Result of FASTA (ccds) for
pF1KE5338
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE5338, 264 aa
1>>>pF1KE5338 264 - 264 aa - 264 aa
Library: human.CCDS.faa
18921897 residues in 33420 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.1578+/-0.000657; mu= 11.3922+/- 0.040
mean_var=81.6179+/-16.331, 0's: 0 Z-trim(111.6): 16 B-trim: 0 in 0/52
Lambda= 0.141965
statistics sampled from 12650 (12663) to 12650 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.737), E-opt: 0.2 (0.379), width: 16
Scan time: 1.140
The best scores are: opt bits E(33420)
CCDS30882.1 MUC1 gene_id:4582|Hs109|chr1 ( 264) 1714 360.0 9.9e-100
CCDS30883.1 MUC1 gene_id:4582|Hs109|chr1 ( 255) 1547 325.8 1.9e-89
CCDS1098.1 MUC1 gene_id:4582|Hs109|chr1 ( 273) 1352 285.9 2.1e-77
CCDS55640.2 MUC1 gene_id:4582|Hs109|chr1 ( 475) 1332 281.9 5.9e-76
CCDS72933.1 MUC1 gene_id:4582|Hs109|chr1 ( 484) 1332 281.9 6e-76
CCDS72934.1 MUC1 gene_id:4582|Hs109|chr1 ( 241) 1181 250.8 6.6e-67
CCDS55641.1 MUC1 gene_id:4582|Hs109|chr1 ( 230) 1055 225.0 3.7e-59
CCDS72935.1 MUC1 gene_id:4582|Hs109|chr1 ( 239) 1055 225.0 3.9e-59
CCDS41409.1 MUC1 gene_id:4582|Hs109|chr1 ( 203) 781 168.9 2.6e-42
CCDS72936.1 MUC1 gene_id:4582|Hs109|chr1 ( 189) 707 153.7 9e-38
CCDS55642.1 MUC1 gene_id:4582|Hs109|chr1 ( 198) 584 128.5 3.6e-30
CCDS41408.1 MUC1 gene_id:4582|Hs109|chr1 ( 159) 533 118.0 4.1e-27
>>CCDS30882.1 MUC1 gene_id:4582|Hs109|chr1 (264 aa)
initn: 1714 init1: 1714 opt: 1714 Z-score: 1904.2 bits: 360.0 E(33420): 9.9e-100
Smith-Waterman score: 1714; 100.0% identity (100.0% similar) in 264 aa overlap (1-264:1-264)
10 20 30 40 50 60
pF1KE5 MTPGTQSPFFLLLLLTVLTATTAPKPATVVTGSGHASSTPGGEKETSATQRSSVPSSTEK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS30 MTPGTQSPFFLLLLLTVLTATTAPKPATVVTGSGHASSTPGGEKETSATQRSSVPSSTEK
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE5 NAFNSSLEDPSTDYYQELQRDISEMFLQIYKQGGFLGLSNIKFRPGSVVVQLTLAFREGT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS30 NAFNSSLEDPSTDYYQELQRDISEMFLQIYKQGGFLGLSNIKFRPGSVVVQLTLAFREGT
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE5 INVHDVETQFNQYKTEAASRYNLTISDVSVSDVPFPFSAQSGAGVPGWGIALLVLVCVLV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS30 INVHDVETQFNQYKTEAASRYNLTISDVSVSDVPFPFSAQSGAGVPGWGIALLVLVCVLV
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE5 ALAIVYLIALAVCQCRRKNYGQLDIFPARDTYHPMSEYPTYHTHGRYVPPSSTDRSPYEK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS30 ALAIVYLIALAVCQCRRKNYGQLDIFPARDTYHPMSEYPTYHTHGRYVPPSSTDRSPYEK
190 200 210 220 230 240
250 260
pF1KE5 VSAGNGGSSLSYTNPAVAATSANL
::::::::::::::::::::::::
CCDS30 VSAGNGGSSLSYTNPAVAATSANL
250 260
>>CCDS30883.1 MUC1 gene_id:4582|Hs109|chr1 (255 aa)
initn: 1545 init1: 1545 opt: 1547 Z-score: 1719.6 bits: 325.8 E(33420): 1.9e-89
Smith-Waterman score: 1630; 96.6% identity (96.6% similar) in 264 aa overlap (1-264:1-255)
10 20 30 40 50 60
pF1KE5 MTPGTQSPFFLLLLLTVLTATTAPKPATVVTGSGHASSTPGGEKETSATQRSSVPSSTEK
::::::::::::::::::: ::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS30 MTPGTQSPFFLLLLLTVLT---------VVTGSGHASSTPGGEKETSATQRSSVPSSTEK
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KE5 NAFNSSLEDPSTDYYQELQRDISEMFLQIYKQGGFLGLSNIKFRPGSVVVQLTLAFREGT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS30 NAFNSSLEDPSTDYYQELQRDISEMFLQIYKQGGFLGLSNIKFRPGSVVVQLTLAFREGT
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KE5 INVHDVETQFNQYKTEAASRYNLTISDVSVSDVPFPFSAQSGAGVPGWGIALLVLVCVLV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS30 INVHDVETQFNQYKTEAASRYNLTISDVSVSDVPFPFSAQSGAGVPGWGIALLVLVCVLV
120 130 140 150 160 170
190 200 210 220 230 240
pF1KE5 ALAIVYLIALAVCQCRRKNYGQLDIFPARDTYHPMSEYPTYHTHGRYVPPSSTDRSPYEK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS30 ALAIVYLIALAVCQCRRKNYGQLDIFPARDTYHPMSEYPTYHTHGRYVPPSSTDRSPYEK
180 190 200 210 220 230
250 260
pF1KE5 VSAGNGGSSLSYTNPAVAATSANL
::::::::::::::::::::::::
CCDS30 VSAGNGGSSLSYTNPAVAATSANL
240 250
>>CCDS1098.1 MUC1 gene_id:4582|Hs109|chr1 (273 aa)
initn: 1460 init1: 1332 opt: 1352 Z-score: 1503.2 bits: 285.9 E(33420): 2.1e-77
Smith-Waterman score: 1584; 90.4% identity (90.4% similar) in 282 aa overlap (1-264:1-273)
10 20 30 40 50 60
pF1KE5 MTPGTQSPFFLLLLLTVLTATTAPKPATVVTGSGHASSTPGGEKETSATQRSSVPSSTEK
::::::::::::::::::: ::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 MTPGTQSPFFLLLLLTVLT---------VVTGSGHASSTPGGEKETSATQRSSVPSSTEK
10 20 30 40 50
70 80 90 100
pF1KE5 NA------------------FNSSLEDPSTDYYQELQRDISEMFLQIYKQGGFLGLSNIK
:: ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 NALSTGVSFFFLSFHISNLQFNSSLEDPSTDYYQELQRDISEMFLQIYKQGGFLGLSNIK
60 70 80 90 100 110
110 120 130 140 150 160
pF1KE5 FRPGSVVVQLTLAFREGTINVHDVETQFNQYKTEAASRYNLTISDVSVSDVPFPFSAQSG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 FRPGSVVVQLTLAFREGTINVHDVETQFNQYKTEAASRYNLTISDVSVSDVPFPFSAQSG
120 130 140 150 160 170
170 180 190 200 210 220
pF1KE5 AGVPGWGIALLVLVCVLVALAIVYLIALAVCQCRRKNYGQLDIFPARDTYHPMSEYPTYH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 AGVPGWGIALLVLVCVLVALAIVYLIALAVCQCRRKNYGQLDIFPARDTYHPMSEYPTYH
180 190 200 210 220 230
230 240 250 260
pF1KE5 THGRYVPPSSTDRSPYEKVSAGNGGSSLSYTNPAVAATSANL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 THGRYVPPSSTDRSPYEKVSAGNGGSSLSYTNPAVAATSANL
240 250 260 270
>>CCDS55640.2 MUC1 gene_id:4582|Hs109|chr1 (475 aa)
initn: 1531 init1: 1332 opt: 1332 Z-score: 1477.3 bits: 281.9 E(33420): 5.9e-76
Smith-Waterman score: 1340; 79.4% identity (87.1% similar) in 272 aa overlap (2-264:204-475)
10 20 30
pF1KE5 MTPGTQS-PFFLLLLLTVLTATTAPKPATVV
::...: :: . . .: : . . .
CCDS55 PVHNVTSASGSASGSASTLVHNGTSARATTTPASKSTPFSIPSHHSDTPTTLASHSTKTD
180 190 200 210 220 230
40 50 60 70 80
pF1KE5 TGSGHASSTPG--GEKETSATQRSSVPS------STEKNAFNSSLEDPSTDYYQELQRDI
..: : :..: . ..... : :. : . ::::::::::::::::::::
CCDS55 ASSTHHSTVPPLTSSNHSTSPQLSTGVSFFFLSFHISNLQFNSSLEDPSTDYYQELQRDI
240 250 260 270 280 290
90 100 110 120 130 140
pF1KE5 SEMFLQIYKQGGFLGLSNIKFRPGSVVVQLTLAFREGTINVHDVETQFNQYKTEAASRYN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 SEMFLQIYKQGGFLGLSNIKFRPGSVVVQLTLAFREGTINVHDVETQFNQYKTEAASRYN
300 310 320 330 340 350
150 160 170 180 190 200
pF1KE5 LTISDVSVSDVPFPFSAQSGAGVPGWGIALLVLVCVLVALAIVYLIALAVCQCRRKNYGQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 LTISDVSVSDVPFPFSAQSGAGVPGWGIALLVLVCVLVALAIVYLIALAVCQCRRKNYGQ
360 370 380 390 400 410
210 220 230 240 250 260
pF1KE5 LDIFPARDTYHPMSEYPTYHTHGRYVPPSSTDRSPYEKVSAGNGGSSLSYTNPAVAATSA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 LDIFPARDTYHPMSEYPTYHTHGRYVPPSSTDRSPYEKVSAGNGGSSLSYTNPAVAATSA
420 430 440 450 460 470
pF1KE5 NL
::
CCDS55 NL
>--
initn: 229 init1: 213 opt: 298 Z-score: 332.8 bits: 70.1 E(33420): 3.3e-12
Smith-Waterman score: 298; 85.5% identity (85.5% similar) in 62 aa overlap (1-62:1-53)
10 20 30 40 50 60
pF1KE5 MTPGTQSPFFLLLLLTVLTATTAPKPATVVTGSGHASSTPGGEKETSATQRSSVPSSTEK
::::::::::::::::::: ::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 MTPGTQSPFFLLLLLTVLT---------VVTGSGHASSTPGGEKETSATQRSSVPSSTEK
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KE5 NAFNSSLEDPSTDYYQELQRDISEMFLQIYKQGGFLGLSNIKFRPGSVVVQLTLAFREGT
::
CCDS55 NAVSMTSSVLSSHSPGSGSSTTQGQDVTLAPATEPASGSAATWGQDVTSVPVTRPALGST
60 70 80 90 100 110
>>CCDS72933.1 MUC1 gene_id:4582|Hs109|chr1 (484 aa)
initn: 1700 init1: 1332 opt: 1332 Z-score: 1477.2 bits: 281.9 E(33420): 6e-76
Smith-Waterman score: 1340; 79.4% identity (87.1% similar) in 272 aa overlap (2-264:213-484)
10 20 30
pF1KE5 MTPGTQS-PFFLLLLLTVLTATTAPKPATVV
::...: :: . . .: : . . .
CCDS72 PVHNVTSASGSASGSASTLVHNGTSARATTTPASKSTPFSIPSHHSDTPTTLASHSTKTD
190 200 210 220 230 240
40 50 60 70 80
pF1KE5 TGSGHASSTPG--GEKETSATQRSSVPS------STEKNAFNSSLEDPSTDYYQELQRDI
..: : :..: . ..... : :. : . ::::::::::::::::::::
CCDS72 ASSTHHSTVPPLTSSNHSTSPQLSTGVSFFFLSFHISNLQFNSSLEDPSTDYYQELQRDI
250 260 270 280 290 300
90 100 110 120 130 140
pF1KE5 SEMFLQIYKQGGFLGLSNIKFRPGSVVVQLTLAFREGTINVHDVETQFNQYKTEAASRYN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS72 SEMFLQIYKQGGFLGLSNIKFRPGSVVVQLTLAFREGTINVHDVETQFNQYKTEAASRYN
310 320 330 340 350 360
150 160 170 180 190 200
pF1KE5 LTISDVSVSDVPFPFSAQSGAGVPGWGIALLVLVCVLVALAIVYLIALAVCQCRRKNYGQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS72 LTISDVSVSDVPFPFSAQSGAGVPGWGIALLVLVCVLVALAIVYLIALAVCQCRRKNYGQ
370 380 390 400 410 420
210 220 230 240 250 260
pF1KE5 LDIFPARDTYHPMSEYPTYHTHGRYVPPSSTDRSPYEKVSAGNGGSSLSYTNPAVAATSA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS72 LDIFPARDTYHPMSEYPTYHTHGRYVPPSSTDRSPYEKVSAGNGGSSLSYTNPAVAATSA
430 440 450 460 470 480
pF1KE5 NL
::
CCDS72 NL
>--
initn: 398 init1: 382 opt: 382 Z-score: 425.7 bits: 87.3 E(33420): 2.2e-17
Smith-Waterman score: 382; 100.0% identity (100.0% similar) in 62 aa overlap (1-62:1-62)
10 20 30 40 50 60
pF1KE5 MTPGTQSPFFLLLLLTVLTATTAPKPATVVTGSGHASSTPGGEKETSATQRSSVPSSTEK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS72 MTPGTQSPFFLLLLLTVLTATTAPKPATVVTGSGHASSTPGGEKETSATQRSSVPSSTEK
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE5 NAFNSSLEDPSTDYYQELQRDISEMFLQIYKQGGFLGLSNIKFRPGSVVVQLTLAFREGT
::
CCDS72 NAVSMTSSVLSSHSPGSGSSTTQGQDVTLAPATEPASGSAATWGQDVTSVPVTRPALGST
70 80 90 100 110 120
>>CCDS72934.1 MUC1 gene_id:4582|Hs109|chr1 (241 aa)
initn: 1181 init1: 1181 opt: 1181 Z-score: 1314.8 bits: 250.8 E(33420): 6.6e-67
Smith-Waterman score: 1507; 91.3% identity (91.3% similar) in 264 aa overlap (1-264:1-241)
10 20 30 40 50 60
pF1KE5 MTPGTQSPFFLLLLLTVLTATTAPKPATVVTGSGHASSTPGGEKETSATQRSSVPSSTEK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS72 MTPGTQSPFFLLLLLTVLTATTAPKPATVVTGSGHASSTPGGEKETSATQRSSVPSSTEK
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE5 NAFNSSLEDPSTDYYQELQRDISEMFLQIYKQGGFLGLSNIKFRPGSVVVQLTLAFREGT
::: ::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS72 NAF-----------------------LQIYKQGGFLGLSNIKFRPGSVVVQLTLAFREGT
70 80 90
130 140 150 160 170 180
pF1KE5 INVHDVETQFNQYKTEAASRYNLTISDVSVSDVPFPFSAQSGAGVPGWGIALLVLVCVLV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS72 INVHDVETQFNQYKTEAASRYNLTISDVSVSDVPFPFSAQSGAGVPGWGIALLVLVCVLV
100 110 120 130 140 150
190 200 210 220 230 240
pF1KE5 ALAIVYLIALAVCQCRRKNYGQLDIFPARDTYHPMSEYPTYHTHGRYVPPSSTDRSPYEK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS72 ALAIVYLIALAVCQCRRKNYGQLDIFPARDTYHPMSEYPTYHTHGRYVPPSSTDRSPYEK
160 170 180 190 200 210
250 260
pF1KE5 VSAGNGGSSLSYTNPAVAATSANL
::::::::::::::::::::::::
CCDS72 VSAGNGGSSLSYTNPAVAATSANL
220 230 240
>>CCDS55641.1 MUC1 gene_id:4582|Hs109|chr1 (230 aa)
initn: 1254 init1: 1055 opt: 1055 Z-score: 1175.7 bits: 225.0 E(33420): 3.7e-59
Smith-Waterman score: 1305; 82.6% identity (84.5% similar) in 264 aa overlap (1-264:1-230)
10 20 30 40 50 60
pF1KE5 MTPGTQSPFFLLLLLTVLTATTAPKPATVVTGSGHASSTPGGEKETSATQRSSVPSSTEK
::::::::::::::::::: ::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 MTPGTQSPFFLLLLLTVLT---------VVTGSGHASSTPGGEKETSATQRSSVPSSTEK
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KE5 NAFNSSLEDPSTDYYQELQRDISEMFLQIYKQGGFLGLSNIKFRPGSVVVQLTLAFREGT
:: . :.: .. : ::. ::::::::::::::::
CCDS55 NA----IPAPTTT------KSCRETFLKW---------------PGSVVVQLTLAFREGT
60 70 80
130 140 150 160 170 180
pF1KE5 INVHDVETQFNQYKTEAASRYNLTISDVSVSDVPFPFSAQSGAGVPGWGIALLVLVCVLV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 INVHDVETQFNQYKTEAASRYNLTISDVSVSDVPFPFSAQSGAGVPGWGIALLVLVCVLV
90 100 110 120 130 140
190 200 210 220 230 240
pF1KE5 ALAIVYLIALAVCQCRRKNYGQLDIFPARDTYHPMSEYPTYHTHGRYVPPSSTDRSPYEK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 ALAIVYLIALAVCQCRRKNYGQLDIFPARDTYHPMSEYPTYHTHGRYVPPSSTDRSPYEK
150 160 170 180 190 200
250 260
pF1KE5 VSAGNGGSSLSYTNPAVAATSANL
::::::::::::::::::::::::
CCDS55 VSAGNGGSSLSYTNPAVAATSANL
210 220 230
>>CCDS72935.1 MUC1 gene_id:4582|Hs109|chr1 (239 aa)
initn: 1423 init1: 1055 opt: 1055 Z-score: 1175.4 bits: 225.0 E(33420): 3.9e-59
Smith-Waterman score: 1389; 86.0% identity (87.9% similar) in 264 aa overlap (1-264:1-239)
10 20 30 40 50 60
pF1KE5 MTPGTQSPFFLLLLLTVLTATTAPKPATVVTGSGHASSTPGGEKETSATQRSSVPSSTEK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS72 MTPGTQSPFFLLLLLTVLTATTAPKPATVVTGSGHASSTPGGEKETSATQRSSVPSSTEK
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE5 NAFNSSLEDPSTDYYQELQRDISEMFLQIYKQGGFLGLSNIKFRPGSVVVQLTLAFREGT
:: . :.: .. : ::. ::::::::::::::::
CCDS72 NA----IPAPTTT------KSCRETFLKW---------------PGSVVVQLTLAFREGT
70 80 90
130 140 150 160 170 180
pF1KE5 INVHDVETQFNQYKTEAASRYNLTISDVSVSDVPFPFSAQSGAGVPGWGIALLVLVCVLV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS72 INVHDVETQFNQYKTEAASRYNLTISDVSVSDVPFPFSAQSGAGVPGWGIALLVLVCVLV
100 110 120 130 140 150
190 200 210 220 230 240
pF1KE5 ALAIVYLIALAVCQCRRKNYGQLDIFPARDTYHPMSEYPTYHTHGRYVPPSSTDRSPYEK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS72 ALAIVYLIALAVCQCRRKNYGQLDIFPARDTYHPMSEYPTYHTHGRYVPPSSTDRSPYEK
160 170 180 190 200 210
250 260
pF1KE5 VSAGNGGSSLSYTNPAVAATSANL
::::::::::::::::::::::::
CCDS72 VSAGNGGSSLSYTNPAVAATSANL
220 230
>>CCDS41409.1 MUC1 gene_id:4582|Hs109|chr1 (203 aa)
initn: 980 init1: 781 opt: 781 Z-score: 873.2 bits: 168.9 E(33420): 2.6e-42
Smith-Waterman score: 976; 66.7% identity (72.7% similar) in 264 aa overlap (1-264:1-203)
10 20 30 40 50 60
pF1KE5 MTPGTQSPFFLLLLLTVLTATTAPKPATVVTGSGHASSTPGGEKETSATQRSSVPSSTEK
::::::::::::::::::: ::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 MTPGTQSPFFLLLLLTVLT---------VVTGSGHASSTPGGEKETSATQRSSVPSSTEK
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KE5 NAFNSSLEDPSTDYYQELQRDISEMFLQIYKQGGFLGLSNIKFRPGSVVVQLTLAFREGT
::. . :.: .. : ::. . . :.. .:.
CCDS41 NAIPA----PTTT------KSCRETFLKCFCR--FIN--------------------KGV
60 70
130 140 150 160 170 180
pF1KE5 INVHDVETQFNQYKTEAASRYNLTISDVSVSDVPFPFSAQSGAGVPGWGIALLVLVCVLV
. . . . ::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 FWASPILS--------------------SVSDVPFPFSAQSGAGVPGWGIALLVLVCVLV
80 90 100 110
190 200 210 220 230 240
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::::::::::::::::::::::::
CCDS41 VSAGNGGSSLSYTNPAVAATSANL
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CCDS72 VSAGNGGSSLSYTNPAVAATSANL
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]