Result of FASTA (omim) for
pF1KSDA2003
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KSDA2003, 437 aa
1>>>pF1KSDA2003 437 - 437 aa - 437 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.9613+/-0.000965; mu= 17.4551+/- 0.060
mean_var=402.3469+/-77.611, 0's: 0 Z-trim(109.9): 1993 B-trim: 90 in 1/53
Lambda= 0.063940
statistics sampled from 15882 (18153) to 15882 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.52), E-opt: 0.2 (0.213), width: 16
Scan time: 8.020
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_001078853 (OMIM: 604085) zinc finger protein 15 ( 437) 3073 299.1 1.5e-80
NP_005764 (OMIM: 606956) zinc finger protein 256 [ ( 627) 1818 183.7 1.2e-45
XP_016881627 (OMIM: 606956) PREDICTED: zinc finger ( 474) 1719 174.3 6e-43
NP_001252529 (OMIM: 601856) zinc finger protein 21 ( 503) 1711 173.6 1e-42
NP_001252528 (OMIM: 601856) zinc finger protein 21 ( 555) 1711 173.7 1.1e-42
NP_942152 (OMIM: 601856) zinc finger protein 211 i ( 564) 1711 173.7 1.1e-42
NP_006376 (OMIM: 601856) zinc finger protein 211 i ( 577) 1711 173.7 1.1e-42
NP_001252527 (OMIM: 601856) zinc finger protein 21 ( 616) 1711 173.8 1.1e-42
NP_001309235 (OMIM: 601856) zinc finger protein 21 ( 627) 1711 173.8 1.1e-42
NP_001252526 (OMIM: 601856) zinc finger protein 21 ( 629) 1711 173.8 1.1e-42
NP_001070663 (OMIM: 611703) zinc finger protein 43 ( 470) 1523 156.2 1.7e-37
NP_085137 (OMIM: 611703) zinc finger protein 436 [ ( 470) 1523 156.2 1.7e-37
XP_011540503 (OMIM: 611703) PREDICTED: zinc finger ( 452) 1466 150.9 6.2e-36
NP_003424 (OMIM: 604074) zinc finger protein 132 [ ( 706) 1464 151.1 8.4e-36
NP_001316385 (OMIM: 613840) zinc finger protein 30 ( 567) 1460 150.6 1e-35
NP_001277248 (OMIM: 613840) zinc finger protein 30 ( 617) 1460 150.6 1e-35
NP_065708 (OMIM: 613840) zinc finger protein 304 i ( 659) 1460 150.7 1.1e-35
XP_011525447 (OMIM: 613840) PREDICTED: zinc finger ( 664) 1460 150.7 1.1e-35
NP_001277247 (OMIM: 613840) zinc finger protein 30 ( 706) 1460 150.8 1.1e-35
NP_001276331 (OMIM: 604077) zinc finger protein 13 ( 616) 1441 148.9 3.5e-35
XP_016882731 (OMIM: 604077) PREDICTED: zinc finger ( 621) 1441 148.9 3.5e-35
XP_016882730 (OMIM: 604077) PREDICTED: zinc finger ( 628) 1441 148.9 3.5e-35
NP_001276330 (OMIM: 604077) zinc finger protein 13 ( 658) 1441 148.9 3.6e-35
XP_016882729 (OMIM: 604077) PREDICTED: zinc finger ( 658) 1441 148.9 3.6e-35
XP_006723426 (OMIM: 604077) PREDICTED: zinc finger ( 670) 1441 149.0 3.6e-35
XP_005259268 (OMIM: 604077) PREDICTED: zinc finger ( 670) 1441 149.0 3.6e-35
XP_006723425 (OMIM: 604077) PREDICTED: zinc finger ( 670) 1441 149.0 3.6e-35
NP_003427 (OMIM: 604077) zinc finger protein 135 i ( 670) 1441 149.0 3.6e-35
NP_009065 (OMIM: 604077) zinc finger protein 135 i ( 682) 1441 149.0 3.6e-35
NP_001304045 (OMIM: 606043) zinc finger protein 33 ( 463) 1428 147.4 7.2e-35
NP_061025 (OMIM: 606043) zinc finger protein 331 [ ( 463) 1428 147.4 7.2e-35
NP_001073375 (OMIM: 606043) zinc finger protein 33 ( 463) 1428 147.4 7.2e-35
NP_001240728 (OMIM: 606043) zinc finger protein 33 ( 463) 1428 147.4 7.2e-35
NP_001304042 (OMIM: 606043) zinc finger protein 33 ( 463) 1428 147.4 7.2e-35
NP_001304049 (OMIM: 606043) zinc finger protein 33 ( 463) 1428 147.4 7.2e-35
XP_016882427 (OMIM: 606043) PREDICTED: zinc finger ( 463) 1428 147.4 7.2e-35
NP_001304044 (OMIM: 606043) zinc finger protein 33 ( 463) 1428 147.4 7.2e-35
XP_016882428 (OMIM: 606043) PREDICTED: zinc finger ( 463) 1428 147.4 7.2e-35
NP_001304048 (OMIM: 606043) zinc finger protein 33 ( 463) 1428 147.4 7.2e-35
NP_001304047 (OMIM: 606043) zinc finger protein 33 ( 463) 1428 147.4 7.2e-35
NP_001304046 (OMIM: 606043) zinc finger protein 33 ( 463) 1428 147.4 7.2e-35
NP_001240727 (OMIM: 606043) zinc finger protein 33 ( 463) 1428 147.4 7.2e-35
NP_001304050 (OMIM: 606043) zinc finger protein 33 ( 463) 1428 147.4 7.2e-35
NP_001304043 (OMIM: 606043) zinc finger protein 33 ( 463) 1428 147.4 7.2e-35
XP_016882429 (OMIM: 606043) PREDICTED: zinc finger ( 463) 1428 147.4 7.2e-35
NP_001240730 (OMIM: 606043) zinc finger protein 33 ( 463) 1428 147.4 7.2e-35
NP_001240729 (OMIM: 606043) zinc finger protein 33 ( 463) 1428 147.4 7.2e-35
XP_016882426 (OMIM: 606043) PREDICTED: zinc finger ( 463) 1428 147.4 7.2e-35
XP_011525378 (OMIM: 606043) PREDICTED: zinc finger ( 463) 1428 147.4 7.2e-35
XP_011525380 (OMIM: 606043) PREDICTED: zinc finger ( 463) 1428 147.4 7.2e-35
>>NP_001078853 (OMIM: 604085) zinc finger protein 154 [H (437 aa)
initn: 3073 init1: 3073 opt: 3073 Z-score: 1567.3 bits: 299.1 E(85289): 1.5e-80
Smith-Waterman score: 3073; 99.8% identity (100.0% similar) in 437 aa overlap (1-437:1-437)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MAAATLRTPTQGTVTFEDVAVHFSWEEWGLLDEAQRCLYRDVMLENLALLTSLDVHRQKQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.:::
NP_001 MAAATLRTPTQGTVTFEDVAVHFSWEEWGLLDEAQRCLYRDVMLENLALLTSLDVHHQKQ
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KSD HLGEKHFRSNVGRALFVKTCTFHVSGEPSTCREVGKDFLAKLGFLHQQAAHTGEQSNSKS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 HLGEKHFRSNVGRALFVKTCTFHVSGEPSTCREVGKDFLAKLGFLHQQAAHTGEQSNSKS
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KSD DGGAISHRGKTHYNCGEHTKAFSGKHTLVQQQRTLTTERCYICSECGKSFSKSYSLNDHW
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 DGGAISHRGKTHYNCGEHTKAFSGKHTLVQQQRTLTTERCYICSECGKSFSKSYSLNDHW
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KSD RLHTGEKPYECRECGKSFRQSSSLIQHRRVHTAVRPHECDECGKLFSNKSNLIKHRRVHT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 RLHTGEKPYECRECGKSFRQSSSLIQHRRVHTAVRPHECDECGKLFSNKSNLIKHRRVHT
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KSD GERPYECSECGKSFSQRSALLQHRGVHTGERPYECSECGKFFTYHSSLIKHQKVHSGSRP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 GERPYECSECGKSFSQRSALLQHRGVHTGERPYECSECGKFFTYHSSLIKHQKVHSGSRP
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KSD YECSECGKSFSQNSSLIEHHRVHTGERPYKCSECGKSFSQRSALLQHRGVHTGERPYECS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 YECSECGKSFSQNSSLIEHHRVHTGERPYKCSECGKSFSQRSALLQHRGVHTGERPYECS
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KSD ECGKFFPYSSSLRKHQRVHTGSRPYECSECGKSFTQNSGLIKHRRVHTGEKPYECTECGK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 ECGKFFPYSSSLRKHQRVHTGSRPYECSECGKSFTQNSGLIKHRRVHTGEKPYECTECGK
370 380 390 400 410 420
430
pF1KSD SFSHNSSLIKHQRIHSR
:::::::::::::::::
NP_001 SFSHNSSLIKHQRIHSR
430
>>NP_005764 (OMIM: 606956) zinc finger protein 256 [Homo (627 aa)
initn: 5628 init1: 1552 opt: 1818 Z-score: 940.6 bits: 183.7 E(85289): 1.2e-45
Smith-Waterman score: 1818; 63.2% identity (82.2% similar) in 399 aa overlap (38-436:117-514)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD TPTQGTVTFEDVAVHFSWEEWGLLDEAQRCLYRDVMLENLALLTSLDVHRQKQHLGEKHF
:: : .. .:. ..::::.:.:::
NP_005 QKTNPCEICGPVLRQILHLVEHQGTHHGQKLYTDGACRKQLQFTAYLHQHQKQHVGQKHF
90 100 110 120 130 140
70 80 90 100 110 120
pF1KSD RSNVGRALFVKTCTFHVSGEPSTCREVGKDFLAKLGFLHQQAAHTGEQSNSKSDGGAISH
::: :: .:...:::.:::.: ::.:::::::.. ::.:::::: ..:: .. ... :
NP_005 RSNGGRDMFLSSCTFEVSGKPFTCKEVGKDFLVRSRFLQQQAAHTRKKSN-RTKSAVAFH
150 160 170 180 190 200
130 140 150 160 170 180
pF1KSD RGKTHYNCGEHTKAFSGKHTLVQQQRTLTTERCYICSECGKSFSKSYSLNDHWRLHTGEK
:.::: :: .:::: ::. ::.: : :: :.::::::::: : ::.:: :.::.::
NP_005 SVKNHYNWGECVKAFSYKHVRVQHQGDLIRERSYMCSECGKSFSTSCSLSDHLRVHTSEK
210 220 230 240 250 260
190 200 210 220 230 240
pF1KSD PYECRECGKSFRQSSSLIQHRRVHTAVRPHECDECGKLFSNKSNLIKHRRVHTGERPYEC
:: : :::::.::::::: :::.::.::::.::::::::. : .:. :.:::::::::.:
NP_005 PYTCGECGKSYRQSSSLITHRRIHTGVRPHQCDECGKLFNRKYDLLIHQRVHTGERPYKC
270 280 290 300 310 320
250 260 270 280 290 300
pF1KSD SECGKSFSQRSALLQHRGVHTGERPYECSECGKFFTYHSSLIKHQKVHSGSRPYECSECG
::::::::. :.:. :. .::: :::::::::: : . :::: ::.::.:.::: :::::
NP_005 SECGKSFSHSSSLITHQRIHTGMRPYECSECGKSFIHSSSLITHQRVHTGTRPYMCSECG
330 340 350 360 370 380
310 320 330 340 350 360
pF1KSD KSFSQNSSLIEHHRVHTGERPYKCSECGKSFSQRSALLQHRGVHTGERPYECSECGKFFP
:::::. ::.:.:.: :: ::.:::::: :. :: ..::. :::: : .:: ::::.:
NP_005 KSFSQSCHLIKHRRLHIGEGPYECSECGKLFTYRSRFFQHQRVHTGVRSHECHECGKLFS
390 400 410 420 430 440
370 380 390 400 410 420
pF1KSD YSSSLRKHQRVHTGSRPYECSECGKSFTQNSGLIKHRRVHTGEKPYECTECGKSFSHNSS
. .: :.::::: ::::::::::::: .: ::.: .:::: .:::: ::::::.:.:.
NP_005 RKFDLIVHERVHTGERPYECSECGKSFTCKSYLISHWKVHTGARPYECGECGKSFTHSST
450 460 470 480 490 500
430
pF1KSD LIKHQRIHSR
:..:::.:.
NP_005 LLQHQRVHTGERPYECNECGKFFSQSSSLIRHRRSHTGERPYECSECWKSFSNHSSLVKH
510 520 530 540 550 560
>--
initn: 1191 init1: 628 opt: 628 Z-score: 347.3 bits: 73.9 E(85289): 1.3e-12
Smith-Waterman score: 628; 73.5% identity (90.3% similar) in 113 aa overlap (185-297:515-627)
160 170 180 190 200 210
pF1KSD LTTERCYICSECGKSFSKSYSLNDHWRLHTGEKPYECRECGKSFRQSSSLIQHRRVHTAV
::.:::: :::: : ::::::.::: ::.
NP_005 HTGARPYECGECGKSFTHSSTLLQHQRVHTGERPYECNECGKFFSQSSSLIRHRRSHTGE
490 500 510 520 530 540
220 230 240 250 260 270
pF1KSD RPHECDECGKLFSNKSNLIKHRRVHTGERPYECSECGKSFSQRSALLQHRGVHTGERPYE
::.::.:: : :::.:.:.::::::::::::::::::::::: : : .:. .:.::::::
NP_005 RPYECSECWKSFSNHSSLVKHRRVHTGERPYECSECGKSFSQSSNLTNHQRIHSGERPYE
550 560 570 580 590 600
280 290 300 310 320 330
pF1KSD CSECGKFFTYHSSLIKHQKVHSGSRPYECSECGKSFSQNSSLIEHHRVHTGERPYKCSEC
::.::::::..:.:.:::.::.:
NP_005 CSDCGKFFTFNSNLLKHQNVHKG
610 620
>>XP_016881627 (OMIM: 606956) PREDICTED: zinc finger pro (474 aa)
initn: 5628 init1: 1552 opt: 1719 Z-score: 892.0 bits: 174.3 E(85289): 6e-43
Smith-Waterman score: 1719; 64.9% identity (83.7% similar) in 362 aa overlap (75-436:1-361)
50 60 70 80 90 100
pF1KSD ENLALLTSLDVHRQKQHLGEKHFRSNVGRALFVKTCTFHVSGEPSTCREVGKDFLAKLGF
.:...:::.:::.: ::.:::::::.. :
XP_016 MFLSSCTFEVSGKPFTCKEVGKDFLVRSRF
10 20 30
110 120 130 140 150 160
pF1KSD LHQQAAHTGEQSNSKSDGGAISHRGKTHYNCGEHTKAFSGKHTLVQQQRTLTTERCYICS
:.:::::: ..:: .. ... : :.::: :: .:::: ::. ::.: : :: :.::
XP_016 LQQQAAHTRKKSN-RTKSAVAFHSVKNHYNWGECVKAFSYKHVRVQHQGDLIRERSYMCS
40 50 60 70 80
170 180 190 200 210 220
pF1KSD ECGKSFSKSYSLNDHWRLHTGEKPYECRECGKSFRQSSSLIQHRRVHTAVRPHECDECGK
::::::: : ::.:: :.::.:::: : :::::.::::::: :::.::.::::.::::::
XP_016 ECGKSFSTSCSLSDHLRVHTSEKPYTCGECGKSYRQSSSLITHRRIHTGVRPHQCDECGK
90 100 110 120 130 140
230 240 250 260 270 280
pF1KSD LFSNKSNLIKHRRVHTGERPYECSECGKSFSQRSALLQHRGVHTGERPYECSECGKFFTY
::. : .:. :.:::::::::.:::::::::. :.:. :. .::: :::::::::: : .
XP_016 LFNRKYDLLIHQRVHTGERPYKCSECGKSFSHSSSLITHQRIHTGMRPYECSECGKSFIH
150 160 170 180 190 200
290 300 310 320 330 340
pF1KSD HSSLIKHQKVHSGSRPYECSECGKSFSQNSSLIEHHRVHTGERPYKCSECGKSFSQRSAL
:::: ::.::.:.::: ::::::::::. ::.:.:.: :: ::.:::::: :. :: .
XP_016 SSSLITHQRVHTGTRPYMCSECGKSFSQSCHLIKHRRLHIGEGPYECSECGKLFTYRSRF
210 220 230 240 250 260
350 360 370 380 390 400
pF1KSD LQHRGVHTGERPYECSECGKFFPYSSSLRKHQRVHTGSRPYECSECGKSFTQNSGLIKHR
.::. :::: : .:: ::::.: . .: :.::::: ::::::::::::: .: ::.:
XP_016 FQHQRVHTGVRSHECHECGKLFSRKFDLIVHERVHTGERPYECSECGKSFTCKSYLISHW
270 280 290 300 310 320
410 420 430
pF1KSD RVHTGEKPYECTECGKSFSHNSSLIKHQRIHSR
.:::: .:::: ::::::.:.:.:..:::.:.
XP_016 KVHTGARPYECGECGKSFTHSSTLLQHQRVHTGERPYECNECGKFFSQSSSLIRHRRSHT
330 340 350 360 370 380
XP_016 GERPYECSECWKSFSNHSSLVKHRRVHTGERPYECSECGKSFSQSSNLTNHQRIHSGERP
390 400 410 420 430 440
>--
initn: 1191 init1: 628 opt: 628 Z-score: 348.1 bits: 73.7 E(85289): 1.2e-12
Smith-Waterman score: 628; 73.5% identity (90.3% similar) in 113 aa overlap (185-297:362-474)
160 170 180 190 200 210
pF1KSD LTTERCYICSECGKSFSKSYSLNDHWRLHTGEKPYECRECGKSFRQSSSLIQHRRVHTAV
::.:::: :::: : ::::::.::: ::.
XP_016 HTGARPYECGECGKSFTHSSTLLQHQRVHTGERPYECNECGKFFSQSSSLIRHRRSHTGE
340 350 360 370 380 390
220 230 240 250 260 270
pF1KSD RPHECDECGKLFSNKSNLIKHRRVHTGERPYECSECGKSFSQRSALLQHRGVHTGERPYE
::.::.:: : :::.:.:.::::::::::::::::::::::: : : .:. .:.::::::
XP_016 RPYECSECWKSFSNHSSLVKHRRVHTGERPYECSECGKSFSQSSNLTNHQRIHSGERPYE
400 410 420 430 440 450
280 290 300 310 320 330
pF1KSD CSECGKFFTYHSSLIKHQKVHSGSRPYECSECGKSFSQNSSLIEHHRVHTGERPYKCSEC
::.::::::..:.:.:::.::.:
XP_016 CSDCGKFFTFNSNLLKHQNVHKG
460 470
>>NP_001252529 (OMIM: 601856) zinc finger protein 211 is (503 aa)
initn: 3103 init1: 1700 opt: 1711 Z-score: 887.9 bits: 173.6 E(85289): 1e-42
Smith-Waterman score: 1711; 61.7% identity (82.9% similar) in 381 aa overlap (56-436:91-471)
30 40 50 60 70 80
pF1KSD EEWGLLDEAQRCLYRDVMLENLALLTSLDVHRQKQHLGEKHFRSNVGRALFVKTCTFHVS
..:.::. : ::: : : :...: :::
NP_001 ILHLAEHQGTNCGQKLHTCGKQFYISANLQQHQRQHITEAPFRSYVDTASFTQSCIVHVS
70 80 90 100 110 120
90 100 110 120 130 140
pF1KSD GEPSTCREVGKDFLAKLGFLHQQAAHTGEQSNSKSDGGAISHRGKTHYNCGEHTKAFSGK
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NP_001 EKPFTCREIRKDFLANMRFLHQDATQTGEKPNNSNKCAVAFYSGKSHHNWGKCSKAFSHI
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NP_001 DTLVQDQRILTREGLFECSKCGKACTRRCNLIQHQKVHSEERPYECNECGKFFTYYSSFI
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NP_001 EKPFTCREIRKDFLANMRFLHQDATQTGEKPNNSNKCAVAFYSGKSHHNWGKCSKAFSHI
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pF1KSD HTLVQQQRTLTTERCYICSECGKSFSKSYSLNDHWRLHTGEKPYECRECGKSFRQSSSLI
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NP_001 DTLVQDQRILTREGLFECSKCGKACTRRCNLIQHQKVHSEERPYECNECGKFFTYYSSFI
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pF1KSD QHRRVHTAVRPHECDECGKLFSNKSNLIKHRRVHTGERPYECSECGKSFSQRSALLQHRG
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NP_001 IHQRVHTGERPYACPECGKSFSQIYSLNSHRKVHTGERPYECGECGKSFSQRSNLMQHRR
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NP_001 VHTGERPYECSECGKSFSQNFSLIYHQRVHTGERPHECNECGKSFSRSSSLIHHRRLHTG
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NP_001 ERPYECSKCGKSFKQSSSFSSHRKVHTGERPYVCGECGKSFSHSSNLKNHQRVHTGERPV
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