Result of FASTA (ccds) for
pFN21AB0482
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB0482, 1024 aa
1>>>pF1KB0482 1024 - 1024 aa - 1024 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.5946+/-0.00125; mu= 14.4427+/- 0.075
mean_var=83.3162+/-17.021, 0's: 0 Z-trim(101.0): 79 B-trim: 0 in 0/51
Lambda= 0.140511
statistics sampled from 6282 (6348) to 6282 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.541), E-opt: 0.2 (0.195), width: 16
Scan time: 3.280
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS33174.1 NLRC4 gene_id:58484|Hs108|chr2 (1024) 6709 1371.0 0
CCDS77400.1 NLRC4 gene_id:58484|Hs108|chr2 ( 359) 1763 368.3 1.6e-101
CCDS43327.1 NAIP gene_id:4671|Hs108|chr5 (1241) 648 142.4 5.7e-33
CCDS4009.1 NAIP gene_id:4671|Hs108|chr5 (1403) 648 142.4 6.4e-33
>>CCDS33174.1 NLRC4 gene_id:58484|Hs108|chr2 (1024 aa)
initn: 6709 init1: 6709 opt: 6709 Z-score: 7346.9 bits: 1371.0 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 6709; 100.0% identity (100.0% similar) in 1024 aa overlap (1-1024:1-1024)
10 20 30 40 50 60
pF1KB0 MNFIKDNSRALIQRMGMTVIKQITDDLFVWNVLNREEVNIICCEKVEQDAARGIIHMILK
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CCDS33 MNFIKDNSRALIQRMGMTVIKQITDDLFVWNVLNREEVNIICCEKVEQDAARGIIHMILK
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB0 KGSESCNLFLKSLKEWNYPLFQDLNGQSLFHQTSEGDLDDLAQDLKDLYHTPSFLNFYPL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 KGSESCNLFLKSLKEWNYPLFQDLNGQSLFHQTSEGDLDDLAQDLKDLYHTPSFLNFYPL
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB0 GEDIDIIFNLKSTFTEPVLWRKDQHHHRVEQLTLNGLLQALQSPCIIEGESGKGKSTLLQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 GEDIDIIFNLKSTFTEPVLWRKDQHHHRVEQLTLNGLLQALQSPCIIEGESGKGKSTLLQ
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB0 RIAMLWGSGKCKALTKFKFVFFLRLSRAQGGLFETLCDQLLDIPGTIRKQTFMAMLLKLR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 RIAMLWGSGKCKALTKFKFVFFLRLSRAQGGLFETLCDQLLDIPGTIRKQTFMAMLLKLR
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB0 QRVLFLLDGYNEFKPQNCPEIEALIKENHRFKNMVIVTTTTECLRHIRQFGALTAEVGDM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 QRVLFLLDGYNEFKPQNCPEIEALIKENHRFKNMVIVTTTTECLRHIRQFGALTAEVGDM
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB0 TEDSAQALIREVLIKELAEGLLLQIQKSRCLRNLMKTPLFVVITCAIQMGESEFHSHTQT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 TEDSAQALIREVLIKELAEGLLLQIQKSRCLRNLMKTPLFVVITCAIQMGESEFHSHTQT
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB0 TLFHTFYDLLIQKNKHKHKGVAASDFIRSLDHCGDLALEGVFSHKFDFELQDVSSVNEDV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 TLFHTFYDLLIQKNKHKHKGVAASDFIRSLDHCGDLALEGVFSHKFDFELQDVSSVNEDV
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB0 LLTTGLLCKYTAQRFKPKYKFFHKSFQEYTAGRRLSSLLTSHEPEEVTKGNGYLQKMVSI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 LLTTGLLCKYTAQRFKPKYKFFHKSFQEYTAGRRLSSLLTSHEPEEVTKGNGYLQKMVSI
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KB0 SDITSTYSSLLRYTCGSSVEATRAVMKHLAAVYQHGCLLGLSIAKRPLWRQESLQSVKNT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 SDITSTYSSLLRYTCGSSVEATRAVMKHLAAVYQHGCLLGLSIAKRPLWRQESLQSVKNT
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KB0 TEQEILKAININSFVECGIHLYQESTSKSALSQEFEAFFQGKSLYINSGNIPDYLFDFFE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 TEQEILKAININSFVECGIHLYQESTSKSALSQEFEAFFQGKSLYINSGNIPDYLFDFFE
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KB0 HLPNCASALDFIKLDFYGGAMASWEKAAEDTGGIHMEEAPETYIPSRAVSLFFNWKQEFR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 HLPNCASALDFIKLDFYGGAMASWEKAAEDTGGIHMEEAPETYIPSRAVSLFFNWKQEFR
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KB0 TLEVTLRDFSKLNKQDIRYLGKIFSSATSLRLQIKRCAGVAGSLSLVLSTCKNIYSLMVE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 TLEVTLRDFSKLNKQDIRYLGKIFSSATSLRLQIKRCAGVAGSLSLVLSTCKNIYSLMVE
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KB0 ASPLTIEDERHITSVTNLKTLSIHDLQNQRLPGGLTDSLGNLKNLTKLIMDNIKMNEEDA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 ASPLTIEDERHITSVTNLKTLSIHDLQNQRLPGGLTDSLGNLKNLTKLIMDNIKMNEEDA
730 740 750 760 770 780
790 800 810 820 830 840
pF1KB0 IKLAEGLKNLKKMCLFHLTHLSDIGEGMDYIVKSLSSEPCDLEEIQLVSCCLSANAVKIL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 IKLAEGLKNLKKMCLFHLTHLSDIGEGMDYIVKSLSSEPCDLEEIQLVSCCLSANAVKIL
790 800 810 820 830 840
850 860 870 880 890 900
pF1KB0 AQNLHNLVKLSILDLSENYLEKDGNEALHELIDRMNVLEQLTALMLPWGCDVQGSLSSLL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 AQNLHNLVKLSILDLSENYLEKDGNEALHELIDRMNVLEQLTALMLPWGCDVQGSLSSLL
850 860 870 880 890 900
910 920 930 940 950 960
pF1KB0 KHLEEVPQLVKLGLKNWRLTDTEIRILGAFFGKNPLKNFQQLNLAGNRVSSDGWLAFMGV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 KHLEEVPQLVKLGLKNWRLTDTEIRILGAFFGKNPLKNFQQLNLAGNRVSSDGWLAFMGV
910 920 930 940 950 960
970 980 990 1000 1010 1020
pF1KB0 FENLKQLVFFDFSTKEFLPDPALVRKLSQVLSKLTFLQEARLVGWQFDDDDLSVITGAFK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 FENLKQLVFFDFSTKEFLPDPALVRKLSQVLSKLTFLQEARLVGWQFDDDDLSVITGAFK
970 980 990 1000 1010 1020
pF1KB0 LVTA
::::
CCDS33 LVTA
>>CCDS77400.1 NLRC4 gene_id:58484|Hs108|chr2 (359 aa)
initn: 1763 init1: 1763 opt: 1763 Z-score: 1935.9 bits: 368.3 E(32554): 1.6e-101
Smith-Waterman score: 1763; 97.5% identity (98.9% similar) in 281 aa overlap (744-1024:82-359)
720 730 740 750 760 770
pF1KB0 IYSLMVEASPLTIEDERHITSVTNLKTLSIHDLQNQRLPGGLTDSLGNLKNLTKLIMDNI
.::..: .::::::::::::::::::::
CCDS77 RGIIHMILKKGSESCNLFLKSLKEWNYPLFQDLNGQ---SGLTDSLGNLKNLTKLIMDNI
60 70 80 90 100
780 790 800 810 820 830
pF1KB0 KMNEEDAIKLAEGLKNLKKMCLFHLTHLSDIGEGMDYIVKSLSSEPCDLEEIQLVSCCLS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS77 KMNEEDAIKLAEGLKNLKKMCLFHLTHLSDIGEGMDYIVKSLSSEPCDLEEIQLVSCCLS
110 120 130 140 150 160
840 850 860 870 880 890
pF1KB0 ANAVKILAQNLHNLVKLSILDLSENYLEKDGNEALHELIDRMNVLEQLTALMLPWGCDVQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS77 ANAVKILAQNLHNLVKLSILDLSENYLEKDGNEALHELIDRMNVLEQLTALMLPWGCDVQ
170 180 190 200 210 220
900 910 920 930 940 950
pF1KB0 GSLSSLLKHLEEVPQLVKLGLKNWRLTDTEIRILGAFFGKNPLKNFQQLNLAGNRVSSDG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS77 GSLSSLLKHLEEVPQLVKLGLKNWRLTDTEIRILGAFFGKNPLKNFQQLNLAGNRVSSDG
230 240 250 260 270 280
960 970 980 990 1000 1010
pF1KB0 WLAFMGVFENLKQLVFFDFSTKEFLPDPALVRKLSQVLSKLTFLQEARLVGWQFDDDDLS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS77 WLAFMGVFENLKQLVFFDFSTKEFLPDPALVRKLSQVLSKLTFLQEARLVGWQFDDDDLS
290 300 310 320 330 340
1020
pF1KB0 VITGAFKLVTA
:::::::::::
CCDS77 VITGAFKLVTA
350
>--
initn: 544 init1: 544 opt: 544 Z-score: 600.4 bits: 121.2 E(32554): 4e-27
Smith-Waterman score: 544; 100.0% identity (100.0% similar) in 81 aa overlap (1-81:1-81)
10 20 30 40 50 60
pF1KB0 MNFIKDNSRALIQRMGMTVIKQITDDLFVWNVLNREEVNIICCEKVEQDAARGIIHMILK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS77 MNFIKDNSRALIQRMGMTVIKQITDDLFVWNVLNREEVNIICCEKVEQDAARGIIHMILK
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB0 KGSESCNLFLKSLKEWNYPLFQDLNGQSLFHQTSEGDLDDLAQDLKDLYHTPSFLNFYPL
:::::::::::::::::::::
CCDS77 KGSESCNLFLKSLKEWNYPLFQDLNGQSGLTDSLGNLKNLTKLIMDNIKMNEEDAIKLAE
70 80 90 100 110 120
>>CCDS43327.1 NAIP gene_id:4671|Hs108|chr5 (1241 aa)
initn: 396 init1: 164 opt: 648 Z-score: 705.4 bits: 142.4 E(32554): 5.7e-33
Smith-Waterman score: 781; 24.5% identity (57.2% similar) in 1037 aa overlap (59-997:196-1194)
30 40 50 60 70 80
pF1KB0 VWNVLNREEVNIICCEKVEQDAARGIIHMILKKGSESCNLFLKSLKEWNY-------PLF
:.. .: :.: :.. .: : :.
CCDS43 GDDPLDDHTRCFPNCPFLQNMKSSAEVTPDLQSRGELCEL-LETTSESNLEDSIAVGPIV
170 180 190 200 210 220
90 100 110 120 130
pF1KB0 QDL-NGQSLFHQTSEGDLDDLAQDLKDLYHTPSF--LNFYPLGEDIDIIFNLKSTFTEPV
.. .:.. . : .. .: ..:. : . :: ... .. :. : ..
CCDS43 PEMAQGEAQWFQEAK----NLNEQLRAAYTSASFRHMSLLDISSDLATDHLLGCDLS---
230 240 250 260 270
140 150 160 170 180 190
pF1KB0 LWRKDQHHHRVEQLTLNGLLQALQSPCIIEGESGKGKSTLLQRIAMLWGSGKCKALTKFK
. : . : :.: .. :.: .:::.:.::..::..::.::.:: : :..:.
CCDS43 IASKHISKPVQEPLVLPEVFGNLNSVMCVEGEAGSGKTVLLKKIAFLWASGCCPLLNRFQ
280 290 300 310 320 330
200 210 220 230 240 250
pF1KB0 FVFFLRLS--RAQGGLFETLCDQLLDIPGTIRKQTFMAMLLKLRQRVLFLLDGYNEFKPQ
.::.: :: : . :: .:::::. :.. .. .. .:...:::::: :.:.
CCDS43 LVFYLSLSSTRPDEGLASIICDQLLEKEGSVTEMCVRNIIQQLKNQVLFLLDDYKEIC--
340 350 360 370 380 390
260 270 280 290 300 310
pF1KB0 NCPE-IEALIKENHRFKNMVIVTTTTECLRHIRQFGALTAEVGDMTEDSAQALIREVLIK
. :. : ::..:: .. ..... :. : ::.. :. . .. ..:... .
CCDS43 SIPQVIGKLIQKNHLSRTCLLIAVRTNRARDIRRYLETILEIKAFPFYNTVCILRKLFSH
400 410 420 430 440 450
320 330 340 350 360 370
pF1KB0 ELAE--GLLLQIQKSRCLRNLMKTPLFVVITCAIQMGESEFHSHTQTTLFHTFYDLLIQK
.... ... . :.. :....::::::. :: . : ....:..... : .
CCDS43 NMTRLRKFMVYFGKNQSLQKIQKTPLFVAAICAHWFQYPFDPSFDDVAVFKSYMERLSLR
460 470 480 490 500 510
380 390 400 410 420 430
pF1KB0 NKHKHKGVAASDFIR-SLDHCGDLALEGVFSHKFDFELQDVS--SVNEDVLLTTGLLCKY
:: :...... ... ::.:::.: :: :.:. .:.. .:.:: :: :. :.
CCDS43 NK------ATAEILKATVSSCGELALKGFFSCCFEFNDDDLAEAGVDEDEDLTMCLMSKF
520 530 540 550 560
440 450 460 470 480 490
pF1KB0 TAQRFKPKYKFFHKSFQEYTAGRRLSSLLTSHEPEEVTKGNGYLQKMVSISDITSTYSSL
::::..: :.:. .:::. :: :: :: : . :. : .:... : .:.:...
CCDS43 TAQRLRPFYRFLSPAFQEFLAGMRLIELLDSDRQEHQDLGLYHLKQINSPMMTVSAYNNF
570 580 590 600 610 620
500 510 520 530
pF1KB0 LRYTCGSSVEATRA---VMKHLAAVYQHG-CLLGLSIAKRPLWRQE--SLQ-----SVKN
: :. ::. .:.: ...:: . .. : ..: : .: ::: .. .
CCDS43 LNYV--SSLPSTKAGPKIVSHLLHLVDNKESLENISENDDYLKHQPEISLQMQLLRGLWQ
630 640 650 660 670 680
540 550 560 570 580 590
pF1KB0 TTEQEILKAININSFVECGIHLYQESTSKSALSQEFEAFFQGKSLYINSGNIPDYLFDFF
: .. .. . .: :: :.. .: : :.::..: ... :. .:.::
CCDS43 ICPQAYFSMVSEHLLVLALKTAYQ-SNTVAACSPFVLQFLQGRTLTLGALNL-QYFFDHP
690 700 710 720 730 740
600 610 620 630
pF1KB0 E--------HLP----------------NC--ASALDFIKLDFYGG--AMASWEKA-AED
: :.: .: : . : :. .. : ::. ::
CCDS43 ESLSLLRSIHFPIRGNKTSPRAHFSVLETCFDKSQVPTIDQDYASAFEPMNEWERNLAEK
750 760 770 780 790 800
640 650 660 670 680
pF1KB0 TGGIH-MEEAPETYIPSRAVSLFFNWK---QEFRT--LEVTLRDFSKLNKQDIRYLGKIF
... . . . :. ... :: .... ::: . :.. .... .. : .:
CCDS43 EDNVKSYMDMQRRASPDLSTGY---WKLSPKQYKIPCLEVDVNDIDVVGQDMLEILMTVF
810 820 830 840 850 860
690 700 710 720 730 740
pF1KB0 SSATSLRLQIKRCAGVAGSLSLVLSTCK-NIYSLMVEASPLTIEDERHITSVTNLKTLSI
:.. ..:.... : :. .: : .. . . :. ... . .. .:..: .
CCDS43 SASQRIELHLNHSRGFIESIRPALELSKASVTKCSISKLELSAAEQELLLTLPSLESLEV
870 880 890 900 910 920
750 760 770
pF1KB0 HDL---QNQRLPGGLTDSLGNLKNLTKLIMDNIKM----------------------NEE
:.: .:. :.. ::.:. . ::.. :
CCDS43 SGTIQSQDQIFPN--LDKFLCLKELSVDLEGNINVFSVIPEEFPNFHHMEKLLIQISAEY
930 940 950 960 970 980
780 790 800 810 820 830
pF1KB0 DAIKLAEGLKNLKKMCLFHL--THLSDIGEGMDYIVKSLSSEPCD-LEEIQLVSCCLSAN
: ::.. ..: .. .::: . .::.: : ..:. : : ::.. . ..:
CCDS43 DPSKLVKLIQNSPNLHVFHLKCNFFSDFGSLMTMLVS------CKKLTEIKFSDSFFQA-
990 1000 1010 1020 1030
840 850 860 870 880 890
pF1KB0 AVKILAQNLHNLVKLSILDL-SENYLEKDGNEALHELIDRMNVLEQLTALMLPWGCDVQG
: ..: .: :...:.::.: .... ... .: . .. .. ::.: .:: : .
CCDS43 -VPFVA-SLPNFISLKILNLEGQQFPDEETSEKFAYILGSLSNLEEL---ILPTGDGIYR
1040 1050 1060 1070 1080
900 910 920 930 940 950
pF1KB0 SLSSLLKHLEEVPQLVKLGLKNWRLTDTEIRILGAFFGKNPLKNFQQLNLAGN-RVSSDG
. .... ... : :.. . :.: . .. .. ......:.:. : ... .:
CCDS43 VAKLIIQQCQQLHCLRVLSFFK-TLNDDSVVEIAKVAISGGFQKLENLKLSINHKITEEG
1090 1100 1110 1120 1130 1140
960 970 980 990 1000 1010
pF1KB0 WLAFMGVFENLKQLVFFDFS---TKEFLPDPALVRKLSQVLSKLTFLQEARLVGWQFDDD
. :. ...:. .: .:.: :. . . . :..::: . .: :
CCDS43 YRNFFQALDNMPNLQELDISRHFTECIKAQATTVKSLSQCVLRLPRLIRLNMLSWLLDAD
1150 1160 1170 1180 1190 1200
1020
pF1KB0 DLSVITGAFKLVTA
CCDS43 DIALLNVMKERHPQSKYLTILQKWILPFSPIIQK
1210 1220 1230 1240
>>CCDS4009.1 NAIP gene_id:4671|Hs108|chr5 (1403 aa)
initn: 396 init1: 164 opt: 648 Z-score: 704.5 bits: 142.4 E(32554): 6.4e-33
Smith-Waterman score: 781; 24.5% identity (57.2% similar) in 1037 aa overlap (59-997:358-1356)
30 40 50 60 70 80
pF1KB0 VWNVLNREEVNIICCEKVEQDAARGIIHMILKKGSESCNLFLKSLKEWNY-------PLF
:.. .: :.: :.. .: : :.
CCDS40 GDDPLDDHTRCFPNCPFLQNMKSSAEVTPDLQSRGELCEL-LETTSESNLEDSIAVGPIV
330 340 350 360 370 380
90 100 110 120 130
pF1KB0 QDL-NGQSLFHQTSEGDLDDLAQDLKDLYHTPSF--LNFYPLGEDIDIIFNLKSTFTEPV
.. .:.. . : .. .: ..:. : . :: ... .. :. : ..
CCDS40 PEMAQGEAQWFQEAK----NLNEQLRAAYTSASFRHMSLLDISSDLATDHLLGCDLS---
390 400 410 420 430
140 150 160 170 180 190
pF1KB0 LWRKDQHHHRVEQLTLNGLLQALQSPCIIEGESGKGKSTLLQRIAMLWGSGKCKALTKFK
. : . : :.: .. :.: .:::.:.::..::..::.::.:: : :..:.
CCDS40 IASKHISKPVQEPLVLPEVFGNLNSVMCVEGEAGSGKTVLLKKIAFLWASGCCPLLNRFQ
440 450 460 470 480 490
200 210 220 230 240 250
pF1KB0 FVFFLRLS--RAQGGLFETLCDQLLDIPGTIRKQTFMAMLLKLRQRVLFLLDGYNEFKPQ
.::.: :: : . :: .:::::. :.. .. .. .:...:::::: :.:.
CCDS40 LVFYLSLSSTRPDEGLASIICDQLLEKEGSVTEMCVRNIIQQLKNQVLFLLDDYKEIC--
500 510 520 530 540 550
260 270 280 290 300 310
pF1KB0 NCPE-IEALIKENHRFKNMVIVTTTTECLRHIRQFGALTAEVGDMTEDSAQALIREVLIK
. :. : ::..:: .. ..... :. : ::.. :. . .. ..:... .
CCDS40 SIPQVIGKLIQKNHLSRTCLLIAVRTNRARDIRRYLETILEIKAFPFYNTVCILRKLFSH
560 570 580 590 600 610
320 330 340 350 360 370
pF1KB0 ELAE--GLLLQIQKSRCLRNLMKTPLFVVITCAIQMGESEFHSHTQTTLFHTFYDLLIQK
.... ... . :.. :....::::::. :: . : ....:..... : .
CCDS40 NMTRLRKFMVYFGKNQSLQKIQKTPLFVAAICAHWFQYPFDPSFDDVAVFKSYMERLSLR
620 630 640 650 660 670
380 390 400 410 420 430
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