Result of FASTA (omim) for
pF1KSDA0617
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KSDA0617, 768 aa
1>>>pF1KSDA0617 768 - 768 aa - 768 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.2783+/-0.000544; mu= 15.4464+/- 0.033
mean_var=85.1930+/-17.778, 0's: 0 Z-trim(107.9): 64 B-trim: 347 in 1/50
Lambda= 0.138954
statistics sampled from 15914 (15969) to 15914 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.537), E-opt: 0.2 (0.187), width: 16
Scan time: 10.860
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_003581 (OMIM: 603136,614496) cullin-3 isoform 1 ( 768) 4997 1012.7 0
XP_006712863 (OMIM: 603136,614496) PREDICTED: cull ( 757) 4868 986.8 0
XP_011510297 (OMIM: 603136,614496) PREDICTED: cull ( 754) 4855 984.2 0
NP_001244127 (OMIM: 603136,614496) cullin-3 isofor ( 774) 4855 984.2 0
XP_011510298 (OMIM: 603136,614496) PREDICTED: cull ( 704) 4435 900.0 0
NP_001244126 (OMIM: 603136,614496) cullin-3 isofor ( 702) 4429 898.8 0
XP_011510296 (OMIM: 603136,614496) PREDICTED: cull ( 719) 4183 849.5 0
NP_001265443 (OMIM: 603137) cullin-4A isoform 3 [H ( 667) 1094 230.2 2.1e-59
NP_001008895 (OMIM: 603137) cullin-4A isoform 1 [H ( 759) 1009 213.2 3.2e-54
NP_001073341 (OMIM: 300304,300354) cullin-4B isofo ( 895) 978 207.0 2.8e-52
NP_001317553 (OMIM: 300304,300354) cullin-4B isofo ( 900) 978 207.0 2.8e-52
NP_003579 (OMIM: 300304,300354) cullin-4B isoform ( 913) 978 207.1 2.8e-52
XP_011529702 (OMIM: 300304,300354) PREDICTED: cull ( 717) 973 206.0 4.6e-52
XP_006724847 (OMIM: 300304,300354) PREDICTED: cull ( 902) 964 204.2 1.9e-51
XP_005262538 (OMIM: 300304,300354) PREDICTED: cull ( 915) 964 204.2 2e-51
XP_011529701 (OMIM: 300304,300354) PREDICTED: cull ( 719) 959 203.2 3.2e-51
NP_001265442 (OMIM: 603137) cullin-4A isoform 2 [H ( 659) 932 197.8 1.3e-49
XP_011535825 (OMIM: 603137) PREDICTED: cullin-4A i ( 659) 932 197.8 1.3e-49
NP_003580 (OMIM: 603137) cullin-4A isoform 2 [Homo ( 659) 932 197.8 1.3e-49
XP_011529703 (OMIM: 300304,300354) PREDICTED: cull ( 701) 880 187.4 1.8e-46
XP_011518049 (OMIM: 603135) PREDICTED: cullin-2 is ( 745) 666 144.5 1.6e-33
NP_001185706 (OMIM: 603135) cullin-2 isoform c [Ho ( 745) 666 144.5 1.6e-33
NP_003582 (OMIM: 603135) cullin-2 isoform c [Homo ( 745) 666 144.5 1.6e-33
NP_001185708 (OMIM: 603135) cullin-2 isoform b [Ho ( 758) 666 144.5 1.6e-33
NP_001185707 (OMIM: 603135) cullin-2 isoform a [Ho ( 764) 666 144.5 1.6e-33
XP_011518047 (OMIM: 603135) PREDICTED: cullin-2 is ( 808) 666 144.5 1.7e-33
XP_011518045 (OMIM: 603135) PREDICTED: cullin-2 is ( 808) 666 144.5 1.7e-33
XP_011518046 (OMIM: 603135) PREDICTED: cullin-2 is ( 808) 666 144.5 1.7e-33
NP_001311305 (OMIM: 603135) cullin-2 isoform e [Ho ( 614) 664 144.0 1.8e-33
NP_001311304 (OMIM: 603135) cullin-2 isoform d [Ho ( 682) 663 143.9 2.2e-33
XP_011514933 (OMIM: 603134) PREDICTED: cullin-1 is ( 776) 615 134.3 2e-30
XP_005250117 (OMIM: 603134) PREDICTED: cullin-1 is ( 776) 615 134.3 2e-30
XP_011514931 (OMIM: 603134) PREDICTED: cullin-1 is ( 776) 615 134.3 2e-30
NP_003583 (OMIM: 603134) cullin-1 [Homo sapiens] ( 776) 615 134.3 2e-30
XP_011514934 (OMIM: 603134) PREDICTED: cullin-1 is ( 776) 615 134.3 2e-30
XP_011514932 (OMIM: 603134) PREDICTED: cullin-1 is ( 776) 615 134.3 2e-30
XP_016868212 (OMIM: 603134) PREDICTED: cullin-1 is ( 455) 468 104.7 9.1e-22
XP_016873854 (OMIM: 601741) PREDICTED: cullin-5 is ( 519) 324 75.8 5e-13
XP_016873853 (OMIM: 601741) PREDICTED: cullin-5 is ( 519) 324 75.8 5e-13
XP_005271739 (OMIM: 601741) PREDICTED: cullin-5 is ( 721) 324 75.9 6.7e-13
XP_016873852 (OMIM: 601741) PREDICTED: cullin-5 is ( 742) 324 75.9 6.9e-13
NP_003469 (OMIM: 601741) cullin-5 [Homo sapiens] ( 780) 324 75.9 7.2e-13
XP_011541315 (OMIM: 601741) PREDICTED: cullin-5 is ( 396) 277 66.4 2.7e-10
>>NP_003581 (OMIM: 603136,614496) cullin-3 isoform 1 [Ho (768 aa)
initn: 4997 init1: 4997 opt: 4997 Z-score: 5415.0 bits: 1012.7 E(85289): 0
Smith-Waterman score: 4997; 100.0% identity (100.0% similar) in 768 aa overlap (1-768:1-768)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MSNLSKGTGSRKDTKMRIRAFPMTMDEKYVNSIWDLLKNAIQEIQRKNNSGLSFEELYRN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 MSNLSKGTGSRKDTKMRIRAFPMTMDEKYVNSIWDLLKNAIQEIQRKNNSGLSFEELYRN
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KSD AYTMVLHKHGEKLYTGLREVVTEHLINKVREDVLNSLNNNFLQTLNQAWNDHQTAMVMIR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 AYTMVLHKHGEKLYTGLREVVTEHLINKVREDVLNSLNNNFLQTLNQAWNDHQTAMVMIR
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KSD DILMYMDRVYVQQNNVENVYNLGLIIFRDQVVRYGCIRDHLRQTLLDMIARERKGEVVDR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 DILMYMDRVYVQQNNVENVYNLGLIIFRDQVVRYGCIRDHLRQTLLDMIARERKGEVVDR
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KSD GAIRNACQMLMILGLEGRSVYEEDFEAPFLEMSAEFFQMESQKFLAENSASVYIKKVEAR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 GAIRNACQMLMILGLEGRSVYEEDFEAPFLEMSAEFFQMESQKFLAENSASVYIKKVEAR
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KSD INEEIERVMHCLDKSTEEPIVKVVERELISKHMKTIVEMENSGLVHMLKNGKTEDLGCMY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 INEEIERVMHCLDKSTEEPIVKVVERELISKHMKTIVEMENSGLVHMLKNGKTEDLGCMY
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KSD KLFSRVPNGLKTMCECMSSYLREQGKALVSEEGEGKNPVDYIQGLLDLKSRFDRFLLESF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 KLFSRVPNGLKTMCECMSSYLREQGKALVSEEGEGKNPVDYIQGLLDLKSRFDRFLLESF
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KSD NNDRLFKQTIAGDFEYFLNLNSRSPEYLSLFIDDKLKKGVKGLTEQEVETILDKAMVLFR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 NNDRLFKQTIAGDFEYFLNLNSRSPEYLSLFIDDKLKKGVKGLTEQEVETILDKAMVLFR
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KSD FMQEKDVFERYYKQHLARRLLTNKSVSDDSEKNMISKLKTECGCQFTSKLEGMFRDMSIS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 FMQEKDVFERYYKQHLARRLLTNKSVSDDSEKNMISKLKTECGCQFTSKLEGMFRDMSIS
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KSD NTTMDEFRQHLQATGVSLGGVDLTVRVLTTGYWPTQSATPKCNIPPAPRHAFEIFRRFYL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 NTTMDEFRQHLQATGVSLGGVDLTVRVLTTGYWPTQSATPKCNIPPAPRHAFEIFRRFYL
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KSD AKHSGRQLTLQHHMGSADLNATFYGPVKKEDGSEVGVGGAQVTGSNTRKHILQVSTFQMT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 AKHSGRQLTLQHHMGSADLNATFYGPVKKEDGSEVGVGGAQVTGSNTRKHILQVSTFQMT
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KSD ILMLFNNREKYTFEEIQQETDIPERELVRALQSLACGKPTQRVLTKEPKSKEIENGHIFT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 ILMLFNNREKYTFEEIQQETDIPERELVRALQSLACGKPTQRVLTKEPKSKEIENGHIFT
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KSD VNDQFTSKLHRVKIQTVAAKQGESDPERKETRQKVDDDRKHEIEAAIVRIMKSRKKMQHN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 VNDQFTSKLHRVKIQTVAAKQGESDPERKETRQKVDDDRKHEIEAAIVRIMKSRKKMQHN
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760
pF1KSD VLVAEVTQQLKARFLPSPVVIKKRIEGLIEREYLARTPEDRKVYTYVA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 VLVAEVTQQLKARFLPSPVVIKKRIEGLIEREYLARTPEDRKVYTYVA
730 740 750 760
>>XP_006712863 (OMIM: 603136,614496) PREDICTED: cullin-3 (757 aa)
initn: 4855 init1: 4855 opt: 4868 Z-score: 5275.3 bits: 986.8 E(85289): 0
Smith-Waterman score: 4868; 99.1% identity (99.5% similar) in 755 aa overlap (14-768:3-757)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MSNLSKGTGSRKDTKMRIRAFPMTMDEKYVNSIWDLLKNAIQEIQRKNNSGLSFEELYRN
.: ..: ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_006 MFSKRKLRYTEMTMDEKYVNSIWDLLKNAIQEIQRKNNSGLSFEELYRN
10 20 30 40
70 80 90 100 110 120
pF1KSD AYTMVLHKHGEKLYTGLREVVTEHLINKVREDVLNSLNNNFLQTLNQAWNDHQTAMVMIR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_006 AYTMVLHKHGEKLYTGLREVVTEHLINKVREDVLNSLNNNFLQTLNQAWNDHQTAMVMIR
50 60 70 80 90 100
130 140 150 160 170 180
pF1KSD DILMYMDRVYVQQNNVENVYNLGLIIFRDQVVRYGCIRDHLRQTLLDMIARERKGEVVDR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_006 DILMYMDRVYVQQNNVENVYNLGLIIFRDQVVRYGCIRDHLRQTLLDMIARERKGEVVDR
110 120 130 140 150 160
190 200 210 220 230 240
pF1KSD GAIRNACQMLMILGLEGRSVYEEDFEAPFLEMSAEFFQMESQKFLAENSASVYIKKVEAR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_006 GAIRNACQMLMILGLEGRSVYEEDFEAPFLEMSAEFFQMESQKFLAENSASVYIKKVEAR
170 180 190 200 210 220
250 260 270 280 290 300
pF1KSD INEEIERVMHCLDKSTEEPIVKVVERELISKHMKTIVEMENSGLVHMLKNGKTEDLGCMY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_006 INEEIERVMHCLDKSTEEPIVKVVERELISKHMKTIVEMENSGLVHMLKNGKTEDLGCMY
230 240 250 260 270 280
310 320 330 340 350 360
pF1KSD KLFSRVPNGLKTMCECMSSYLREQGKALVSEEGEGKNPVDYIQGLLDLKSRFDRFLLESF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_006 KLFSRVPNGLKTMCECMSSYLREQGKALVSEEGEGKNPVDYIQGLLDLKSRFDRFLLESF
290 300 310 320 330 340
370 380 390 400 410 420
pF1KSD NNDRLFKQTIAGDFEYFLNLNSRSPEYLSLFIDDKLKKGVKGLTEQEVETILDKAMVLFR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_006 NNDRLFKQTIAGDFEYFLNLNSRSPEYLSLFIDDKLKKGVKGLTEQEVETILDKAMVLFR
350 360 370 380 390 400
430 440 450 460 470 480
pF1KSD FMQEKDVFERYYKQHLARRLLTNKSVSDDSEKNMISKLKTECGCQFTSKLEGMFRDMSIS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_006 FMQEKDVFERYYKQHLARRLLTNKSVSDDSEKNMISKLKTECGCQFTSKLEGMFRDMSIS
410 420 430 440 450 460
490 500 510 520 530 540
pF1KSD NTTMDEFRQHLQATGVSLGGVDLTVRVLTTGYWPTQSATPKCNIPPAPRHAFEIFRRFYL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_006 NTTMDEFRQHLQATGVSLGGVDLTVRVLTTGYWPTQSATPKCNIPPAPRHAFEIFRRFYL
470 480 490 500 510 520
550 560 570 580 590 600
pF1KSD AKHSGRQLTLQHHMGSADLNATFYGPVKKEDGSEVGVGGAQVTGSNTRKHILQVSTFQMT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_006 AKHSGRQLTLQHHMGSADLNATFYGPVKKEDGSEVGVGGAQVTGSNTRKHILQVSTFQMT
530 540 550 560 570 580
610 620 630 640 650 660
pF1KSD ILMLFNNREKYTFEEIQQETDIPERELVRALQSLACGKPTQRVLTKEPKSKEIENGHIFT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_006 ILMLFNNREKYTFEEIQQETDIPERELVRALQSLACGKPTQRVLTKEPKSKEIENGHIFT
590 600 610 620 630 640
670 680 690 700 710 720
pF1KSD VNDQFTSKLHRVKIQTVAAKQGESDPERKETRQKVDDDRKHEIEAAIVRIMKSRKKMQHN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_006 VNDQFTSKLHRVKIQTVAAKQGESDPERKETRQKVDDDRKHEIEAAIVRIMKSRKKMQHN
650 660 670 680 690 700
730 740 750 760
pF1KSD VLVAEVTQQLKARFLPSPVVIKKRIEGLIEREYLARTPEDRKVYTYVA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_006 VLVAEVTQQLKARFLPSPVVIKKRIEGLIEREYLARTPEDRKVYTYVA
710 720 730 740 750
>>XP_011510297 (OMIM: 603136,614496) PREDICTED: cullin-3 (754 aa)
initn: 4855 init1: 4855 opt: 4855 Z-score: 5261.3 bits: 984.2 E(85289): 0
Smith-Waterman score: 4855; 100.0% identity (100.0% similar) in 746 aa overlap (23-768:9-754)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MSNLSKGTGSRKDTKMRIRAFPMTMDEKYVNSIWDLLKNAIQEIQRKNNSGLSFEELYRN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 MRSSVSGLMTMDEKYVNSIWDLLKNAIQEIQRKNNSGLSFEELYRN
10 20 30 40
70 80 90 100 110 120
pF1KSD AYTMVLHKHGEKLYTGLREVVTEHLINKVREDVLNSLNNNFLQTLNQAWNDHQTAMVMIR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 AYTMVLHKHGEKLYTGLREVVTEHLINKVREDVLNSLNNNFLQTLNQAWNDHQTAMVMIR
50 60 70 80 90 100
130 140 150 160 170 180
pF1KSD DILMYMDRVYVQQNNVENVYNLGLIIFRDQVVRYGCIRDHLRQTLLDMIARERKGEVVDR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 DILMYMDRVYVQQNNVENVYNLGLIIFRDQVVRYGCIRDHLRQTLLDMIARERKGEVVDR
110 120 130 140 150 160
190 200 210 220 230 240
pF1KSD GAIRNACQMLMILGLEGRSVYEEDFEAPFLEMSAEFFQMESQKFLAENSASVYIKKVEAR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 GAIRNACQMLMILGLEGRSVYEEDFEAPFLEMSAEFFQMESQKFLAENSASVYIKKVEAR
170 180 190 200 210 220
250 260 270 280 290 300
pF1KSD INEEIERVMHCLDKSTEEPIVKVVERELISKHMKTIVEMENSGLVHMLKNGKTEDLGCMY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 INEEIERVMHCLDKSTEEPIVKVVERELISKHMKTIVEMENSGLVHMLKNGKTEDLGCMY
230 240 250 260 270 280
310 320 330 340 350 360
pF1KSD KLFSRVPNGLKTMCECMSSYLREQGKALVSEEGEGKNPVDYIQGLLDLKSRFDRFLLESF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 KLFSRVPNGLKTMCECMSSYLREQGKALVSEEGEGKNPVDYIQGLLDLKSRFDRFLLESF
290 300 310 320 330 340
370 380 390 400 410 420
pF1KSD NNDRLFKQTIAGDFEYFLNLNSRSPEYLSLFIDDKLKKGVKGLTEQEVETILDKAMVLFR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 NNDRLFKQTIAGDFEYFLNLNSRSPEYLSLFIDDKLKKGVKGLTEQEVETILDKAMVLFR
350 360 370 380 390 400
430 440 450 460 470 480
pF1KSD FMQEKDVFERYYKQHLARRLLTNKSVSDDSEKNMISKLKTECGCQFTSKLEGMFRDMSIS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 FMQEKDVFERYYKQHLARRLLTNKSVSDDSEKNMISKLKTECGCQFTSKLEGMFRDMSIS
410 420 430 440 450 460
490 500 510 520 530 540
pF1KSD NTTMDEFRQHLQATGVSLGGVDLTVRVLTTGYWPTQSATPKCNIPPAPRHAFEIFRRFYL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 NTTMDEFRQHLQATGVSLGGVDLTVRVLTTGYWPTQSATPKCNIPPAPRHAFEIFRRFYL
470 480 490 500 510 520
550 560 570 580 590 600
pF1KSD AKHSGRQLTLQHHMGSADLNATFYGPVKKEDGSEVGVGGAQVTGSNTRKHILQVSTFQMT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 AKHSGRQLTLQHHMGSADLNATFYGPVKKEDGSEVGVGGAQVTGSNTRKHILQVSTFQMT
530 540 550 560 570 580
610 620 630 640 650 660
pF1KSD ILMLFNNREKYTFEEIQQETDIPERELVRALQSLACGKPTQRVLTKEPKSKEIENGHIFT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 ILMLFNNREKYTFEEIQQETDIPERELVRALQSLACGKPTQRVLTKEPKSKEIENGHIFT
590 600 610 620 630 640
670 680 690 700 710 720
pF1KSD VNDQFTSKLHRVKIQTVAAKQGESDPERKETRQKVDDDRKHEIEAAIVRIMKSRKKMQHN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 VNDQFTSKLHRVKIQTVAAKQGESDPERKETRQKVDDDRKHEIEAAIVRIMKSRKKMQHN
650 660 670 680 690 700
730 740 750 760
pF1KSD VLVAEVTQQLKARFLPSPVVIKKRIEGLIEREYLARTPEDRKVYTYVA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 VLVAEVTQQLKARFLPSPVVIKKRIEGLIEREYLARTPEDRKVYTYVA
710 720 730 740 750
>>NP_001244127 (OMIM: 603136,614496) cullin-3 isoform 3 (774 aa)
initn: 4855 init1: 4855 opt: 4855 Z-score: 5261.1 bits: 984.2 E(85289): 0
Smith-Waterman score: 4855; 100.0% identity (100.0% similar) in 746 aa overlap (23-768:29-774)
10 20 30 40 50
pF1KSD MSNLSKGTGSRKDTKMRIRAFPMTMDEKYVNSIWDLLKNAIQEIQRKNNSGLSF
::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 MLRIHFFSFSFNLSHDVVLSVITEPSRCMTMDEKYVNSIWDLLKNAIQEIQRKNNSGLSF
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KSD EELYRNAYTMVLHKHGEKLYTGLREVVTEHLINKVREDVLNSLNNNFLQTLNQAWNDHQT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 EELYRNAYTMVLHKHGEKLYTGLREVVTEHLINKVREDVLNSLNNNFLQTLNQAWNDHQT
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KSD AMVMIRDILMYMDRVYVQQNNVENVYNLGLIIFRDQVVRYGCIRDHLRQTLLDMIARERK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 AMVMIRDILMYMDRVYVQQNNVENVYNLGLIIFRDQVVRYGCIRDHLRQTLLDMIARERK
130 140 150 160 170 180
180 190 200 210 220 230
pF1KSD GEVVDRGAIRNACQMLMILGLEGRSVYEEDFEAPFLEMSAEFFQMESQKFLAENSASVYI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 GEVVDRGAIRNACQMLMILGLEGRSVYEEDFEAPFLEMSAEFFQMESQKFLAENSASVYI
190 200 210 220 230 240
240 250 260 270 280 290
pF1KSD KKVEARINEEIERVMHCLDKSTEEPIVKVVERELISKHMKTIVEMENSGLVHMLKNGKTE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 KKVEARINEEIERVMHCLDKSTEEPIVKVVERELISKHMKTIVEMENSGLVHMLKNGKTE
250 260 270 280 290 300
300 310 320 330 340 350
pF1KSD DLGCMYKLFSRVPNGLKTMCECMSSYLREQGKALVSEEGEGKNPVDYIQGLLDLKSRFDR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 DLGCMYKLFSRVPNGLKTMCECMSSYLREQGKALVSEEGEGKNPVDYIQGLLDLKSRFDR
310 320 330 340 350 360
360 370 380 390 400 410
pF1KSD FLLESFNNDRLFKQTIAGDFEYFLNLNSRSPEYLSLFIDDKLKKGVKGLTEQEVETILDK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 FLLESFNNDRLFKQTIAGDFEYFLNLNSRSPEYLSLFIDDKLKKGVKGLTEQEVETILDK
370 380 390 400 410 420
420 430 440 450 460 470
pF1KSD AMVLFRFMQEKDVFERYYKQHLARRLLTNKSVSDDSEKNMISKLKTECGCQFTSKLEGMF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 AMVLFRFMQEKDVFERYYKQHLARRLLTNKSVSDDSEKNMISKLKTECGCQFTSKLEGMF
430 440 450 460 470 480
480 490 500 510 520 530
pF1KSD RDMSISNTTMDEFRQHLQATGVSLGGVDLTVRVLTTGYWPTQSATPKCNIPPAPRHAFEI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 RDMSISNTTMDEFRQHLQATGVSLGGVDLTVRVLTTGYWPTQSATPKCNIPPAPRHAFEI
490 500 510 520 530 540
540 550 560 570 580 590
pF1KSD FRRFYLAKHSGRQLTLQHHMGSADLNATFYGPVKKEDGSEVGVGGAQVTGSNTRKHILQV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 FRRFYLAKHSGRQLTLQHHMGSADLNATFYGPVKKEDGSEVGVGGAQVTGSNTRKHILQV
550 560 570 580 590 600
600 610 620 630 640 650
pF1KSD STFQMTILMLFNNREKYTFEEIQQETDIPERELVRALQSLACGKPTQRVLTKEPKSKEIE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 STFQMTILMLFNNREKYTFEEIQQETDIPERELVRALQSLACGKPTQRVLTKEPKSKEIE
610 620 630 640 650 660
660 670 680 690 700 710
pF1KSD NGHIFTVNDQFTSKLHRVKIQTVAAKQGESDPERKETRQKVDDDRKHEIEAAIVRIMKSR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 NGHIFTVNDQFTSKLHRVKIQTVAAKQGESDPERKETRQKVDDDRKHEIEAAIVRIMKSR
670 680 690 700 710 720
720 730 740 750 760
pF1KSD KKMQHNVLVAEVTQQLKARFLPSPVVIKKRIEGLIEREYLARTPEDRKVYTYVA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 KKMQHNVLVAEVTQQLKARFLPSPVVIKKRIEGLIEREYLARTPEDRKVYTYVA
730 740 750 760 770
>>XP_011510298 (OMIM: 603136,614496) PREDICTED: cullin-3 (704 aa)
initn: 4435 init1: 4435 opt: 4435 Z-score: 4806.7 bits: 900.0 E(85289): 0
Smith-Waterman score: 4435; 100.0% identity (100.0% similar) in 681 aa overlap (88-768:24-704)
60 70 80 90 100 110
pF1KSD YRNAYTMVLHKHGEKLYTGLREVVTEHLINKVREDVLNSLNNNFLQTLNQAWNDHQTAMV
::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 MSVYPIIGDVNFDHWCPPDFSTVKVREDVLNSLNNNFLQTLNQAWNDHQTAMV
10 20 30 40 50
120 130 140 150 160 170
pF1KSD MIRDILMYMDRVYVQQNNVENVYNLGLIIFRDQVVRYGCIRDHLRQTLLDMIARERKGEV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 MIRDILMYMDRVYVQQNNVENVYNLGLIIFRDQVVRYGCIRDHLRQTLLDMIARERKGEV
60 70 80 90 100 110
180 190 200 210 220 230
pF1KSD VDRGAIRNACQMLMILGLEGRSVYEEDFEAPFLEMSAEFFQMESQKFLAENSASVYIKKV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 VDRGAIRNACQMLMILGLEGRSVYEEDFEAPFLEMSAEFFQMESQKFLAENSASVYIKKV
120 130 140 150 160 170
240 250 260 270 280 290
pF1KSD EARINEEIERVMHCLDKSTEEPIVKVVERELISKHMKTIVEMENSGLVHMLKNGKTEDLG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 EARINEEIERVMHCLDKSTEEPIVKVVERELISKHMKTIVEMENSGLVHMLKNGKTEDLG
180 190 200 210 220 230
300 310 320 330 340 350
pF1KSD CMYKLFSRVPNGLKTMCECMSSYLREQGKALVSEEGEGKNPVDYIQGLLDLKSRFDRFLL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 CMYKLFSRVPNGLKTMCECMSSYLREQGKALVSEEGEGKNPVDYIQGLLDLKSRFDRFLL
240 250 260 270 280 290
360 370 380 390 400 410
pF1KSD ESFNNDRLFKQTIAGDFEYFLNLNSRSPEYLSLFIDDKLKKGVKGLTEQEVETILDKAMV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 ESFNNDRLFKQTIAGDFEYFLNLNSRSPEYLSLFIDDKLKKGVKGLTEQEVETILDKAMV
300 310 320 330 340 350
420 430 440 450 460 470
pF1KSD LFRFMQEKDVFERYYKQHLARRLLTNKSVSDDSEKNMISKLKTECGCQFTSKLEGMFRDM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 LFRFMQEKDVFERYYKQHLARRLLTNKSVSDDSEKNMISKLKTECGCQFTSKLEGMFRDM
360 370 380 390 400 410
480 490 500 510 520 530
pF1KSD SISNTTMDEFRQHLQATGVSLGGVDLTVRVLTTGYWPTQSATPKCNIPPAPRHAFEIFRR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 SISNTTMDEFRQHLQATGVSLGGVDLTVRVLTTGYWPTQSATPKCNIPPAPRHAFEIFRR
420 430 440 450 460 470
540 550 560 570 580 590
pF1KSD FYLAKHSGRQLTLQHHMGSADLNATFYGPVKKEDGSEVGVGGAQVTGSNTRKHILQVSTF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 FYLAKHSGRQLTLQHHMGSADLNATFYGPVKKEDGSEVGVGGAQVTGSNTRKHILQVSTF
480 490 500 510 520 530
600 610 620 630 640 650
pF1KSD QMTILMLFNNREKYTFEEIQQETDIPERELVRALQSLACGKPTQRVLTKEPKSKEIENGH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 QMTILMLFNNREKYTFEEIQQETDIPERELVRALQSLACGKPTQRVLTKEPKSKEIENGH
540 550 560 570 580 590
660 670 680 690 700 710
pF1KSD IFTVNDQFTSKLHRVKIQTVAAKQGESDPERKETRQKVDDDRKHEIEAAIVRIMKSRKKM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 IFTVNDQFTSKLHRVKIQTVAAKQGESDPERKETRQKVDDDRKHEIEAAIVRIMKSRKKM
600 610 620 630 640 650
720 730 740 750 760
pF1KSD QHNVLVAEVTQQLKARFLPSPVVIKKRIEGLIEREYLARTPEDRKVYTYVA
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 QHNVLVAEVTQQLKARFLPSPVVIKKRIEGLIEREYLARTPEDRKVYTYVA
660 670 680 690 700
>>NP_001244126 (OMIM: 603136,614496) cullin-3 isoform 2 (702 aa)
initn: 4429 init1: 4429 opt: 4429 Z-score: 4800.2 bits: 898.8 E(85289): 0
Smith-Waterman score: 4429; 100.0% identity (100.0% similar) in 680 aa overlap (89-768:23-702)
60 70 80 90 100 110
pF1KSD RNAYTMVLHKHGEKLYTGLREVVTEHLINKVREDVLNSLNNNFLQTLNQAWNDHQTAMVM
::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 MSNLSKGTGSRKDTKMRIRAFPVREDVLNSLNNNFLQTLNQAWNDHQTAMVM
10 20 30 40 50
120 130 140 150 160 170
pF1KSD IRDILMYMDRVYVQQNNVENVYNLGLIIFRDQVVRYGCIRDHLRQTLLDMIARERKGEVV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 IRDILMYMDRVYVQQNNVENVYNLGLIIFRDQVVRYGCIRDHLRQTLLDMIARERKGEVV
60 70 80 90 100 110
180 190 200 210 220 230
pF1KSD DRGAIRNACQMLMILGLEGRSVYEEDFEAPFLEMSAEFFQMESQKFLAENSASVYIKKVE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 DRGAIRNACQMLMILGLEGRSVYEEDFEAPFLEMSAEFFQMESQKFLAENSASVYIKKVE
120 130 140 150 160 170
240 250 260 270 280 290
pF1KSD ARINEEIERVMHCLDKSTEEPIVKVVERELISKHMKTIVEMENSGLVHMLKNGKTEDLGC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 ARINEEIERVMHCLDKSTEEPIVKVVERELISKHMKTIVEMENSGLVHMLKNGKTEDLGC
180 190 200 210 220 230
300 310 320 330 340 350
pF1KSD MYKLFSRVPNGLKTMCECMSSYLREQGKALVSEEGEGKNPVDYIQGLLDLKSRFDRFLLE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 MYKLFSRVPNGLKTMCECMSSYLREQGKALVSEEGEGKNPVDYIQGLLDLKSRFDRFLLE
240 250 260 270 280 290
360 370 380 390 400 410
pF1KSD SFNNDRLFKQTIAGDFEYFLNLNSRSPEYLSLFIDDKLKKGVKGLTEQEVETILDKAMVL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 SFNNDRLFKQTIAGDFEYFLNLNSRSPEYLSLFIDDKLKKGVKGLTEQEVETILDKAMVL
300 310 320 330 340 350
420 430 440 450 460 470
pF1KSD FRFMQEKDVFERYYKQHLARRLLTNKSVSDDSEKNMISKLKTECGCQFTSKLEGMFRDMS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 FRFMQEKDVFERYYKQHLARRLLTNKSVSDDSEKNMISKLKTECGCQFTSKLEGMFRDMS
360 370 380 390 400 410
480 490 500 510 520 530
pF1KSD ISNTTMDEFRQHLQATGVSLGGVDLTVRVLTTGYWPTQSATPKCNIPPAPRHAFEIFRRF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 ISNTTMDEFRQHLQATGVSLGGVDLTVRVLTTGYWPTQSATPKCNIPPAPRHAFEIFRRF
420 430 440 450 460 470
540 550 560 570 580 590
pF1KSD YLAKHSGRQLTLQHHMGSADLNATFYGPVKKEDGSEVGVGGAQVTGSNTRKHILQVSTFQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 YLAKHSGRQLTLQHHMGSADLNATFYGPVKKEDGSEVGVGGAQVTGSNTRKHILQVSTFQ
480 490 500 510 520 530
600 610 620 630 640 650
pF1KSD MTILMLFNNREKYTFEEIQQETDIPERELVRALQSLACGKPTQRVLTKEPKSKEIENGHI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 MTILMLFNNREKYTFEEIQQETDIPERELVRALQSLACGKPTQRVLTKEPKSKEIENGHI
540 550 560 570 580 590
660 670 680 690 700 710
pF1KSD FTVNDQFTSKLHRVKIQTVAAKQGESDPERKETRQKVDDDRKHEIEAAIVRIMKSRKKMQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 FTVNDQFTSKLHRVKIQTVAAKQGESDPERKETRQKVDDDRKHEIEAAIVRIMKSRKKMQ
600 610 620 630 640 650
720 730 740 750 760
pF1KSD HNVLVAEVTQQLKARFLPSPVVIKKRIEGLIEREYLARTPEDRKVYTYVA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 HNVLVAEVTQQLKARFLPSPVVIKKRIEGLIEREYLARTPEDRKVYTYVA
660 670 680 690 700
>>XP_011510296 (OMIM: 603136,614496) PREDICTED: cullin-3 (719 aa)
initn: 4183 init1: 4183 opt: 4183 Z-score: 4533.5 bits: 849.5 E(85289): 0
Smith-Waterman score: 4531; 94.0% identity (94.4% similar) in 755 aa overlap (14-768:3-719)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MSNLSKGTGSRKDTKMRIRAFPMTMDEKYVNSIWDLLKNAIQEIQRKNNSGLSFEELYRN
.: ..: ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 MFSKRKLRYTEMTMDEKYVNSIWDLLKNAIQEIQRKNNSGLSFEELYRN
10 20 30 40
70 80 90 100 110 120
pF1KSD AYTMVLHKHGEKLYTGLREVVTEHLINKVREDVLNSLNNNFLQTLNQAWNDHQTAMVMIR
::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 AYTMVLHKHGEKLYTGLREVVTEHLINK--------------------------------
50 60 70
130 140 150 160 170 180
pF1KSD DILMYMDRVYVQQNNVENVYNLGLIIFRDQVVRYGCIRDHLRQTLLDMIARERKGEVVDR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 ------DRVYVQQNNVENVYNLGLIIFRDQVVRYGCIRDHLRQTLLDMIARERKGEVVDR
80 90 100 110 120 130
190 200 210 220 230 240
pF1KSD GAIRNACQMLMILGLEGRSVYEEDFEAPFLEMSAEFFQMESQKFLAENSASVYIKKVEAR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 GAIRNACQMLMILGLEGRSVYEEDFEAPFLEMSAEFFQMESQKFLAENSASVYIKKVEAR
140 150 160 170 180 190
250 260 270 280 290 300
pF1KSD INEEIERVMHCLDKSTEEPIVKVVERELISKHMKTIVEMENSGLVHMLKNGKTEDLGCMY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 INEEIERVMHCLDKSTEEPIVKVVERELISKHMKTIVEMENSGLVHMLKNGKTEDLGCMY
200 210 220 230 240 250
310 320 330 340 350 360
pF1KSD KLFSRVPNGLKTMCECMSSYLREQGKALVSEEGEGKNPVDYIQGLLDLKSRFDRFLLESF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 KLFSRVPNGLKTMCECMSSYLREQGKALVSEEGEGKNPVDYIQGLLDLKSRFDRFLLESF
260 270 280 290 300 310
370 380 390 400 410 420
pF1KSD NNDRLFKQTIAGDFEYFLNLNSRSPEYLSLFIDDKLKKGVKGLTEQEVETILDKAMVLFR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 NNDRLFKQTIAGDFEYFLNLNSRSPEYLSLFIDDKLKKGVKGLTEQEVETILDKAMVLFR
320 330 340 350 360 370
430 440 450 460 470 480
pF1KSD FMQEKDVFERYYKQHLARRLLTNKSVSDDSEKNMISKLKTECGCQFTSKLEGMFRDMSIS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 FMQEKDVFERYYKQHLARRLLTNKSVSDDSEKNMISKLKTECGCQFTSKLEGMFRDMSIS
380 390 400 410 420 430
490 500 510 520 530 540
pF1KSD NTTMDEFRQHLQATGVSLGGVDLTVRVLTTGYWPTQSATPKCNIPPAPRHAFEIFRRFYL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 NTTMDEFRQHLQATGVSLGGVDLTVRVLTTGYWPTQSATPKCNIPPAPRHAFEIFRRFYL
440 450 460 470 480 490
550 560 570 580 590 600
pF1KSD AKHSGRQLTLQHHMGSADLNATFYGPVKKEDGSEVGVGGAQVTGSNTRKHILQVSTFQMT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 AKHSGRQLTLQHHMGSADLNATFYGPVKKEDGSEVGVGGAQVTGSNTRKHILQVSTFQMT
500 510 520 530 540 550
610 620 630 640 650 660
pF1KSD ILMLFNNREKYTFEEIQQETDIPERELVRALQSLACGKPTQRVLTKEPKSKEIENGHIFT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 ILMLFNNREKYTFEEIQQETDIPERELVRALQSLACGKPTQRVLTKEPKSKEIENGHIFT
560 570 580 590 600 610
670 680 690 700 710 720
pF1KSD VNDQFTSKLHRVKIQTVAAKQGESDPERKETRQKVDDDRKHEIEAAIVRIMKSRKKMQHN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 VNDQFTSKLHRVKIQTVAAKQGESDPERKETRQKVDDDRKHEIEAAIVRIMKSRKKMQHN
620 630 640 650 660 670
730 740 750 760
pF1KSD VLVAEVTQQLKARFLPSPVVIKKRIEGLIEREYLARTPEDRKVYTYVA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 VLVAEVTQQLKARFLPSPVVIKKRIEGLIEREYLARTPEDRKVYTYVA
680 690 700 710
>>NP_001265443 (OMIM: 603137) cullin-4A isoform 3 [Homo (667 aa)
initn: 1408 init1: 385 opt: 1094 Z-score: 1187.4 bits: 230.2 E(85289): 2.1e-59
Smith-Waterman score: 1596; 40.6% identity (67.0% similar) in 710 aa overlap (73-768:2-667)
50 60 70 80 90
pF1KSD EIQRKNNSGLSFEELYRNAYTMVLHKHGEKLYTGLREVVTEHLINKV---REDVLNSLNN
:: ::.. .:. .. ::: :.:.
NP_001 MLYKQLRQACEDHVQAQILPFREDSLDSVL-
10 20 30
100 110 120 130 140 150
pF1KSD NFLQTLNQAWNDHQTAMVMIRDILMYMDRVYVQQNNV--------ENVY-NLGLIIFRDQ
::. .: :.:: :.:::.:....::.:: ::.. .: ..:: .:: .
NP_001 -FLKKINTCWQDHCRQMIMIRSIFLFLDRTYVLQNSTLPSICPVSYCLYRDMGLELFRTH
40 50 60 70 80
160 170 180 190 200 210
pF1KSD VVRYGCIRDHLRQTLLDMIARERKGEVVDRGAIRNACQMLMILGLEGRSVYEEDFEAPFL
.. .... . .: .: :::.::.:::. .:. :: : .::...:: ::
NP_001 IISDKMVQSKTIDGILLLIERERSGEAVDRSLLRSLLGMLSDL-----QVYKDSFELKFL
90 100 110 120 130 140
220 230 240 250 260 270
pF1KSD EMSAEFFQMESQKFLAENSASVYIKKVEARINEEIERVMHCLDKSTEEPIVKVVERELIS
: . .. :.:... : . :...: :..:: .::. ::.::..:.. ::..:..
NP_001 EETNCLYAAEGQRLMQEREVPEYLNHVSKRLEEEGDRVITYLDHSTQKPLIACVEKQLLG
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60827320 residues in 85289 library sequences
Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
start: Thu Nov 3 02:19:13 2016 done: Thu Nov 3 02:19:15 2016
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]