Result of FASTA (ccds) for
pF1KE4450
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE4450, 468 aa
1>>>pF1KE4450 468 - 468 aa - 468 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 7.3757+/-0.00118; mu= 8.0080+/- 0.071
mean_var=166.0747+/-34.055, 0's: 0 Z-trim(106.7): 169 B-trim: 2 in 1/52
Lambda= 0.099523
statistics sampled from 8969 (9155) to 8969 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.643), E-opt: 0.2 (0.281), width: 16
Scan time: 2.960
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS12609.1 CEACAM1 gene_id:634|Hs108|chr19 ( 526) 3067 453.2 3.1e-127
CCDS46089.1 CEACAM1 gene_id:634|Hs108|chr19 ( 464) 3063 452.5 4.2e-127
CCDS54274.1 CEACAM1 gene_id:634|Hs108|chr19 ( 461) 2157 322.4 6.1e-88
CCDS54272.1 CEACAM1 gene_id:634|Hs108|chr19 ( 368) 2147 320.9 1.4e-87
CCDS54273.1 CEACAM1 gene_id:634|Hs108|chr19 ( 430) 2147 321.0 1.6e-87
CCDS12584.1 CEACAM5 gene_id:1048|Hs108|chr19 ( 702) 2044 306.4 6.3e-83
CCDS77302.1 CEACAM5 gene_id:1048|Hs108|chr19 ( 701) 2042 306.1 7.7e-83
CCDS12585.1 CEACAM6 gene_id:4680|Hs108|chr19 ( 344) 1832 275.7 5.4e-74
CCDS12610.1 CEACAM8 gene_id:1088|Hs108|chr19 ( 349) 1725 260.3 2.3e-69
CCDS77314.1 PSG9 gene_id:5678|Hs108|chr19 ( 333) 1247 191.7 1e-48
CCDS12617.1 PSG5 gene_id:5673|Hs108|chr19 ( 335) 1218 187.5 1.8e-47
CCDS12616.1 PSG2 gene_id:5670|Hs108|chr19 ( 335) 1212 186.6 3.4e-47
CCDS77312.1 PSG9 gene_id:5678|Hs108|chr19 ( 333) 1210 186.3 4.1e-47
CCDS62695.1 PSG4 gene_id:5672|Hs108|chr19 ( 326) 1204 185.5 7.3e-47
CCDS33039.1 PSG4 gene_id:5672|Hs108|chr19 ( 326) 1202 185.2 8.9e-47
CCDS82360.1 PSG1 gene_id:5669|Hs108|chr19 ( 326) 1192 183.8 2.4e-46
CCDS12614.2 PSG11 gene_id:5680|Hs108|chr19 ( 335) 1186 182.9 4.5e-46
CCDS12583.1 CEACAM7 gene_id:1087|Hs108|chr19 ( 265) 1111 172.0 6.5e-43
CCDS62685.1 CEACAM3 gene_id:1084|Hs108|chr19 ( 212) 792 126.2 3.4e-29
CCDS12586.2 CEACAM3 gene_id:1084|Hs108|chr19 ( 252) 792 126.2 3.9e-29
CCDS12613.1 PSG6 gene_id:5675|Hs108|chr19 ( 435) 750 120.4 3.8e-27
CCDS46087.1 CEACAM21 gene_id:90273|Hs108|chr19 ( 292) 746 119.7 4.2e-27
CCDS33038.1 PSG6 gene_id:5675|Hs108|chr19 ( 424) 745 119.7 6.1e-27
CCDS46086.1 CEACAM21 gene_id:90273|Hs108|chr19 ( 293) 741 119.0 6.9e-27
CCDS12611.1 PSG3 gene_id:5671|Hs108|chr19 ( 428) 741 119.1 9.1e-27
CCDS77310.1 PSG7 gene_id:5676|Hs108|chr19 ( 297) 732 117.7 1.7e-26
CCDS46090.1 PSG8 gene_id:440533|Hs108|chr19 ( 297) 728 117.1 2.5e-26
CCDS46091.1 PSG8 gene_id:440533|Hs108|chr19 ( 419) 728 117.2 3.3e-26
CCDS33037.1 PSG8 gene_id:440533|Hs108|chr19 ( 426) 726 116.9 4.1e-26
CCDS46093.1 PSG4 gene_id:5672|Hs108|chr19 ( 419) 723 116.5 5.4e-26
CCDS12618.1 PSG9 gene_id:5678|Hs108|chr19 ( 426) 722 116.4 6e-26
CCDS59392.1 PSG1 gene_id:5669|Hs108|chr19 ( 417) 718 115.8 8.8e-26
CCDS12615.2 PSG11 gene_id:5680|Hs108|chr19 ( 213) 712 114.7 9.8e-26
CCDS74380.1 PSG1 gene_id:5669|Hs108|chr19 ( 428) 716 115.5 1.1e-25
CCDS54275.1 PSG1 gene_id:5669|Hs108|chr19 ( 419) 714 115.2 1.3e-25
CCDS12612.1 PSG1 gene_id:5669|Hs108|chr19 ( 426) 712 114.9 1.6e-25
CCDS74390.1 CEACAM20 gene_id:125931|Hs108|chr19 ( 491) 658 107.2 3.9e-23
CCDS74391.1 CEACAM20 gene_id:125931|Hs108|chr19 ( 503) 658 107.2 4e-23
CCDS54278.1 CEACAM16 gene_id:388551|Hs108|chr19 ( 425) 623 102.2 1.1e-21
CCDS77311.1 PSG9 gene_id:5678|Hs108|chr19 ( 240) 602 98.9 6.1e-21
CCDS74392.1 CEACAM20 gene_id:125931|Hs108|chr19 ( 584) 575 95.4 1.7e-19
CCDS74393.1 CEACAM20 gene_id:125931|Hs108|chr19 ( 596) 575 95.4 1.7e-19
CCDS33033.1 CEACAM4 gene_id:1089|Hs108|chr19 ( 244) 487 82.4 5.8e-16
CCDS74373.1 CEACAM21 gene_id:90273|Hs108|chr19 ( 165) 372 65.8 4e-11
>>CCDS12609.1 CEACAM1 gene_id:634|Hs108|chr19 (526 aa)
initn: 3067 init1: 3067 opt: 3067 Z-score: 2397.7 bits: 453.2 E(32554): 3.1e-127
Smith-Waterman score: 3067; 98.7% identity (99.4% similar) in 467 aa overlap (1-467:1-467)
10 20 30 40 50 60
pF1KE4 MGHLSAPLHRVRVPWQGLLLTASLLTFWNPPTTAQLTTESMPFNVAEGKEVLLLVHNLPQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 MGHLSAPLHRVRVPWQGLLLTASLLTFWNPPTTAQLTTESMPFNVAEGKEVLLLVHNLPQ
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE4 QLFGYSWYKGERVDGNRQIVGYAIGTQQATPGPANSGRETIYPNASLLIQNVTQNDTGFY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 QLFGYSWYKGERVDGNRQIVGYAIGTQQATPGPANSGRETIYPNASLLIQNVTQNDTGFY
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE4 TLQVIKSDLVNEEATGQFHVYPELPKPSISSNNSNPVEDKDAVAFTCEPETQDTTYLWWI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 TLQVIKSDLVNEEATGQFHVYPELPKPSISSNNSNPVEDKDAVAFTCEPETQDTTYLWWI
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE4 NNQSLPVSPRLQLSNGNRTLTLLSVTRNDTGPYECEIQNPVSANRSDPVTLNVTYGPDTP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 NNQSLPVSPRLQLSNGNRTLTLLSVTRNDTGPYECEIQNPVSANRSDPVTLNVTYGPDTP
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE4 TISPSDTYYRPGANLSLSCYAASNPPAQYSWLINGTFQQSTQELFIPNITVNNSGSYTCH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 TISPSDTYYRPGANLSLSCYAASNPPAQYSWLINGTFQQSTQELFIPNITVNNSGSYTCH
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE4 ANNSVTGCNRTTVKTIIVTELSPVVAKPQIKASKTTVTGDKDSVNLTCSTNDTGISIRWF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 ANNSVTGCNRTTVKTIIVTELSPVVAKPQIKASKTTVTGDKDSVNLTCSTNDTGISIRWF
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KE4 FKNQSLPSSERMKLSQGNTTLSINPVKREDAGTYWCEVFNPISKNQSDPIMLNVNYNALP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 FKNQSLPSSERMKLSQGNTTLSINPVKREDAGTYWCEVFNPISKNQSDPIMLNVNYNALP
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460
pF1KE4 QENGLSPGAIAGIVIGVVALVALIAVALACFLHFGKTGRTTPMTHLTR
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.. . ::
CCDS12 QENGLSPGAIAGIVIGVVALVALIAVALACFLHFGKTGRASDQRDLTEHKPSVSNHTQDH
430 440 450 460 470 480
CCDS12 SNDPPNKMNEVTYSTLNFEAQQPTQPTSASPSLTATEIIYSEVKKQ
490 500 510 520
>>CCDS46089.1 CEACAM1 gene_id:634|Hs108|chr19 (464 aa)
initn: 3389 init1: 3063 opt: 3063 Z-score: 2395.4 bits: 452.5 E(32554): 4.2e-127
Smith-Waterman score: 3063; 99.1% identity (99.6% similar) in 463 aa overlap (1-463:1-463)
10 20 30 40 50 60
pF1KE4 MGHLSAPLHRVRVPWQGLLLTASLLTFWNPPTTAQLTTESMPFNVAEGKEVLLLVHNLPQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS46 MGHLSAPLHRVRVPWQGLLLTASLLTFWNPPTTAQLTTESMPFNVAEGKEVLLLVHNLPQ
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE4 QLFGYSWYKGERVDGNRQIVGYAIGTQQATPGPANSGRETIYPNASLLIQNVTQNDTGFY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS46 QLFGYSWYKGERVDGNRQIVGYAIGTQQATPGPANSGRETIYPNASLLIQNVTQNDTGFY
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE4 TLQVIKSDLVNEEATGQFHVYPELPKPSISSNNSNPVEDKDAVAFTCEPETQDTTYLWWI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS46 TLQVIKSDLVNEEATGQFHVYPELPKPSISSNNSNPVEDKDAVAFTCEPETQDTTYLWWI
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE4 NNQSLPVSPRLQLSNGNRTLTLLSVTRNDTGPYECEIQNPVSANRSDPVTLNVTYGPDTP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS46 NNQSLPVSPRLQLSNGNRTLTLLSVTRNDTGPYECEIQNPVSANRSDPVTLNVTYGPDTP
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE4 TISPSDTYYRPGANLSLSCYAASNPPAQYSWLINGTFQQSTQELFIPNITVNNSGSYTCH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS46 TISPSDTYYRPGANLSLSCYAASNPPAQYSWLINGTFQQSTQELFIPNITVNNSGSYTCH
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE4 ANNSVTGCNRTTVKTIIVTELSPVVAKPQIKASKTTVTGDKDSVNLTCSTNDTGISIRWF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS46 ANNSVTGCNRTTVKTIIVTELSPVVAKPQIKASKTTVTGDKDSVNLTCSTNDTGISIRWF
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KE4 FKNQSLPSSERMKLSQGNTTLSINPVKREDAGTYWCEVFNPISKNQSDPIMLNVNYNALP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS46 FKNQSLPSSERMKLSQGNTTLSINPVKREDAGTYWCEVFNPISKNQSDPIMLNVNYNALP
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460
pF1KE4 QENGLSPGAIAGIVIGVVALVALIAVALACFLHFGKTGRTTPMTHLTR
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::: . :.
CCDS46 QENGLSPGAIAGIVIGVVALVALIAVALACFLHFGKTGSSGPLQ
430 440 450 460
>>CCDS54274.1 CEACAM1 gene_id:634|Hs108|chr19 (461 aa)
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Smith-Waterman score: 2320; 80.9% identity (83.5% similar) in 467 aa overlap (1-467:1-402)
10 20 30 40 50 60
pF1KE4 MGHLSAPLHRVRVPWQGLLLTASLLTFWNPPTTAQLTTESMPFNVAEGKEVLLLVHNLPQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 MGHLSAPLHRVRVPWQGLLLTASLLTFWNPPTTAQLTTESMPFNVAEGKEVLLLVHNLPQ
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70 80 90 100 110 120
pF1KE4 QLFGYSWYKGERVDGNRQIVGYAIGTQQATPGPANSGRETIYPNASLLIQNVTQNDTGFY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 QLFGYSWYKGERVDGNRQIVGYAIGTQQATPGPANSGRETIYPNASLLIQNVTQNDTGFY
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE4 TLQVIKSDLVNEEATGQFHVYPELPKPSISSNNSNPVEDKDAVAFTCEPETQDTTYLWWI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 TLQVIKSDLVNEEATGQFHVYPELPKPSISSNNSNPVEDKDAVAFTCEPETQDTTYLWWI
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE4 NNQSLPVSPRLQLSNGNRTLTLLSVTRNDTGPYECEIQNPVSANRSDPVTLNVTYGPDTP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 NNQSLPVSPRLQLSNGNRTLTLLSVTRNDTGPYECEIQNPVSANRSDPVTLNVTYGPDTP
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE4 TISPSDTYYRPGANLSLSCYAASNPPAQYSWLINGTFQQSTQELFIPNITVNNSGSYTCH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 TISPSDTYYRPGANLSLSCYAASNPPAQYSWLINGTFQQSTQELFIPNITVNNSGSYTCH
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE4 ANNSVTGCNRTTVKTIIVTELSPVVAKPQIKASKTTVTGDKDSVNLTCSTNDTGISIRWF
:::::::::::::::::::: . :::
CCDS54 ANNSVTGCNRTTVKTIIVTERQ----------------------NLTM------------
310 320
370 380 390 400 410 420
pF1KE4 FKNQSLPSSERMKLSQGNTTLSINPVKREDAGTYWCEVFNPISKNQSDPIMLNVNYNALP
:: : :... : ... : : .:: : . ::::
CCDS54 -----LP--------------------RLDSNS-WAQAILP-SVSQSAEI----TDNALP
330 340 350
430 440 450 460
pF1KE4 QENGLSPGAIAGIVIGVVALVALIAVALACFLHFGKTGRTTPMTHLTR
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.. . ::
CCDS54 QENGLSPGAIAGIVIGVVALVALIAVALACFLHFGKTGRASDQRDLTEHKPSVSNHTQDH
360 370 380 390 400 410
CCDS54 SNDPPNKMNEVTYSTLNFEAQQPTQPTSASPSLTATEIIYSEVKKQ
420 430 440 450 460
>>CCDS54272.1 CEACAM1 gene_id:634|Hs108|chr19 (368 aa)
initn: 2462 init1: 2147 opt: 2147 Z-score: 1685.9 bits: 320.9 E(32554): 1.4e-87
Smith-Waterman score: 2222; 78.2% identity (78.8% similar) in 463 aa overlap (1-463:1-367)
10 20 30 40 50 60
pF1KE4 MGHLSAPLHRVRVPWQGLLLTASLLTFWNPPTTAQLTTESMPFNVAEGKEVLLLVHNLPQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 MGHLSAPLHRVRVPWQGLLLTASLLTFWNPPTTAQLTTESMPFNVAEGKEVLLLVHNLPQ
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE4 QLFGYSWYKGERVDGNRQIVGYAIGTQQATPGPANSGRETIYPNASLLIQNVTQNDTGFY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 QLFGYSWYKGERVDGNRQIVGYAIGTQQATPGPANSGRETIYPNASLLIQNVTQNDTGFY
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE4 TLQVIKSDLVNEEATGQFHVYPELPKPSISSNNSNPVEDKDAVAFTCEPETQDTTYLWWI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 TLQVIKSDLVNEEATGQFHVYPELPKPSISSNNSNPVEDKDAVAFTCEPETQDTTYLWWI
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE4 NNQSLPVSPRLQLSNGNRTLTLLSVTRNDTGPYECEIQNPVSANRSDPVTLNVTYGPDTP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 NNQSLPVSPRLQLSNGNRTLTLLSVTRNDTGPYECEIQNPVSANRSDPVTLNVTYGPDTP
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE4 TISPSDTYYRPGANLSLSCYAASNPPAQYSWLINGTFQQSTQELFIPNITVNNSGSYTCH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 TISPSDTYYRPGANLSLSCYAASNPPAQYSWLINGTFQQSTQELFIPNITVNNSGSYTCH
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE4 ANNSVTGCNRTTVKTIIVTELSPVVAKPQIKASKTTVTGDKDSVNLTCSTNDTGISIRWF
:::::::::::::::::::.
CCDS54 ANNSVTGCNRTTVKTIIVTD----------------------------------------
310 320
370 380 390 400 410 420
pF1KE4 FKNQSLPSSERMKLSQGNTTLSINPVKREDAGTYWCEVFNPISKNQSDPIMLNVNYNALP
::::
CCDS54 --------------------------------------------------------NALP
430 440 450 460
pF1KE4 QENGLSPGAIAGIVIGVVALVALIAVALACFLHFGKTGRTTPMTHLTR
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::: . :.
CCDS54 QENGLSPGAIAGIVIGVVALVALIAVALACFLHFGKTGSSGPLQ
330 340 350 360
>>CCDS54273.1 CEACAM1 gene_id:634|Hs108|chr19 (430 aa)
initn: 2199 init1: 2147 opt: 2147 Z-score: 1685.0 bits: 321.0 E(32554): 1.6e-87
Smith-Waterman score: 2226; 77.9% identity (78.8% similar) in 467 aa overlap (1-467:1-371)
10 20 30 40 50 60
pF1KE4 MGHLSAPLHRVRVPWQGLLLTASLLTFWNPPTTAQLTTESMPFNVAEGKEVLLLVHNLPQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 MGHLSAPLHRVRVPWQGLLLTASLLTFWNPPTTAQLTTESMPFNVAEGKEVLLLVHNLPQ
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE4 QLFGYSWYKGERVDGNRQIVGYAIGTQQATPGPANSGRETIYPNASLLIQNVTQNDTGFY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 QLFGYSWYKGERVDGNRQIVGYAIGTQQATPGPANSGRETIYPNASLLIQNVTQNDTGFY
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE4 TLQVIKSDLVNEEATGQFHVYPELPKPSISSNNSNPVEDKDAVAFTCEPETQDTTYLWWI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 TLQVIKSDLVNEEATGQFHVYPELPKPSISSNNSNPVEDKDAVAFTCEPETQDTTYLWWI
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE4 NNQSLPVSPRLQLSNGNRTLTLLSVTRNDTGPYECEIQNPVSANRSDPVTLNVTYGPDTP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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.. .::
CCDS12 DDPTISPSYTYYRPGVNLSLSCHAASNPPAQYSWLIDGNIQQHTQELFISNITEKNSGLY
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: :.
CCDS12 ITVSASGTSPGLSAGATVGIMIGVLVGVALI
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CCDS77 ITVSASGTSPGLSAGATVGIMIGVLVGVALI
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CCDS12 TISPSDTYYHAGVNLNLSCHAASNPPSQYSWSVNGTFQQYTQKLFIPNITTKNSGSYACH
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CCDS77 NLPGYFWYKGEMTDLYHYIISYIVDGKIIIYGPAYSGRETVYSNASLLIQNVTRKDAGTY
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CCDS77 TLHIIKRGDETREEIRHFTFTLYLETPKPYISSSNLNPREAMEAVRLICDPETLDASYLW
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CCDS77 WMNGQSLPVTHRLQLSKTNRTLYLFGVTKYIAGPYECEIRNPVSASRSDPVTLNLLHGPD
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CCDS77 LPRIYPSFTYYRSGENLDLSCFTESNPPAEYFWTINGKFQQSGQKLFIPQITRNHSGLYA
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CCDS77 CSVHNSATGKEISKSMTVKVSGPCHGDLTESQS
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468 residues in 1 query sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]