Result of FASTA (ccds) for
pF1KSDA0668
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KSDA0668, 717 aa
1>>>pF1KSDA0668 717 - 717 aa - 717 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.8845+/-0.000978; mu= 13.9472+/- 0.059
mean_var=147.1463+/-29.091, 0's: 0 Z-trim(109.4): 31 B-trim: 81 in 1/52
Lambda= 0.105730
statistics sampled from 10845 (10864) to 10845 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.69), E-opt: 0.2 (0.334), width: 16
Scan time: 4.280
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS13978.1 SUN2 gene_id:25777|Hs108|chr22 ( 717) 4733 734.3 1.5e-211
CCDS56231.1 SUN2 gene_id:25777|Hs108|chr22 ( 738) 3813 594.0 2.7e-169
CCDS55080.1 SUN1 gene_id:23353|Hs108|chr7 ( 682) 1036 170.4 8.3e-42
CCDS43533.1 SUN1 gene_id:23353|Hs108|chr7 ( 702) 1036 170.4 8.4e-42
CCDS47525.1 SUN1 gene_id:23353|Hs108|chr7 ( 785) 1036 170.4 9.2e-42
CCDS64647.1 SUN3 gene_id:256979|Hs108|chr7 ( 345) 645 110.5 4.5e-24
CCDS34636.1 SUN3 gene_id:256979|Hs108|chr7 ( 357) 645 110.5 4.6e-24
CCDS13259.1 SPAG4 gene_id:6676|Hs108|chr20 ( 437) 543 95.0 2.6e-19
CCDS13209.1 SUN5 gene_id:140732|Hs108|chr20 ( 379) 490 86.8 6.4e-17
>>CCDS13978.1 SUN2 gene_id:25777|Hs108|chr22 (717 aa)
initn: 4733 init1: 4733 opt: 4733 Z-score: 3911.5 bits: 734.3 E(32554): 1.5e-211
Smith-Waterman score: 4733; 100.0% identity (100.0% similar) in 717 aa overlap (1-717:1-717)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MSRRSQRLTRYSQGDDDGSSSSGGSSVAGSQSTLFKDSPLRTLKRKSSNMKRLSPAPQLG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 MSRRSQRLTRYSQGDDDGSSSSGGSSVAGSQSTLFKDSPLRTLKRKSSNMKRLSPAPQLG
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KSD PSSDAHTSYYSESLVHESWFPPRSSLEELHGDANWGEDLRVRRRRGTGGSESSRASGLVG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 PSSDAHTSYYSESLVHESWFPPRSSLEELHGDANWGEDLRVRRRRGTGGSESSRASGLVG
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KSD RKATEDFLGSSSGYSSEDDYVGYSDVDQQSSSSRLRSAVSRAGSLLWMVATSPGRLFRLL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 RKATEDFLGSSSGYSSEDDYVGYSDVDQQSSSSRLRSAVSRAGSLLWMVATSPGRLFRLL
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KSD YWWAGTTWYRLTTAASLLDVFVLTRRFSSLKTFLWFLLPLLLLTCLTYGAWYFYPYGLQT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 YWWAGTTWYRLTTAASLLDVFVLTRRFSSLKTFLWFLLPLLLLTCLTYGAWYFYPYGLQT
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KSD FHPALVSWWAAKDSRRPDEGWEARDSSPHFQAEQRVMSRVHSLERRLEALAAEFSSNWQK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 FHPALVSWWAAKDSRRPDEGWEARDSSPHFQAEQRVMSRVHSLERRLEALAAEFSSNWQK
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KSD EAMRLERLELRQGAPGQGGGGGLSHEDTLALLEGLVSRREAALKEDFRRETAARIQEELS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 EAMRLERLELRQGAPGQGGGGGLSHEDTLALLEGLVSRREAALKEDFRRETAARIQEELS
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KSD ALRAEHQQDSEDLFKKIVRASQESEARIQQLKSEWQSMTQESFQESSVKELRRLEDQLAG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 ALRAEHQQDSEDLFKKIVRASQESEARIQQLKSEWQSMTQESFQESSVKELRRLEDQLAG
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KSD LQQELAALALKQSSVAEEVGLLPQQIQAVRDDVESQFPAWISQFLARGGGGRVGLLQREE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 LQQELAALALKQSSVAEEVGLLPQQIQAVRDDVESQFPAWISQFLARGGGGRVGLLQREE
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KSD MQAQLRELESKILTHVAEMQGKSAREAAASLSLTLQKEGVIGVTEEQVHHIVKQALQRYS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 MQAQLRELESKILTHVAEMQGKSAREAAASLSLTLQKEGVIGVTEEQVHHIVKQALQRYS
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KSD EDRIGLADYALESGGASVISTRCSETYETKTALLSLFGIPLWYHSQSPRVILQPDVHPGN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 EDRIGLADYALESGGASVISTRCSETYETKTALLSLFGIPLWYHSQSPRVILQPDVHPGN
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KSD CWAFQGPQGFAVVRLSARIRPTAVTLEHVPKALSPNSTISSAPKDFAIFGFDEDLQQEGT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 CWAFQGPQGFAVVRLSARIRPTAVTLEHVPKALSPNSTISSAPKDFAIFGFDEDLQQEGT
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710
pF1KSD LLGKFTYDQDGEPIQTFHFQAPTMATYQVVELRILTNWGHPEYTCIYRFRVHGEPAH
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 LLGKFTYDQDGEPIQTFHFQAPTMATYQVVELRILTNWGHPEYTCIYRFRVHGEPAH
670 680 690 700 710
>>CCDS56231.1 SUN2 gene_id:25777|Hs108|chr22 (738 aa)
initn: 3805 init1: 3805 opt: 3813 Z-score: 3152.9 bits: 594.0 E(32554): 2.7e-169
Smith-Waterman score: 4681; 97.2% identity (97.2% similar) in 738 aa overlap (1-717:1-738)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MSRRSQRLTRYSQGDDDGSSSSGGSSVAGSQSTLFKDSPLRTLKRKSSNMKRLSPAPQLG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS56 MSRRSQRLTRYSQGDDDGSSSSGGSSVAGSQSTLFKDSPLRTLKRKSSNMKRLSPAPQLG
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KSD PSSDAHTSYYSESLVHESWFPPRSSLEELHGDANWGEDLRVRRRRGTGGSESSRASGLVG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS56 PSSDAHTSYYSESLVHESWFPPRSSLEELHGDANWGEDLRVRRRRGTGGSESSRASGLVG
70 80 90 100 110 120
130 140 150
pF1KSD RKATEDFLGSSSGYSSEDDYV---------------------GYSDVDQQSSSSRLRSAV
::::::::::::::::::::: ::::::::::::::::::
CCDS56 RKATEDFLGSSSGYSSEDDYVEDSEGRGSKVTETEPVSSFPAGYSDVDQQSSSSRLRSAV
130 140 150 160 170 180
160 170 180 190 200 210
pF1KSD SRAGSLLWMVATSPGRLFRLLYWWAGTTWYRLTTAASLLDVFVLTRRFSSLKTFLWFLLP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS56 SRAGSLLWMVATSPGRLFRLLYWWAGTTWYRLTTAASLLDVFVLTRRFSSLKTFLWFLLP
190 200 210 220 230 240
220 230 240 250 260 270
pF1KSD LLLLTCLTYGAWYFYPYGLQTFHPALVSWWAAKDSRRPDEGWEARDSSPHFQAEQRVMSR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS56 LLLLTCLTYGAWYFYPYGLQTFHPALVSWWAAKDSRRPDEGWEARDSSPHFQAEQRVMSR
250 260 270 280 290 300
280 290 300 310 320 330
pF1KSD VHSLERRLEALAAEFSSNWQKEAMRLERLELRQGAPGQGGGGGLSHEDTLALLEGLVSRR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS56 VHSLERRLEALAAEFSSNWQKEAMRLERLELRQGAPGQGGGGGLSHEDTLALLEGLVSRR
310 320 330 340 350 360
340 350 360 370 380 390
pF1KSD EAALKEDFRRETAARIQEELSALRAEHQQDSEDLFKKIVRASQESEARIQQLKSEWQSMT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS56 EAALKEDFRRETAARIQEELSALRAEHQQDSEDLFKKIVRASQESEARIQQLKSEWQSMT
370 380 390 400 410 420
400 410 420 430 440 450
pF1KSD QESFQESSVKELRRLEDQLAGLQQELAALALKQSSVAEEVGLLPQQIQAVRDDVESQFPA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS56 QESFQESSVKELRRLEDQLAGLQQELAALALKQSSVAEEVGLLPQQIQAVRDDVESQFPA
430 440 450 460 470 480
460 470 480 490 500 510
pF1KSD WISQFLARGGGGRVGLLQREEMQAQLRELESKILTHVAEMQGKSAREAAASLSLTLQKEG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS56 WISQFLARGGGGRVGLLQREEMQAQLRELESKILTHVAEMQGKSAREAAASLSLTLQKEG
490 500 510 520 530 540
520 530 540 550 560 570
pF1KSD VIGVTEEQVHHIVKQALQRYSEDRIGLADYALESGGASVISTRCSETYETKTALLSLFGI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS56 VIGVTEEQVHHIVKQALQRYSEDRIGLADYALESGGASVISTRCSETYETKTALLSLFGI
550 560 570 580 590 600
580 590 600 610 620 630
pF1KSD PLWYHSQSPRVILQPDVHPGNCWAFQGPQGFAVVRLSARIRPTAVTLEHVPKALSPNSTI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS56 PLWYHSQSPRVILQPDVHPGNCWAFQGPQGFAVVRLSARIRPTAVTLEHVPKALSPNSTI
610 620 630 640 650 660
640 650 660 670 680 690
pF1KSD SSAPKDFAIFGFDEDLQQEGTLLGKFTYDQDGEPIQTFHFQAPTMATYQVVELRILTNWG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS56 SSAPKDFAIFGFDEDLQQEGTLLGKFTYDQDGEPIQTFHFQAPTMATYQVVELRILTNWG
670 680 690 700 710 720
700 710
pF1KSD HPEYTCIYRFRVHGEPAH
::::::::::::::::::
CCDS56 HPEYTCIYRFRVHGEPAH
730
>>CCDS55080.1 SUN1 gene_id:23353|Hs108|chr7 (682 aa)
initn: 1113 init1: 757 opt: 1036 Z-score: 864.1 bits: 170.4 E(32554): 8.3e-42
Smith-Waterman score: 1185; 35.4% identity (62.0% similar) in 718 aa overlap (48-715:4-680)
20 30 40 50 60 70
pF1KSD GSSSSGGSSVAGSQSTLFKDSPLRTLKRKSSNMKRLSPAPQLGPSSDAHT-----SYYSE
: .. :: :: : . ..: :: :.
CCDS55 MDFSRLHMYSP-PQCVPENTGYTYALSSSYSSD
10 20 30
80 90 100 110 120
pF1KSD SLVHESWF---P----PRSSLEELH---GDANWGEDLRVRRRRGTGGSESSRASGLVGRK
.: :. : :: : . :. . :. : ::... : . . :
CCDS55 ALDFETEHKLDPVFDSPRMSRRSLRLATTACTLGDGEAVGADSGTSSAVSLKNRAARTTK
40 50 60 70 80 90
130 140 150 160 170
pF1KSD ATEDFLGSSSGYSSEDDYVGYSDVDQQSSSSRLRSAVSRAGSLL---WMVATSP-----G
.. :. . . . : : :.. .. : :..::.: .: :. . :
CCDS55 QRRSTNKSAFSINHVSRQVTSSGVSHGGTVS-LQDAVTRRPPVLDESWIREQTTVDHFWG
100 110 120 130 140 150
180 190 200 210 220 230
pF1KSD RLFRLLYWWAGTTWYRLTTAASLLDVFVLTRRFSSLKTFLWFLLPLLLLTCLTY-GAWYF
. ..:: : ::...: : :.::.::: . .. :: .:.::.:: :. : :
CCDS55 KAASGVFWWLGIGWYQFVTLISWLNVFLLTRCLRNICKFLVLLIPLFLLLGLSLRGQGNF
160 170 180 190 200 210
240 250 260 270 280
pF1KSD YPYGLQTFHPALVSWWAAKDSRRPDEGWE------ARDSSPHFQAEQRV-----MSRVHS
. .: :.: .: . . ..: :. . .: ..: .:..... :: :..
CCDS55 F-----SFLPVL-NWASMHRTQRVDDPQDVFKPTTSRLKQP-LQGDSEAFPWHWMSGVEQ
220 230 240 250 260
290 300 310 320 330 340
pF1KSD LERRLEALAAEFSSNWQKEAMRLERLELRQGAPGQGGGGGLSHEDTLALLEGLVSRREAA
: . . . : .. . :..:. : .::..: : .: :.:.
CCDS55 QVASLSGQCHHHGENLRELTTLLQKLQARVDQM-EGGAAGPS-----------ASVRDAV
270 280 290 300 310
350 360 370 380 390 400
pF1KSD LKEDFRRETAARIQEELSALRAEHQQDSEDLFKKIVRASQESEARIQQLKSEWQSMTQES
. . . : ::. .: : ::.. :. . :. . ...: :.. : . :.
CCDS55 GQPPRETDFMAFHQEH--EVRMSHL---EDILGKLREKSEAIQKELEQTKQKTISAVGEQ
320 330 340 350 360
410 420 430 440 450 460
pF1KSD FQESSVKELRRLEDQLAGLQQELAALALKQSSVAEEVGLLPQQIQAVRDDVESQFPAWIS
. . :..:. ::: ..::.. ... . ..::.. :. : ..
CCDS55 LLPT-VEHLQLELDQL---KSELSSWRHVKTGC--------ETVDAVQERVDVQVREMVK
370 380 390 400 410
470 480 490 500
pF1KSD QFLARG--GGGRVGLLQRE--------EMQAQLRELESKILT----HVAEMQGKSAREAA
.... ::. :::: ..:..::.:. .:: ::. . . ::.
CCDS55 LLFSEDQQGGSLEQLLQRFSSQFVSKGDLQTMLRDLQLQILRNVTHHVSVTKQLPTSEAV
420 430 440 450 460 470
510 520 530 540 550 560
pF1KSD ASLSLTLQKEGVIGVTEEQVHHIVKQALQRYSEDRIGLADYALESGGASVISTRCSETYE
.: .... :. :.:: :.. ::..::. ::.:. :..:.::::::.:..:::::::::
CCDS55 VS---AVSEAGASGITEAQARAIVNSALKLYSQDKTGMVDFALESGGGSILSTRCSETYE
480 490 500 510 520 530
570 580 590 600 610 620
pF1KSD TKTALLSLFGIPLWYHSQSPRVILQPDVHPGNCWAFQGPQGFAVVRLSARIRPTAVTLEH
:::::.::::::::: ::::::..:::..:::::::.: ::. ::::: :.:.: ::::
CCDS55 TKTALMSLFGIPLWYFSQSPRVVIQPDIYPGNCWAFKGSQGYLVVRLSMMIHPAAFTLEH
540 550 560 570 580 590
630 640 650 660 670 680
pF1KSD VPKALSPNSTISSAPKDFAIFGFDEDLQQEGTLLGKFTYDQDGEPIQTFH-FQAPTMATY
.::.:::...:::::::::..:.... :.:: :::.:::::::: .: :. .. : ...
CCDS55 IPKTLSPTGNISSAPKDFAVYGLENEYQEEGQLLGQFTYDQDGESLQMFQALKRPDDTAF
600 610 620 630 640 650
690 700 710
pF1KSD QVVELRILTNWGHPEYTCIYRFRVHGEPAH
:.:::::..:::::::::.:::::::::
CCDS55 QIVELRIFSNWGHPEYTCLYRFRVHGEPVK
660 670 680
>>CCDS43533.1 SUN1 gene_id:23353|Hs108|chr7 (702 aa)
initn: 1110 init1: 757 opt: 1036 Z-score: 863.9 bits: 170.4 E(32554): 8.4e-42
Smith-Waterman score: 1231; 35.5% identity (62.7% similar) in 761 aa overlap (1-715:1-700)
10 20 30 40 50
pF1KSD MSRRSQRL--TRYSQGDDDGSSSSGGSSVAGSQSTLFKDSPLRTLK-RKSSNMKRLSP--
::::: :: : . :: .. ....:.: : : .:. :: : :.:.: . .:
CCDS43 MSRRSLRLATTACTLGDGEAVGADSGTSSAVS----LKNRAARTTKQRRSTNKSAFSINH
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100
pF1KSD -APQLGPSSDAHTSYYS--------ESLVHESWFPPRSSLEELHGDANWGEDLRVRRRRG
. :. :. .: . : .. :::. ....... : . : ::.
CCDS43 VSRQVTSSGVSHGGTVSLQDAVTRRPPVLDESWIREQTTVDHFWGLDDDG-DLK------
60 70 80 90 100
110 120 130 140 150 160
pF1KSD TGGSESS-RASGLVGRKAT---EDFLGSSSGYSSEDDYVGYSDVDQQSSSSRLRSAVSRA
::.... ...: :: :. . : :. .. :: : . . ::. ::
CCDS43 -GGNKAAIQGNGDVGAAAATAHNGFSCSNCSMLSERKDVLTAHPAAPGPVSRVY---SRD
110 120 130 140 150 160
170 180 190 200 210 220
pF1KSD GSLLWMVATSPGRLFRLLYWWAGTTWYRLTTAASLLDVFVLTRRFSSLKTFLWFLLPL-L
. : .:.. ..:: : ::...: : :.::.::: . .. :: .:.:: :
CCDS43 RNQKWKAASG-------VFWWLGIGWYQFVTLISWLNVFLLTRCLRNICKFLVLLIPLFL
170 180 190 200 210
230 240 250 260 270
pF1KSD LLTCLTY-GAWYFYPYGLQTFHPALVSWWAAKDSRRPDEGWE------ARDSSPHFQAEQ
::. :. : :. .: :.: .: . . ..: :. . .: ..: .:...
CCDS43 LLAGLSLRGQGNFF-----SFLPVL-NWASMHRTQRVDDPQDVFKPTTSRLKQP-LQGDS
220 230 240 250 260 270
280 290 300 310 320
pF1KSD RV-----MSRVHSLERRLEALAAEFSSNWQKEAMRLERLELRQGAPGQGGGGGLSHEDTL
.. :: :.. : . . . : .. . :..:. : .::..: :
CCDS43 EAFPWHWMSGVEQQVASLSGQCHHHGENLRELTTLLQKLQARVDQM-EGGAAGPS-----
280 290 300 310 320
330 340 350 360 370 380
pF1KSD ALLEGLVSRREAALKEDFRRETAARIQEELSALRAEHQQDSEDLFKKIVRASQESEARIQ
.: :.:. . . . : ::. .: : ::.. :. . :. . ...
CCDS43 ------ASVRDAVGQPPRETDFMAFHQEH--EVRMSHL---EDILGKLREKSEAIQKELE
330 340 350 360 370
390 400 410 420 430 440
pF1KSD QLKSEWQSMTQESFQESSVKELRRLEDQLAGLQQELAALALKQSSVAEEVGLLPQQIQAV
: :.. : . :.. . :..:. :: :..::.. ... . ..::
CCDS43 QTKQKTISAVGEQLLPT-VEHLQLELDQ---LKSELSSWRHVKTGC--------ETVDAV
380 390 400 410 420
450 460 470 480 490
pF1KSD RDDVESQFPAWISQFLARG--GGGRVGLLQRE--------EMQAQLRELESKILT----H
.. :. : .. .... ::. :::: ..:..::.:. .:: :
CCDS43 QERVDVQVREMVKLLFSEDQQGGSLEQLLQRFSSQFVSKGDLQTMLRDLQLQILRNVTHH
430 440 450 460 470 480
500 510 520 530 540 550
pF1KSD VAEMQGKSAREAAASLSLTLQKEGVIGVTEEQVHHIVKQALQRYSEDRIGLADYALESGG
:. . . ::..: .... :. :.:: :.. ::..::. ::.:. :..:.::::::
CCDS43 VSVTKQLPTSEAVVS---AVSEAGASGITEAQARAIVNSALKLYSQDKTGMVDFALESGG
490 500 510 520 530
560 570 580 590 600 610
pF1KSD ASVISTRCSETYETKTALLSLFGIPLWYHSQSPRVILQPDVHPGNCWAFQGPQGFAVVRL
.:..::::::::::::::.::::::::: ::::::..:::..:::::::.: ::. ::::
CCDS43 GSILSTRCSETYETKTALMSLFGIPLWYFSQSPRVVIQPDIYPGNCWAFKGSQGYLVVRL
540 550 560 570 580 590
620 630 640 650 660 670
pF1KSD SARIRPTAVTLEHVPKALSPNSTISSAPKDFAIFGFDEDLQQEGTLLGKFTYDQDGEPIQ
: :.:.: ::::.::.:::...:::::::::..:.... :.:: :::.:::::::: .:
CCDS43 SMMIHPAAFTLEHIPKTLSPTGNISSAPKDFAVYGLENEYQEEGQLLGQFTYDQDGESLQ
600 610 620 630 640 650
680 690 700 710
pF1KSD TFH-FQAPTMATYQVVELRILTNWGHPEYTCIYRFRVHGEPAH
:. .. : ...:.:::::..:::::::::.:::::::::
CCDS43 MFQALKRPDDTAFQIVELRIFSNWGHPEYTCLYRFRVHGEPVK
660 670 680 690 700
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10 20
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::::: :: : . :: .. ....:.: :
CCDS47 YTYALSSSYSSDALDFETEHKLDPVFDSPRMSRRSLRLATTACTLGDGEAVGADSGTSSA
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30 40 50 60 70
pF1KSD GSQSTLFKDSPLRTLK-RKSSNMKRLSP---APQLGPSSDAHTSYYS--------ESLVH
: .:. :: : :.:.: . .: . :. :. .: . : ..
CCDS47 VS----LKNRAARTTKQRRSTNKSAFSINHVSRQVTSSGVSHGGTVSLQDAVTRRPPVLD
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80 90 100 110 120
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:::. ....... :: . :. .. .:.. .. .:. . . .:
CCDS47 ESWIREQTTVDHFWGLDDDGDLKGGNKAAIQGNGDVGAAAATAHNGFSCSNCSMLSERKD
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130 140 150 160 170
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: . . . . : : .:. . :: .:::: : : ::.....::.
CCDS47 VLTAHPAAPGPVSRVYSRDRNQKCYFLLQILRRIGAVGQAVSRTAWSALWLAVVAPGKAA
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..:: : ::...: : :.::.::: . .. :: .:.:: :::. :. : :.
CCDS47 SGVFWWLGIGWYQFVTLISWLNVFLLTRCLRNICKFLVLLIPLFLLLAGLSLRGQGNFF-
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240 250 260 270 280
pF1KSD YGLQTFHPALVSWWAAKDSRRPDEGWE------ARDSSPHFQAEQRV-----MSRVHSLE
.: :.: .: . . ..: :. . .: ..: .:..... :: :..
CCDS47 ----SFLPVL-NWASMHRTQRVDDPQDVFKPTTSRLKQP-LQGDSEAFPWHWMSGVEQQV
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290 300 310 320 330 340
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: . . . : .. . :..:. : .::..: : .: :.:. .
CCDS47 ASLSGQCHHHGENLRELTTLLQKLQARVDQM-EGGAAGPS-----------ASVRDAVGQ
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350 360 370 380 390 400
pF1KSD EDFRRETAARIQEELSALRAEHQQDSEDLFKKIVRASQESEARIQQLKSEWQSMTQESFQ
. . : ::. .: : ::.. :. . :. . ...: :.. : . :..
CCDS47 PPRETDFMAFHQEH--EVRMSHL---EDILGKLREKSEAIQKELEQTKQKTISAVGEQLL
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410 420 430 440 450 460
pF1KSD ESSVKELRRLEDQLAGLQQELAALALKQSSVAEEVGLLPQQIQAVRDDVESQFPAWISQF
. :..:. :: :..::.. ... . ..::.. :. : .. .
CCDS47 PT-VEHLQLELDQ---LKSELSSWRHVKTGC--------ETVDAVQERVDVQVREMVKLL
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470 480 490 500 510
pF1KSD LARG--GGGRVGLLQRE--------EMQAQLRELESKILT----HVAEMQGKSAREAAAS
... ::. :::: ..:..::.:. .:: ::. . . ::..:
CCDS47 FSEDQQGGSLEQLLQRFSSQFVSKGDLQTMLRDLQLQILRNVTHHVSVTKQLPTSEAVVS
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520 530 540 550 560 570
pF1KSD LSLTLQKEGVIGVTEEQVHHIVKQALQRYSEDRIGLADYALESGGASVISTRCSETYETK
.... :. :.:: :.. ::..::. ::.:. :..:.::::::.:..:::::::::::
CCDS47 ---AVSEAGASGITEAQARAIVNSALKLYSQDKTGMVDFALESGGGSILSTRCSETYETK
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580 590 600 610 620 630
pF1KSD TALLSLFGIPLWYHSQSPRVILQPDVHPGNCWAFQGPQGFAVVRLSARIRPTAVTLEHVP
:::.::::::::: ::::::..:::..:::::::.: ::. ::::: :.:.: ::::.:
CCDS47 TALMSLFGIPLWYFSQSPRVVIQPDIYPGNCWAFKGSQGYLVVRLSMMIHPAAFTLEHIP
640 650 660 670 680 690
640 650 660 670 680
pF1KSD KALSPNSTISSAPKDFAIFGFDEDLQQEGTLLGKFTYDQDGEPIQTFH-FQAPTMATYQV
:.:::...:::::::::..:.... :.:: :::.:::::::: .: :. .. : ...:.
CCDS47 KTLSPTGNISSAPKDFAVYGLENEYQEEGQLLGQFTYDQDGESLQMFQALKRPDDTAFQI
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690 700 710
pF1KSD VELRILTNWGHPEYTCIYRFRVHGEPAH
:::::..:::::::::.:::::::::
CCDS47 VELRIFSNWGHPEYTCLYRFRVHGEPVK
760 770 780
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CCDS64 ASIIEAGTSESYKNNKAKLYWHGIGFLNHEMPPDIILQPDVYPGKCWAFPGSQGHTLIKL
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CCDS64 ATKIIPTAVTMEHISEKVSPSGNISSAPKEFSVYGITKKCEGEEIFLGQFIYNKTGTTVQ
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::..: . :.: :..:::::.:::.::::::: :
CCDS64 TFELQHAVSEYLLCVKLNIFSNWGHPKYTCLYRFRVHGTPGKHI
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pF1KSD VAEMQGKSAREAAASLSLTLQKEGVIGVTEEQVHHIVKQALQRYSEDRIGLADYALESGG
:.: ..:. .:.. ::.. .:::::.:.:
CCDS34 KALLRDMKDGMDNNHNWNTHGDPVEDPDHTEEVSNLVNYVLKKLREDQVEMADYALKSAG
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CCDS34 ASIIEAGTSESYKNNKAKLYWHGIGFLNHEMPPDIILQPDVYPGKCWAFPGSQGHTLIKL
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pF1KSD SARIRPTAVTLEHVPKALSPNSTISSAPKDFAIFGFDEDLQQEGTLLGKFTYDQDGEPIQ
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CCDS34 ATKIIPTAVTMEHISEKVSPSGNISSAPKEFSVYGITKKCEGEEIFLGQFIYNKTGTTVQ
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::..: . :.: :..:::::.:::.::::::: :
CCDS34 TFELQHAVSEYLLCVKLNIFSNWGHPKYTCLYRFRVHGTPGKHI
320 330 340 350
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::.. .. : :. :.:: : : . .
CCDS13 WLGLLYLVSPLENEPKEMLTLSEYHERVRSQGQQLQQLQAELD-KLHKE-VSTVRAANSE
190 200 210 220 230
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pF1KSD HIVKQALQRYSEDRIGLADYALESGGASVISTRCSETYETKTALLSLFGIPLWYHSQSPR
...: ..:: .:: . :::: : :::. . :. : ... . .: ... :
CCDS13 RVAKLVFQRLNEDFVRKPDYALSSVGASIDLQKTSHDYADRNTAYFWNRFSFWNYARPPT
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pF1KSD VILQPDVHPGNCWAFQGPQGFAVVRLSARIRPTAVTLEHVPKALSPNSTISSAPKDFAIF
:::.: : :::::::.: :: .:..: .:.. . .::.: : .. .. .:::.:::.:
CCDS13 VILEPHVFPGNCWAFEGDQGQVVIQLPGRVQLSDITLQHPPPSVEHTGGANSAPRDFAVF
300 310 320 330 340 350
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pF1KSD GFDEDLQQEGTLLGKFTYDQDGEPIQTFHFQAPTMATYQVVELRILTNWGHPEYTCIYRF
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CCDS13 GLQVYDETEVSL-GKFTFDVEKSEIQTFHLQNDPPAAFPKVKIQILSNWGHPRFTCLYRV
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710
pF1KSD RVHGEPAH
:.::
CCDS13 RAHGVRTSEGAEGSAQGPH
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CCDS13 CAFGFWMFSIHLPSKMKVWQDDSINGPLQSLRLYQEKVRHHSGEIQ--DLRGSMNQLIAK
120 130 140 150 160
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::. . ....:: ..... .. : : :.::.: :::. . : ::. . :
CCDS13 LQE--MEAMSDEQ--KMAQKIMKMIHGDYIEKPDFALKSIGASIDFEHTSVTYNHEKAHS
170 180 190 200 210 220
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pF1KSD SLFGIPLWYHSQSPRVILQPDVHPGNCWAFQGPQGFAVVRLSARIRPTAVTLEHVPKALS
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CCDS13 YWNWIQLWNYAQPPDVILEPNVTPGNCWAFEGDRGQVTIQLAQKVYLSNLTLQHIPKTIS
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pF1KSD PNSTISSAPKDFAIFGFDEDLQQEGTLLGKFTYDQDGEPIQTFHFQAPTMATYQVVELRI
......:::::.:.:. : .: ..:: : . : . :: : .: ....:...:
CCDS13 LSGSLDTAPKDFVIYGM-EGSPKEEVFLGAFQF-QPENIIQMFPLQNQPARAFSAVKVKI
290 300 310 320 330 340
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CCDS13 SSNWGNPGFTCLYRVRVHGSVAPPREQPHQNPYPKRD
350 360 370
717 residues in 1 query sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]