Result of FASTA (omim) for
pF1KE5788
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE5788, 780 aa
1>>>pF1KE5788 780 - 780 aa - 780 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
64369986 residues in 92320 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.3018+/-0.000535; mu= 15.8623+/- 0.033
mean_var=91.5720+/-17.871, 0's: 0 Z-trim(108.1): 91 B-trim: 33 in 1/52
Lambda= 0.134027
statistics sampled from 16784 (16842) to 16784 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.522), E-opt: 0.2 (0.182), width: 16
Scan time: 5.430
The best scores are: opt bits E(92320)
NP_003469 (OMIM: 601741) cullin-5 [Homo sapiens] ( 780) 5062 990.1 0
XP_016873852 (OMIM: 601741) cullin-5 isoform X1 [H ( 742) 4660 912.4 0
XP_005271739 (OMIM: 601741) cullin-5 isoform X2 [H ( 721) 4141 812.0 0
XP_016873853 (OMIM: 601741) cullin-5 isoform X3 [H ( 519) 3331 655.3 2e-187
XP_016873854 (OMIM: 601741) cullin-5 isoform X3 [H ( 519) 3331 655.3 2e-187
XP_011541315 (OMIM: 601741) cullin-5 isoform X4 [H ( 396) 2436 482.2 2e-135
NP_001311305 (OMIM: 603135) cullin-2 isoform e [Ho ( 614) 539 115.5 7.6e-25
NP_001311304 (OMIM: 603135) cullin-2 isoform d [Ho ( 682) 539 115.5 8.3e-25
NP_001185706 (OMIM: 603135) cullin-2 isoform c [Ho ( 745) 539 115.5 8.9e-25
NP_003582 (OMIM: 603135) cullin-2 isoform c [Homo ( 745) 539 115.5 8.9e-25
XP_011518049 (OMIM: 603135) cullin-2 isoform X2 [H ( 745) 539 115.5 8.9e-25
NP_001185708 (OMIM: 603135) cullin-2 isoform b [Ho ( 758) 539 115.5 9.1e-25
NP_001185707 (OMIM: 603135) cullin-2 isoform a [Ho ( 764) 539 115.5 9.1e-25
XP_011518046 (OMIM: 603135) cullin-2 isoform X1 [H ( 808) 539 115.5 9.6e-25
XP_011518045 (OMIM: 603135) cullin-2 isoform X1 [H ( 808) 539 115.5 9.6e-25
XP_011518047 (OMIM: 603135) cullin-2 isoform X1 [H ( 808) 539 115.5 9.6e-25
NP_001357593 (OMIM: 603134) cullin-1 [Homo sapiens ( 776) 521 112.1 1e-23
NP_001357589 (OMIM: 603134) cullin-1 [Homo sapiens ( 776) 521 112.1 1e-23
NP_003583 (OMIM: 603134) cullin-1 [Homo sapiens] ( 776) 521 112.1 1e-23
NP_001357591 (OMIM: 603134) cullin-1 [Homo sapiens ( 776) 521 112.1 1e-23
NP_001357590 (OMIM: 603134) cullin-1 [Homo sapiens ( 776) 521 112.1 1e-23
NP_001357592 (OMIM: 603134) cullin-1 [Homo sapiens ( 776) 521 112.1 1e-23
NP_001341870 (OMIM: 603137) cullin-4A isoform 4 [H ( 614) 441 96.5 3.8e-19
NP_001341871 (OMIM: 603137) cullin-4A isoform 4 [H ( 614) 441 96.5 3.8e-19
NP_001341867 (OMIM: 603137) cullin-4A isoform 2 [H ( 659) 441 96.6 4.1e-19
XP_011535825 (OMIM: 603137) cullin-4A isoform X1 [ ( 659) 441 96.6 4.1e-19
NP_001341868 (OMIM: 603137) cullin-4A isoform 2 [H ( 659) 441 96.6 4.1e-19
NP_001341869 (OMIM: 603137) cullin-4A isoform 2 [H ( 659) 441 96.6 4.1e-19
NP_001265442 (OMIM: 603137) cullin-4A isoform 2 [H ( 659) 441 96.6 4.1e-19
NP_003580 (OMIM: 603137) cullin-4A isoform 2 [Homo ( 659) 441 96.6 4.1e-19
NP_001265443 (OMIM: 603137) cullin-4A isoform 3 [H ( 667) 441 96.6 4.1e-19
NP_001008895 (OMIM: 603137) cullin-4A isoform 1 [H ( 759) 441 96.6 4.6e-19
NP_001244126 (OMIM: 603136,614496) cullin-3 isofor ( 702) 324 73.9 2.8e-12
XP_011510298 (OMIM: 603136,614496) cullin-3 isofor ( 704) 324 73.9 2.8e-12
XP_011510296 (OMIM: 603136,614496) cullin-3 isofor ( 719) 324 74.0 2.8e-12
XP_011510297 (OMIM: 603136,614496) cullin-3 isofor ( 754) 324 74.0 3e-12
XP_006712863 (OMIM: 603136,614496) cullin-3 isofor ( 757) 324 74.0 3e-12
NP_003581 (OMIM: 603136,614496) cullin-3 isoform 1 ( 768) 324 74.0 3e-12
NP_001244127 (OMIM: 603136,614496) cullin-3 isofor ( 774) 324 74.0 3e-12
NP_001356074 (OMIM: 300304,300354) cullin-4B isofo ( 717) 288 67.0 3.5e-10
NP_001073341 (OMIM: 300304,300354) cullin-4B isofo ( 895) 288 67.0 4.3e-10
NP_001317553 (OMIM: 300304,300354) cullin-4B isofo ( 900) 288 67.0 4.3e-10
NP_003579 (OMIM: 300304,300354) cullin-4B isoform ( 913) 288 67.0 4.3e-10
>>NP_003469 (OMIM: 601741) cullin-5 [Homo sapiens] (780 aa)
initn: 5062 init1: 5062 opt: 5062 Z-score: 5292.7 bits: 990.1 E(92320): 0
Smith-Waterman score: 5062; 100.0% identity (100.0% similar) in 780 aa overlap (1-780:1-780)
10 20 30 40 50 60
pF1KE5 MATSNLLKNKGSLQFEDKWDFMRPIVLKLLRQESVTKQQWFDLFSDVHAVCLWDDKGPAK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 MATSNLLKNKGSLQFEDKWDFMRPIVLKLLRQESVTKQQWFDLFSDVHAVCLWDDKGPAK
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE5 IHQALKEDILEFIKQAQARVLSHQDDTALLKAYIVEWRKFFTQCDILPKPFCQLEITLMG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 IHQALKEDILEFIKQAQARVLSHQDDTALLKAYIVEWRKFFTQCDILPKPFCQLEITLMG
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE5 KQGSNKKSNVEDSIVRKLMLDTWNESIFSNIKNRLQDSAMKLVHAERLGEAFDSQLVIGV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 KQGSNKKSNVEDSIVRKLMLDTWNESIFSNIKNRLQDSAMKLVHAERLGEAFDSQLVIGV
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE5 RESYVNLCSNPEDKLQIYRDNFEKAYLDSTERFYRTQAPSYLQQNGVQNYMKYADAKLKE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 RESYVNLCSNPEDKLQIYRDNFEKAYLDSTERFYRTQAPSYLQQNGVQNYMKYADAKLKE
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE5 EEKRALRYLETRRECNSVEALMECCVNALVTSFKETILAECQGMIKRNETEKLHLMFSLM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 EEKRALRYLETRRECNSVEALMECCVNALVTSFKETILAECQGMIKRNETEKLHLMFSLM
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE5 DKVPNGIEPMLKDLEEHIISAGLADMVAAAETITTDSEKYVEQLLTLFNRFSKLVKEAFQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 DKVPNGIEPMLKDLEEHIISAGLADMVAAAETITTDSEKYVEQLLTLFNRFSKLVKEAFQ
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KE5 DDPRFLTARDKAYKAVVNDATIFKLELPLKQKGVGLKTQPESKCPELLANYCDMLLRKTP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 DDPRFLTARDKAYKAVVNDATIFKLELPLKQKGVGLKTQPESKCPELLANYCDMLLRKTP
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KE5 LSKKLTSEEIEAKLKEVLLVLKYVQNKDVFMRYHKAHLTRRLILDISADSEIEENMVEWL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 LSKKLTSEEIEAKLKEVLLVLKYVQNKDVFMRYHKAHLTRRLILDISADSEIEENMVEWL
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KE5 REVGMPADYVNKLARMFQDIKVSEDLNQAFKEMHKNNKLALPADSVNIKILNAGAWSRSS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 REVGMPADYVNKLARMFQDIKVSEDLNQAFKEMHKNNKLALPADSVNIKILNAGAWSRSS
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KE5 EKVFVSLPTELEDLIPEVEEFYKKNHSGRKLHWHHLMSNGIITFKNEVGQYDLEVTTFQL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 EKVFVSLPTELEDLIPEVEEFYKKNHSGRKLHWHHLMSNGIITFKNEVGQYDLEVTTFQL
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KE5 AVLFAWNQRPREKISFENLKLATELPDAELRRTLWSLVAFPKLKRQVLLYEPQVNSPKDF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 AVLFAWNQRPREKISFENLKLATELPDAELRRTLWSLVAFPKLKRQVLLYEPQVNSPKDF
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KE5 TEGTLFSVNQEFSLIKNAKVQKRGKINLIGRLQLTTERMREEENEGIVQLRILRTQEAII
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 TEGTLFSVNQEFSLIKNAKVQKRGKINLIGRLQLTTERMREEENEGIVQLRILRTQEAII
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KE5 QIMKMRKKISNAQLQTELVEILKNMFLPQKKMIKEQIEWLIEHKYIRRDESDINTFIYMA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 QIMKMRKKISNAQLQTELVEILKNMFLPQKKMIKEQIEWLIEHKYIRRDESDINTFIYMA
730 740 750 760 770 780
>>XP_016873852 (OMIM: 601741) cullin-5 isoform X1 [Homo (742 aa)
initn: 4657 init1: 4657 opt: 4660 Z-score: 4872.9 bits: 912.4 E(92320): 0
Smith-Waterman score: 4660; 99.7% identity (99.7% similar) in 721 aa overlap (1-721:1-719)
10 20 30 40 50 60
pF1KE5 MATSNLLKNKGSLQFEDKWDFMRPIVLKLLRQESVTKQQWFDLFSDVHAVCLWDDKGPAK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 MATSNLLKNKGSLQFEDKWDFMRPIVLKLLRQESVTKQQWFDLFSDVHAVCLWDDKGPAK
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE5 IHQALKEDILEFIKQAQARVLSHQDDTALLKAYIVEWRKFFTQCDILPKPFCQLEITLMG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 IHQALKEDILEFIKQAQARVLSHQDDTALLKAYIVEWRKFFTQCDILPKPFCQLEITLMG
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE5 KQGSNKKSNVEDSIVRKLMLDTWNESIFSNIKNRLQDSAMKLVHAERLGEAFDSQLVIGV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 KQGSNKKSNVEDSIVRKLMLDTWNESIFSNIKNRLQDSAMKLVHAERLGEAFDSQLVIGV
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE5 RESYVNLCSNPEDKLQIYRDNFEKAYLDSTERFYRTQAPSYLQQNGVQNYMKYADAKLKE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 RESYVNLCSNPEDKLQIYRDNFEKAYLDSTERFYRTQAPSYLQQNGVQNYMKYADAKLKE
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE5 EEKRALRYLETRRECNSVEALMECCVNALVTSFKETILAECQGMIKRNETEKLHLMFSLM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 EEKRALRYLETRRECNSVEALMECCVNALVTSFKETILAECQGMIKRNETEKLHLMFSLM
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE5 DKVPNGIEPMLKDLEEHIISAGLADMVAAAETITTDSEKYVEQLLTLFNRFSKLVKEAFQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 DKVPNGIEPMLKDLEEHIISAGLADMVAAAETITTDSEKYVEQLLTLFNRFSKLVKEAFQ
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KE5 DDPRFLTARDKAYKAVVNDATIFKLELPLKQKGVGLKTQPESKCPELLANYCDMLLRKTP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 DDPRFLTARDKAYKAVVNDATIFKLELPLKQKGVGLKTQPESKCPELLANYCDMLLRKTP
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KE5 LSKKLTSEEIEAKLKEVLLVLKYVQNKDVFMRYHKAHLTRRLILDISADSEIEENMVEWL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 LSKKLTSEEIEAKLKEVLLVLKYVQNKDVFMRYHKAHLTRRLILDISADSEIEENMVEWL
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KE5 REVGMPADYVNKLARMFQDIKVSEDLNQAFKEMHKNNKLALPADSVNIKILNAGAWSRSS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 REVGMPADYVNKLARMFQDIKVSEDLNQAFKEMHKNNKLALPADSVNIKILNAGAWSRSS
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KE5 EKVFVSLPTELEDLIPEVEEFYKKNHSGRKLHWHHLMSNGIITFKNEVGQYDLEVTTFQL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 EKVFVSLPTELEDLIPEVEEFYKKNHSGRKLHWHHLMSNGIITFKNEVGQYDLEVTTFQL
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KE5 AVLFAWNQRPREKISFENLKLATELPDAELRRTLWSLVAFPKLKRQVLLYEPQVNSPKDF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 AVLFAWNQRPREKISFENLKLATELPDAELRRTLWSLVAFPKLKRQVLLYEPQVNSPKDF
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KE5 TEGTLFSVNQEFSLIKNAKVQKRGKINLIGRLQLTTERMREEENEGIVQLRILRTQEAII
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: ::
XP_016 TEGTLFSVNQEFSLIKNAKVQKRGKINLIGRLQLTTERMREEENEGIVQLRILRTQ--II
670 680 690 700 710
730 740 750 760 770 780
pF1KE5 QIMKMRKKISNAQLQTELVEILKNMFLPQKKMIKEQIEWLIEHKYIRRDESDINTFIYMA
:
XP_016 QHWRICLSQYKNAKGGNRKNCRPF
720 730 740
>>XP_005271739 (OMIM: 601741) cullin-5 isoform X2 [Homo (721 aa)
initn: 4137 init1: 4137 opt: 4141 Z-score: 4330.7 bits: 812.0 E(92320): 0
Smith-Waterman score: 4538; 92.4% identity (92.4% similar) in 780 aa overlap (1-780:1-721)
10 20 30 40 50 60
pF1KE5 MATSNLLKNKGSLQFEDKWDFMRPIVLKLLRQESVTKQQWFDLFSDVHAVCLWDDKGPAK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 MATSNLLKNKGSLQFEDKWDFMRPIVLKLLRQESVTKQQWFDLFSDVHAVCLWDDKGPAK
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE5 IHQALKEDILEFIKQAQARVLSHQDDTALLKAYIVEWRKFFTQCDILPKPFCQLEITLMG
::::::::::::::::::
XP_005 IHQALKEDILEFIKQAQA------------------------------------------
70
130 140 150 160 170 180
pF1KE5 KQGSNKKSNVEDSIVRKLMLDTWNESIFSNIKNRLQDSAMKLVHAERLGEAFDSQLVIGV
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 -----------------LMLDTWNESIFSNIKNRLQDSAMKLVHAERLGEAFDSQLVIGV
80 90 100 110 120
190 200 210 220 230 240
pF1KE5 RESYVNLCSNPEDKLQIYRDNFEKAYLDSTERFYRTQAPSYLQQNGVQNYMKYADAKLKE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 RESYVNLCSNPEDKLQIYRDNFEKAYLDSTERFYRTQAPSYLQQNGVQNYMKYADAKLKE
130 140 150 160 170 180
250 260 270 280 290 300
pF1KE5 EEKRALRYLETRRECNSVEALMECCVNALVTSFKETILAECQGMIKRNETEKLHLMFSLM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 EEKRALRYLETRRECNSVEALMECCVNALVTSFKETILAECQGMIKRNETEKLHLMFSLM
190 200 210 220 230 240
310 320 330 340 350 360
pF1KE5 DKVPNGIEPMLKDLEEHIISAGLADMVAAAETITTDSEKYVEQLLTLFNRFSKLVKEAFQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 DKVPNGIEPMLKDLEEHIISAGLADMVAAAETITTDSEKYVEQLLTLFNRFSKLVKEAFQ
250 260 270 280 290 300
370 380 390 400 410 420
pF1KE5 DDPRFLTARDKAYKAVVNDATIFKLELPLKQKGVGLKTQPESKCPELLANYCDMLLRKTP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 DDPRFLTARDKAYKAVVNDATIFKLELPLKQKGVGLKTQPESKCPELLANYCDMLLRKTP
310 320 330 340 350 360
430 440 450 460 470 480
pF1KE5 LSKKLTSEEIEAKLKEVLLVLKYVQNKDVFMRYHKAHLTRRLILDISADSEIEENMVEWL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 LSKKLTSEEIEAKLKEVLLVLKYVQNKDVFMRYHKAHLTRRLILDISADSEIEENMVEWL
370 380 390 400 410 420
490 500 510 520 530 540
pF1KE5 REVGMPADYVNKLARMFQDIKVSEDLNQAFKEMHKNNKLALPADSVNIKILNAGAWSRSS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 REVGMPADYVNKLARMFQDIKVSEDLNQAFKEMHKNNKLALPADSVNIKILNAGAWSRSS
430 440 450 460 470 480
550 560 570 580 590 600
pF1KE5 EKVFVSLPTELEDLIPEVEEFYKKNHSGRKLHWHHLMSNGIITFKNEVGQYDLEVTTFQL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 EKVFVSLPTELEDLIPEVEEFYKKNHSGRKLHWHHLMSNGIITFKNEVGQYDLEVTTFQL
490 500 510 520 530 540
610 620 630 640 650 660
pF1KE5 AVLFAWNQRPREKISFENLKLATELPDAELRRTLWSLVAFPKLKRQVLLYEPQVNSPKDF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 AVLFAWNQRPREKISFENLKLATELPDAELRRTLWSLVAFPKLKRQVLLYEPQVNSPKDF
550 560 570 580 590 600
670 680 690 700 710 720
pF1KE5 TEGTLFSVNQEFSLIKNAKVQKRGKINLIGRLQLTTERMREEENEGIVQLRILRTQEAII
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 TEGTLFSVNQEFSLIKNAKVQKRGKINLIGRLQLTTERMREEENEGIVQLRILRTQEAII
610 620 630 640 650 660
730 740 750 760 770 780
pF1KE5 QIMKMRKKISNAQLQTELVEILKNMFLPQKKMIKEQIEWLIEHKYIRRDESDINTFIYMA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 QIMKMRKKISNAQLQTELVEILKNMFLPQKKMIKEQIEWLIEHKYIRRDESDINTFIYMA
670 680 690 700 710 720
>>XP_016873853 (OMIM: 601741) cullin-5 isoform X3 [Homo (519 aa)
initn: 3331 init1: 3331 opt: 3331 Z-score: 3486.4 bits: 655.3 E(92320): 2e-187
Smith-Waterman score: 3331; 100.0% identity (100.0% similar) in 519 aa overlap (262-780:1-519)
240 250 260 270 280 290
pF1KE5 KYADAKLKEEEKRALRYLETRRECNSVEALMECCVNALVTSFKETILAECQGMIKRNETE
::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 MECCVNALVTSFKETILAECQGMIKRNETE
10 20 30
300 310 320 330 340 350
pF1KE5 KLHLMFSLMDKVPNGIEPMLKDLEEHIISAGLADMVAAAETITTDSEKYVEQLLTLFNRF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 KLHLMFSLMDKVPNGIEPMLKDLEEHIISAGLADMVAAAETITTDSEKYVEQLLTLFNRF
40 50 60 70 80 90
360 370 380 390 400 410
pF1KE5 SKLVKEAFQDDPRFLTARDKAYKAVVNDATIFKLELPLKQKGVGLKTQPESKCPELLANY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 SKLVKEAFQDDPRFLTARDKAYKAVVNDATIFKLELPLKQKGVGLKTQPESKCPELLANY
100 110 120 130 140 150
420 430 440 450 460 470
pF1KE5 CDMLLRKTPLSKKLTSEEIEAKLKEVLLVLKYVQNKDVFMRYHKAHLTRRLILDISADSE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 CDMLLRKTPLSKKLTSEEIEAKLKEVLLVLKYVQNKDVFMRYHKAHLTRRLILDISADSE
160 170 180 190 200 210
480 490 500 510 520 530
pF1KE5 IEENMVEWLREVGMPADYVNKLARMFQDIKVSEDLNQAFKEMHKNNKLALPADSVNIKIL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 IEENMVEWLREVGMPADYVNKLARMFQDIKVSEDLNQAFKEMHKNNKLALPADSVNIKIL
220 230 240 250 260 270
540 550 560 570 580 590
pF1KE5 NAGAWSRSSEKVFVSLPTELEDLIPEVEEFYKKNHSGRKLHWHHLMSNGIITFKNEVGQY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 NAGAWSRSSEKVFVSLPTELEDLIPEVEEFYKKNHSGRKLHWHHLMSNGIITFKNEVGQY
280 290 300 310 320 330
600 610 620 630 640 650
pF1KE5 DLEVTTFQLAVLFAWNQRPREKISFENLKLATELPDAELRRTLWSLVAFPKLKRQVLLYE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 DLEVTTFQLAVLFAWNQRPREKISFENLKLATELPDAELRRTLWSLVAFPKLKRQVLLYE
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pF1KE5 PQVNSPKDFTEGTLFSVNQEFSLIKNAKVQKRGKINLIGRLQLTTERMREEENEGIVQLR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 PQVNSPKDFTEGTLFSVNQEFSLIKNAKVQKRGKINLIGRLQLTTERMREEENEGIVQLR
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pF1KE5 ILRTQEAIIQIMKMRKKISNAQLQTELVEILKNMFLPQKKMIKEQIEWLIEHKYIRRDES
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 ILRTQEAIIQIMKMRKKISNAQLQTELVEILKNMFLPQKKMIKEQIEWLIEHKYIRRDES
460 470 480 490 500 510
780
pF1KE5 DINTFIYMA
:::::::::
XP_016 DINTFIYMA
>>XP_016873854 (OMIM: 601741) cullin-5 isoform X3 [Homo (519 aa)
initn: 3331 init1: 3331 opt: 3331 Z-score: 3486.4 bits: 655.3 E(92320): 2e-187
Smith-Waterman score: 3331; 100.0% identity (100.0% similar) in 519 aa overlap (262-780:1-519)
240 250 260 270 280 290
pF1KE5 KYADAKLKEEEKRALRYLETRRECNSVEALMECCVNALVTSFKETILAECQGMIKRNETE
::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 MECCVNALVTSFKETILAECQGMIKRNETE
10 20 30
300 310 320 330 340 350
pF1KE5 KLHLMFSLMDKVPNGIEPMLKDLEEHIISAGLADMVAAAETITTDSEKYVEQLLTLFNRF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 KLHLMFSLMDKVPNGIEPMLKDLEEHIISAGLADMVAAAETITTDSEKYVEQLLTLFNRF
40 50 60 70 80 90
360 370 380 390 400 410
pF1KE5 SKLVKEAFQDDPRFLTARDKAYKAVVNDATIFKLELPLKQKGVGLKTQPESKCPELLANY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 SKLVKEAFQDDPRFLTARDKAYKAVVNDATIFKLELPLKQKGVGLKTQPESKCPELLANY
100 110 120 130 140 150
420 430 440 450 460 470
pF1KE5 CDMLLRKTPLSKKLTSEEIEAKLKEVLLVLKYVQNKDVFMRYHKAHLTRRLILDISADSE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 CDMLLRKTPLSKKLTSEEIEAKLKEVLLVLKYVQNKDVFMRYHKAHLTRRLILDISADSE
160 170 180 190 200 210
480 490 500 510 520 530
pF1KE5 IEENMVEWLREVGMPADYVNKLARMFQDIKVSEDLNQAFKEMHKNNKLALPADSVNIKIL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 IEENMVEWLREVGMPADYVNKLARMFQDIKVSEDLNQAFKEMHKNNKLALPADSVNIKIL
220 230 240 250 260 270
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pF1KE5 NAGAWSRSSEKVFVSLPTELEDLIPEVEEFYKKNHSGRKLHWHHLMSNGIITFKNEVGQY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 NAGAWSRSSEKVFVSLPTELEDLIPEVEEFYKKNHSGRKLHWHHLMSNGIITFKNEVGQY
280 290 300 310 320 330
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pF1KE5 DLEVTTFQLAVLFAWNQRPREKISFENLKLATELPDAELRRTLWSLVAFPKLKRQVLLYE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 DLEVTTFQLAVLFAWNQRPREKISFENLKLATELPDAELRRTLWSLVAFPKLKRQVLLYE
340 350 360 370 380 390
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pF1KE5 PQVNSPKDFTEGTLFSVNQEFSLIKNAKVQKRGKINLIGRLQLTTERMREEENEGIVQLR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 PQVNSPKDFTEGTLFSVNQEFSLIKNAKVQKRGKINLIGRLQLTTERMREEENEGIVQLR
400 410 420 430 440 450
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pF1KE5 ILRTQEAIIQIMKMRKKISNAQLQTELVEILKNMFLPQKKMIKEQIEWLIEHKYIRRDES
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 ILRTQEAIIQIMKMRKKISNAQLQTELVEILKNMFLPQKKMIKEQIEWLIEHKYIRRDES
460 470 480 490 500 510
780
pF1KE5 DINTFIYMA
:::::::::
XP_016 DINTFIYMA
>>XP_011541315 (OMIM: 601741) cullin-5 isoform X4 [Homo (396 aa)
initn: 2436 init1: 2436 opt: 2436 Z-score: 2552.9 bits: 482.2 E(92320): 2e-135
Smith-Waterman score: 2436; 100.0% identity (100.0% similar) in 371 aa overlap (1-371:1-371)
10 20 30 40 50 60
pF1KE5 MATSNLLKNKGSLQFEDKWDFMRPIVLKLLRQESVTKQQWFDLFSDVHAVCLWDDKGPAK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 MATSNLLKNKGSLQFEDKWDFMRPIVLKLLRQESVTKQQWFDLFSDVHAVCLWDDKGPAK
10 20 30 40 50 60
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pF1KE5 IHQALKEDILEFIKQAQARVLSHQDDTALLKAYIVEWRKFFTQCDILPKPFCQLEITLMG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 IHQALKEDILEFIKQAQARVLSHQDDTALLKAYIVEWRKFFTQCDILPKPFCQLEITLMG
70 80 90 100 110 120
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pF1KE5 KQGSNKKSNVEDSIVRKLMLDTWNESIFSNIKNRLQDSAMKLVHAERLGEAFDSQLVIGV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 KQGSNKKSNVEDSIVRKLMLDTWNESIFSNIKNRLQDSAMKLVHAERLGEAFDSQLVIGV
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE5 RESYVNLCSNPEDKLQIYRDNFEKAYLDSTERFYRTQAPSYLQQNGVQNYMKYADAKLKE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 RESYVNLCSNPEDKLQIYRDNFEKAYLDSTERFYRTQAPSYLQQNGVQNYMKYADAKLKE
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE5 EEKRALRYLETRRECNSVEALMECCVNALVTSFKETILAECQGMIKRNETEKLHLMFSLM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 EEKRALRYLETRRECNSVEALMECCVNALVTSFKETILAECQGMIKRNETEKLHLMFSLM
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE5 DKVPNGIEPMLKDLEEHIISAGLADMVAAAETITTDSEKYVEQLLTLFNRFSKLVKEAFQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 DKVPNGIEPMLKDLEEHIISAGLADMVAAAETITTDSEKYVEQLLTLFNRFSKLVKEAFQ
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KE5 DDPRFLTARDKAYKAVVNDATIFKLELPLKQKGVGLKTQPESKCPELLANYCDMLLRKTP
:::::::::::
XP_011 DDPRFLTARDKTQLKEYFPWSFLDVLPPSTAHHQQS
370 380 390
>>NP_001311305 (OMIM: 603135) cullin-2 isoform e [Homo s (614 aa)
initn: 811 init1: 143 opt: 539 Z-score: 567.7 bits: 115.5 E(92320): 7.6e-25
Smith-Waterman score: 958; 29.7% identity (62.7% similar) in 654 aa overlap (135-780:8-614)
110 120 130 140 150 160
pF1KE5 DILPKPFCQLEITLMGKQGSNKKSNVEDSIVRKLMLDTWNESIFSNIKNRLQDSAMKLVH
. .: :: : . . .. : .. ..
NP_001 MNEPLMEIGELALDMWRKLMVEPLQAILIRMLLREIK
10 20 30
170 180 190 200 210 220
pF1KE5 AERLGEAFDSQLVIGVRESYVNLCSNPED-KLQIYRDNFEKAYLDSTERFYRTQAPSYLQ
.: :: ..... :: .:.:.. . . :..:.. ::. .: : ..:. .: . ::
NP_001 NDRGGEDPNQKVIHGVINSFVHVEQYKKKFPLKFYQEIFESPFLTETGEYYKQEASNLLQ
40 50 60 70 80 90
230 240 250 260 270 280
pF1KE5 QNGVQNYMKYADAKLKEEEKRALRYLETRRECNSVEALMECCVNALVTSFKETILAECQG
... ..::. . ..::.:: : .::. .: ... : . .:.. . . :::..
NP_001 ESNCSQYMEKVLGRLKDEEIRCRKYLHP----SSYTKVIHECQQRMVADHLQFLHAECHN
100 110 120 130 140 150
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pF1KE5 MIKRNETEKLHLMFSLMDKVPNGIEPMLKDLEEHIISAGL-ADMVAAAETITTDSEKYVE
.:.... . . :. :. : .:. :...:..:: . :: : . :.. : .::
NP_001 IIRQEKKNDMANMYVLLRAVSTGLPHMIQELQNHIHDEGLRATSNLTQENMPT---LFVE
160 170 180 190 200 210
350 360 370 380 390 400
pF1KE5 QLLTLFNRFSKLVKEAFQDDPRFLTARDKAYKAVVNDATIFKLELPLKQKGVGLKTQPES
..: . ..: .:.. ... : .:..: ::: .::: .:.:
NP_001 SVLEVHGKFVQLINTVLNGDQHFMSALDKALTSVVN------------------YREPKS
220 230 240 250
410 420 430 440 450 460
pF1KE5 KC--PELLANYCDMLLRKTPLSKKLTSEEIEAKLKEVLLVLKYVQNKDVFMRYHKAHLTR
: :::::.::: ::.:. .: .: .:.: .: . :.::...::::.... :..
NP_001 VCKAPELLAKYCDNLLKKS--AKGMTENEVEDRLTSFITVFKYIDDKDVFQKFYARMLAK
260 270 280 290 300 310
470 480 490 500 510 520
pF1KE5 RLILDISADSEIEENMVEWLREVGMPADYVNKLARMFQDIKVSEDLNQAFKEMHKNNKLA
::: .: . . :: :.. :... ....:: ::. :..:: :::. :... ::. .
NP_001 RLIHGLSMSMDSEEAMINKLKQA-CGYEFTSKLHRMYTDMSVSADLNNKFNNFIKNQDTV
320 330 340 350 360
530 540 550 560 570
pF1KE5 LPAD-SVNIKILNAGAW--SRSSEKVFVSLPTELEDLIPEVEEFYKKNHSGRKLHWHHLM
. : .: .:.:::: ... ..: ..: ::: . : ::... ::::: : : .
NP_001 IDLGISFQIYVLQAGAWPLTQAPSSTF-AIPQELEKSVQMFELFYSQHFSGRKLTWLHYL
370 380 390 400 410 420
580 590 600 610 620 630
pF1KE5 SNGIITFKNEVGQ-YDLEVTTFQLAVLFAWNQRPREKISFENLKLATELPDAELRRTLWS
.: . . : .:. : :::.:.:::.:.:. : .:...:. .:.. . :: .:. :
NP_001 CTGEVKM-NYLGKPYVAMVTTYQMAVLLAFNNS--ETVSYKELQDSTQMNEKELTKTIKS
430 440 450 460 470 480
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pF1KE5 LVAFPKLKRQVLLYEPQVNSPKDFTEGTLFSVNQEFSLIKNAKVQKRGKINLIGRLQLTT
:. .... . .:. . ::.:..:: .:: :... .: :
NP_001 LLDVKMINHD--------SEKEDIDAESSFSLNMNFS-------SKRTKFKITTSMQKDT
490 500 510 520 530
700 710 720 730 740 750
pF1KE5 ERMREEENEGIVQLRILRTQEAIIQIMKMRKKISNAQLQTELVEILKNMFLPQKKMIKEQ
. :. .. . : . : ::..::: :: . . : :.. . : :. .:::.
NP_001 PQEMEQTRSAVDEDRKMYLQAAIVRIMKARKVLRHNALIQEVISQSRARFNPSISMIKKC
540 550 560 570 580 590
760 770 780
pF1KE5 IEWLIEHKYIRRDESDINTFIYMA
:: ::...::.:.... . . :.:
NP_001 IEVLIDKQYIERSQASADEYSYVA
600 610
>>NP_001311304 (OMIM: 603135) cullin-2 isoform d [Homo s (682 aa)
initn: 811 init1: 143 opt: 539 Z-score: 567.0 bits: 115.5 E(92320): 8.3e-25
Smith-Waterman score: 937; 30.5% identity (64.1% similar) in 630 aa overlap (160-780:101-682)
130 140 150 160 170 180
pF1KE5 VEDSIVRKLMLDTWNESIFSNIKNRLQDSAMKLVHAERLGEAFDSQLVIGVRESYVNLCS
: ....: :: ..... :: .:.:.. .
NP_001 HLHKRVLESEEQVLVMYHRYWEEYSKGADYMDCLYSDRGGEDPNQKVIHGVINSFVHVEQ
80 90 100 110 120 130
190 200 210 220 230 240
pF1KE5 NPED-KLQIYRDNFEKAYLDSTERFYRTQAPSYLQQNGVQNYMKYADAKLKEEEKRALRY
. :..:.. ::. .: : ..:. .: . ::... ..::. . ..::.:: : .:
NP_001 YKKKFPLKFYQEIFESPFLTETGEYYKQEASNLLQESNCSQYMEKVLGRLKDEEIRCRKY
140 150 160 170 180 190
250 260 270 280 290 300
pF1KE5 LETRRECNSVEALMECCVNALVTSFKETILAECQGMIKRNETEKLHLMFSLMDKVPNGIE
:. .: ... : . .:.. . . :::...:.... . . :. :. : .:.
NP_001 LHP----SSYTKVIHECQQRMVADHLQFLHAECHNIIRQEKKNDMANMYVLLRAVSTGLP
200 210 220 230 240
310 320 330 340 350 360
pF1KE5 PMLKDLEEHIISAGL-ADMVAAAETITTDSEKYVEQLLTLFNRFSKLVKEAFQDDPRFLT
:...:..:: . :: : . :.. : .::..: . ..: .:.. ... : .:..
NP_001 HMIQELQNHIHDEGLRATSNLTQENMPT---LFVESVLEVHGKFVQLINTVLNGDQHFMS
250 260 270 280 290 300
370 380 390 400 410 420
pF1KE5 ARDKAYKAVVNDATIFKLELPLKQKGVGLKTQPESKC--PELLANYCDMLLRKTPLSKKL
: ::: .::: .. .:.: : :::::.::: ::.:. .: .
NP_001 ALDKALTSVVN----YR--------------EPKSVCKAPELLAKYCDNLLKKS--AKGM
310 320 330 340
430 440 450 460 470 480
pF1KE5 TSEEIEAKLKEVLLVLKYVQNKDVFMRYHKAHLTRRLILDISADSEIEENMVEWLREV-G
: .:.: .: . :.::...::::.... :..::: .: . . :: :.. :... :
NP_001 TENEVEDRLTSFITVFKYIDDKDVFQKFYARMLAKRLIHGLSMSMDSEEAMINKLKQACG
350 360 370 380 390 400
490 500 510 520 530 540
pF1KE5 MPADYVNKLARMFQDIKVSEDLNQAFKEMHKNNKLALPAD-SVNIKILNAGAW--SRSSE
. ....:: ::. :..:: :::. :... ::. .. : .: .:.:::: ...
NP_001 Y--EFTSKLHRMYTDMSVSADLNNKFNNFIKNQDTVIDLGISFQIYVLQAGAWPLTQAPS
410 420 430 440 450 460
550 560 570 580 590 600
pF1KE5 KVFVSLPTELEDLIPEVEEFYKKNHSGRKLHWHHLMSNGIITFKNEVGQ-YDLEVTTFQL
..: ..: ::: . : ::... ::::: : : . .: . . : .:. : :::.:.
NP_001 STF-AIPQELEKSVQMFELFYSQHFSGRKLTWLHYLCTGEVKM-NYLGKPYVAMVTTYQM
470 480 490 500 510
610 620 630 640 650 660
pF1KE5 AVLFAWNQRPREKISFENLKLATELPDAELRRTLWSLVAFPKLKRQVLLYEPQVNSPKDF
:::.:.:. : .:...:. .:.. . :: .:. :: : ... .. . .:.
NP_001 AVLLAFNNS--ETVSYKELQDSTQMNEKELTKTIKSL-----LDVKMINHDSE---KEDI
520 530 540 550 560
670 680 690 700 710 720
pF1KE5 TEGTLFSVNQEFSLIKNAKVQKRGKINLIGRLQLTTERMREEENEGIVQLRILRTQEAII
. ::.:..:: .:: :... .: : . :. .. . : . : ::.
NP_001 DAESSFSLNMNFS-------SKRTKFKITTSMQKDTPQEMEQTRSAVDEDRKMYLQAAIV
570 580 590 600 610 620
730 740 750 760 770 780
pF1KE5 QIMKMRKKISNAQLQTELVEILKNMFLPQKKMIKEQIEWLIEHKYIRRDESDINTFIYMA
.::: :: . . : :.. . : :. .:::. :: ::...::.:.... . . :.:
NP_001 RIMKARKVLRHNALIQEVISQSRARFNPSISMIKKCIEVLIDKQYIERSQASADEYSYVA
630 640 650 660 670 680
>>NP_001185706 (OMIM: 603135) cullin-2 isoform c [Homo s (745 aa)
initn: 811 init1: 143 opt: 539 Z-score: 566.4 bits: 115.5 E(92320): 8.9e-25
Smith-Waterman score: 1031; 27.6% identity (60.6% similar) in 787 aa overlap (13-780:8-745)
10 20 30 40 50
pF1KE5 MATSNLLKNKGSLQFEDKWDFMRPIVLKLLRQESVTKQQWFDLFSDVHAVCL-WDDKGPA
..:.. :. . . .. : : . : : :::..:.:. . .
NP_001 MSLKPRVVDFDETWNKLLTTIKAVVMLEYVERATWNDRFSDIYALCVAYPEPLGE
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KE5 KIHQALKEDILEFIKQAQARVLSHQDDTALLKAYIVEWRKFFTQCDILPKPFCQLEITLM
... : . . ... . ::: ... .: : :... : . . :. ..
NP_001 RLYTETKIFLENHVRHLHKRVL--ESEEQVLVMYHRYWEEYSKGADYMDCLYRYLNTQFI
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160
pF1KE5 GK--------QGSNKKSNVEDSIVR--KLMLDTWNESIFSNIKNRLQDSAMKLVHAERLG
: : . .... ... .: :: : . . .. : .. .. .: :
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]