Result of FASTA (omim) for
pF1KE0392
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE0392, 931 aa
1>>>pF1KE0392 931 - 931 aa - 931 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.4743+/-0.000409; mu= 21.0931+/- 0.025
mean_var=83.3094+/-17.191, 0's: 0 Z-trim(112.4): 408 B-trim: 876 in 1/50
Lambda= 0.140516
statistics sampled from 20859 (21282) to 20859 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.602), E-opt: 0.2 (0.25), width: 16
Scan time: 13.950
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_061740 (OMIM: 606291) protocadherin gamma-A4 is ( 962) 6056 1238.4 0
NP_114442 (OMIM: 606291) protocadherin gamma-A4 is ( 851) 5214 1067.7 0
NP_061739 (OMIM: 606290) protocadherin gamma-A3 is ( 932) 4693 962.1 0
NP_061742 (OMIM: 606293) protocadherin gamma-A6 is ( 932) 4673 958.0 0
NP_061741 (OMIM: 606292) protocadherin gamma-A5 is ( 931) 4615 946.3 0
NP_114477 (OMIM: 606295) protocadherin gamma-A8 is ( 932) 4587 940.6 0
NP_061743 (OMIM: 606294) protocadherin gamma-A7 is ( 932) 4562 935.5 0
NP_061738 (OMIM: 606289) protocadherin gamma-A2 is ( 932) 4538 930.7 0
NP_061736 (OMIM: 606297) protocadherin gamma-A10 i ( 936) 4524 927.8 0
NP_061737 (OMIM: 606298) protocadherin gamma-A11 i ( 935) 4517 926.4 0
NP_003726 (OMIM: 603059) protocadherin gamma-A12 i ( 932) 4509 924.8 0
NP_061735 (OMIM: 606288) protocadherin gamma-A1 is ( 931) 4479 918.7 0
NP_061744 (OMIM: 606296) protocadherin gamma-A9 is ( 932) 4474 917.7 0
NP_114400 (OMIM: 606290) protocadherin gamma-A3 is ( 829) 3861 793.4 0
NP_114475 (OMIM: 606293) protocadherin gamma-A6 is ( 818) 3838 788.7 0
NP_114443 (OMIM: 606292) protocadherin gamma-A5 is ( 813) 3773 775.5 0
NP_054723 (OMIM: 606295) protocadherin gamma-A8 is ( 820) 3755 771.9 0
NP_114476 (OMIM: 606294) protocadherin gamma-A7 is ( 817) 3728 766.4 0
NP_114398 (OMIM: 606289) protocadherin gamma-A2 is ( 823) 3708 762.4 0
NP_114480 (OMIM: 606298) protocadherin gamma-A11 i ( 837) 3696 759.9 1.2e-218
NP_114479 (OMIM: 606297) protocadherin gamma-A10 i ( 850) 3693 759.3 1.8e-218
NP_115265 (OMIM: 603059) protocadherin gamma-A12 i ( 820) 3677 756.1 1.6e-217
NP_114478 (OMIM: 606296) protocadherin gamma-A9 is ( 828) 3643 749.2 2e-215
NP_114382 (OMIM: 606288) protocadherin gamma-A1 is ( 823) 3637 748.0 4.5e-215
NP_061746 (OMIM: 606300) protocadherin gamma-B2 is ( 931) 3062 631.4 6.1e-180
NP_061750 (OMIM: 606304) protocadherin gamma-B7 is ( 929) 3038 626.6 1.8e-178
NP_061745 (OMIM: 606299) protocadherin gamma-B1 is ( 927) 3023 623.5 1.5e-177
NP_061748 (OMIM: 606302) protocadherin gamma-B5 is ( 923) 3020 622.9 2.2e-177
NP_061749 (OMIM: 606303) protocadherin gamma-B6 is ( 930) 3020 622.9 2.2e-177
NP_061747 (OMIM: 606301) protocadherin gamma-B3 is ( 929) 3017 622.3 3.4e-177
NP_002579 (OMIM: 603627) protocadherin gamma-C3 is ( 934) 2976 614.0 1.1e-174
NP_003727 (OMIM: 603058) protocadherin gamma-B4 is ( 923) 2961 611.0 8.9e-174
NP_114481 (OMIM: 606298) protocadherin gamma-A11 i ( 750) 2809 580.1 1.4e-164
NP_061751 (OMIM: 606305) protocadherin gamma-C4 is ( 938) 2782 574.7 7.5e-163
NP_115267 (OMIM: 606300) protocadherin gamma-B2 is ( 811) 2249 466.6 2.3e-130
NP_115272 (OMIM: 606304) protocadherin gamma-B7 is ( 808) 2223 461.3 8.7e-129
NP_115271 (OMIM: 606303) protocadherin gamma-B6 is ( 820) 2219 460.5 1.5e-128
NP_115270 (OMIM: 606302) protocadherin gamma-B5 is ( 818) 2210 458.7 5.5e-128
NP_115266 (OMIM: 606299) protocadherin gamma-B1 is ( 810) 2197 456.0 3.4e-127
NP_115268 (OMIM: 606301) protocadherin gamma-B3 is ( 814) 2196 455.8 3.9e-127
NP_061758 (OMIM: 606341) protocadherin beta-15 pre ( 787) 2160 448.5 6e-125
NP_061993 (OMIM: 606334) protocadherin beta-8 prec ( 801) 2157 447.9 9.2e-125
NP_115269 (OMIM: 603058) protocadherin gamma-B4 is ( 803) 2157 447.9 9.3e-125
NP_115778 (OMIM: 603627) protocadherin gamma-C3 is ( 863) 2143 445.1 7e-124
NP_061756 (OMIM: 606339) protocadherin beta-13 pre ( 798) 2139 444.3 1.2e-123
NP_061992 (OMIM: 606335) protocadherin beta-9 prec ( 797) 2124 441.2 9.5e-123
NP_061760 (OMIM: 606329) protocadherin beta-3 prec ( 796) 2119 440.2 1.9e-122
NP_061754 (OMIM: 606337) protocadherin beta-11 pre ( 797) 2106 437.6 1.2e-121
NP_061761 (OMIM: 606330) protocadherin beta-4 prec ( 795) 2095 435.3 5.6e-121
NP_061753 (OMIM: 606336) protocadherin beta-10 pre ( 800) 2090 434.3 1.1e-120
>>NP_061740 (OMIM: 606291) protocadherin gamma-A4 isofor (962 aa)
initn: 6056 init1: 6056 opt: 6056 Z-score: 6631.5 bits: 1238.4 E(85289): 0
Smith-Waterman score: 6056; 100.0% identity (100.0% similar) in 931 aa overlap (1-931:32-962)
10 20 30
pF1KE0 MAAPPARPDHTRLLQICLLLGVLVEIRAEQ
::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 HFILDPEDPGAPQASTEGKPKHRRLRGGVVMAAPPARPDHTRLLQICLLLGVLVEIRAEQ
10 20 30 40 50 60
40 50 60 70 80 90
pF1KE0 ILYSVFEEQEEGSVVGNIAKDLGLAPRELAERGVRIVSRGRTQLFALNPRSGTLVTAGRI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 ILYSVFEEQEEGSVVGNIAKDLGLAPRELAERGVRIVSRGRTQLFALNPRSGTLVTAGRI
70 80 90 100 110 120
100 110 120 130 140 150
pF1KE0 DREELCDRSPNCVTNLEILLEDTVKILRVEVEIIDVNDNPPSFGTEQREIKVAENENPGA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 DREELCDRSPNCVTNLEILLEDTVKILRVEVEIIDVNDNPPSFGTEQREIKVAENENPGA
130 140 150 160 170 180
160 170 180 190 200 210
pF1KE0 RFPLPEAFDPDVGVNSLQGYQLNSNGYFSLDVQSGADGIKYPELVLERALDREEEAVHHL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 RFPLPEAFDPDVGVNSLQGYQLNSNGYFSLDVQSGADGIKYPELVLERALDREEEAVHHL
190 200 210 220 230 240
220 230 240 250 260 270
pF1KE0 VLTAFDGGDPVRSGTARILIILVDTNDNAPVFTQPEYHVSVRENVPVGTRLLTVKATDPD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 VLTAFDGGDPVRSGTARILIILVDTNDNAPVFTQPEYHVSVRENVPVGTRLLTVKATDPD
250 260 270 280 290 300
280 290 300 310 320 330
pF1KE0 EGANGDVTYSFRKVRDKISQLFQLNSLSGDITILGGLDYEDSGFYDIDVEAHDGPGLRAR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 EGANGDVTYSFRKVRDKISQLFQLNSLSGDITILGGLDYEDSGFYDIDVEAHDGPGLRAR
310 320 330 340 350 360
340 350 360 370 380 390
pF1KE0 SKVLVTVLDENDNAPEVTVTSLTSSVQESSSPGTVIALFNVHDSDSGGNGLVTCSIPDNL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 SKVLVTVLDENDNAPEVTVTSLTSSVQESSSPGTVIALFNVHDSDSGGNGLVTCSIPDNL
370 380 390 400 410 420
400 410 420 430 440 450
pF1KE0 PFTLEKTYGNYYRLLTHRTLDREEVSEYNITVTATDQGTPPLSTETHISLQVMDINDNPP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 PFTLEKTYGNYYRLLTHRTLDREEVSEYNITVTATDQGTPPLSTETHISLQVMDINDNPP
430 440 450 460 470 480
460 470 480 490 500 510
pF1KE0 TFPHASYSAYIPENNPRGASILSMTAQDPDSGDNARITYSLAEDTFQGAPLSSYVSINSN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 TFPHASYSAYIPENNPRGASILSMTAQDPDSGDNARITYSLAEDTFQGAPLSSYVSINSN
490 500 510 520 530 540
520 530 540 550 560 570
pF1KE0 TGILYALCSFDYEQFRDLQLLMTASDSGDPPLSSNVSLSLFVLDQNDNVPEILYPTFPTD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 TGILYALCSFDYEQFRDLQLLMTASDSGDPPLSSNVSLSLFVLDQNDNVPEILYPTFPTD
550 560 570 580 590 600
580 590 600 610 620 630
pF1KE0 GSTGVELAPRSADSGYLVTKVVAVDRDSGQNAWLSYSLLKSSEPGLFAVGLHTGEVRTAR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 GSTGVELAPRSADSGYLVTKVVAVDRDSGQNAWLSYSLLKSSEPGLFAVGLHTGEVRTAR
610 620 630 640 650 660
640 650 660 670 680 690
pF1KE0 ALLDRDALKQRLVVVVQDHGQPPLSATVTLTVAVADSIPDVLADLGSLKPSADPDDSGLT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 ALLDRDALKQRLVVVVQDHGQPPLSATVTLTVAVADSIPDVLADLGSLKPSADPDDSGLT
670 680 690 700 710 720
700 710 720 730 740 750
pF1KE0 LYLVVAVAAVSCVFLAFVTVLLALKLRRWHKSRLLHAEGSRLAGVPASHFVGVDGVRAFL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 LYLVVAVAAVSCVFLAFVTVLLALKLRRWHKSRLLHAEGSRLAGVPASHFVGVDGVRAFL
730 740 750 760 770 780
760 770 780 790 800 810
pF1KE0 QTYSHEVSLTADSRKSHLIFSQPSYADTLISRESCEKSEPLLITQDLLETKGDPNLQQAP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 QTYSHEVSLTADSRKSHLIFSQPSYADTLISRESCEKSEPLLITQDLLETKGDPNLQQAP
790 800 810 820 830 840
820 830 840 850 860 870
pF1KE0 PNTDWRFSQAQRPGTSGSQNGDDTGTWPNNQFDTEMLQAMILASASEAADGSSTLGGGAG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 PNTDWRFSQAQRPGTSGSQNGDDTGTWPNNQFDTEMLQAMILASASEAADGSSTLGGGAG
850 860 870 880 890 900
880 890 900 910 920 930
pF1KE0 TMGLSARYGPQFTLQHVPDYRQNVYIPGSNATLTNAAGKRDGKAPAGGNGNKKKSGKKEK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 TMGLSARYGPQFTLQHVPDYRQNVYIPGSNATLTNAAGKRDGKAPAGGNGNKKKSGKKEK
910 920 930 940 950 960
pF1KE0 K
:
NP_061 K
>>NP_114442 (OMIM: 606291) protocadherin gamma-A4 isofor (851 aa)
initn: 5214 init1: 5214 opt: 5214 Z-score: 5709.7 bits: 1067.7 E(85289): 0
Smith-Waterman score: 5214; 100.0% identity (100.0% similar) in 807 aa overlap (1-807:32-838)
10 20 30
pF1KE0 MAAPPARPDHTRLLQICLLLGVLVEIRAEQ
::::::::::::::::::::::::::::::
NP_114 HFILDPEDPGAPQASTEGKPKHRRLRGGVVMAAPPARPDHTRLLQICLLLGVLVEIRAEQ
10 20 30 40 50 60
40 50 60 70 80 90
pF1KE0 ILYSVFEEQEEGSVVGNIAKDLGLAPRELAERGVRIVSRGRTQLFALNPRSGTLVTAGRI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_114 ILYSVFEEQEEGSVVGNIAKDLGLAPRELAERGVRIVSRGRTQLFALNPRSGTLVTAGRI
70 80 90 100 110 120
100 110 120 130 140 150
pF1KE0 DREELCDRSPNCVTNLEILLEDTVKILRVEVEIIDVNDNPPSFGTEQREIKVAENENPGA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_114 DREELCDRSPNCVTNLEILLEDTVKILRVEVEIIDVNDNPPSFGTEQREIKVAENENPGA
130 140 150 160 170 180
160 170 180 190 200 210
pF1KE0 RFPLPEAFDPDVGVNSLQGYQLNSNGYFSLDVQSGADGIKYPELVLERALDREEEAVHHL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_114 RFPLPEAFDPDVGVNSLQGYQLNSNGYFSLDVQSGADGIKYPELVLERALDREEEAVHHL
190 200 210 220 230 240
220 230 240 250 260 270
pF1KE0 VLTAFDGGDPVRSGTARILIILVDTNDNAPVFTQPEYHVSVRENVPVGTRLLTVKATDPD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_114 VLTAFDGGDPVRSGTARILIILVDTNDNAPVFTQPEYHVSVRENVPVGTRLLTVKATDPD
250 260 270 280 290 300
280 290 300 310 320 330
pF1KE0 EGANGDVTYSFRKVRDKISQLFQLNSLSGDITILGGLDYEDSGFYDIDVEAHDGPGLRAR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_114 EGANGDVTYSFRKVRDKISQLFQLNSLSGDITILGGLDYEDSGFYDIDVEAHDGPGLRAR
310 320 330 340 350 360
340 350 360 370 380 390
pF1KE0 SKVLVTVLDENDNAPEVTVTSLTSSVQESSSPGTVIALFNVHDSDSGGNGLVTCSIPDNL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_114 SKVLVTVLDENDNAPEVTVTSLTSSVQESSSPGTVIALFNVHDSDSGGNGLVTCSIPDNL
370 380 390 400 410 420
400 410 420 430 440 450
pF1KE0 PFTLEKTYGNYYRLLTHRTLDREEVSEYNITVTATDQGTPPLSTETHISLQVMDINDNPP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_114 PFTLEKTYGNYYRLLTHRTLDREEVSEYNITVTATDQGTPPLSTETHISLQVMDINDNPP
430 440 450 460 470 480
460 470 480 490 500 510
pF1KE0 TFPHASYSAYIPENNPRGASILSMTAQDPDSGDNARITYSLAEDTFQGAPLSSYVSINSN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_114 TFPHASYSAYIPENNPRGASILSMTAQDPDSGDNARITYSLAEDTFQGAPLSSYVSINSN
490 500 510 520 530 540
520 530 540 550 560 570
pF1KE0 TGILYALCSFDYEQFRDLQLLMTASDSGDPPLSSNVSLSLFVLDQNDNVPEILYPTFPTD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_114 TGILYALCSFDYEQFRDLQLLMTASDSGDPPLSSNVSLSLFVLDQNDNVPEILYPTFPTD
550 560 570 580 590 600
580 590 600 610 620 630
pF1KE0 GSTGVELAPRSADSGYLVTKVVAVDRDSGQNAWLSYSLLKSSEPGLFAVGLHTGEVRTAR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_114 GSTGVELAPRSADSGYLVTKVVAVDRDSGQNAWLSYSLLKSSEPGLFAVGLHTGEVRTAR
610 620 630 640 650 660
640 650 660 670 680 690
pF1KE0 ALLDRDALKQRLVVVVQDHGQPPLSATVTLTVAVADSIPDVLADLGSLKPSADPDDSGLT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_114 ALLDRDALKQRLVVVVQDHGQPPLSATVTLTVAVADSIPDVLADLGSLKPSADPDDSGLT
670 680 690 700 710 720
700 710 720 730 740 750
pF1KE0 LYLVVAVAAVSCVFLAFVTVLLALKLRRWHKSRLLHAEGSRLAGVPASHFVGVDGVRAFL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_114 LYLVVAVAAVSCVFLAFVTVLLALKLRRWHKSRLLHAEGSRLAGVPASHFVGVDGVRAFL
730 740 750 760 770 780
760 770 780 790 800 810
pF1KE0 QTYSHEVSLTADSRKSHLIFSQPSYADTLISRESCEKSEPLLITQDLLETKGDPNLQQAP
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_114 QTYSHEVSLTADSRKSHLIFSQPSYADTLISRESCEKSEPLLITQDLLETKGDPNLQVSQ
790 800 810 820 830 840
820 830 840 850 860 870
pF1KE0 PNTDWRFSQAQRPGTSGSQNGDDTGTWPNNQFDTEMLQAMILASASEAADGSSTLGGGAG
NP_114 SYNRSYHTEI
850
>>NP_061739 (OMIM: 606290) protocadherin gamma-A3 isofor (932 aa)
initn: 3869 init1: 3869 opt: 4693 Z-score: 5138.4 bits: 962.1 E(85289): 0
Smith-Waterman score: 4693; 77.8% identity (91.1% similar) in 920 aa overlap (13-931:13-932)
10 20 30 40 50 60
pF1KE0 MAAPPARPDHTRLLQICLLLGVLVEIRAEQILYSVFEEQEEGSVVGNIAKDLGLAPRELA
: .: :::.: : . :: ::: :: ..:: :::::.:::: :::::
NP_061 MTNCLSFRNGRGLALLCALLGTLCETGSGQIRYSVSEELDKGSFVGNIANDLGLEPRELA
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE0 ERGVRIVSRGRTQLFALNPRSGTLVTAGRIDREELCDRSPNCVTNLEILLEDTVKILRVE
:::::::::::::::.:::.::.:::: :::::::: . : :.....::.:: .::..::
NP_061 ERGVRIVSRGRTQLFSLNPQSGSLVTAERIDREELCAQIPLCLVKINILVEDKLKIFEVE
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE0 VEIIDVNDNPPSFGTEQREIKVAENENPGARFPLPEAFDPDVGVNSLQGYQLNSNGYFSL
.:: :.::: :.: ::. :::..: ::.:::. :::::::.::::.:.:. : ::::
NP_061 IEIKDINDNAPNFPTEELEIKIGELTVPGTRFPIKTAFDPDVGINSLQNYKLSPNDYFSL
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE0 DVQSGADGIKYPELVLERALDREEEAVHHLVLTAFDGGDPVRSGTARILIILVDTNDNAP
:.: ..: ::::::::::::::.. .:.:::.: ::::::.::. .: .:..:.::: :
NP_061 AVNSVSEGAKYPELVLERALDREKKEIHQLVLVASDGGDPVHSGNLHIQVIVLDANDNPP
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE0 VFTQPEYHVSVRENVPVGTRLLTVKATDPDEGANGDVTYSFRKVRDKISQLFQLNSLSGD
.::::::.::: ::::::::::::.::::::: :..:.: . :. ::...:.:::.::.
NP_061 MFTQPEYRVSVWENVPVGTRLLTVNATDPDEGFNAQVSYILDKMPGKIAEIFHLNSVSGE
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE0 ITILGGLDYEDSGFYDIDVEAHDGPGLRARSKVLVTVLDENDNAPEVTVTSLTSSVQESS
..:: .:::::. ::.: .::.::::: .:.:.:::::: ::::::.:.::::::: : .
NP_061 VSILKSLDYEDAMFYEIKIEAQDGPGLLSRAKILVTVLDVNDNAPEITITSLTSSVPEEG
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KE0 SPGTVIALFNVHDSDSGGNGLVTCSIPDNLPFTLEKTYGNYYRLLTHRTLDREEVSEYNI
. : :::..::: ::: :: : . :::: :::. .::::.: .::::..:::::
NP_061 TVGREIALIDVHDRDSGQNGQVEVFVLGNLPFKLEKSIDQYYRLVTATSLDREQISEYNI
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KE0 TVTATDQGTPPLSTETHISLQVMDINDNPPTFPHASYSAYIPENNPRGASILSMTAQDPD
.. :.: :.:::::::::.:.:.::::::::::: ::::::::::::::::.:.::::::
NP_061 SLRASDGGSPPLSTETHITLHVIDINDNPPTFPHLSYSAYIPENNPRGASIFSVTAQDPD
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KE0 SGDNARITYSLAEDTFQGAPLSSYVSINSNTGILYALCSFDYEQFRDLQLLMTASDSGDP
:..::::::.:.:::.:::::::.::::::::.:::: ::::::::::.::.::::::.:
NP_061 SNNNARITYALTEDTLQGAPLSSFVSINSNTGVLYALRSFDYEQFRDLKLLVTASDSGNP
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KE0 PLSSNVSLSLFVLDQNDNVPEILYPTFPTDGSTGVELAPRSADSGYLVTKVVAVDRDSGQ
::::::::.:::::::::.::::::..:::::::::::::::. ::::::::::::::::
NP_061 PLSSNVSLNLFVLDQNDNAPEILYPALPTDGSTGVELAPRSAEPGYLVTKVVAVDRDSGQ
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KE0 NAWLSYSLLKSSEPGLFAVGLHTGEVRTARALLDRDALKQRLVVVVQDHGQPPLSATVTL
:::::: :::.::::::.:::::::::::::::::::::: :::.:::::::::::::::
NP_061 NAWLSYRLLKASEPGLFSVGLHTGEVRTARALLDRDALKQSLVVAVQDHGQPPLSATVTL
610 620 630 640 650 660
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pF1KE0 TVAVADSIPDVLADLGSLKPSADPDDSGLTLYLVVAVAAVSCVFLAFVTVLLALKLRRWH
:::::: :::.:::::::.::: :.:: :::::::::::::::::::: :::::.:::::
NP_061 TVAVADRIPDILADLGSLEPSAKPNDSDLTLYLVVAVAAVSCVFLAFVIVLLALRLRRWH
670 680 690 700 710 720
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pF1KE0 KSRLLHAEGSRLAGVPASHFVGVDGVRAFLQTYSHEVSLTADSRKSHLIFSQPSYADTLI
:::::.: :. ::..:.:::::.::::::::::::::::::::::::::: ::.::::::
NP_061 KSRLLQASGGGLASTPGSHFVGADGVRAFLQTYSHEVSLTADSRKSHLIFPQPNYADTLI
730 740 750 760 770 780
790 800 810 820 830
pF1KE0 SRESCEKSEPLLITQDLLETKGDPNL-QQAPPNTDWRFSQAQRPGTSGSQNGDDTGTWPN
:.::::::::::::::::: ::: :: :::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 SQESCEKSEPLLITQDLLEMKGDSNLLQQAPPNTDWRFSQAQRPGTSGSQNGDDTGTWPN
790 800 810 820 830 840
840 850 860 870 880 890
pF1KE0 NQFDTEMLQAMILASASEAADGSSTLGGGAGTMGLSARYGPQFTLQHVPDYRQNVYIPGS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 NQFDTEMLQAMILASASEAADGSSTLGGGAGTMGLSARYGPQFTLQHVPDYRQNVYIPGS
850 860 870 880 890 900
900 910 920 930
pF1KE0 NATLTNAAGKRDGKAPAGGNGNKKKSGKKEKK
::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 NATLTNAAGKRDGKAPAGGNGNKKKSGKKEKK
910 920 930
>>NP_061742 (OMIM: 606293) protocadherin gamma-A6 isofor (932 aa)
initn: 3840 init1: 3840 opt: 4673 Z-score: 5116.5 bits: 958.0 E(85289): 0
Smith-Waterman score: 4673; 77.1% identity (90.9% similar) in 931 aa overlap (3-931:2-932)
10 20 30 40 50
pF1KE0 MAAPPAR-PDHTRLLQICLLLGVLVEIRAEQILYSVFEEQEEGSVVGNIAKDLGLAPREL
::: : :.... . . :::.: : :: ::. :: :.:: ::::.::::: :.::
NP_061 MAPPQRHPQRSEQVLLLTLLGTLWGAAAAQIRYSIPEELEKGSFVGNIVKDLGLEPQEL
10 20 30 40 50
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pF1KE0 AERGVRIVSRGRTQLFALNPRSGTLVTAGRIDREELCDRSPNCVTNLEILLEDTVKILRV
::.::::::::: :::.::::.:.::::::::::::: .:: :.....::.:: ... :
NP_061 AEHGVRIVSRGRMQLFSLNPRNGSLVTAGRIDREELCAQSPRCLVSFNILVEDKLNLYPV
60 70 80 90 100 110
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pF1KE0 EVEIIDVNDNPPSFGTEQREIKVAENENPGARFPLPEAFDPDVGVNSLQGYQLNSNGYFS
::::.:.::: : : :. :.:. :: :..:::: :..:::::.:::::..:..:..::
NP_061 EVEIVDINDNTPRFLKEELEVKILENAAPSSRFPLMEVYDPDVGMNSLQGFKLSGNSHFS
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KE0 LDVQSGADGIKYPELVLERALDREEEAVHHLVLTAFDGGDPVRSGTARILIILVDTNDNA
.:::: : : :::::::: .:::: :::..:::::.::::::::..:.::. ..:.:::.
NP_061 VDVQSEAHGPKYPELVLEGTLDREGEAVYRLVLTAMDGGDPVRSSVAQILVTVLDVNDNT
180 190 200 210 220 230
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pF1KE0 PVFTQPEYHVSVRENVPVGTRLLTVKATDPDEGANGDVTYSFRKVRDKISQLFQLNSLSG
:.:::: :.::: ::.:::: .:.: ::: :::..:.::::: :. .::::.: :: :.:
NP_061 PMFTQPVYRVSVPENLPVGTPVLAVTATDQDEGVHGEVTYSFVKITEKISQIFCLNVLTG
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KE0 DITILGGLDYEDSGFYDIDVEAHDGPGLRARSKVLVTVLDENDNAPEVTVTSLTSSVQES
.:. ..::::::.::.. :::.:::::: :.:::.:.:: :::.:::.::: . .. ::
NP_061 EISTSANLDYEDSSFYELGVEARDGPGLRDRAKVLITILDVNDNVPEVVVTSGSRTIAES
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pF1KE0 SSPGTVIALFNVHDSDSGGNGLVTCSIPDNLPFTLEKTYGNYYRLLTHRTLDREEVSEYN
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NP_061 APPGTVIALFQVFDRDSGLNGLVTCSIPRSLPFELEKSVGNYYRLVTNAALDREEVFLYN
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pF1KE0 ITVTATDQGTPPLSTETHISLQVMDINDNPPTFPHASYSAYIPENNPRGASILSMTAQDP
:::::::.::::::::: :::.: : :::::::::.:::.:. :::::::::.:..: ::
NP_061 ITVTATDKGTPPLSTETIISLNVADTNDNPPTFPHSSYSVYVLENNPRGASIFSVNALDP
420 430 440 450 460 470
480 490 500 510 520 530
pF1KE0 DSGDNARITYSLAEDTFQGAPLSSYVSINSNTGILYALCSFDYEQFRDLQLLMTASDSGD
: .::...:::::::.:::::::::::::.::::::: ::::::.::::: .:::::::
NP_061 DVDQNAQVSYSLAEDTLQGAPLSSYVSINSDTGILYALRSFDYEQLRDLQLWVTASDSGD
480 490 500 510 520 530
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pF1KE0 PPLSSNVSLSLFVLDQNDNVPEILYPTFPTDGSTGVELAPRSADSGYLVTKVVAVDRDSG
:::::::::::::::::::.::::::..:::::::::::::::. :::::::::::::::
NP_061 PPLSSNVSLSLFVLDQNDNAPEILYPALPTDGSTGVELAPRSAEPGYLVTKVVAVDRDSG
540 550 560 570 580 590
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pF1KE0 QNAWLSYSLLKSSEPGLFAVGLHTGEVRTARALLDRDALKQRLVVVVQDHGQPPLSATVT
::::::: :::.::::::.:::::::::::::::::::::: :::.::::::::::::::
NP_061 QNAWLSYRLLKASEPGLFSVGLHTGEVRTARALLDRDALKQSLVVAVQDHGQPPLSATVT
600 610 620 630 640 650
660 670 680 690 700 710
pF1KE0 LTVAVADSIPDVLADLGSLKPSADPDDSGLTLYLVVAVAAVSCVFLAFVTVLLALKLRRW
::::::: :::.:::::::.::: :.:: :::::::::::::::::::: :::::.:.::
NP_061 LTVAVADRIPDILADLGSLEPSAKPNDSDLTLYLVVAVAAVSCVFLAFVIVLLALRLQRW
660 670 680 690 700 710
720 730 740 750 760 770
pF1KE0 HKSRLLHAEGSRLAGVPASHFVGVDGVRAFLQTYSHEVSLTADSRKSHLIFSQPSYADTL
::::::.: :. ::..:.::::::.:::::::::::::::::::::::::: ::.:::::
NP_061 HKSRLLQASGGGLASMPGSHFVGVEGVRAFLQTYSHEVSLTADSRKSHLIFPQPNYADTL
720 730 740 750 760 770
780 790 800 810 820 830
pF1KE0 ISRESCEKSEPLLITQDLLETKGDP-NLQQAPPNTDWRFSQAQRPGTSGSQNGDDTGTWP
:..:: :::::::::::::::::.: .:::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 INQESYEKSEPLLITQDLLETKGEPRQLQQAPPNTDWRFSQAQRPGTSGSQNGDDTGTWP
780 790 800 810 820 830
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pF1KE0 NNQFDTEMLQAMILASASEAADGSSTLGGGAGTMGLSARYGPQFTLQHVPDYRQNVYIPG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 NNQFDTEMLQAMILASASEAADGSSTLGGGAGTMGLSARYGPQFTLQHVPDYRQNVYIPG
840 850 860 870 880 890
900 910 920 930
pF1KE0 SNATLTNAAGKRDGKAPAGGNGNKKKSGKKEKK
:::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 SNATLTNAAGKRDGKAPAGGNGNKKKSGKKEKK
900 910 920 930
>>NP_061741 (OMIM: 606292) protocadherin gamma-A5 isofor (931 aa)
initn: 4615 init1: 4615 opt: 4615 Z-score: 5052.9 bits: 946.3 E(85289): 0
Smith-Waterman score: 4615; 76.7% identity (89.0% similar) in 931 aa overlap (1-931:1-931)
10 20 30 40 50 60
pF1KE0 MAAPPARPDHTRLLQICLLLGVLVEIRAEQILYSVFEEQEEGSVVGNIAKDLGLAPRELA
::.:: .:: .:::.: : . :: ::. :: ..:: :::::::::: :.:::
NP_061 MASPPRGWGCGELLLPFMLLGTLCEPGSGQIRYSMPEELDKGSFVGNIAKDLGLEPQELA
10 20 30 40 50 60
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pF1KE0 ERGVRIVSRGRTQLFALNPRSGTLVTAGRIDREELCDRSPNCVTNLEILLEDTVKILRVE
::::::::::::::::::::::.::::::::::::: .:: ::.:..::.:. .:: ::
NP_061 ERGVRIVSRGRTQLFALNPRSGSLVTAGRIDREELCAQSPLCVVNFNILVENKMKIYGVE
70 80 90 100 110 120
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pF1KE0 VEIIDVNDNPPSFGTEQREIKVAENENPGARFPLPEAFDPDVGVNSLQGYQLNSNGYFSL
:::::.::: : : :. ..:: :: :.:. :: : : :::::::..:::.:: .:::
NP_061 VEIIDINDNFPRFRDEELKVKVNENAAAGTRLVLPFARDADVGVNSLRSYQLSSNLHFSL
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE0 DVQSGADGIKYPELVLERALDREEEAVHHLVLTAFDGGDPVRSGTARILIILVDTNDNAP
:: ::.:: ::::::::. ::::.:.:: :.:::.:::::: :::..: . ..:.:::::
NP_061 DVVSGTDGQKYPELVLEQPLDREKETVHDLLLTALDGGDPVLSGTTHIRVTVLDANDNAP
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE0 VFTQPEYHVSVRENVPVGTRLLTVKATDPDEGANGDVTYSFRKVRDKISQLFQLNSLSGD
.:: :: ::: ::.::::::: . ::::::: :: .:::::. ..:::. :::.: :.
NP_061 LFTPSEYSVSVPENIPVGTRLLMLTATDPDEGINGKLTYSFRNEEEKISETFQLDSNLGE
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE0 ITILGGLDYEDSGFYDIDVEAHDGPGLRARSKVLVTVLDENDNAPEVTVTSLTSSVQESS
:. : .::::.: :: ..: :.:: .: : .::.::: : ::::::: .::::::..:.
NP_061 ISTLQSLDYEESRFYLMEVVAQDGGALVASAKVVVTVQDVNDNAPEVILTSLTSSISEDC
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KE0 SPGTVIALFNVHDSDSGGNGLVTCSIPDNLPFTLEKTYGNYYRLLTHRTLDREEVSEYNI
::::::::.:::.::: :: ..:::: :::: :::. :::.::: : :::::.:.:::
NP_061 LPGTVIALFSVHDGDSGENGEIACSIPRNLPFKLEKSVDNYYHLLTTRDLDREETSDYNI
370 380 390 400 410 420
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pF1KE0 TVTATDQGTPPLSTETHISLQVMDINDNPPTFPHASYSAYIPENNPRGASILSMTAQDPD
:.:. :.::::::::.:: :.: :.:::::.::.::::. . ::::::.::.:.::.:::
NP_061 TLTVMDHGTPPLSTESHIPLKVADVNDNPPNFPQASYSTSVTENNPRGVSIFSVTAHDPD
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KE0 SGDNARITYSLAEDTFQGAPLSSYVSINSNTGILYALCSFDYEQFRDLQLLMTASDSGDP
::::::.::::::::::::::::::::::.::.:::: ::::::.::::: .::::::.:
NP_061 SGDNARVTYSLAEDTFQGAPLSSYVSINSDTGVLYALRSFDYEQLRDLQLWVTASDSGNP
490 500 510 520 530 540
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pF1KE0 PLSSNVSLSLFVLDQNDNVPEILYPTFPTDGSTGVELAPRSADSGYLVTKVVAVDRDSGQ
::::::::::::::::::.::::::..:::::::::::::::. :::::::::::.::::
NP_061 PLSSNVSLSLFVLDQNDNTPEILYPALPTDGSTGVELAPRSAEPGYLVTKVVAVDKDSGQ
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KE0 NAWLSYSLLKSSEPGLFAVGLHTGEVRTARALLDRDALKQRLVVVVQDHGQPPLSATVTL
:::::: :::.::::::::::::::::::::::::::::: :::.:.:::::::::: :.
NP_061 NAWLSYRLLKASEPGLFAVGLHTGEVRTARALLDRDALKQSLVVAVEDHGQPPLSATFTV
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KE0 TVAVADSIPDVLADLGSLKPSADPDDSGLTLYLVVAVAAVSCVFLAFVTVLLALKLRRWH
:::::: :::.::::::.: ::.: :::::::::::::::::::: :::.:.:::::
NP_061 TVAVADRIPDILADLGSIKTPIDPEDLDLTLYLVVAVAAVSCVFLAFVIVLLVLRLRRWH
670 680 690 700 710 720
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pF1KE0 KSRLLHAEGSRLAGVPASHFVGVDGVRAFLQTYSHEVSLTADSRKSHLIFSQPSYADTLI
:::::.:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: ::.:::::.
NP_061 KSRLLQAEGSRLAGVPASHFVGVDGVRAFLQTYSHEVSLTADSRKSHLIFPQPNYADTLL
730 740 750 760 770 780
790 800 810 820 830 840
pF1KE0 SRESCEKSEPLLITQDLLETKGDPNLQQAPPNTDWRFSQAQRPGTSGSQNGDDTGTWPNN
:.::::::::::... . .: . .::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 SEESCEKSEPLLMSDKVDANKEERRVQQAPPNTDWRFSQAQRPGTSGSQNGDDTGTWPNN
790 800 810 820 830 840
850 860 870 880 890 900
pF1KE0 QFDTEMLQAMILASASEAADGSSTLGGGAGTMGLSARYGPQFTLQHVPDYRQNVYIPGSN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 QFDTEMLQAMILASASEAADGSSTLGGGAGTMGLSARYGPQFTLQHVPDYRQNVYIPGSN
850 860 870 880 890 900
910 920 930
pF1KE0 ATLTNAAGKRDGKAPAGGNGNKKKSGKKEKK
:::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 ATLTNAAGKRDGKAPAGGNGNKKKSGKKEKK
910 920 930
>>NP_114477 (OMIM: 606295) protocadherin gamma-A8 isofor (932 aa)
initn: 3763 init1: 3763 opt: 4587 Z-score: 5022.2 bits: 940.6 E(85289): 0
Smith-Waterman score: 4587; 75.3% identity (89.5% similar) in 932 aa overlap (1-931:1-932)
10 20 30 40 50 60
pF1KE0 MAAPPARPDHTRLLQICLLLGVLVEIRAEQILYSVFEEQEEGSVVGNIAKDLGLAPRELA
:::: .:: . .:. .: :::.: :: :: ::: :: ..:: ::::.::::: ::.::
NP_114 MAAPQSRPRRGELILLCALLGTLWEIGRGQIRYSVPEETDKGSFVGNISKDLGLDPRKLA
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE0 ERGVRIVSRGRTQLFALNPRSGTLVTAGRIDREELCDRSPNCVTNLEILLEDTVKILRVE
..::::::::::::::::::::.:.::::::::::: .:: :. :.. :.:: :.. ::
NP_114 KHGVRIVSRGRTQLFALNPRSGSLITAGRIDREELCAQSPRCLININTLVEDKGKLFGVE
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE0 VEIIDVNDNPPSFGTEQREIKVAENENPGARFPLPEAFDPDVGVNSLQGYQLNSNGYFSL
.::::.::: :.: .:. :.:. : ::::.::::: ::::::::::.:::. : .:::
NP_114 IEIIDINDNNPKFQVEDLEVKINEIAVPGARYPLPEAVDPDVGVNSLQSYQLSPNHHFSL
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE0 DVQSGADGIKYPELVLERALDREEEAVHHLVLTAFDGGDPVRSGTARILIILVDTNDNAP
:::.: .: :::::::::::::::.::::::: ::: : ::.:.:: . ..:::::::
NP_114 DVQTGDNGAINPELVLERALDREEEAAHHLVLTASDGGKPPRSSTVRIHVTVLDTNDNAP
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE0 VFTQPEYHVSVRENVPVGTRLLTVKATDPDEGANGDVTYSFRKVRDKISQLFQLNSLSGD
:: .: :.:.: ::.: ::::::: :.::::: :: :.:.:::. .: . ::::: .:.
NP_114 VFPHPIYRVKVLENMPPGTRLLTVTASDPDEGINGKVAYKFRKINEKQTPLFQLNENTGE
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE0 ITILGGLDYEDSGFYDIDVEAHDGPGLRARSKVLVTVLDENDNAPEVTVTSLTSSVQESS
:.: .::::. .::.....:.: .: .:.:.:..: : ::: ::: .::: : : :.:
NP_114 ISIAKSLDYEECSFYEMEIQAEDVGALLGRTKLLISVEDVNDNRPEVIITSLFSPVLENS
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KE0 SPGTVIALFNVHDSDSGGNGLVTCSIPDNLPFTLEKTYGNYYRLLTHRTLDREEVSEYNI
::::::...:::.::: :: :.: ::::: :::. ::::::.:.. ::::.:: :::
NP_114 LPGTVIAFLSVHDQDSGKNGQVVCYTRDNLPFKLEKSIGNYYRLVTRKYLDRENVSIYNI
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KE0 TVTATDQGTPPLSTETHISLQVMDINDNPPTFPHASYSAYIPENNPRGASILSMTAQDPD
:: :.: :::::::::.:.:.: :::::::::::::::::: ::: :::::.:.::.:::
NP_114 TVMASDLGTPPLSTETQIALHVADINDNPPTFPHASYSAYILENNLRGASIFSLTAHDPD
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KE0 SGDNARITYSLAEDTFQGAPLSSYVSINSNTGILYALCSFDYEQFRDLQLLMTASDSGDP
: .::..:::..:::.::::::::.::::.::.:::: ::::::.::::::.::::::::
NP_114 SQENAQVTYSVTEDTLQGAPLSSYISINSDTGVLYALQSFDYEQIRDLQLLVTASDSGDP
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KE0 PLSSNVSLSLFVLDQNDNVPEILYPTFPTDGSTGVELAPRSADSGYLVTKVVAVDRDSGQ
:::::.::::::::::::.::::::..:::::::::::::::. ::::::::::::::::
NP_114 PLSSNMSLSLFVLDQNDNAPEILYPALPTDGSTGVELAPRSAERGYLVTKVVAVDRDSGQ
550 560 570 580 590 600
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pF1KE0 NAWLSYSLLKSSEPGLFAVGLHTGEVRTARALLDRDALKQRLVVVVQDHGQPPLSATVTL
:::::: :::.::::::.:::::::::::::::::::::: :::.:::::::::::::::
NP_114 NAWLSYRLLKASEPGLFSVGLHTGEVRTARALLDRDALKQSLVVAVQDHGQPPLSATVTL
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KE0 TVAVADSIPDVLADLGSLKPSADPDDSGLTLYLVVAVAAVSCVFLAFVTVLLALKLRRWH
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NP_114 TVAVADSIPEVLTELGSLKPSVDPNDSSLTLYLVVAVAAISCVFLAFVAVLLGLRLRRWH
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KE0 KSRLLHAEGSRLAGVPASHFVGVDGVRAFLQTYSHEVSLTADSRKSHLIFSQPSYADTLI
:::::. :.::.::::::::::. :.:::::::.::::::::::::::: ::.::: ::
NP_114 KSRLLQDSGGRLVGVPASHFVGVEEVQAFLQTYSQEVSLTADSRKSHLIFPQPNYADMLI
730 740 750 760 770 780
790 800 810 820 830
pF1KE0 SRESCEKSEPLLITQDLLETKGDPNL-QQAPPNTDWRFSQAQRPGTSGSQNGDDTGTWPN
:.:.:::.. :: . :. : :.. . :::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_114 SQEGCEKNDSLLTSVDFHEYKNEADHGQQAPPNTDWRFSQAQRPGTSGSQNGDDTGTWPN
790 800 810 820 830 840
840 850 860 870 880 890
pF1KE0 NQFDTEMLQAMILASASEAADGSSTLGGGAGTMGLSARYGPQFTLQHVPDYRQNVYIPGS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_114 NQFDTEMLQAMILASASEAADGSSTLGGGAGTMGLSARYGPQFTLQHVPDYRQNVYIPGS
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900 910 920 930
pF1KE0 NATLTNAAGKRDGKAPAGGNGNKKKSGKKEKK
::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_114 NATLTNAAGKRDGKAPAGGNGNKKKSGKKEKK
910 920 930
>>NP_061743 (OMIM: 606294) protocadherin gamma-A7 isofor (932 aa)
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10 20 30 40 50 60
pF1KE0 MAAPPARPDHTRLLQICLLLGVLVEIRAEQILYSVFEEQEEGSVVGNIAKDLGLAPRELA
::: : :. .. . .:::. : : .::::: :: ..:: ::.::::::: :::::
NP_061 MAAQPRGGDYRGFFLLSILLGTPWEAWAGRILYSVSEETDKGSFVGDIAKDLGLEPRELA
10 20 30 40 50 60
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pF1KE0 ERGVRIVSRGRTQLFALNPRSGTLVTAGRIDREELCDRSPNCVTNLEILLEDTVKILRVE
::::::.::::::::::: :::.:::::::::::.: .: :..:..::.:: ... ..
NP_061 ERGVRIISRGRTQLFALNQRSGSLVTAGRIDREEICAQSARCLVNFNILMEDKMNLYPID
70 80 90 100 110 120
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pF1KE0 VEIIDVNDNPPSFGTEQREIKVAENENPGARFPLPEAFDPDVGVNSLQGYQLNSNGYFSL
:::::.::: : : ::. ..:. :: ::.:::: :: :::::.::::.:::. : .:::
NP_061 VEIIDINDNVPRFLTEEINVKIMENTAPGVRFPLSEAGDPDVGTNSLQSYQLSPNRHFSL
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pF1KE0 DVQSGADGIKYPELVLERALDREEEAVHHLVLTAFDGGDPVRSGTARILIILVDTNDNAP
:::: : :::::::::.:::::: :::::::: ::::: ::.::.: . .::.::..:
NP_061 AVQSGDDETKYPELVLERVLDREEERVHHLVLTASDGGDPPRSSTAHIQVTVVDVNDHTP
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pF1KE0 VFTQPEYHVSVRENVPVGTRLLTVKATDPDEGANGDVTYSFRKVRDKISQLFQLNSLSGD
::. :.:.:.: ::::::::::::.: : :::.::.:::::::. :. ..:.::::.:.
NP_061 VFSLPQYQVTVPENVPVGTRLLTVHAIDLDEGVNGEVTYSFRKITPKLPKMFHLNSLTGE
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pF1KE0 ITILGGLDYEDSGFYDIDVEAHDGPGLRARSKVLVTVLDENDNAPEVTVTSLTSSVQESS
:. : :::::...::...:.:.:::: ...:::.:::: ::::::::.:::.::. :..
NP_061 ISTLEGLDYEETAFYEMEVQAQDGPGSLTKAKVLITVLDVNDNAPEVTMTSLSSSIPEDT
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NP_061 PLGTVIALFYLQDRDSGKNGEVTCTIPENLPFKLEKSIDNYYRLVTTKNLDRETLSLYNI
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pF1KE0 TVTATDQGTPPLSTETHISLQVMDINDNPPTFPHASYSAYIPENNPRGASILSMTAQDPD
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NP_061 TLKATDGGTPPLSRETHIFMQVADTNDNPPTFPHSSYSVYIAENNPRGASIFLVTAQDHD
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pF1KE0 SGDNARITYSLAEDTFQGAPLSSYVSINSNTGILYALCSFDYEQFRDLQLLMTASDSGDP
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NP_061 SEDNAQITYSLAEDTIQGAPVSSYVSINSDTGVLYALQSFDYEQLRELQLRVTAHDSGDP
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pF1KE0 PLSSNVSLSLFVLDQNDNVPEILYPTFPTDGSTGVELAPRSADSGYLVTKVVAVDRDSGQ
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NP_061 PLSSNMSLSLFVLDQNDNPPEILYPALPTDGSTGMELAPRSAEPGYLVTKVVAVDKDSGQ
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pF1KE0 NAWLSYSLLKSSEPGLFAVGLHTGEVRTARALLDRDALKQRLVVVVQDHGQPPLSATVTL
:::::: :::.::::::::::.:::::::::::::::::: :::.:::::::::::::::
NP_061 NAWLSYLLLKASEPGLFAVGLYTGEVRTARALLDRDALKQSLVVAVQDHGQPPLSATVTL
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pF1KE0 TVAVADSIPDVLADLGSLKPSADPDDSGLTLYLVVAVAAVSCVFLAFVTVLLALKLRRWH
:::::::::.::::::::.:: : . ::::::::::.::::::::: :::::.:::::
NP_061 TVAVADSIPEVLADLGSLEPSDGPYNYDLTLYLVVAVATVSCVFLAFVLVLLALRLRRWH
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pF1KE0 KSRLLHAEGSRLAGVPASHFVGVDGVRAFLQTYSHEVSLTADSRKSHLIFSQPSYADTLI
:::::.: . ::.::.:::::.:::.::::::::::::::::::::::: ::.:.: ::
NP_061 KSRLLQASEGGLANVPTSHFVGMDGVQAFLQTYSHEVSLTADSRKSHLIFPQPNYVDMLI
730 740 750 760 770 780
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pF1KE0 SRESCEKSEPLLITQDLLETKGD-PNLQQAPPNTDWRFSQAQRPGTSGSQNGDDTGTWPN
:.:::::.. :: . :. : : . :..:::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 SQESCEKNDSLLTSVDFQECKENLPSIQQAPPNTDWRFSQAQRPGTSGSQNGDDTGTWPN
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pF1KE0 NQFDTEMLQAMILASASEAADGSSTLGGGAGTMGLSARYGPQFTLQHVPDYRQNVYIPGS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 NQFDTEMLQAMILASASEAADGSSTLGGGAGTMGLSARYGPQFTLQHVPDYRQNVYIPGS
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900 910 920 930
pF1KE0 NATLTNAAGKRDGKAPAGGNGNKKKSGKKEKK
::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 NATLTNAAGKRDGKAPAGGNGNKKKSGKKEKK
910 920 930
>>NP_061738 (OMIM: 606289) protocadherin gamma-A2 isofor (932 aa)
initn: 3716 init1: 3716 opt: 4538 Z-score: 4968.6 bits: 930.7 E(85289): 0
Smith-Waterman score: 4538; 75.0% identity (88.5% similar) in 932 aa overlap (1-931:1-932)
10 20 30 40 50 60
pF1KE0 MAAPPARPDHTRLLQICLLLGVLVEIRAEQILYSVFEEQEEGSVVGNIAKDLGLAPRELA
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NP_061 MAALQKLPHCRKLVLLCFLLATLWEARAGQIRYSVREEIDRGSFVGNIAKDLGLEPLALA
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pF1KE0 ERGVRIVSRGRTQLFALNPRSGTLVTAGRIDREELCDRSPNCVTNLEILLEDTVKILRVE
:.:::::::::.::::::::::.::::.:::::::: .: :. :..::::: . : ::
NP_061 EQGVRIVSRGRSQLFALNPRSGSLVTANRIDREELCAQSAPCLLNFNILLEDKLTIYSVE
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pF1KE0 VEIIDVNDNPPSFGTEQREIKVAENENPGARFPLPEAFDPDVGVNSLQGYQLNSNGYFSL
::: :.::: : ::.:. :.:..:. .:: :.:: .: : ::: :.:: : :: : .:::
NP_061 VEITDINDNAPRFGVEELELKISETTTPGFRIPLKNAHDADVGENALQKYALNPNDHFSL
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pF1KE0 DVQSGADGIKYPELVLERALDREEEAVHHLVLTAFDGGDPVRSGTARILIILVDTNDNAP
::. :::: :::::::::.:::::::::::::.: :::::: :::.:: . ..:.:::::
NP_061 DVRRGADGNKYPELVLERSLDREEEAVHHLVLVASDGGDPVLSGTSRICVKVLDANDNAP
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pF1KE0 VFTQPEYHVSVRENVPVGTRLLTVKATDPDEGANGDVTYSFRKVRDKISQLFQLNSLSGD
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NP_061 VFTQPEYRISIPENTLVGTRILTVTATDADEGYYAQVVYFLEKSPGETSEVFELKSTSGE
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pF1KE0 ITILGGLDYEDSGFYDIDVEAHDGPGLRARSKVLVTVLDENDNAPEVTVTSLTSSVQESS
.::. :::::. :..::.::.::::: .:.::.::::: :::::: .:: ::::.:.:
NP_061 LTIIKDLDYEDATFHEIDIEAQDGPGLLTRAKVIVTVLDVNDNAPEFYMTSATSSVSEDS
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pF1KE0 SPGTVIALFNVHDSDSGGNGLVTCSIPDNLPFTLEKTYGNYYRLLTHRTLDREEVSEYNI
:::.:.:::::: ::: :...:::.:..::: :::. :::::.: :.::::. : :::
NP_061 LPGTIIGLFNVHDRDSGQNAFTTCSLPEDLPFKLEKSVDNYYRLVTTRALDREQFSFYNI
370 380 390 400 410 420
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pF1KE0 TVTATDQGTPPLSTETHISLQVMDINDNPPTFPHASYSAYIPENNPRGASILSMTAQDPD
:.:: : :.: :::..:: ::: ::::: :.: ..:::.:::::::::::..:.::.:::
NP_061 TLTAKDGGNPSLSTDAHILLQVADINDNAPAFSRTSYSTYIPENNPRGASVFSVTAHDPD
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pF1KE0 SGDNARITYSLAEDTFQGAPLSSYVSINSNTGILYALCSFDYEQFRDLQLLMTASDSGDP
:.:::..:::.:::: ::::::::.::::.::.:::: ::::::.::::. . : :::.:
NP_061 SNDNAHVTYSFAEDTVQGAPLSSYISINSDTGVLYALRSFDYEQLRDLQVWVIARDSGNP
490 500 510 520 530 540
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pF1KE0 PLSSNVSLSLFVLDQNDNVPEILYPTFPTDGSTGVELAPRSADSGYLVTKVVAVDRDSGQ
::::::::::::::::::.::::::.::::::::::::::::. ::::::::::::::::
NP_061 PLSSNVSLSLFVLDQNDNAPEILYPAFPTDGSTGVELAPRSAEPGYLVTKVVAVDRDSGQ
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KE0 NAWLSYSLLKSSEPGLFAVGLHTGEVRTARALLDRDALKQRLVVVVQDHGQPPLSATVTL
:::::: :::.::::::.:::::::::::::::::::::: :::..::::::::::::::
NP_061 NAWLSYHLLKASEPGLFSVGLHTGEVRTARALLDRDALKQSLVVAIQDHGQPPLSATVTL
610 620 630 640 650 660
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pF1KE0 TVAVADSIPDVLADLGSLKPSADPDDSGLTLYLVVAVAAVSCVFLAFVTVLLALKLRRWH
:::::: :::.:::::::.::: :.:: :::::::::::::::::::: :::: .:::::
NP_061 TVAVADRIPDILADLGSLEPSAIPNDSDLTLYLVVAVAAVSCVFLAFVIVLLAHRLRRWH
670 680 690 700 710 720
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pF1KE0 KSRLLHAEGSRLAGVPASHFVGVDGVRAFLQTYSHEVSLTADSRKSHLIFSQPSYADTLI
:::::.: :. :.:. .::::::::::::::::::::::::::::::::: ::.::::::
NP_061 KSRLLQASGGSLTGMQSSHFVGVDGVRAFLQTYSHEVSLTADSRKSHLIFPQPNYADTLI
730 740 750 760 770 780
790 800 810 820 830
pF1KE0 SRESCEKSEPLLITQDLLETKGDPNL-QQAPPNTDWRFSQAQRPGTSGSQNGDDTGTWPN
:.:::::.. : :.::: . . .. :::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 SQESCEKKDFLSAPQSLLEEEREETFSQQAPPNTDWRFSQAQRPGTSGSQNGDDTGTWPN
790 800 810 820 830 840
840 850 860 870 880 890
pF1KE0 NQFDTEMLQAMILASASEAADGSSTLGGGAGTMGLSARYGPQFTLQHVPDYRQNVYIPGS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 NQFDTEMLQAMILASASEAADGSSTLGGGAGTMGLSARYGPQFTLQHVPDYRQNVYIPGS
850 860 870 880 890 900
900 910 920 930
pF1KE0 NATLTNAAGKRDGKAPAGGNGNKKKSGKKEKK
::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 NATLTNAAGKRDGKAPAGGNGNKKKSGKKEKK
910 920 930
>>NP_061736 (OMIM: 606297) protocadherin gamma-A10 isofo (936 aa)
initn: 4527 init1: 3693 opt: 4524 Z-score: 4953.2 bits: 927.8 E(85289): 0
Smith-Waterman score: 4524; 75.4% identity (88.4% similar) in 924 aa overlap (9-931:13-936)
10 20 30 40 50
pF1KE0 MAAPPARPDHTRLLQICLLLGVLVEIRAEQILYSVFEEQEEGSVVGNIAKDLGLAP
: . :. .::..:. : :.:: ::. :: :.:: ::::.:::::::
NP_061 MAAQRNRSKESKDCSGLVLLCLFFGIPWEAGARQISYSIPEELEKGSFVGNISKDLGLAP
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pF1KE0 RELAERGVRIVSRGRTQLFALNPRSGTLVTAGRIDREELCDRSPNCVTNLEILLEDTVKI
:::::::::::::::::::.::::::.:.::::::::::: .: ::....::.:: ::.
NP_061 RELAERGVRIVSRGRTQLFSLNPRSGSLITAGRIDREELCAQSARCVVSFNILVEDRVKL
70 80 90 100 110 120
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pF1KE0 LRVEVEIIDVNDNPPSFGTEQREIKVAENENPGARFPLPEAFDPDVGVNSLQGYQLNSNG
. .:.:. :.::: :.: .:. ..:. :: : :::::::.::::::::::.:::. :
NP_061 FGIEIEVTDINDNAPKFQAENLDVKINENVAAGMRFPLPEAIDPDVGVNSLQSYQLSPNK
130 140 150 160 170 180
180 190 200 210 220 230
pF1KE0 YFSLDVQSGADGIKYPELVLERALDREEEAVHHLVLTAFDGGDPVRSGTARILIILVDTN
.::: ::: :.:.::::::::..:::::::.::::::: :::::.::::. . . . :.:
NP_061 HFSLRVQSRANGVKYPELVLEHSLDREEEAIHHLVLTASDGGDPLRSGTVLVSVTVFDAN
190 200 210 220 230 240
240 250 260 270 280 290
pF1KE0 DNAPVFTQPEYHVSVRENVPVGTRLLTVKATDPDEGANGDVTYSFRKVRDKISQLFQLNS
::::::: :::.::: ::.::::.:::: ::: ::::::.:::::::. : ::::.
NP_061 DNAPVFTLPEYRVSVPENLPVGTQLLTVTATDRDEGANGEVTYSFRKLPDTQLLKFQLNK
250 260 270 280 290 300
300 310 320 330 340 350
pF1KE0 LSGDITILGGLDYEDSGFYDIDVEAHDGPGLRARSKVLVTVLDENDNAPEVTVTSLTSSV
.:.: : .::::..:::.:...:.:: . : .:::.:: : :::.::.:.::: : :
NP_061 YTGEIKISENLDYEETGFYEIEIQAEDGGAYLATAKVLITVEDVNDNSPELTITSLFSPV
310 320 330 340 350 360
360 370 380 390 400 410
pF1KE0 QESSSPGTVIALFNVHDSDSGGNGLVTCSIPDNLPFTLEKTYGNYYRLLTHRTLDREEVS
:.: :::.::.:::: :: :: ::::: ::: :::. .::::. ::.::::.::
NP_061 TEDSPLGTVVALLNVHDLDSEQNGQVTCSILAYLPFKLEKSIDSYYRLVIHRALDREQVS
370 380 390 400 410 420
420 430 440 450 460 470
pF1KE0 EYNITVTATDQGTPPLSTETHISLQVMDINDNPPTFPHASYSAYIPENNPRGASILSMTA
::::::::: :.::::::.:. ::: ::::::::: ..:: .:::::: :::::.:.::
NP_061 SYNITVTATDGGSPPLSTEAHFMLQVADINDNPPTFSQVSYFTYIPENNARGASIFSVTA
430 440 450 460 470 480
480 490 500 510 520 530
pF1KE0 QDPDSGDNARITYSLAEDTFQGAPLSSYVSINSNTGILYALCSFDYEQFRDLQLLMTASD
:::: .::.: :::::::.::.:::::.::::.::.:::: :::::::..::. .::::
NP_061 LDPDSKENAQIIYSLAEDTIQGVPLSSYISINSDTGVLYALRSFDYEQFHELQMQVTASD
490 500 510 520 530 540
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pF1KE0 SGDPPLSSNVSLSLFVLDQNDNVPEILYPTFPTDGSTGVELAPRSADSGYLVTKVVAVDR
::::::::::::::::::::::.::::::..:::::::::::::::. ::::::::::::
NP_061 SGDPPLSSNVSLSLFVLDQNDNAPEILYPALPTDGSTGVELAPRSAEPGYLVTKVVAVDR
550 560 570 580 590 600
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pF1KE0 DSGQNAWLSYSLLKSSEPGLFAVGLHTGEVRTARALLDRDALKQRLVVVVQDHGQPPLSA
:::::::::: :::.::::::::: ::::::::::::::::::: :::.:::::::::::
NP_061 DSGQNAWLSYRLLKASEPGLFAVGEHTGEVRTARALLDRDALKQSLVVAVQDHGQPPLSA
610 620 630 640 650 660
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pF1KE0 TVTLTVAVADSIPDVLADLGSLKPSADPDDSGLTLYLVVAVAAVSCVFLAFVTVLLALKL
:::::::::::::.:::::::.. :. . : :::::::::::::::::::: :::: .:
NP_061 TVTLTVAVADSIPQVLADLGSFESPANSETSDLTLYLVVAVAAVSCVFLAFVIVLLAHRL
670 680 690 700 710 720
720 730 740 750 760 770
pF1KE0 RRWHKSRLLHAEGSRLAGVPASHFVGVDGVRAFLQTYSHEVSLTADSRKSHLIFSQPSYA
:::::::::.: :. :.:: .::::::::::::::::::::::::::::::::: ::.::
NP_061 RRWHKSRLLQASGGGLTGVSGSHFVGVDGVRAFLQTYSHEVSLTADSRKSHLIFPQPNYA
730 740 750 760 770 780
780 790 800 810 820 830
pF1KE0 DTLISRESCEKSEPLLITQDL-LETKGDPNLQQAPPNTDWRFSQAQRPGTSGSQNGDDTG
:::::.:::::..:: . .: . . : . ::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 DTLISQESCEKNDPLSLLDDSKFPIEDTPLVPQAPPNTDWRFSQAQRPGTSGSQNGDDTG
790 800 810 820 830 840
840 850 860 870 880 890
pF1KE0 TWPNNQFDTEMLQAMILASASEAADGSSTLGGGAGTMGLSARYGPQFTLQHVPDYRQNVY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 TWPNNQFDTEMLQAMILASASEAADGSSTLGGGAGTMGLSARYGPQFTLQHVPDYRQNVY
850 860 870 880 890 900
900 910 920 930
pF1KE0 IPGSNATLTNAAGKRDGKAPAGGNGNKKKSGKKEKK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 IPGSNATLTNAAGKRDGKAPAGGNGNKKKSGKKEKK
910 920 930
>>NP_061737 (OMIM: 606298) protocadherin gamma-A11 isofo (935 aa)
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]