Result of FASTA (ccds) for
pF1KSDF0044
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KSDF0044, 989 aa
1>>>pF1KSDF0044 989 - 989 aa - 989 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.3922+/-0.00086; mu= 21.3330+/- 0.052
mean_var=71.7435+/-14.317, 0's: 0 Z-trim(107.5): 17 B-trim: 9 in 1/50
Lambda= 0.151420
statistics sampled from 9583 (9590) to 9583 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.656), E-opt: 0.2 (0.295), width: 16
Scan time: 4.890
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS32924.1 ZSWIM4 gene_id:65249|Hs108|chr19 ( 989) 6693 1471.8 0
CCDS41319.1 ZSWIM5 gene_id:57643|Hs108|chr1 (1185) 2782 617.5 5e-176
CCDS47215.1 ZSWIM6 gene_id:57688|Hs108|chr5 (1215) 1464 329.6 2.4e-89
CCDS60560.1 ZSWIM8 gene_id:23053|Hs108|chr10 (1837) 550 130.0 4.3e-29
CCDS44440.1 ZSWIM8 gene_id:23053|Hs108|chr10 (1842) 550 130.0 4.3e-29
>>CCDS32924.1 ZSWIM4 gene_id:65249|Hs108|chr19 (989 aa)
initn: 6693 init1: 6693 opt: 6693 Z-score: 7892.3 bits: 1471.8 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 6693; 99.9% identity (99.9% similar) in 989 aa overlap (1-989:1-989)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MEPPAAKRSRGCPAGPEERDAGAGAARGRGRPEALLDLSAKRVAESWAFEQVEERFSRVP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 MEPPAAKRSRGCPAGPEERDAGAGAARGRGRPEALLDLSAKRVAESWAFEQVEERFSRVP
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KSD EPVQKRIVFWSFPRSEREICMYSSLGYPPPEGEHDARVPFTRGLHLLQSGAVDRVLQVGF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 EPVQKRIVFWSFPRSEREICMYSSLGYPPPEGEHDARVPFTRGLHLLQSGAVDRVLQVGF
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KSD HLSGNIREPGSPGEPERLYHVSISFDRCKITSVSCGCDNRDLFYCAHVVALSLYRIRHAH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 HLSGNIREPGSPGEPERLYHVSISFDRCKITSVSCGCDNRDLFYCAHVVALSLYRIRHAH
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KSD QVELRLPISETLSQMNRDQLQKFVQYLISAHHTEVLPTAQRLADEILLLGSEINLVNGAP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 QVELRLPISETLSQMNRDQLQKFVQYLISAHHTEVLPTAQRLADEILLLGSEINLVNGAP
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KSD DPTAGAGIEDANCWHLDEEQIQEQVKQLLSNGGYYGASQQLRSMFSKVREMLRMRDSNGA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 DPTAGAGIEDANCWHLDEEQIQEQVKQLLSNGGYYGASQQLRSMFSKVREMLRMRDSNGA
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KSD RMLILMTEQFLQDTRLALWRQQGAGMTDKCRQLWDELGALWVCVVLSPHCKPEERAGWLQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 RMLILMTEQFLQDTRLALWRQQGAGMTDKCRQLWDELGALWVCVVLSPHCKPEERAGWLQ
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KSD LLSRWDKLDVCPLEEGNYSFDGPSLQPTMAPAPELLQKGSTCITNTEGWVGHPLDPIGCL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 LLSRWDKLDVCPLEEGNYSFDGPSLQPTMAPAPELLQKGSTCITNTEGWVGHPLDPIGCL
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KSD CRALLEACRLEEETLTLYPDSGPEKRKVAYQHVPVPGSPGESYLVLALEVALLGLGQQRA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 CRALLEACRLEEETLTLYPDSGPEKRKVAYQHVPVPGSPGESYLVLALEVALLGLGQQRA
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KSD LPEGLYAQDKVVRNEEQLLALLEEVELDERLVQVLRKQAGLLLEGGPFSGFGEVLFRESV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 LPEGLYAQDKVVRNEEQLLALLEEVELDERLVQVLRKQAGLLLEGGPFSGFGEVLFRESV
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KSD PMHTCARYLFTALLPHDPDLAYRLALRAMRLPILETAFPAGEPHPSPLDSIMSNRFPRWF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 PMHTCARYLFTALLPHDPDLAYRLALRAMRLPILETAFPAGEPHPSPLDSIMSNRFPRWF
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KSD ILGHLETRQCELASTMLTAAKGDPKWLHMVLGSIQQNIHSPALLFKLAQDACKTATPVSA
:::::::::::::::::::::::::::: :::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 ILGHLETRQCELASTMLTAAKGDPKWLHTVLGSIQQNIHSPALLFKLAQDACKTATPVSA
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KSD PPDTTLLGIALELGLQVMRMTLNVMTWRRREMVRWLVSCATEIGPQALMNIMQNWYSLFT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 PPDTTLLGIALELGLQVMRMTLNVMTWRRREMVRWLVSCATEIGPQALMNIMQNWYSLFT
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KSD PVEAATIVAVTGTTHATLLRLQLDTSRREELWACARTLALQCAMKDPQNCALPALTLCEK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 PVEAATIVAVTGTTHATLLRLQLDTSRREELWACARTLALQCAMKDPQNCALPALTLCEK
730 740 750 760 770 780
790 800 810 820 830 840
pF1KSD NHSAFEAAYQIVLDAAAGGLGHAHLFTVARYMEHRGLPLRAYKLATLALAQLSIAFNQDS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 NHSAFEAAYQIVLDAAAGGLGHAHLFTVARYMEHRGLPLRAYKLATLALAQLSIAFNQDS
790 800 810 820 830 840
850 860 870 880 890 900
pF1KSD HPAVNDVLWACSLSHSLGRHELSAIVPLIIRSIHCAPMLSDILRRWTLSAPGLGPLGARR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 HPAVNDVLWACSLSHSLGRHELSAIVPLIIRSIHCAPMLSDILRRWTLSAPGLGPLGARR
850 860 870 880 890 900
910 920 930 940 950 960
pF1KSD AAKPLGADRAPLCQLLDAAVTAYITTSHSRLTHISPRHYGDFIEFLGKARETFLLAPDGH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 AAKPLGADRAPLCQLLDAAVTAYITTSHSRLTHISPRHYGDFIEFLGKARETFLLAPDGH
910 920 930 940 950 960
970 980
pF1KSD LQFSQFLENLKQTYKGKKKLMLLVRERFG
:::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 LQFSQFLENLKQTYKGKKKLMLLVRERFG
970 980
>>CCDS41319.1 ZSWIM5 gene_id:57643|Hs108|chr1 (1185 aa)
initn: 3878 init1: 1504 opt: 2782 Z-score: 3273.8 bits: 617.5 E(32554): 5e-176
Smith-Waterman score: 4052; 61.9% identity (79.5% similar) in 1009 aa overlap (98-989:178-1185)
70 80 90 100 110 120
pF1KSD VFWSFPRSEREICMYSSLGYPPPEGEHDARVPFTRGLHLLQSGAVDRVLQVGFHLSGNIR
.:: ::..::.::.:. ::::::::::..
CCDS41 PAGSAPGGVAAGASPGLGAGAGAAGCGGEGLPFRRGIRLLDSGSVENVLQVGFHLSGTVT
150 160 170 180 190 200
130 140 150 160 170 180
pF1KSD EPGSPGEPERLYHVSISFDRCKITSVSCGCDNRDLFYCAHVVALSLYRIRHAHQVELRLP
: .. .:: :.:.:::::::::::.::: :.:.:::::::::::::::. ::.::::
CCDS41 ELATASEPAVTYKVAISFDRCKITSVTCGCGNKDIFYCAHVVALSLYRIRKPDQVKLRLP
210 220 230 240 250 260
190 200 210 220 230 240
pF1KSD ISETLSQMNRDQLQKFVQYLISAHHTEVLPTAQRLADEILLLGSEINLVNGAPDPTAGAG
::::: ::::::::::.::::.:::::::::::.:::::: .:::: :::::::::::.
CCDS41 ISETLFQMNRDQLQKFIQYLITAHHTEVLPTAQKLADEILSSNSEINQVNGAPDPTAGAS
270 280 290 300 310 320
250 260 270 280 290 300
pF1KSD IEDANCWHLDEEQIQEQVKQLLSNGGYYGASQQLRSMFSKVREMLRMRDSNGARMLILMT
:.: :::::::::..:::: .::.::: :...:: :::.::::::::::::::::: :.:
CCDS41 IDDENCWHLDEEQVKEQVKLFLSQGGYCGSGKQLNSMFAKVREMLRMRDSNGARMLTLIT
330 340 350 360 370 380
310 320 330 340 350 360
pF1KSD EQFLQDTRLALWRQQGAGMTDKCRQLWDELGALWVCVVLSPHCKPEERAGWLQLLSRWDK
:::. : ::.::::::..::::::::::::::::::..:.:::: ::.. ::: :..:.
CCDS41 EQFVADPRLTLWRQQGTNMTDKCRQLWDELGALWVCIILNPHCKLEEKSCWLQQLQKWSD
390 400 410 420 430 440
370 380
pF1KSD LDVCPLEEGNYSFDGPSLQPTM--------------------------------------
:::::::.:::. . :.. ..
CCDS41 LDVCPLEDGNYGHELPNITNALPQSAIHSPDSLSRPRRTVFTRAIEGRELHWQDSHLQRI
450 460 470 480 490 500
390
pF1KSD -------APA---------------P----------------------------------
::: :
CCDS41 ISSDVYTAPACQRESERLLFNSQGQPLWLEHVPTACARVDALRSHGYPKEALRLTVAIIN
510 520 530 540 550 560
400 410 420 430
pF1KSD ------------------ELLQKGSTCITNTEGWVGHPLDPIGCLCRALLEACRLEEETL
::::.:.: ::: ::::::::::: :: .: :::::...
CCDS41 TLRLQQQRQLEIYKHQKKELLQRGTTTITNLEGWVGHPLDPIDCLFLTLTEACRLNDDGY
570 580 590 600 610 620
440 450 460 470 480 490
pF1KSD TLYPDSGPEKRKVAYQHVPVP-GSPG--ESYLVLALEVALLGLGQQRALPEGLYAQDKVV
. : . :.: .:::::: :::. :::: :::::::.:::::: .::::::::::
CCDS41 LEMSDMN-ESRPPVYQHVPVAAGSPNSSESYLSLALEVALMGLGQQRLMPEGLYAQDKVC
630 640 650 660 670 680
500 510 520 530 540 550
pF1KSD RNEEQLLALLEEVELDERLVQVLRKQAGLLLEGGPFSGFGEVLFRESVPMHTCARYLFTA
:::::::. :.:..::..:::.:.:: ::::::::::.:::. :::::::: :.:::.:
CCDS41 RNEEQLLSQLQELQLDDELVQTLQKQCILLLEGGPFSGLGEVIHRESVPMHTFAKYLFSA
690 700 710 720 730 740
560 570 580 590 600 610
pF1KSD LLPHDPDLAYRLALRAMRLPILETAFPAGEP-HPSPLDSIMSNRFPRWFILGHLETRQCE
::::::::.:.:::::::::.::.. ::. :: . :.. .:.:::: :::::..:::
CCDS41 LLPHDPDLSYKLALRAMRLPVLENSASAGDTSHPHHMVSVVPSRYPRWFTLGHLESQQCE
750 760 770 780 790 800
620 630 640 650 660 670
pF1KSD LASTMLTAAKGDPKWLHMVLGSIQQNIHSPALLFKLAQDACKTATPVSAPPDTTLLGIAL
:::::::::::: :. .: .::..::: .:.::::::: : :::... :.:::..::
CCDS41 LASTMLTAAKGDTLRLRTILEAIQKHIHSSSLIFKLAQDAFKIATPTDSSTDSTLLNVAL
810 820 830 840 850 860
680 690 700 710 720 730
pF1KSD ELGLQVMRMTLNVMTWRRREMVRWLVSCATEIGPQALMNIMQNWYSLFTPVEAATIVAVT
:::::::::::....:::::::::::.::::.: .::..:.:.::.::::.::..:::.:
CCDS41 ELGLQVMRMTLSTLNWRRREMVRWLVTCATEVGVRALVSILQSWYTLFTPTEATSIVAAT
870 880 890 900 910 920
740 750 760 770 780 790
pF1KSD GTTHATLLRLQLDTSRREELWACARTLALQCAMKDPQNCALPALTLCEKNHSAFEAAYQI
...:.:.:::.:: .:::: .:::::::::::::::.::: :::::::.: ::::::::
CCDS41 AVSHTTILRLSLDYPQREELASCARTLALQCAMKDPQSCALSALTLCEKDHIAFEAAYQI
930 940 950 960 970 980
800 810 820 830 840 850
pF1KSD VLDAAAGGLGHAHLFTVARYMEHRGLPLRAYKLATLALAQLSIAFNQDSHPAVNDVLWAC
..::::::. :..:::.::::: :: ::::.:::.::...:..:.:::.:::.:::::::
CCDS41 AIDAAAGGMTHSQLFTIARYMELRGYPLRAFKLASLAMSHLNLAYNQDTHPAINDVLWAC
990 1000 1010 1020 1030 1040
860 870 880 890 900 910
pF1KSD SLSHSLGRHELSAIVPLIIRSIHCAPMLSDILRRWTLSAPGLGPLGARRAA-KPLGADRA
.::::::..::.:..::...:.::: .::::::: :..::::. . .::.. : ...:.:
CCDS41 ALSHSLGKNELAALIPLVVKSVHCATVLSDILRRCTVTAPGLAGIPGRRSSGKLMSTDKA
1050 1060 1070 1080 1090 1100
920 930 940 950 960 970
pF1KSD PLCQLLDAAVTAYITTSHSRLTHISPRHYGDFIEFLGKARETFLLAPDGHLQFSQFLENL
:: :::::...:::.:.:::::::::::::.:::::.:::::::: ::::::.::..::
CCDS41 PLRQLLDATINAYINTTHSRLTHISPRHYGEFIEFLSKARETFLLPQDGHLQFAQFIDNL
1110 1120 1130 1140 1150 1160
980
pF1KSD KQTYKGKKKLMLLVRERFG
:: ::::::::::::::::
CCDS41 KQIYKGKKKLMLLVRERFG
1170 1180
>--
initn: 348 init1: 313 opt: 333 Z-score: 382.4 bits: 82.5 E(32554): 5.6e-15
Smith-Waterman score: 333; 55.6% identity (77.8% similar) in 90 aa overlap (4-87:28-117)
10 20 30
pF1KSD MEPPAAKRSRGCPAGPEERDAGAGA------ARGRG
: :.. :: :.. .:.:. :: .
CCDS41 MADGGEREELLSPSPVSPAKRQCSWPSPQAHHPRGSPGAAGGGAGGVGSSCLVLGARPHL
10 20 30 40 50 60
40 50 60 70 80 90
pF1KSD RPEALLDLSAKRVAESWAFEQVEERFSRVPEPVQKRIVFWSFPRSEREICMYSSLGYPPP
.:..::: .:: :::.::.:.::::: :.:::::.:::.:::::.:::::::::. :
CCDS41 QPDSLLDCAAKTVAEKWAYERVEERFERIPEPVQRRIVYWSFPRNEREICMYSSFQYRGG
70 80 90 100 110 120
100 110 120 130 140 150
pF1KSD EGEHDARVPFTRGLHLLQSGAVDRVLQVGFHLSGNIREPGSPGEPERLYHVSISFDRCKI
CCDS41 PGAGAAGGAAGASPAEEGPQPPPGAAAPAGSAPGGVAAGASPGLGAGAGAAGCGGEGLPF
130 140 150 160 170 180
>>CCDS47215.1 ZSWIM6 gene_id:57688|Hs108|chr5 (1215 aa)
initn: 3350 init1: 1464 opt: 1464 Z-score: 1717.6 bits: 329.6 E(32554): 2.4e-89
Smith-Waterman score: 3560; 54.3% identity (73.0% similar) in 1050 aa overlap (34-900:76-1125)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD PAAKRSRGCPAGPEERDAGAGAARGRGRPEALLDLSAKRVAESWAFEQVEERFSRVPEPV
.:::..:.::::.: :..::::: :.::::
CCDS47 PRAGGAAAAAACGGGAALGLLPPGKTQSPESLLDIAARRVAEKWPFQRVEERFERIPEPV
50 60 70 80 90 100
70 80
pF1KSD QKRIVFWSFPRSEREICMYSSL-------GYP---------------------P------
:.:::.:::::::::::::::. : : :
CCDS47 QRRIVYWSFPRSEREICMYSSFNTGGGAAGGPGDDSGGGGGAGGGGGGGSSSSPAATSAA
110 120 130 140 150 160
90 100 110
pF1KSD -----------------------P--------EGEHDARVPFTRGLHLLQSGAVDRVLQV
: .: ..:.:: ::. ::.:: :: ::::
CCDS47 ATSAAAAAAAAAAAAAAAAGAGAPSVGAAGAADGGDETRLPFRRGIALLESGCVDNVLQV
170 180 190 200 210 220
120 130 140 150 160 170
pF1KSD GFHLSGNIREPGSPGEPERLYHVSISFDRCKITSVSCGCDNRDLFYCAHVVALSLYRIRH
::::::.. ::. .::: . .:.:::::::::::.:.: :.:.:::::::::::::::.
CCDS47 GFHLSGTVTEPAIQSEPETVCNVAISFDRCKITSVTCSCGNKDIFYCAHVVALSLYRIRK
230 240 250 260 270 280
180 190 200 210 220 230
pF1KSD AHQVELRLPISETLSQMNRDQLQKFVQYLISAHHTEVLPTAQRLADEILLLGSEINLVNG
::.:.::::::: :::::::::::::::..::::::::::.:::::: .:::: :.:
CCDS47 PDQVKLHLPISETLFQMNRDQLQKFVQYLITVHHTEVLPTAQKLADEILSQNSEINQVHG
290 300 310 320 330 340
240 250 260 270 280 290
pF1KSD APDPTAGAGIEDANCWHLDEEQIQEQVKQLLSNGGYYGASQQLRSMFSKVREMLRMRDSN
::::::::.:.: :::::::::.::::: .::.:::.:...:: .:.::::::.:::::
CCDS47 APDPTAGASIDDENCWHLDEEQVQEQVKLFLSQGGYHGSGKQLNLLFAKVREMLKMRDSN
350 360 370 380 390 400
300 310 320 330 340 350
pF1KSD GARMLILMTEQFLQDTRLALWRQQGAGMTDKCRQLWDELGALWVCVVLSPHCKPEERAGW
::::: :.::::. : ::.::::::..:::: :::::::::::.:.::.:::: :..:.:
CCDS47 GARMLTLITEQFMADPRLSLWRQQGTAMTDKYRQLWDELGALWMCIVLNPHCKLEQKASW
410 420 430 440 450 460
360 370 380 390
pF1KSD LQLLSRWDKLDVCPLEEGNYSFDGPSLQ---PTMAPA-------P---------------
:. :..:...:::: :.::.. . :.: : : : :
CCDS47 LKQLKKWNSVDVCPWEDGNHGSELPNLTNALPQGANANQDSSNRPHRTVFTRAIEACDLH
470 480 490 500 510 520
pF1KSD ------------------------------------------------------------
CCDS47 WQDSHLQHIISSDLYTNYCYHDDTENSLFDSRGWPLWHEHVPTACARVDALRSHGYPREA
530 540 550 560 570 580
400 410 420
pF1KSD ---------------------------ELLQKGSTCITNTEGWVGHPLDPIGCLCRALLE
:: .:. : ::: ::::::::::.: : .:.:
CCDS47 LRLAIAIVNTLRRQQQKQLEMFRTQKKELPHKNITSITNLEGWVGHPLDPVGTLFSSLME
590 600 610 620 630 640
430 440 450 460 470 480
pF1KSD ACRLEEETLTLYPD---SGPEKRKVAYQHVPVPG--SPGESYLVLALEVALLGLGQQRAL
:::...:.:. . : . . ... :::.:. :::::.::.::::.:::::: .
CCDS47 ACRIDDENLSGFSDFTENMGQCKSLEYQHLPAHKFLEEGESYLTLAVEVALIGLGQQRIM
650 660 670 680 690 700
490 500 510 520 530 540
pF1KSD PEGLYAQDKVVRNEEQLLALLEEVELDERLVQVLRKQAGLLLEGGPFSGFGEVLFRESVP
:.:::.:.:: ::::::.. :.:.:::. ::...:::: .:::.::.::.::.. :::::
CCDS47 PDGLYTQEKVCRNEEQLISKLQEIELDDTLVKIFRKQAVFLLEAGPYSGLGEIIHRESVP
710 720 730 740 750 760
550 560 570 580 590 600
pF1KSD MHTCARYLFTALLPHDPDLAYRLALRAMRLPILETAFPAGE-PHPSPLDSIMSNRFPRWF
::: :.::::.::::: .:::..::::::: .::.. :.:. .: . :.. ::.::::
CCDS47 MHTFAKYLFTSLLPHDAELAYKIALRAMRLLVLESTAPSGDLTRPHHIASVVPNRYPRWF
770 780 790 800 810 820
610 620 630 640 650 660
pF1KSD ILGHLETRQCELASTMLTAAKGDPKWLHMVLGSIQQNIHSPALLFKLAQDACKTATPVSA
:.:.:..::::::::::::::: . :. :: :::.:::: . .::::::: : :: ...
CCDS47 TLSHIESQQCELASTMLTAAKGDVRRLETVLESIQKNIHSSSHIFKLAQDAFKIATLMDS
830 840 850 860 870 880
670 680 690 700 710 720
pF1KSD PPDTTLLGIALELGLQVMRMTLNVMTWRRREMVRWLVSCATEIGPQALMNIMQNWYSLFT
:: ::: ..::::::::::::....:::::::::::.::::.: :: .:::.:..:::
CCDS47 LPDITLLKVSLELGLQVMRMTLSTLNWRRREMVRWLVTCATEVGVYALDSIMQTWFTLFT
890 900 910 920 930 940
730 740 750 760 770 780
pF1KSD PVEAATIVAVTGTTHATLLRLQLDTSRREELWACARTLALQCAMKDPQNCALPALTLCEK
:.::..:::.: ...:..::.:: ..:.: . :::::::::::::::::: :::::::
CCDS47 PTEATSIVATTVMSNSTIVRLHLDCHQQEKLASSARTLALQCAMKDPQNCALSALTLCEK
950 960 970 980 990 1000
790 800 810 820 830 840
pF1KSD NHSAFEAAYQIVLDAAAGGLGHAHLFTVARYMEHRGLPLRAYKLATLALAQLSIAFNQDS
.: :::.:::::::::. :.....:::.:::::::: :.:::::::::...:....:::.
CCDS47 DHIAFETAYQIVLDAATTGMSYTQLFTIARYMEHRGYPMRAYKLATLAMTHLNLSYNQDT
1010 1020 1030 1040 1050 1060
850 860 870 880 890 900
pF1KSD HPAVNDVLWACSLSHSLGRHELSAIVPLIIRSIHCAPMLSDILRRWTLSAPGLGPLGARR
:::.:::::::.::::::..::.::.::...:..:: .::::::: ::..::. : .::
CCDS47 HPAINDVLWACALSHSLGKNELAAIIPLVVKSVKCATVLSDILRRCTLTTPGMVGLHGRR
1070 1080 1090 1100 1110 1120
910 920 930 940 950 960
pF1KSD AAKPLGADRAPLCQLLDAAVTAYITTSHSRLTHISPRHYGDFIEFLGKARETFLLAPDGH
CCDS47 NSGKLMSLDKAPLRQLLDATIGAYINTTHSRLTHISPRHYSEFIEFLSKARETFLMAHDG
1130 1140 1150 1160 1170 1180
>--
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880 890 900 910 920 930
pF1KSD RSIHCAPMLSDILRRWTLSAPGLGPLGARRAAKPLGADRAPLCQLLDAAVTAYITTSHSR
..: .. :.::: :::::.. :::.:.:::
CCDS47 SVKCATVLSDILRRCTLTTPGMVGLHGRRNSGKLMSLDKAPLRQLLDATIGAYINTTHSR
1100 1110 1120 1130 1140 1150
940 950 960 970 980
pF1KSD LTHISPRHYGDFIEFLGKARETFLLAPDGHLQFSQFLENLKQTYKGKKKLMLLVRERFG
:::::::::..:::::.:::::::.: :::.::.::..:::: ::::::::.:::::::
CCDS47 LTHISPRHYSEFIEFLSKARETFLMAHDGHIQFTQFIDNLKQIYKGKKKLMMLVRERFG
1160 1170 1180 1190 1200 1210
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10 20 30
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:.: : : .: .:.:.. : :
CCDS60 FEDSDRFEEDSLCSFISEAESLCQNWRGWRKQSAG-PNSPTGGGGGGGSGGTRMRDGLVI
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40 50 60 70 80 90
pF1KSD ALLDLSAKRVAESWAFEQVEERFSRVPEPVQKRIVFWSFPRSEREICMYSSLGYPPPEGE
:..::::.:: :: ::. . ::: .: ::.:::::..:..: .:: :. .:
CCDS60 PLVELSAKQVAFHIPFEVVEKVYPPVPEQLQLRIAFWSFPENEEDIRLYSCLA----NGS
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100 110 120 130 140 150
pF1KSD HDARVPFTRGLHLLQSGAVDRVLQVGFHLSGNIREPGSPGEPERLYHVSISFDRCKITSV
: : :: .:.. :: ::.:::::... : . :. :.:.. ::::..::
CCDS60 ADE---FQRGDQLFRMRAVKDPLQIGFHLSATVVPP-QMVPPKGAYNVAVMFDRCRVTSC
140 150 160 170 180
160 170 180 190 200 210
pF1KSD SCGCDNRDLFYCAHVVALSLYRIRHAHQVELRLPISETLSQMNRDQLQKFVQYLISAHHT
:: : . .:.::::: :.::..: : :: :.::.::...:::::::.:::::
CCDS60 SCTC-GAGAKWCTHVVALCLFRIHNASAVCLRAPVSESLSRLQRDQLQKFAQYLISELPQ
190 200 210 220 230 240
220 230 240 250 260 270
pF1KSD EVLPTAQRLADEILLLGSE-INLVNGAPDPTAGAGIEDANCWHLDEEQIQEQVKQLLS--
..::::::: ::.: : :: : :::::::: . : . :.::: . ...:. :
CCDS60 QILPTAQRLLDELLSSQSTAINTVCGAPDPTAGPSASDQSTWYLDESTLTDNIKKTLHKF
250 260 270 280 290 300
280 290
pF1KSD -----------NGGYYGASQQ---------LR-----------SMFSKVREMLRMRDSNG
:. : .... :: ...: ::::.. ::::.
CCDS60 CGPSPVVFSDVNSMYLSSTEPPAAAEWACLLRPLRGREPEGVWNLLSIVREMFKRRDSNA
310 320 330 340 350 360
300 310 320 330
pF1KSD ARMLILMTEQFLQDTRLALW---------RQQGAGMTDK-----------CRQLWDELGA
: .: ..:.: : ... : .....: : . : .. ::. .
CCDS60 APLLEILTDQCLTYEQITGWWYSVRTSASHSSASGHTGRSNGQSEVAAHACASMCDEMVT
370 380 390 400 410 420
340 350 360 370 380 390
pF1KSD LWVCVVLSPHCKPEERAGWLQLLSRWDKLDVCPLEEGNYSFDGPSLQPTMAPAPELLQKG
:: .::.: .:..: : .:. . ...:... : : . :: :
CCDS60 LWRLAVLDPALSPQRRRELCTQLRQWQLKVIENVKRGQHKKTLERLFPGFRPAVE-----
430 440 450 460 470 480
400 410 420 430
pF1KSD STCITNTEGWVGHPLDPIG----------CLCRAL-----------LEACRLEEETLTLY
.: : : ..:: . : ::: :: : . . :
CCDS60 -ACYFNWEE--AYPLPGVTYSGTDRKLALCWARALPSRPGASRSGGLEESRDRPRPLPTE
490 500 510 520 530
440 450 460 470 480
pF1KSD PDSGPE----KRKVAYQHVPVPGSPGESYLVL-----ALEVALLGLGQQRALP-EGLYAQ
: :. ::: . :: .. : : ::. : :. .:: : ..
CCDS60 PAVRPKEPGTKRKGLGEGVP-SSQRGPRRLSAEGGDKALHKMGPGGGKAKALGGAGSGSK
540 550 560 570 580 590
490 500 510 520 530 540
pF1KSD DKVVRNEEQLLALLEEVELDERLVQVLRKQAGLLL--EGGPFSGFGEVLFRESVPMHTCA
.. . .. :. :. :. :... ...: : :.. :.:: : :.: .
CCDS60 GSAGGGSKRRLSS-EDSSLEPDLAEMSLDDSSLALGAEASTFGGFPES--PPPCPLHGGS
600 610 620 630 640 650
550 560 570 580 590 600
pF1KSD RYLFTALLPHDPDLAYRLALRAMRLPILETAFPAGEPHPSPLDSIMSNRFPRWFILGHLE
: ...::. ::
CCDS60 RGP-STFLPEPPDTYEEDGGVYFSEGPEPPTASVGPPGLLPGDVCTQDDLPSTDESGNGL
660 670 680 690 700 710
>>CCDS44440.1 ZSWIM8 gene_id:23053|Hs108|chr10 (1842 aa)
initn: 801 init1: 247 opt: 550 Z-score: 635.8 bits: 130.0 E(32554): 4.3e-29
Smith-Waterman score: 783; 32.5% identity (54.0% similar) in 643 aa overlap (7-559:46-665)
10 20 30
pF1KSD MEPPAAKRSRGCPAGPEERDAGAGAARGRGRPE---
:.: : : .: .:.:.. : :
CCDS44 FEDSDRFEEDSLCSFISEAESLCQNWRGWRKQSAG-PNSPTGGGGGGGSGGTRMRDGLVI
20 30 40 50 60 70
40 50 60 70 80 90
pF1KSD ALLDLSAKRVAESWAFEQVEERFSRVPEPVQKRIVFWSFPRSEREICMYSSLGYPPPEGE
:..::::.:: :: ::. . ::: .: ::.:::::..:..: .:: :. .:
CCDS44 PLVELSAKQVAFHIPFEVVEKVYPPVPEQLQLRIAFWSFPENEEDIRLYSCLA----NGS
80 90 100 110 120 130
100 110 120 130 140 150
pF1KSD HDARVPFTRGLHLLQSGAVDRVLQVGFHLSGNIREPGSPGEPERLYHVSISFDRCKITSV
: : :: .:.. :: ::.:::::... : . :. :.:.. ::::..::
CCDS44 ADE---FQRGDQLFRMRAVKDPLQIGFHLSATVVPP-QMVPPKGAYNVAVMFDRCRVTSC
140 150 160 170 180
160 170 180 190 200 210
pF1KSD SCGCDNRDLFYCAHVVALSLYRIRHAHQVELRLPISETLSQMNRDQLQKFVQYLISAHHT
:: : . .:.::::: :.::..: : :: :.::.::...:::::::.:::::
CCDS44 SCTC-GAGAKWCTHVVALCLFRIHNASAVCLRAPVSESLSRLQRDQLQKFAQYLISELPQ
190 200 210 220 230 240
220 230 240 250 260 270
pF1KSD EVLPTAQRLADEILLLGSE-INLVNGAPDPTAGAGIEDANCWHLDEEQIQEQVKQLLS--
..::::::: ::.: : :: : :::::::: . : . :.::: . ...:. :
CCDS44 QILPTAQRLLDELLSSQSTAINTVCGAPDPTAGPSASDQSTWYLDESTLTDNIKKTLHKF
250 260 270 280 290 300
280 290
pF1KSD -----------NGGYYGASQQ---------LR-----------SMFSKVREMLRMRDSNG
:. : .... :: ...: ::::.. ::::.
CCDS44 CGPSPVVFSDVNSMYLSSTEPPAAAEWACLLRPLRGREPEGVWNLLSIVREMFKRRDSNA
310 320 330 340 350 360
300 310 320 330
pF1KSD ARMLILMTEQFLQDTRLALW---------RQQGAGMTDK-----------CRQLWDELGA
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CCDS44 APLLEILTDQCLTYEQITGWWYSVRTSASHSSASGHTGRSNGQSEVAAHACASMCDEMVT
370 380 390 400 410 420
340 350 360 370 380 390
pF1KSD LWVCVVLSPHCKPEERAGWLQLLSRWDKLDVCPLEEGNYSFDGPSLQPTMAPAPELLQKG
:: .::.: .:..: : .:. . ...:... : : . :: :
CCDS44 LWRLAVLDPALSPQRRRELCTQLRQWQLKVIENVKRGQHKKTLERLFPGFRPAVE-----
430 440 450 460 470 480
400 410 420 430
pF1KSD STCITNTEGWVGHPLDPIG----------CLCRAL-----------LEACRLEEETLTLY
.: : : ..:: . : ::: :: : . . :
CCDS44 -ACYFNWEE--AYPLPGVTYSGTDRKLALCWARALPSRPGASRSGGLEESRDRPRPLPTE
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440 450 460 470 480
pF1KSD PDSGPE----KRKVAYQHVPVPGSPGESYLVL-----ALEVALLGLGQQRALP-EGLYAQ
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CCDS44 PAVRPKEPGTKRKGLGEGVP-SSQRGPRRLSAEGGDKALHKMGPGGGKAKALGGAGSGSK
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pF1KSD DKVVRNEEQLLALLEEVELDERLVQVLRKQAGLLL--EGGPFSGFGEVLFRESVPMHTCA
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CCDS44 GSAGGGSKRRLSS-EDSSLEPDLAEMSLDDSSLALGAEASTFGGFPES--PPPCPLHGGS
600 610 620 630 640 650
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pF1KSD RYLFTALLPHDPDLAYRLALRAMRLPILETAFPAGEPHPSPLDSIMSNRFPRWFILGHLE
: ...::. ::
CCDS44 RGP-STFLPEPPDTYEEDGGVYFSEGPEPPTASVGPPGLLPGDVCTQDDLPSTDESGNGL
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18511270 residues in 32554 library sequences
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]