Result of FASTA (ccds) for
pF1KE0393
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE0393, 955 aa
1>>>pF1KE0393 955 - 955 aa - 955 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 8.1932+/-0.00102; mu= 7.5017+/- 0.060
mean_var=206.3747+/-44.441, 0's: 0 Z-trim(109.1): 133 B-trim: 3 in 1/52
Lambda= 0.089278
statistics sampled from 10530 (10667) to 10530 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.674), E-opt: 0.2 (0.328), width: 16
Scan time: 3.930
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS47417.1 MDGA1 gene_id:266727|Hs108|chr6 ( 955) 6477 848.3 0
CCDS45098.3 MDGA2 gene_id:161357|Hs108|chr14 ( 956) 3509 466.0 1.6e-130
CCDS41948.1 MDGA2 gene_id:161357|Hs108|chr14 ( 727) 2441 328.3 3.3e-89
CCDS73071.1 MALRD1 gene_id:340895|Hs108|chr10 (2156) 450 72.3 1.1e-11
>>CCDS47417.1 MDGA1 gene_id:266727|Hs108|chr6 (955 aa)
initn: 6477 init1: 6477 opt: 6477 Z-score: 4523.0 bits: 848.3 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 6477; 100.0% identity (100.0% similar) in 955 aa overlap (1-955:1-955)
10 20 30 40 50 60
pF1KE0 MEVTCLLLLALIPFHCRGQGVYAPAQAQIVHAGQACVVKEDNISERVYTIREGDTLMLQC
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CCDS47 MEVTCLLLLALIPFHCRGQGVYAPAQAQIVHAGQACVVKEDNISERVYTIREGDTLMLQC
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE0 LVTGHPRPQVRWTKTAGSASDKFQETSVFNETLRIERIARTQGGRYYCKAENGVGVPAIK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 LVTGHPRPQVRWTKTAGSASDKFQETSVFNETLRIERIARTQGGRYYCKAENGVGVPAIK
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE0 SIRVDVQYLDEPMLTVHQTVSDVRGNFYQEKTVFLRCTVNSNPPARFIWKRGSDTLSHSQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 SIRVDVQYLDEPMLTVHQTVSDVRGNFYQEKTVFLRCTVNSNPPARFIWKRGSDTLSHSQ
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE0 DNGVDIYEPLYTQGETKVLKLKNLRPQDYASYTCQVSVRNVCGIPDKAITFRLTNTTAPP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 DNGVDIYEPLYTQGETKVLKLKNLRPQDYASYTCQVSVRNVCGIPDKAITFRLTNTTAPP
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE0 ALKLSVNETLVVNPGENVTVQCLLTGGDPLPQLQWSHGPGPLPLGALAQGGTLSIPSVQA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 ALKLSVNETLVVNPGENVTVQCLLTGGDPLPQLQWSHGPGPLPLGALAQGGTLSIPSVQA
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE0 RDSGYYNCTATNNVGNPAKKTVNLLVRSMKNATFQITPDVIKESENIQLGQDLKLSCHVD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 RDSGYYNCTATNNVGNPAKKTVNLLVRSMKNATFQITPDVIKESENIQLGQDLKLSCHVD
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KE0 AVPQEKVTYQWFKNGKPARMSKRLLVTRNDPELPAVTSSLELIDLHFSDYGTYLCMASFP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 AVPQEKVTYQWFKNGKPARMSKRLLVTRNDPELPAVTSSLELIDLHFSDYGTYLCMASFP
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KE0 GAPVPDLSVEVNISSETVPPTISVPKGRAVVTVREGSPAELQCEVRGKPRPPVLWSRVDK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 GAPVPDLSVEVNISSETVPPTISVPKGRAVVTVREGSPAELQCEVRGKPRPPVLWSRVDK
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KE0 EAALLPSGLPLEETPDGKLRLERVSRDMSGTYRCQTARYNGFNVRPREAQVQLNVQFPPE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 EAALLPSGLPLEETPDGKLRLERVSRDMSGTYRCQTARYNGFNVRPREAQVQLNVQFPPE
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KE0 VEPSSQDVRQALGRPVLLRCSLLRGSPQRIASAVWRFKGQLLPPPPVVPAAAEAPDHAEL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 VEPSSQDVRQALGRPVLLRCSLLRGSPQRIASAVWRFKGQLLPPPPVVPAAAEAPDHAEL
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KE0 RLDAVTRDSSGSYECSVSNDVGSAACLFQVSAKAYSPEFYFDTPNPTRSHKLSKNYSYVL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 RLDAVTRDSSGSYECSVSNDVGSAACLFQVSAKAYSPEFYFDTPNPTRSHKLSKNYSYVL
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KE0 QWTQREPDAVDPVLNYRLSIRQLNQHNAVVKAIPVRRVEKGQLLEYILTDLRVPHSYEVR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 QWTQREPDAVDPVLNYRLSIRQLNQHNAVVKAIPVRRVEKGQLLEYILTDLRVPHSYEVR
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KE0 LTPYTTFGAGDMASRIIHYTEPINSPNLSDNTCHFEDEKICGYTQDLTDNFDWTRQNALT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 LTPYTTFGAGDMASRIIHYTEPINSPNLSDNTCHFEDEKICGYTQDLTDNFDWTRQNALT
730 740 750 760 770 780
790 800 810 820 830 840
pF1KE0 QNPKRSPNTGPPTDISGTPEGYYMFIETSRPRELGDRARLVSPLYNASAKFYCVSFFYHM
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CCDS47 QNPKRSPNTGPPTDISGTPEGYYMFIETSRPRELGDRARLVSPLYNASAKFYCVSFFYHM
790 800 810 820 830 840
850 860 870 880 890 900
pF1KE0 YGKHIGSLNLLVRSRNKGALDTHAWSLSGNKGNVWQQAHVPISPSGPFQIIFEGVRGPGY
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CCDS47 YGKHIGSLNLLVRSRNKGALDTHAWSLSGNKGNVWQQAHVPISPSGPFQIIFEGVRGPGY
850 860 870 880 890 900
910 920 930 940 950
pF1KE0 LGDIAIDDVTLKKGECPRKQTDPNKVVVMPGSGAPCQSSPQLWGPMAIFLLALQR
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 LGDIAIDDVTLKKGECPRKQTDPNKVVVMPGSGAPCQSSPQLWGPMAIFLLALQR
910 920 930 940 950
>>CCDS45098.3 MDGA2 gene_id:161357|Hs108|chr14 (956 aa)
initn: 3038 init1: 2061 opt: 3509 Z-score: 2457.0 bits: 466.0 E(32554): 1.6e-130
Smith-Waterman score: 3509; 53.7% identity (79.9% similar) in 921 aa overlap (8-919:10-922)
10 20 30 40 50
pF1KE0 MEVTCLLLLALIPFHCRGQGVYAPAQAQIVHAGQACVVKEDNISERVYTIREGDTLML
::... ::::::: ..:::.: :: ..:. ::::::::::.:: :
CCDS45 MDLLYGLVWLLTVLLEGISGQGVYAPPTVRIVHSGLACNIEEERYSERVYTIREGETLEL
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KE0 QCLVTGHPRPQVRWTKTAGSASDKFQETSVFNETLRIERIARTQGGRYYCKAENGVGVPA
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CCDS45 TCLVTGHPRPQIRWTKTAGSASDRFQDSSVFNETLRITNIQRHQGGRYYCKAENGLGSPA
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KE0 IKSIRVDVQYLDEPMLTVHQTVSDVRGNFYQEKTVFLRCTVNSNPPARFIWKRGSDTLSH
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CCDS45 IKSIRVDVYYLDDPVVTVHQSIGEAKEQFYYERTVFLRCVANSNPPVRYSWRRGQEVLLQ
130 140 150 160 170 180
180 190 200 210 220 230
pF1KE0 SQDNGVDIYEPLYTQGETKVLKLKNLRPQDYASYTCQVSVRNVCGIPDKAITFRLTNTTA
..:.::.::::..::::::.::::::::::::.:.: .::::::.:::: ..:::.: ::
CCDS45 GSDKGVEIYEPFFTQGETKILKLKNLRPQDYANYSCIASVRNVCNIPDKMVSFRLSNKTA
190 200 210 220 230 240
240 250 260 270 280 290
pF1KE0 PPALKLSVNETLVVNPGENVTVQCLLTGGDPLPQLQWSHGPGPLPLGALAQGGTLSIPSV
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CCDS45 SPSIKLLVDDPIVVNPGEAITLVCVTTGGEPAPSLTWVRSFGTLPEKTVLNGGTLTIPAI
250 260 270 280 290 300
300 310 320 330 340 350
pF1KE0 QARDSGYYNCTATNNVGNPAKKTVNLLVRSMKNATFQITPDVIKESENIQLGQDLKLSCH
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CCDS45 TSDDAGTYSCIANNNVGNPAKKSTNIIVRALKKGRFWITPDPYHKDDNIQIGREVKISCQ
310 320 330 340 350 360
360 370 380 390 400 410
pF1KE0 VDAVPQEKVTYQWFKNGKPARMSKRLLVTRNDPELPAVTSSLELIDLHFSDYGTYLCMAS
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CCDS45 VEAVPSEELTFSWFKNGRPLRSSERMVITQTDPDVSPGTTNLDIIDLKFTDFGTYTCVAS
370 380 390 400 410 420
420 430 440 450 460 470
pF1KE0 FPGAPVPDLSVEVNISSETVPPTISVPKGRAVVTVREGSPAELQCEVRGKPRPPVLWSRV
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CCDS45 LKGGGISDISIDVNISSSTVPPNLTVPQEKSPLVTREGDTIELQCQVTGKPKPIILWSRA
430 440 450 460 470 480
480 490 500 510 520 530
pF1KE0 DKEAALLPSGLPLEETPDGKLRLERVSRDMSGTYRCQTARYNGFNVRPREAQVQLNVQFP
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CCDS45 DKEVAM-PDGSMQMESYDGTLRIVNVSREMSGMYRCQTSQYNGFNVKPREALVQLIVQYP
490 500 510 520 530
540 550 560 570 580 590
pF1KE0 PEVEPSSQDVRQALGRPVLLRCSLLRGSPQRIASAVWRFKGQLLPPPPVVPAAAEAPDHA
: :::. ..::. : : . : .::. : :. . ::. ..:: . .. ...
CCDS45 PAVEPAFLEIRQGQDRSVTMSCRVLRAYPIRVLTYEWRLGNKLLRT-----GQFDSQEYT
540 550 560 570 580 590
600 610 620 630 640 650
pF1KE0 ELRLDAVTRDSSGSYECSVSNDVGSAACLFQVSAKAYSPEFYFDTPNPTRSHKLSKNYSY
: . ... .. : :.::. :..:.. : : :..:::.::::.:: ::. ... . :::
CCDS45 EYAVKSLSNENYGVYNCSIINEAGAGRCSFLVTGKAYAPEFYYDTYNPVWQNR-HRVYSY
600 610 620 630 640 650
660 670 680 690 700 710
pF1KE0 VLQWTQREPDAVDPVLNYRLSIRQLNQHNAVVKAIPVR-RVEKGQLLEYILTDLRVPHSY
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CCDS45 SLQWTQMNPDAVDRIVAYRLGIRQAGQQRWWEQEIKINGNIQKGELITYNLTELIKPEAY
660 670 680 690 700 710
720 730 740 750 760 770
pF1KE0 EVRLTPYTTFGAGDMASRIIHYTEPINSPNLSDNTCHFEDEKICGYTQDLTDNFDWTRQN
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CCDS45 EVRLTPLTKFGEGDSTIRVIKYSAPVN-PHLREFHCGFEDGNICLFTQDDTDNFDWTKQS
720 730 740 750 760 770
780 790 800 810 820 830
pF1KE0 ALTQNPKRSPNTGPPTDISGTPEGYYMFIETSRPRELGDRARLVSPLYNASAK-------
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CCDS45 TATRNTKYTPNTGPNADRSGSKEGFYMYIETSRPRLEGEKARLLSPVFSIAPKNPYGPTN
780 790 800 810 820 830
840 850 860 870 880
pF1KE0 -FYCVSFFYHMYGKHIGSLNLLVRSRNKGALDTHAWSLSGNKGNVWQQAHVPISPSGPFQ
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CCDS45 TAYCFSFFYHMYGQHIGVLNVYLRLKGQTTIENPLWSSSGNKGQRWNEAHVNIYPITSFQ
840 850 860 870 880 890
890 900 910 920 930 940
pF1KE0 IIFEGVRGPGYLGDIAIDDVTLKKGECPRKQTDPNKVVVMPGSGAPCQSSPQLWGPMAIF
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CCDS45 LIFEGIRGPGIEGDIAIDDVSIAEGECAKQDLATKNSVDGAVGILVHIWLFPIIVLISIL
900 910 920 930 940 950
>>CCDS41948.1 MDGA2 gene_id:161357|Hs108|chr14 (727 aa)
initn: 1970 init1: 993 opt: 2441 Z-score: 1715.1 bits: 328.3 E(32554): 3.3e-89
Smith-Waterman score: 2441; 49.3% identity (77.1% similar) in 700 aa overlap (229-919:2-693)
200 210 220 230 240 250
pF1KE0 LKLKNLRPQDYASYTCQVSVRNVCGIPDKAITFRLTNTTAPPALKLSVNETLVVNPGENV
..:::.: :: :..:: :.. .:::::: .
CCDS41 MVSFRLSNKTASPSIKLLVDDPIVVNPGEAI
10 20 30
260 270 280 290 300 310
pF1KE0 TVQCLLTGGDPLPQLQWSHGPGPLPLGALAQGGTLSIPSVQARDSGYYNCTATNNVGNPA
:. :. :::.: :.: : .. : :: .. .::::.::.. . :.: :.: :.:::::::
CCDS41 TLVCVTTGGEPAPSLTWVRSFGTLPEKTVLNGGTLTIPAITSDDAGTYSCIANNNVGNPA
40 50 60 70 80 90
320 330 340 350 360 370
pF1KE0 KKTVNLLVRSMKNATFQITPDVIKESENIQLGQDLKLSCHVDAVPQEKVTYQWFKNGKPA
::..:..::..:.. : :::: ....:::.:...:.::.:.:::.:..:..:::::.:
CCDS41 KKSTNIIVRALKKGRFWITPDPYHKDDNIQIGREVKISCQVEAVPSEELTFSWFKNGRPL
100 110 120 130 140 150
380 390 400 410 420 430
pF1KE0 RMSKRLLVTRNDPELPAVTSSLELIDLHFSDYGTYLCMASFPGAPVPDLSVEVNISSETV
: :.:...:..::.. :..:..:::.:.:.::: :.::. :. . :.:..::::: ::
CCDS41 RSSERMVITQTDPDVSPGTTNLDIIDLKFTDFGTYTCVASLKGGGISDISIDVNISSSTV
160 170 180 190 200 210
440 450 460 470 480 490
pF1KE0 PPTISVPKGRAVVTVREGSPAELQCEVRGKPRPPVLWSRVDKEAALLPSGLPLEETPDGK
::...::. .. ...:::. ::::.: :::.: .::::.:::.:. :.: :. ::
CCDS41 PPNLTVPQEKSPLVTREGDTIELQCQVTGKPKPIILWSRADKEVAM-PDGSMQMESYDGT
220 230 240 250 260 270
500 510 520 530 540 550
pF1KE0 LRLERVSRDMSGTYRCQTARYNGFNVRPREAQVQLNVQFPPEVEPSSQDVRQALGRPVLL
::. :::.::: :::::..::::::.:::: ::: ::.:: :::. ..::. : : .
CCDS41 LRIVNVSREMSGMYRCQTSQYNGFNVKPREALVQLIVQYPPAVEPAFLEIRQGQDRSVTM
280 290 300 310 320 330
560 570 580 590 600 610
pF1KE0 RCSLLRGSPQRIASAVWRFKGQLLPPPPVVPAAAEAPDHAELRLDAVTRDSSGSYECSVS
: .::. : :. . ::. ..:: . .. ...: . ... .. : :.::.
CCDS41 SCRVLRAYPIRVLTYEWRLGNKLLR-----TGQFDSQEYTEYAVKSLSNENYGVYNCSII
340 350 360 370 380
620 630 640 650 660 670
pF1KE0 NDVGSAACLFQVSAKAYSPEFYFDTPNPTRSHKLSKNYSYVLQWTQREPDAVDPVLNYRL
:..:.. : : :..:::.::::.:: ::. ... . ::: ::::: .::::: .. :::
CCDS41 NEAGAGRCSFLVTGKAYAPEFYYDTYNPVWQNR-HRVYSYSLQWTQMNPDAVDRIVAYRL
390 400 410 420 430 440
680 690 700 710 720 730
pF1KE0 SIRQLNQHNAVVKAIPVR-RVEKGQLLEYILTDLRVPHSYEVRLTPYTTFGAGDMASRII
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CCDS41 GIRQAGQQRWWEQEIKINGNIQKGELITYNLTELIKPEAYEVRLTPLTKFGEGDSTIRVI
450 460 470 480 490 500
740 750 760 770 780 790
pF1KE0 HYTEPINSPNLSDNTCHFEDEKICGYTQDLTDNFDWTRQNALTQNPKRSPNTGPPTDISG
.:. :.: :.: . : ::: .:: .::: :::::::.:.. :.: : .::::: .: ::
CCDS41 KYSAPVN-PHLREFHCGFEDGNICLFTQDDTDNFDWTKQSTATRNTKYTPNTGPNADRSG
510 520 530 540 550 560
800 810 820 830 840
pF1KE0 TPEGYYMFIETSRPRELGDRARLVSPLYNASAK--------FYCVSFFYHMYGKHIGSLN
. ::.::.::::::: :..:::.::... . : :: ::::::::.::: ::
CCDS41 SKEGFYMYIETSRPRLEGEKARLLSPVFSIAPKNPYGPTNTAYCFSFFYHMYGQHIGVLN
570 580 590 600 610 620
850 860 870 880 890 900
pF1KE0 LLVRSRNKGALDTHAWSLSGNKGNVWQQAHVPISPSGPFQIIFEGVRGPGYLGDIAIDDV
. .: ... .... :: :::::. :..::: : : ::.::::.:::: ::::::::
CCDS41 VYLRLKGQTTIENPLWSSSGNKGQRWNEAHVNIYPITSFQLIFEGIRGPGIEGDIAIDDV
630 640 650 660 670 680
910 920 930 940 950
pF1KE0 TLKKGECPRKQTDPNKVVVMPGSGAPCQSSPQLWGPMAIFLLALQR
.. .::: ..
CCDS41 SIAEGECAKQDLATKNSVDGAVGILVHIWLFPIIVLISILSPRR
690 700 710 720
>>CCDS73071.1 MALRD1 gene_id:340895|Hs108|chr10 (2156 aa)
initn: 713 init1: 254 opt: 450 Z-score: 322.9 bits: 72.3 E(32554): 1.1e-11
Smith-Waterman score: 450; 37.3% identity (61.8% similar) in 217 aa overlap (731-941:845-1048)
710 720 730 740 750
pF1KE0 GQLLEYILTDLRVPHSYEVRLTPYTTFGAGDMASRIIHYTEPIN-SPNLSDNTCHFEDEK
:... :. .: .:.:. :.::
CCDS73 TLPLPAESCEGLDHFWCRHTRACIEKLRLCDLVDDCGDRTDEVNCAPELQ---CNFET-G
820 830 840 850 860 870
760 770 780 790 800 810
pF1KE0 ICGYTQDLTDNFDWTRQNALTQNPKRSPNTGPPTDIS-GTPEGYYMFIETSRPRELGDRA
::.. :: :.::::: .:.: . :::: : . :: .:.:..::.:.:. . : :
CCDS73 ICNWEQDAKDDFDWTR----SQGPTPTLNTGPMKDNTLGTAKGHYLYIESSEPQAFQDSA
880 890 900 910 920
820 830 840 850 860 870
pF1KE0 RLVSPLYNASAKFYCV-SFFYHMYGKHIGSLNLLVR--SRNKGALDTHAWSLSGNKGNVW
:.::. ::. :. :.:::.::.: : . : : ..: : :.. ::.:: :
CCDS73 ALLSPILNATDTKGCTFRFYYHMFGKRIYRLAIYQRIWSDSRGQL---LWQIFGNQGNRW
930 940 950 960 970 980
880 890 900 910 920 930
pF1KE0 QQAHVPISPSGPFQIIFEGVRGPGYLGDIAIDDVTLKKGECPRKQTD-PNKVVVMPGSGA
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CCDS73 IRKHLNISSRQPFQILVEASVGDGFTGDIAIDDLSFM--DCTLYPGNLPADLPTPPETSV
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