Result of FASTA (omim) for
pF1KSDA0331
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KSDA0331, 775 aa
1>>>pF1KSDA0331 775 - 775 aa - 775 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.2760+/-0.000433; mu= 20.5575+/- 0.027
mean_var=74.4560+/-14.763, 0's: 0 Z-trim(111.1): 185 B-trim: 813 in 2/54
Lambda= 0.148636
statistics sampled from 19430 (19656) to 19430 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.586), E-opt: 0.2 (0.23), width: 16
Scan time: 6.820
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_036563 (OMIM: 214800,608166) semaphorin-3E isof ( 775) 5344 1156.2 0
NP_001171600 (OMIM: 214800,608166) semaphorin-3E i ( 715) 4936 1068.6 0
XP_011514036 (OMIM: 603961,614897) PREDICTED: sema ( 771) 2692 587.5 7.3e-167
XP_005250168 (OMIM: 603961,614897) PREDICTED: sema ( 771) 2692 587.5 7.3e-167
NP_006071 (OMIM: 603961,614897) semaphorin-3A prec ( 771) 2692 587.5 7.3e-167
XP_005250167 (OMIM: 603961,614897) PREDICTED: sema ( 771) 2692 587.5 7.3e-167
XP_006715902 (OMIM: 603961,614897) PREDICTED: sema ( 771) 2692 587.5 7.3e-167
XP_016867162 (OMIM: 603961,614897) PREDICTED: sema ( 771) 2692 587.5 7.3e-167
XP_016867362 (OMIM: 609907) PREDICTED: semaphorin- ( 777) 2358 515.9 2.7e-145
XP_011514262 (OMIM: 609907) PREDICTED: semaphorin- ( 777) 2358 515.9 2.7e-145
NP_689967 (OMIM: 609907) semaphorin-3D precursor [ ( 777) 2358 515.9 2.7e-145
XP_005265439 (OMIM: 601124) PREDICTED: semaphorin- ( 754) 2320 507.7 7.3e-143
NP_001305729 (OMIM: 601124) semaphorin-3F isoform ( 754) 2320 507.7 7.3e-143
NP_001276989 (OMIM: 601281) semaphorin-3B isoform ( 749) 2266 496.1 2.2e-139
NP_004627 (OMIM: 601281) semaphorin-3B isoform 1 p ( 749) 2266 496.1 2.2e-139
NP_001005914 (OMIM: 601281) semaphorin-3B isoform ( 748) 2253 493.3 1.5e-138
NP_001276990 (OMIM: 601281) semaphorin-3B isoform ( 754) 2250 492.7 2.4e-138
NP_001305727 (OMIM: 601124) semaphorin-3F isoform ( 686) 2217 485.6 3e-136
NP_006370 (OMIM: 602645) semaphorin-3C precursor [ ( 751) 2217 485.6 3.3e-136
XP_005250170 (OMIM: 602645) PREDICTED: semaphorin- ( 693) 2183 478.3 4.8e-134
XP_005265438 (OMIM: 601124) PREDICTED: semaphorin- ( 785) 1938 425.8 3.5e-118
XP_011532300 (OMIM: 601124) PREDICTED: semaphorin- ( 785) 1938 425.8 3.5e-118
NP_004177 (OMIM: 601124) semaphorin-3F isoform 1 p ( 785) 1938 425.8 3.5e-118
XP_011514263 (OMIM: 609907) PREDICTED: semaphorin- ( 583) 1879 413.0 1.8e-114
XP_006713352 (OMIM: 601124) PREDICTED: semaphorin- ( 588) 1826 401.7 4.7e-111
XP_011532302 (OMIM: 601124) PREDICTED: semaphorin- ( 512) 1208 269.1 3.3e-71
XP_006713353 (OMIM: 601124) PREDICTED: semaphorin- ( 484) 1171 261.2 7.7e-69
NP_001276991 (OMIM: 601281) semaphorin-3B isoform ( 406) 1169 260.7 9e-69
NP_001276992 (OMIM: 601281) semaphorin-3B isoform ( 406) 1169 260.7 9e-69
NP_001135759 (OMIM: 601866) semaphorin-4D isoform ( 738) 1120 250.4 2.1e-65
XP_011516426 (OMIM: 601866) PREDICTED: semaphorin- ( 862) 1120 250.4 2.4e-65
NP_006369 (OMIM: 601866) semaphorin-4D isoform 1 p ( 862) 1120 250.4 2.4e-65
XP_011516431 (OMIM: 601866) PREDICTED: semaphorin- ( 862) 1120 250.4 2.4e-65
XP_016869683 (OMIM: 601866) PREDICTED: semaphorin- ( 862) 1120 250.4 2.4e-65
XP_011516430 (OMIM: 601866) PREDICTED: semaphorin- ( 862) 1120 250.4 2.4e-65
XP_016869685 (OMIM: 601866) PREDICTED: semaphorin- ( 862) 1120 250.4 2.4e-65
XP_011516425 (OMIM: 601866) PREDICTED: semaphorin- ( 862) 1120 250.4 2.4e-65
XP_016869684 (OMIM: 601866) PREDICTED: semaphorin- ( 862) 1120 250.4 2.4e-65
XP_016869686 (OMIM: 601866) PREDICTED: semaphorin- ( 862) 1120 250.4 2.4e-65
XP_005251711 (OMIM: 601866) PREDICTED: semaphorin- ( 862) 1120 250.4 2.4e-65
XP_011516432 (OMIM: 601866) PREDICTED: semaphorin- ( 862) 1120 250.4 2.4e-65
XP_011516435 (OMIM: 601866) PREDICTED: semaphorin- ( 862) 1120 250.4 2.4e-65
XP_016869682 (OMIM: 601866) PREDICTED: semaphorin- ( 862) 1120 250.4 2.4e-65
XP_011516429 (OMIM: 601866) PREDICTED: semaphorin- ( 862) 1120 250.4 2.4e-65
XP_011516427 (OMIM: 601866) PREDICTED: semaphorin- ( 862) 1120 250.4 2.4e-65
XP_011516433 (OMIM: 601866) PREDICTED: semaphorin- ( 862) 1120 250.4 2.4e-65
XP_016869687 (OMIM: 601866) PREDICTED: semaphorin- ( 862) 1120 250.4 2.4e-65
XP_011516436 (OMIM: 601866) PREDICTED: semaphorin- ( 862) 1120 250.4 2.4e-65
NP_001310963 (OMIM: 617029) semaphorin-4B isoform ( 847) 1048 235.0 1e-60
XP_016869688 (OMIM: 601866) PREDICTED: semaphorin- ( 534) 986 221.5 7.3e-57
>>NP_036563 (OMIM: 214800,608166) semaphorin-3E isoform (775 aa)
initn: 5344 init1: 5344 opt: 5344 Z-score: 6190.2 bits: 1156.2 E(85289): 0
Smith-Waterman score: 5344; 100.0% identity (100.0% similar) in 775 aa overlap (1-775:1-775)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MASAGHIITLLLWGYLLELWTGGHTADTTHPRLRLSHKELLNLNRTSIFHSPFGFLDLHT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_036 MASAGHIITLLLWGYLLELWTGGHTADTTHPRLRLSHKELLNLNRTSIFHSPFGFLDLHT
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KSD MLLDEYQERLFVGGRDLVYSLSLERISDGYKEIHWPSTALKMEECIMKGKDAGECANYVR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_036 MLLDEYQERLFVGGRDLVYSLSLERISDGYKEIHWPSTALKMEECIMKGKDAGECANYVR
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KSD VLHHYNRTHLLTCGTGAFDPVCAFIRVGYHLEDPLFHLESPRSERGRGRCPFDPSSSFIS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_036 VLHHYNRTHLLTCGTGAFDPVCAFIRVGYHLEDPLFHLESPRSERGRGRCPFDPSSSFIS
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KSD TLIGSELFAGLYSDYWSRDAAIFRSMGRLAHIRTEHDDERLLKEPKFVGSYMIPDNEDRD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_036 TLIGSELFAGLYSDYWSRDAAIFRSMGRLAHIRTEHDDERLLKEPKFVGSYMIPDNEDRD
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KSD DNKVYFFFTEKALEAENNAHAIYTRVGRLCVNDVGGQRILVNKWSTFLKARLVCSVPGMN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_036 DNKVYFFFTEKALEAENNAHAIYTRVGRLCVNDVGGQRILVNKWSTFLKARLVCSVPGMN
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KSD GIDTYFDELEDVFLLPTRDHKNPVIFGLFNTTSNIFRGHAICVYHMSSIRAAFNGPYAHK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_036 GIDTYFDELEDVFLLPTRDHKNPVIFGLFNTTSNIFRGHAICVYHMSSIRAAFNGPYAHK
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KSD EGPEYHWSVYEGKVPYPRPGSCASKVNGGRYGTTKDYPDDAIRFARSHPLMYQAIKPAHK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_036 EGPEYHWSVYEGKVPYPRPGSCASKVNGGRYGTTKDYPDDAIRFARSHPLMYQAIKPAHK
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KSD KPILVKTDGKYNLKQIAVDRVEAEDGQYDVLFIGTDNGIVLKVITIYNQEMESMEEVILE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_036 KPILVKTDGKYNLKQIAVDRVEAEDGQYDVLFIGTDNGIVLKVITIYNQEMESMEEVILE
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KSD ELQIFKDPVPIISMEISSKRQQLYIGSASAVAQVRFHHCDMYGSACADCCLARDPYCAWD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_036 ELQIFKDPVPIISMEISSKRQQLYIGSASAVAQVRFHHCDMYGSACADCCLARDPYCAWD
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KSD GISCSRYYPTGTHAKRRFRRQDVRHGNAAQQCFGQQFVGDALDKTEEHLAYGIENNSTLL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_036 GISCSRYYPTGTHAKRRFRRQDVRHGNAAQQCFGQQFVGDALDKTEEHLAYGIENNSTLL
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KSD ECTPRSLQAKVIWFVQKGRETRKEEVKTDDRVVKMDLGLLFLRLHKSDAGTYFCQTVEHS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_036 ECTPRSLQAKVIWFVQKGRETRKEEVKTDDRVVKMDLGLLFLRLHKSDAGTYFCQTVEHS
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KSD FVHTVRKITLEVVEEEKVEDMFNKDDEEDRHHRMPCPAQSSISQGAKPWYKEFLQLIGYS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_036 FVHTVRKITLEVVEEEKVEDMFNKDDEEDRHHRMPCPAQSSISQGAKPWYKEFLQLIGYS
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770
pF1KSD NFQRVEEYCEKVWCTDRKRKKLKMSPSKWKYANPQEKKLRSKPEHYRLPRHTLDS
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_036 NFQRVEEYCEKVWCTDRKRKKLKMSPSKWKYANPQEKKLRSKPEHYRLPRHTLDS
730 740 750 760 770
>>NP_001171600 (OMIM: 214800,608166) semaphorin-3E isofo (715 aa)
initn: 4936 init1: 4936 opt: 4936 Z-score: 5717.8 bits: 1068.6 E(85289): 0
Smith-Waterman score: 4936; 100.0% identity (100.0% similar) in 715 aa overlap (61-775:1-715)
40 50 60 70 80 90
pF1KSD PRLRLSHKELLNLNRTSIFHSPFGFLDLHTMLLDEYQERLFVGGRDLVYSLSLERISDGY
::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 MLLDEYQERLFVGGRDLVYSLSLERISDGY
10 20 30
100 110 120 130 140 150
pF1KSD KEIHWPSTALKMEECIMKGKDAGECANYVRVLHHYNRTHLLTCGTGAFDPVCAFIRVGYH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 KEIHWPSTALKMEECIMKGKDAGECANYVRVLHHYNRTHLLTCGTGAFDPVCAFIRVGYH
40 50 60 70 80 90
160 170 180 190 200 210
pF1KSD LEDPLFHLESPRSERGRGRCPFDPSSSFISTLIGSELFAGLYSDYWSRDAAIFRSMGRLA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 LEDPLFHLESPRSERGRGRCPFDPSSSFISTLIGSELFAGLYSDYWSRDAAIFRSMGRLA
100 110 120 130 140 150
220 230 240 250 260 270
pF1KSD HIRTEHDDERLLKEPKFVGSYMIPDNEDRDDNKVYFFFTEKALEAENNAHAIYTRVGRLC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 HIRTEHDDERLLKEPKFVGSYMIPDNEDRDDNKVYFFFTEKALEAENNAHAIYTRVGRLC
160 170 180 190 200 210
280 290 300 310 320 330
pF1KSD VNDVGGQRILVNKWSTFLKARLVCSVPGMNGIDTYFDELEDVFLLPTRDHKNPVIFGLFN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 VNDVGGQRILVNKWSTFLKARLVCSVPGMNGIDTYFDELEDVFLLPTRDHKNPVIFGLFN
220 230 240 250 260 270
340 350 360 370 380 390
pF1KSD TTSNIFRGHAICVYHMSSIRAAFNGPYAHKEGPEYHWSVYEGKVPYPRPGSCASKVNGGR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 TTSNIFRGHAICVYHMSSIRAAFNGPYAHKEGPEYHWSVYEGKVPYPRPGSCASKVNGGR
280 290 300 310 320 330
400 410 420 430 440 450
pF1KSD YGTTKDYPDDAIRFARSHPLMYQAIKPAHKKPILVKTDGKYNLKQIAVDRVEAEDGQYDV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 YGTTKDYPDDAIRFARSHPLMYQAIKPAHKKPILVKTDGKYNLKQIAVDRVEAEDGQYDV
340 350 360 370 380 390
460 470 480 490 500 510
pF1KSD LFIGTDNGIVLKVITIYNQEMESMEEVILEELQIFKDPVPIISMEISSKRQQLYIGSASA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 LFIGTDNGIVLKVITIYNQEMESMEEVILEELQIFKDPVPIISMEISSKRQQLYIGSASA
400 410 420 430 440 450
520 530 540 550 560 570
pF1KSD VAQVRFHHCDMYGSACADCCLARDPYCAWDGISCSRYYPTGTHAKRRFRRQDVRHGNAAQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 VAQVRFHHCDMYGSACADCCLARDPYCAWDGISCSRYYPTGTHAKRRFRRQDVRHGNAAQ
460 470 480 490 500 510
580 590 600 610 620 630
pF1KSD QCFGQQFVGDALDKTEEHLAYGIENNSTLLECTPRSLQAKVIWFVQKGRETRKEEVKTDD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 QCFGQQFVGDALDKTEEHLAYGIENNSTLLECTPRSLQAKVIWFVQKGRETRKEEVKTDD
520 530 540 550 560 570
640 650 660 670 680 690
pF1KSD RVVKMDLGLLFLRLHKSDAGTYFCQTVEHSFVHTVRKITLEVVEEEKVEDMFNKDDEEDR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 RVVKMDLGLLFLRLHKSDAGTYFCQTVEHSFVHTVRKITLEVVEEEKVEDMFNKDDEEDR
580 590 600 610 620 630
700 710 720 730 740 750
pF1KSD HHRMPCPAQSSISQGAKPWYKEFLQLIGYSNFQRVEEYCEKVWCTDRKRKKLKMSPSKWK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 HHRMPCPAQSSISQGAKPWYKEFLQLIGYSNFQRVEEYCEKVWCTDRKRKKLKMSPSKWK
640 650 660 670 680 690
760 770
pF1KSD YANPQEKKLRSKPEHYRLPRHTLDS
:::::::::::::::::::::::::
NP_001 YANPQEKKLRSKPEHYRLPRHTLDS
700 710
>>XP_011514036 (OMIM: 603961,614897) PREDICTED: semaphor (771 aa)
initn: 1874 init1: 1317 opt: 2692 Z-score: 3116.8 bits: 587.5 E(85289): 7.3e-167
Smith-Waterman score: 2692; 48.6% identity (78.9% similar) in 771 aa overlap (8-770:7-769)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MASAGHIITLLLWGYLLELWTGGHTADTTHPRLRLSHKELLNLNRTSIFHSPFGFLDLHT
:. :.:: :: .. ... .. :::.::.::.:. : . :.. . . ::
XP_011 MGWLTRIVCLFWGVLLTARANYQNGKNNVPRLKLSYKEMLESNNVITFNGLANSSSYHT
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110
pF1KSD MLLDEYQERLFVGGRDLVYSLSLERISDGYKEIHWPSTALKMEECIMKGKDA-GECANYV
.:::: . ::.::..: ..:..: :.: ...: :: . . .:: ::: ::::..
XP_011 FLLDEERSRLYVGAKDHIFSFDLVNIKD-FQKIVWPVSYTRRDECKWAGKDILKECANFI
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KSD RVLHHYNRTHLLTCGTGAFDPVCAFIRVGYHLEDPLFHLESPRSERGRGRCPFDPSSSFI
.::. ::.::: .:::::: :.:..:..:.: :: .:.::. . : :::. :.::.
XP_011 KVLKAYNQTHLYACGTGAFHPICTYIEIGHHPEDNIFKLENSHFENGRGKSPYDPKLLTA
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KSD STLIGSELFAGLYSDYWSRDAAIFRSMGRLAHIRTEHDDERLLKEPKFVGSYMIPDNEDR
: :: .::..: .:. .:: ::::..:. ::::. : : :..:::.....: ....
XP_011 SLLIDGELYSGTAADFMGRDFAIFRTLGHHHPIRTEQHDSRWLNDPKFISAHLISESDNP
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KSD DDNKVYFFFTEKALEAENNAHAIYTRVGRLCVNDVGGQRILVNKWSTFLKARLVCSVPGM
.:.:::::: :.:...:....: ..:.:..: :: ::.: :::::.:::::::.:::::
XP_011 EDDKVYFFFRENAIDGEHSGKATHARIGQICKNDFGGHRSLVNKWTTFLKARLICSVPGP
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KSD NGIDTYFDELEDVFLLPTRDHKNPVIFGLFNTTSNIFRGHAICVYHMSSIRAAFNGPYAH
:::::.::::.::::. .: ::::..:.:.:.::::.: :.:.: ::..: .: :::::
XP_011 NGIDTHFDELQDVFLMNFKDPKNPVVYGVFTTSSNIFKGSAVCMYSMSDVRRVFLGPYAH
300 310 320 330 340 350
360 370 380 390 400 410
pF1KSD KEGPEYHWSVYEGKVPYPRPGSCASKVNGGRYGTTKDYPDDAIRFARSHPLMYQAIKPAH
..::.:.: :.:.:::::::.: ::. :: . .::: :::.: :::::: ::. . : .
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pF1KSD LDS
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XP_016 VAT
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XP_011 VAT
775 residues in 1 query sequences
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Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
start: Thu Nov 3 01:18:04 2016 done: Thu Nov 3 01:18:06 2016
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]