Result of FASTA (omim) for
pF1KE0429
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE0429, 428 aa
1>>>pF1KE0429 428 - 428 aa - 428 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 9.7010+/-0.000319; mu= -2.8234+/- 0.020
mean_var=214.4581+/-45.065, 0's: 0 Z-trim(122.8): 11 B-trim: 1000 in 2/55
Lambda= 0.087580
statistics sampled from 41508 (41519) to 41508 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.798), E-opt: 0.2 (0.487), width: 16
Scan time: 11.340
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_001092885 (OMIM: 615754) nuclear envelope pore ( 987) 363 58.3 9.9e-08
XP_016868342 (OMIM: 615753) PREDICTED: nuclear env ( 984) 362 58.2 1.1e-07
XP_016868343 (OMIM: 615753) PREDICTED: nuclear env ( 984) 362 58.2 1.1e-07
XP_006716259 (OMIM: 615753) PREDICTED: nuclear env ( 984) 362 58.2 1.1e-07
NP_742017 (OMIM: 615753) nuclear envelope pore mem ( 984) 362 58.2 1.1e-07
NP_001244119 (OMIM: 615753) nuclear envelope pore ( 999) 362 58.2 1.1e-07
XP_005250783 (OMIM: 615753) PREDICTED: nuclear env (1249) 362 58.3 1.3e-07
XP_005250784 (OMIM: 615753) PREDICTED: nuclear env (1190) 337 55.1 1.1e-06
XP_011515032 (OMIM: 615753) PREDICTED: nuclear env (1153) 239 42.7 0.0059
>>NP_001092885 (OMIM: 615754) nuclear envelope pore memb (987 aa)
initn: 463 init1: 212 opt: 363 Z-score: 259.7 bits: 58.3 E(85289): 9.9e-08
Smith-Waterman score: 589; 33.9% identity (57.6% similar) in 410 aa overlap (22-390:38-443)
10 20 30 40 50
pF1KE0 MDSLWGPGAGSHPFGVHNTRLSPDLCPGKIVLRALKESGAGMPEQDKDPRV
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10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KE0 QENPGDQRRVPEVTGDARPAFRPLRDNGGLSPFVPGPGPLQTDLHAQRSEIRYNQTSQTS
.. ..:: . .:... ::.:: .: . ::: :: :. :..: :. . :. :..:
NP_001 LDGQENKRRRHDSSGSGHSAFEPLVASGVPASFVPKPGSLKRGLNSQSSDDHLNKRSRSS
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160
pF1KE0 WTSSCT----------NRNAISSSYSSTGGLPGLKRRRGPASSHCQLTLSSSKTVSEDRP
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NP_001 SMSSLTGAYTSGIPSSSRNAITSSYSSTRGISQLWKRNGPSSSPFS-SPASSRSQTPERP
130 140 150 160 170 180
170 180 190 200
pF1KE0 -----------QAVSSG------HTQCEKAADIAPGQTLTLRNDSSTSEASRPSTHKFPL
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NP_001 AKKIREEELCHHSSSSTPLAADKESQGEKAADTTPRKKQN-SNSQSTPGSSGQRKRKVQL
190 200 210 220 230 240
210 220 230 240 250
pF1KE0 LPRRRGEPLMLPPPLELGYRVTVEDLDREKEAAFQRINSALQVEDKA------ISDCRPS
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NP_001 LPSRRGEQLTLPPPPQLGYSITAEDLDLEKKASLQWFNQAL--EDKSDAASNSVTETPPT
250 260 270 280 290 300
260 270 280 290 300 310
pF1KE0 -RPSHTLSSLATGASGLPAVSKAPSMDAQQETHKSQDCLGLLDPLASAAGVPSTAPMSGK
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NP_001 TQPSFTFTLPAAATASPPTSLLAPSTNPLLESLKKMQTPPSLPPCPESAGAATTEALSPP
310 320 330 340 350 360
320 330 340 350 360 370
pF1KE0 KHR---PPGPLFSSSDP--LPATSSDSQDSAQVTSLIPAP--FPAASMDAGMRRTRHGTS
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NP_001 KTPSLLPPLGLSQSGPPGLLPSPSFDSKPPTTLLGLIPAPSMVPATDTKAPPTLQAETAT
370 380 390 400 410 420
380 390 400 410 420
pF1KE0 APAAAAAAPPRSTLNPTLGSLLEWMEALHISGPQPQLQQVPRGQNQRSQTSWTSSCPK
: :..: : . .:.
NP_001 KPQATSAPSPAPKQSFLFGTQNTSPSSPAAPAASSASPMFKPIFTAPPKSEKEGLTPPGP
430 440 450 460 470 480
>>XP_016868342 (OMIM: 615753) PREDICTED: nuclear envelop (984 aa)
initn: 493 init1: 209 opt: 362 Z-score: 259.1 bits: 58.2 E(85289): 1.1e-07
Smith-Waterman score: 593; 34.1% identity (57.3% similar) in 410 aa overlap (22-390:38-443)
10 20 30 40 50
pF1KE0 MDSLWGPGAGSHPFGVHNTRLSPDLCPGKIVLRALKESGAGMPEQDKDPRV
.:: : . :: ::::. ...:
XP_016 VRIAPPDRRFSRSAIPEQIISSTLSSPSSNAPDPCAKETVLSALKEKEKKRTVEEEDQIF
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KE0 QENPGDQRRVPEVTGDARPAFRPLRDNGGLSPFVPGPGPLQTDLHAQRSEIRYNQTSQTS
.. ..:: . .:... ::.:: :: . ::: :: :. :..: :. . :. :..:
XP_016 LDGQENKRRRHDSSGSGHSAFEPLVANGVPASFVPKPGSLKRGLNSQSSDDHLNKRSRSS
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160
pF1KE0 WTSSCT----------NRNAISSSYSSTGGLPGLKRRRGPASSHCQLTLSSSKTVSEDRP
:: : .::::.:::::: :. : .: ::.:: . . .::.. . .::
XP_016 SMSSLTGAYASGIPSSSRNAITSSYSSTRGISQLWKRNGPSSSPFS-SPASSRSQTPERP
130 140 150 160 170 180
170 180 190 200
pF1KE0 -----------QAVSSG------HTQCEKAADIAPGQTLTLRNDSSTSEASRPSTHKFPL
.. :: ..: ::::: .: . . :..:: .: .: :
XP_016 AKKIREEELCHHSSSSTPLAADRESQGEKAADTTPRKKQN-SNSQSTPGSSGQRKRKVQL
190 200 210 220 230 240
210 220 230 240 250
pF1KE0 LPRRRGEPLMLPPPLELGYRVTVEDLDREKEAAFQRINSALQVEDKA------ISDCRP-
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XP_016 LPSRRGEQLTLPPPPQLGYSITAEDLDLEKKASLQWFNQAL--EDKSDAASNSVTETPPI
250 260 270 280 290 300
260 270 280 290 300 310
pF1KE0 SRPSHTLSSLATGASGLPAVSKAPSMDAQQETHKSQDCLGLLDPLASAAGVPSTAPMSGK
..:: :.. :.. .. :. ::: . :. :... : : .::. .: .:
XP_016 TQPSFTFTLPAAAPASPPTSLLAPSTNPLLESLKKMQTPPSLPPCPESAGAATTEALSPP
310 320 330 340 350 360
320 330 340 350 360 370
pF1KE0 KHR---PPGPLFSSSDP--LPATSSDSQDSAQVTSLIPAP--FPAASMDAGMRRTRHGTS
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XP_016 KTPSLLPPLGLSQSGPPGLLPSPSFDSKPPTTLLGLIPAPSMVPATDTKAPPTLQAETAT
370 380 390 400 410 420
380 390 400 410 420
pF1KE0 APAAAAAAPPRSTLNPTLGSLLEWMEALHISGPQPQLQQVPRGQNQRSQTSWTSSCPK
: :..: : . .:.
XP_016 KPQATSAPSPAPKQSFLFGTQNTSPSSPAAPAASSAPPMFKPIFTAPPKSEKEGPTPPGP
430 440 450 460 470 480
>>XP_016868343 (OMIM: 615753) PREDICTED: nuclear envelop (984 aa)
initn: 493 init1: 209 opt: 362 Z-score: 259.1 bits: 58.2 E(85289): 1.1e-07
Smith-Waterman score: 593; 34.1% identity (57.3% similar) in 410 aa overlap (22-390:38-443)
10 20 30 40 50
pF1KE0 MDSLWGPGAGSHPFGVHNTRLSPDLCPGKIVLRALKESGAGMPEQDKDPRV
.:: : . :: ::::. ...:
XP_016 VRIAPPDRRFSRSAIPEQIISSTLSSPSSNAPDPCAKETVLSALKEKEKKRTVEEEDQIF
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KE0 QENPGDQRRVPEVTGDARPAFRPLRDNGGLSPFVPGPGPLQTDLHAQRSEIRYNQTSQTS
.. ..:: . .:... ::.:: :: . ::: :: :. :..: :. . :. :..:
XP_016 LDGQENKRRRHDSSGSGHSAFEPLVANGVPASFVPKPGSLKRGLNSQSSDDHLNKRSRSS
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160
pF1KE0 WTSSCT----------NRNAISSSYSSTGGLPGLKRRRGPASSHCQLTLSSSKTVSEDRP
:: : .::::.:::::: :. : .: ::.:: . . .::.. . .::
XP_016 SMSSLTGAYASGIPSSSRNAITSSYSSTRGISQLWKRNGPSSSPFS-SPASSRSQTPERP
130 140 150 160 170 180
170 180 190 200
pF1KE0 -----------QAVSSG------HTQCEKAADIAPGQTLTLRNDSSTSEASRPSTHKFPL
.. :: ..: ::::: .: . . :..:: .: .: :
XP_016 AKKIREEELCHHSSSSTPLAADRESQGEKAADTTPRKKQN-SNSQSTPGSSGQRKRKVQL
190 200 210 220 230 240
210 220 230 240 250
pF1KE0 LPRRRGEPLMLPPPLELGYRVTVEDLDREKEAAFQRINSALQVEDKA------ISDCRP-
:: :::: : :::: .::: .:.:::: ::.:..: .:.:: :::. ... :
XP_016 LPSRRGEQLTLPPPPQLGYSITAEDLDLEKKASLQWFNQAL--EDKSDAASNSVTETPPI
250 260 270 280 290 300
260 270 280 290 300 310
pF1KE0 SRPSHTLSSLATGASGLPAVSKAPSMDAQQETHKSQDCLGLLDPLASAAGVPSTAPMSGK
..:: :.. :.. .. :. ::: . :. :... : : .::. .: .:
XP_016 TQPSFTFTLPAAAPASPPTSLLAPSTNPLLESLKKMQTPPSLPPCPESAGAATTEALSPP
310 320 330 340 350 360
320 330 340 350 360 370
pF1KE0 KHR---PPGPLFSSSDP--LPATSSDSQDSAQVTSLIPAP--FPAASMDAGMRRTRHGTS
: :: : .:. : ::. : ::. . . .::::: ::.. : . ..
XP_016 KTPSLLPPLGLSQSGPPGLLPSPSFDSKPPTTLLGLIPAPSMVPATDTKAPPTLQAETAT
370 380 390 400 410 420
380 390 400 410 420
pF1KE0 APAAAAAAPPRSTLNPTLGSLLEWMEALHISGPQPQLQQVPRGQNQRSQTSWTSSCPK
: :..: : . .:.
XP_016 KPQATSAPSPAPKQSFLFGTQNTSPSSPAAPAASSAPPMFKPIFTAPPKSEKEGPTPPGP
430 440 450 460 470 480
>>XP_006716259 (OMIM: 615753) PREDICTED: nuclear envelop (984 aa)
initn: 493 init1: 209 opt: 362 Z-score: 259.1 bits: 58.2 E(85289): 1.1e-07
Smith-Waterman score: 593; 34.1% identity (57.3% similar) in 410 aa overlap (22-390:38-443)
10 20 30 40 50
pF1KE0 MDSLWGPGAGSHPFGVHNTRLSPDLCPGKIVLRALKESGAGMPEQDKDPRV
.:: : . :: ::::. ...:
XP_006 VRIAPPDRRFSRSAIPEQIISSTLSSPSSNAPDPCAKETVLSALKEKEKKRTVEEEDQIF
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KE0 QENPGDQRRVPEVTGDARPAFRPLRDNGGLSPFVPGPGPLQTDLHAQRSEIRYNQTSQTS
.. ..:: . .:... ::.:: :: . ::: :: :. :..: :. . :. :..:
XP_006 LDGQENKRRRHDSSGSGHSAFEPLVANGVPASFVPKPGSLKRGLNSQSSDDHLNKRSRSS
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pF1KE0 WTSSCT----------NRNAISSSYSSTGGLPGLKRRRGPASSHCQLTLSSSKTVSEDRP
:: : .::::.:::::: :. : .: ::.:: . . .::.. . .::
XP_006 SMSSLTGAYASGIPSSSRNAITSSYSSTRGISQLWKRNGPSSSPFS-SPASSRSQTPERP
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pF1KE0 -----------QAVSSG------HTQCEKAADIAPGQTLTLRNDSSTSEASRPSTHKFPL
.. :: ..: ::::: .: . . :..:: .: .: :
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pF1KE0 LPRRRGEPLMLPPPLELGYRVTVEDLDREKEAAFQRINSALQVEDKA------ISDCRP-
:: :::: : :::: .::: .:.:::: ::.:..: .:.:: :::. ... :
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260 270 280 290 300 310
pF1KE0 SRPSHTLSSLATGASGLPAVSKAPSMDAQQETHKSQDCLGLLDPLASAAGVPSTAPMSGK
..:: :.. :.. .. :. ::: . :. :... : : .::. .: .:
XP_006 TQPSFTFTLPAAAPASPPTSLLAPSTNPLLESLKKMQTPPSLPPCPESAGAATTEALSPP
310 320 330 340 350 360
320 330 340 350 360 370
pF1KE0 KHR---PPGPLFSSSDP--LPATSSDSQDSAQVTSLIPAP--FPAASMDAGMRRTRHGTS
: :: : .:. : ::. : ::. . . .::::: ::.. : . ..
XP_006 KTPSLLPPLGLSQSGPPGLLPSPSFDSKPPTTLLGLIPAPSMVPATDTKAPPTLQAETAT
370 380 390 400 410 420
380 390 400 410 420
pF1KE0 APAAAAAAPPRSTLNPTLGSLLEWMEALHISGPQPQLQQVPRGQNQRSQTSWTSSCPK
: :..: : . .:.
XP_006 KPQATSAPSPAPKQSFLFGTQNTSPSSPAAPAASSAPPMFKPIFTAPPKSEKEGPTPPGP
430 440 450 460 470 480
>>NP_742017 (OMIM: 615753) nuclear envelope pore membran (984 aa)
initn: 493 init1: 209 opt: 362 Z-score: 259.1 bits: 58.2 E(85289): 1.1e-07
Smith-Waterman score: 593; 34.1% identity (57.3% similar) in 410 aa overlap (22-390:38-443)
10 20 30 40 50
pF1KE0 MDSLWGPGAGSHPFGVHNTRLSPDLCPGKIVLRALKESGAGMPEQDKDPRV
.:: : . :: ::::. ...:
NP_742 VRIAPPDRRFSRSAIPEQIISSTLSSPSSNAPDPCAKETVLSALKEKEKKRTVEEEDQIF
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pF1KE0 QENPGDQRRVPEVTGDARPAFRPLRDNGGLSPFVPGPGPLQTDLHAQRSEIRYNQTSQTS
.. ..:: . .:... ::.:: :: . ::: :: :. :..: :. . :. :..:
NP_742 LDGQENKRRRHDSSGSGHSAFEPLVANGVPASFVPKPGSLKRGLNSQSSDDHLNKRSRSS
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120 130 140 150 160
pF1KE0 WTSSCT----------NRNAISSSYSSTGGLPGLKRRRGPASSHCQLTLSSSKTVSEDRP
:: : .::::.:::::: :. : .: ::.:: . . .::.. . .::
NP_742 SMSSLTGAYASGIPSSSRNAITSSYSSTRGISQLWKRNGPSSSPFS-SPASSRSQTPERP
130 140 150 160 170 180
170 180 190 200
pF1KE0 -----------QAVSSG------HTQCEKAADIAPGQTLTLRNDSSTSEASRPSTHKFPL
.. :: ..: ::::: .: . . :..:: .: .: :
NP_742 AKKIREEELCHHSSSSTPLAADRESQGEKAADTTPRKKQN-SNSQSTPGSSGQRKRKVQL
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pF1KE0 LPRRRGEPLMLPPPLELGYRVTVEDLDREKEAAFQRINSALQVEDKA------ISDCRP-
:: :::: : :::: .::: .:.:::: ::.:..: .:.:: :::. ... :
NP_742 LPSRRGEQLTLPPPPQLGYSITAEDLDLEKKASLQWFNQAL--EDKSDAASNSVTETPPI
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260 270 280 290 300 310
pF1KE0 SRPSHTLSSLATGASGLPAVSKAPSMDAQQETHKSQDCLGLLDPLASAAGVPSTAPMSGK
..:: :.. :.. .. :. ::: . :. :... : : .::. .: .:
NP_742 TQPSFTFTLPAAAPASPPTSLLAPSTNPLLESLKKMQTPPSLPPCPESAGAATTEALSPP
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320 330 340 350 360 370
pF1KE0 KHR---PPGPLFSSSDP--LPATSSDSQDSAQVTSLIPAP--FPAASMDAGMRRTRHGTS
: :: : .:. : ::. : ::. . . .::::: ::.. : . ..
NP_742 KTPSLLPPLGLSQSGPPGLLPSPSFDSKPPTTLLGLIPAPSMVPATDTKAPPTLQAETAT
370 380 390 400 410 420
380 390 400 410 420
pF1KE0 APAAAAAAPPRSTLNPTLGSLLEWMEALHISGPQPQLQQVPRGQNQRSQTSWTSSCPK
: :..: : . .:.
NP_742 KPQATSAPSPAPKQSFLFGTQNTSPSSPAAPAASSAPPMFKPIFTAPPKSEKEGPTPPGP
430 440 450 460 470 480
>>NP_001244119 (OMIM: 615753) nuclear envelope pore memb (999 aa)
initn: 493 init1: 209 opt: 362 Z-score: 259.0 bits: 58.2 E(85289): 1.1e-07
Smith-Waterman score: 593; 34.1% identity (57.3% similar) in 410 aa overlap (22-390:38-443)
10 20 30 40 50
pF1KE0 MDSLWGPGAGSHPFGVHNTRLSPDLCPGKIVLRALKESGAGMPEQDKDPRV
.:: : . :: ::::. ...:
NP_001 VRIAPPDRRFSRSAIPEQIISSTLSSPSSNAPDPCAKETVLSALKEKEKKRTVEEEDQIF
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KE0 QENPGDQRRVPEVTGDARPAFRPLRDNGGLSPFVPGPGPLQTDLHAQRSEIRYNQTSQTS
.. ..:: . .:... ::.:: :: . ::: :: :. :..: :. . :. :..:
NP_001 LDGQENKRRRHDSSGSGHSAFEPLVANGVPASFVPKPGSLKRGLNSQSSDDHLNKRSRSS
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120 130 140 150 160
pF1KE0 WTSSCT----------NRNAISSSYSSTGGLPGLKRRRGPASSHCQLTLSSSKTVSEDRP
:: : .::::.:::::: :. : .: ::.:: . . .::.. . .::
NP_001 SMSSLTGAYASGIPSSSRNAITSSYSSTRGISQLWKRNGPSSSPFS-SPASSRSQTPERP
130 140 150 160 170 180
170 180 190 200
pF1KE0 -----------QAVSSG------HTQCEKAADIAPGQTLTLRNDSSTSEASRPSTHKFPL
.. :: ..: ::::: .: . . :..:: .: .: :
NP_001 AKKIREEELCHHSSSSTPLAADRESQGEKAADTTPRKKQN-SNSQSTPGSSGQRKRKVQL
190 200 210 220 230 240
210 220 230 240 250
pF1KE0 LPRRRGEPLMLPPPLELGYRVTVEDLDREKEAAFQRINSALQVEDKA------ISDCRP-
:: :::: : :::: .::: .:.:::: ::.:..: .:.:: :::. ... :
NP_001 LPSRRGEQLTLPPPPQLGYSITAEDLDLEKKASLQWFNQAL--EDKSDAASNSVTETPPI
250 260 270 280 290 300
260 270 280 290 300 310
pF1KE0 SRPSHTLSSLATGASGLPAVSKAPSMDAQQETHKSQDCLGLLDPLASAAGVPSTAPMSGK
..:: :.. :.. .. :. ::: . :. :... : : .::. .: .:
NP_001 TQPSFTFTLPAAAPASPPTSLLAPSTNPLLESLKKMQTPPSLPPCPESAGAATTEALSPP
310 320 330 340 350 360
320 330 340 350 360 370
pF1KE0 KHR---PPGPLFSSSDP--LPATSSDSQDSAQVTSLIPAP--FPAASMDAGMRRTRHGTS
: :: : .:. : ::. : ::. . . .::::: ::.. : . ..
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380 390 400 410 420
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: :..: : . .:.
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:. :: : :. . :: :.. .::.:.. : :::. . . .. . :: .
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: . .:...:.:: :.: : .. .. . : : .:: .::. ..
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:
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XP_011 LDGQENKRRRHDSSGSGHSAFEPLVANGVPASFVPKPGSLKRGLNSQSSDDHLNKRSRSS
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]