Result of FASTA (omim) for
pF1KSDA0848
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KSDA0848, 977 aa
1>>>pF1KSDA0848 977 - 977 aa - 977 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 9.3134+/-0.000424; mu= 3.4798+/- 0.027
mean_var=235.0723+/-49.119, 0's: 0 Z-trim(119.9): 283 B-trim: 1451 in 1/52
Lambda= 0.083651
statistics sampled from 34224 (34584) to 34224 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.727), E-opt: 0.2 (0.405), width: 16
Scan time: 13.460
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_055741 (OMIM: 609679) SLIT and NTRK-like protei ( 977) 6637 814.8 0
NP_001305739 (OMIM: 609679) SLIT and NTRK-like pro ( 977) 6637 814.8 0
NP_001305740 (OMIM: 609679) SLIT and NTRK-like pro ( 977) 6637 814.8 0
XP_005254096 (OMIM: 609680) PREDICTED: SLIT and NT ( 958) 2256 286.1 6e-76
XP_005254095 (OMIM: 609680) PREDICTED: SLIT and NT ( 958) 2256 286.1 6e-76
NP_056382 (OMIM: 609680) SLIT and NTRK-like protei ( 958) 2256 286.1 6e-76
NP_001137481 (OMIM: 300561) SLIT and NTRK-like pro ( 845) 1214 160.3 3.9e-38
NP_115928 (OMIM: 300561) SLIT and NTRK-like protei ( 845) 1214 160.3 3.9e-38
NP_001137482 (OMIM: 300561) SLIT and NTRK-like pro ( 845) 1214 160.3 3.9e-38
XP_005262402 (OMIM: 300561) PREDICTED: SLIT and NT ( 845) 1214 160.3 3.9e-38
NP_001137475 (OMIM: 300561) SLIT and NTRK-like pro ( 845) 1214 160.3 3.9e-38
NP_001137478 (OMIM: 300561) SLIT and NTRK-like pro ( 845) 1214 160.3 3.9e-38
NP_001137477 (OMIM: 300561) SLIT and NTRK-like pro ( 845) 1214 160.3 3.9e-38
XP_005262401 (OMIM: 300561) PREDICTED: SLIT and NT ( 845) 1214 160.3 3.9e-38
NP_001137476 (OMIM: 300561) SLIT and NTRK-like pro ( 845) 1214 160.3 3.9e-38
XP_005262400 (OMIM: 300561) PREDICTED: SLIT and NT ( 845) 1214 160.3 3.9e-38
XP_005262399 (OMIM: 300561) PREDICTED: SLIT and NT ( 845) 1214 160.3 3.9e-38
NP_001137480 (OMIM: 300561) SLIT and NTRK-like pro ( 845) 1214 160.3 3.9e-38
NP_001171679 (OMIM: 300562) SLIT and NTRK-like pro ( 837) 1134 150.6 3.1e-35
NP_775101 (OMIM: 300562) SLIT and NTRK-like protei ( 837) 1134 150.6 3.1e-35
NP_001171678 (OMIM: 300562) SLIT and NTRK-like pro ( 837) 1134 150.6 3.1e-35
XP_005262422 (OMIM: 300562) PREDICTED: SLIT and NT ( 837) 1134 150.6 3.1e-35
XP_011529567 (OMIM: 300562) PREDICTED: SLIT and NT ( 837) 1134 150.6 3.1e-35
NP_115605 (OMIM: 221200,609681) SLIT and NTRK-like ( 841) 1078 143.9 3.4e-33
NP_001268432 (OMIM: 137580,609678,613229) SLIT and ( 696) 873 119.1 8.2e-26
NP_443142 (OMIM: 137580,609678,613229) SLIT and NT ( 696) 873 119.1 8.2e-26
NP_003053 (OMIM: 603745) slit homolog 3 protein is (1523) 370 58.6 2.8e-07
NP_001258875 (OMIM: 603745) slit homolog 3 protein (1530) 370 58.6 2.8e-07
NP_001333104 (OMIM: 612811) leucine-rich repeat an ( 466) 329 53.3 3.5e-06
NP_001317035 (OMIM: 612811) leucine-rich repeat an ( 466) 329 53.3 3.5e-06
XP_016876537 (OMIM: 612811) PREDICTED: leucine-ric ( 719) 329 53.4 4.9e-06
NP_689660 (OMIM: 612811) leucine-rich repeat and f ( 719) 329 53.4 4.9e-06
NP_001333102 (OMIM: 612811) leucine-rich repeat an ( 719) 329 53.4 4.9e-06
XP_005274542 (OMIM: 300938) PREDICTED: matrix-remo (2853) 321 52.9 2.8e-05
XP_016876623 (OMIM: 604807) PREDICTED: leucine-ric ( 660) 305 50.5 3.4e-05
XP_011534913 (OMIM: 604807) PREDICTED: leucine-ric ( 660) 305 50.5 3.4e-05
XP_016876624 (OMIM: 604807) PREDICTED: leucine-ric ( 660) 305 50.5 3.4e-05
NP_001333072 (OMIM: 604807) leucine-rich repeat tr ( 660) 305 50.5 3.4e-05
XP_016876619 (OMIM: 604807) PREDICTED: leucine-ric ( 660) 305 50.5 3.4e-05
NP_001333075 (OMIM: 604807) leucine-rich repeat tr ( 660) 305 50.5 3.4e-05
XP_005267547 (OMIM: 604807) PREDICTED: leucine-ric ( 660) 305 50.5 3.4e-05
XP_016876621 (OMIM: 604807) PREDICTED: leucine-ric ( 660) 305 50.5 3.4e-05
XP_016876620 (OMIM: 604807) PREDICTED: leucine-ric ( 660) 305 50.5 3.4e-05
XP_016876622 (OMIM: 604807) PREDICTED: leucine-ric ( 660) 305 50.5 3.4e-05
XP_016876618 (OMIM: 604807) PREDICTED: leucine-ric ( 660) 305 50.5 3.4e-05
NP_037363 (OMIM: 604807) leucine-rich repeat trans ( 660) 305 50.5 3.4e-05
NP_001333073 (OMIM: 604807) leucine-rich repeat tr ( 660) 305 50.5 3.4e-05
NP_001333074 (OMIM: 604807) leucine-rich repeat tr ( 660) 305 50.5 3.4e-05
NP_036425 (OMIM: 269400,605158) peroxidasin homolo (1479) 311 51.5 3.9e-05
NP_001258 (OMIM: 602178) chondroadherin precursor ( 359) 295 49.1 4.9e-05
>>NP_055741 (OMIM: 609679) SLIT and NTRK-like protein 3 (977 aa)
initn: 6637 init1: 6637 opt: 6637 Z-score: 4341.8 bits: 814.8 E(85289): 0
Smith-Waterman score: 6637; 99.9% identity (99.9% similar) in 977 aa overlap (1-977:1-977)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MKPSIAEMLHRGRMLWIILLSTIALGWTTPIPLIEDSEEIDEPCFDPCYCEVKESLFHIH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 MKPSIAEMLHRGRMLWIILLSTIALGWTTPIPLIEDSEEIDEPCFDPCYCEVKESLFHIH
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KSD CDSKGFTNISQITEFWSRPFKLYLQRNSMRKLYTNSFLHLNNAVSINLGNNALQDIQTGA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 CDSKGFTNISQITEFWSRPFKLYLQRNSMRKLYTNSFLHLNNAVSINLGNNALQDIQTGA
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KSD FNGLKILKRLYLHENKLDVFRNDTFLGLESLEYLQADYNVIKRIESGAFRNLSKLRVLIL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 FNGLKILKRLYLHENKLDVFRNDTFLGLESLEYLQADYNVIKRIESGAFRNLSKLRVLIL
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KSD NDNLIPMLPTNLFKAVSLTHLDLRGNRLKVLFYRGMLDHIGRSLMELQLEENPWNCTCEI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 NDNLIPMLPTNLFKAVSLTHLDLRGNRLKVLFYRGMLDHIGRSLMELQLEENPWNCTCEI
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KSD VQLKSWLERIPYTALVGDITCETPFHFHGKDLREIRKTELCPLLSDSEVEASLGIPHSSS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 VQLKSWLERIPYTALVGDITCETPFHFHGKDLREIRKTELCPLLSDSEVEASLGIPHSSS
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KSD SKENAWPTKPSSMLSSVHFTASSVEYKSSNKQPKPTKQPRTPRPPSTSQALYPGPNQPPI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 SKENAWPTKPSSMLSSVHFTASSVEYKSSNKQPKPTKQPRTPRPPSTSQALYPGPNQPPI
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KSD APYQTRPPIPIICPTGCTCNLHINDLGLTVNCKERGFNNISELLPRPLNAKKLYLSSNLI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 APYQTRPPIPIICPTGCTCNLHINDLGLTVNCKERGFNNISELLPRPLNAKKLYLSSNLI
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KSD QKIYRSDFWNFSSLDLLHLGNNRISYVQDGAFINLPNLKSLFLNGNDIEKLTPGMFRGLQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 QKIYRSDFWNFSSLDLLHLGNNRISYVQDGAFINLPNLKSLFLNGNDIEKLTPGMFRGLQ
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KSD SLHYLYFEFNVIREIQPAAFSLMPNLKLLFLNNNLLRTLPTDAFAGTSLARLNLRKNYFL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 SLHYLYFEFNVIREIQPAAFSLMPNLKLLFLNNNLLRTLPTDAFAGTSLARLNLRKNYFL
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KSD YLPVAGVLEHLNAIVQIDLNENPWDCTCDLVPFKQWIETISSVSVVGDVLCRSPENLTHR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 YLPVAGVLEHLNAIVQIDLNENPWDCTCDLVPFKQWIETISSVSVVGDVLCRSPENLTHR
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610 620 630 640 650 660
pF1KSD DVRTIELEVLCPEMLHVAPAGESPAQPGDSHLIGAPTSASPYEFSPPGGPVPLSVLILSL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 DVRTIELEVLCPEMLHVAPAGESPAQPGDSHLIGAPTSASPYEFSPPGGPVPLSVLILSL
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670 680 690 700 710 720
pF1KSD LVLFFSAVFVAAGLFAYVLRRRRKKLPFRSKRQEGVDLTGIQMQCHRLFEDGGGGGGGSG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 LVLFFSAVFVAAGLFAYVLRRRRKKLPFRSKRQEGVDLTGIQMQCHRLFEDGGGGGGGSG
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KSD GGGRPTLSSPEKAPPVGHVYEYIPHPVTQMCNNPIYKPREEEEVAVSSAQEAGSAERGGP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 GGGRPTLSSPEKAPPVGHVYEYIPHPVTQMCNNPIYKPREEEEVAVSSAQEAGSAERGGP
730 740 750 760 770 780
790 800 810 820 830 840
pF1KSD GTQPPGMGEALLGSEQFAETPKENHSNYRTLLEKEKEWALAVSSSQLNTIVTVNHHHPHH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 GTQPPGMGEALLGSEQFAETPKENHSNYRTLLEKEKEWALAVSSSQLNTIVTVNHHHPHH
790 800 810 820 830 840
850 860 870 880 890 900
pF1KSD PAVGGVSGVVGGTGGDLAGFRHHEKNGGVVLFPPGGGCGSGSMLLDRERPQPAPCTVGFV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 PAVGGVSGVVGGTGGDLAGFRHHEKNGGVVLFPPGGGCGSGSMLLDRERPQPAPCTVGFV
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910 920 930 940 950 960
pF1KSD DCLYGTVPKLKELHVHPPGMQYPDLQQDARLKETLLFSAEKGFTDHQTQKSDYLELRAKL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: ::::::::::::::::::::
NP_055 DCLYGTVPKLKELHVHPPGMQYPDLQQDARLKETLLFSAGKGFTDHQTQKSDYLELRAKL
910 920 930 940 950 960
970
pF1KSD QTKPDYLEVLEKTTYRF
:::::::::::::::::
NP_055 QTKPDYLEVLEKTTYRF
970
>>NP_001305739 (OMIM: 609679) SLIT and NTRK-like protein (977 aa)
initn: 6637 init1: 6637 opt: 6637 Z-score: 4341.8 bits: 814.8 E(85289): 0
Smith-Waterman score: 6637; 99.9% identity (99.9% similar) in 977 aa overlap (1-977:1-977)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MKPSIAEMLHRGRMLWIILLSTIALGWTTPIPLIEDSEEIDEPCFDPCYCEVKESLFHIH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 MKPSIAEMLHRGRMLWIILLSTIALGWTTPIPLIEDSEEIDEPCFDPCYCEVKESLFHIH
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KSD CDSKGFTNISQITEFWSRPFKLYLQRNSMRKLYTNSFLHLNNAVSINLGNNALQDIQTGA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 CDSKGFTNISQITEFWSRPFKLYLQRNSMRKLYTNSFLHLNNAVSINLGNNALQDIQTGA
70 80 90 100 110 120
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pF1KSD FNGLKILKRLYLHENKLDVFRNDTFLGLESLEYLQADYNVIKRIESGAFRNLSKLRVLIL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 FNGLKILKRLYLHENKLDVFRNDTFLGLESLEYLQADYNVIKRIESGAFRNLSKLRVLIL
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KSD NDNLIPMLPTNLFKAVSLTHLDLRGNRLKVLFYRGMLDHIGRSLMELQLEENPWNCTCEI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 NDNLIPMLPTNLFKAVSLTHLDLRGNRLKVLFYRGMLDHIGRSLMELQLEENPWNCTCEI
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250 260 270 280 290 300
pF1KSD VQLKSWLERIPYTALVGDITCETPFHFHGKDLREIRKTELCPLLSDSEVEASLGIPHSSS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 VQLKSWLERIPYTALVGDITCETPFHFHGKDLREIRKTELCPLLSDSEVEASLGIPHSSS
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KSD SKENAWPTKPSSMLSSVHFTASSVEYKSSNKQPKPTKQPRTPRPPSTSQALYPGPNQPPI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 SKENAWPTKPSSMLSSVHFTASSVEYKSSNKQPKPTKQPRTPRPPSTSQALYPGPNQPPI
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pF1KSD APYQTRPPIPIICPTGCTCNLHINDLGLTVNCKERGFNNISELLPRPLNAKKLYLSSNLI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 APYQTRPPIPIICPTGCTCNLHINDLGLTVNCKERGFNNISELLPRPLNAKKLYLSSNLI
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pF1KSD QKIYRSDFWNFSSLDLLHLGNNRISYVQDGAFINLPNLKSLFLNGNDIEKLTPGMFRGLQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 QKIYRSDFWNFSSLDLLHLGNNRISYVQDGAFINLPNLKSLFLNGNDIEKLTPGMFRGLQ
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pF1KSD SLHYLYFEFNVIREIQPAAFSLMPNLKLLFLNNNLLRTLPTDAFAGTSLARLNLRKNYFL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 SLHYLYFEFNVIREIQPAAFSLMPNLKLLFLNNNLLRTLPTDAFAGTSLARLNLRKNYFL
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pF1KSD YLPVAGVLEHLNAIVQIDLNENPWDCTCDLVPFKQWIETISSVSVVGDVLCRSPENLTHR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 YLPVAGVLEHLNAIVQIDLNENPWDCTCDLVPFKQWIETISSVSVVGDVLCRSPENLTHR
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pF1KSD DVRTIELEVLCPEMLHVAPAGESPAQPGDSHLIGAPTSASPYEFSPPGGPVPLSVLILSL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 DVRTIELEVLCPEMLHVAPAGESPAQPGDSHLIGAPTSASPYEFSPPGGPVPLSVLILSL
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pF1KSD LVLFFSAVFVAAGLFAYVLRRRRKKLPFRSKRQEGVDLTGIQMQCHRLFEDGGGGGGGSG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 LVLFFSAVFVAAGLFAYVLRRRRKKLPFRSKRQEGVDLTGIQMQCHRLFEDGGGGGGGSG
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pF1KSD GGGRPTLSSPEKAPPVGHVYEYIPHPVTQMCNNPIYKPREEEEVAVSSAQEAGSAERGGP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 GGGRPTLSSPEKAPPVGHVYEYIPHPVTQMCNNPIYKPREEEEVAVSSAQEAGSAERGGP
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pF1KSD GTQPPGMGEALLGSEQFAETPKENHSNYRTLLEKEKEWALAVSSSQLNTIVTVNHHHPHH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 GTQPPGMGEALLGSEQFAETPKENHSNYRTLLEKEKEWALAVSSSQLNTIVTVNHHHPHH
790 800 810 820 830 840
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pF1KSD PAVGGVSGVVGGTGGDLAGFRHHEKNGGVVLFPPGGGCGSGSMLLDRERPQPAPCTVGFV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 PAVGGVSGVVGGTGGDLAGFRHHEKNGGVVLFPPGGGCGSGSMLLDRERPQPAPCTVGFV
850 860 870 880 890 900
910 920 930 940 950 960
pF1KSD DCLYGTVPKLKELHVHPPGMQYPDLQQDARLKETLLFSAEKGFTDHQTQKSDYLELRAKL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: ::::::::::::::::::::
NP_001 DCLYGTVPKLKELHVHPPGMQYPDLQQDARLKETLLFSAGKGFTDHQTQKSDYLELRAKL
910 920 930 940 950 960
970
pF1KSD QTKPDYLEVLEKTTYRF
:::::::::::::::::
NP_001 QTKPDYLEVLEKTTYRF
970
>>NP_001305740 (OMIM: 609679) SLIT and NTRK-like protein (977 aa)
initn: 6637 init1: 6637 opt: 6637 Z-score: 4341.8 bits: 814.8 E(85289): 0
Smith-Waterman score: 6637; 99.9% identity (99.9% similar) in 977 aa overlap (1-977:1-977)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MKPSIAEMLHRGRMLWIILLSTIALGWTTPIPLIEDSEEIDEPCFDPCYCEVKESLFHIH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 MKPSIAEMLHRGRMLWIILLSTIALGWTTPIPLIEDSEEIDEPCFDPCYCEVKESLFHIH
10 20 30 40 50 60
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NP_001 CDSKGFTNISQITEFWSRPFKLYLQRNSMRKLYTNSFLHLNNAVSINLGNNALQDIQTGA
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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NP_001 QTKPDYLEVLEKTTYRF
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::.:.: .: :::::.::....:.::::: ..:. .:::.:::::::::...:. .:.:
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.:.:..:..... :.:.:. :.:::.. :. . .:.. :. . . .: ...
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.: .. :: :::::::::::..:. .::::::::. :..::.:. ... ... :
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pF1KSD PWNCTCEIVQLKSWLERIPYTALVGDITCETPFHFHGKDLREIRKTELCP--LLSDSEVE
::::.::...::.::. : :.:::::..:::::..::.:: :. : :::: :.:: :..
XP_005 PWNCSCELISLKDWLDSISYSALVGDVVCETPFRLHGRDLDEVSKQELCPRRLISDYEMR
240 250 260 270 280 290
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pF1KSD ASLGIPHSSSSKENAWPTKPSSMLSSVHFTASSVEYKSSNKQPKPTKQPRTPR--PPSTS
:.. : . : :.:. .:: :.::. :: : :: :.:: :: : : .
XP_005 -----PQTPLSTTGYLHTTPASV-NSVA-TSSSAVYKPPLKPPKGTRQPNKPRVRPTSRQ
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pF1KSD QALYPG-PNQPPIAPYQTRPPIPIICPTGCTCNLHINDLGLTVNCKERGFNNISELLPRP
. : : : :::. :.:. :::.:.:::.:.::::.:::.:: ...:.:: :.:
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pF1KSD LNAKKLYLSSNLIQKIYRSDFWNFSSLDLLHLGNNRISYVQDGAFINLPNLKSLFLNGND
: ::.::. : : . :.:: . ..::::::::::::..:: :: .: ::. :.::::
XP_005 YNPKKMYLTENYIAVVRRTDFLEATGLDLLHLGNNRISMIQDRAFGDLTNLRRLYLNGNR
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::.:.: .: :::::.::....:.::::: ..:. .:::.:::::::::...:. .:.:
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XP_005 APASLGAGGGASSVPLSVLILSLLLVFIMSVFVAAGLFVLVMKRRKKNQSDHTSTNNS-D
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pF1KSD LTGIQMQCHRLFEDGGGGGGGSGGGGR-------PTLSSPEKAPPVGHVYEYIPHPVTQM
.....:: . .. :::::.:: . :.: :. :.::::::::::. .:
XP_005 VSSFNMQ-YSVY----GGGGGTGGHPHAHVHHRGPAL--PKVKTPAGHVYEYIPHPLGHM
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pF1KSD CNNPIYKPRE-----------EEEVAVSSAQEAGSAERGGPGTQPPGMGEALLGSEQFAE
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XP_005 CKNPIYRSREGNSVEDYKDLHELKVTYSSNHHLQQQQQPPPPPQQPQQQPP----PQLQL
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pF1KSD TPKENHSNYRTLLEKEKEWALAVSSSQLNTIVTVNHHHPHHPAVGGVSGVVGGTGGDLAG
: : :...: :: . :: . :: . :: .
XP_005 QPGE---------EERRE-----------------SHHLRSPAYS-VSTIEPRE--DLLS
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XP_005 PVQDADRFYRGILEPDKHCSTTPAGNSL--PEYPK-FPCS----PAAYTFSPNY-DLR-R
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pF1KSD PPGMQYPDLQQDARLKETLLFSAEKG-FTDHQTQKSDYLELRAKLQTKPDYLEVLEKTTY
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pF1KSD RF
XP_005 FSQF
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pF1KSD MKPSIAEMLHRGRMLWIILLSTIALGWTTPIPLIEDSEEID---EPCFDPCYCEV
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NP_056 MHTCCPPVTLEQDLHRKMHSW--MLQTLAFAVTSLV--LSCAETIDYYGEICDNACPCEE
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pF1KSD SKLRVLILNDNLIPMLPTNLFKAVSLTHLDLRGNRLKVLFYRGMLDHIGRSLMELQLEEN
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NP_056 HLLQVLILNDNLLSSLPNNLFRFVPLTHLDLRGNRLKLLPYVGLLQHMDK-VVELQLEEN
180 190 200 210 220 230
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pF1KSD PWNCTCEIVQLKSWLERIPYTALVGDITCETPFHFHGKDLREIRKTELCP--LLSDSEVE
::::.::...::.::. : :.:::::..:::::..::.:: :. : :::: :.:: :..
NP_056 PWNCSCELISLKDWLDSISYSALVGDVVCETPFRLHGRDLDEVSKQELCPRRLISDYEMR
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340
pF1KSD ASLGIPHSSSSKENAWPTKPSSMLSSVHFTASSVEYKSSNKQPKPTKQPRTPR--PPSTS
:.. : . : :.:. .:: :.::. :: : :: :.:: :: : : .
NP_056 -----PQTPLSTTGYLHTTPASV-NSVA-TSSSAVYKPPLKPPKGTRQPNKPRVRPTSRQ
300 310 320 330 340
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pF1KSD QALYPG-PNQPPIAPYQTRPPIPIICPTGCTCNLHINDLGLTVNCKERGFNNISELLPRP
. : : : :::. :.:. :::.:.:::.:.::::.:::.:: ...:.:: :.:
NP_056 PSKDLGYSNYGPSIAYQTKSPVPLECPTACSCNLQISDLGLNVNCQERKIESIAELQPKP
350 360 370 380 390 400
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pF1KSD LNAKKLYLSSNLIQKIYRSDFWNFSSLDLLHLGNNRISYVQDGAFINLPNLKSLFLNGND
: ::.::. : : . :.:: . ..::::::::::::..:: :: .: ::. :.::::
NP_056 YNPKKMYLTENYIAVVRRTDFLEATGLDLLHLGNNRISMIQDRAFGDLTNLRRLYLNGNR
410 420 430 440 450 460
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pF1KSD IEKLTPGMFRGLQSLHYLYFEFNVIREIQPAAFSLMPNLKLLFLNNNLLRTLPTDAFAGT
::.:.: .: :::::.::....:.::::: ..:. .:::.:::::::::...:. .:.:
NP_056 IERLSPELFYGLQSLQYLFLQYNLIREIQSGTFDPVPNLQLLFLNNNLLQAMPSGVFSGL
470 480 490 500 510 520
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pF1KSD SLARLNLRKNYFLYLPVAGVLEHLNAIVQIDLNENPWDCTCDLVPFKQWIETISSVSVVG
.: :::::.:.: :::.:::..:....::::..::::::::.: .: :.: .. .:
NP_056 TLLRLNLRSNHFTSLPVSGVLDQLKSLIQIDLHDNPWDCTCDIVGMKLWVEQLKVGVLVD
530 540 550 560 570 580
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pF1KSD DVLCRSPENLTHRDVRTIELEVLCPEMLHVAPAGESPAQ---PGDSHLIGAP-----TSA
.:.:..:..... :.:.:. :.:::.. :. . .:.. :. . . .: ...
NP_056 EVICKAPKKFAETDMRSIKSELLCPDYSDVVVSTPTPSSIQVPARTSAV-TPAVRLNSTG
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pF1KSD SPYEFSPPGGP--VPLSVLILSLLVLFFSAVFVAAGLFAYVLRRRRKKLPFRSKRQEGVD
.: .. :: :::::::::::..:. .::::::::. :..::.:. ... ... :
NP_056 APASLGAGGGASSVPLSVLILSLLLVFIMSVFVAAGLFVLVMKRRKKNQSDHTSTNNS-D
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.....:: . .. :::::.:: . :.: :. :.::::::::::. .:
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:.::::. :: : .:. :: .. . .. : : : . :.
NP_056 CKNPIYRSREGNSVEDYKDLHELKVTYSSNHHLQQQQQPPPPPQQPQQQPP----PQLQL
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pF1KSD TPKENHSNYRTLLEKEKEWALAVSSSQLNTIVTVNHHHPHHPAVGGVSGVVGGTGGDLAG
: : :...: :: . :: . :: . :: .
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. .. : :.. :. : : :. ::. : :. .:. .
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pF1KSD PPGMQYPDLQQDARLKETLLFSAEKG-FTDHQTQKSDYLELRAKLQTKPDYLEVLEKTTY
: . .: :.::.: .:.: .. :. . ....::::.:::...::::::::: :
NP_056 PHQYLHPG-AGDSRLREPVLYSPPSAVFV--EPNRNEYLELKAKLNVEPDYLEVLEKQTT
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pF1KSD RF
NP_056 FSQF
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pF1KSD NDNLIPMLPTNLFKAVSLTHLDLRGNRLKVLFYRGMLDHIGRSLMELQLEENPWNCTCEI
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. :: .. . .. .... :: ..: ::: ... : ::
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pF1KSD QKIYRSDFWNFSSLDLLHLGNNRISYVQDGAFINLPNLKSLFLNGNDIEKLTPGMFRGLQ
: .:..:. ..:::::::::::::. .:.::: :: .:. :.:::: .: : :.:: :::
NP_001 QTVYKNDLLEYSSLDLLHLGNNRIAVIQEGAFTNLTSLRRLYLNGNYLEVLYPSMFDGLQ
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pF1KSD SLHYLYFEFNVIREIQPAAFSLMPNLKLLFLNNNLLRTLPTDAFAGTSLARLNLRKNYFL
::.:::.:.:::.::.: .:. . ::.::::::::::.:: . :.::.:.:::::.:.:
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pF1KSD YLPVAGVLEHLNAIVQIDLNENPWDCTCDLVPFKQWIETISSVSVVGDVLCRSPENLTHR
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NP_001 HLPVKGVLDQLPAFIQIDLQENPWDCTCDIMGLKDWTEHANSPVIINEVTCESPAKHAGE
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.. . :..::. .: . . . .: .: : .:: . ::::::::
NP_001 ILKFLGREAICPD----SPNLSDGTVLSMNHNTDTPRSLSVSPSSYPELHTEVPLSVLIL
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pF1KSD SLLVLFFSAVFVAAGLFAYVLRRRRKKLPFRSKRQEGVDLTGIQMQCHRLFEDGGGGGGG
.:::.:. .: .::::..::.:: : .: . ...:....:.:
NP_001 GLLVVFILSVCFGAGLFVFVLKRR-KGVPSVPRNTNNLDVSSFQLQY-------------
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pF1KSD SGGGGRPTLSSPEKAPPVGHVYEYIPHPVTQMCNNPIYKPREEEEVAVSSAQEAGSAERG
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pF1KSD GPGTQPPGMGEALLGSEQFAE---TPKENHSNYRTLLEKEKEWALAVSSSQLNTIVTVNH
. :. ... .. : ::.: . :... :. ::
NP_001 EEKKEEPATPAYTISATELLEKQATPREPELLYQNIAERVKELPSAGLVHYNFCTLPKRQ
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pF1KSD HHPHHPAVGGVSGVVGGTGGDLAGFRHHEKNGGVVLFPPGGGCGSGSMLLDRERPQPAPC
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pF1KSD MKPSIAEMLHRGRMLWIILLSTIALGWTTPIPLIEDSEEIDEPCFDPCYCEVKESLFHIH
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NP_115 MLSGVWFLSVLTVA-G----ILQTESRKTAKDICKIRCLCEEKENVLNIN
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pF1KSD CDSKGFTNISQITEFWSRPFKLYLQRNSMRKLYTNSFLHLNNAVSINLGNNALQDIQTGA
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NP_115 CENKGFTTVSLLQPPQYRIYQLFLNGNLLTRLYPNEFVNYSNAVTLHLGNNGLQEIRTGA
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pF1KSD FNGLKILKRLYLHENKLDVFRNDTFLGLESLEYLQADYNVIKRIESGAFRNLSKLRVLIL
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NP_115 FSGLKTLKRLHLNNNKLEILREDTFLGLESLEYLQADYNYISAIEAGAFSKLNKLKVLIL
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pF1KSD NDNLIPMLPTNLFKAVSLTHLDLRGNRLKVLFYRGMLDHIGRSLMELQLEENPWNCTCEI
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NP_115 NDNLLLSLPSNVFRFVLLTHLDLRGNRLKVMPFAGVLEHIG-GIMEIQLEENPWNCTCDL
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pF1KSD VQLKSWLERIPYTALVGDITCETPFHFHGKDLREIRKTELCPLLSDSEVEASLGIPHSSS
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pF1KSD SKENAWPTKPSSMLSSVHFTASSVEYKSSNKQPKPTKQPRTPRPPSTSQALYPGPNQPPI
. :: .. . .. .... :: ..: ::: ... : ::
NP_115 HVQRLSPTMNPAL--------NPTRAPKASRPPKMRNRP-TPRVTVSKDRQSFG----PI
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NP_115 MVYQTKSPVPLTCPSSCVCTSQSSDNGLNVNCQERKFTNISDLQPKPTSPKKLYLTGNYL
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pF1KSD QKIYRSDFWNFSSLDLLHLGNNRISYVQDGAFINLPNLKSLFLNGNDIEKLTPGMFRGLQ
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NP_115 QTVYKNDLLEYSSLDLLHLGNNRIAVIQEGAFTNLTSLRRLYLNGNYLEVLYPSMFDGLQ
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pF1KSD SLHYLYFEFNVIREIQPAAFSLMPNLKLLFLNNNLLRTLPTDAFAGTSLARLNLRKNYFL
::.:::.:.:::.::.: .:. . ::.::::::::::.:: . :.::.:.:::::.:.:
NP_115 SLQYLYLEYNVIKEIKPLTFDALINLQLLFLNNNLLRSLPDNIFGGTALTRLNLRNNHFS
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pF1KSD YLPVAGVLEHLNAIVQIDLNENPWDCTCDLVPFKQWIETISSVSVVGDVLCRSPENLTHR
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NP_115 HLPVKGVLDQLPAFIQIDLQENPWDCTCDIMGLKDWTEHANSPVIINEVTCESPAKHAGE
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pF1KSD DVRTIELEVLCPEMLHVAPAGESPAQPGDSHLIGAPTS--ASPYEFSPPGGPVPLSVLIL
.. . :..::. .: . . . .: .: : .:: . ::::::::
NP_115 ILKFLGREAICPD----SPNLSDGTVLSMNHNTDTPRSLSVSPSSYPELHTEVPLSVLIL
570 580 590 600 610 620
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pF1KSD SLLVLFFSAVFVAAGLFAYVLRRRRKKLPFRSKRQEGVDLTGIQMQCHRLFEDGGGGGGG
.:::.:. .: .::::..::.:: : .: . ...:....:.:
NP_115 GLLVVFILSVCFGAGLFVFVLKRR-KGVPSVPRNTNNLDVSSFQLQY-------------
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pF1KSD SGGGGRPTLSSPEKAPPVGHVYEYIPHPVTQMCNNPIYKPREEEEVAVSSAQEAGSAERG
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NP_115 ----GSYNTETHDKTD--GHVYNYIPPPVGQMCQNPIYMQKEGDPVAYYRNLQEFSYSNL
670 680 690 700 710 720
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pF1KSD GPGTQPPGMGEALLGSEQFAE---TPKENHSNYRTLLEKEKEWALAVSSSQLNTIVTVNH
. :. ... .. : ::.: . :... :. ::
NP_115 EEKKEEPATPAYTISATELLEKQATPREPELLYQNIAERVKELPSAGLVHYNFCTLPKRQ
730 740 750 760 770 780
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pF1KSD HHPHHPAVGGVSGVVGGTGGDLAGFRHHEKNGGVVLFPPGGGCGSGSMLLDRERPQPAPC
NP_115 FAPSYESRRQNQDRINKTVLYGTPRKCFVGQSKPNHPLLQAKPQSEPDYLEVLEKQTAIS
790 800 810 820 830 840
>>NP_001137482 (OMIM: 300561) SLIT and NTRK-like protein (845 aa)
initn: 2191 init1: 1010 opt: 1214 Z-score: 805.6 bits: 160.3 E(85289): 3.9e-38
Smith-Waterman score: 2199; 44.3% identity (70.8% similar) in 808 aa overlap (15-817:5-765)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MKPSIAEMLHRGRMLWIILLSTIALGWTTPIPLIEDSEEIDEPCFDPCYCEVKESLFHIH
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NP_001 MLSGVWFLSVLTVA-G----ILQTESRKTAKDICKIRCLCEEKENVLNIN
10 20 30 40
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pF1KSD CDSKGFTNISQITEFWSRPFKLYLQRNSMRKLYTNSFLHLNNAVSINLGNNALQDIQTGA
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NP_001 CENKGFTTVSLLQPPQYRIYQLFLNGNLLTRLYPNEFVNYSNAVTLHLGNNGLQEIRTGA
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pF1KSD FNGLKILKRLYLHENKLDVFRNDTFLGLESLEYLQADYNVIKRIESGAFRNLSKLRVLIL
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NP_001 FSGLKTLKRLHLNNNKLEILREDTFLGLESLEYLQADYNYISAIEAGAFSKLNKLKVLIL
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pF1KSD NDNLIPMLPTNLFKAVSLTHLDLRGNRLKVLFYRGMLDHIGRSLMELQLEENPWNCTCEI
::::. ::.:.:. : :::::::::::::. . :.:.::: ..::.:::::::::::..
NP_001 NDNLLLSLPSNVFRFVLLTHLDLRGNRLKVMPFAGVLEHIG-GIMEIQLEENPWNCTCDL
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pF1KSD VQLKSWLERIPYTALVGDITCETPFHFHGKDLREIRKTELCPLLSDSEVEASLGIPHSSS
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NP_001 LPLKAWLDTI--TVFVGEIVCETPFRLHGKDVTQLTRQDLCPRKSASD--SSQRGSHADT
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pF1KSD SKENAWPTKPSSMLSSVHFTASSVEYKSSNKQPKPTKQPRTPRPPSTSQALYPGPNQPPI
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NP_001 HVQRLSPTMNPAL--------NPTRAPKASRPPKMRNRP-TPRVTVSKDRQSFG----PI
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pF1KSD APYQTRPPIPIICPTGCTCNLHINDLGLTVNCKERGFNNISELLPRPLNAKKLYLSSNLI
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NP_001 MVYQTKSPVPLTCPSSCVCTSQSSDNGLNVNCQERKFTNISDLQPKPTSPKKLYLTGNYL
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pF1KSD QKIYRSDFWNFSSLDLLHLGNNRISYVQDGAFINLPNLKSLFLNGNDIEKLTPGMFRGLQ
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NP_001 QTVYKNDLLEYSSLDLLHLGNNRIAVIQEGAFTNLTSLRRLYLNGNYLEVLYPSMFDGLQ
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pF1KSD SLHYLYFEFNVIREIQPAAFSLMPNLKLLFLNNNLLRTLPTDAFAGTSLARLNLRKNYFL
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NP_001 SLQYLYLEYNVIKEIKPLTFDALINLQLLFLNNNLLRSLPDNIFGGTALTRLNLRNNHFS
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NP_001 HLPVKGVLDQLPAFIQIDLQENPWDCTCDIMGLKDWTEHANSPVIINEVTCESPAKHAGE
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