Result of FASTA (ccds) for
pF1KSDA0886
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KSDA0886, 1192 aa
1>>>pF1KSDA0886 1192 - 1192 aa - 1192 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 15.0084+/-0.00128; mu= -19.4073+/- 0.079
mean_var=619.2204+/-125.867, 0's: 0 Z-trim(115.1): 32 B-trim: 55 in 1/55
Lambda= 0.051541
statistics sampled from 15621 (15644) to 15621 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.746), E-opt: 0.2 (0.481), width: 16
Scan time: 6.120
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS42684.1 RTN4 gene_id:57142|Hs108|chr2 (1192) 7621 582.5 2e-165
CCDS1852.1 RTN4 gene_id:57142|Hs108|chr2 ( 986) 6195 476.5 1.4e-133
CCDS42683.1 RTN4 gene_id:57142|Hs108|chr2 ( 392) 1413 120.6 7.7e-27
CCDS1851.1 RTN4 gene_id:57142|Hs108|chr2 ( 373) 1298 112.0 2.8e-24
CCDS42685.1 RTN4 gene_id:57142|Hs108|chr2 ( 199) 1174 102.6 1e-21
CCDS9740.1 RTN1 gene_id:6252|Hs108|chr14 ( 776) 922 84.3 1.3e-15
CCDS9741.1 RTN1 gene_id:6252|Hs108|chr14 ( 208) 873 80.2 5.8e-15
CCDS8049.1 RTN3 gene_id:10313|Hs108|chr11 ( 236) 795 74.5 3.5e-13
CCDS41664.1 RTN3 gene_id:10313|Hs108|chr11 ( 255) 793 74.3 4.2e-13
CCDS58142.1 RTN3 gene_id:10313|Hs108|chr11 ( 920) 801 75.3 7.5e-13
CCDS8050.1 RTN3 gene_id:10313|Hs108|chr11 (1013) 801 75.4 8e-13
CCDS58141.1 RTN3 gene_id:10313|Hs108|chr11 (1032) 801 75.4 8.1e-13
>>CCDS42684.1 RTN4 gene_id:57142|Hs108|chr2 (1192 aa)
initn: 7621 init1: 7621 opt: 7621 Z-score: 3083.4 bits: 582.5 E(32554): 2e-165
Smith-Waterman score: 7621; 100.0% identity (100.0% similar) in 1192 aa overlap (1-1192:1-1192)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MEDLDQSPLVSSSDSPPRPQPAFKYQFVREPEDEEEEEEEEEEDEDEDLEELEVLERKPA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 MEDLDQSPLVSSSDSPPRPQPAFKYQFVREPEDEEEEEEEEEEDEDEDLEELEVLERKPA
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KSD AGLSAAPVPTAPAAGAPLMDFGNDFVPPAPRGPLPAAPPVAPERQPSWDPSPVSSTVPAP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 AGLSAAPVPTAPAAGAPLMDFGNDFVPPAPRGPLPAAPPVAPERQPSWDPSPVSSTVPAP
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KSD SPLSAAAVSPSKLPEDDEPPARPPPPPPASVSPQAEPVWTPPAPAPAAPPSTPAAPKRRG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 SPLSAAAVSPSKLPEDDEPPARPPPPPPASVSPQAEPVWTPPAPAPAAPPSTPAAPKRRG
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KSD SSGSVDETLFALPAASEPVIRSSAENMDLKEQPGNTISAGQEDFPSVLLETAASLPSLSP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 SSGSVDETLFALPAASEPVIRSSAENMDLKEQPGNTISAGQEDFPSVLLETAASLPSLSP
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KSD LSAASFKEHEYLGNLSTVLPTEGTLQENVSEASKEVSEKAKTLLIDRDLTEFSELEYSEM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 LSAASFKEHEYLGNLSTVLPTEGTLQENVSEASKEVSEKAKTLLIDRDLTEFSELEYSEM
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KSD GSSFSVSPKAESAVIVANPREEIIVKNKDEEEKLVSNNILHNQQELPTALTKLVKEDEVV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 GSSFSVSPKAESAVIVANPREEIIVKNKDEEEKLVSNNILHNQQELPTALTKLVKEDEVV
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KSD SSEKAKDSFNEKRVAVEAPMREEYADFKPFERVWEVKDSKEDSDMLAAGGKIESNLESKV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 SSEKAKDSFNEKRVAVEAPMREEYADFKPFERVWEVKDSKEDSDMLAAGGKIESNLESKV
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KSD DKKCFADSLEQTNHEKDSESSNDDTSFPSTPEGIKDRSGAYITCAPFNPAATESIATNIF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 DKKCFADSLEQTNHEKDSESSNDDTSFPSTPEGIKDRSGAYITCAPFNPAATESIATNIF
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KSD PLLGDPTSENKTDEKKIEEKKAQIVTEKNTSTKTSNPFLVAAQDSETDYVTTDNLTKVTE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 PLLGDPTSENKTDEKKIEEKKAQIVTEKNTSTKTSNPFLVAAQDSETDYVTTDNLTKVTE
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KSD EVVANMPEGLTPDLVQEACESELNEVTGTKIAYETKMDLVQTSEVMQESLYPAAQLCPSF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 EVVANMPEGLTPDLVQEACESELNEVTGTKIAYETKMDLVQTSEVMQESLYPAAQLCPSF
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KSD EESEATPSPVLPDIVMEAPLNSAVPSAGASVIQPSSSPLEASSVNYESIKHEPENPPPYE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 EESEATPSPVLPDIVMEAPLNSAVPSAGASVIQPSSSPLEASSVNYESIKHEPENPPPYE
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KSD EAMSVSLKKVSGIKEEIKEPENINAALQETEAPYISIACDLIKETKLSAEPAPDFSDYSE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 EAMSVSLKKVSGIKEEIKEPENINAALQETEAPYISIACDLIKETKLSAEPAPDFSDYSE
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KSD MAKVEQPVPDHSELVEDSSPDSEPVDLFSDDSIPDVPQKQDETVMLVKESLTETSFESMI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 MAKVEQPVPDHSELVEDSSPDSEPVDLFSDDSIPDVPQKQDETVMLVKESLTETSFESMI
730 740 750 760 770 780
790 800 810 820 830 840
pF1KSD EYENKEKLSALPPEGGKPYLESFKLSLDNTKDTLLPDEVSTLSKKEKIPLQMEELSTAVY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 EYENKEKLSALPPEGGKPYLESFKLSLDNTKDTLLPDEVSTLSKKEKIPLQMEELSTAVY
790 800 810 820 830 840
850 860 870 880 890 900
pF1KSD SNDDLFISKEAQIRETETFSDSSPIEIIDEFPTLISSKTDSFSKLAREYTDLEVSHKSEI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 SNDDLFISKEAQIRETETFSDSSPIEIIDEFPTLISSKTDSFSKLAREYTDLEVSHKSEI
850 860 870 880 890 900
910 920 930 940 950 960
pF1KSD ANAPDGAGSLPCTELPHDLSLKNIQPKVEEKISFSDDFSKNGSATSKVLLLPPDVSALAT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 ANAPDGAGSLPCTELPHDLSLKNIQPKVEEKISFSDDFSKNGSATSKVLLLPPDVSALAT
910 920 930 940 950 960
970 980 990 1000 1010 1020
pF1KSD QAEIESIVKPKVLVKEAEKKLPSDTEKEDRSPSAIFSAELSKTSVVDLLYWRDIKKTGVV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 QAEIESIVKPKVLVKEAEKKLPSDTEKEDRSPSAIFSAELSKTSVVDLLYWRDIKKTGVV
970 980 990 1000 1010 1020
1030 1040 1050 1060 1070 1080
pF1KSD FGASLFLLLSLTVFSIVSVTAYIALALLSVTISFRIYKGVIQAIQKSDEGHPFRAYLESE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 FGASLFLLLSLTVFSIVSVTAYIALALLSVTISFRIYKGVIQAIQKSDEGHPFRAYLESE
1030 1040 1050 1060 1070 1080
1090 1100 1110 1120 1130 1140
pF1KSD VAISEELVQKYSNSALGHVNCTIKELRRLFLVDDLVDSLKFAVLMWVFTYVGALFNGLTL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 VAISEELVQKYSNSALGHVNCTIKELRRLFLVDDLVDSLKFAVLMWVFTYVGALFNGLTL
1090 1100 1110 1120 1130 1140
1150 1160 1170 1180 1190
pF1KSD LILALISLFSVPVIYERHQAQIDHYLGLANKNVKDAMAKIQAKIPGLKRKAE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 LILALISLFSVPVIYERHQAQIDHYLGLANKNVKDAMAKIQAKIPGLKRKAE
1150 1160 1170 1180 1190
>>CCDS1852.1 RTN4 gene_id:57142|Hs108|chr2 (986 aa)
initn: 6195 init1: 6195 opt: 6195 Z-score: 2511.5 bits: 476.5 E(32554): 1.4e-133
Smith-Waterman score: 6195; 100.0% identity (100.0% similar) in 986 aa overlap (207-1192:1-986)
180 190 200 210 220 230
pF1KSD KRRGSSGSVDETLFALPAASEPVIRSSAENMDLKEQPGNTISAGQEDFPSVLLETAASLP
::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS18 MDLKEQPGNTISAGQEDFPSVLLETAASLP
10 20 30
240 250 260 270 280 290
pF1KSD SLSPLSAASFKEHEYLGNLSTVLPTEGTLQENVSEASKEVSEKAKTLLIDRDLTEFSELE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS18 SLSPLSAASFKEHEYLGNLSTVLPTEGTLQENVSEASKEVSEKAKTLLIDRDLTEFSELE
40 50 60 70 80 90
300 310 320 330 340 350
pF1KSD YSEMGSSFSVSPKAESAVIVANPREEIIVKNKDEEEKLVSNNILHNQQELPTALTKLVKE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS18 YSEMGSSFSVSPKAESAVIVANPREEIIVKNKDEEEKLVSNNILHNQQELPTALTKLVKE
100 110 120 130 140 150
360 370 380 390 400 410
pF1KSD DEVVSSEKAKDSFNEKRVAVEAPMREEYADFKPFERVWEVKDSKEDSDMLAAGGKIESNL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS18 DEVVSSEKAKDSFNEKRVAVEAPMREEYADFKPFERVWEVKDSKEDSDMLAAGGKIESNL
160 170 180 190 200 210
420 430 440 450 460 470
pF1KSD ESKVDKKCFADSLEQTNHEKDSESSNDDTSFPSTPEGIKDRSGAYITCAPFNPAATESIA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS18 ESKVDKKCFADSLEQTNHEKDSESSNDDTSFPSTPEGIKDRSGAYITCAPFNPAATESIA
220 230 240 250 260 270
480 490 500 510 520 530
pF1KSD TNIFPLLGDPTSENKTDEKKIEEKKAQIVTEKNTSTKTSNPFLVAAQDSETDYVTTDNLT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS18 TNIFPLLGDPTSENKTDEKKIEEKKAQIVTEKNTSTKTSNPFLVAAQDSETDYVTTDNLT
280 290 300 310 320 330
540 550 560 570 580 590
pF1KSD KVTEEVVANMPEGLTPDLVQEACESELNEVTGTKIAYETKMDLVQTSEVMQESLYPAAQL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS18 KVTEEVVANMPEGLTPDLVQEACESELNEVTGTKIAYETKMDLVQTSEVMQESLYPAAQL
340 350 360 370 380 390
600 610 620 630 640 650
pF1KSD CPSFEESEATPSPVLPDIVMEAPLNSAVPSAGASVIQPSSSPLEASSVNYESIKHEPENP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS18 CPSFEESEATPSPVLPDIVMEAPLNSAVPSAGASVIQPSSSPLEASSVNYESIKHEPENP
400 410 420 430 440 450
660 670 680 690 700 710
pF1KSD PPYEEAMSVSLKKVSGIKEEIKEPENINAALQETEAPYISIACDLIKETKLSAEPAPDFS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS18 PPYEEAMSVSLKKVSGIKEEIKEPENINAALQETEAPYISIACDLIKETKLSAEPAPDFS
460 470 480 490 500 510
720 730 740 750 760 770
pF1KSD DYSEMAKVEQPVPDHSELVEDSSPDSEPVDLFSDDSIPDVPQKQDETVMLVKESLTETSF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS18 DYSEMAKVEQPVPDHSELVEDSSPDSEPVDLFSDDSIPDVPQKQDETVMLVKESLTETSF
520 530 540 550 560 570
780 790 800 810 820 830
pF1KSD ESMIEYENKEKLSALPPEGGKPYLESFKLSLDNTKDTLLPDEVSTLSKKEKIPLQMEELS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS18 ESMIEYENKEKLSALPPEGGKPYLESFKLSLDNTKDTLLPDEVSTLSKKEKIPLQMEELS
580 590 600 610 620 630
840 850 860 870 880 890
pF1KSD TAVYSNDDLFISKEAQIRETETFSDSSPIEIIDEFPTLISSKTDSFSKLAREYTDLEVSH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS18 TAVYSNDDLFISKEAQIRETETFSDSSPIEIIDEFPTLISSKTDSFSKLAREYTDLEVSH
640 650 660 670 680 690
900 910 920 930 940 950
pF1KSD KSEIANAPDGAGSLPCTELPHDLSLKNIQPKVEEKISFSDDFSKNGSATSKVLLLPPDVS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS18 KSEIANAPDGAGSLPCTELPHDLSLKNIQPKVEEKISFSDDFSKNGSATSKVLLLPPDVS
700 710 720 730 740 750
960 970 980 990 1000 1010
pF1KSD ALATQAEIESIVKPKVLVKEAEKKLPSDTEKEDRSPSAIFSAELSKTSVVDLLYWRDIKK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS18 ALATQAEIESIVKPKVLVKEAEKKLPSDTEKEDRSPSAIFSAELSKTSVVDLLYWRDIKK
760 770 780 790 800 810
1020 1030 1040 1050 1060 1070
pF1KSD TGVVFGASLFLLLSLTVFSIVSVTAYIALALLSVTISFRIYKGVIQAIQKSDEGHPFRAY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS18 TGVVFGASLFLLLSLTVFSIVSVTAYIALALLSVTISFRIYKGVIQAIQKSDEGHPFRAY
820 830 840 850 860 870
1080 1090 1100 1110 1120 1130
pF1KSD LESEVAISEELVQKYSNSALGHVNCTIKELRRLFLVDDLVDSLKFAVLMWVFTYVGALFN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS18 LESEVAISEELVQKYSNSALGHVNCTIKELRRLFLVDDLVDSLKFAVLMWVFTYVGALFN
880 890 900 910 920 930
1140 1150 1160 1170 1180 1190
pF1KSD GLTLLILALISLFSVPVIYERHQAQIDHYLGLANKNVKDAMAKIQAKIPGLKRKAE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS18 GLTLLILALISLFSVPVIYERHQAQIDHYLGLANKNVKDAMAKIQAKIPGLKRKAE
940 950 960 970 980
>>CCDS42683.1 RTN4 gene_id:57142|Hs108|chr2 (392 aa)
initn: 1413 init1: 1413 opt: 1413 Z-score: 595.3 bits: 120.6 E(32554): 7.7e-27
Smith-Waterman score: 1413; 100.0% identity (100.0% similar) in 204 aa overlap (1-204:1-204)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MEDLDQSPLVSSSDSPPRPQPAFKYQFVREPEDEEEEEEEEEEDEDEDLEELEVLERKPA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 MEDLDQSPLVSSSDSPPRPQPAFKYQFVREPEDEEEEEEEEEEDEDEDLEELEVLERKPA
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KSD AGLSAAPVPTAPAAGAPLMDFGNDFVPPAPRGPLPAAPPVAPERQPSWDPSPVSSTVPAP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 AGLSAAPVPTAPAAGAPLMDFGNDFVPPAPRGPLPAAPPVAPERQPSWDPSPVSSTVPAP
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KSD SPLSAAAVSPSKLPEDDEPPARPPPPPPASVSPQAEPVWTPPAPAPAAPPSTPAAPKRRG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 SPLSAAAVSPSKLPEDDEPPARPPPPPPASVSPQAEPVWTPPAPAPAAPPSTPAAPKRRG
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KSD SSGSVDETLFALPAASEPVIRSSAENMDLKEQPGNTISAGQEDFPSVLLETAASLPSLSP
::::::::::::::::::::::::
CCDS42 SSGSVDETLFALPAASEPVIRSSAVVDLLYWRDIKKTGVVFGASLFLLLSLTVFSIVSVT
190 200 210 220 230 240
>--
initn: 1169 init1: 1169 opt: 1169 Z-score: 497.3 bits: 102.4 E(32554): 2.2e-21
Smith-Waterman score: 1169; 100.0% identity (100.0% similar) in 188 aa overlap (1005-1192:205-392)
980 990 1000 1010 1020 1030
pF1KSD KEAEKKLPSDTEKEDRSPSAIFSAELSKTSVVDLLYWRDIKKTGVVFGASLFLLLSLTVF
::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 APKRRGSSGSVDETLFALPAASEPVIRSSAVVDLLYWRDIKKTGVVFGASLFLLLSLTVF
180 190 200 210 220 230
1040 1050 1060 1070 1080 1090
pF1KSD SIVSVTAYIALALLSVTISFRIYKGVIQAIQKSDEGHPFRAYLESEVAISEELVQKYSNS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 SIVSVTAYIALALLSVTISFRIYKGVIQAIQKSDEGHPFRAYLESEVAISEELVQKYSNS
240 250 260 270 280 290
1100 1110 1120 1130 1140 1150
pF1KSD ALGHVNCTIKELRRLFLVDDLVDSLKFAVLMWVFTYVGALFNGLTLLILALISLFSVPVI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 ALGHVNCTIKELRRLFLVDDLVDSLKFAVLMWVFTYVGALFNGLTLLILALISLFSVPVI
300 310 320 330 340 350
1160 1170 1180 1190
pF1KSD YERHQAQIDHYLGLANKNVKDAMAKIQAKIPGLKRKAE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 YERHQAQIDHYLGLANKNVKDAMAKIQAKIPGLKRKAE
360 370 380 390
>>CCDS1851.1 RTN4 gene_id:57142|Hs108|chr2 (373 aa)
initn: 1298 init1: 1298 opt: 1298 Z-score: 549.4 bits: 112.0 E(32554): 2.8e-24
Smith-Waterman score: 1298; 100.0% identity (100.0% similar) in 185 aa overlap (1-185:1-185)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MEDLDQSPLVSSSDSPPRPQPAFKYQFVREPEDEEEEEEEEEEDEDEDLEELEVLERKPA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS18 MEDLDQSPLVSSSDSPPRPQPAFKYQFVREPEDEEEEEEEEEEDEDEDLEELEVLERKPA
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KSD AGLSAAPVPTAPAAGAPLMDFGNDFVPPAPRGPLPAAPPVAPERQPSWDPSPVSSTVPAP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS18 AGLSAAPVPTAPAAGAPLMDFGNDFVPPAPRGPLPAAPPVAPERQPSWDPSPVSSTVPAP
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KSD SPLSAAAVSPSKLPEDDEPPARPPPPPPASVSPQAEPVWTPPAPAPAAPPSTPAAPKRRG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS18 SPLSAAAVSPSKLPEDDEPPARPPPPPPASVSPQAEPVWTPPAPAPAAPPSTPAAPKRRG
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KSD SSGSVDETLFALPAASEPVIRSSAENMDLKEQPGNTISAGQEDFPSVLLETAASLPSLSP
:::::
CCDS18 SSGSVVVDLLYWRDIKKTGVVFGASLFLLLSLTVFSIVSVTAYIALALLSVTISFRIYKG
190 200 210 220 230 240
>--
initn: 1169 init1: 1169 opt: 1169 Z-score: 497.6 bits: 102.4 E(32554): 2.1e-21
Smith-Waterman score: 1169; 100.0% identity (100.0% similar) in 188 aa overlap (1005-1192:186-373)
980 990 1000 1010 1020 1030
pF1KSD KEAEKKLPSDTEKEDRSPSAIFSAELSKTSVVDLLYWRDIKKTGVVFGASLFLLLSLTVF
::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS18 EPVWTPPAPAPAAPPSTPAAPKRRGSSGSVVVDLLYWRDIKKTGVVFGASLFLLLSLTVF
160 170 180 190 200 210
1040 1050 1060 1070 1080 1090
pF1KSD SIVSVTAYIALALLSVTISFRIYKGVIQAIQKSDEGHPFRAYLESEVAISEELVQKYSNS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS18 SIVSVTAYIALALLSVTISFRIYKGVIQAIQKSDEGHPFRAYLESEVAISEELVQKYSNS
220 230 240 250 260 270
1100 1110 1120 1130 1140 1150
pF1KSD ALGHVNCTIKELRRLFLVDDLVDSLKFAVLMWVFTYVGALFNGLTLLILALISLFSVPVI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS18 ALGHVNCTIKELRRLFLVDDLVDSLKFAVLMWVFTYVGALFNGLTLLILALISLFSVPVI
280 290 300 310 320 330
1160 1170 1180 1190
pF1KSD YERHQAQIDHYLGLANKNVKDAMAKIQAKIPGLKRKAE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS18 YERHQAQIDHYLGLANKNVKDAMAKIQAKIPGLKRKAE
340 350 360 370
>>CCDS42685.1 RTN4 gene_id:57142|Hs108|chr2 (199 aa)
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Smith-Waterman score: 1174; 99.0% identity (99.5% similar) in 191 aa overlap (1002-1192:9-199)
980 990 1000 1010 1020 1030
pF1KSD VLVKEAEKKLPSDTEKEDRSPSAIFSAELSKTSVVDLLYWRDIKKTGVVFGASLFLLLSL
: .:::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 MDGQKKNWKDKVVDLLYWRDIKKTGVVFGASLFLLLSL
10 20 30
1040 1050 1060 1070 1080 1090
pF1KSD TVFSIVSVTAYIALALLSVTISFRIYKGVIQAIQKSDEGHPFRAYLESEVAISEELVQKY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 TVFSIVSVTAYIALALLSVTISFRIYKGVIQAIQKSDEGHPFRAYLESEVAISEELVQKY
40 50 60 70 80 90
1100 1110 1120 1130 1140 1150
pF1KSD SNSALGHVNCTIKELRRLFLVDDLVDSLKFAVLMWVFTYVGALFNGLTLLILALISLFSV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 SNSALGHVNCTIKELRRLFLVDDLVDSLKFAVLMWVFTYVGALFNGLTLLILALISLFSV
100 110 120 130 140 150
1160 1170 1180 1190
pF1KSD PVIYERHQAQIDHYLGLANKNVKDAMAKIQAKIPGLKRKAE
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 PVIYERHQAQIDHYLGLANKNVKDAMAKIQAKIPGLKRKAE
160 170 180 190
>>CCDS9740.1 RTN1 gene_id:6252|Hs108|chr14 (776 aa)
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540 550 560 570 580 590
pF1KSD TEEVVANMPEGLTPDLVQEACESELNEVTGTKIAYETKMDLVQTSEVMQ-ESLYPAAQLC
. : : . : . . ..: :. . . .
CCDS97 TGVAGVSSAMDHTFSTTSKDGEGSCYTSLISDICYPPQEDSTYFTGILQKENGHVTISES
80 90 100 110 120 130
600 610 620 630 640
pF1KSD PSFEESEATPSPVLPDI--VMEAPLNSA------VPSAGASVIQPSSSPLE---ASSVNY
: : .::.: :::. . : :. .:. .. : . ..::. : . .:
CCDS97 P---EELGTPGPSLPDVPGIESRGLFSSDSGIEMTPAESTEVNKILADPLDQMKAEAYKY
140 150 160 170 180 190
650 660 670 680
pF1KSD ------ESIKHEPENPPPYEEA-MSVSLKKVS-GIKEE-IKEPEN--------INAALQE
: .::. .. : :. .. . : .. .:: : ..::.. :. : :
CCDS97 IDITRPEEVKHQEQHHPELEDKDLDFKNKDTDISIKPEGVREPDKPAPVEGKIIKDHLLE
200 210 220 230 240 250
690 700 710 720 730 740
pF1KSD --TEAPYISIACDLIKETKLSAEPAPDFSDYSEMAKVEQPVPDHSELVEDSSPDSEPVDL
: ::::. :: .: . ::... ... .: :. .....:... . :
CCDS97 ESTFAPYID---DLSEEQRR----APQITTPVKITLTEIE-PSVETTTQEKTPEKQDICL
260 270 280 290 300
750 760 770 780 790
pF1KSD F-SDDSIPDV----PQKQDETVMLVKESLTETSF-ESMIE--YENKEKLSALPPEGGKPY
: :..: : :. .. . : :: : ::. . . : ..:. : :
CCDS97 KPSPDTVPTVTVSEPEDDSPGSITPPSSGTEPSAAESQGKGSISEDELITAIKEAKGLSY
310 320 330 340 350 360
800 810 820 830 840 850
pF1KSD LESFKLSLDNTKDT-LLPD--EVSTLSKKEKIPLQMEELSTAVYSNDDL--FISKEAQIR
. .: . . : : ::.. : :: ... .... :.:. ..:.. .
CCDS97 ETA-----ENPRPVGQLADRPEVKARSGPPTIPSPLDHEASSAESGDSEIELVSEDPMAA
370 380 390 400 410 420
860 870 880 890 900 910
pF1KSD ETETFSDSSPIEIIDEFPTLISSKTDSFSKLAREYTDLEVSHKSEIANAPDGAGSLPCTE
: : . . : .: . ..: : :: . :.. . : . ...: .
CCDS97 EDALPSGYVSFGHVGGPPPSPASPSIQYSIL-REEREAELDSELIIESCDASSASEESPK
430 440 450 460 470 480
920 930 940 950 960
pF1KSD LPHDL------SLKNIQP----KVEEKISFSDDFSKNGSATSKVLLLP---PDVSALATQ
.: .: :. ..::. ... :: . : :..
CCDS97 REQDSPPMKPSALDAIREETGVRAEERAPSRRGLAEPGSFLDYPSTEPQPGPELPPGDGA
490 500 510 520 530 540
970 980 990 1000 1010
pF1KSD AEIESIVKPKVLVKEAEKKLPSDTEKEDRSPSAIFSAE------LSKTSVVDLLYWRDIK
: :. . :. : : . ... ..:. . . :.: ...:::::::::
CCDS97 LEPETPMLPR---KPEEDSSSNQSPAATKGPGPLGPGAPPPLLFLNKQKAIDLLYWRDIK
550 560 570 580 590
1020 1030 1040 1050 1060 1070
pF1KSD KTGVVFGASLFLLLSLTVFSIVSVTAYIALALLSVTISFRIYKGVIQAIQKSDEGHPFRA
.::.:::. :.::.::: ::.:::.::.::: ::.::::::::.:.::.::.::::::.:
CCDS97 QTGIVFGSFLLLLFSLTQFSVVSVVAYLALAALSATISFRIYKSVLQAVQKTDEGHPFKA
600 610 620 630 640 650
1080 1090 1100 1110 1120 1130
pF1KSD YLESEVAISEELVQKYSNSALGHVNCTIKELRRLFLVDDLVDSLKFAVLMWVFTYVGALF
::: :...:.: .:::.. .:: :.:::::::::.:::::::::::::..:::::::
CCDS97 YLELEITLSQEQIQKYTDCLQFYVNSTLKELRRLFLVQDLVDSLKFAVLMWLLTYVGALF
660 670 680 690 700 710
1140 1150 1160 1170 1180 1190
pF1KSD NGLTLLILALISLFSVPVIYERHQAQIDHYLGLANKNVKDAMAKIQAKIPGLKRKAE
::::::..:..:.:..::.: .::::::.::::. ... ..::::::::: ::.::
CCDS97 NGLTLLLMAVVSMFTLPVVYVKHQAQIDQYLGLVRTHINAVVAKIQAKIPGAKRHAE
720 730 740 750 760 770
>>CCDS9741.1 RTN1 gene_id:6252|Hs108|chr14 (208 aa)
initn: 873 init1: 873 opt: 873 Z-score: 382.1 bits: 80.2 E(32554): 5.8e-15
Smith-Waterman score: 873; 67.5% identity (92.1% similar) in 191 aa overlap (1002-1192:18-208)
980 990 1000 1010 1020 1030
pF1KSD VLVKEAEKKLPSDTEKEDRSPSAIFSAELSKTSVVDLLYWRDIKKTGVVFGASLFLLLSL
:....:::::::::.::.:::. :.::.::
CCDS97 MQATADSTKMDCVWSNWKSQAIDLLYWRDIKQTGIVFGSFLLLLFSL
10 20 30 40
1040 1050 1060 1070 1080 1090
pF1KSD TVFSIVSVTAYIALALLSVTISFRIYKGVIQAIQKSDEGHPFRAYLESEVAISEELVQKY
: ::.:::.::.::: ::.::::::::.:.::.::.::::::.:::: :...:.: .:::
CCDS97 TQFSVVSVVAYLALAALSATISFRIYKSVLQAVQKTDEGHPFKAYLELEITLSQEQIQKY
50 60 70 80 90 100
1100 1110 1120 1130 1140 1150
pF1KSD SNSALGHVNCTIKELRRLFLVDDLVDSLKFAVLMWVFTYVGALFNGLTLLILALISLFSV
.. .:: :.:::::::::.:::::::::::::..:::::::::::::..:..:.:..
CCDS97 TDCLQFYVNSTLKELRRLFLVQDLVDSLKFAVLMWLLTYVGALFNGLTLLLMAVVSMFTL
110 120 130 140 150 160
1160 1170 1180 1190
pF1KSD PVIYERHQAQIDHYLGLANKNVKDAMAKIQAKIPGLKRKAE
::.: .::::::.::::. ... ..::::::::: ::.::
CCDS97 PVVYVKHQAQIDQYLGLVRTHINAVVAKIQAKIPGAKRHAE
170 180 190 200
>>CCDS8049.1 RTN3 gene_id:10313|Hs108|chr11 (236 aa)
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Smith-Waterman score: 795; 55.3% identity (84.3% similar) in 217 aa overlap (977-1192:20-236)
950 960 970 980 990 1000
pF1KSD KVLLLPPDVSALATQAEIESIVKPKVLVKEAEKKLPSDTEKEDRSPSAIFSAELSKTSVV
:: . :. . :. .. :. .:
CCDS80 MAEPSAATQSHSISSSSFGAEPSAPGGGGSPGACPALGTKSCSSSCAVH
10 20 30 40
1010 1020 1030 1040 1050 1060
pF1KSD DLLYWRDIKKTGVVFGASLFLLLSLTVFSIVSVTAYIALALLSVTISFRIYKGVIQAIQK
::..:::.:::: :::..:..::::..::..::..:. ::::::::::::::.::::.::
CCDS80 DLIFWRDVKKTGFVFGTTLIMLLSLAAFSVISVVSYLILALLSVTISFRIYKSVIQAVQK
50 60 70 80 90 100
1070 1080 1090 1100 1110 1120
pF1KSD SDEGHPFRAYLESEVAISEELVQKYSNSALGHVNCTIKELRRLFLVDDLVDSLKFAVLMW
:.:::::.:::. ....: : ..: :.:. :.: ..: . :::::.:::::::.::.::
CCDS80 SEEGHPFKAYLDVDITLSSEAFHNYMNAAMVHINRALKLIIRLFLVEDLVDSLKLAVFMW
110 120 130 140 150 160
1130 1140 1150 1160 1170 1180
pF1KSD VFTYVGALFNGLTLLILALISLFSVPVIYERHQAQIDHYLGLANKNVKDAMAKIQAKIPG
..:::::.:::.:::::: . .::::..::....:::::.:.: ..:. . :::::.::
CCDS80 LMTYVGAVFNGITLLILAELLIFSVPIVYEKYKTQIDHYVGIARDQTKSIVEKIQAKLPG
170 180 190 200 210 220
1190
pF1KSD L-KRKAE
. :.:::
CCDS80 IAKKKAE
230
>>CCDS41664.1 RTN3 gene_id:10313|Hs108|chr11 (255 aa)
initn: 823 init1: 778 opt: 793 Z-score: 348.8 bits: 74.3 E(32554): 4.2e-13
Smith-Waterman score: 793; 58.4% identity (88.1% similar) in 202 aa overlap (992-1192:58-255)
970 980 990 1000 1010 1020
pF1KSD AEIESIVKPKVLVKEAEKKLPSDTEKEDRSPSAIFSAELSKTSVVDLLYWRDIKKTGVVF
: ..::. ..: ::..:::.:::: ::
CCDS41 GGSPGACPALGTKSCSSSCADSFVSSSSSQPVSLFST----SQVHDLIFWRDVKKTGFVF
30 40 50 60 70 80
1030 1040 1050 1060 1070 1080
pF1KSD GASLFLLLSLTVFSIVSVTAYIALALLSVTISFRIYKGVIQAIQKSDEGHPFRAYLESEV
:..:..::::..::..::..:. ::::::::::::::.::::.:::.:::::.:::. ..
CCDS41 GTTLIMLLSLAAFSVISVVSYLILALLSVTISFRIYKSVIQAVQKSEEGHPFKAYLDVDI
90 100 110 120 130 140
1090 1100 1110 1120 1130 1140
pF1KSD AISEELVQKYSNSALGHVNCTIKELRRLFLVDDLVDSLKFAVLMWVFTYVGALFNGLTLL
..: : ..: :.:. :.: ..: . :::::.:::::::.::.::..:::::.:::.:::
CCDS41 TLSSEAFHNYMNAAMVHINRALKLIIRLFLVEDLVDSLKLAVFMWLMTYVGAVFNGITLL
150 160 170 180 190 200
1150 1160 1170 1180 1190
pF1KSD ILALISLFSVPVIYERHQAQIDHYLGLANKNVKDAMAKIQAKIPGL-KRKAE
::: . .::::..::....:::::.:.: ..:. . :::::.::. :.:::
CCDS41 ILAELLIFSVPIVYEKYKTQIDHYVGIARDQTKSIVEKIQAKLPGIAKKKAE
210 220 230 240 250
>>CCDS58142.1 RTN3 gene_id:10313|Hs108|chr11 (920 aa)
initn: 819 init1: 784 opt: 801 Z-score: 344.2 bits: 75.3 E(32554): 7.5e-13
Smith-Waterman score: 868; 29.1% identity (56.9% similar) in 907 aa overlap (350-1192:68-920)
320 330 340 350 360 370
pF1KSD REEIIVKNKDEEEKLVSNNILHNQQELPTALTKLVKEDEVVSSEKAKDSFN-EKRVAVEA
. : .:. . :::..:: ... . : .. .
CCDS58 GTKSCSSSCAASFPEHPAFLSKKIGQVEEQIDKETKNPNGVSSREAKTALDADDRFTLLT
40 50 60 70 80 90
380 390 400 410 420 430
pF1KSD PMRE--EYADFKPFERVWEVKDSKEDSDMLAAGGKIESNLESKVDK----KCFADSLEQT
.. ::. . . .. .. :: ..: . . :: .: .:: : : :: ...
CCDS58 AQKPPTEYSKVEGI-YTYSLSPSKVSGDDVIEKDSPESPFEVIIDKAAFDKEFKDSYKES
100 110 120 130 140 150
440 450 460 470
pF1KSD NHE-------KDSESSND-----DTSFPSTPEGIKDRSGAYITCAPFNP--AATESIATN
. . :.:::.: : :: . . . :. :: : ..
CCDS58 TDDFGSWSVHTDKESSEDISETNDKLFPLRNKEAGRYPMSALLSRQFSHTNAALEEVSRC
160 170 180 190 200 210
480 490 500 510 520 530
pF1KSD IFPLLGDPTSENKTDEKKIEEKKAQIVTEKNTSTKTSNPFLVAAQDSETDYVTTDNLTKV
. . . :.: : . . . : : .. :::.. . .. .:: :. . :.
CCDS58 VNDM-HNFTNEILTWDL-VPQVKQQTDKSSDCITKTTG-LDMSEYNSEIPVVNLKTSTHQ
220 230 240 250 260 270
540 550 560 570 580
pF1KSD TEEVVANMPEGLTP------DLVQEACESELNEVTGTKI------AYETKMDLVQTSEVM
: . .: :: : .. . ..: : .:: . . : .. :: .
CCDS58 KTPVCSI--DGSTPITKSTGDWAEASLQQE-NAITGKPVPDSLNSTKEFSIKGVQGNMQK
280 290 300 310 320 330
590 600 610 620 630 640
pF1KSD QESLY---PAA--QLCPSFEESEATPSPVLPDIVMEAPLNSAVPSAGASVIQPSSSPLEA
:.. :.. . : :. . :: . :::: .. .. . : : ..: :.
CCDS58 QDDTLAELPGSPPEKCDSLGSGVATVKVVLPDDHLKDEMDWQSSALGE--ITEADSSGES
340 350 360 370 380
650 660 670 680 690
pF1KSD SSVNYESIKHEP---ENPPPYEEAMSVSLKKVSGIKEEIKEPENINAALQETEAPYISIA
... :.: . .: :. .:. :. ..::: : : .
CCDS58 DDTVIEDITADTSFENNKIQAEKPVSIPSAVVKTGEREIK------------EIP----S
390 400 410 420 430
700 710 720 730 740 750
pF1KSD CDLIKETKLSAEPAPDFSDYSEMAKVEQPVPDHSELVEDSSPDSEPVDLFSDDSIPDVPQ
:. .: : : . :: ::. .: :: . :: :: . ...::.
CCDS58 CE--REEKTSKNFEELVSD-SEL---HQDQPD----ILGRSPASEA----ACSKVPDT--
440 450 460 470
760 770 780 790 800 810
pF1KSD KQDETVMLVKESLTETSFESMIEYENKEKLSALPPEGGKPYLESFKLSLDNTKDTLLPDE
.: : :...:.. :. : :: . :.. :. .. ..::. : .. : .
CCDS58 ----NVSL--EDVSEVAPEKPITTENPKLPSTVSPN----VFNETEFSLNVTTSAYL-ES
480 490 500 510 520
820 830 840 850 860 870
pF1KSD VSTLSKKEKIPLQMEELSTA-VYSNDDLFISKEAQ----IRETET-FSDSSPIEIIDEFP
. . :. . :.: .: . . : ....: . : : : :. . :.:.. :
CCDS58 LHGKNVKHIDDSSPEDLIAAFTETRDKGIVDSERNAFKAISEKMTDFKTTPPVEVLHENE
530 540 550 560 570 580
880 890 900 910 920 930
pF1KSD TLISSKTDSFSKLAREYTDLEVSHKSEIANAPDGAGSLPCTELPHD-LSLKNIQPKVEEK
. : : :: ... . :.. . .. : . . .: .. :..: .. :..
CCDS58 SGGSEIKDIGSKYSEQ--SKETNGSEPLGVFPTQGTPVASLDLEQEQLTIKALKELGERQ
590 600 610 620 630 640
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pF1KSD ISFSDDFSKNGSATSKVLL------LP---PDVSALATQAEIES-----IVKPKVLVKEA
. : . .... :. .: : :. : . .... : . . ..:.
CCDS58 VEKSTSAQRDAELPSEEVLKQTFTFAPESWPQRSYDILERNVKNGSDLGISQKPITIRET
650 660 670 680 690 700
980 990 1000 1010 1020 1030
pF1KSD EK-KLPSDTEKEDRSPSAIFSAELSKTSVVDLLYWRDIKKTGVVFGASLFLLLSLTVFSI
. :. : . . ... :. :: ::..:::.:::: :::..:..::::..::.
CCDS58 TRVDAVSSLSKTELVKKHVLARLLTDFSVHDLIFWRDVKKTGFVFGTTLIMLLSLAAFSV
710 720 730 740 750 760
1040 1050 1060 1070 1080 1090
pF1KSD VSVTAYIALALLSVTISFRIYKGVIQAIQKSDEGHPFRAYLESEVAISEELVQKYSNSAL
.::..:. ::::::::::::::.::::.:::.:::::.:::. ....: : ..: :.:.
CCDS58 ISVVSYLILALLSVTISFRIYKSVIQAVQKSEEGHPFKAYLDVDITLSSEAFHNYMNAAM
770 780 790 800 810 820
1100 1110 1120 1130 1140 1150
pF1KSD GHVNCTIKELRRLFLVDDLVDSLKFAVLMWVFTYVGALFNGLTLLILALISLFSVPVIYE
:.: ..: . :::::.:::::::.::.::..:::::.:::.:::::: . .::::..::
CCDS58 VHINRALKLIIRLFLVEDLVDSLKLAVFMWLMTYVGAVFNGITLLILAELLIFSVPIVYE
830 840 850 860 870 880
1160 1170 1180 1190
pF1KSD RHQAQIDHYLGLANKNVKDAMAKIQAKIPGL-KRKAE
....:::::.:.: ..:. . :::::.::. :.:::
CCDS58 KYKTQIDHYVGIARDQTKSIVEKIQAKLPGIAKKKAE
890 900 910 920
1192 residues in 1 query sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
start: Thu Nov 3 03:58:03 2016 done: Thu Nov 3 03:58:04 2016
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]