FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KSDA0980, 1382 aa
1>>>pF1KSDA0980 1382 - 1382 aa - 1382 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 10.7408+/-0.00123; mu= 0.1555+/- 0.074
mean_var=362.9218+/-71.842, 0's: 0 Z-trim(112.1): 59 B-trim: 9 in 1/51
Lambda= 0.067324
statistics sampled from 12873 (12916) to 12873 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.714), E-opt: 0.2 (0.397), width: 16
Scan time: 6.520
The best scores are: opt bits E(32554)
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CCDS32079.1 NIN gene_id:51199|Hs108|chr14 (2090) 1173 129.6 9.3e-29
>>CCDS33452.1 NINL gene_id:22981|Hs108|chr20 (1382 aa)
initn: 9058 init1: 9058 opt: 9058 Z-score: 4771.1 bits: 895.3 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 9058; 100.0% identity (100.0% similar) in 1382 aa overlap (1-1382:1-1382)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MDEEENHYVSQLREVYSSCDTTGTGFLDRQELTQLCLKLHLEQQLPVLLQTLLGNDHFAR
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CCDS33 MDEEENHYVSQLREVYSSCDTTGTGFLDRQELTQLCLKLHLEQQLPVLLQTLLGNDHFAR
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 VNFEEFKEGFVAVLSSNAGVRPSDEDSSSLESAASSAIPPKYVNGSKWYGRRSRPELCDA
70 80 90 100 110 120
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 ATEARRVPEQQTQASLKSHLWRSASLESVESPKSDEEAESTKEAQNELFEAQGQLQTWDS
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 EDFGSPQKSCSPSFDTPESQIRGVWEELGVGSSGHLSEQELAVVCQSVGLQGLEKEELED
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 LFNKLDQDGDGKVSLEEFQLGLFSHEPALLLESSTRVKPSKAWSHYQVPEESGCHTTTTS
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 SLVSLCSSLRLFSSIDDGSGFAFPDQVLAMWTQEGIQNGREILQSLDFSVDEKVNLLELT
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 MDDCHSTLEQLTEKKIKHLEQGYRERLSLLRSEVEAERELFWEQAHRQRAALEWDVGRLQ
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 GPAGISFLGNSAPVSIETELMMEQVKEHYQDLRTQLETKVNYYEREIAALKRNFEKERKD
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pF1KSD MEQARRREVSVLEGQKADLEELHEKSQEVIWGLQEQLQDTARGPEPEQMGLAPCCTQALC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 MEQARRREVSVLEGQKADLEELHEKSQEVIWGLQEQLQDTARGPEPEQMGLAPCCTQALC
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730 740 750 760 770 780
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 GLALRHHSHLQQIRREAEAELSGELSGLGALPARRDLTLELEEPPQGPLPRGSQRSEQLE
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pF1KSD LERALKLQPCASEKRAQMCVSLALEEEELELARGKRVDGPSLEAEMQALPKDGLVAGSGQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 LERALKLQPCASEKRAQMCVSLALEEEELELARGKRVDGPSLEAEMQALPKDGLVAGSGQ
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 EGTRGLLPLRPGCGERPLAWLAPGDGRESEEAAGAGPRRRQAQDTEATQSPAPAPAPASH
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 GPSERWSRMQPCGVDGDIVPKEPEPFGASAAGLEQPGARELPLLGTERDASQTQPRMWEP
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 PLRPAASCRGQAERLQAIQEERARSWSRGTQEQASEQQARAEGALEPGCHKHSVEVARRG
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pF1KSD SLPSHLQLADPQGSWQEQLAAPEEGETKIALEREKDDMETKLLHLEDVVRALEKHVDLRE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 SLPSHLQLADPQGSWQEQLAAPEEGETKIALEREKDDMETKLLHLEDVVRALEKHVDLRE
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1090 1100 1110 1120 1130 1140
pF1KSD NDRLEFHRLSEENTLLKNDLGRVRQELEAAESTHDAQRKEIEVLKKDKEKACSEMEVLNR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 NDRLEFHRLSEENTLLKNDLGRVRQELEAAESTHDAQRKEIEVLKKDKEKACSEMEVLNR
1090 1100 1110 1120 1130 1140
1150 1160 1170 1180 1190 1200
pF1KSD QNQNYKDQLSQLNVRVLQLGQEASTHQAQNEEHRVTIQMLTQSLEEVVRSGQQQSDQIQK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 QNQNYKDQLSQLNVRVLQLGQEASTHQAQNEEHRVTIQMLTQSLEEVVRSGQQQSDQIQK
1150 1160 1170 1180 1190 1200
1210 1220 1230 1240 1250 1260
pF1KSD LRVELECLNQEHQSLQLPWSELTQTLEESQDQVQGAHLRLRQAQAQHLQEVRLVPQDRVA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 LRVELECLNQEHQSLQLPWSELTQTLEESQDQVQGAHLRLRQAQAQHLQEVRLVPQDRVA
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1270 1280 1290 1300 1310 1320
pF1KSD ELHRLLSLQGEQARRRLDAQREEHEKQLKATEERVEEAEMILKNMEMLLQEKVDKLKEQF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 ELHRLLSLQGEQARRRLDAQREEHEKQLKATEERVEEAEMILKNMEMLLQEKVDKLKEQF
1270 1280 1290 1300 1310 1320
1330 1340 1350 1360 1370 1380
pF1KSD EKNTKSDLLLKELYVENAHLVRALQATEEKQRGAEKQSRLLEEKVRALNKLVSRIAPAAL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 EKNTKSDLLLKELYVENAHLVRALQATEEKQRGAEKQSRLLEEKVRALNKLVSRIAPAAL
1330 1340 1350 1360 1370 1380
pF1KSD SV
::
CCDS33 SV
>>CCDS82605.1 NINL gene_id:22981|Hs108|chr20 (1033 aa)
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Smith-Waterman score: 5987; 74.7% identity (74.7% similar) in 1382 aa overlap (1-1382:1-1033)
10 20 30 40 50 60
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS82 MDEEENHYVSQLREVYSSCDTTGTGFLDRQELTQLCLKLHLEQQLPVLLQTLLGNDHFAR
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KSD VNFEEFKEGFVAVLSSNAGVRPSDEDSSSLESAASSAIPPKYVNGSKWYGRRSRPELCDA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS82 VNFEEFKEGFVAVLSSNAGVRPSDEDSSSLESAASSAIPPKYVNGSKWYGRRSRPELCDA
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KSD ATEARRVPEQQTQASLKSHLWRSASLESVESPKSDEEAESTKEAQNELFEAQGQLQTWDS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS82 ATEARRVPEQQTQASLKSHLWRSASLESVESPKSDEEAESTKEAQNELFEAQGQLQTWDS
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KSD EDFGSPQKSCSPSFDTPESQIRGVWEELGVGSSGHLSEQELAVVCQSVGLQGLEKEELED
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS82 EDFGSPQKSCSPSFDTPESQIRGVWEELGVGSSGHLSEQELAVVCQSVGLQGLEKEELED
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KSD LFNKLDQDGDGKVSLEEFQLGLFSHEPALLLESSTRVKPSKAWSHYQVPEESGCHTTTTS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS82 LFNKLDQDGDGKVSLEEFQLGLFSHEPALLLESSTRVKPSKAWSHYQVPEESGCHTTTTS
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS82 SLVSLCSSLRLFSSIDDGSGFAFPDQVLAMWTQEGIQNGREILQSLDFSVDEKVNLLELT
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370 380 390 400 410 420
pF1KSD WALDNELMTVDSAVQQAALACYHQELSYQQGQVEQLARERDKARQDLERAEKRNLEFVKE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS82 WALDNELMTVDSAVQQAALACYHQELSYQQGQVEQLARERDKARQDLERAEKRNLEFVKE
370 380 390 400 410 420
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pF1KSD MDDCHSTLEQLTEKKIKHLEQGYRERLSLLRSEVEAERELFWEQAHRQRAALEWDVGRLQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS82 MDDCHSTLEQLTEKKIKHLEQGYRERLSLLRSEVEAERELFWEQAHRQRAALEWDVGRLQ
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pF1KSD AEEAGLREKLTLALKENSRLQKEIVEVVEKLSDSERLALKLQKDLEFVLKDKLEPQSAEL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS82 AEEAGLREKLTLALKENSRLQKEIVEVVEKLSDSERLALKLQKDLEFVLKDKLEPQSAEL
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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pF1KSD GPAGISFLGNSAPVSIETELMMEQVKEHYQDLRTQLETKVNYYEREIAALKRNFEKERKD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS82 GPAGISFLGNSAPVSIETELMMEQVKEHYQDLRTQLETKVNYYEREIAALKRNFEKERKD
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pF1KSD MEQARRREVSVLEGQKADLEELHEKSQEVIWGLQEQLQDTARGPEPEQMGLAPCCTQALC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS82 MEQARRREVSVLEGQKADLEELHEKSQEVIWGLQEQLQDTARGPEPEQMGLAPCCTQALC
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KSD GLALRHHSHLQQIRREAEAELSGELSGLGALPARRDLTLELEEPPQGPLPRGSQRSEQLE
::::::::::::::
CCDS82 GLALRHHSHLQQIR----------------------------------------------
730
790 800 810 820 830 840
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CCDS82 ------------------------------------------------------------
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pF1KSD EGTRGLLPLRPGCGERPLAWLAPGDGRESEEAAGAGPRRRQAQDTEATQSPAPAPAPASH
CCDS82 ------------------------------------------------------------
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CCDS82 ------------------------------------------------------------
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CCDS82 ------------------------------------------------------------
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pF1KSD SLPSHLQLADPQGSWQEQLAAPEEGETKIALEREKDDMETKLLHLEDVVRALEKHVDLRE
CCDS82 ------------------------------------------------------------
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pF1KSD NDRLEFHRLSEENTLLKNDLGRVRQELEAAESTHDAQRKEIEVLKKDKEKACSEMEVLNR
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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pF1KSD QNQNYKDQLSQLNVRVLQLGQEASTHQAQNEEHRVTIQMLTQSLEEVVRSGQQQSDQIQK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS82 QNQNYKDQLSQLNVRVLQLGQEASTHQAQNEEHRVTIQMLTQSLEEVVRSGQQQSDQIQK
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pF1KSD LRVELECLNQEHQSLQLPWSELTQTLEESQDQVQGAHLRLRQAQAQHLQEVRLVPQDRVA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS82 LRVELECLNQEHQSLQLPWSELTQTLEESQDQVQGAHLRLRQAQAQHLQEVRLVPQDRVA
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1270 1280 1290 1300 1310 1320
pF1KSD ELHRLLSLQGEQARRRLDAQREEHEKQLKATEERVEEAEMILKNMEMLLQEKVDKLKEQF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS82 ELHRLLSLQGEQARRRLDAQREEHEKQLKATEERVEEAEMILKNMEMLLQEKVDKLKEQF
920 930 940 950 960 970
1330 1340 1350 1360 1370 1380
pF1KSD EKNTKSDLLLKELYVENAHLVRALQATEEKQRGAEKQSRLLEEKVRALNKLVSRIAPAAL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS82 EKNTKSDLLLKELYVENAHLVRALQATEEKQRGAEKQSRLLEEKVRALNKLVSRIAPAAL
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pF1KSD SV
::
CCDS82 SV
>>CCDS32078.2 NIN gene_id:51199|Hs108|chr14 (1377 aa)
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10 20 30 40 50
pF1KSD MDE-EENHYVSQLREVYSSCDTTGTGFLDRQELTQLCLKLHLEQQLPVLLQTLLGNDHFA
::: :.... ..:.:...: :::::: : ..:::.:: : ::. ::: :::: .. ..
CCDS32 MDEVEQDQHEARLKELFDSFDTTGTGSLGQEELTDLCHMLSLEEVAPVLQQTLLQDNLLG
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KSD RVNFEEFKEGFVAVLSSNAGVRPSDEDSSSLESAASSAIPPKYVNGSKWYGRRSRPELCD
::.:..:::... .:: : ... : : :::: :.: ::::: ::. .
CCDS32 RVHFDQFKEALILILS-----RTLSNEEHFQEPDCSLEAQPKYVRGGKRYGRRSLPEFQE
70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KSD AATEARRVP--EQQTQASLKSHLWRSASLESVESPKSDEEAESTKEAQNELFEAQGQLQT
.. : .: : . . ::. : .: .: : ..: .::.:::.
CCDS32 SVEEFPEVTVIEPLDEEARPSHI-----------PAGDC-SEHWKTQRSEEYEAEGQLRF
120 130 140 150 160
180 190 200 210 220 230
pF1KSD WDSEDFGSPQKSCSPSFDTPESQIRGVWEELGVGSSGHLSEQELAVVCQSVGLQGLEKEE
:. .:... :.. :: : : ... : :.::. .:::....:. .:.. :::... :
CCDS32 WNPDDLNASQSGSSPPQDWIEEKLQEVCEDLGITRDGHLNRKKLVSICEQYGLQNVDGEM
170 180 190 200 210 220
240 250 260 270 280 290
pF1KSD LEDLFNKLDQDGDGKVSLEEFQLGLFSHEPALLLESSTRVKPSKAWSHYQVPEESGCHTT
::..:..:: :: .:.:.: :::.. .: .:: . : .: .::: .::
CCDS32 LEEVFHNLDPDG--TMSVEDFFYGLFKNGKSLTPSASTPYRQLKRHLSMQSFDESGRRTT
230 240 250 260 270 280
300 310 320 330 340 350
pF1KSD TTSSLVSLCSSLRLFSSIDDGSGFAFPDQVLAMWTQEGIQNGREILQSLDFSVDEKVNLL
:.:...: . .:.:: .::: : : ...: : .:::.:..:::..::::.: ..::
CCDS32 TSSAMTSTIG-FRVFSCLDDGMGHASVERILDTWQEEGIENSQEILKALDFSLDGNINLT
290 300 310 320 330 340
360 370 380 390 400 410
pF1KSD ELTWALDNELMTVDSAVQQAALACYHQELSYQQGQVEQLARERDKARQDLERAEKRNLEF
::: ::.:::... ....::::: .. :. . .:.:..::..: :.::..::: . .
CCDS32 ELTLALENELLVTKNSIHQAALASFKAEIRHLLERVDQVVREKEKLRSDLDKAEKLKSLM
350 360 370 380 390 400
420 430 440 450 460 470
pF1KSD VKEMDDCHSTLEQLTEKKIKHLEQGYRERLSLLRSEVEAERELFWEQAHRQRAALEWDVG
..:.:: :...:. .: ....:.. :.::.. :..:.. ::: . .:: .:: :: ..
CCDS32 ASEVDDHHAAIERRNEYNLRKLDEEYKERIAALKNELRKEREQILQQAGKQRLELEQEIE
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