Result of FASTA (omim) for
pF1KSDB0185
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KSDB0185, 1646 aa
1>>>pF1KSDB0185 1646 - 1646 aa - 1646 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.1232+/-0.000471; mu= 18.9852+/- 0.029
mean_var=75.6936+/-16.182, 0's: 0 Z-trim(109.4): 266 B-trim: 492 in 2/55
Lambda= 0.147416
statistics sampled from 17333 (17637) to 17333 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.536), E-opt: 0.2 (0.207), width: 16
Scan time: 17.550
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_001080 (OMIM: 601615,610921) ATP-binding casset (1704) 8468 1811.7 0
XP_011513433 (OMIM: 607807) PREDICTED: ATP-binding (5028) 1779 389.3 4.5e-106
XP_011513434 (OMIM: 607807) PREDICTED: ATP-binding (5028) 1762 385.7 5.6e-105
XP_011516646 (OMIM: 143890,205400,600046,604091) P (1565) 1238 274.1 6.8e-72
XP_011516644 (OMIM: 143890,205400,600046,604091) P (2142) 1167 259.0 3.2e-67
XP_005251833 (OMIM: 143890,205400,600046,604091) P (2203) 1167 259.0 3.3e-67
XP_016869871 (OMIM: 143890,205400,600046,604091) P (2242) 1167 259.0 3.3e-67
NP_005493 (OMIM: 143890,205400,600046,604091) ATP- (2261) 1167 259.0 3.4e-67
XP_005251830 (OMIM: 143890,205400,600046,604091) P (2263) 1167 259.0 3.4e-67
XP_011516643 (OMIM: 143890,205400,600046,604091) P (2286) 1167 259.0 3.4e-67
XP_016869870 (OMIM: 143890,205400,600046,604091) P (2288) 1167 259.0 3.4e-67
XP_016869869 (OMIM: 143890,205400,600046,604091) P (2288) 1167 259.0 3.4e-67
XP_016869867 (OMIM: 143890,205400,600046,604091) P (2288) 1167 259.0 3.4e-67
XP_016869868 (OMIM: 143890,205400,600046,604091) P (2288) 1167 259.0 3.4e-67
XP_011516641 (OMIM: 143890,205400,600046,604091) P (2288) 1167 259.0 3.4e-67
XP_011516642 (OMIM: 143890,205400,600046,604091) P (2288) 1167 259.0 3.4e-67
XP_011525937 (OMIM: 605414,608907) PREDICTED: ATP- (1487) 1144 254.1 6.8e-66
XP_016881632 (OMIM: 605414,608907) PREDICTED: ATP- (1487) 1144 254.1 6.8e-66
XP_011525936 (OMIM: 605414,608907) PREDICTED: ATP- (1487) 1144 254.1 6.8e-66
XP_011525935 (OMIM: 605414,608907) PREDICTED: ATP- (1631) 1144 254.1 7.4e-66
XP_006722680 (OMIM: 605414,608907) PREDICTED: ATP- (1636) 1144 254.1 7.4e-66
XP_006717059 (OMIM: 600047) PREDICTED: ATP-binding (2435) 1139 253.1 2.2e-65
NP_001597 (OMIM: 600047) ATP-binding cassette sub- (2436) 1139 253.1 2.2e-65
NP_997698 (OMIM: 600047) ATP-binding cassette sub- (2466) 1139 253.1 2.2e-65
NP_000341 (OMIM: 153800,248200,601691,601718,60411 (2273) 1130 251.2 7.9e-65
XP_011525938 (OMIM: 605414,608907) PREDICTED: ATP- (1365) 1093 243.2 1.2e-62
XP_006722681 (OMIM: 605414,608907) PREDICTED: ATP- (1365) 1093 243.2 1.2e-62
XP_011525934 (OMIM: 605414,608907) PREDICTED: ATP- (1994) 1093 243.3 1.6e-62
XP_011525933 (OMIM: 605414,608907) PREDICTED: ATP- (1997) 1093 243.3 1.6e-62
XP_016881631 (OMIM: 605414,608907) PREDICTED: ATP- (2061) 1093 243.3 1.7e-62
XP_011525932 (OMIM: 605414,608907) PREDICTED: ATP- (2103) 1093 243.3 1.7e-62
XP_006722679 (OMIM: 605414,608907) PREDICTED: ATP- (2128) 1093 243.3 1.7e-62
XP_011525931 (OMIM: 605414,608907) PREDICTED: ATP- (2137) 1093 243.3 1.7e-62
XP_011525930 (OMIM: 605414,608907) PREDICTED: ATP- (2146) 1093 243.3 1.7e-62
NP_061985 (OMIM: 605414,608907) ATP-binding casset (2146) 1093 243.3 1.7e-62
XP_011513444 (OMIM: 607807) PREDICTED: ATP-binding (4298) 1080 240.6 2.2e-61
XP_011513443 (OMIM: 607807) PREDICTED: ATP-binding (4329) 1080 240.6 2.2e-61
XP_016867257 (OMIM: 607807) PREDICTED: ATP-binding (4396) 1080 240.6 2.3e-61
XP_016867256 (OMIM: 607807) PREDICTED: ATP-binding (4433) 1080 240.6 2.3e-61
XP_011513441 (OMIM: 607807) PREDICTED: ATP-binding (4456) 1080 240.6 2.3e-61
XP_011513440 (OMIM: 607807) PREDICTED: ATP-binding (4468) 1080 240.6 2.3e-61
XP_011513439 (OMIM: 607807) PREDICTED: ATP-binding (4602) 1080 240.6 2.4e-61
NP_061142 (OMIM: 612503) ATP-binding cassette sub- (1642) 1063 236.9 1.1e-60
NP_758424 (OMIM: 612503) ATP-binding cassette sub- (1642) 1063 236.9 1.1e-60
XP_011522494 (OMIM: 612505) PREDICTED: ATP-binding (1063) 1033 230.4 6.4e-59
XP_011522493 (OMIM: 612505) PREDICTED: ATP-binding (1164) 1033 230.4 7e-59
XP_005256997 (OMIM: 612505) PREDICTED: ATP-binding (1560) 1033 230.5 9.1e-59
NP_001275915 (OMIM: 612505) ATP-binding cassette s (1616) 1033 230.5 9.4e-59
NP_001275914 (OMIM: 612505) ATP-binding cassette s (1621) 1033 230.5 9.4e-59
XP_005256995 (OMIM: 612505) PREDICTED: ATP-binding (1621) 1033 230.5 9.4e-59
>>NP_001080 (OMIM: 601615,610921) ATP-binding cassette s (1704 aa)
initn: 8449 init1: 8449 opt: 8468 Z-score: 9721.2 bits: 1811.7 E(85289): 0
Smith-Waterman score: 10612; 96.5% identity (96.5% similar) in 1678 aa overlap (27-1646:27-1704)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MAVLRQLALLLWKNYTLQKRKVLVTVLELFLPLLFSGILIWLRLKIQSENVPNATIYPGQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 MAVLRQLALLLWKNYTLQKRKVLVTVLELFLPLLFSGILIWLRLKIQSENVPNATIYPGQ
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KSD SIQELPLFFTFPPPGDTWELAYIPSHSDAAKTVTETVRRALVINMRVRGFPSEKDFEDYI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 SIQELPLFFTFPPPGDTWELAYIPSHSDAAKTVTETVRRALVINMRVRGFPSEKDFEDYI
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KSD RYDNCSSSVLAAVVFEHPFNHSKEPLPLAVKYHLRFSYTRRNYMWTQTGSFFLKETEGWH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 RYDNCSSSVLAAVVFEHPFNHSKEPLPLAVKYHLRFSYTRRNYMWTQTGSFFLKETEGWH
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KSD TTSLFPLFPNPGPREPTSPDGGEPGYIREGFLAVQHAVDRAIMEYHADAATRQLFQRLTV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 TTSLFPLFPNPGPREPTSPDGGEPGYIREGFLAVQHAVDRAIMEYHADAATRQLFQRLTV
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KSD TIKRFPYPPFIADPFLVAIQYQLPLLLLLSFTYTALTIARAVVQEKERRLKEYMRMMGLS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 TIKRFPYPPFIADPFLVAIQYQLPLLLLLSFTYTALTIARAVVQEKERRLKEYMRMMGLS
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KSD SWLHWSAWFLLFFLFLLIAASFMTLLFCVKVKPNVAVLSRSDPSLVLAFLLCFAISTISF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 SWLHWSAWFLLFFLFLLIAASFMTLLFCVKVKPNVAVLSRSDPSLVLAFLLCFAISTISF
310 320 330 340 350 360
370
pF1KSD SFMVSTFFSK--------------------------------------------------
::::::::::
NP_001 SFMVSTFFSKANMAAAFGGFLYFFTYIPYFFVAPRYNWMTLSQKLCSCLLSNVAMAMGAQ
370 380 390 400 410 420
380 390 400 410 420
pF1KSD --------GMGIQWRDLLSPVNVDDDFCFGQVLGMLLLDSVLYGLVTWYMEAVFPGQFGV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 LIGKFEAKGMGIQWRDLLSPVNVDDDFCFGQVLGMLLLDSVLYGLVTWYMEAVFPGQFGV
430 440 450 460 470 480
430 440 450 460 470 480
pF1KSD PQPWYFFIMPSYWCGKPRAVAGKEEEDSDPEKALRNEYFEAEPEDLVAGIKIKHLSKVFR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 PQPWYFFIMPSYWCGKPRAVAGKEEEDSDPEKALRNEYFEAEPEDLVAGIKIKHLSKVFR
490 500 510 520 530 540
490 500 510 520 530 540
pF1KSD VGNKDRAAVRDLNLNLYEGQITVLLGHNGAGKTTTLSMLTGLFPPTSGRAYISGYEISQD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 VGNKDRAAVRDLNLNLYEGQITVLLGHNGAGKTTTLSMLTGLFPPTSGRAYISGYEISQD
550 560 570 580 590 600
550 560 570 580 590 600
pF1KSD MVQIRKSLGLCPQHDILFDNLTVAEHLYFYAQLKGLSRQKCPEEVKQMLHIIGLEDKWNS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 MVQIRKSLGLCPQHDILFDNLTVAEHLYFYAQLKGLSRQKCPEEVKQMLHIIGLEDKWNS
610 620 630 640 650 660
610 620 630 640 650 660
pF1KSD RSRFLSGGMRRKLSIGIALIAGSKVLILDEPTSGMDAISRRAIWDLLQRQKSDRTIVLTT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 RSRFLSGGMRRKLSIGIALIAGSKVLILDEPTSGMDAISRRAIWDLLQRQKSDRTIVLTT
670 680 690 700 710 720
670 680 690 700 710 720
pF1KSD HFMDEADLLGDRIAIMAKGELQCCGSSLFLKQKYGAGYHMTLVKEPHCNPEDISQLVHHH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 HFMDEADLLGDRIAIMAKGELQCCGSSLFLKQKYGAGYHMTLVKEPHCNPEDISQLVHHH
730 740 750 760 770 780
730 740 750 760 770 780
pF1KSD VPNATLESSAGAELSFILPRESTHRFEGLFAKLEKKQKELGIASFGASITTMEEVFLRVG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 VPNATLESSAGAELSFILPRESTHRFEGLFAKLEKKQKELGIASFGASITTMEEVFLRVG
790 800 810 820 830 840
790 800 810 820 830 840
pF1KSD KLVDSSMDIQAIQLPALQYQHERRASDWAVDSNLCGAMDPSDGIGALIEEERTAVKLNTG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 KLVDSSMDIQAIQLPALQYQHERRASDWAVDSNLCGAMDPSDGIGALIEEERTAVKLNTG
850 860 870 880 890 900
850 860 870 880 890 900
pF1KSD LALHCQQFWAMFLKKAAYSWREWKMVAAQVLVPLTCVTLALLAINYSSELFDDPMLRLTL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 LALHCQQFWAMFLKKAAYSWREWKMVAAQVLVPLTCVTLALLAINYSSELFDDPMLRLTL
910 920 930 940 950 960
910 920 930 940 950 960
pF1KSD GEYGRTVVPFSVPGTSQLGQQLSEHLKDALQAEGQEPREVLGDLEEFLIFRASVEGGGFN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 GEYGRTVVPFSVPGTSQLGQQLSEHLKDALQAEGQEPREVLGDLEEFLIFRASVEGGGFN
970 980 990 1000 1010 1020
970 980 990 1000 1010 1020
pF1KSD ERCLVAASFRDVGERTVVNALFNNQAYHSPATALAVVDNLLFKLLCGPHASIVVSNFPQP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 ERCLVAASFRDVGERTVVNALFNNQAYHSPATALAVVDNLLFKLLCGPHASIVVSNFPQP
1030 1040 1050 1060 1070 1080
1030 1040 1050 1060 1070 1080
pF1KSD RSALQAAKDQFNEGRKGFDIALNLLFAMAFLASTFSILAVSERAVQAKHVQFVSGVHVAS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 RSALQAAKDQFNEGRKGFDIALNLLFAMAFLASTFSILAVSERAVQAKHVQFVSGVHVAS
1090 1100 1110 1120 1130 1140
1090 1100 1110 1120 1130 1140
pF1KSD FWLSALLWDLISFLIPSLLLLVVFKAFDVRAFTRDGHMADTLLLLLLYGWAIIPLMYLMN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 FWLSALLWDLISFLIPSLLLLVVFKAFDVRAFTRDGHMADTLLLLLLYGWAIIPLMYLMN
1150 1160 1170 1180 1190 1200
1150 1160 1170 1180 1190 1200
pF1KSD FFFLGAATAYTRLTIFNILSGIATFLMVTIMRIPAVKLEELSKTLDHVFLVLPNHCLGMA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 FFFLGAATAYTRLTIFNILSGIATFLMVTIMRIPAVKLEELSKTLDHVFLVLPNHCLGMA
1210 1220 1230 1240 1250 1260
1210 1220 1230 1240 1250 1260
pF1KSD VSSFYENYETRRYCTSSEVAAHYCKKYNIQYQENFYAWSAPGVGRFVASMAASGCAYLIL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 VSSFYENYETRRYCTSSEVAAHYCKKYNIQYQENFYAWSAPGVGRFVASMAASGCAYLIL
1270 1280 1290 1300 1310 1320
1270 1280 1290 1300 1310 1320
pF1KSD LFLIETNLLQRLRGILCALRRRRTLTELYTRMPVLPEDQDVADERTRILAPSPDSLLHTP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 LFLIETNLLQRLRGILCALRRRRTLTELYTRMPVLPEDQDVADERTRILAPSPDSLLHTP
1330 1340 1350 1360 1370 1380
1330 1340 1350 1360 1370 1380
pF1KSD LIIKELSKVYEQRVPLLAVDRLSLAVQKGECFGLLGFNGAGKTTTFKMLTGEESLTSGDA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 LIIKELSKVYEQRVPLLAVDRLSLAVQKGECFGLLGFNGAGKTTTFKMLTGEESLTSGDA
1390 1400 1410 1420 1430 1440
1390 1400 1410 1420 1430 1440
pF1KSD FVGGHRISSDVGKVRQRIGYCPQFDALLDHMTGREMLVMYARLRGIPERHIGACVENTLR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 FVGGHRISSDVGKVRQRIGYCPQFDALLDHMTGREMLVMYARLRGIPERHIGACVENTLR
1450 1460 1470 1480 1490 1500
1450 1460 1470 1480 1490 1500
pF1KSD GLLLEPHANKLVRTYSGGNKRKLSTGIALIGEPAVIFLDEPSTGMDPVARRLLWDTVARA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 GLLLEPHANKLVRTYSGGNKRKLSTGIALIGEPAVIFLDEPSTGMDPVARRLLWDTVARA
1510 1520 1530 1540 1550 1560
1510 1520 1530 1540 1550 1560
pF1KSD RESGKAIIITSHSMEECEALCTRLAIMVQGQFKCLGSPQHLKSKFGSGYSLRAKVQSEGQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 RESGKAIIITSHSMEECEALCTRLAIMVQGQFKCLGSPQHLKSKFGSGYSLRAKVQSEGQ
1570 1580 1590 1600 1610 1620
1570 1580 1590 1600 1610 1620
pF1KSD QEALEEFKAFVDLTFPGSVLEDEHQGMVHYHLPGRDLSWAKVFGILEKAKEKYGVDDYSV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 QEALEEFKAFVDLTFPGSVLEDEHQGMVHYHLPGRDLSWAKVFGILEKAKEKYGVDDYSV
1630 1640 1650 1660 1670 1680
1630 1640
pF1KSD SQISLEQVFLSFAHLQPPTAEEGR
::::::::::::::::::::::::
NP_001 SQISLEQVFLSFAHLQPPTAEEGR
1690 1700
>>XP_011513433 (OMIM: 607807) PREDICTED: ATP-binding cas (5028 aa)
initn: 1905 init1: 642 opt: 1779 Z-score: 2025.3 bits: 389.3 E(85289): 4.5e-106
Smith-Waterman score: 2406; 32.4% identity (60.0% similar) in 1632 aa overlap (127-1641:3456-5009)
100 110 120 130 140 150
pF1KSD VRRALVINMRVRGFPSEKDFEDYIRYDNCSSSVLAAVVFEHPFNHSKEPLPLAVKYHLRF
.: ::...: . . .:. .:: .
XP_011 NLSSCVALNRFQALQSVDILETKAHELLQQNSFLASIIFSNSL-FDKNFRSESVKLPPHV
3430 3440 3450 3460 3470 3480
160 170 180 190 200 210
pF1KSD SYT-RRNYMWTQTGSFFLKETEGWHTTSLFPLFPNPGPREPTSPDGGEPGYIREGFLAVQ
::: : : ... . . .. .:. . :. : :: . .:. : .:
XP_011 SYTIRTNVLYSVRTD--VVKNPSWK------FHPQNLP-----ADGFKYNYV---FAPLQ
3490 3500 3510 3520
220 230 240 250 260 270
pF1KSD HAVDRAIMEYHADAATRQLFQRLTVTIKRFPYPPFIADPFLVAIQYQLPLLLLLSFTYTA
..:::. . : : . .. . ::: .: :: . . .::...:.. ..
XP_011 DMIERAIILVQ----TGQEALEPAAQTQAAPYPCHTSDLFLNNVGFFFPLIMMLTWMVSV
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:.:.:: .:. :::. .: : . ..:.:.
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:. :::..:::.:::::::.:.:.:::: ::: :. . .: : : .: .
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. .: :: : :..:..: ::.: : : .:: : ::.:::::: .:::::::::::
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.:.:::::::::: ::: : .: ..: ::..::.::::..::: ::: ::..:::.:::
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::... :..:: .:: . : .:.. :::::.::::...:...::::.::::::.:
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::.::.::.:.. .:..: .. . ::: ...::: :.. : : :
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:: :.. :: . . .... ::.... : :::..:. ::: .. .. .:
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