Result of FASTA (omim) for
pF1KSDA0845
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KSDA0845, 1026 aa
1>>>pF1KSDA0845 1026 - 1026 aa - 1026 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 21.3492+/-0.000641; mu= -56.1420+/- 0.040
mean_var=944.0709+/-192.440, 0's: 0 Z-trim(121.6): 320 B-trim: 0 in 0/59
Lambda= 0.041742
statistics sampled from 38116 (38452) to 38116 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.708), E-opt: 0.2 (0.451), width: 16
Scan time: 15.630
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_066554 (OMIM: 105400,162230,616924) neurofilame (1020) 6420 403.1 4.1e-111
XP_011528502 (OMIM: 105400,162230,616924) PREDICTE ( 924) 4495 287.1 3e-76
NP_005373 (OMIM: 162250) neurofilament medium poly ( 916) 1699 118.8 1.4e-25
NP_116116 (OMIM: 605338) alpha-internexin [Homo sa ( 499) 1120 83.8 2.6e-15
NP_006149 (OMIM: 162280,607684,607734) neurofilame ( 543) 1015 77.5 2.3e-13
NP_003371 (OMIM: 116300,193060) vimentin [Homo sap ( 466) 964 74.4 1.7e-12
XP_006717563 (OMIM: 116300,193060) PREDICTED: vime ( 466) 964 74.4 1.7e-12
NP_001918 (OMIM: 125660,181400,601419,602067,60476 ( 470) 938 72.8 4.9e-12
NP_002046 (OMIM: 137780,203450) glial fibrillary a ( 432) 881 69.4 4.9e-11
XP_005269082 (OMIM: 105400,170710) PREDICTED: peri ( 471) 874 69.0 7.2e-11
NP_001124491 (OMIM: 137780,203450) glial fibrillar ( 431) 869 68.7 8.1e-11
NP_001229305 (OMIM: 137780,203450) glial fibrillar ( 438) 869 68.7 8.3e-11
XP_016879940 (OMIM: 137780,203450) PREDICTED: glia ( 472) 869 68.7 8.8e-11
NP_006253 (OMIM: 105400,170710) peripherin [Homo s ( 470) 863 68.3 1.1e-10
NP_001099011 (OMIM: 162250) neurofilament medium p ( 540) 711 59.2 7.3e-08
NP_001243222 (OMIM: 148060) keratin, type II cytos ( 483) 637 54.7 1.4e-06
NP_002264 (OMIM: 148060) keratin, type II cytoskel ( 483) 637 54.7 1.4e-06
NP_001243211 (OMIM: 148060) keratin, type II cytos ( 511) 637 54.7 1.5e-06
NP_005547 (OMIM: 148059) keratin, type II cytoskel ( 469) 613 53.2 3.8e-06
XP_011536627 (OMIM: 148059) PREDICTED: keratin, ty ( 445) 609 53.0 4.3e-06
NP_004684 (OMIM: 609025,612318) keratin, type II c ( 551) 604 52.7 6.5e-06
NP_056932 (OMIM: 616671) keratin, type II cytoskel ( 638) 592 52.0 1.2e-05
NP_775109 (OMIM: 612315,615735) keratin, type II c ( 564) 589 51.8 1.2e-05
NP_002266 (OMIM: 148030) keratin, type I cytoskele ( 456) 582 51.4 1.4e-05
NP_005546 (OMIM: 148042,615728) keratin, type II c ( 564) 585 51.6 1.5e-05
NP_476429 (OMIM: 122100,148043) keratin, type II c ( 628) 587 51.7 1.5e-05
XP_011523086 (OMIM: 148030) PREDICTED: keratin, ty ( 463) 576 51.0 1.8e-05
NP_005545 (OMIM: 148041,615726) keratin, type II c ( 564) 580 51.3 1.8e-05
NP_000415 (OMIM: 131760,131800,131900,131960,14804 ( 590) 579 51.2 1.9e-05
XP_016880103 (OMIM: 148030) PREDICTED: keratin, ty ( 437) 571 50.7 2.1e-05
NP_149034 (OMIM: 602766) keratin, type II cuticula ( 600) 577 51.1 2.1e-05
XP_011536637 (OMIM: 602766) PREDICTED: keratin, ty ( 600) 577 51.1 2.1e-05
NP_000214 (OMIM: 122100,601687) keratin, type I cy ( 494) 567 50.5 2.7e-05
NP_002267 (OMIM: 148020) keratin, type I cytoskele ( 400) 560 50.0 3e-05
NP_000517 (OMIM: 125595,131760,131800,131900,14806 ( 472) 563 50.2 3.1e-05
NP_000413 (OMIM: 148069,167210,184500) keratin, ty ( 432) 561 50.1 3.1e-05
NP_778238 (OMIM: 608247) keratin, type II cytoskel ( 540) 561 50.1 3.8e-05
NP_778223 (OMIM: 194300,608248,613981,614929) kera ( 529) 555 49.8 4.8e-05
NP_002274 (OMIM: 602032,602767) keratin, type II c ( 507) 553 49.6 5e-05
NP_258259 (OMIM: 608245,615896) keratin, type II c ( 523) 550 49.5 5.9e-05
NP_787028 (OMIM: 611160) keratin, type II cytoskel ( 535) 550 49.5 6e-05
NP_705694 (OMIM: 148065,615785) keratin, type I cy ( 458) 546 49.2 6.2e-05
NP_001307127 (OMIM: 158000,601928) keratin, type I ( 486) 545 49.2 6.8e-05
XP_016874785 (OMIM: 158000,601928) PREDICTED: kera ( 486) 545 49.2 6.8e-05
NP_005548 (OMIM: 148067,167200,613000) keratin, ty ( 473) 543 49.0 7.2e-05
NP_002272 (OMIM: 158000,602153) keratin, type II c ( 505) 544 49.1 7.3e-05
XP_005268923 (OMIM: 158000,601928) PREDICTED: kera ( 563) 545 49.2 7.7e-05
NP_000412 (OMIM: 113800,148080,607602,609165) kera ( 584) 545 49.2 8e-05
NP_002273 (OMIM: 158000,602765) keratin, type II c ( 493) 540 48.9 8.5e-05
NP_149022 (OMIM: 601078) keratin, type II cuticula ( 513) 540 48.9 8.8e-05
>>NP_066554 (OMIM: 105400,162230,616924) neurofilament h (1020 aa)
initn: 7437 init1: 4449 opt: 6420 Z-score: 2115.8 bits: 403.1 E(85289): 4.1e-111
Smith-Waterman score: 6420; 99.4% identity (99.4% similar) in 1026 aa overlap (1-1026:1-1020)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MMSFGGADALLGAPFAPLHGGGSLHYALARKGGAGGTRSAAGSSSGFHSWTRTSVSSVSA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_066 MMSFGGADALLGAPFAPLHGGGSLHYALARKGGAGGTRSAAGSSSGFHSWTRTSVSSVSA
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KSD SPSRFRGAGAASSTDSLDTLSNGPEGCMVAVATSRSEKEQLQALNDRFAGYIDKVRQLEA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_066 SPSRFRGAGAASSTDSLDTLSNGPEGCMVAVATSRSEKEQLQALNDRFAGYIDKVRQLEA
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KSD HNRSLEGEAAALRQQQAGRSAMGELYEREVREMRGAVLRLGAARGQLRLEQEHLLEDIAH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_066 HNRSLEGEAAALRQQQAGRSAMGELYEREVREMRGAVLRLGAARGQLRLEQEHLLEDIAH
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KSD VRQRLDDEARQREEAEAAARALARFAQEAEAARVDLQKKAQALQEECGYLRRHHQEEVGE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_066 VRQRLDDEARQREEAEAAARALARFAQEAEAARVDLQKKAQALQEECGYLRRHHQEEVGE
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KSD LLGQIQGSGAAQAQMQAETRDALKCDVTSALREIRAQLEGHAVQSTLQSEEWFRVRLDRL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_066 LLGQIQGSGAAQAQMQAETRDALKCDVTSALREIRAQLEGHAVQSTLQSEEWFRVRLDRL
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_066 SEAAKVNTDAMRSAQEEITEYRRQLQARTTELEALKSTKDSLERQRSELEDRHQADIASY
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_066 QEAIQQLDAELRNTKWEMAAQLREYQDLLNVKMALDIEIAAYRKLLEGEECRIGFGPIPF
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KSD SLPEGLPKIPSVSTHIKVKSEEKIKVVEKSEKETVIVEEQTEETQVTEEVTEEEEKEAKE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_066 SLPEGLPKIPSVSTHIKVKSEEKIKVVEKSEKETVIVEEQTEETQVTEEVTEEEEKEAKE
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_066 EEGKEEEGGEEEEAEGGEEETKSPPAEEAASPEKEAKSPVKEEAKSPAEAKSPEKEEAKS
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KSD PAEVKSPEKAKSPAKEEAKSPPEAKSPEKEEAKSPAEVKSPEKAKSPAKEEAKSPAEAKS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_066 PAEVKSPEKAKSPAKEEAKSPPEAKSPEKEEAKSPAEVKSPEKAKSPAKEEAKSPAEAKS
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KSD PEKAKSPVKEEAKSPAEAKSPVKEEAKSPAEVKSPEKAKSPTKEEAKSPEKAKSPEKAKS
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_066 PEKAKSPVKEEAKSPAEAKSPVKEEAKSPAEVKSPEKAKSPTKEEAKSPEKAKSPEK---
610 620 630 640 650
670 680 690 700 710 720
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:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_066 ---EEAKSPEKAKSPVKAEAKSPEKAKSPVKAEAKSPEKAKSPVKEEAKSPEKAKSPVKE
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_066 EAKSPEKAKSPVKEEAKTPEKAKSPVKEEAKSPEKAKSPEKAKTLDVKSPEAKTPAKEEA
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pF1KSD RSPADKFPEKAKSPVKEEVKSPEKAKSPLKEDAKAPEKEIPKKEEVKSPVKEEEKPQEVK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_066 RSPADKFPEKAKSPVKEEVKSPEKAKSPLKEDAKAPEKEIPKKEEVKSPVKEEEKPQEVK
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_066 VKEPPKKAEEEKAPATPKTEEKKDSKKEEAPKKEAPKPKVEEKKEPAVEKPKESKVEAKK
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_066 EEAEDKKKVPTPEKEAPAKVEVKEDAKPKEKTEVAKKEPDDAKAKEPSKPAEKKEAAPEK
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pF1KSD KDTKEEKAKKPEEKPKTEAKAKEDDKTLSKEPSKPKAEKAEKSSSTDQKDSKPPEKATED
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_066 KDTKEEKAKKPEEKPKTEAKAKEDDKTLSKEPSKPKAEKAEKSSSTDQKDSKPPEKATED
960 970 980 990 1000 1010
pF1KSD KAAKGK
::::::
NP_066 KAAKGK
1020
>>XP_011528502 (OMIM: 105400,162230,616924) PREDICTED: n (924 aa)
initn: 3841 init1: 3841 opt: 4495 Z-score: 1490.0 bits: 287.1 E(85289): 3e-76
Smith-Waterman score: 5629; 90.1% identity (90.1% similar) in 1026 aa overlap (1-1026:1-924)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MMSFGGADALLGAPFAPLHGGGSLHYALARKGGAGGTRSAAGSSSGFHSWTRTSVSSVSA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 MMSFGGADALLGAPFAPLHGGGSLHYALARKGGAGGTRSAAGSSSGFHSWTRTSVSSVSA
10 20 30 40 50 60
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pF1KSD SPSRFRGAGAASSTDSLDTLSNGPEGCMVAVATSRSEKEQLQALNDRFAGYIDKVRQLEA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 SPSRFRGAGAASSTDSLDTLSNGPEGCMVAVATSRSEKEQLQALNDRFAGYIDKVRQLEA
70 80 90 100 110 120
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pF1KSD HNRSLEGEAAALRQQQAGRSAMGELYEREVREMRGAVLRLGAARGQLRLEQEHLLEDIAH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 HNRSLEGEAAALRQQQAGRSAMGELYEREVREMRGAVLRLGAARGQLRLEQEHLLEDIAH
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KSD VRQRLDDEARQREEAEAAARALARFAQEAEAARVDLQKKAQALQEECGYLRRHHQEEVGE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 VRQRLDDEARQREEAEAAARALARFAQEAEAARVDLQKKAQALQEECGYLRRHHQEEVGE
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KSD LLGQIQGSGAAQAQMQAETRDALKCDVTSALREIRAQLEGHAVQSTLQSEEWFRVRLDRL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 LLGQIQGSGAAQAQMQAETRDALKCDVTSALREIRAQLEGHAVQSTLQSEEWFRVRLDRL
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 SEAAKVNTDAMRSAQEEITEYRRQLQARTTELEALKSTKDSLERQRSELEDRHQADIASY
310 320 330 340 350 360
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pF1KSD QEAIQQLDAELRNTKWEMAAQLREYQDLLNVKMALDIEIAAYRKLLEGEECRIGFGPIPF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 QEAIQQLDAELRNTKWEMAAQLREYQDLLNVKMALDIEIAAYRKLLEGEECRIGFGPIPF
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KSD SLPEGLPKIPSVSTHIKVKSEEKIKVVEKSEKETVIVEEQTEETQVTEEVTEEEEKEAKE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 SLPEGLPKIPSVSTHIKVKSEEKIKVVEKSEKETVIVEEQTEETQVTEEVTEEEEKEAKE
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 EEGKEEEGGEEEEAEGGEEETKSPPAEEAASPEKEAKSPVKEEAKSPAEAKSPEKEEAKS
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pF1KSD PAEVKSPEKAKSPAKEEAKSPPEAKSPEKEEAKSPAEVKSPEKAKSPAKEEAKSPAEAKS
:::::::::::::
XP_011 PAEVKSPEKAKSP-----------------------------------------------
550
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pF1KSD PEKAKSPVKEEAKSPAEAKSPVKEEAKSPAEVKSPEKAKSPTKEEAKSPEKAKSPEKAKS
:::::
XP_011 -------------------------------------------------------EKAKS
670 680 690 700 710 720
pF1KSD PEKEEAKSPEKAKSPVKAEAKSPEKAKSPVKAEAKSPEKAKSPVKEEAKSPEKAKSPVKE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 PEKEEAKSPEKAKSPVKAEAKSPEKAKSPVKAEAKSPEKAKSPVKEEAKSPEKAKSPVKE
560 570 580 590 600 610
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pF1KSD EAKSPEKAKSPVKEEAKTPEKAKSPVKEEAKSPEKAKSPEKAKTLDVKSPEAKTPAKEEA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 EAKSPEKAKSPVKEEAKTPEKAKSPVKEEAKSPEKAKSPEKAKTLDVKSPEAKTPAKEEA
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pF1KSD RSPADKFPEKAKSPVKEEVKSPEKAKSPLKEDAKAPEKEIPKKEEVKSPVKEEEKPQEVK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 RSPADKFPEKAKSPVKEEVKSPEKAKSPLKEDAKAPEKEIPKKEEVKSPVKEEEKPQEVK
680 690 700 710 720 730
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pF1KSD VKEPPKKAEEEKAPATPKTEEKKDSKKEEAPKKEAPKPKVEEKKEPAVEKPKESKVEAKK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 VKEPPKKAEEEKAPATPKTEEKKDSKKEEAPKKEAPKPKVEEKKEPAVEKPKESKVEAKK
740 750 760 770 780 790
910 920 930 940 950 960
pF1KSD EEAEDKKKVPTPEKEAPAKVEVKEDAKPKEKTEVAKKEPDDAKAKEPSKPAEKKEAAPEK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 EEAEDKKKVPTPEKEAPAKVEVKEDAKPKEKTEVAKKEPDDAKAKEPSKPAEKKEAAPEK
800 810 820 830 840 850
970 980 990 1000 1010 1020
pF1KSD KDTKEEKAKKPEEKPKTEAKAKEDDKTLSKEPSKPKAEKAEKSSSTDQKDSKPPEKATED
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 KDTKEEKAKKPEEKPKTEAKAKEDDKTLSKEPSKPKAEKAEKSSSTDQKDSKPPEKATED
860 870 880 890 900 910
pF1KSD KAAKGK
::::::
XP_011 KAAKGK
920
>>NP_005373 (OMIM: 162250) neurofilament medium polypept (916 aa)
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10 20 30 40 50 60
pF1KSD ADALLGAPFAPLHGGGSLHYALARKGGAGGTRSAAGSSSGF--HSWTRTSVSSVSASPSR
.: ... :::: .::.: : :.::.: .:
NP_005 MSYTLDSLGNPSAYRRVTETRSSFSRVSGSPSSGFRSQSWSRGSPSTVSSSYKR
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110
pF1KSD --------FRGAGAASSTDSLD-----TLSNGPEGCMVAVATSRS-EKEQLQALNDRFAG
. .: .:. .::: .: :: : ::: ::::::.:::::::
NP_005 SMLAPRLAYSSAMLSSAESSLDFSQSSSLLNGGSGPGGDYKLSRSNEKEQLQGLNDRFAG
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KSD YIDKVRQLEAHNRSLEGEAAALRQQQAGRSAMGELYEREVREMRGAVLRLGAARGQLRLE
::.::. :: .:. .:.: ::::.::... .:. :..:.::.:... .. ..:..:.
NP_005 YIEKVHYLEQQNKEIEAEIQALRQKQASHAQLGDAYDQEIRELRATLEMVNHEKAQVQLD
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KSD QEHLLEDIAHVRQRLDDEARQREEAEAAARALARFAQEAEAARVDLQKKAQALQEECGYL
..:: ::: ....:...::: :...::: ::: . .:: ..:.:.::.:.::.: ..:
NP_005 SDHLEEDIHRLKERFEEEARLRDDTEAAIRALRKDIEEASLVKVELDKKVQSLQDEVAFL
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KSD RRHHQEEVGELLGQIQGSGAAQAQMQAETRDALKCDVTSALREIRAQLEGHAVQSTLQSE
: .:.:::..::.:::.: .. .: .: :: :...::.:::.:::.:. :. :.:
NP_005 RSNHEEEVADLLAQIQAS-----HITVERKDYLKTDISTALKEIRSQLESHSDQNMHQAE
240 250 260 270 280
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pF1KSD EWFRVRLDRLSEAAKVNTDAMRSAQEEITEYRRQLQARTTELEALKSTKDSLERQRSELE
:::. : .:.:::. : .:.:::.:::.:::::::... :::....::.::::: :..:
NP_005 EWFKCRYAKLTEAAEQNKEAIRSAKEEIAEYRRQLQSKSIELESVRGTKESLERQLSDIE
290 300 310 320 330 340
360 370 380 390 400 410
pF1KSD DRHQADIASYQEAIQQLDAELRNTKWEMAAQLREYQDLLNVKMALDIEIAAYRKLLEGEE
.::. :..:::..::::. :::.:::::: .:::::::::::::::::::::::::::::
NP_005 ERHNHDLSSYQDTIQQLENELRGTKWEMARHLREYQDLLNVKMALDIEIAAYRKLLEGEE
350 360 370 380 390 400
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pF1KSD CRIGF--GPIPFSLPEGLPKIPSVSTHI-KVKSEE-KIKVVEKSEKETVIVEEQTEETQV
:.. : : : : : ..:..: : : : :.:: .: .::: :::.:
NP_005 TRFSTFAGSITGPLYTHRPPI-TISSKIQKPKVEAPKLKVQHK------FVEEIIEETKV
410 420 430 440 450 460
470 480 490 500 510 520
pF1KSD TEEVTEEEEKEAKEEEGKEEEGGEEEEAEGGEEETKSPPAEEAASPEKEAKSPVKEEAKS
.: .: :: . : . . .::. :..::. . : ::: : ::::: :
NP_005 EDEKSEMEEALTAITE-ELAVSMKEEKKEAAEEKEEEPEAEEEEVAAK--KSPVKATAPE
470 480 490 500 510
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pF1KSD PAEAKSPEKEEAKSPAEVKSPEKAKSPAKEEAKSPPEAKSPEKEEAKSPAEVKSPEKAKS
: .. ..:: . : . : ::: ::. : :..: ::::..
NP_005 VKEEEGEKEEEEGQEEEEEEDEGAKSDQAEEGGSEKEGSS-EKEEGE-------------
520 530 540 550 560
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pF1KSD PAKEEAKSPAEAKSPEKAKSPVKEEAKSPAEAKSPVKEEAKSPAEVKSPEKAKSPTKEEA
.::... :::.. : :::: :: : .: :: : : ::::
NP_005 --QEEGETEAEAEGEE-------------AEAK----EEKK--VEEKSEEVA---TKEEL
570 580 590 600
650 660 670 680 690 700
pF1KSD KSPEKAKSPEKAKSPEKEEAKSPEKAKSPVKAEAKSPEKAKSPVKAEAKSPEKAKSPVKE
. :...::::::: : ::::. ..::: ::::. ..::: ::::.:
NP_005 VADAKVEKPEKAKSP------VP---KSPVEEKGKSPVP-KSPVEEKGKSPVP-KSPVEE
610 620 630 640 650
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pF1KSD EAKSPEKAKSPVKEEAKSPEKAKSPVKEEAKTPEKAKSPVKEEAKSPEKAKSPEKAKTLD
..::: ::::.:..::: .::::.:.::.: :::: ::::: .. . :. .
NP_005 KGKSPVP-KSPVEEKGKSPV-SKSPVEEKAKSPVP-KSPV-EEAKSKAEVGKGEQKEE--
660 670 680 690 700
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pF1KSD VKSPEAKTPAKEEARSPADKFPEKAKSPVKEEVKSPEKAKSPLKEDAKAPEKEIPK--KE
. :.: ::: : .: ..: ..: .::.::.::.: : : : :
NP_005 -EEKEVKEAPKEE------KVEKKEEKP--KDVPEKKKAESPVKEEAVAEVVTITKSVKV
710 720 730 740 750
830 840 850 860 870 880
pF1KSD EVKSPVKEEEKPQEVKVKEPPKKAEEEKAPATPKTEEKKDSKKEEAPKKE--APKPKVEE
.... .::: :: . .. :.::: . .::. ..: .. .:: : . .::
NP_005 HLEKETKEEGKPLQ-------QEKEKEKAGGEGGSEEEGSDKGAKGSRKEDIAVNGEVEG
760 770 780 790 800
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pF1KSD KKEPAVEKPKESKVEAKKEEAEDKKKVPTPEKEAPAKVEVKEDAKPKEKTEVAK------
:.: ::. . : ...:: : : . .:: : : : .::. :.:
NP_005 KEE--VEQETKEKGSGREEE---KGVVTNGLDLSPAD-EKKGGDKSEEKVVVTKTVEKIT
810 820 830 840 850 860
940 950 960 970 980 990
pF1KSD KEPDDAKAKEPSKPAEKKEAAPEKKDTKEEK--AKKPEEKPKTEAKAKEDDKTLSKEPSK
.: :. .: .: . . . :...: ::: . : :: ..: .::
NP_005 SEGGDGATKYITKSVTVTQKVEEHEETFEEKLVSTKKVEKVTSHAIVKEVTQSD
870 880 890 900 910
1000 1010 1020
pF1KSD PKAEKAEKSSSTDQKDSKPPEKATEDKAAKGK
>>NP_116116 (OMIM: 605338) alpha-internexin [Homo sapien (499 aa)
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Smith-Waterman score: 1130; 44.5% identity (70.9% similar) in 501 aa overlap (2-482:1-485)
10 20 30 40 50
pF1KSD MMSFGGADALLGAP-FAPLHGGGS-LHYALARKGGAGGTRSAAGSSSGFHSWTRTSVSSV
::::. : .. . . : :: : :. ::::: :: .: .:..:.:
NP_116 MSFGSEHYLCSSSSYRKVFGDGSRLSARLSGAGGAGGFRS--------QSLSRSNVASS
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KSD SA-SPSRFRGAGAA----SSTDSLDTLSNGPEGCMVAVATSRSEKEQLQALNDRFAGYID
.: : . : : : ..:.:: ::.. .::::::.:::::: .:.
NP_116 AACSSASSLGLGLAYRRPPASDGLD-LSQAAARTNEYKIIRTNEKEQLQGLNDRFAVFIE
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KSD KVRQLEAHNRSLEGEAAALRQQQAGRSAMGELYEREVREMRGAVLRLGAARGQLRLEQEH
::.:::..::.::.: :::::..: : .:::..::.:..:. . . ..::.: ::..
NP_116 KVHQLETQNRALEAELAALRQRHAEPSRVGELFQRELRDLRAQLEEASSARSQALLERDG
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KSD LLEDIAHVRQRLDDEARQREEAEAAARALARFAQEAEAARVDLQKKAQALQEECGYLRRH
: :.. ..: : ..:.: :: :: : .: : .. : ::.::.::...: .: ...:.
NP_116 LAEEVQRLRARCEEESRGREGAERALKAQQRDVDGATLARLDLEKKVESLLDELAFVRQV
180 190 200 210 220 230
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pF1KSD HQEEVGELLGQIQGSGAAQAQMQAETRDALKCDVTSALREIRAQLEGHAVQSTLQSEEWF
:.:::.:::. .:.:. : :.... . : :.:::::::::: :. :... ..:::.
NP_116 HDEEVAELLATLQASSQAAAEVDVTVA---KPDLTSALREIRAQYESLAAKNLQSAEEWY
240 250 260 270 280
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pF1KSD RVRLDRLSEAAKVNTDAMRSAQEEITEYRRQLQARTTELEALKSTKDSLERQRSELEDRH
. .. :.: : .:.:.:...::: :::::::::: :.:.:.....::::: :::.::
NP_116 KSKFANLNEQAARSTEAIRASREEIHEYRRQLQARTIEIEGLRGANESLERQILELEERH
290 300 310 320 330 340
360 370 380 390 400 410
pF1KSD QADIASYQEAIQQLDAELRNTKWEMAAQLREYQDLLNVKMALDIEIAAYRKLLEGEECRI
.:..:.::..: ::. .::::: ::: .::::::::::::::::::::::::::::: :.
NP_116 SAEVAGYQDSIGQLENDLRNTKSEMARHLREYQDLLNVKMALDIEIAAYRKLLEGEETRF
350 360 370 380 390 400
420 430 440 450 460
pF1KSD --------GFGPIP---FSLPEGLPKIPSVSTHIKVKSEE-KIKVVEKSEKETVIVEEQT
:..:.: . :: :.: :..: ::.: ..: :. :. . .. ..:
NP_116 STSGLSISGLNPLPNPSYLLP---PRILSATTS-KVSSTGLSLKKEEEEEEASKVASKKT
410 420 430 440 450 460
470 480 490 500 510 520
pF1KSD EET-QVTEEVTEEEEKEAKEEEGKEEEGGEEEEAEGGEEETKSPPAEEAASPEKEAKSPV
. . ::. :: .:. :
NP_116 SQIGESFEEILEETVISTKKTEKSNIEETTISSQKI
470 480 490
>>NP_006149 (OMIM: 162280,607684,607734) neurofilament l (543 aa)
initn: 915 init1: 583 opt: 1015 Z-score: 361.1 bits: 77.5 E(85289): 2.3e-13
Smith-Waterman score: 1015; 39.3% identity (67.9% similar) in 521 aa overlap (45-557:31-536)
20 30 40 50 60 70
pF1KSD FAPLHGGGSLHYALARKGGAGGTRSAAGSSSGFHSWTRTSVSSVSASPSR---FRGAGAA
::. : .:.. :: :: : : . ..
NP_006 MSSFSYEPYYSTSYKRRYVETPRVHISSVRSGY-STARSAYSSYSAPVSSSLSVRRSYSS
10 20 30 40 50
80 90 100 110 120
pF1KSD SSTDSLDTLSNGPEGCMVAVATS----RS-EKEQLQALNDRFAGYIDKVRQLEAHNRSLE
:: . . .: : . ..:.... :. :: ::: ::::::..:..:..:: .:. ::
NP_006 SSGSLMPSLENLDLSQVAAISNDLKSIRTQEKAQLQDLNDRFASFIERVHELEQQNKVLE
60 70 80 90 100 110
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pF1KSD GEAAALRQQQAGRSAMGELYEREVREMRGAVLRLGAARGQLRLEQEHLLEDIAHVRQRLD
.: .:::... : . :::.:.:..: :. . :. :.: : : . ... : .
NP_006 AELLVLRQKHSEPSRFRALYEQEIRDLRLAAEDATNEKQALQGEREGLEETLRNLQARYE
120 130 140 150 160 170
190 200 210 220 230 240
pF1KSD DEARQREEAEAAARALARFAQEAEAARVDLQKKAQALQEECGYLRRHHQEEVGELLGQIQ
.:. .::.::. . :.:: ::..:.:. ..:..: ..:.. :.::..:: .:::
NP_006 EEVLSREDAEGRLMEARKGADEAALARAELEKRIDSLMDEISFLKKVHEEEIAELQAQIQ
180 190 200 210 220 230
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pF1KSD GSGAAQAQMQAETRDALKCDVTSALREIRAQLEGHAVQSTLQSEEWFRVRLDRLSEAAKV
::...: :. : :...::..:::: : :... ..::::. :. :.:.:
NP_006 -----YAQISVEM-DVTKPDLSAALKDIRAQYEKLAAKNMQNAEEWFKSRFTVLTESAAK
240 250 260 270 280 290
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pF1KSD NTDAMRSAQEEITEYRRQLQARTTELEALKSTKDSLERQRSELEDRHQADIASYQEAIQQ
::::.:.:..:..: :: :.:.: :.:: .. ...::.: .::::...:::...:..:..
NP_006 NTDAVRAAKDEVSESRRLLKAKTLEIEACRGMNEALEKQLQELEDKQNADISAMQDTINK
300 310 320 330 340 350
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pF1KSD LDAELRNTKWEMAAQLREYQDLLNVKMALDIEIAAYRKLLEGEECRIGFGPIPFSLPEGL
:. :::.:: ::: :.::::::::::::::::::::::::::: :..: . :. :
NP_006 LENELRTTKSEMARYLKEYQDLLNVKMALDIEIAAYRKLLEGEETRLSFTSVG-SITSGY
360 370 380 390 400 410
430 440 450 460 470 480
pF1KSD PKIPSVSTHIKVKSEEKIKVVEKSEKETVIVEEQTEETQVTEEVTEEEEKEAKEEEGKEE
. .: . . . . . .... ...: :. :: :: . :: ::.:.:
NP_006 SQSSQVFGRSAYGGLQTSSYLMSTRSFPSYYTSHVQEEQI--EV-EETIEAAKAEEAKDE
420 430 440 450 460
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pF1KSD EGGEEEEAEGGEEETKSPPAEEAASPEKEAKSPVKEEAKSPAEAKSPEKEEAKSPAEVKS
.: : : ::. : :: :. :.:: . .:::: : .. : ::.. :..
NP_006 PPSEGEAEE--EEKDKEEAEEEEAAEEEEAAKEESEEAKE--EEEGGEGEEGEETKEAEE
470 480 490 500 510 520
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pF1KSD PEKAKSPAKEEAKSPPEAKSPEKEEAKSPAEVKSPEKAKSPAKEEAKSPAEAKSPEKAKS
:: : ::
NP_006 EEKKVEGAGEEQAAKKKD
530 540
>>NP_003371 (OMIM: 116300,193060) vimentin [Homo sapiens (466 aa)
initn: 849 init1: 539 opt: 964 Z-score: 345.5 bits: 74.4 E(85289): 1.7e-12
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10 20 30 40 50
pF1KSD MMSFGGADALLGAPFAPLHGGGSLHYAL-ARKGGAGGTRSAAGSSSGFHSWTRTSV
..:.: . . ..: :. . . . :. ..: .... . .:
NP_003 MSTRSVSSSSYRRMFGGPGTASRPSSSRSYVTTSTRTYSLGSALRPSTSRSLYASSPGGV
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KSD SSVSASPSRFRGA--GAASSTDSLD-TLSNGPEGCMVAVATSRSEKEQLQALNDRFAGYI
.. .: :.:.. :. ::.: .:... . . : .:: .:: ::::::.::
NP_003 YATRSSAVRLRSSVPGVRLLQDSVDFSLADAINTEFKN--TRTNEKVELQELNDRFANYI
70 80 90 100 110
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pF1KSD DKVRQLEAHNRSLEGEAAALRQQQAGRSAMGELYEREVREMRGAVLRLGAARGQLRLEQE
:::: :: .:. : .: :. : :.: .:.:::.:.::.: : .: ......:..
NP_003 DKVRFLEQQNKILLAELEQLKGQ--GKSRLGDLYEEEMRELRRQVDQLTNDKARVEVERD
120 130 140 150 160 170
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pF1KSD HLLEDIAHVRQRLDDEARQREEAEAAARALARFAQEAEAARVDLQKKAQALQEECGYLRR
.: ::: ..:..:..: :::::: . ... . ...: ::.::..:...:::: ..:..
NP_003 NLAEDIMRLREKLQEEMLQREEAENTLQSFRQDVDNASLARLDLERKVESLQEEIAFLKK
180 190 200 210 220 230
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pF1KSD HHQEEVGELLGQIQGSGAAQAQMQAETRDALKCDVTSALREIRAQLEGHAVQSTLQSEEW
:.::. :: .::: . ..: .. :. : :.:.:::..: : :. :... ..:::
NP_003 LHEEEIQELQAQIQ-----EQHVQIDV-DVSKPDLTAALRDVRQQYESVAAKNLQEAEEW
240 250 260 270 280 290
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pF1KSD FRVRLDRLSEAAKVNTDAMRSAQEEITEYRRQLQARTTELEALKSTKDSLERQRSELEDR
.. .. :::::. :.::.:.:..: ::::::.:. : :..:::.:..::::: :.:.
NP_003 YKSKFADLSEAANRNNDALRQAKQESTEYRRQVQSLTCEVDALKGTNESLERQMREMEEN
300 310 320 330 340 350
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pF1KSD HQADIASYQEAIQQLDAELRNTKWEMAAQLREYQDLLNVKMALDIEIAAYRKLLEGEECR
.. :.::..: .:. :..: : ::: .:::::::::::::::::::.::::::::: :
NP_003 FAVEAANYQDTIGRLQDEIQNMKEEMARHLREYQDLLNVKMALDIEIATYRKLLEGEESR
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pF1KSD IGFGPIP-FS---LPE-GLPKIPSVSTHIKVKSEEKIKVVEKSEKETVIVEEQTEETQVT
:.. :.: :: : : .: ..: :.:: : ::.:: . ...
NP_003 ISL-PLPNFSSLNLRETNLDSLPLVDTH--SKRTLLIKTVETRDGQVINETSQHHDDLE
420 430 440 450 460
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pF1KSD EEVTEEEEKEAKEEEGKEEEGGEEEEAEGGEEETKSPPAEEAASPEKEAKSPVKEEAKSP
>>XP_006717563 (OMIM: 116300,193060) PREDICTED: vimentin (466 aa)
initn: 849 init1: 539 opt: 964 Z-score: 345.5 bits: 74.4 E(85289): 1.7e-12
Smith-Waterman score: 973; 41.1% identity (72.3% similar) in 455 aa overlap (10-455:14-455)
10 20 30 40 50
pF1KSD MMSFGGADALLGAPFAPLHGGGSLHYAL-ARKGGAGGTRSAAGSSSGFHSWTRTSV
..:.: . . ..: :. . . . :. ..: .... . .:
XP_006 MSTRSVSSSSYRRMFGGPGTASRPSSSRSYVTTSTRTYSLGSALRPSTSRSLYASSPGGV
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KSD SSVSASPSRFRGA--GAASSTDSLD-TLSNGPEGCMVAVATSRSEKEQLQALNDRFAGYI
.. .: :.:.. :. ::.: .:... . . : .:: .:: ::::::.::
XP_006 YATRSSAVRLRSSVPGVRLLQDSVDFSLADAINTEFKN--TRTNEKVELQELNDRFANYI
70 80 90 100 110
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pF1KSD DKVRQLEAHNRSLEGEAAALRQQQAGRSAMGELYEREVREMRGAVLRLGAARGQLRLEQE
:::: :: .:. : .: :. : :.: .:.:::.:.::.: : .: ......:..
XP_006 DKVRFLEQQNKILLAELEQLKGQ--GKSRLGDLYEEEMRELRRQVDQLTNDKARVEVERD
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KSD HLLEDIAHVRQRLDDEARQREEAEAAARALARFAQEAEAARVDLQKKAQALQEECGYLRR
.: ::: ..:..:..: :::::: . ... . ...: ::.::..:...:::: ..:..
XP_006 NLAEDIMRLREKLQEEMLQREEAENTLQSFRQDVDNASLARLDLERKVESLQEEIAFLKK
180 190 200 210 220 230
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pF1KSD HHQEEVGELLGQIQGSGAAQAQMQAETRDALKCDVTSALREIRAQLEGHAVQSTLQSEEW
:.::. :: .::: . ..: .. :. : :.:.:::..: : :. :... ..:::
XP_006 LHEEEIQELQAQIQ-----EQHVQIDV-DVSKPDLTAALRDVRQQYESVAAKNLQEAEEW
240 250 260 270 280 290
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pF1KSD FRVRLDRLSEAAKVNTDAMRSAQEEITEYRRQLQARTTELEALKSTKDSLERQRSELEDR
.. .. :::::. :.::.:.:..: ::::::.:. : :..:::.:..::::: :.:.
XP_006 YKSKFADLSEAANRNNDALRQAKQESTEYRRQVQSLTCEVDALKGTNESLERQMREMEEN
300 310 320 330 340 350
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pF1KSD HQADIASYQEAIQQLDAELRNTKWEMAAQLREYQDLLNVKMALDIEIAAYRKLLEGEECR
.. :.::..: .:. :..: : ::: .:::::::::::::::::::.::::::::: :
XP_006 FAVEAANYQDTIGRLQDEIQNMKEEMARHLREYQDLLNVKMALDIEIATYRKLLEGEESR
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]