FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KSDA0475, 409 aa
  1>>>pF1KSDA0475 409 - 409 aa - 409 aa
Library: human.CCDS.faa
  18511270 residues in 32554 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.2504+/-0.00103; mu= 16.9569+/- 0.062
 mean_var=62.4104+/-12.218, 0's: 0 Z-trim(103.3): 28  B-trim: 0 in 0/49
 Lambda= 0.162348
 statistics sampled from 7322 (7326) to 7322 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.601), E-opt: 0.2 (0.225), width:  16
 Scan time:  2.760

The best scores are:                                      opt bits E(32554)
CCDS1328.1 FAM20B gene_id:9917|Hs108|chr1          ( 409) 2763 656.1 1.7e-188
CCDS47522.1 FAM20C gene_id:56975|Hs108|chr7        ( 584)  941 229.4 6.6e-60
CCDS11679.1 FAM20A gene_id:54757|Hs108|chr17       ( 541)  814 199.7 5.6e-51


>>CCDS1328.1 FAM20B gene_id:9917|Hs108|chr1               (409 aa)
 initn: 2763 init1: 2763 opt: 2763  Z-score: 3497.7  bits: 656.1 E(32554): 1.7e-188
Smith-Waterman score: 2763; 100.0% identity (100.0% similar) in 409 aa overlap (1-409:1-409)

               10        20        30        40        50        60
pF1KSD MKLKQRVVLLAILLVIFIFTKVFLIDNLDTSAANREDQRAFHRMMTGLRVELAPKLDHTL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 MKLKQRVVLLAILLVIFIFTKVFLIDNLDTSAANREDQRAFHRMMTGLRVELAPKLDHTL
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KSD QSPWEIAAQWVVPREVYPEETPELGAVMHAMATKKIIKADVGYKGTQLKALLILEGGQKV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 QSPWEIAAQWVVPREVYPEETPELGAVMHAMATKKIIKADVGYKGTQLKALLILEGGQKV
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KSD VFKPKRYSRDHVVEGEPYAGYDRHNAEVAAFHLDRILGFHRAPLVVGRFVNLRTEIKPVA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 VFKPKRYSRDHVVEGEPYAGYDRHNAEVAAFHLDRILGFHRAPLVVGRFVNLRTEIKPVA
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KSD TEQLLSTFLTVGNNTCFYGKCYYCRETEPACADGDIMEGSVTLWLPDVWPLQKHRHPWGR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 TEQLLSTFLTVGNNTCFYGKCYYCRETEPACADGDIMEGSVTLWLPDVWPLQKHRHPWGR
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KSD TYREGKLARWEYDESYCDAVKKTSPYDSGPRLLDIIDTAVFDYLIGNADRHHYESFQDDE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 TYREGKLARWEYDESYCDAVKKTSPYDSGPRLLDIIDTAVFDYLIGNADRHHYESFQDDE
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KSD GASMLILLDNAKSFGNPSLDERSILAPLYQCCIIRVSTWNRLNYLKNGVLKSALKSAMAH
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 GASMLILLDNAKSFGNPSLDERSILAPLYQCCIIRVSTWNRLNYLKNGVLKSALKSAMAH
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400         
pF1KSD DPISPVLSDPHLDAVDQRLLSVLATVKQCTDQFGMDTVLVEDRMPLSHL
       :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 DPISPVLSDPHLDAVDQRLLSVLATVKQCTDQFGMDTVLVEDRMPLSHL
              370       380       390       400         

>>CCDS47522.1 FAM20C gene_id:56975|Hs108|chr7             (584 aa)
 initn: 883 init1: 417 opt: 941  Z-score: 1189.0  bits: 229.4 E(32554): 6.6e-60
Smith-Waterman score: 943; 42.5% identity (71.7% similar) in 346 aa overlap (75-408:237-578)

           50        60        70        80        90       100    
pF1KSD MTGLRVELAPKLDHTLQSPWEIAAQWVVPREVYPEETPELGAVMHAMATKKIIKADVGYK
                                     :.: ...: . :..: .....: .. .   
CCDS47 AEGAEFLSPGEAAVDSYPNWLKFHIGINRYELYSRHNPAIEALLHDLSSQRITSVAMKSG
        210       220       230       240       250       260      

          110       120       130           140       150       160
pF1KSD GTQLKALLILEGGQKVVFKPKRYSRDHVVEGEP----YAGYDRHNAEVAAFHLDRILGFH
       ::::: .. ...  ...::: . .:..  :  :    .. :.:::::.::::::::: :.
CCDS47 GTQLKLIMTFQNYGQALFKPMKQTREQ--ETPPDFFYFSDYERHNAEIAAFHLDRILDFR
        270       280       290         300       310       320    

              170       180         190       200        210       
pF1KSD RAPLVVGRFVNLRTEIKPVATEQLL--STFLTVGNNTCFYGKC-YYCRETEPACADGDIM
       :.: :.::.::.  ::. :. .. :  . :.. .:: ::::.: :::   .  :.  : .
CCDS47 RVPPVAGRMVNMTKEIRDVTRDKKLWRTFFISPANNICFYGECSYYCSTEHALCGKPDQI
          330       340       350       360       370       380    

       220       230          240       250       260       270    
pF1KSD EGSVTLWLPDVWPLQKH---RHPWGRTYREGKLARWEYDESYCDAVKKTSPYDSGPRLLD
       :::.. .:::.  : :.   :.:: :.:.. : :.:: : .::. ::.: ::::. :.::
CCDS47 EGSLAAFLPDL-SLAKRKTWRNPWRRSYHKRKKAEWEVDPDYCEEVKQTPPYDSSHRILD
          390        400       410       420       430       440   

          280       290       300       310       320       330    
pF1KSD IIDTAVFDYLIGNADRHHYESFQDDEGASMLILLDNAKSFGNPSLDERSILAPLYQCCII
       ..: ..::.:.:: ::::::.:.   . ...: :::...::. : :: :::.:: ::: :
CCDS47 VMDMTIFDFLMGNMDRHHYETFEKFGNETFIIHLDNGRGFGKYSHDELSILVPLQQCCRI
           450       460       470       480       490       500   

          340       350         360       370       380       390  
pF1KSD RVSTWNRLNYLKNGVLKSALKSA--MAHDPISPVLSDPHLDAVDQRLLSVLATVKQCTDQ
       : ::. ::. : .   : .:  :  .  : ..::: .:::.:.:.::  :: .:..:...
CCDS47 RKSTYLRLQLLAKEEYKLSLLMAESLRGDQVAPVLYQPHLEALDRRLRVVLKAVRDCVER
           510       520       530       540       550       560   

            400              
pF1KSD FGMDTVLVEDRMPLSHL     
        :. .: :.: .   :      
CCDS47 NGLHSV-VDDDLDTEHRAASAR
            570       580    

>>CCDS11679.1 FAM20A gene_id:54757|Hs108|chr17            (541 aa)
 initn: 730 init1: 369 opt: 814  Z-score: 1028.7  bits: 199.7 E(32554): 5.6e-51
Smith-Waterman score: 815; 37.5% identity (65.9% similar) in 387 aa overlap (52-409:149-530)

              30        40        50        60        70         80
pF1KSD VFLIDNLDTSAANREDQRAFHRMMTGLRVELAPKLDHTLQSPWEIAAQWVVPRE-VYPEE
                                     : : :.  :.. : .  .  . :. .: . 
CCDS11 SQEALRYYRRKVARWNRRHKMYREQMNLTSLDPPLQLRLEASW-VQFHLGINRHGLYSRS
      120       130       140       150       160        170       

               90       100                        110       120   
pF1KSD TPELGAVMHAMATKKIIKAD-----------------VGYKGTQLKALLILEGGQKVVFK
       .: .. ... :     :.::                 :  .:..:: .: .    :..::
CCDS11 SPVVSKLLQDMRHFPTISADYSQDEKALLGACDCTQIVKPSGVHLKLVLRFSDFGKAMFK
       180       190       200       210       220       230       

           130         140       150       160       170       180 
pF1KSD PKRYSRDHV--VEGEPYAGYDRHNAEVAAFHLDRILGFHRAPLVVGRFVNLRTEIKPVAT
       : : .::.   :.   .  ..:::::.::::::::: :.:.: .:::.::.  ::  :. 
CCDS11 PMRQQRDEETPVDFFYFIDFQRHNAEIAAFHLDRILDFRRVPPTVGRIVNVTKEILEVTK
       240       250       260       270       280       290       

               190       200        210       220         230      
pF1KSD EQLLST--FLTVGNNTCFYGKC-YYCRETEPACADGDIMEGSVTLWLP--DVWPLQKHRH
       ...:..  :.. ..:.::..:: :.:.    .:..  ..:::.. .::  .. :  .  .
CCDS11 NEILQSVFFVSPASNVCFFAKCPYMCKTEYAVCGNPHLLEGSLSAFLPSLNLAPRLSVPN
       300       310       320       330       340       350       

        240       250       260       270       280       290      
pF1KSD PWGRTYREGKLARWEYDESYCDAVKKTSPYDSGPRLLDIIDTAVFDYLIGNADRHHYESF
       :: :.:  .   .:: .  :::.::.  ::... :::..:: :.::.:::: :::::: :
CCDS11 PWIRSYTLAGKEEWEVNPLYCDTVKQIYPYNNSQRLLNVIDMAIFDFLIGNMDRHHYEMF
       360       370       380       390       400       410       

          300       310       320       330       340         350  
pF1KSD QD--DEGASMLILLDNAKSFGNPSLDERSILAPLYQCCIIRVSTWNRLNYLKNG--VLKS
           :.:  .:: ::::..::  : :: :::.:: :::.:. .:  .:. : ..   :..
CCDS11 TKFGDDG--FLIHLDNARGFGRHSHDEISILSPLSQCCMIKKKTLLHLQLLAQADYRLSD
       420         430       440       450       460       470     

            360       370       380       390       400            
pF1KSD ALKSAMAHDPISPVLSDPHLDAVDQRLLSVLATVKQCTDQFGMDTVLVEDRMPLSHL   
       ... .. .: .::::..::: :.:.:: ..: ::. :    :...:.:.   :. .:   
CCDS11 VMRESLLEDQLSPVLTEPHLLALDRRLQTILRTVEGCIVAHGQQSVIVDG--PVEQLAPD
         480       490       500       510       520         530   

CCDS11 SGQANLTS
           540 




409 residues in 1 query   sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
 Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
 start: Thu Nov  3 01:51:15 2016 done: Thu Nov  3 01:51:15 2016
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]