Result of FASTA (ccds) for
pF1KE0684
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE0684, 399 aa
1>>>pF1KE0684 399 - 399 aa - 399 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.1586+/-0.000964; mu= 12.9993+/- 0.058
mean_var=91.2864+/-18.604, 0's: 0 Z-trim(107.3): 110 B-trim: 179 in 1/50
Lambda= 0.134237
statistics sampled from 9385 (9502) to 9385 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.663), E-opt: 0.2 (0.292), width: 16
Scan time: 2.640
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS5346.1 CYTH3 gene_id:9265|Hs108|chr7 ( 399) 2681 529.4 2.2e-150
CCDS32754.1 CYTH1 gene_id:9267|Hs108|chr17 ( 397) 2279 451.6 5.9e-127
CCDS42392.2 CYTH1 gene_id:9267|Hs108|chr17 ( 398) 2267 449.3 3e-126
CCDS12722.1 CYTH2 gene_id:9266|Hs108|chr19 ( 399) 2224 440.9 9.5e-124
CCDS13946.1 CYTH4 gene_id:27128|Hs108|chr22 ( 394) 1994 396.4 2.4e-110
CCDS6199.1 ARFGEF1 gene_id:10565|Hs108|chr8 (1849) 635 133.6 1.5e-30
CCDS13411.1 ARFGEF2 gene_id:10564|Hs108|chr20 (1785) 613 129.3 2.7e-29
CCDS33703.1 IQSEC1 gene_id:9922|Hs108|chr3 ( 963) 540 115.0 3e-25
CCDS74902.1 IQSEC1 gene_id:9922|Hs108|chr3 (1114) 540 115.1 3.3e-25
CCDS31725.1 IQSEC3 gene_id:440073|Hs108|chr12 ( 759) 527 112.5 1.4e-24
CCDS53728.1 IQSEC3 gene_id:440073|Hs108|chr12 (1182) 527 112.6 2e-24
CCDS7533.1 GBF1 gene_id:8729|Hs108|chr10 (1859) 508 109.0 3.7e-23
CCDS35298.1 IQSEC2 gene_id:23096|Hs108|chrX ( 949) 495 106.3 1.2e-22
CCDS48130.1 IQSEC2 gene_id:23096|Hs108|chrX (1488) 495 106.4 1.8e-22
CCDS34854.1 PSD3 gene_id:23362|Hs108|chr8 ( 513) 384 84.7 2.2e-16
CCDS43720.1 PSD3 gene_id:23362|Hs108|chr8 (1047) 384 84.8 3.9e-16
CCDS73187.1 PSD gene_id:5662|Hs108|chr10 ( 645) 374 82.8 1e-15
CCDS33276.1 PSD4 gene_id:23550|Hs108|chr2 (1056) 375 83.1 1.3e-15
CCDS31272.1 PSD gene_id:5662|Hs108|chr10 (1024) 374 82.9 1.5e-15
CCDS4216.1 PSD2 gene_id:84249|Hs108|chr5 ( 771) 366 81.3 3.4e-15
CCDS3820.1 FBXO8 gene_id:26269|Hs108|chr4 ( 319) 301 68.5 1e-11
>>CCDS5346.1 CYTH3 gene_id:9265|Hs108|chr7 (399 aa)
initn: 2681 init1: 2681 opt: 2681 Z-score: 2813.4 bits: 529.4 E(32554): 2.2e-150
Smith-Waterman score: 2681; 100.0% identity (100.0% similar) in 399 aa overlap (1-399:1-399)
10 20 30 40 50 60
pF1KE0 MDEDGGGEGGGVPEDLSLEEREELLDIRRRKKELIDDIERLKYEIAEVMTEIDNLTSVEE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 MDEDGGGEGGGVPEDLSLEEREELLDIRRRKKELIDDIERLKYEIAEVMTEIDNLTSVEE
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE0 SKTTQRNKQIAMGRKKFNMDPKKGIQFLIENDLLQSSPEDVAQFLYKGEGLNKTVIGDYL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 SKTTQRNKQIAMGRKKFNMDPKKGIQFLIENDLLQSSPEDVAQFLYKGEGLNKTVIGDYL
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE0 GERDEFNIKVLQAFVELHEFADLNLVQALRQFLWSFRLPGEAQKIDRMMEAFASRYCLCN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 GERDEFNIKVLQAFVELHEFADLNLVQALRQFLWSFRLPGEAQKIDRMMEAFASRYCLCN
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE0 PGVFQSTDTCYVLSFAIIMLNTSLHNHNVRDKPTAERFIAMNRGINEGGDLPEELLRNLY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 PGVFQSTDTCYVLSFAIIMLNTSLHNHNVRDKPTAERFIAMNRGINEGGDLPEELLRNLY
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE0 ESIKNEPFKIPEDDGNDLTHTFFNPDREGWLLKLGGRVKTWKRRWFILTDNCLYYFEYTT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 ESIKNEPFKIPEDDGNDLTHTFFNPDREGWLLKLGGRVKTWKRRWFILTDNCLYYFEYTT
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE0 DKEPRGIIPLENLSIREVEDPRKPNCFELYNPSHKGQVIKACKTEADGRVVEGNHVVYRI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 DKEPRGIIPLENLSIREVEDPRKPNCFELYNPSHKGQVIKACKTEADGRVVEGNHVVYRI
310 320 330 340 350 360
370 380 390
pF1KE0 SAPSPEEKEEWMKSIKASISRDPFYDMLATRKRRIANKK
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 SAPSPEEKEEWMKSIKASISRDPFYDMLATRKRRIANKK
370 380 390
>>CCDS32754.1 CYTH1 gene_id:9267|Hs108|chr17 (397 aa)
initn: 2309 init1: 2278 opt: 2279 Z-score: 2392.7 bits: 451.6 E(32554): 5.9e-127
Smith-Waterman score: 2279; 84.2% identity (94.0% similar) in 399 aa overlap (1-399:1-395)
10 20 30 40 50 60
pF1KE0 MDEDGGGEGGGVPEDLSLEEREELLDIRRRKKELIDDIERLKYEIAEVMTEIDNLTSVEE
:.:: . :: ::. :::.:: .:::::.::. ::.::: ::::: .::.:: :.::
CCDS32 MEEDDSY----VPSDLTAEERQELENIRRRKQELLADIQRLKDEIAEVANEIENLGSTEE
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KE0 SKTTQRNKQIAMGRKKFNMDPKKGIQFLIENDLLQSSPEDVAQFLYKGEGLNKTVIGDYL
:. :::::.::::::::::::::::::::::::... ::.:::::::::::::.:::::
CCDS32 RKNMQRNKQVAMGRKKFNMDPKKGIQFLIENDLLKNTCEDIAQFLYKGEGLNKTAIGDYL
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KE0 GERDEFNIKVLQAFVELHEFADLNLVQALRQFLWSFRLPGEAQKIDRMMEAFASRYCLCN
::::::::.::.::::::::.::::::::::::::::::::::::::::::::.::: ::
CCDS32 GERDEFNIQVLHAFVELHEFTDLNLVQALRQFLWSFRLPGEAQKIDRMMEAFAQRYCQCN
120 130 140 150 160 170
190 200 210 220 230 240
pF1KE0 PGVFQSTDTCYVLSFAIIMLNTSLHNHNVRDKPTAERFIAMNRGINEGGDLPEELLRNLY
::::::::::::::::::::::::: ::.::::.:::::::::::.:::::::::::::
CCDS32 NGVFQSTDTCYVLSFAIIMLNTSLHNPNVKDKPTVERFIAMNRGINDGGDLPEELLRNLY
180 190 200 210 220 230
250 260 270 280 290 300
pF1KE0 ESIKNEPFKIPEDDGNDLTHTFFNPDREGWLLKLGGRVKTWKRRWFILTDNCLYYFEYTT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 ESIKNEPFKIPEDDGNDLTHTFFNPDREGWLLKLGGRVKTWKRRWFILTDNCLYYFEYTT
240 250 260 270 280 290
310 320 330 340 350 360
pF1KE0 DKEPRGIIPLENLSIREVEDPRKPNCFELYNPSHKGQVIKACKTEADGRVVEGNHVVYRI
:::::::::::::::::::: .:::::::: :..: :::::::::::::::::::.::::
CCDS32 DKEPRGIIPLENLSIREVEDSKKPNCFELYIPDNKDQVIKACKTEADGRVVEGNHTVYRI
300 310 320 330 340 350
370 380 390
pF1KE0 SAPSPEEKEEWMKSIKASISRDPFYDMLATRKRRIANKK
:::.:::::::.: :::.:::::::.:::.::..... :
CCDS32 SAPTPEEKEEWIKCIKAAISRDPFYEMLAARKKKVSSTKRH
360 370 380 390
>>CCDS42392.2 CYTH1 gene_id:9267|Hs108|chr17 (398 aa)
initn: 2280 init1: 1540 opt: 2267 Z-score: 2380.1 bits: 449.3 E(32554): 3e-126
Smith-Waterman score: 2267; 84.0% identity (93.8% similar) in 400 aa overlap (1-399:1-396)
10 20 30 40 50 60
pF1KE0 MDEDGGGEGGGVPEDLSLEEREELLDIRRRKKELIDDIERLKYEIAEVMTEIDNLTSVEE
:.:: . :: ::. :::.:: .:::::.::. ::.::: ::::: .::.:: :.::
CCDS42 MEEDDSY----VPSDLTAEERQELENIRRRKQELLADIQRLKDEIAEVANEIENLGSTEE
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KE0 SKTTQRNKQIAMGRKKFNMDPKKGIQFLIENDLLQSSPEDVAQFLYKGEGLNKTVIGDYL
:. :::::.::::::::::::::::::::::::... ::.:::::::::::::.:::::
CCDS42 RKNMQRNKQVAMGRKKFNMDPKKGIQFLIENDLLKNTCEDIAQFLYKGEGLNKTAIGDYL
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KE0 GERDEFNIKVLQAFVELHEFADLNLVQALRQFLWSFRLPGEAQKIDRMMEAFASRYCLCN
::::::::.::.::::::::.::::::::::::::::::::::::::::::::.::: ::
CCDS42 GERDEFNIQVLHAFVELHEFTDLNLVQALRQFLWSFRLPGEAQKIDRMMEAFAQRYCQCN
120 130 140 150 160 170
190 200 210 220 230 240
pF1KE0 PGVFQSTDTCYVLSFAIIMLNTSLHNHNVRDKPTAERFIAMNRGINEGGDLPEELLRNLY
::::::::::::::::::::::::: ::.::::.:::::::::::.:::::::::::::
CCDS42 NGVFQSTDTCYVLSFAIIMLNTSLHNPNVKDKPTVERFIAMNRGINDGGDLPEELLRNLY
180 190 200 210 220 230
250 260 270 280 290
pF1KE0 ESIKNEPFKIPEDDGNDLTHTFFNPDREGWLLKLGG-RVKTWKRRWFILTDNCLYYFEYT
:::::::::::::::::::::::::::::::::::: :::::::::::::::::::::::
CCDS42 ESIKNEPFKIPEDDGNDLTHTFFNPDREGWLLKLGGGRVKTWKRRWFILTDNCLYYFEYT
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KE0 TDKEPRGIIPLENLSIREVEDPRKPNCFELYNPSHKGQVIKACKTEADGRVVEGNHVVYR
::::::::::::::::::::: .:::::::: :..: :::::::::::::::::::.:::
CCDS42 TDKEPRGIIPLENLSIREVEDSKKPNCFELYIPDNKDQVIKACKTEADGRVVEGNHTVYR
300 310 320 330 340 350
360 370 380 390
pF1KE0 ISAPSPEEKEEWMKSIKASISRDPFYDMLATRKRRIANKK
::::.:::::::.: :::.:::::::.:::.::..... :
CCDS42 ISAPTPEEKEEWIKCIKAAISRDPFYEMLAARKKKVSSTKRH
360 370 380 390
>>CCDS12722.1 CYTH2 gene_id:9266|Hs108|chr19 (399 aa)
initn: 2221 init1: 2221 opt: 2224 Z-score: 2335.1 bits: 440.9 E(32554): 9.5e-124
Smith-Waterman score: 2224; 80.9% identity (94.0% similar) in 397 aa overlap (3-399:2-394)
10 20 30 40 50 60
pF1KE0 MDEDGGGEGGGVPEDLSLEEREELLDIRRRKKELIDDIERLKYEIAEVMTEIDNLTSVEE
::: : : ::. ::: :: .:::::.::. .:.::. :..:.:.:...: . :
CCDS12 MEDGVYE----PPDLTPEERMELENIRRRKQELLVEIQRLREELSEAMSEVEGLEANEG
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KE0 SKTTQRNKQIAMGRKKFNMDPKKGIQFLIENDLLQSSPEDVAQFLYKGEGLNKTVIGDYL
::: :::...::::::::::::::::::.::.:::..::..:.:::::::::::.:::::
CCDS12 SKTLQRNRKMAMGRKKFNMDPKKGIQFLVENELLQNTPEEIARFLYKGEGLNKTAIGDYL
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KE0 GERDEFNIKVLQAFVELHEFADLNLVQALRQFLWSFRLPGEAQKIDRMMEAFASRYCLCN
:::.:.:. ::.:::.::::.::::::::::::::::::::::::::::::::.::::::
CCDS12 GEREELNLAVLHAFVDLHEFTDLNLVQALRQFLWSFRLPGEAQKIDRMMEAFAQRYCLCN
120 130 140 150 160 170
190 200 210 220 230 240
pF1KE0 PGVFQSTDTCYVLSFAIIMLNTSLHNHNVRDKPTAERFIAMNRGINEGGDLPEELLRNLY
::::::::::::::::.::::::::: :::::: :::.:::::::::::::::::::::
CCDS12 PGVFQSTDTCYVLSFAVIMLNTSLHNPNVRDKPGLERFVAMNRGINEGGDLPEELLRNLY
180 190 200 210 220 230
250 260 270 280 290 300
pF1KE0 ESIKNEPFKIPEDDGNDLTHTFFNPDREGWLLKLGGRVKTWKRRWFILTDNCLYYFEYTT
.::.::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 DSIRNEPFKIPEDDGNDLTHTFFNPDREGWLLKLGGRVKTWKRRWFILTDNCLYYFEYTT
240 250 260 270 280 290
310 320 330 340 350 360
pF1KE0 DKEPRGIIPLENLSIREVEDPRKPNCFELYNPSHKGQVIKACKTEADGRVVEGNHVVYRI
::::::::::::::::::.::::::::::: :..:::.:::::::::::::::::.::::
CCDS12 DKEPRGIIPLENLSIREVDDPRKPNCFELYIPNNKGQLIKACKTEADGRVVEGNHMVYRI
300 310 320 330 340 350
370 380 390
pF1KE0 SAPSPEEKEEWMKSIKASISRDPFYDMLATRKRRIANKK
:::. :::.::.:::.:..: ::::.:::.::.::. ::
CCDS12 SAPTQEEKDEWIKSIQAAVSVDPFYEMLAARKKRISVKKKQEQP
360 370 380 390
>>CCDS13946.1 CYTH4 gene_id:27128|Hs108|chr22 (394 aa)
initn: 2010 init1: 1983 opt: 1994 Z-score: 2094.5 bits: 396.4 E(32554): 2.4e-110
Smith-Waterman score: 1994; 73.1% identity (91.7% similar) in 387 aa overlap (13-399:8-394)
10 20 30 40 50 60
pF1KE0 MDEDGGGEGGGVPEDLSLEEREELLDIRRRKKELIDDIERLKYEIAEVMTEIDNLTSVEE
: .:: : ::: :. ..:.:..::..:: :::.:...:: . :.::
CCDS13 MDLCHPEPAELSSGETEELQRIKWHRKQLLEDIQKLKDEIADVFAQIDCFESAEE
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KE0 SKTTQRNKQIAMGRKKFNMDPKKGIQFLIENDLLQSSPEDVAQFLYKGEGLNKTVIGDYL
:. .:..:.. .::::::::: ::::..::. :: . .:.:.:::::::::::.:: ::
CCDS13 SRMAQKEKELCIGRKKFNMDPAKGIQYFIEHKLLTPDVQDIARFLYKGEGLNKTAIGTYL
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KE0 GERDEFNIKVLQAFVELHEFADLNLVQALRQFLWSFRLPGEAQKIDRMMEAFASRYCLCN
:::: .:..::::::. ::::.:::::::::::::::::::::::::::::::.::::::
CCDS13 GERDPINLQVLQAFVDCHEFANLNLVQALRQFLWSFRLPGEAQKIDRMMEAFATRYCLCN
120 130 140 150 160 170
190 200 210 220 230 240
pF1KE0 PGVFQSTDTCYVLSFAIIMLNTSLHNHNVRDKPTAERFIAMNRGINEGGDLPEELLRNLY
:::::::::::::::.:::::::::: ::::.: :::..::::::.:.::::. ::::.
CCDS13 PGVFQSTDTCYVLSFSIIMLNTSLHNPNVRDRPPFERFVSMNRGINNGSDLPEDQLRNLF
180 190 200 210 220 230
250 260 270 280 290 300
pF1KE0 ESIKNEPFKIPEDDGNDLTHTFFNPDREGWLLKLGGRVKTWKRRWFILTDNCLYYFEYTT
.:::.:::.::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.::
CCDS13 DSIKSEPFSIPEDDGNDLTHTFFNPDREGWLLKLGGRVKTWKRRWFILTDNCLYYFEFTT
240 250 260 270 280 290
310 320 330 340 350 360
pF1KE0 DKEPRGIIPLENLSIREVEDPRKPNCFELYNPSHKGQVIKACKTEADGRVVEGNHVVYRI
::::::::::::::...:.::.:: :.:::::: .:: ::::::..:::::::.: :::
CCDS13 DKEPRGIIPLENLSVQKVDDPKKPFCLELYNPSCRGQKIKACKTDGDGRVVEGKHESYRI
300 310 320 330 340 350
370 380 390
pF1KE0 SAPSPEEKEEWMKSIKASISRDPFYDMLATRKRRIANKK
:: : ::...:..::.:::.: ::::...:::..::.:.
CCDS13 SATSAEERDQWIESIRASITRVPFYDLVSTRKKKIASKQ
360 370 380 390
>>CCDS6199.1 ARFGEF1 gene_id:10565|Hs108|chr8 (1849 aa)
initn: 606 init1: 413 opt: 635 Z-score: 662.1 bits: 133.6 E(32554): 1.5e-30
Smith-Waterman score: 635; 48.5% identity (76.2% similar) in 206 aa overlap (49-252:683-886)
20 30 40 50 60 70
pF1KE0 EEREELLDIRRRKKELIDDIERLKYEIAEVMTEIDNLTSVEESKTTQRNKQIAMGRKKFN
:. :: . : : :... : .: ::
CCDS61 IKHPETINRYGSLNSLESTSSSGIGSYSTQMSGTDNPEQFEVLK--QQKEIIEQGIDLFN
660 670 680 690 700 710
80 90 100 110 120 130
pF1KE0 MDPKKGIQFLIENDLLQSSPEDVAQFLYKGEGLNKTVIGDYLGERDEFNIKVLQAFVELH
::.:::.: :. .: ..:::.::::.. : :..: .:..::. :.:: .:. :.:. :
CCDS61 KKPKRGIQYLQEQGMLGTTPEDIAQFLHQEERLDSTQVGEFLGDNDKFNKEVMYAYVDQH
720 730 740 750 760 770
140 150 160 170 180 190
pF1KE0 EFADLNLVQALRQFLWSFRLPGEAQKIDRMMEAFASRYCLCNPG--VFQSTDTCYVLSFA
.:. ..:.:::.:: .::::::::::::.:: ::.:: :: : .: :.:: :::...
CCDS61 DFSGKDFVSALRMFLEGFRLPGEAQKIDRLMEKFAARYLECNQGQTLFASADTAYVLAYS
780 790 800 810 820 830
200 210 220 230 240 250
pF1KE0 IIMLNTSLHNHNVRDKPTAERFIAMNRGINEGGDLPEELLRNLYESIKNEPFKIPEDDGN
::::.:.::. .:..: : :..: ::::::.. ::::: : .:. : .. ... :
CCDS61 IIMLTTDLHSPQVKNKMTKEQYIKMNRGINDSKDLPEEYLSAIYNEIAGKKISMKETKEL
840 850 860 870 880 890
260 270 280 290 300 310
pF1KE0 DLTHTFFNPDREGWLLKLGGRVKTWKRRWFILTDNCLYYFEYTTDKEPRGIIPLENLSIR
CCDS61 TIPTKSSKQNVASEKQRRLLYNLEMEQMAKTAKALMEAVSHVQAPFTSATHLEHVRPMFK
900 910 920 930 940 950
>>CCDS13411.1 ARFGEF2 gene_id:10564|Hs108|chr20 (1785 aa)
initn: 602 init1: 387 opt: 613 Z-score: 639.3 bits: 129.3 E(32554): 2.7e-29
Smith-Waterman score: 613; 50.5% identity (77.4% similar) in 190 aa overlap (65-252:642-831)
40 50 60 70 80 90
pF1KE0 IDDIERLKYEIAEVMTEIDNLTSVEESKTTQRNKQIAMGRKKFNMDPKKGIQFLIENDLL
:... : : . :: ::.::::: :. .:
CCDS13 RCSVTSMESTVSSGTQTTVQDDPEQFEVIKQQKEIIEHGIELFNKKPKRGIQFLQEQGML
620 630 640 650 660 670
100 110 120 130 140 150
pF1KE0 QSSPEDVAQFLYKGEGLNKTVIGDYLGERDEFNIKVLQAFVELHEFADLNLVQALRQFLW
.: ::.::::.. : :..: .::.::. .:: .:. :.:. .: . ..:.::: ::
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]