Result of FASTA (ccds) for
pF1KSDA0083
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KSDA0083, 1060 aa
1>>>pF1KSDA0083 1060 - 1060 aa - 1060 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.6480+/-0.00139; mu= 19.9965+/- 0.084
mean_var=72.3309+/-14.393, 0's: 0 Z-trim(99.8): 33 B-trim: 0 in 0/48
Lambda= 0.150804
statistics sampled from 5867 (5883) to 5867 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.52), E-opt: 0.2 (0.181), width: 16
Scan time: 3.830
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS44415.2 DNA2 gene_id:1763|Hs108|chr10 (1060) 6979 1528.9 0
CCDS14084.1 MOV10L1 gene_id:54456|Hs108|chr22 (1211) 380 93.2 3.7e-18
CCDS54542.1 MOV10L1 gene_id:54456|Hs108|chr22 (1165) 372 91.4 1.2e-17
CCDS54543.1 MOV10L1 gene_id:54456|Hs108|chr22 ( 338) 310 77.7 4.8e-14
CCDS12386.1 UPF1 gene_id:5976|Hs108|chr19 (1118) 299 75.6 7e-13
CCDS74315.1 UPF1 gene_id:5976|Hs108|chr19 (1129) 299 75.6 7e-13
CCDS54541.1 MOV10L1 gene_id:54456|Hs108|chr22 (1165) 296 74.9 1.1e-12
>>CCDS44415.2 DNA2 gene_id:1763|Hs108|chr10 (1060 aa)
initn: 6979 init1: 6979 opt: 6979 Z-score: 8199.6 bits: 1528.9 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 6979; 100.0% identity (100.0% similar) in 1060 aa overlap (1-1060:1-1060)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MEQLNELELLMEKSFWEEAELPAELFQKKVVASFPRTVLSTGMDNRYLVLAVNTVQNKEG
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CCDS44 MEQLNELELLMEKSFWEEAELPAELFQKKVVASFPRTVLSTGMDNRYLVLAVNTVQNKEG
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KSD NCEKRLVITASQSLENKELCILRNDWCSVPVEPGDIIHLEGDCTSDTWIIDKDFGYLILY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 NCEKRLVITASQSLENKELCILRNDWCSVPVEPGDIIHLEGDCTSDTWIIDKDFGYLILY
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KSD PDMLISGTSIASSIRCMRRAVLSETFRSSDPATRQMLIGTVLHEVFQKAINNSFAPEKLQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 PDMLISGTSIASSIRCMRRAVLSETFRSSDPATRQMLIGTVLHEVFQKAINNSFAPEKLQ
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KSD ELAFQTIQEIRHLKEMYRLNLSQDEIKQEVEDYLPSFCKWAGDFMHKNTSTDFPQMQLSL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 ELAFQTIQEIRHLKEMYRLNLSQDEIKQEVEDYLPSFCKWAGDFMHKNTSTDFPQMQLSL
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KSD PSDNSKDNSTCNIEVVKPMDIEESIWSPRFGLKGKIDVTVGVKIHRGYKTKYKIMPLELK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 PSDNSKDNSTCNIEVVKPMDIEESIWSPRFGLKGKIDVTVGVKIHRGYKTKYKIMPLELK
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KSD TGKESNSIEHRSQVVLYTLLSQERRADPEAGLLLYLKTGQMYPVPANHLDKRELLKLRNQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 TGKESNSIEHRSQVVLYTLLSQERRADPEAGLLLYLKTGQMYPVPANHLDKRELLKLRNQ
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KSD MAFSLFHRISKSATRQKTQLASLPQIIEEEKTCKYCSQIGNCALYSRAVEQQMDCSSVPI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 MAFSLFHRISKSATRQKTQLASLPQIIEEEKTCKYCSQIGNCALYSRAVEQQMDCSSVPI
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KSD VMLPKIEEETQHLKQTHLEYFSLWCLMLTLESQSKDNKKNHQNIWLMPASEMEKSGSCIG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 VMLPKIEEETQHLKQTHLEYFSLWCLMLTLESQSKDNKKNHQNIWLMPASEMEKSGSCIG
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KSD NLIRMEHVKIVCDGQYLHNFQCKHGAIPVTNLMAGDRVIVSGEERSLFALSRGYVKEINM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 NLIRMEHVKIVCDGQYLHNFQCKHGAIPVTNLMAGDRVIVSGEERSLFALSRGYVKEINM
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KSD TTVTCLLDRNLSVLPESTLFRLDQEEKNCDIDTPLGNLSKLMENTFVSKKLRDLIIDFRE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 TTVTCLLDRNLSVLPESTLFRLDQEEKNCDIDTPLGNLSKLMENTFVSKKLRDLIIDFRE
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KSD PQFISYLSSVLPHDAKDTVACILKGLNKPQRQAMKKVLLSKDYTLIVGMPGTGKTTTICT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 PQFISYLSSVLPHDAKDTVACILKGLNKPQRQAMKKVLLSKDYTLIVGMPGTGKTTTICT
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KSD LVRILYACGFSVLLTSYTHSAVDNILLKLAKFKIGFLRLGQIQKVHPAIQQFTEQEICRS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 LVRILYACGFSVLLTSYTHSAVDNILLKLAKFKIGFLRLGQIQKVHPAIQQFTEQEICRS
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KSD KSIKSLALLEELYNSQLIVATTCMGINHPIFSRKIFDFCIVDEASQISQPICLGPLFFSR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 KSIKSLALLEELYNSQLIVATTCMGINHPIFSRKIFDFCIVDEASQISQPICLGPLFFSR
730 740 750 760 770 780
790 800 810 820 830 840
pF1KSD RFVLVGDHQQLPPLVLNREARALGMSESLFKRLEQNKSAVVQLTVQYRMNSKIMSLSNKL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 RFVLVGDHQQLPPLVLNREARALGMSESLFKRLEQNKSAVVQLTVQYRMNSKIMSLSNKL
790 800 810 820 830 840
850 860 870 880 890 900
pF1KSD TYEGKLECGSDKVANAVINLRHFKDVKLELEFYADYSDNPWLMGVFEPNNPVCFLNTDKV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 TYEGKLECGSDKVANAVINLRHFKDVKLELEFYADYSDNPWLMGVFEPNNPVCFLNTDKV
850 860 870 880 890 900
910 920 930 940 950 960
pF1KSD PAPEQVEKGGVSNVTEAKLIVFLTSIFVKAGCSPSDIGIIAPYRQQLKIINDLLARSIGM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 PAPEQVEKGGVSNVTEAKLIVFLTSIFVKAGCSPSDIGIIAPYRQQLKIINDLLARSIGM
910 920 930 940 950 960
970 980 990 1000 1010 1020
pF1KSD VEVNTVDKYQGRDKSIVLVSFVRSNKDGTVGELLKDWRRLNVAITRAKHKLILLGCVPSL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 VEVNTVDKYQGRDKSIVLVSFVRSNKDGTVGELLKDWRRLNVAITRAKHKLILLGCVPSL
970 980 990 1000 1010 1020
1030 1040 1050 1060
pF1KSD NCYPPLEKLLNHLNSEKLIIDLPSREHESLCHILGDFQRE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 NCYPPLEKLLNHLNSEKLIIDLPSREHESLCHILGDFQRE
1030 1040 1050 1060
>>CCDS14084.1 MOV10L1 gene_id:54456|Hs108|chr22 (1211 aa)
initn: 269 init1: 90 opt: 380 Z-score: 439.5 bits: 93.2 E(32554): 3.7e-18
Smith-Waterman score: 409; 29.3% identity (57.6% similar) in 460 aa overlap (626-1043:745-1177)
600 610 620 630 640 650
pF1KSD IDFREPQFISYLSSVLPHDAKDTVACILKGLNKPQRQAMKKVLLSKDYT----LIVGMPG
::. :. :.:..: : : .. : ::
CCDS14 VLAPFTAEMSDWVDEIQTPKARKMEFFNPVLNENQKLAVKRIL-SGDCRPLPYILFGPPG
720 730 740 750 760 770
660 670 680 690 700
pF1KSD TGKTTTICTLV-RILYACGFS-VLLTSYTHSAVDNILLKLAKFKIGFLRLGQIQKVHPAI
::::.:: : .. .: : .:. . ..::.: . :.: . :. :. . . .:. :
CCDS14 TGKTVTIIEAVLQVHFALPDSRILVCAPSNSAADLVCLRLHESKV--LQPATMVRVN-AT
780 790 800 810 820 830
710 720 730 740 750 760
pF1KSD QQFTEQEICRSKSIKSLALLEELYNSQL--IVATTCM--GINHPIFSR-KIFDFCIVDEA
.: : : : . :...... :. ::: :. . : : : .::::
CCDS14 CRFEEIVIDAVKPYCRDG--EDIWKASRFRIIITTCSSSGLFYQIGVRVGHFTHVFVDEA
840 850 860 870 880
770 780 790 800 810
pF1KSD SQISQPICLGPLFF----SRRFVLVGDHQQLPPLVLNREARALGMSESLFKRL------E
.: :.: :: :: . : ..::.:: .:: :.. .: : : :.. :...:: .
CCDS14 GQASEPECLIPLGLMSDISGQIVLAGDPMQLGPVIKSRLAMAYGLNVSFLERLMSRPAYQ
890 900 910 920 930 940
820 830 840 850 860
pF1KSD QNKSA-----------VVQLTVQYRMNSKIMSLSNKLTYEGKLE-CGSDKVANAVINLRH
....: :..:. .:: . .. : ..: :. .:: :.. :...... ..
CCDS14 RDENAFGACGAHNPLLVTKLVKNYRSHEALLMLPSRLFYHRELEVCADPTVVTSLLGWEK
950 960 970 980 990 1000
870 880 890 900 910 920
pF1KSD FKDVKLELEFYADYSDNPWLMGVFEPNNPVCFLNTDKVPAPEQVEKGGVSNVTEAKLIVF
. . : :.. ... . : ..: : .. : :: .
CCDS14 LPKKGFPLIFHGVRGSE-----AREGKSPSWFNPAEAV----QVLR-----------YCC
1010 1020 1030 1040
930 940 950 960 970 980
pF1KSD LTSIFVKAGCSPSDIGIIAPYRQQLKIINDLLARSIGM--VEVNTVDKYQGRDKSIVLVS
: . ... : ::::.:.:::.:.. : :: :.. . ..:..:...::.. ....:
CCDS14 LLAHSISSQVSASDIGVITPYRKQVEKIRILL-RNVDLMDIKVGSVEEFQGQEYLVIIIS
1050 1060 1070 1080 1090 1100
990 1000 1010 1020 1030
pF1KSD FVRSNKDGTVGE-----LLKDWRRLNVAITRAKHKLILLGCVPSLNCYPPLEKLLNH--L
::::.: . .:.. .:.:::::: : ::.:: : : . ::..
CCDS14 TVRSNEDRFEDDRYFLGFLSNSKRFNVAITRPKALLIVLGNPHVLVRDPCFGALLEYSIT
1110 1120 1130 1140 1150 1160
1040 1050 1060
pF1KSD NSEKLIIDLPSREHESLCHILGDFQRE
:. . :::
CCDS14 NGVYMGCDLPPALQSLQNCGEGVADPSYPVVPESTGPEKHQEPS
1170 1180 1190 1200 1210
>>CCDS54542.1 MOV10L1 gene_id:54456|Hs108|chr22 (1165 aa)
initn: 269 init1: 90 opt: 372 Z-score: 430.3 bits: 91.4 E(32554): 1.2e-17
Smith-Waterman score: 401; 29.5% identity (58.6% similar) in 430 aa overlap (626-1015:725-1127)
600 610 620 630 640 650
pF1KSD IDFREPQFISYLSSVLPHDAKDTVACILKGLNKPQRQAMKKVLLSKDYT----LIVGMPG
::. :. :.:..: : : .. : ::
CCDS54 VLAPFTAEMSDWVDEIQTPKARKMEFFNPVLNENQKLAVKRIL-SGDCRPLPYILFGPPG
700 710 720 730 740 750
660 670 680 690 700
pF1KSD TGKTTTICTLV-RILYACGFS-VLLTSYTHSAVDNILLKLAKFKIGFLRLGQIQKVHPAI
::::.:: : .. .: : .:. . ..::.: . :.: . :. :. . . .:. :
CCDS54 TGKTVTIIEAVLQVHFALPDSRILVCAPSNSAADLVCLRLHESKV--LQPATMVRVN-AT
760 770 780 790 800 810
710 720 730 740 750 760
pF1KSD QQFTEQEICRSKSIKSLALLEELYNSQL--IVATTCM--GINHPIFSR-KIFDFCIVDEA
.: : : : . :...... :. ::: :. . : : : .::::
CCDS54 CRFEEIVIDAVKPYCRDG--EDIWKASRFRIIITTCSSSGLFYQIGVRVGHFTHVFVDEA
820 830 840 850 860
770 780 790 800 810
pF1KSD SQISQPICLGPLFF----SRRFVLVGDHQQLPPLVLNREARALGMSESLFKRL------E
.: :.: :: :: . : ..::.:: .:: :.. .: : : :.. :...:: .
CCDS54 GQASEPECLIPLGLMSDISGQIVLAGDPMQLGPVIKSRLAMAYGLNVSFLERLMSRPAYQ
870 880 890 900 910 920
820 830 840 850 860
pF1KSD QNKSA-----------VVQLTVQYRMNSKIMSLSNKLTYEGKLE-CGSDKVANAVINLRH
....: :..:. .:: . .. : ..: :. .:: :.. :...... ..
CCDS54 RDENAFGACGAHNPLLVTKLVKNYRSHEALLMLPSRLFYHRELEVCADPTVVTSLLGWEK
930 940 950 960 970 980
870 880 890 900 910 920
pF1KSD FKDVKLELEFYADYSDNPWLMGVFEPNNPVCFLNTDKVPAPEQVEKGGVSNVTEAKLIVF
. . : :.. ... . : ..: : .. : :: .
CCDS54 LPKKGFPLIFHGVRGSE-----AREGKSPSWFNPAEAV----QVLR-----------YCC
990 1000 1010 1020
930 940 950 960 970 980
pF1KSD LTSIFVKAGCSPSDIGIIAPYRQQLKIINDLLARSIGM--VEVNTVDKYQGRDKSIVLVS
: . ... : ::::.:.:::.:.. : :: :.. . ..:..:...::.. ....:
CCDS54 LLAHSISSQVSASDIGVITPYRKQVEKIRILL-RNVDLMDIKVGSVEEFQGQEYLVIIIS
1030 1040 1050 1060 1070 1080
990 1000 1010 1020 1030
pF1KSD FVRSNKDGTVGE-----LLKDWRRLNVAITRAKHKLILLGCVPSLNCYPPLEKLLNHLNS
::::.: . .:.. .:.:::::: : ::.::
CCDS54 TVRSNEDRFEDDRYFLGFLSNSKRFNVAITRPKALLIVLGNPHVLVRLWRGGGRPLLPSG
1090 1100 1110 1120 1130 1140
1040 1050 1060
pF1KSD EKLIIDLPSREHESLCHILGDFQRE
CCDS54 ARIHRTREASGAQLICSG
1150 1160
>>CCDS54543.1 MOV10L1 gene_id:54456|Hs108|chr22 (338 aa)
initn: 296 init1: 90 opt: 310 Z-score: 365.7 bits: 77.7 E(32554): 4.8e-14
Smith-Waterman score: 324; 29.2% identity (58.3% similar) in 319 aa overlap (756-1043:7-304)
730 740 750 760 770 780
pF1KSD LALLEELYNSQLIVATTCMGINHPIFSRKIFDFCIVDEASQISQPICLGPLFF----SRR
: .::::.: :.: :: :: . : .
CCDS54 MFRVGHFTHVFVDEAGQASEPECLIPLGLMSDISGQ
10 20 30
790 800 810 820
pF1KSD FVLVGDHQQLPPLVLNREARALGMSESLFKRL------EQNKSA-----------VVQLT
.::.:: .:: :.. .: : : :.. :...:: .....: :..:.
CCDS54 IVLAGDPMQLGPVIKSRLAMAYGLNVSFLERLMSRPAYQRDENAFGACGAHNPLLVTKLV
40 50 60 70 80 90
830 840 850 860 870 880
pF1KSD VQYRMNSKIMSLSNKLTYEGKLE-CGSDKVANAVINLRHFKDVKLELEFYADYSDNPWLM
.:: . .. : ..: :. .:: :.. :...... ... . : :.. ...
CCDS54 KNYRSHEALLMLPSRLFYHRELEVCADPTVVTSLLGWEKLPKKGFPLIFHGVRGSE----
100 110 120 130 140 150
890 900 910 920 930 940
pF1KSD GVFEPNNPVCFLNTDKVPAPEQVEKGGVSNVTEAKLIVFLTSIFVKAGCSPSDIGIIAPY
. : ..: : .. : :: . : . ... : ::::.:.::
CCDS54 -AREGKSPSWFNPAEAV----QVLR-----------YCCLLAHSISSQVSASDIGVITPY
160 170 180 190
950 960 970 980 990
pF1KSD RQQLKIINDLLARSIGM--VEVNTVDKYQGRDKSIVLVSFVRSNKDGTVGE-----LLKD
:.:.. : :: :.. . ..:..:...::.. ....: ::::.: . .:..
CCDS54 RKQVEKIRILL-RNVDLMDIKVGSVEEFQGQEYLVIIISTVRSNEDRFEDDRYFLGFLSN
200 210 220 230 240 250
1000 1010 1020 1030 1040 1050
pF1KSD WRRLNVAITRAKHKLILLGCVPSLNCYPPLEKLLNH--LNSEKLIIDLPSREHESLCHIL
.:.:::::: : ::.:: : : . ::.. :. . :::
CCDS54 SKRFNVAITRPKALLIVLGNPHVLVRDPCFGALLEYSITNGVYMGCDLPPALQSLQNCGE
260 270 280 290 300 310
1060
pF1KSD GDFQRE
CCDS54 GVADPSYPVVPESTGPEKHQEPS
320 330
>>CCDS12386.1 UPF1 gene_id:5976|Hs108|chr19 (1118 aa)
initn: 505 init1: 182 opt: 299 Z-score: 344.8 bits: 75.6 E(32554): 7e-13
Smith-Waterman score: 616; 29.9% identity (59.5% similar) in 538 aa overlap (556-1050:416-910)
530 540 550 560 570 580
pF1KSD SLFALSRGYVKEINMTTVTCLLDRNLSVLPESTLF-RLDQEEKNCDIDTPLGNLSKLMEN
.:: : :... :. .: ..: . .
CCDS12 NYGDEIAIELRSSVGAPVEVTHNFQVDFVWKSTSFDRMQSALKTFAVDET--SVSGYIYH
390 400 410 420 430 440
590 600 610 620 630 640
pF1KSD TFVSKKLRDLIIDFREPQFISYLSSVLPHDAKDTVACILKGLNKPQRQAMKKVLLSKDYT
.......:.:: . :. . .. :: ::. : :.: :: .. .
CCDS12 KLLGHEVEDVIIKCQLPK--RFTAQGLPD------------LNHSQVYAVKTVL-QRPLS
450 460 470 480
650 660 670 680 690
pF1KSD LIVGMPGTGKTTTICTLVRILYACGFS-VLLTSYTHSAVDNILLKL-----------AKF
:: : ::::::.: :.: : : . ::. . .. :::.. :. ::
CCDS12 LIQGPPGTGKTVTSATIVYHLARQGNGPVLVCAPSNIAVDQLTEKIHQTGLKVVRLCAKS
490 500 510 520 530 540
700 710 720 730
pF1KSD K------IGFLRL-GQIQKVH--PAIQQFTEQ-----EIC-----RSKSIKSLALLEELY
. ..:: : .::... : .:.. . :. : ...: : : :.
CCDS12 REAIDSPVSFLALHNQIRNMDSMPELQKLQQLKDETGELSSADEKRYRALKRTAERELLM
550 560 570 580 590 600
740 750 760 770 780 790
pF1KSD NSQLIVATTCMGINHPIFSRKIFDFCIVDEASQISQPICLGPLFF-SRRFVLVGDHQQLP
:.. .. ::.: . : ... : ..::..: ..: :. :. . .....::::: ::
CCDS12 NAD-VICCTCVGAGDPRLAKMQFRSILIDESTQATEPECMVPVVLGAKQLILVGDHCQLG
610 620 630 640 650 660
800 810 820 830 840 850
pF1KSD PLVLNREARALGMSESLFKRLEQNKSAVVQLTVQYRMNSKIMSLSNKLTYEGKLECGSDK
:.:. ..: :.:.:::.:: ..: :::::. . .. ... :::.:. :
CCDS12 PVVMCKKAAKAGLSQSLFERLVVLGIRPIRLQVQYRMHPALSAFPSNIFYEGSLQNG---
670 680 690 700 710 720
860 870 880 890 900 910
pF1KSD VANAVINLRHFKDVKLELEFYADYSDNPWLMGVFEPNNPVCFLNTDKVPAPEQVEKGGVS
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CCDS12 VTAA-------DRVKKGFDF-------QWP----QPDKPMFFYVTQ---GQEEIASSGTS
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