Result of FASTA (ccds) for
pF1KSDA0613
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KSDA0613, 727 aa
1>>>pF1KSDA0613 727 - 727 aa - 727 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 16.6508+/-0.00132; mu= -31.6291+/- 0.080
mean_var=678.5133+/-141.310, 0's: 0 Z-trim(115.8): 135 B-trim: 113 in 1/50
Lambda= 0.049237
statistics sampled from 16282 (16409) to 16282 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.773), E-opt: 0.2 (0.504), width: 16
Scan time: 5.040
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS7377.1 LDB3 gene_id:11155|Hs108|chr10 ( 727) 5011 371.2 3e-102
CCDS53550.1 LDB3 gene_id:11155|Hs108|chr10 ( 732) 4141 309.4 1.2e-83
CCDS41544.1 LDB3 gene_id:11155|Hs108|chr10 ( 617) 2651 203.6 7.7e-52
CCDS44450.1 LDB3 gene_id:11155|Hs108|chr10 ( 330) 1968 154.9 1.9e-37
CCDS53549.1 LDB3 gene_id:11155|Hs108|chr10 ( 398) 1532 124.0 4.6e-28
CCDS58916.1 PDLIM5 gene_id:10611|Hs108|chr4 ( 625) 1237 103.1 1.3e-21
CCDS3641.1 PDLIM5 gene_id:10611|Hs108|chr4 ( 596) 1124 95.1 3.4e-19
CCDS47102.1 PDLIM5 gene_id:10611|Hs108|chr4 ( 487) 1119 94.7 3.7e-19
CCDS75166.1 PDLIM5 gene_id:10611|Hs108|chr4 ( 271) 1099 93.1 6.1e-19
CCDS58917.1 PDLIM5 gene_id:10611|Hs108|chr4 ( 483) 1063 90.7 5.7e-18
CCDS4422.1 PDLIM7 gene_id:9260|Hs108|chr5 ( 457) 1030 88.3 2.8e-17
CCDS4423.1 PDLIM7 gene_id:9260|Hs108|chr5 ( 423) 1011 87.0 6.6e-17
>>CCDS7377.1 LDB3 gene_id:11155|Hs108|chr10 (727 aa)
initn: 5011 init1: 5011 opt: 5011 Z-score: 1949.1 bits: 371.2 E(32554): 3e-102
Smith-Waterman score: 5011; 100.0% identity (100.0% similar) in 727 aa overlap (1-727:1-727)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MSYSVTLTGPGPWGFRLQGGKDFNMPLTISRITPGSKAAQSQLSQGDLVVAIDGVNTDTM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS73 MSYSVTLTGPGPWGFRLQGGKDFNMPLTISRITPGSKAAQSQLSQGDLVVAIDGVNTDTM
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KSD THLEAQNKIKSASYNLSLTLQKSKRPIPISTTAPPVQTPLPVIPHQKDPALDTNGSLVAP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS73 THLEAQNKIKSASYNLSLTLQKSKRPIPISTTAPPVQTPLPVIPHQKDPALDTNGSLVAP
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KSD SPSPEARASPGTPGTPELRPTFSPAFSRPSAFSSLAEASDPGPPRASLRAKTSPEGARDL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS73 SPSPEARASPGTPGTPELRPTFSPAFSRPSAFSSLAEASDPGPPRASLRAKTSPEGARDL
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KSD LGPKALPGSSQPRQYNNPIGLYSAETLREMAQMYQMSLRGKASGVGLPGGSLPIKDLAVD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS73 LGPKALPGSSQPRQYNNPIGLYSAETLREMAQMYQMSLRGKASGVGLPGGSLPIKDLAVD
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KSD SASPVYQAVIKSQNKPEDEADEWARRSSNLQSRSFRILAQMTGTEFMQDPDEEALRRSST
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS73 SASPVYQAVIKSQNKPEDEADEWARRSSNLQSRSFRILAQMTGTEFMQDPDEEALRRSST
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KSD PIEHAPVCTSQATTPLLPASAQPPAAASPSAASPPLATAAAHTAIASASTTAPASSPADS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS73 PIEHAPVCTSQATTPLLPASAQPPAAASPSAASPPLATAAAHTAIASASTTAPASSPADS
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KSD PRPQASSYSPAVAASSAPATHTSYSEGPAAPAPKPRVVTTASIRPSVYQPVPASTYSPSP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS73 PRPQASSYSPAVAASSAPATHTSYSEGPAAPAPKPRVVTTASIRPSVYQPVPASTYSPSP
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KSD GANYSPTPYTPSPAPAYTPSPAPAYTPSPVPTYTPSPAPAYTPSPAPNYNPAPSVAYSGG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS73 GANYSPTPYTPSPAPAYTPSPAPAYTPSPVPTYTPSPAPAYTPSPAPNYNPAPSVAYSGG
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KSD PAEPASRPPWVTDDSFSQKFAPGKSTTSISKQTLPRGGPAYTPAGPQVPPLARGTVQRAE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS73 PAEPASRPPWVTDDSFSQKFAPGKSTTSISKQTLPRGGPAYTPAGPQVPPLARGTVQRAE
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KSD RFPASSRTPLCGHCNNVIRGPFLVAMGRSWHPEEFTCAYCKTSLADVCFVEEQNNVYCER
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS73 RFPASSRTPLCGHCNNVIRGPFLVAMGRSWHPEEFTCAYCKTSLADVCFVEEQNNVYCER
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KSD CYEQFFAPLCAKCNTKIMGEVMHALRQTWHTTCFVCAACKKPFGNSLFHMEDGEPYCEKD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS73 CYEQFFAPLCAKCNTKIMGEVMHALRQTWHTTCFVCAACKKPFGNSLFHMEDGEPYCEKD
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KSD YINLFSTKCHGCDFPVEAGDKFIEALGHTWHDTCFICAVCHVNLEGQPFYSKKDRPLCKK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS73 YINLFSTKCHGCDFPVEAGDKFIEALGHTWHDTCFICAVCHVNLEGQPFYSKKDRPLCKK
670 680 690 700 710 720
pF1KSD HAHTINL
:::::::
CCDS73 HAHTINL
>>CCDS53550.1 LDB3 gene_id:11155|Hs108|chr10 (732 aa)
initn: 4158 init1: 2643 opt: 4141 Z-score: 1615.1 bits: 309.4 E(32554): 1.2e-83
Smith-Waterman score: 4328; 83.5% identity (83.5% similar) in 795 aa overlap (1-727:1-732)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MSYSVTLTGPGPWGFRLQGGKDFNMPLTISRITPGSKAAQSQLSQGDLVVAIDGVNTDTM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 MSYSVTLTGPGPWGFRLQGGKDFNMPLTISRITPGSKAAQSQLSQGDLVVAIDGVNTDTM
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KSD THLEAQNKIKSASYNLSLTLQKSKRPIPISTTAPPVQTPLPVIPHQKDPALDTNGSLVAP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 THLEAQNKIKSASYNLSLTLQKSKRPIPISTTAPPVQTPLPVIPHQKDPALDTNGSLVAP
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KSD SPSPEARASPGTPGTPELRPTFSPAFSRPSAFSSLAEASDPGPPRASLRAKTSPEGARDL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 SPSPEARASPGTPGTPELRPTFSPAFSRPSAFSSLAEASDPGPPRASLRAKTSPEGARDL
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230
pF1KSD LGPKALPGSSQPRQYNNPIGLYSAETLREMAQMYQMSLRGKASGVGLPGG----------
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 LGPKALPGSSQPRQYNNPIGLYSAETLREMAQMYQMSLRGKASGVGLPGGADYQERFNPS
190 200 210 220 230 240
pF1KSD ----------------------------------------------------------SL
::
CCDS53 ALKDSALSTHKPIEVKGLGGKATIIHAQYNTPISMYSQDAIMDAIAGQAQAQGSDFSGSL
250 260 270 280 290 300
240 250 260 270 280 290
pF1KSD PIKDLAVDSASPVYQAVIKSQNKPEDEADEWARRSSNLQSRSFRILAQMTGTEFMQDPDE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 PIKDLAVDSASPVYQAVIKSQNKPEDEADEWARRSSNLQSRSFRILAQMTGTEFMQDPDE
310 320 330 340 350 360
300 310 320 330 340 350
pF1KSD EALRRSSTPIEHAPVCTSQATTPLLPASAQPPAAASPSAASPPLATAAAHTAIASASTTA
::::::
CCDS53 EALRRS------------------------------------------------------
360 370 380 390 400 410
pF1KSD PASSPADSPRPQASSYSPAVAASSAPATHTSYSEGPAAPAPKPRVVTTASIRPSVYQPVP
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 ---------RPQASSYSPAVAASSAPATHTSYSEGPAAPAPKPRVVTTASIRPSVYQPVP
370 380 390 400 410
420 430 440 450 460 470
pF1KSD ASTYSPSPGANYSPTPYTPSPAPAYTPSPAPAYTPSPVPTYTPSPAPAYTPSPAPNYNPA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 ASTYSPSPGANYSPTPYTPSPAPAYTPSPAPAYTPSPVPTYTPSPAPAYTPSPAPNYNPA
420 430 440 450 460 470
480 490 500 510 520 530
pF1KSD PSVAYSGGPAEPASRPPWVTDDSFSQKFAPGKSTTSISKQTLPRGGPAYTPAGPQVPPLA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 PSVAYSGGPAEPASRPPWVTDDSFSQKFAPGKSTTSISKQTLPRGGPAYTPAGPQVPPLA
480 490 500 510 520 530
540 550 560 570 580 590
pF1KSD RGTVQRAERFPASSRTPLCGHCNNVIRGPFLVAMGRSWHPEEFTCAYCKTSLADVCFVEE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 RGTVQRAERFPASSRTPLCGHCNNVIRGPFLVAMGRSWHPEEFTCAYCKTSLADVCFVEE
540 550 560 570 580 590
600 610 620 630 640 650
pF1KSD QNNVYCERCYEQFFAPLCAKCNTKIMGEVMHALRQTWHTTCFVCAACKKPFGNSLFHMED
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 QNNVYCERCYEQFFAPLCAKCNTKIMGEVMHALRQTWHTTCFVCAACKKPFGNSLFHMED
600 610 620 630 640 650
660 670 680 690 700 710
pF1KSD GEPYCEKDYINLFSTKCHGCDFPVEAGDKFIEALGHTWHDTCFICAVCHVNLEGQPFYSK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 GEPYCEKDYINLFSTKCHGCDFPVEAGDKFIEALGHTWHDTCFICAVCHVNLEGQPFYSK
660 670 680 690 700 710
720
pF1KSD KDRPLCKKHAHTINL
:::::::::::::::
CCDS53 KDRPLCKKHAHTINL
720 730
>>CCDS41544.1 LDB3 gene_id:11155|Hs108|chr10 (617 aa)
initn: 3331 init1: 2643 opt: 2651 Z-score: 1044.1 bits: 203.6 E(32554): 7.7e-52
Smith-Waterman score: 3637; 77.7% identity (81.3% similar) in 727 aa overlap (1-727:1-617)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MSYSVTLTGPGPWGFRLQGGKDFNMPLTISRITPGSKAAQSQLSQGDLVVAIDGVNTDTM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 MSYSVTLTGPGPWGFRLQGGKDFNMPLTISRITPGSKAAQSQLSQGDLVVAIDGVNTDTM
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KSD THLEAQNKIKSASYNLSLTLQKSKRPIPISTTAPPVQTPLPVIPHQKDPALDTNGSLVAP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: .:.
CCDS41 THLEAQNKIKSASYNLSLTLQKSKRPIPISTTAPPVQTPLPVIPHQK---------VVVN
70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KSD SPSPEARASPGTPGTPELRPTFSPAFSRPSAFSSLAEASDPGPPRASLRAKTSPEGARDL
::. . . . :.:. . ::.:. :
CCDS41 SPA-----------NADYQERFNPSALKDSALSTHKPIEVKG------------------
120 130 140
190 200 210 220 230 240
pF1KSD LGPKALPGSSQPRQYNNPIGLYSAETLREMAQMYQMSLRGKASGVGLPGGSLPIKDLAVD
:: :: . :::.::..:: ... : .. ...:.: . .:::::::::::
CCDS41 LGGKA---TIIHAQYNTPISMYSQDAI-----MDAIAGQAQAQGSDF-SGSLPIKDLAVD
150 160 170 180 190
250 260 270 280 290 300
pF1KSD SASPVYQAVIKSQNKPEDEADEWARRSSNLQSRSFRILAQMTGTEFMQDPDEEALRRSST
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 SASPVYQAVIKSQNKPEDEADEWARRSSNLQSRSFRILAQMTGTEFMQDPDEEALRRS--
200 210 220 230 240 250
310 320 330 340 350 360
pF1KSD PIEHAPVCTSQATTPLLPASAQPPAAASPSAASPPLATAAAHTAIASASTTAPASSPADS
CCDS41 ------------------------------------------------------------
370 380 390 400 410 420
pF1KSD PRPQASSYSPAVAASSAPATHTSYSEGPAAPAPKPRVVTTASIRPSVYQPVPASTYSPSP
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 -RPQASSYSPAVAASSAPATHTSYSEGPAAPAPKPRVVTTASIRPSVYQPVPASTYSPSP
260 270 280 290 300 310
430 440 450 460 470 480
pF1KSD GANYSPTPYTPSPAPAYTPSPAPAYTPSPVPTYTPSPAPAYTPSPAPNYNPAPSVAYSGG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 GANYSPTPYTPSPAPAYTPSPAPAYTPSPVPTYTPSPAPAYTPSPAPNYNPAPSVAYSGG
320 330 340 350 360 370
490 500 510 520 530 540
pF1KSD PAEPASRPPWVTDDSFSQKFAPGKSTTSISKQTLPRGGPAYTPAGPQVPPLARGTVQRAE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 PAEPASRPPWVTDDSFSQKFAPGKSTTSISKQTLPRGGPAYTPAGPQVPPLARGTVQRAE
380 390 400 410 420 430
550 560 570 580 590 600
pF1KSD RFPASSRTPLCGHCNNVIRGPFLVAMGRSWHPEEFTCAYCKTSLADVCFVEEQNNVYCER
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 RFPASSRTPLCGHCNNVIRGPFLVAMGRSWHPEEFTCAYCKTSLADVCFVEEQNNVYCER
440 450 460 470 480 490
610 620 630 640 650 660
pF1KSD CYEQFFAPLCAKCNTKIMGEVMHALRQTWHTTCFVCAACKKPFGNSLFHMEDGEPYCEKD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 CYEQFFAPLCAKCNTKIMGEVMHALRQTWHTTCFVCAACKKPFGNSLFHMEDGEPYCEKD
500 510 520 530 540 550
670 680 690 700 710 720
pF1KSD YINLFSTKCHGCDFPVEAGDKFIEALGHTWHDTCFICAVCHVNLEGQPFYSKKDRPLCKK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 YINLFSTKCHGCDFPVEAGDKFIEALGHTWHDTCFICAVCHVNLEGQPFYSKKDRPLCKK
560 570 580 590 600 610
pF1KSD HAHTINL
:::::::
CCDS41 HAHTINL
>>CCDS44450.1 LDB3 gene_id:11155|Hs108|chr10 (330 aa)
initn: 1967 init1: 1967 opt: 1968 Z-score: 785.9 bits: 154.9 E(32554): 1.9e-37
Smith-Waterman score: 1968; 98.7% identity (99.0% similar) in 303 aa overlap (1-303:1-303)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MSYSVTLTGPGPWGFRLQGGKDFNMPLTISRITPGSKAAQSQLSQGDLVVAIDGVNTDTM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 MSYSVTLTGPGPWGFRLQGGKDFNMPLTISRITPGSKAAQSQLSQGDLVVAIDGVNTDTM
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KSD THLEAQNKIKSASYNLSLTLQKSKRPIPISTTAPPVQTPLPVIPHQKDPALDTNGSLVAP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 THLEAQNKIKSASYNLSLTLQKSKRPIPISTTAPPVQTPLPVIPHQKDPALDTNGSLVAP
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KSD SPSPEARASPGTPGTPELRPTFSPAFSRPSAFSSLAEASDPGPPRASLRAKTSPEGARDL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 SPSPEARASPGTPGTPELRPTFSPAFSRPSAFSSLAEASDPGPPRASLRAKTSPEGARDL
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KSD LGPKALPGSSQPRQYNNPIGLYSAETLREMAQMYQMSLRGKASGVGLPGGSLPIKDLAVD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 LGPKALPGSSQPRQYNNPIGLYSAETLREMAQMYQMSLRGKASGVGLPGGSLPIKDLAVD
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KSD SASPVYQAVIKSQNKPEDEADEWARRSSNLQSRSFRILAQMTGTEFMQDPDEEALRRSST
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 SASPVYQAVIKSQNKPEDEADEWARRSSNLQSRSFRILAQMTGTEFMQDPDEEALRRSRE
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KSD PIEHAPVCTSQATTPLLPASAQPPAAASPSAASPPLATAAAHTAIASASTTAPASSPADS
.:
CCDS44 RFETERNSPRFAKLRNWHHGLSAQILNVKS
310 320 330
>>CCDS53549.1 LDB3 gene_id:11155|Hs108|chr10 (398 aa)
initn: 1529 init1: 1529 opt: 1532 Z-score: 617.4 bits: 124.0 E(32554): 4.6e-28
Smith-Waterman score: 1822; 80.6% identity (80.9% similar) in 371 aa overlap (1-303:1-371)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MSYSVTLTGPGPWGFRLQGGKDFNMPLTISRITPGSKAAQSQLSQGDLVVAIDGVNTDTM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 MSYSVTLTGPGPWGFRLQGGKDFNMPLTISRITPGSKAAQSQLSQGDLVVAIDGVNTDTM
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KSD THLEAQNKIKSASYNLSLTLQKSKRPIPISTTAPPVQTPLPVIPHQKDPALDTNGSLVAP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 THLEAQNKIKSASYNLSLTLQKSKRPIPISTTAPPVQTPLPVIPHQKDPALDTNGSLVAP
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KSD SPSPEARASPGTPGTPELRPTFSPAFSRPSAFSSLAEASDPGPPRASLRAKTSPEGARDL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 SPSPEARASPGTPGTPELRPTFSPAFSRPSAFSSLAEASDPGPPRASLRAKTSPEGARDL
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230
pF1KSD LGPKALPGSSQPRQYNNPIGLYSAETLREMAQMYQMSLRGKASGVGLPGG----------
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 LGPKALPGSSQPRQYNNPIGLYSAETLREMAQMYQMSLRGKASGVGLPGGADYQERFNPS
190 200 210 220 230 240
pF1KSD ----------------------------------------------------------SL
::
CCDS53 ALKDSALSTHKPIEVKGLGGKATIIHAQYNTPISMYSQDAIMDAIAGQAQAQGSDFSGSL
250 260 270 280 290 300
240 250 260 270 280 290
pF1KSD PIKDLAVDSASPVYQAVIKSQNKPEDEADEWARRSSNLQSRSFRILAQMTGTEFMQDPDE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 PIKDLAVDSASPVYQAVIKSQNKPEDEADEWARRSSNLQSRSFRILAQMTGTEFMQDPDE
310 320 330 340 350 360
300 310 320 330 340 350
pF1KSD EALRRSSTPIEHAPVCTSQATTPLLPASAQPPAAASPSAASPPLATAAAHTAIASASTTA
:::::: .:
CCDS53 EALRRSRERFETERNSPRFAKLRNWHHGLSAQILNVKS
370 380 390
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10 20 30 40 50
pF1KSD MSYSVTLTGPGPWGFRLQGGKDFNMPLTISRITPGSKAAQSQLSQGDLVVAIDGVNTDT
.:::.:.::.::::::::::::::::::: . :.::::... ::.:..:::.:..
CCDS58 MSNYSVSLVGPAPWGFRLQGGKDFNMPLTISSLKDGGKAAQANVRIGDVVLSIDGINAQG
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KSD MTHLEAQNKIKSASYNLSLTLQKSKRPIPISTTAPPVQTPLPVIPHQKDPALDTNGSLVA
:::::::::::. . .:..:::... .:
CCDS58 MTHLEAQNKIKGCTGSLNMTLQRAS---------------------------------AA
70 80
120 130 140 150 160 170
pF1KSD PSPSPEARASPGTPGTPELRPTFSPAFSRPSAFSSLAEASDPGPPRASLRAKTSPEGARD
:.: : .: .:: . . :. : . ::: : :.: . . .:
CCDS58 PKPEP----------VPVQKPTVTSVCSETS--QELAE----GQRRGSQGDSKQQNGK--
90 100 110 120
180 190 200 210 220 230
pF1KSD LLGPKALPGSSQPRQYNNPIGLYSAETLREMAQMYQMSLRGKASGVGLPGGSLPIKDLAV
.: . ::.. .......:.. .. :: : :
CCDS58 ------IPPKRPPRKH----------IVERYTEFYHVPTHSDASK----------KRLIE
130 140 150 160
240 250 260 270 280 290
pF1KSD DSASPVYQAVIKSQNKPEDEADEWARRSSNLQSRSFRILAQMTGTEFMQDPDEEALRRSS
:. :: : :... ::::::::::.:::: ... . . ....
CCDS58 DT---------------ED----WRPRTGTTQSRSFRILAQITGTEHLKESEADNTKKAK
170 180 190 200
300 310 320 330 340 350
pF1KSD --TPIEHAPVCTSQATTPLLPASAQPPAAASPSAASPPLATAAAHTAIASASTTAPAS--
. .: : . : ::. : . .: :. .::. .....:.. .. :
CCDS58 FDSALEDLP-----KSGPHPPATPQVLTIGSQVATLSKVATT--YSSLSSSTGNVEDSFE
210 220 230 240 250
360 370 380 390 400
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: .:: : .:. : :.:. :: ::.: .: .. . : : :
CCDS58 GFRNFSTFSSPARYSAAVLSSAAATVSAVIATKTRLY----TPERYHSLLDALCISP-VS
260 270 280 290 300 310
410 420 430 440 450 460
pF1KSD QPVPASTYSPSPGANYSPTPYTPSPAPAYTPSPAPAYTPSPVPTYTPSPAPAYTPSPAPN
.:. : .: : . . . . .. . . . ::: : : : . : .:. .
CCDS58 KPL-AFSYLQS-SRKSTGSIHVKKTSNSQEPSPQLA---SSVASTRSMPESLDSPTSG--
320 330 340 350 360
470 480 490 500 510 520
pF1KSD YNPAPSVAYSGGPAEPASRPPWVTDDSFSQKFAPGKSTTSISKQTLPRGG--PAYTPAGP
:. . ... .:.. . . :... :: ::... :. :: . :
CCDS58 -RPGVTSLTAAAAFKPVGSTGVIKSPSWQRPNQGVPSTGRISNSATYSGSVAPANSALGQ
370 380 390 400 410 420
530 540 550 560 570 580
pF1KSD QVPPLARGTVQRAERFPASSRTPLCGHCNNVIRGPFLVAMGRSWHPEEFTCAYCKTSLAD
: :::::..::..:::.:.:::.:::::::::.:.:::::::.::.::...:
CCDS58 TQPSDQDTLVQRAEHIPAGKRTPMCAHCNQVIRGPFLVALGKSWHPEEFNCAHCKNTMAY
430 440 450 460 470 480
590 600 610 620 630 640
pF1KSD VCFVEEQNNVYCERCYEQFFAPLCAKCNTKIMGEVMHALRQTWHTTCFVCAACKKPFGNS
. ::::.. .::: :::.:::: :..:. ::.:::. ::.::::..::::.:: ::. :.
CCDS58 IGFVEEKGALYCELCYEKFFAPECGRCQRKILGEVISALKQTWHVSCFVCVACGKPIRNN
490 500 510 520 530 540
650 660 670 680 690 700
pF1KSD LFHMEDGEPYCEKDYINLFSTKCHGCDFPVEAGDKFIEALGHTWHDTCFICAVCHVNLEG
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CCDS58 VFHLEDGEPYCETDYYALFGTICHGCEFPIEAGDMFLEALGYTWHDTCFVCSVCCESLEG
550 560 570 580 590 600
710 720
pF1KSD QPFYSKKDRPLCKKHAHTINL
: :.::::.::::::::..:.
CCDS58 QTFFSKKDKPLCKKHAHSVNF
610 620
>>CCDS3641.1 PDLIM5 gene_id:10611|Hs108|chr4 (596 aa)
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10 20 30 40 50
pF1KSD MSYSVTLTGPGPWGFRLQGGKDFNMPLTISRITPGSKAAQSQLSQGDLVVAIDGVNTDT
.:::.:.::.::::::::::::::::::: . :.::::... ::.:..:::.:..
CCDS36 MSNYSVSLVGPAPWGFRLQGGKDFNMPLTISSLKDGGKAAQANVRIGDVVLSIDGINAQG
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KSD MTHLEAQNKIKSASYNLSLTLQKSK-----RPIPISTTAPP-VQTPLPVIPHQKDPALDT
:::::::::::. . .:..:::... .:.:.. : : :.:. . . .:
CCDS36 MTHLEAQNKIKGCTGSLNMTLQRASAAPKPEPVPVQKGEPKEVVKPVPITSPAVSKVTST
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KSD NGSLVAPSPSPEAR-ASPGTPGTPELRPTFSPAFSRPSAFSSLAEASDPGPPRASLRAKT
:. .: : . .:: . . : .:.:: . :. .: . .. :: : : .
CCDS36 NNMAYNKAPRPFGSVSSPKVTSIPSPSSAFTPAHATTSSHASPSPVAAVTPP---LFAAS
130 140 150 160 170
180 190 200 210 220
pF1KSD SPEGARDL---LGPKALPGSSQ----PRQYNNPIGLYSAETLREMAQMYQMSLRGKASGV
. .. .: .:.:: ... ::: . . .:: .:.:. . ::. .
CCDS36 GLHANANLSADQSPSALSAGKTAVNVPRQPT--VTSVCSETSQELAEGQR---RGSQGDS
180 190 200 210 220 230
230 240 250 260 270 280
pF1KSD GLPGGSLPIKDLAVDSASPVYQAVIKSQNKPE---DEADEWARRSSNLQSRSFRILAQMT
.: : . :. . :.. .:. . . .....: :... ::::::::::.:
CCDS36 KQQNG--PPRKHIVERYTEFYHVPTHSDASKKRLIEDTEDWRPRTGTTQSRSFRILAQIT
240 250 260 270 280 290
290 300 310 320 330 340
pF1KSD GTEFMQDPDEEALRRSSTPIEHAPVCTSQATTPLLPASAQPPAAASPSAASPPLATAAAH
::: ... . . .... ..: : :: ::...:
CCDS36 GTEHLKESEADNTKKAN--------------------NSQEP--------SPQLASSVAS
300 310 320
350 360 370 380 390 400
pF1KSD TAIASASTTAPASSPADSPRPQASSYSPAVAASSAPATHTSYSEGPAAPAPKPRVVTTAS
: : .:.:. :: ..: . :.:
CCDS36 TRSMPESLDSPTSG-----RPGVTSLTAAAA-----------------------------
330 340
410 420 430 440 450 460
pF1KSD IRPSVYQPVPASTYSPSPGANYSPTPYTPSPAPAYTPSPAPAYTPSPVPTYTPSPAPAYT
..:: : :. ::. :. . .
CCDS36 -----FKPVG------STGVIKSPSWQRPNQG---------------------------V
350 360 370
470 480 490 500 510 520
pF1KSD PSPAPNYNPAPSVAYSGGPAEPASRPPWVTDDSFSQKFAPGKSTTSISKQTLPRGGPAYT
:: . : :..:::. : :: .
CCDS36 PSTGRISN---SATYSGSVA------------------------------------PANS
380 390
530 540 550 560 570 580
pF1KSD PAGPQVPPLARGTVQRAERFPASSRTPLCGHCNNVIRGPFLVAMGRSWHPEEFTCAYCKT
: : :::::..::..:::.:.:::.:::::::::.:.:::::::.::.::.
CCDS36 ALGQTQPSDQDTLVQRAEHIPAGKRTPMCAHCNQVIRGPFLVALGKSWHPEEFNCAHCKN
400 410 420 430 440 450
590 600 610 620 630 640
pF1KSD SLADVCFVEEQNNVYCERCYEQFFAPLCAKCNTKIMGEVMHALRQTWHTTCFVCAACKKP
..: . ::::.. .::: :::.:::: :..:. ::.:::. ::.::::..::::.:: ::
CCDS36 TMAYIGFVEEKGALYCELCYEKFFAPECGRCQRKILGEVISALKQTWHVSCFVCVACGKP
460 470 480 490 500 510
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pF1KSD FGNSLFHMEDGEPYCEKDYINLFSTKCHGCDFPVEAGDKFIEALGHTWHDTCFICAVCHV
. :..::.:::::::: :: ::.: ::::.::.:::: :.::::.:::::::.:.::
CCDS36 IRNNVFHLEDGEPYCETDYYALFGTICHGCEFPIEAGDMFLEALGYTWHDTCFVCSVCCE
520 530 540 550 560 570
710 720
pF1KSD NLEGQPFYSKKDRPLCKKHAHTINL
.:::: :.::::.::::::::..:.
CCDS36 SLEGQTFFSKKDKPLCKKHAHSVNF
580 590
>>CCDS47102.1 PDLIM5 gene_id:10611|Hs108|chr4 (487 aa)
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10 20 30 40 50
pF1KSD MSYSVTLTGPGPWGFRLQGGKDFNMPLTISRITPGSKAAQSQLSQGDLVVAIDGVNTDT
.:::.:.::.::::::::::::::::::: . :.::::... ::.:..:::.:..
CCDS47 MSNYSVSLVGPAPWGFRLQGGKDFNMPLTISSLKDGGKAAQANVRIGDVVLSIDGINAQG
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KSD MTHLEAQNKIKSASYNLSLTLQKSKRPIPISTTAPPVQTPLPVIPHQKDPALDTNGSLVA
:::::::::::. . .:..:::... .:
CCDS47 MTHLEAQNKIKGCTGSLNMTLQRAS---------------------------------AA
70 80
120 130 140 150 160 170
pF1KSD PSPSPEARASPGTPGTPELRPTFSPAFSRPSAFSSLAEASDPGPPRASLRAKTSPEGARD
:.: : .: .:: . . :. : . ::: : :.:
CCDS47 PKPEP----------VPVQKPTVTSVCSETS--QELAE----GQRRGS------------
90 100 110
180 190 200 210 220 230
pF1KSD LLGPKALPGSSQPRQYNNPIGLYSAETLREMAQMYQMSLRGKASGVGLPGGSLPIKDLAV
:.: .: :.: . .: :. :.. .. :: : :
CCDS47 -------QGDS--KQQNGPPRKHIVERYTEF---YHVPTHSDASK----------KRLIE
120 130 140 150
240 250 260 270 280 290
pF1KSD DSASPVYQAVIKSQNKPEDEADEWARRSSNLQSRSFRILAQMTGTEFMQDPDEEALRRSS
:. :: : :... ::::::::::.:::: ... . . ....
CCDS47 DT---------------ED----WRPRTGTTQSRSFRILAQITGTEHLKESEADNTKKAN
160 170 180 190
300 310 320 330 340 350
pF1KSD TPIEHAPVCTSQATTPLLPASAQPPAAASPSAASPPLATAAAHTAIASASTTAPASSPAD
..: : :: ::...: : : .:.:.
CCDS47 --------------------NSQEP--------SPQLASSVASTRSMPESLDSPTSG---
200 210 220
360 370 380 390 400 410
pF1KSD SPRPQASSYSPAVAASSAPATHTSYSEGPAAPAPKPRVVTTASIRPSVYQPVPASTYSPS
:: ..: . :.: ..:: :
CCDS47 --RPGVTSLTAAAA----------------------------------FKPVG------S
230 240
420 430 440 450 460 470
pF1KSD PGANYSPTPYTPSPAPAYTPSPAPAYTPSPVPTYTPSPAPAYTPSPAPNYNPAPSVAYSG
:. ::. :. . .:: . : :..:::
CCDS47 TGVIKSPSWQRPNQG---------------------------VPSTGRISN---SATYSG
250 260 270
480 490 500 510 520 530
pF1KSD GPAEPASRPPWVTDDSFSQKFAPGKSTTSISKQTLPRGGPAYTPAGPQVPPLARGTVQRA
. : :: . : : ::::
CCDS47 SVA------------------------------------PANSALGQTQPSDQDTLVQRA
280 290
540 550 560 570 580 590
pF1KSD ERFPASSRTPLCGHCNNVIRGPFLVAMGRSWHPEEFTCAYCKTSLADVCFVEEQNNVYCE
:..::..:::.:.:::.:::::::::.:.:::::::.::.::...: . ::::.. .:::
CCDS47 EHIPAGKRTPMCAHCNQVIRGPFLVALGKSWHPEEFNCAHCKNTMAYIGFVEEKGALYCE
300 310 320 330 340 350
600 610 620 630 640 650
pF1KSD RCYEQFFAPLCAKCNTKIMGEVMHALRQTWHTTCFVCAACKKPFGNSLFHMEDGEPYCEK
:::.:::: :..:. ::.:::. ::.::::..::::.:: ::. :..::.::::::::
CCDS47 LCYEKFFAPECGRCQRKILGEVISALKQTWHVSCFVCVACGKPIRNNVFHLEDGEPYCET
360 370 380 390 400 410
660 670 680 690 700 710
pF1KSD DYINLFSTKCHGCDFPVEAGDKFIEALGHTWHDTCFICAVCHVNLEGQPFYSKKDRPLCK
:: ::.: ::::.::.:::: :.::::.:::::::.:.:: .:::: :.::::.::::
CCDS47 DYYALFGTICHGCEFPIEAGDMFLEALGYTWHDTCFVCSVCCESLEGQTFFSKKDKPLCK
420 430 440 450 460 470
720
pF1KSD KHAHTINL
::::..:.
CCDS47 KHAHSVNF
480
>>CCDS75166.1 PDLIM5 gene_id:10611|Hs108|chr4 (271 aa)
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430 440 450 460 470 480
pF1KSD YTPSPAPAYTPSPAPAYTPSPVPTYTPSPAPAYTPSPAPNYNPAPSVAYSGGPAEPASRP
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CCDS75 MPESLDSPTSGR-PGVTSLTAAAAFKPVGST
10 20 30
490 500 510 520 530 540
pF1KSD PWVTDDSFSQKFAPGKSTTSISKQTLPRGG--PAYTPAGPQVPPLARGTVQRAERFPASS
. . :... :: ::... :. :: . : : :::::..::..
CCDS75 GVIKSPSWQRPNQGVPSTGRISNSATYSGSVAPANSALGQTQPSDQDTLVQRAEHIPAGK
40 50 60 70 80 90
550 560 570 580 590 600
pF1KSD RTPLCGHCNNVIRGPFLVAMGRSWHPEEFTCAYCKTSLADVCFVEEQNNVYCERCYEQFF
:::.:.:::.:::::::::.:.:::::::.::.::...: . ::::.. .::: :::.::
CCDS75 RTPMCAHCNQVIRGPFLVALGKSWHPEEFNCAHCKNTMAYIGFVEEKGALYCELCYEKFF
100 110 120 130 140 150
610 620 630 640 650 660
pF1KSD APLCAKCNTKIMGEVMHALRQTWHTTCFVCAACKKPFGNSLFHMEDGEPYCEKDYINLFS
:: :..:. ::.:::. ::.::::..::::.:: ::. :..::.:::::::: :: ::.
CCDS75 APECGRCQRKILGEVISALKQTWHVSCFVCVACGKPIRNNVFHLEDGEPYCETDYYALFG
160 170 180 190 200 210
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pF1KSD TKCHGCDFPVEAGDKFIEALGHTWHDTCFICAVCHVNLEGQPFYSKKDRPLCKKHAHTIN
: ::::.::.:::: :.::::.:::::::.:.:: .:::: :.::::.::::::::..:
CCDS75 TICHGCEFPIEAGDMFLEALGYTWHDTCFVCSVCCESLEGQTFFSKKDKPLCKKHAHSVN
220 230 240 250 260 270
pF1KSD L
.
CCDS75 F
>>CCDS58917.1 PDLIM5 gene_id:10611|Hs108|chr4 (483 aa)
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CCDS58 MSNYSVSLVGPAPWGFRLQGGKDFNMPLTISSLKDGGKAAQANVRIGDVVLSIDGINAQG
10 20 30 40 50 60
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pF1KSD MTHLEAQNKIKSASYNLSLTLQKSKRPIPISTTAPPVQTPLPVIPHQKDPALDTNGSLVA
:::::::::::. . .:..:::... .:
CCDS58 MTHLEAQNKIKGCTGSLNMTLQRAS---------------------------------AA
70 80
120 130 140 150 160 170
pF1KSD PSPSPEARASPGTPGTPELRPTFSPAFSRPSAFSSLAEASDPGPPRASLRAKTSPEGARD
:.: : .: .:: . . :. : . ::: : :.: . . .:
CCDS58 PKPEP----------VPVQKPTVTSVCSETS--QELAE----GQRRGSQGDSKQQNGK--
90 100 110 120
180 190 200 210 220 230
pF1KSD LLGPKALPGSSQPRQYNNPIGLYSAETLREMAQMYQMSLRGKASGVGLPGGSLPIKDLAV
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CCDS58 ------IPPKRPPRKH----------IVERYTEFYHVPTHSDASK----------KRLIE
130 140 150 160
240 250 260 270 280 290
pF1KSD DSASPVYQAVIKSQNKPEDEADEWARRSSNLQSRSFRILAQMTGTEFMQDPDEEALRRSS
:. :: : :... ::::::::::.:::: ... . . ....
CCDS58 DT---------------ED----WRPRTGTTQSRSFRILAQITGTEHLKESEADNTKKAN
170 180 190 200
300 310 320 330 340 350
pF1KSD TPIEHAPVCTSQATTPLLPASAQPPAAASPSAASPPLATAAAHTAIASASTTAPASSPAD
..: : :: ::...: : : .:.:.
CCDS58 --------------------NSQEP--------SPQLASSVASTRSMPESLDSPTSG---
210 220 230
360 370 380 390 400 410
pF1KSD SPRPQASSYSPAVAASSAPATHTSYSEGPAAPAPKPRVVTTASIRPSVYQPVPASTYSPS
:: ..: . :.: ..:: :
CCDS58 --RPGVTSLTAAAA----------------------------------FKPVG------S
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pF1KSD PGANYSPTPYTPSPAPAYTPSPAPAYTPSPVPTYTPSPAPAYTPSPAPNYNPAPSVAYSG
:. ::. :. . .:: . : :..:::
CCDS58 TGVIKSPSWQRPNQG---------------------------VPSTGRISN---SATYSG
260 270 280
480 490 500 510 520 530
pF1KSD GPAEPASRPPWVTDDSFSQKFAPGKSTTSISKQTLPRGGPAYTPAGPQVPPLARGTVQRA
. : :: . : : ::::
CCDS58 SVA------------------------------------PANSALGQTQPSDQDTLVQRA
290 300
540 550 560 570 580 590
pF1KSD ERFPASSRTPLCGHCNNVIRGPFLVAMGRSWHPEEFTCAYCKTSLADVCFVEEQNNVYCE
:..::..:::.:.:::.:::::::::.:.:::::::.::.::...: . ::::.. .:::
CCDS58 EHIPAGKRTPMCAHCNQVIRGPFLVALGKSWHPEEFNCAHCKNTMAYIGFVEEKGALYCE
310 320 330 340 350 360
600 610 620 630 640 650
pF1KSD RCYEQFFAPLCAKCNTKIMGEVMHALRQTWHTTCFVCAACKKPFGNSLFHMEDGEPYCEK
:::.:::: :..:. ::.:::. ::.::::..::::.:: ::. :..::.::::::::
CCDS58 LCYEKFFAPECGRCQRKILGEVISALKQTWHVSCFVCVACGKPIRNNVFHLEDGEPYCET
370 380 390 400 410 420
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pF1KSD DYINLFSTKCHGCDFPVEAGDKFIEALGHTWHDTCFICAVCHVNLEGQPFYSKKDRPLCK
:: ::.: ::::.::.:::: :.::::.:::::::.:.:: .:::: :.::::.::
CCDS58 DYYALFGTICHGCEFPIEAGDMFLEALGYTWHDTCFVCSVCCESLEGQTFFSKKDKPL
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720
pF1KSD KHAHTINL
727 residues in 1 query sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
start: Thu Nov 3 02:17:47 2016 done: Thu Nov 3 02:17:48 2016
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]