Result of FASTA (omim) for
pF1KSDA1100
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KSDA1100, 432 aa
1>>>pF1KSDA1100 432 - 432 aa - 432 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 11.8360+/-0.000388; mu= -10.2536+/- 0.024
mean_var=456.3240+/-93.945, 0's: 0 Z-trim(125.5): 67 B-trim: 0 in 0/61
Lambda= 0.060040
statistics sampled from 49234 (49322) to 49234 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.833), E-opt: 0.2 (0.578), width: 16
Scan time: 11.320
The best scores are: opt bits E(85289)
XP_005251423 (OMIM: 612488) PREDICTED: E3 ubiquiti ( 432) 1836 172.8 1.5e-42
XP_011516014 (OMIM: 612488) PREDICTED: E3 ubiquiti ( 432) 1836 172.8 1.5e-42
XP_006716784 (OMIM: 612488) PREDICTED: E3 ubiquiti ( 432) 1836 172.8 1.5e-42
XP_005251424 (OMIM: 612488) PREDICTED: E3 ubiquiti ( 432) 1836 172.8 1.5e-42
XP_016869784 (OMIM: 612488) PREDICTED: E3 ubiquiti ( 432) 1836 172.8 1.5e-42
XP_011516015 (OMIM: 612488) PREDICTED: E3 ubiquiti ( 432) 1836 172.8 1.5e-42
NP_919313 (OMIM: 612488) E3 ubiquitin-protein liga ( 432) 1836 172.8 1.5e-42
XP_005251425 (OMIM: 612488) PREDICTED: E3 ubiquiti ( 432) 1836 172.8 1.5e-42
NP_919311 (OMIM: 612488) E3 ubiquitin-protein liga ( 432) 1836 172.8 1.5e-42
NP_919309 (OMIM: 612488) E3 ubiquitin-protein liga ( 432) 1836 172.8 1.5e-42
NP_919310 (OMIM: 612488) E3 ubiquitin-protein liga ( 465) 1836 172.9 1.6e-42
NP_073618 (OMIM: 612488) E3 ubiquitin-protein liga ( 515) 1836 172.9 1.7e-42
XP_016869783 (OMIM: 612488) PREDICTED: E3 ubiquiti ( 444) 1760 166.3 1.5e-40
XP_016869785 (OMIM: 612488) PREDICTED: E3 ubiquiti ( 402) 1757 166.0 1.6e-40
XP_016869786 (OMIM: 612488) PREDICTED: E3 ubiquiti ( 402) 1757 166.0 1.6e-40
>>XP_005251423 (OMIM: 612488) PREDICTED: E3 ubiquitin-pr (432 aa)
initn: 1381 init1: 730 opt: 1836 Z-score: 884.9 bits: 172.8 E(85289): 1.5e-42
Smith-Waterman score: 1836; 60.9% identity (79.8% similar) in 445 aa overlap (1-432:1-432)
10 20 30 40 50 60
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pF1KSD LPPPPPPPPPPPYYPSFLPYFLSMLPMSPTAMGPTISLDLDVDDVEMENYEALLNLAERL
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350 360 370 380 390 400
410 420 430
pF1KSD DKWLKANRTCPICRADASEVPREAE
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XP_005 DKWLKANRTCPICRADASEVHRDSE
410 420 430
>>XP_011516014 (OMIM: 612488) PREDICTED: E3 ubiquitin-pr (432 aa)
initn: 1381 init1: 730 opt: 1836 Z-score: 884.9 bits: 172.8 E(85289): 1.5e-42
Smith-Waterman score: 1836; 60.9% identity (79.8% similar) in 445 aa overlap (1-432:1-432)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MRPWALAVTRWPPSAPVGQRRFSAGPGSTPGQLWGSPGLEGPLASPPARDERLPSQQPPS
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pF1KSD RPP---HLP------VEERRASAPAGGSPRMLHPAT---QQSPFMVDLHEQVHQGPVPLS
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pF1KSD LPPPPPPPPPPPYYPSFLPYFLSMLPMSPTAMGPTISLDLDVDDVEMENYEALLNLAERL
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350 360 370 380 390 400
410 420 430
pF1KSD DKWLKANRTCPICRADASEVPREAE
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XP_011 DKWLKANRTCPICRADASEVHRDSE
410 420 430
>>XP_006716784 (OMIM: 612488) PREDICTED: E3 ubiquitin-pr (432 aa)
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10 20 30 40 50 60
pF1KSD MRPWALAVTRWPPSAPVGQRRFSAGPGSTPGQLWGSPGLEGPLASPPARDERLPSQQPPS
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pF1KSD RPP---HLP------VEERRASAPAGGSPRMLHPAT---QQSPFMVDLHEQVHQGPVPLS
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pF1KSD YQAYPHLISSDHYILHPPPPAPPPQPTHMAPLGQFVSLQTQHPRMPLQRLDNDVDLRGDQ
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pF1KSD DKWLKANRTCPICRADASEVPREAE
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XP_006 DKWLKANRTCPICRADASEVHRDSE
410 420 430
>>XP_005251424 (OMIM: 612488) PREDICTED: E3 ubiquitin-pr (432 aa)
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pF1KSD LPPPPPPPPPPPYYPSFLPYFLSMLPMSPTAMGPTISLDLDVDDVEMENYEALLNLAERL
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pF1KSD DKWLKANRTCPICRADASEVPREAE
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XP_005 DKWLKANRTCPICRADASEVHRDSE
410 420 430
>>XP_016869784 (OMIM: 612488) PREDICTED: E3 ubiquitin-pr (432 aa)
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10 20 30 40 50 60
pF1KSD MRPWALAVTRWPPSAPVGQRRFSAGPGSTPGQLWGSPGLEGPLASPPARDERLPSQQPPS
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pF1KSD DKWLKANRTCPICRADASEVPREAE
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XP_016 DKWLKANRTCPICRADASEVHRDSE
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>>XP_011516015 (OMIM: 612488) PREDICTED: E3 ubiquitin-pr (432 aa)
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pF1KSD MRPWALAVTRWPPSAPVGQRRFSAGPGSTPGQLWGSPGLEGPLASPPARDERLPSQQPPS
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XP_011 MRPWEMTSNRQPPSVRPSQHHFSGERCNTPARNRRSP----PVRRQRGRRDRLSRHNSIS
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pF1KSD RPP---HLP------VEERRASAPAGGSPRMLHPAT---QQSPFMVDLHEQVHQGPVPLS
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XP_011 QDENYHHLPYAQQQAIEEPRAFHPPNVSPRLLHPAAHPPQQNAVMVDIHDQLHQGTVPVS
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pF1KSD YTVTTVTTQGFPLPTGQHIPGCSAQQLPACSVMFSGQHYPLCCLPPPLIQACTMQQLPVP
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XP_011 YTVTTVAPHGIPLCTGQHIPACSTQQVPGCSVVFSGQHLPVCSVPPPMLQACSVQHLPVP
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pF1KSD YQAYPHLISSDHYILHPPPPAPPPQPTHMAPLGQFVSLQTQHPRMPLQRLDNDVDLRGDQ
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pF1KSD PSLGSFTYSTSAPGPALSPSVPLHYLPHDPLHQELSFGVPYSHMMPRRLSTQ-RYRLQQP
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XP_011 GEAKPRGLTKADIEQLPSYRFNPNNHQSEQTLCVVCMCDFESRQLLRVLPCNHEFHAKCV
350 360 370 380 390 400
410 420 430
pF1KSD DKWLKANRTCPICRADASEVPREAE
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XP_011 DKWLKANRTCPICRADASEVHRDSE
410 420 430
>>NP_919313 (OMIM: 612488) E3 ubiquitin-protein ligase R (432 aa)
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pF1KSD PSLGSFTYSTSAPGPALSPSVPLHYLPHDPLHQELSFGVPYSHMMPRRLSTQ-RYRLQQP
.:.::: :: :.: ::.::..: :::::::.:::::: .:::::. . ::: :::
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NP_919 IPP-------PPYHPSLLPYVLSMLPV-PPAVGPTFSFELDVEDGEVENYEALLNLAERL
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NP_919 GEAKPRGLTKADIEQLPSYRFNPNNHQSEQTLCVVCMCDFESRQLLRVLPCNHEFHAKCV
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410 420 430
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NP_919 DKWLKANRTCPICRADASEVHRDSE
410 420 430
>>XP_005251425 (OMIM: 612488) PREDICTED: E3 ubiquitin-pr (432 aa)
initn: 1381 init1: 730 opt: 1836 Z-score: 884.9 bits: 172.8 E(85289): 1.5e-42
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pF1KSD RPP---HLP------VEERRASAPAGGSPRMLHPAT---QQSPFMVDLHEQVHQGPVPLS
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XP_005 QDENYHHLPYAQQQAIEEPRAFHPPNVSPRLLHPAAHPPQQNAVMVDIHDQLHQGTVPVS
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pF1KSD YTVTTVTTQGFPLPTGQHIPGCSAQQLPACSVMFSGQHYPLCCLPPPLIQACTMQQLPVP
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170 180 190 200 210 220
pF1KSD YQAYPHLISSDHYILHPPPPAPPPQPTHMAPLGQFVSLQTQHPRMPLQRLDNDVDLRGDQ
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XP_005 YAAFPPLISSDPFLIHPPHLSPH-HPPHLPPPGQFVPFQTQQSRSPLQRIENEVELLGEH
180 190 200 210 220 230
230 240 250 260 270 280
pF1KSD PSLGSFTYSTSAPGPALSPSVPLHYLPHDPLHQELSFGVPYSHMMPRRLSTQ-RYRLQQP
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XP_005 LPVGGFTYPPSAHPPTLPPSAPLQFLTHDPLHQEVSFGVPYPPFMPRRLTGRSRYRSQQP
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290 300 310 320 330 340
pF1KSD LPPPPPPPPPPPYYPSFLPYFLSMLPMSPTAMGPTISLDLDVDDVEMENYEALLNLAERL
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XP_005 IPP-------PPYHPSLLPYVLSMLPV-PPAVGPTFSFELDVEDGEVENYEALLNLAERL
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pF1KSD GDAKPRGLTKADIEQLPSYRFNPDSHQSEQTLCVVCFSDFEARQLLRVLPCNHEFHTKCV
:.:::::::::::::::::::::..:::::::::::. :::.::::::::::::::.:::
XP_005 GEAKPRGLTKADIEQLPSYRFNPNNHQSEQTLCVVCMCDFESRQLLRVLPCNHEFHAKCV
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410 420 430
pF1KSD DKWLKANRTCPICRADASEVPREAE
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XP_005 DKWLKANRTCPICRADASEVHRDSE
410 420 430
>>NP_919311 (OMIM: 612488) E3 ubiquitin-protein ligase R (432 aa)
initn: 1381 init1: 730 opt: 1836 Z-score: 884.9 bits: 172.8 E(85289): 1.5e-42
Smith-Waterman score: 1836; 60.9% identity (79.8% similar) in 445 aa overlap (1-432:1-432)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MRPWALAVTRWPPSAPVGQRRFSAGPGSTPGQLWGSPGLEGPLASPPARDERLPSQQPPS
:::: .. .: :::. .:..::. .::.. :: :. .: .:: .. :
NP_919 MRPWEMTSNRQPPSVRPSQHHFSGERCNTPARNRRSP----PVRRQRGRRDRLSRHNSIS
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NP_919 QDENYHHLPYAQQQAIEEPRAFHPPNVSPRLLHPAAHPPQQNAVMVDIHDQLHQGTVPVS
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pF1KSD YTVTTVTTQGFPLPTGQHIPGCSAQQLPACSVMFSGQHYPLCCLPPPLIQACTMQQLPVP
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NP_919 YTVTTVAPHGIPLCTGQHIPACSTQQVPGCSVVFSGQHLPVCSVPPPMLQACSVQHLPVP
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170 180 190 200 210 220
pF1KSD YQAYPHLISSDHYILHPPPPAPPPQPTHMAPLGQFVSLQTQHPRMPLQRLDNDVDLRGDQ
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NP_919 YAAFPPLISSDPFLIHPPHLSPH-HPPHLPPPGQFVPFQTQQSRSPLQRIENEVELLGEH
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NP_919 LPVGGFTYPPSAHPPTLPPSAPLQFLTHDPLHQEVSFGVPYPPFMPRRLTGRSRYRSQQP
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290 300 310 320 330 340
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NP_919 IPP-------PPYHPSLLPYVLSMLPV-PPAVGPTFSFELDVEDGEVENYEALLNLAERL
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pF1KSD GDAKPRGLTKADIEQLPSYRFNPDSHQSEQTLCVVCFSDFEARQLLRVLPCNHEFHTKCV
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NP_919 GEAKPRGLTKADIEQLPSYRFNPNNHQSEQTLCVVCMCDFESRQLLRVLPCNHEFHAKCV
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410 420 430
pF1KSD DKWLKANRTCPICRADASEVPREAE
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NP_919 DKWLKANRTCPICRADASEVHRDSE
410 420 430
>>NP_919309 (OMIM: 612488) E3 ubiquitin-protein ligase R (432 aa)
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70 80 90 100
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NP_919 QDENYHHLPYAQQQAIEEPRAFHPPNVSPRLLHPAAHPPQQNAVMVDIHDQLHQGTVPVS
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110 120 130 140 150 160
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NP_919 YTVTTVAPHGIPLCTGQHIPACSTQQVPGCSVVFSGQHLPVCSVPPPMLQACSVQHLPVP
120 130 140 150 160 170
170 180 190 200 210 220
pF1KSD YQAYPHLISSDHYILHPPPPAPPPQPTHMAPLGQFVSLQTQHPRMPLQRLDNDVDLRGDQ
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NP_919 YAAFPPLISSDPFLIHPPHLSPH-HPPHLPPPGQFVPFQTQQSRSPLQRIENEVELLGEH
180 190 200 210 220 230
230 240 250 260 270 280
pF1KSD PSLGSFTYSTSAPGPALSPSVPLHYLPHDPLHQELSFGVPYSHMMPRRLSTQ-RYRLQQP
.:.::: :: :.: ::.::..: :::::::.:::::: .:::::. . ::: :::
NP_919 LPVGGFTYPPSAHPPTLPPSAPLQFLTHDPLHQEVSFGVPYPPFMPRRLTGRSRYRSQQP
240 250 260 270 280 290
290 300 310 320 330 340
pF1KSD LPPPPPPPPPPPYYPSFLPYFLSMLPMSPTAMGPTISLDLDVDDVEMENYEALLNLAERL
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NP_919 IPP-------PPYHPSLLPYVLSMLPV-PPAVGPTFSFELDVEDGEVENYEALLNLAERL
300 310 320 330 340
350 360 370 380 390 400
pF1KSD GDAKPRGLTKADIEQLPSYRFNPDSHQSEQTLCVVCFSDFEARQLLRVLPCNHEFHTKCV
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NP_919 GEAKPRGLTKADIEQLPSYRFNPNNHQSEQTLCVVCMCDFESRQLLRVLPCNHEFHAKCV
350 360 370 380 390 400
410 420 430
pF1KSD DKWLKANRTCPICRADASEVPREAE
:::::::::::::::::::: :..:
NP_919 DKWLKANRTCPICRADASEVHRDSE
410 420 430
432 residues in 1 query sequences
60827320 residues in 85289 library sequences
Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
start: Thu Nov 3 19:01:54 2016 done: Thu Nov 3 19:01:56 2016
Total Scan time: 11.320 Total Display time: 0.080
Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]