Result of FASTA (ccds) for
pF1KSDA0724
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KSDA0724, 963 aa
1>>>pF1KSDA0724 963 - 963 aa - 963 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.5976+/-0.000931; mu= 19.2778+/- 0.056
mean_var=64.4676+/-12.810, 0's: 0 Z-trim(104.8): 25 B-trim: 3 in 1/49
Lambda= 0.159736
statistics sampled from 8101 (8110) to 8101 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.609), E-opt: 0.2 (0.249), width: 16
Scan time: 3.820
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS503.1 IPO13 gene_id:9670|Hs108|chr1 ( 963) 6374 1478.2 0
CCDS5809.1 TNPO3 gene_id:23534|Hs108|chr7 ( 923) 506 126.0 3.5e-28
CCDS55162.1 TNPO3 gene_id:23534|Hs108|chr7 ( 859) 494 123.2 2.2e-27
>>CCDS503.1 IPO13 gene_id:9670|Hs108|chr1 (963 aa)
initn: 6374 init1: 6374 opt: 6374 Z-score: 7927.5 bits: 1478.2 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 6374; 100.0% identity (100.0% similar) in 963 aa overlap (1-963:1-963)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MERREEQPGAAGAGAAPALDFTVENVEKALHQLYYDPNIENKNLAQKWLMQAQVSPQAWH
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CCDS50 MERREEQPGAAGAGAAPALDFTVENVEKALHQLYYDPNIENKNLAQKWLMQAQVSPQAWH
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KSD FSWQLLQPDKVPEIQYFGASALHIKISRYWSDIPTDQYESLKAQLFTQITRFASGSKIVL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS50 FSWQLLQPDKVPEIQYFGASALHIKISRYWSDIPTDQYESLKAQLFTQITRFASGSKIVL
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KSD TRLCVALASLALSMMPDAWPCAVADMVRLFQAEDSPVDGQGRCLALLELLTVLPEEFQTS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS50 TRLCVALASLALSMMPDAWPCAVADMVRLFQAEDSPVDGQGRCLALLELLTVLPEEFQTS
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KSD RLPQYRKGLVRTSLAVECGAVFPLLEQLLQQPSSPSCVRQKVLKCFSSWVQLEVPLQDCE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS50 RLPQYRKGLVRTSLAVECGAVFPLLEQLLQQPSSPSCVRQKVLKCFSSWVQLEVPLQDCE
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KSD ALIQAAFAALQDSELFDSSVEAIVNAISQPDAQRYVNTLLKLIPLVLGLQEQLRQAVQNG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS50 ALIQAAFAALQDSELFDSSVEAIVNAISQPDAQRYVNTLLKLIPLVLGLQEQLRQAVQNG
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KSD DMETSHGICRIAVALGENHSRALLDQVEHWQSFLALVNMIMFCTGIPGHYPVNETTSSLT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS50 DMETSHGICRIAVALGENHSRALLDQVEHWQSFLALVNMIMFCTGIPGHYPVNETTSSLT
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KSD LTFWYTLQDDILSFEAEKQAVYQQVYRPVYFQLVDVLLHKAQFPSDEEYGFWSSDEKEQF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS50 LTFWYTLQDDILSFEAEKQAVYQQVYRPVYFQLVDVLLHKAQFPSDEEYGFWSSDEKEQF
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KSD RIYRVDISDTLMYVYEMLGAELLSNLYDKLGRLLTSSEEPYSWQHTEALLYGFQSIAETI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS50 RIYRVDISDTLMYVYEMLGAELLSNLYDKLGRLLTSSEEPYSWQHTEALLYGFQSIAETI
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KSD DVNYSDVVPGLIGLIPRISISNVQLADTVMFTIGALSEWLADHPVMINSVLPLVLHALGN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS50 DVNYSDVVPGLIGLIPRISISNVQLADTVMFTIGALSEWLADHPVMINSVLPLVLHALGN
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KSD PELSVSSVSTLKKICRECKYDLPPYAANIVAVSQDVLMKQIHKTSQCMWLMQALGFLLSA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS50 PELSVSSVSTLKKICRECKYDLPPYAANIVAVSQDVLMKQIHKTSQCMWLMQALGFLLSA
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KSD LQVEEILKNLHSLISPYIQQLEKLAEEIPNPSNKLAIVHILGLLSNLFTTLDISHHEDDH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS50 LQVEEILKNLHSLISPYIQQLEKLAEEIPNPSNKLAIVHILGLLSNLFTTLDISHHEDDH
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KSD EGPELRKLPVPQGPNPVVVVLQQVFQLIQKVLSKWLNDAQVVEAVCAIFEKSVKTLLDDF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS50 EGPELRKLPVPQGPNPVVVVLQQVFQLIQKVLSKWLNDAQVVEAVCAIFEKSVKTLLDDF
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KSD APMVPQLCEMLGRMYSTIPQASALDLTRQLVHIFAHEPAHFPPIEALFLLVTSVTLTLFQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS50 APMVPQLCEMLGRMYSTIPQASALDLTRQLVHIFAHEPAHFPPIEALFLLVTSVTLTLFQ
730 740 750 760 770 780
790 800 810 820 830 840
pF1KSD QGPRDHPDIVDSFMQLLAQALKRKPDLFLCERLDVKAVFQCAVLALKFPEAPTVKASCGF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS50 QGPRDHPDIVDSFMQLLAQALKRKPDLFLCERLDVKAVFQCAVLALKFPEAPTVKASCGF
790 800 810 820 830 840
850 860 870 880 890 900
pF1KSD FTELLPRCGEVESVGKVVQEDGRMLLIAVLEAIGGQASRSLMDCFADILFALNKHCFSLL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS50 FTELLPRCGEVESVGKVVQEDGRMLLIAVLEAIGGQASRSLMDCFADILFALNKHCFSLL
850 860 870 880 890 900
910 920 930 940 950 960
pF1KSD SMWIKEALQPPGFPSARLSPEQKDTFSQQILRERVNKRRVKEMVKEFTLLCRGLHGTDYT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS50 SMWIKEALQPPGFPSARLSPEQKDTFSQQILRERVNKRRVKEMVKEFTLLCRGLHGTDYT
910 920 930 940 950 960
pF1KSD ADY
:::
CCDS50 ADY
>>CCDS5809.1 TNPO3 gene_id:23534|Hs108|chr7 (923 aa)
initn: 404 init1: 249 opt: 506 Z-score: 619.4 bits: 126.0 E(32554): 3.5e-28
Smith-Waterman score: 772; 24.0% identity (56.3% similar) in 977 aa overlap (14-952:3-923)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MERREEQPGAAGAGAAPALDFTVENVEKALHQLYYDPNIENKNLAQKWLMQAQVSPQAWH
:: :.:.. : .:.. ::.::. .:. :. :: . : : .::.
CCDS58 MEGAKPTLQL----VYQAVQALYHDPDPSGKERASFWLGELQRSVHAWE
10 20 30 40
70 80 90 100 110 120
pF1KSD FSWQLLQPDKVPEIQYFGASALHIKISRYWSDIPTDQYESLKAQLFTQITRFASGSKIVL
.: :::: . : ::.:.....::. . ..:::.. ::. .:.:.: . . : ...
CCDS58 ISDQLLQIRQDVESCYFAAQTMKMKIQTSFYELPTDSHASLRDSLLTHIQNLKDLSPVIV
50 60 70 80 90 100
130 140 150 160 170 180
pF1KSD TRLCVALASLALSMMPDAWPCAVADMVRLFQAEDSPVDGQGRCLALLELLTVLPEEFQTS
:.: .:.:.:::.: : .: : .:. .. . . . :::.::::::: ..
CCDS58 TQLALAIADLALQM-P-SWKGCVQTLVEKYSNDVTSLP------FLLEILTVLPEEVHSR
110 120 130 140 150
190 200 210 220 230
pF1KSD --RLPQYRKGLVRTSLAVECGAVFPLLEQLLQQPSSPSCVRQKVLKCFSSWVQLEVPLQD
:. :. . .:: ..: :: ... .. . .::..:..:: .: : ..
CCDS58 SLRIGANRRTEIIEDLAFYSSTVVSLLMTCVEKAGTDEKMLMKVFRCLGSWFNLGVLDSN
160 170 180 190 200 210
240 250 260 270 280 290
pF1KSD CEA---LIQAAFAALQD----SELFDSSVEAIVNAI-SQPDAQRYVNTLLKLIPLVLGLQ
: :. : .::. :.: ... . . .:. . ... . ..:. :: :.
CCDS58 FMANNKLLALLFEVLQQDKTSSNLHEAASDCVCSALYAIENVETNLPLAMQLFQGVLTLE
220 230 240 250 260 270
300 310 320 330 340 350
pF1KSD EQLRQAVQNGDMETSHGICRIAVALGENHSRALLDQVEHWQSFLALVNMIMFCTGIPGHY
..:: :.. . ::: . : :. . .. . . : ......:.: : .:
CCDS58 TAYHMAVAREDLDKVLNYCRIFTELCETFLEKIVCTPGQGLGDLRTLELLLICAGHP-QY
280 290 300 310 320 330
360 370 380 390 400 410
pF1KSD PVNETTSSLTLTFWYTLQDDILSFEAEKQAVYQQVYRPVYFQLVDVLLHKAQFPSDEEYG
: : ....::: : . . . . : : . ... .:. .: .. :. :.: :
CCDS58 EVVE----ISFNFWYRLGEHLYKTNDE---VIHGIFKAYIQRLLHALARHCQLEPDHE-G
340 350 360 370 380
420 430 440 450 460
pF1KSD FWSSDEKEQFRIYRVDISDTLMYVYEMLGA-ELLSNLYDKLGRLLTSSEEPYSWQHTEAL
.: ..: .:. .:: . . ..:. : ...::. : . .. : :. :::.
CCDS58 V--PEETDDFGEFRMRVSDLVKDLIFLIGSMECFAQLYSTLKE----GNPP--WEVTEAV
390 400 410 420 430 440
470 480 490 500 510 520
pF1KSD LYGFQSIAETIDV-NYSDVVPGLIGLIPRISISNVQLADTVMFTIGALSEWLADHPVMIN
:. . .::...: : .: : :.. .. . : . .: .:: . .: ...
CCDS58 LFIMAAIAKSVDPENNPTLVEVLEGVVRLPETVHTAVRYTSIELVGEMSEVVDRNPQFLD
450 460 470 480 490 500
530 540 550 560 570 580
pF1KSD SVLPLVLHALGNPELSVSSVSTLKKICRECKYDLPPYAANIVAVSQDVLMKQIHKTSQCM
:: ....: . :. ........:: :. . . ... .... : . . . .
CCDS58 PVLGYLMKGLCEKPLASAAAKAIHNICSVCRDHMAQHFNGLLEIARS-LDSFLLSPEAAV
510 520 530 540 550
590 600 610 620 630 640
pF1KSD WLMQALGFLLSALQVEEILKNLHSLISPYIQQLEKLAEEIPNPSNKLAIVHILGLLSNLF
:... ...:. : ...: . : : : .. :.:: . .::: :. :.
CCDS58 GLLKGTALVLARLPLDKITECLSELCSVQVMALKKLLSQ--EPSN--------GISSDPT
560 570 580 590 600
650 660 670 680 690 700
pF1KSD TTLDISHHEDDHEGPELRKLPVPQGP-NPVVVVLQQVFQLIQKVLSKWLNDAQVVEAVCA
. :: : .: : .: .: :.:... .....:.: : ..:: :
CCDS58 VFLDRLAVIFRHTNP-----IVENGQTHPCQKVIQEIWPVLSETLNKHRADNRIVERCCR
610 620 630 640 650 660
710 720 730 740 750 760
pF1KSD IFEKSVKTLLDDFAPMVPQLCEMLGRMYSTIPQASALDLTRQLVHIFAHEPAHFPPIEAL
.. .:. . : .. : .. .: . .. : : :: .. : . . .
CCDS58 CLRFAVRCVGKGSAALLQPLVTQMVNVYHVHQHSCFLYLGSILVDEYGMEEGCRQGLLDM
670 680 690 700 710 720
770 780 790 800 810 820
pF1KSD FLLVTSVTLTLFQQ--GPRDHPDIVDSFMQLLAQALKRKPDLFLCERLDVKAVFQCAVLA
. . :. :..: : ..::: ::....: .. ..:.: .: .. : ..: :. .
CCDS58 LQALCIPTFQLLEQQNGLQNHPDTVDDLFRLATRFIQRSPVTLLRSQV-VIPILQWAIAS
730 740 750 760 770 780
830 840 850 860 870 880
pF1KSD LKFPEAPTVKASCGF--FTELLPRCGEVESVGKVVQEDGRM---LLIAVLEAIGGQASRS
. . :.:. : . : . : :.. .:: .. :. :.. .: : .
CCDS58 TTLDHR---DANCSVMRFLRDLIHTG----VANDHEEDFELRKELIGQVMNQLGQQLVSQ
790 800 810 820 830
890 900 910 920
pF1KSD LMD--CF----------ADILFALNKHCFSLLSMWIKEALQPPGFP------SARLSPEQ
:. :: :..:. . . . :....:. :.: .. .. .:
CCDS58 LLHTCCFCLPPYTLPDVAEVLWEIMQVDRPTFCRWLENSLK--GLPKETTVGAVTVTHKQ
840 850 860 870 880 890
930 940 950 960
pF1KSD KDTFSQQILRERVNKRRVKEMVKEFTLLCRGLHGTDYTADY
: .:. . :. : ...:: : :
CCDS58 LTDFHKQVTSAEECKQ-VCWALRDFTRLFR
900 910 920
>>CCDS55162.1 TNPO3 gene_id:23534|Hs108|chr7 (859 aa)
initn: 404 init1: 249 opt: 494 Z-score: 605.0 bits: 123.2 E(32554): 2.2e-27
Smith-Waterman score: 601; 23.7% identity (53.1% similar) in 976 aa overlap (14-952:3-859)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MERREEQPGAAGAGAAPALDFTVENVEKALHQLYYDPNIENKNLAQKWLMQAQVSPQAWH
:: :.:.. : .:.. ::.::. .:. :. :: . : : .::.
CCDS55 MEGAKPTLQL----VYQAVQALYHDPDPSGKERASFWLGELQRSVHAWE
10 20 30 40
70 80 90 100 110 120
pF1KSD FSWQLLQPDKVPEIQYFGASALHIKISRYWSDIPTDQYESLKAQLFTQITRFASGSKIVL
.: :::: . : ::.:.....::. . ..:::.. ::. .:.:.: . . : ...
CCDS55 ISDQLLQIRQDVESCYFAAQTMKMKIQTSFYELPTDSHASLRDSLLTHIQNLKDLSPVIV
50 60 70 80 90 100
130 140 150 160 170 180
pF1KSD TRLCVALASLALSMMPDAWPCAVADMVRLFQAEDSPVDGQGRCLALLELLTVLPEEFQTS
:.: .:.:.:::.: : .: : .:. .. . . . :::.::::::: ..
CCDS55 TQLALAIADLALQM-P-SWKGCVQTLVEKYSNDVTSLP------FLLEILTVLPEEVHSR
110 120 130 140 150
190 200 210 220 230
pF1KSD --RLPQYRKGLVRTSLAVECGAVFPLLEQLLQQPSSPSCVRQKVLKCFSSWVQLEVPLQD
:. :. . .:: ..: :: ... .. . .::..:..:: .: : ..
CCDS55 SLRIGANRRTEIIEDLAFYSSTVVSLLMTCVEKAGTDEKMLMKVFRCLGSWFNLGVLDSN
160 170 180 190 200 210
240 250 260 270 280 290
pF1KSD CEA---LIQAAFAALQD----SELFDSSVEAIVNAI-SQPDAQRYVNTLLKLIPLVLGLQ
: :. : .::. :.: ... . . .:. . ... . ..:. :: :.
CCDS55 FMANNKLLALLFEVLQQDKTSSNLHEAASDCVCSALYAIENVETNLPLAMQLFQGVLTLE
220 230 240 250 260 270
300 310 320 330 340 350
pF1KSD EQLRQAVQNGDMETSHGICRIAVALGENHSRALLDQVEHWQSFLALVNMIMFCTGIPGHY
..:: :.. . ::: . : :. . .. . . : ......:.: : .:
CCDS55 TAYHMAVAREDLDKVLNYCRIFTELCETFLEKIVCTPGQGLGDLRTLELLLICAGHP-QY
280 290 300 310 320 330
360 370 380 390 400 410
pF1KSD PVNETTSSLTLTFWYTLQDDILSFEAEKQAVYQQVYRPVYFQLVDVLLHKAQFPSDEEYG
: : ....::: : . . . . : : . ... .:. .: .. :. :.: :
CCDS55 EVVE----ISFNFWYRLGEHLYKTNDE---VIHGIFKAYIQRLLHALARHCQLEPDHE-G
340 350 360 370 380
420 430 440 450 460
pF1KSD FWSSDEKEQFRIYRVDISDTLMYVYEMLGA-ELLSNLYDKLGRLLTSSEEPYSWQHTEAL
.: ..: .:. .:: . . ..:. : ...::. : . .. : :. :::.
CCDS55 V--PEETDDFGEFRMRVSDLVKDLIFLIGSMECFAQLYSTLKE----GNPP--WEVTEAV
390 400 410 420 430 440
470 480 490 500 510 520
pF1KSD LYGFQSIAETIDVNYSDVVPGLIGLIPRISISNVQLADTVMFTIGALSEWLADHPVMINS
:. . .::...: . . : :. .. . :.: .:: : .. .
CCDS55 LFIMAAIAKSVDPENN---PTLVEVLEGV----VRLPETV-------------HTAVRYT
450 460 470 480
530 540 550 560 570 580
pF1KSD VLPLVLHALGNPELSVSSVSTLKKICRECKYDLPPYAANIVAVSQDVLMKQIHKTSQCMW
. :: :.: . . .. : .
CCDS55 SIELV------GEMS----------------------------------EVVDRNPQ--F
490
590 600 610 620 630 640
pF1KSD LMQALGFLLSALQVEEILKNLHSLISPYIQQLEKLAEEIPNPSNKLAIVHILGLLSNLFT
: :: .:. : ...: . : : : .. :.:: . .::: :. :. .
CCDS55 LGTAL--VLARLPLDKITECLSELCSVQVMALKKLLSQ--EPSN--------GISSDPTV
500 510 520 530 540
650 660 670 680 690 700
pF1KSD TLDISHHEDDHEGPELRKLPVPQGP-NPVVVVLQQVFQLIQKVLSKWLNDAQVVEAVCAI
:: : .: : .: .: :.:... .....:.: : ..:: :
CCDS55 FLDRLAVIFRHTNP-----IVENGQTHPCQKVIQEIWPVLSETLNKHRADNRIVERCCRC
550 560 570 580 590 600
710 720 730 740 750 760
pF1KSD FEKSVKTLLDDFAPMVPQLCEMLGRMYSTIPQASALDLTRQLVHIFAHEPAHFPPIEALF
.. .:. . : .. : .. .: . .. : : :: .. : . . ..
CCDS55 LRFAVRCVGKGSAALLQPLVTQMVNVYHVHQHSCFLYLGSILVDEYGMEEGCRQGLLDML
610 620 630 640 650 660
770 780 790 800 810 820
pF1KSD LLVTSVTLTLFQQ--GPRDHPDIVDSFMQLLAQALKRKPDLFLCERLDVKAVFQCAVLAL
. :. :..: : ..::: ::....: .. ..:.: .: .. : ..: :. .
CCDS55 QALCIPTFQLLEQQNGLQNHPDTVDDLFRLATRFIQRSPVTLLRSQV-VIPILQWAIAST
670 680 690 700 710 720
830 840 850 860 870 880
pF1KSD KFPEAPTVKASCGF--FTELLPRCGEVESVGKVVQEDGRM---LLIAVLEAIGGQASRSL
. . :.:. : . : . : :.. .:: .. :. :.. .: : .:
CCDS55 TLDHR---DANCSVMRFLRDLIHTG----VANDHEEDFELRKELIGQVMNQLGQQLVSQL
730 740 750 760 770
890 900 910 920
pF1KSD MD--CF----------ADILFALNKHCFSLLSMWIKEALQPPGFP------SARLSPEQK
. :: :..:. . . . :....:. :.: .. .. .:
CCDS55 LHTCCFCLPPYTLPDVAEVLWEIMQVDRPTFCRWLENSLK--GLPKETTVGAVTVTHKQL
780 790 800 810 820 830
930 940 950 960
pF1KSD DTFSQQILRERVNKRRVKEMVKEFTLLCRGLHGTDYTADY
: .:. . :. : ...:: : :
CCDS55 TDFHKQVTSAEECKQ-VCWALRDFTRLFR
840 850
963 residues in 1 query sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
start: Thu Nov 3 02:49:16 2016 done: Thu Nov 3 02:49:17 2016
Total Scan time: 3.820 Total Display time: 0.060
Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]