Result of FASTA (omim) for
pF1KSDA0378
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KSDA0378, 957 aa
1>>>pF1KSDA0378 957 - 957 aa - 957 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 16.6205+/-0.000662; mu= -33.7525+/- 0.041
mean_var=721.5804+/-152.656, 0's: 0 Z-trim(117.8): 441 B-trim: 33 in 1/55
Lambda= 0.047745
statistics sampled from 29660 (30107) to 29660 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.653), E-opt: 0.2 (0.353), width: 16
Scan time: 15.120
The best scores are: opt bits E(85289)
XP_016874560 (OMIM: 607127) PREDICTED: ELKS/Rab6-i (1048) 4340 315.6 8.6e-85
XP_016874555 (OMIM: 607127) PREDICTED: ELKS/Rab6-i (1092) 3779 277.0 3.8e-73
XP_016874556 (OMIM: 607127) PREDICTED: ELKS/Rab6-i (1088) 3755 275.3 1.2e-72
NP_829883 (OMIM: 607127) ELKS/Rab6-interacting/CAS (1088) 3755 275.3 1.2e-72
XP_016874554 (OMIM: 607127) PREDICTED: ELKS/Rab6-i (1110) 3740 274.3 2.5e-72
XP_016874558 (OMIM: 607127) PREDICTED: ELKS/Rab6-i (1079) 2447 185.2 1.6e-45
XP_016874549 (OMIM: 607127) PREDICTED: ELKS/Rab6-i (1134) 2249 171.6 2.1e-41
XP_016874557 (OMIM: 607127) PREDICTED: ELKS/Rab6-i (1086) 2242 171.1 2.8e-41
NP_001288177 (OMIM: 607127) ELKS/Rab6-interacting/ (1086) 2242 171.1 2.8e-41
XP_011519243 (OMIM: 607127) PREDICTED: ELKS/Rab6-i (1116) 2242 171.1 2.9e-41
XP_016874553 (OMIM: 607127) PREDICTED: ELKS/Rab6-i (1116) 2242 171.1 2.9e-41
NP_829884 (OMIM: 607127) ELKS/Rab6-interacting/CAS (1116) 2242 171.1 2.9e-41
XP_016874559 (OMIM: 607127) PREDICTED: ELKS/Rab6-i (1072) 2224 169.8 6.6e-41
XP_016874551 (OMIM: 607127) PREDICTED: ELKS/Rab6-i (1120) 1916 148.6 1.7e-34
XP_016874550 (OMIM: 607127) PREDICTED: ELKS/Rab6-i (1123) 1886 146.6 6.9e-34
XP_016874547 (OMIM: 607127) PREDICTED: ELKS/Rab6-i (1138) 1877 145.9 1.1e-33
XP_016874546 (OMIM: 607127) PREDICTED: ELKS/Rab6-i (1138) 1877 145.9 1.1e-33
XP_016874552 (OMIM: 607127) PREDICTED: ELKS/Rab6-i (1119) 1862 144.9 2.2e-33
XP_016874562 (OMIM: 607127) PREDICTED: ELKS/Rab6-i ( 975) 1849 144.0 3.6e-33
XP_016874561 (OMIM: 607127) PREDICTED: ELKS/Rab6-i (1041) 1847 143.9 4.2e-33
XP_016874544 (OMIM: 607127) PREDICTED: ELKS/Rab6-i (1141) 1847 143.9 4.5e-33
XP_016874545 (OMIM: 607127) PREDICTED: ELKS/Rab6-i (1141) 1847 143.9 4.5e-33
XP_016874541 (OMIM: 607127) PREDICTED: ELKS/Rab6-i (1141) 1847 143.9 4.5e-33
XP_016874542 (OMIM: 607127) PREDICTED: ELKS/Rab6-i (1141) 1847 143.9 4.5e-33
XP_016874543 (OMIM: 607127) PREDICTED: ELKS/Rab6-i (1141) 1847 143.9 4.5e-33
XP_016874548 (OMIM: 607127) PREDICTED: ELKS/Rab6-i (1137) 1817 141.8 1.9e-32
XP_016874564 (OMIM: 607127) PREDICTED: ELKS/Rab6-i ( 527) 1177 97.5 1.9e-19
XP_016874563 (OMIM: 607127) PREDICTED: ELKS/Rab6-i ( 545) 1138 94.8 1.3e-18
XP_016884293 (OMIM: 153640,153650,155100,160775,60 (1960) 406 44.8 0.0053
XP_016884294 (OMIM: 153640,153650,155100,160775,60 (1960) 406 44.8 0.0053
XP_011528499 (OMIM: 153640,153650,155100,160775,60 (1960) 406 44.8 0.0053
XP_016884295 (OMIM: 153640,153650,155100,160775,60 (1960) 406 44.8 0.0053
XP_016884292 (OMIM: 153640,153650,155100,160775,60 (1960) 406 44.8 0.0053
NP_002464 (OMIM: 153640,153650,155100,160775,60020 (1960) 406 44.8 0.0053
>>XP_016874560 (OMIM: 607127) PREDICTED: ELKS/Rab6-inter (1048 aa)
initn: 4081 init1: 3604 opt: 4340 Z-score: 1643.3 bits: 315.6 E(85289): 8.6e-85
Smith-Waterman score: 4352; 72.6% identity (90.6% similar) in 959 aa overlap (1-949:1-940)
10 20 30 40 50
pF1KSD MYGSARTITNLEGS---PSRSPRLPRSPRLGHRRT-SSGG------GGGTGKTLSMENIQ
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XP_016 MYGSARSVGKVEPSSQSPGRSPRLPRSPRLGHRRTNSTGGSSGSSVGGGSGKTLSMENIQ
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KSD SLNAAYATSGPMYLSDHEGVASTTYPKGTMTLGRATNRAVYGGRVTAMGSSPNIASAGLS
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XP_016 SLNAAYATSGPMYLSDHENVGSET-PKSTMTLGRSGGRLPYGVRMTAMGSSPNIASSGVA
70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KSD HTDVLSYTDQHGGLTGSSHHHHHQVPSMLRQVRDSTMLDLQAQLKELQRENDLLRKELDI
.:.... ..: : : :: :::.::.:..:::.::::. ::::::::....
XP_016 -SDTIAFGEHH--LPPVSMA--STVPHSLRQARDNTIMDLQTQLKEVLRENDLLRKDVEV
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KSD KDSKLGSSMNSIKTFWSPELKKERVLRKEEAARMSVLKEQMRVSHEENQHLQLTIQALQD
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XP_016 KESKLSSSMNSIKTFWSPELKKERALRKDEASKITIWKEQYRVVQEENQHMQMTIQALQD
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KSD ELRTQRDLNHLLQQESGNRGAEHFTIELTEENFRRLQAEHDRQAKELFLLRKTLEEMELR
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XP_016 ELRIQRDLNQLFQQDSSSRTGEPCVAELTEENFQRLHAEHERQAKELFLLRKTLEEMELR
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KSD IETQKQTLNARDESIKKLLEMLQSKGLPSKSLEDDNERTRRMAEAESQVSHLEVILDQKE
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XP_016 IETQKQTLNARDESIKKLLEMLQSKGLSAKATEEDHERTRRLAEAEMHVHHLESLLEQKE
300 310 320 330 340 350
360 370 380 390 400 410
pF1KSD KENIHLREELHRRSQLQPEPAKTKALQTVIEMKDTKIASLERNIRDLEDEIQMLKANGVL
::: ::::.::: . :. ::::::::::::::.::.:.::..::::.::::::.::.:
XP_016 KENSMLREEMHRRFENAPDSAKTKALQTVIEMKDSKISSMERGLRDLEEEIQMLKSNGAL
360 370 380 390 400 410
420 430 440 450 460 470
pF1KSD NTEDREEEIKQIEVYKSHSKFMKTKIDQLKQELSKKESELLALQTKLETLSNQNSDCKQH
.::.::::.::.:::.:::::::.:: :.:::::.:..::::::::::::.:: :: :::
XP_016 STEEREEEMKQMEVYRSHSKFMKNKIGQVKQELSRKDTELLALQTKLETLTNQFSDSKQH
420 430 440 450 460 470
480 490 500 510 520 530
pF1KSD IEVLKESLTAKEQRAAILQTEVDALRLRLEEKESFLNKKTKQLQDLTEEKGTLAGEIRDM
:::::::::::::::::::::::::::::::::..:::::::.::..::::: ::::.:.
XP_016 IEVLKESLTAKEQRAAILQTEVDALRLRLEEKETMLNKKTKQIQDMAEEKGTQAGEIHDL
480 490 500 510 520 530
540 550 560 570 580 590
pF1KSD KDMLEVKERKINVLQKKIENLQEQLRDKDKQLTNLKDRVKSLQTDSSNTDTALATLEEAL
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XP_016 KDMLDVKERKVNVLQKKIENLQEQLRDKEKQMSSLKERVKSLQADTTNTDTALTTLEEAL
540 550 560 570 580 590
600 610 620 630 640 650
pF1KSD SEKERIIERLKEQRERDDRERLEEIESFRKENKDLKEKVNALQAELTEKESSLIDLKEHA
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XP_016 AEKERTIERLKEQRDRDEREKQEEIDNYKKDLKDLKEKVSLLQGDLSEKEASLLDLKEHA
600 610 620 630 640 650
660 670 680 690 700 710
pF1KSD SSLASAGLKRDSKLKSLEIAIEQKKEECSKLEAQLKKAHNIEDDSRMNPEFADQIKQLDK
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XP_016 SSLASSGLKKDSRLKTLEIALEQKKEECLKMESQLKKAHEAALEARASPEMSDRIQHLER
660 670 680 690 700 710
720 730 740 750 760 770
pF1KSD EASYYRDECGKAQAEVDRLLEILKEVENEKNDKDKKIAELESLTLRHMKDQNKKVANLKH
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XP_016 EITRYKDESSKAQAEVDRLLEILKEVENEKNDKDKKIAELESLTSRQVKDQNKKVANLKH
720 730 740 750 760 770
780 790 800 810 820 830
pF1KSD NQQLEKKKNAQLLEEVRRREDSMADNSQHLQIEELMNALEKTRQELDATKARLASTQQSL
..:.::::.::.:::.:::::.. :.::.::.:::. :.::..:::.. ::.:.::::::
XP_016 KEQVEKKKSAQMLEEARRREDNLNDSSQQLQVEELLMAMEKVKQELESMKAKLSSTQQSL
780 790 800 810 820 830
840 850 860 870 880 890
pF1KSD AEKEAHLANLRIERRKQLEEILEMKQEALLAAISEKDANIALLELSASKKKKTQEEVMAL
::::.::.::: ::::.:::.:::::::::::::::::::::::::.:::: ::::: ::
XP_016 AEKETHLTNLRAERRKHLEEVLEMKQEALLAAISEKDANIALLELSSSKKK-TQEEVAAL
840 850 860 870 880 890
900 910 920 930 940 950
pF1KSD KREKDRLVHQLKQQTQNRMKLMADNYDDDHHHYHHHHHHHHHRSPGRSQHSNHRPSPDQD
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XP_016 KREKDRLVQQLKQQTQNRMKLMADNYEDDHFKSSH------------SNQTNHKPSPDQI
900 910 920 930 940
pF1KSD DEEGIWA
XP_016 IQPLLELDQNRSKLKLYIGHLTTLCHDRDPLILRGLTPPASYNLDDDQAAWENELQKMTR
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>>XP_016874555 (OMIM: 607127) PREDICTED: ELKS/Rab6-inter (1092 aa)
initn: 3893 init1: 3211 opt: 3779 Z-score: 1434.2 bits: 277.0 E(85289): 3.8e-73
Smith-Waterman score: 4254; 69.4% identity (86.6% similar) in 1003 aa overlap (1-949:1-984)
10 20 30 40 50
pF1KSD MYGSARTITNLEGS---PSRSPRLPRSPRLGHRRT-SSGG------GGGTGKTLSMENIQ
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XP_016 MYGSARSVGKVEPSSQSPGRSPRLPRSPRLGHRRTNSTGGSSGSSVGGGSGKTLSMENIQ
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KSD SLNAAYATSGPMYLSDHEGVASTTYPKGTMTLGRATNRAVYGGRVTAMGSSPNIASAGLS
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XP_016 SLNAAYATSGPMYLSDHENVGSET-PKSTMTLGRSGGRLPYGVRMTAMGSSPNIASSGVA
70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KSD HTDVLSYTDQHGGLTGSSHHHHHQVPSMLRQVRDSTMLDLQAQLKELQRENDLLRKELDI
.:.... ..: : : :: :::.::.:..:::.::::. ::::::::....
XP_016 -SDTIAFGEHH--LPPVSMA--STVPHSLRQARDNTIMDLQTQLKEVLRENDLLRKDVEV
120 130 140 150 160 170
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pF1KSD KDSKLGSSMNSIKTFWSPELKKERVLRKEEAARMSVLKEQMRVSHEENQHLQLTIQALQD
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XP_016 KESKLSSSMNSIKTFWSPELKKERALRKDEASKITIWKEQYRVVQEENQHMQMTIQALQD
180 190 200 210 220 230
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pF1KSD ELRTQRDLNHLLQQESGNRGAEHFTIELTEENFRRLQAEHDRQAKELFLLRKTLEEMELR
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XP_016 ELRIQRDLNQLFQQDSSSRTGEPCVAELTEENFQRLHAEHERQAKELFLLRKTLEEMELR
240 250 260 270 280 290
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pF1KSD IETQKQTLNARDESIKKLLEMLQSKGLPSKSLEDDNERTRRMAEAESQVSHLEVILDQKE
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XP_016 IETQKQTLNARDESIKKLLEMLQSKGLSAKATEEDHERTRRLAEAEMHVHHLESLLEQKE
300 310 320 330 340 350
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pF1KSD KENIHLREELHRRSQLQPEPAKTKALQTVIEMKDTKIASLERNIRDLEDEIQMLKANGVL
::: ::::.::: . :. ::::::::::::::.::.:.::..::::.::::::.::.:
XP_016 KENSMLREEMHRRFENAPDSAKTKALQTVIEMKDSKISSMERGLRDLEEEIQMLKSNGAL
360 370 380 390 400 410
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pF1KSD NTEDREEEIKQIEVYKSHSKFMKTKIDQLKQELSKKESELLALQTKLETLSNQNSDCKQH
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XP_016 STEEREEEMKQMEVYRSHSKFMKNKIGQVKQELSRKDTELLALQTKLETLTNQFSDSKQH
420 430 440 450 460 470
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pF1KSD IEVLKESLTAKEQRAAILQTEVDALRLRLEEKESFLNKKTKQLQDLTEEKGTLAGEIRDM
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XP_016 IEVLKESLTAKEQRAAILQTEVDALRLRLEEKETMLNKKTKQIQDMAEEKGTQAGEIHDL
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pF1KSD KDMLEVKERKINVLQKKIENLQEQLRDKDKQLTNLKDRVKSLQTDSSNTDTALATLEEAL
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XP_016 KDMLDVKERKVNVLQKKIENLQEQLRDKEKQMSSLKERVKSLQADTTNTDTALTTLEEAL
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pF1KSD SEKERIIERLKEQRERDDRERLEEIESFRKENKDLKEKVNALQAELTEKESSLIDLKEHA
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XP_016 AEKERTIERLKEQRDRDEREKQEEIDNYKKDLKDLKEKVSLLQGDLSEKEASLLDLKEHA
600 610 620 630 640 650
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pF1KSD SSLASAGLKRDSKLKSLEIAIEQKKEECSKLEAQLKKAHNIEDDSRMNPEFADQIKQLDK
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XP_016 SSLASSGLKKDSRLKTLEIALEQKKEECLKMESQLKKAHEAALEARASPEMSDRIQHLER
660 670 680 690 700 710
720 730 740 750 760 770
pF1KSD EASYYRDECGKAQAEVDRLLEILKEVENEKNDKDKKIAELESLTLRHMKDQNKKVANLKH
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XP_016 EITRYKDESSKAQAEVDRLLEILKEVENEKNDKDKKIAELESLTSRQVKDQNKKVANLKH
720 730 740 750 760 770
780 790 800
pF1KSD NQQLEKKKNAQLLEEVRRREDSMADNSQHLQ-----------------------------
..:.::::.::.:::.:::::.. :.::.::
XP_016 KEQVEKKKSAQMLEEARRREDNLNDSSQQLQDSLRKKDDRIEELEEALRESVQITAEREM
780 790 800 810 820 830
810 820 830 840
pF1KSD ---------------IEELMNALEKTRQELDATKARLASTQQSLAEKEAHLANLRIERRK
.:::. :.::..:::.. ::.:.::::::::::.::.::: ::::
XP_016 VLAQEESARTNAEKQVEELLMAMEKVKQELESMKAKLSSTQQSLAEKETHLTNLRAERRK
840 850 860 870 880 890
850 860 870 880 890 900
pF1KSD QLEEILEMKQEALLAAISEKDANIALLELSASKKKKTQEEVMALKREKDRLVHQLKQQTQ
.:::.:::::::::::::::::::::::::.:::: ::::: ::::::::::.:::::::
XP_016 HLEEVLEMKQEALLAAISEKDANIALLELSSSKKK-TQEEVAALKREKDRLVQQLKQQTQ
900 910 920 930 940 950
910 920 930 940 950
pF1KSD NRMKLMADNYDDDHHHYHHHHHHHHHRSPGRSQHSNHRPSPDQDDEEGIWA
::::::::::.::: . : :...::.:::::
XP_016 NRMKLMADNYEDDHFKSSH------------SNQTNHKPSPDQIIQPLLELDQNRSKLKL
960 970 980 990 1000
XP_016 YIGHLTTLCHDRDPLILRGLTPPASYNLDDDQAAWENELQKMTRGQLQDELEKGERDNAE
1010 1020 1030 1040 1050 1060
>>XP_016874556 (OMIM: 607127) PREDICTED: ELKS/Rab6-inter (1088 aa)
initn: 3867 init1: 2973 opt: 3755 Z-score: 1425.3 bits: 275.3 E(85289): 1.2e-72
Smith-Waterman score: 4224; 69.1% identity (86.3% similar) in 1003 aa overlap (1-949:1-980)
10 20 30 40 50
pF1KSD MYGSARTITNLEGS---PSRSPRLPRSPRLGHRRT-SSGG------GGGTGKTLSMENIQ
::::::.. ..: : :.:::::::::::::::: :.:: :::.::::::::::
XP_016 MYGSARSVGKVEPSSQSPGRSPRLPRSPRLGHRRTNSTGGSSGSSVGGGSGKTLSMENIQ
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KSD SLNAAYATSGPMYLSDHEGVASTTYPKGTMTLGRATNRAVYGGRVTAMGSSPNIASAGLS
::::::::::::::::::.:.: : ::.::::::. .: :: :.:::::::::::.:..
XP_016 SLNAAYATSGPMYLSDHENVGSET-PKSTMTLGRSGGRLPYGVRMTAMGSSPNIASSGVA
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::: :::::.:.::.:..: .: . :::::::.::.:::.:::::::::::::::::::
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pF1KSD KDSKLGSSMNSIKTFWSPELKKERVLRKEEAARMSVLKEQMRVSHEENQHLQLTIQALQD
:.:::.::::::::::::::::::.:::.::..... :::.:: .:::::.:.:::::::
XP_016 KESKLSSSMNSIKTFWSPELKKERALRKDEASKITIWKEQYRVVQEENQHMQMTIQALQD
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KSD ELRTQRDLNHLLQQESGNRGAEHFTIELTEENFRRLQAEHDRQAKELFLLRKTLEEMELR
::: :::::.:.::.:..: .: . :::::::.::.:::.:::::::::::::::::::
XP_016 ELRIQRDLNQLFQQDSSSRTGEPCVAELTEENFQRLHAEHERQAKELFLLRKTLEEMELR
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KSD IETQKQTLNARDESIKKLLEMLQSKGLPSKSLEDDNERTRRMAEAESQVSHLEVILDQKE
::::::::::::::::::::::::::: .:. :.:.:::::.:::: .: ::: .:.:::
XP_016 IETQKQTLNARDESIKKLLEMLQSKGLSAKATEEDHERTRRLAEAEMHVHHLESLLEQKE
300 310 320 330 340 350
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pF1KSD KENIHLREELHRRSQLQPEPAKTKALQTVIEMKDTKIASLERNIRDLEDEIQMLKANGVL
::: ::::.::: . :. ::::::::::::::.::.:.::..::::.::::::.::.:
XP_016 KENSMLREEMHRRFENAPDSAKTKALQTVIEMKDSKISSMERGLRDLEEEIQMLKSNGAL
360 370 380 390 400 410
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pF1KSD NTEDREEEIKQIEVYKSHSKFMKTKIDQLK------------------------------
.::.::::.::.:::.:::::::.:..:::
XP_016 STEEREEEMKQMEVYRSHSKFMKNKVEQLKEELSSKEAQWEELKKKAAGLQAEVFAIGQV
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450 460 470 480 490
pF1KSD -QELSKKESELLALQTKLETLSNQNSDCKQHIEVLKESLTAKEQRAAILQTEVDALRLRL
::::.:..::::::::::::.:: :: ::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 KQELSRKDTELLALQTKLETLTNQFSDSKQHIEVLKESLTAKEQRAAILQTEVDALRLRL
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pF1KSD EEKESFLNKKTKQLQDLTEEKGTLAGEIRDMKDMLEVKERKINVLQKKIENLQEQLRDKD
::::..:::::::.::..::::: ::::.:.::::.:::::.:::::::::::::::::.
XP_016 EEKETMLNKKTKQIQDMAEEKGTQAGEIHDLKDMLDVKERKVNVLQKKIENLQEQLRDKE
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pF1KSD KQLTNLKDRVKSLQTDSSNTDTALATLEEALSEKERIIERLKEQRERDDRERLEEIESFR
::...::.::::::.:..::::::.::::::.:::: ::::::::.::.::. :::....
XP_016 KQMSSLKERVKSLQADTTNTDTALTTLEEALAEKERTIERLKEQRDRDEREKQEEIDNYK
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pF1KSD KENKDLKEKVNALQAELTEKESSLIDLKEHASSLASAGLKRDSKLKSLEIAIEQKKEECS
:. :::::::. ::..:.:::.::.:::::::::::.:::.::.::.::::.:::::::
XP_016 KDLKDLKEKVSLLQGDLSEKEASLLDLKEHASSLASSGLKKDSRLKTLEIALEQKKEECL
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pF1KSD KLEAQLKKAHNIEDDSRMNPEFADQIKQLDKEASYYRDECGKAQAEVDRLLEILKEVENE
:.:.::::::. ..: .::..:.:..:..: . :.:: .:::::::::::::::::::
XP_016 KMESQLKKAHEAALEARASPEMSDRIQHLEREITRYKDESSKAQAEVDRLLEILKEVENE
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740 750 760 770 780 790
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::::::::::::::: :..::::::::::::..:.::::.::.:::.:::::.. :.::.
XP_016 KNDKDKKIAELESLTSRQVKDQNKKVANLKHKEQVEKKKSAQMLEEARRREDNLNDSSQQ
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800 810 820 830 840 850
pF1KSD LQIEELMNALEKTRQELDATKARLASTQQSLAEKEAHLANLRIERRKQLEEILEMKQEAL
::.:::. :.::..:::.. ::.:.::::::::::.::.::: ::::.:::.::::::::
XP_016 LQVEELLMAMEKVKQELESMKAKLSSTQQSLAEKETHLTNLRAERRKHLEEVLEMKQEAL
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860 870 880 890 900 910
pF1KSD LAAISEKDANIALLELSASKKKKTQEEVMALKREKDRLVHQLKQQTQNRMKLMADNYDDD
:::::::::::::::::.:::: ::::: ::::::::::.:::::::::::::::::.::
XP_016 LAAISEKDANIALLELSSSKKK-TQEEVAALKREKDRLVQQLKQQTQNRMKLMADNYEDD
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920 930 940 950
pF1KSD HHHYHHHHHHHHHRSPGRSQHSNHRPSPDQDDEEGIWA
: . : :...::.:::::
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::::::.. ..: : :.:::::::::::::::: :.:: :::.::::::::::
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::::::::::::::::::.:.: : ::.::::::. .: :: :.:::::::::::.:..
XP_016 SLNAAYATSGPMYLSDHENVGSET-PKSTMTLGRSGGRLPYGVRMTAMGSSPNIASSGVA
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.:.... ..: : : :: :::.::.:..:::.::::. ::::::::....
XP_016 -SDTIAFGEHH--LPPVSMA--STVPHSLRQARDNTIMDLQTQLKEVLRENDLLRKDVEV
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pF1KSD KDSKLGSSMNSIKTFWSPELKKERVLRKEEAARMSVLKEQMRVSHEENQHLQLTIQALQD
:.:::.::::::::::::::::::.:::.::..... :::.:: .:::::.:.:::::::
XP_016 KESKLSSSMNSIKTFWSPELKKERALRKDEASKITIWKEQYRVVQEENQHMQMTIQALQD
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pF1KSD ELRTQRDLNHLLQQESGNRGAEHFTIELTEENFRRLQAEHDRQAKELFLLRKTLEEMELR
::: :::::.:.::.:..: .: . :::::::.::.:::.:::::::::::::::::::
XP_016 ELRIQRDLNQLFQQDSSSRTGEPCVAELTEENFQRLHAEHERQAKELFLLRKTLEEMELR
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pF1KSD IETQKQTLNARDESIKKLLEMLQSKGLPSKSLEDDNERTRRMAEAESQVSHLEVILDQKE
::::::::::::::::::::::::::: .:. :.:.:::::.:::: .: ::: .:.:::
XP_016 IETQKQTLNARDESIKKLLEMLQSKGLSAKATEEDHERTRRLAEAEMHVHHLESLLEQKE
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pF1KSD KENIHLREELHRRSQLQPEPAKTKALQTVIEMKDTKIASLERNIRDLEDEIQMLKANGVL
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XP_016 KENSMLREEMHRRFENAPDSAKTKALQTVIEMKDSKISSMERGLRDLEEEIQMLKSNGAL
360 370 380 390 400 410
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pF1KSD NTEDREEEIKQIEVYKSHSKFMKTKIDQLK----------------------------QE
.::.::::.::.:::.:::::::.:..::: ::
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::.:..::::::::::::.:: :: :::::::::::::::::::::::::::::::::::
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..::.::::::.:..::::::.::::::.:::: ::::::::.::.::. :::....:.
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pF1KSD KDLKEKVNALQAELTEKESSLIDLKEHASSLASAGLKRDSKLKSLEIAIEQKKEECSKLE
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XP_016 KDLKEKVSLLQGDLSEKEASLLDLKEHASSLASSGLKKDSRLKTLEIALEQKKEECLKME
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.::::::. ..: .::..:.:..:..: . :.:: .::::::::::::::::::::::
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pF1KSD KDKKIAELESLTLRHMKDQNKKVANLKHNQQLEKKKNAQLLEEVRRREDSMADNSQHLQ-
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.:::. :.::..:::.. ::.:.::::::::::.::.::: ::::.:::.:::::::::
XP_016 KVEELLMAMEKVKQELESMKAKLSSTQQSLAEKETHLTNLRAERRKHLEEVLEMKQEALL
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::::::::::::::::.:::: ::::: ::::::::::.:::::
XP_016 AAISEKDANIALLELSSSKKK-TQEEVAALKREKDRLVQQLKQQTQNRMKLMADNYEDDH
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pF1KSD HHYHHHHHHHHHRSPGRSQHSNHRPSPDQDDEEGIWA
XP_016 FKSSHSNQTNHKPSPDQIIQPLLELDQNRSKLKLYIGHLTTLCHDRDPLILRGLTPPASY
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>>XP_016874557 (OMIM: 607127) PREDICTED: ELKS/Rab6-inter (1086 aa)
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10 20 30 40 50
pF1KSD MYGSARTITNLEGS---PSRSPRLPRSPRLGHRRT-SSGG------GGGTGKTLSMENIQ
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XP_016 MYGSARSVGKVEPSSQSPGRSPRLPRSPRLGHRRTNSTGGSSGSSVGGGSGKTLSMENIQ
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XP_016 SLNAAYATSGPMYLSDHENVGSET-PKSTMTLGRSGGRLPYGVRMTAMGSSPNIASSGVA
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XP_016 -SDTIAFGEHH--LPPVSMA--STVPHSLRQARDNTIMDLQTQLKEVLRENDLLRKDVEV
120 130 140 150 160 170
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pF1KSD KDSKLGSSMNSIKTFWSPELKKERVLRKEEAARMSVLKEQMRVSHEENQHLQLTIQALQD
:.:::.::::::::::::::::::.:::.::..... :::.:: .:::::.:.:::::::
XP_016 KESKLSSSMNSIKTFWSPELKKERALRKDEASKITIWKEQYRVVQEENQHMQMTIQALQD
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KSD ELRTQRDLNHLLQQESGNRGAEHFTIELTEENFRRLQAEHDRQAKELFLLRKTLEEMELR
::: :::::.:.::.:..: .: . :::::::.::.:::.:::::::::::::::::::
XP_016 ELRIQRDLNQLFQQDSSSRTGEPCVAELTEENFQRLHAEHERQAKELFLLRKTLEEMELR
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KSD IETQKQTLNARDESIKKLLEMLQSKGLPSKSLEDDNERTRRMAEAESQVSHLEVILDQKE
::::::::::::::::::::::::::: .:. :.:.:::::.:::: .: ::: .:.:::
XP_016 IETQKQTLNARDESIKKLLEMLQSKGLSAKATEEDHERTRRLAEAEMHVHHLESLLEQKE
300 310 320 330 340 350
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pF1KSD KENIHLREELHRRSQLQPEPAKTKALQTVIEMKDTKIASLERNIRDLEDEIQMLKANGVL
::: ::::.::: . :. ::::::::::::::.::.:.::..::::.::::::.::.:
XP_016 KENSMLREEMHRRFENAPDSAKTKALQTVIEMKDSKISSMERGLRDLEEEIQMLKSNGAL
360 370 380 390 400 410
420 430 440
pF1KSD NTEDREEEIKQIEVYKSHSKFMKTKIDQLK----------------------------QE
.::.::::.::.:::.:::::::.:..::: ::
XP_016 STEEREEEMKQMEVYRSHSKFMKNKVEQLKEELSSKEAQWEELKKKAAGLQAEIGQVKQE
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pF1KSD LSKKESELLALQTKLETLSNQNSDCKQHIEVLKESLTAKEQRAAILQTEVDALRLRLEEK
::.:..::::::::::::.:: :: :::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 LSRKDTELLALQTKLETLTNQFSDSKQHIEVLKESLTAKEQRAAILQTEVDALRLRLEEK
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pF1KSD ESFLNKKTKQLQDLTEEKGTLAGEIRDMKDMLEVKERKINVLQKKIENLQEQLRDKDKQL
:..:::::::.::..::::: ::::.:.::::.:::::.:::::::::::::::::.::.
XP_016 ETMLNKKTKQIQDMAEEKGTQAGEIHDLKDMLDVKERKVNVLQKKIENLQEQLRDKEKQM
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pF1KSD TNLKDRVKSLQTDSSNTDTALATLEEALSEKERIIERLKEQRERDDRERLEEIESFRKEN
..::.::::::.:..::::::.::::::.:::: ::::::::.::.::. :::....:.
XP_016 SSLKERVKSLQADTTNTDTALTTLEEALAEKERTIERLKEQRDRDEREKQEEIDNYKKDL
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XP_016 KDLKEKVSLLQGDLSEKEASLLDLKEHASSLASSGLKKDSRLKTLEIALEQKKEECLKME
660 670 680 690 700 710
690 700 710 720 730 740
pF1KSD AQLKKAHNIEDDSRMNPEFADQIKQLDKEASYYRDECGKAQAEVDRLLEILKEVENEKND
.::::::. ..: .::..:.:..:..: . :.:: .::::::::::::::::::::::
XP_016 SQLKKAHEAALEARASPEMSDRIQHLEREITRYKDESSKAQAEVDRLLEILKEVENEKND
720 730 740 750 760 770
750 760 770 780 790 800
pF1KSD KDKKIAELESLTLRHMKDQNKKVANLKHNQQLEKKKNAQLLEEVRRREDSMADNSQHLQ-
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XP_016 KDKKIAELE----RQVKDQNKKVANLKHKEQVEKKKSAQMLEEARRREDNLNDSSQQLQD
780 790 800 810 820 830
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pF1KSD -------------------------------------------IEELMNALEKTRQELDA
.:::. :.::..:::..
XP_016 SLRKKDDRIEELEEALRESVQITAEREMVLAQEESARTNAEKQVEELLMAMEKVKQELES
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pF1KSD TKARLASTQQSLAEKEAHLANLRIERRKQLEEILEMKQEALLAAISEKDANIALLELSAS
::.:.::::::::::.::.::: ::::.:::.:::::::::::::::::::::::::.:
XP_016 MKAKLSSTQQSLAEKETHLTNLRAERRKHLEEVLEMKQEALLAAISEKDANIALLELSSS
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pF1KSD KKKKTQEEVMALKREKDRLVHQLKQQTQNRMKLMADNYDDDHHHYHHHHHHHHHRSPGRS
::: ::::: ::::::::::.:::::::::::::::::.:::
XP_016 KKK-TQEEVAALKREKDRLVQQLKQQTQNRMKLMADNYEDDHFKSSHSNQTNHKPSPDQI
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pF1KSD QHSNHRPSPDQDDEEGIWA
XP_016 IQPLLELDQNRSKLKLYIGHLTTLCHDRDPLILRGLTPPASYNLDDDQAAWENELQKMTR
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>>NP_001288177 (OMIM: 607127) ELKS/Rab6-interacting/CAST (1086 aa)
initn: 2480 init1: 1586 opt: 2242 Z-score: 862.1 bits: 171.1 E(85289): 2.8e-41
Smith-Waterman score: 4124; 68.3% identity (85.1% similar) in 1002 aa overlap (1-920:1-991)
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pF1KSD MYGSARTITNLEGS---PSRSPRLPRSPRLGHRRT-SSGG------GGGTGKTLSMENIQ
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NP_001 MYGSARSVGKVEPSSQSPGRSPRLPRSPRLGHRRTNSTGGSSGSSVGGGSGKTLSMENIQ
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pF1KSD SLNAAYATSGPMYLSDHEGVASTTYPKGTMTLGRATNRAVYGGRVTAMGSSPNIASAGLS
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NP_001 SLNAAYATSGPMYLSDHENVGSET-PKSTMTLGRSGGRLPYGVRMTAMGSSPNIASSGVA
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pF1KSD HTDVLSYTDQHGGLTGSSHHHHHQVPSMLRQVRDSTMLDLQAQLKELQRENDLLRKELDI
.:.... ..: : : :: :::.::.:..:::.::::. ::::::::....
NP_001 -SDTIAFGEHH--LPPVSMA--STVPHSLRQARDNTIMDLQTQLKEVLRENDLLRKDVEV
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KSD KDSKLGSSMNSIKTFWSPELKKERVLRKEEAARMSVLKEQMRVSHEENQHLQLTIQALQD
:.:::.::::::::::::::::::.:::.::..... :::.:: .:::::.:.:::::::
NP_001 KESKLSSSMNSIKTFWSPELKKERALRKDEASKITIWKEQYRVVQEENQHMQMTIQALQD
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KSD ELRTQRDLNHLLQQESGNRGAEHFTIELTEENFRRLQAEHDRQAKELFLLRKTLEEMELR
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NP_001 ELRIQRDLNQLFQQDSSSRTGEPCVAELTEENFQRLHAEHERQAKELFLLRKTLEEMELR
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::: ::::.::: . :. ::::::::::::::.::.:.::..::::.::::::.::.:
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.::.::::.::.:::.:::::::.:..::: ::
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.:::. :.::..:::..
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60827320 residues in 85289 library sequences
Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]