :: ...::::::..:: .::::::::
CCDS56 NLKVQSGQTVALVGSSGCGKSTTVQLIQRLYDPDEGTINIDGQDIRNFNVNYLREIIGVV
420 430 440 450 460 470
480 490 500 510 520 530
pF1KB3 SQEPVLFATTIAENIRYGRENVTMDEIEKAVKEANAYDFIMKLPHKFDTLVGERGAQLSG
:::::::.::::::: ::: :::::::.:::::::::.::::::.:::::::::::::::
CCDS56 SQEPVLFSTTIAENICYGRGNVTMDEIKKAVKEANAYEFIMKLPQKFDTLVGERGAQLSG
480 490 500 510 520 530
540 550 560 570 580 590
pF1KB3 GQKQRIAIARALVRNPKILLLDEATSALDTESEAVVQVALDKARKGRTTIVIAHRLSTVR
:::::::::::::::::::::::::::::::::: ::.::::::.:::::::::::::::
CCDS56 GQKQRIAIARALVRNPKILLLDEATSALDTESEAEVQAALDKAREGRTTIVIAHRLSTVR
540 550 560 570 580 590
600 610 620 630 640 650
pF1KB3 NADVIAGFDDGVIVEKGNHDELMKEKGIYFKLVTMQTAGNEVELENAADESKSEIDALEM
::::::::.::::::.:.:.::::..:.:::::.:::.:.... :. : ..: : .:
CCDS56 NADVIAGFEDGVIVEQGSHSELMKKEGVYFKLVNMQTSGSQIQSEEF--ELNDEKAATRM
600 610 620 630 640 650
660 670 680 690 700 710
pF1KB3 SSNDSRSSLIRKRSTRRSVRGSQAQDRKLSTK-EALDESIPPVSFWRIMKLNLTEWPYFV
. : .: :.:. ::......:: ...:... ..:. ..::::: ...::: :::::::
CCDS56 APNGWKSRLFRH-STQKNLKNSQMCQKSLDVETDGLEANVPPVSFLKVLKLNKTEWPYFV
660 670 680 690 700 710
720 730 740 750 760 770
pF1KB3 VGVFCAIINGGLQPAFAIIFSKIIGVFTRIDDPETKRQNSNLFSLLFLALGIISFITFFL
::. ::: ::::::::..:::.::..: :: .:.:. :.:::.:: ::::::.::::
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CCDS56 VGTVCAIANGGLQPAFSVIFSEIIAIFGPGDDA-VKQQKCNIFSLIFLFLGIISFFTFFL
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pF1KB3 QGFTFGKAGEILTKRLRYMVFRSMLRQDVSWFDDPKNTTGALTTRLANDAAQVKGAIGSR
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CCDS56 QGFTFGKAGEILTRRLRSMAFKAMLRQDMSWFDDHKNSTGALSTRLATDAAQVQGATGTR
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CCDS56 LALIAQNIANLGTGIIISFIYGWQLTLLLLAVVPIIAVSGIVEMKLLAGNAKRDKKELEA
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CCDS56 AGKIATEAIENIRTVVSLTQERKFESMYVEKLYGPYR-----------------------
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CCDS56 EHGTHQQLLAQKGIYFSMVSVQAGTQNL
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CCDS53 MGLSVIISFIYGWEMTFLILSIAPVLAVTGMIETAAMTGFANKDKQELKHAGKIATEALE
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CCDS53 NIRTIVSLTREKAFEQMYEEMLQTQHRNTSKKAQIIGSCYAFSHAFIYFAYAAGFRFGAY
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CCDS53 LIQAGRMTPEGMFIVFTAIAYGAMAIGETLVLAPEYSKAKSGAAHLFALLEKKPNIDSRS
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CCDS53 DEIKEAANAANIHSFIEGLPEKYNTQVGLKGAQLSGGQKQRLAIARALLQKPKILLLDEA
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CCDS53 TSALDNDSEKVVQHALDKARTGRTCLVVTHRLSAIQNADLIVVLHNGKIKEQGTHQELLR
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CCDS53 NRDIYFKLVNAQSVQ
800 810
>>CCDS55090.1 ABCB5 gene_id:340273|Hs108|chr7 (1257 aa)
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10 20 30 40 50 60
pF1KB3 MDLEGDRNGGAKKKNFFKLNNKSEKDKKEKKPTVSVFSMFRYSNWLDKLYMVVGTLAAII
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CCDS55 MENSERAEEMQENYQRNGTAEEQPKLRKEAVGSIEIFRFADGLDITLMILGILASLV
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CCDS55 NGACLPLMPLVLGEMSDNLIS-GCL--VQTNTTNYQNCTQSQEKLN--EDMTLLTLYYVG
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CCDS55 IGVAALIFGYIQISLWIITAARQTKRIRKQFFHSVLAQDIGWFDSCDIGELNTRMTDDID
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CCDS55 KISDGIGDKIALLFQNMSTFSIGLAVGLVKGWKLTLVTLSTSPLIMASAAACSRMVISLT
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CCDS55 SKELSAYSKAGAVAEEVLSSIRTVIAFRAQEKELQRYTQNLKDAKDFGIKRTIASKVSLG
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CCDS55 RGAAFHIFQVIDKKPSIDNFSTAGYKPESIEGTVEFKNVSFNYPSRPSIKILKGLNLRIK
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CCDS55 SGETVALVGLNGSGKSTVVQLLQRLYDPDDGFIMVDENDIRALNVRHYRDHIGVVSQEPV
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pF1KB3 IAIARALVRNPKILLLDEATSALDTESEAVVQVALDKARKGRTTIVIAHRLSTVRNADVI
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CCDS55 IAIARALVRNPKILILDEATSALDSESKSAVQAALEKASKGRTTIVVAHRLSTIRSADLI
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CCDS55 VTLKDGMLAEKGAHAELMAKRGLYYSLVMSQDI-------KKADE---QMESMTYSTERK
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CCDS55 TNSL--PLHSVKSIK-SDFIDKAEESTQSKEISLPEVSLLKILKLNKPEWPFVVLGTLAS
650 660 670 680 690
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CCDS55 VLNGTVHPVFSIIFAKIITMFGN-NDKTTLKHDAEIYSMIFVILGVICFVSYFMQGLFYG
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CCDS55 NATNMGLSVIISFIYGWEMTFLILSIAPVLAVTGMIETAAMTGFANKDKQELKHAGKIAT
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CCDS55 EALENIRTIVSLTREKAFEQMYEEMLQTQHRNTSKKAQIIGSCYAFSHAFIYFAYAAGFR
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CCDS55 FGAYLIQAGRMTPEGMFIVFTAIAYGAMAIGETLVLAPEYSKAKSGAAHLFALLEKKPNI
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CCDS55 DSRSQEGKKPDTCEGNLEFREVSFFYPCRPDVFILRGLSLSIERGKTVAFVGSSGCGKST
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CCDS55 SVQLLQRLYDPVQGQVLFDGVDAKELNVQWLRSQIAIVPQEPVLFNCSIAENIAYGDNSR
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CCDS55 ELLRNRDIYFKLVNAQSVQ
1240 1250
>>CCDS46444.1 ABCB11 gene_id:8647|Hs108|chr2 (1321 aa)
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pF1KB3 MDLEGDRNGGAKKKNFFKLNNKSEKDKKEKKPT---VSVFSMFRYSNWLDK
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CCDS46 MSDSVILRSIKKFGEENDGFESDKSYN-NDKKSRLQDEKKGDGVRVGFFQLFRFSSSTDI
10 20 30 40 50
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CCDS46 WLMFVGSLCAFLHGIAQPGVLLIFGTMTDVFIDYDVELQELQ--IPGKACVNNTIVWTNS
60 70 80 90 100 110
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CCDS46 SLNQNMTNGTRCGLLNIESEMIKFASYYAGIAVAVLITGYIQICFWVIAAARQIQKMRKF
120 130 140 150 160 170
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CCDS46 YFRRIMRMEIGWFDCNSVGELNTRFSDDINKINDAIADQMALFIQRMTSTICGFLLGFFR
180 190 200 210 220 230
220 230 240 250 260 270
pF1KB3 GWKLTLVILAISPVLGLSAAVWAKILSSFTDKELLAYAKAGAVAEEVLAAIRTVIAFGGQ
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CCDS46 GWKLTLVIISVSPLIGIGAATIGLSVSKFTDYELKAYAKAGVVADEVISSMRTVAAFGGE
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CCDS46 KREVERYEKNLVFAQRWGIRKGIVMGFFTGFVWCLIFLCYALAFWYGSTLVLDEGEYTPG
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pF1KB3 QVLTVFFSVLIGAFSVGQASPSIEAFANARGAAYEIFKIIDNKPSIDSYSKSGHKPDNIK
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CCDS46 TLVQIFLSVIVGALNLGNASPCLEAFATGRAAATSIFETIDRKPIIDCMSEDGYKLDRIK
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pF1KB3 GNLEFRNVHFSYPSRKEVKILKGLNLKVQSGQTVALVGNSGCGKSTTVQLMQRLYDPTEG
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CCDS46 GEIEFHNVTFHYPSRPEVKILNDLNMVIKPGEMTALVGPSGAGKSTALQLIQRFYDPCEG
420 430 440 450 460 470
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pF1KB3 MVSVDGQDIRTINVRFLREIIGVVSQEPVLFATTIAENIRYGRENVTMDEIEKAVKEANA
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CCDS46 MVTVDGHDIRSLNIQWLRDQIGIVEQEPVLFSTTIAENIRYGREDATMEDIVQAAKEANA
480 490 500 510 520 530
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pF1KB3 YDFIMKLPHKFDTLVGERGAQLSGGQKQRIAIARALVRNPKILLLDEATSALDTESEAVV
:.::: ::..::::::: :.:.:::::::.::::::.::::::::: ::::::.::::.:
CCDS46 YNFIMDLPQQFDTLVGEGGGQMSGGQKQRVAIARALIRNPKILLLDMATSALDNESEAMV
540 550 560 570 580 590
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pF1KB3 QVALDKARKGRTTIVIAHRLSTVRNADVIAGFDDGVIVEKGNHDELMKEKGIYFKLVTMQ
: .:.: ..:.: : .:::::::: ::.: ::. :. ::.:.:.::...::.:: :::.:
CCDS46 QEVLSKIQHGHTIISVAHRLSTVRAADTIIGFEHGTAVERGTHEELLERKGVYFTLVTLQ
600 610 620 630 640 650
630 640 650 660 670
pF1KB3 TAGNE-VELENAADESKSEIDALEMSSNDSRSSL---IRKRSTRR----------SV---
. ::. .. :. : ..... : .: .. ..:: ::.:: . .:
CCDS46 SQGNQALNEEDIKDATEDDMLARTFSRGSYQDSLRASIRQRSKSQLSYLVHEPPLAVVDH
660 670 680 690 700 710
680 690 700 710 720 730
pF1KB3 RGSQAQDRKLSTKEALDESIPPVSFWRIMKLNLTEWPYFVVGVFCAIINGGLQPAFAIIF
... .::: . ..: . :. ::.:.. ::::..:: : .:: . : .:..:
CCDS46 KSTYEEDRK-DKDIPVQEEVEPAPVRRILKFSAPEWPYMLVGSVGAAVNGTVTPLYAFLF
720 730 740 750 760 770
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pF1KB3 SKIIGVFTRIDDPETKRQNSNLFSLLFLALGIISFITFFLQGFTFGKAGEILTKRLRYMV
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CCDS46 SQILGTFS-IPDKEEQRSQINGVCLLFVAMGCVSLFTQFLQGYAFAKSGELLTKRLRKFG
780 790 800 810 820 830
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pF1KB3 FRSMLRQDVSWFDDPKNTTGALTTRLANDAAQVKGAIGSRLAVITQNIANLGTGIIISFI
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CCDS46 FRAMLGQDIAWFDDLRNSPGALTTRLATDASQVQGAAGSQIGMIVNSFTNVTVAMIIAFS
840 850 860 870 880 890
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pF1KB3 YGWQLTLLLLAIVPIIAIAGVVEMKMLSGQALKDKKELEGAGKIATEAIENFRTVVSLTQ
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CCDS46 FSWKLSLVILCFFPFLALSGATQTRMLTGFASRDKQALEMVGQITNEALSNIRTVAGIGK
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920 930 940 950 960 970
pF1KB3 EQKFEHMYAQSLQVPYRNSLRKAHIFGITFSFTQAMMYFSYAGCFRFGAYLVAHKLMSFE
:..: . :. :......::.:.:. :.:.: .:... .. .:.:.::.... . :
CCDS46 ERRFIEALETELEKPFKTAIQKANIYGFCFAFAQCIMFIANSASYRYGGYLISNEGLHFS
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980 990 1000 1010 1020 1030
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CCDS46 YVFRVISAVVLSATALGRAFSYTPSYAKAKISAARFFQLLDRQPPISVYNTAGEKWDNFQ
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pF1KB3 NIHAFIESLPNKYSTKVGDKGTQLSGGQKQRIAIARALVRQPHILLLDEATSALDTESEK
..: :. :::.:: :.::..:.::: :.:::::::::.::.:.:::::::::::::::::
CCDS46 QLHDFVMSLPEKYETNVGSQGSQLSRGEKQRIAIARAIVRDPKILLLDEATSALDTESEK
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pF1KB3 VVQEALDKAREGRTCIVIAHRLSTIQNADLIVVFQNGRVKEHGTHQQLLAQKGIYFSMVS
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CCDS46 TVQVALDKAREGRTCIVIAHRLSTIQNADIIAVMAQGVVIEKGTHEELMAQKGAYYKLVT
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1280
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CCDS46 TGSPIS
1320
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CCDS15 MSSVISMSAPFFLGKIIDVIYTNPTVDYSDNLTRLCLGLSAVFLCGAAANAIRVYLMQTS
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CCDS15 GQRIVNRLRTSLFSSILRQEVAFFDKTRTGELINRLSSDTALLGRSVTENLSDGLRAGAQ
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CCDS15 ASVGISMMFFVSPNLATFVLSVVPPVSIIAVIYGRYLRKLTKVTQDSLAQATQLAEERIG
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.::: ::: . :.:.: ...... ... :.:.. .::. : ... :
CCDS15 NVRTVRAFGKEMTEIEKYASKVDHVMQLARKEAFARAGFFGATGLSGNLIVLSVLYKGGL
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pF1KB3 LVLSGEYSIGQVLTVFFSVLIGAFSVGQASPSIEAFANARGAAYEIFKIIDNKPSIDSYS
:. :.....:.. . .. .. ..:.: : . .. ::. ....... .:..
CCDS15 LMGSAHMTVGELSSFLMYAFWVGISIGGLSSFYSELMKGLGAGGRLWELLEREPKLPFNE
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pF1KB3 KSGHKPDNIKGNLEFRNVHFSYPSRKEVKILKGLNLKVQSGQTVALVGNSGCGKSTTVQL
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CCDS15 GVILNEKSFQGALEFKNVHFAYPARPEVPIFQDFSLSIPSGSVTALVGPSGSGKSTVLSL
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pF1KB3 MQRLYDPTEGMVSVDGQDIRTINVRFLREIIGVVSQEPVLFATTIAENIRYGREN---VT
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CCDS15 LLRLYDPASGTISLDGHDIRQLNPVWLRSKIGTVSQEPILFSCSIAENIAYGADDPSSVT
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500 510 520 530 540 550
pF1KB3 MDEIEKAVKEANAYDFIMKLPHKFDTLVGERGAQLSGGQKQRIAIARALVRNPKILLLDE
.::..... ::: :: ..:. :.:.:::.:. :::::::::::::::..:::::::::
CCDS15 AEEIQRVAEVANAVAFIRNFPQGFNTVVGEKGVLLSGGQKQRIAIARALLKNPKILLLDE
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pF1KB3 ATSALDTESEAVVQVALDKARKGRTTIVIAHRLSTVRNADVIAGFDDGVIVEKGNHDELM
::::::.:.: .:: :::. :::..::::::::..::...: .:.: :.: :.:.::.
CCDS15 ATSALDAENEYLVQEALDRLMDGRTVLVIAHRLSTIKNANMVAVLDQGKITEYGKHEELL
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pF1KB3 -KEKGIYFKLVTMQTAGNEVELENAADESKSEIDALEMSSNDSRSSLIRKRSTRRSVRGS
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CCDS15 SKPNGIYRKLMNKQSFISA
720 730
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CCDS64 MTESQNLSTHLLILYGVQGLLTFGYL--VLLSHVGERMAVDMRRALFSSLLRQDITFFD-
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.: . .:.. . : . . .... : .: ::. : ::: ....::. :. :.
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pF1KB3 FSAVVFGAMAVGQVSSFAPDYAKAKISAAHIIMIIEKTPLIDSYSTEGLMPNTLEGNVTF
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CCDS64 ASQTVQRSMA--NLSVLFGQVVRGLSAGARVFEYMALNPCIPLSGGCCVPKEQLRGSVTF
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pF1KB3 GEVVFNYPTRPDIPVLQGLSLEVKKGQTLALVGSSGCGKSTVVQLLERFYDPLAGKVLLD
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CCDS64 QNVCFSYPCRPGFEVLKDFTLTLPPGKIVALVGQSGGGKTTVASLLERFYDPTAGVVMLD
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pF1KB3 GKEIKRLNVQWLRAHL-GIVSQEPILFDCSIAENIAYGDNSRVVSQEEIVRAAKEANIHA
:.... :. .:::... :..::::.:: .: ::: .: .:.::. ::.::: :
CCDS64 GRDLRTLDPSWLRGQVVGFISQEPVLFGTTIMENIRFGKLE--ASDEEVYTAAREANAHE
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pF1KB3 FIESLPNKYSTKVGDKGTQLSGGQKQRIAIARALVRQPHILLLDEATSALDTESEKVVQE
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CCDS64 FITSFPEGYNTVVGERGTTLSGGQKQRLAIARALIKQPTVLILDEATSALDAESERVVQE
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pF1KB3 ALDKAREGRTCIVIAHRLSTIQNADLIVVFQNGRVKEHGTHQQLLAQKGIYFSMVSVQAG
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CCDS64 ALDRASAGRTVLVIAHRLSTVRGAHCIVVMADGRVWEAGTHEELLKKGGLYAELIRRQAL
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1280
pF1KB3 TKRQ
CCDS64 DAPRTAAPPPKKPEGPRSHQHKS
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pF1KB3 STRRSVRGSQAQDRKLSTKEALDESIPPVSFWRIMKLNLTEWPYFVVGVFCAIINGGLQP
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CCDS59 LCLVALCEAEEAPPASSTPHVVGSRFNWKLFWQFLHPHLLVLGVAVVLALGAALVNVQIP
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pF1KB3 AFAIIFSKIIGVFTRIDDPETKRQNSNLFSLLFLALGIISFITF-FLQGFTFGKAGEILT
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CCDS59 LLLGQLVEVVAKYTRDHVGSFMTESQNLSTHLLILYGVQGLLTFGYL--VLLSHVGERMA
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CCDS59 VDMRRALFSSLLRQDITFFD--ANKTGQLVSRLTTDVQEFKSSF--KL-VISQGLRSCTQ
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CCDS59 VAGCLVSLSMLSTRLTLLLMVATPALMGVGTLMGSGLRKLSRQCQEQIARAMGVADEALG
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CCDS59 NVRTVRAFAMEQREEERYGAELEA-CRC---RAEELGRGIALFQGLSNIAFNCMVLGTLF
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CCDS59 IGGSLVAGQQLTGGDLMSFLVASQTVQRSMA--NLSVLFGQVVRGLSAGARVFEYMALNP
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CCDS59 CIPLSGGCCVPKEQLRGSVTFQNVCFSYPCRPGFEVLKDFTLTLPPGKIVALVGQSGGGK
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CCDS59 TTVASLLERFYDPTAGVVMLDGRDLRTLDPSWLRGQVVGFISQEPVLFGTTIMENIRFG-
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CCDS59 -KLEASDEEVYTAAREANAHEFITSFPEGYNTVVGERGTTLSGGQKQRLAIARALIKQPT
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::..:: . :.: .. ::
CCDS59 THEELLKKGGLYAELIRRQALDAPRTAAPPPKKPEGPRSHQHKS
680 690 700 710
1280 residues in 1 query sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
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start: Tue Nov 8 03:51:49 2016 done: Tue Nov 8 03:51:50 2016
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]