Result of FASTA (ccds) for
pF1KE0392
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE0392, 931 aa
1>>>pF1KE0392 931 - 931 aa - 931 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.3853+/-0.000976; mu= 15.5694+/- 0.058
mean_var=79.5099+/-16.049, 0's: 0 Z-trim(105.4): 193 B-trim: 0 in 0/52
Lambda= 0.143835
statistics sampled from 8212 (8410) to 8212 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.609), E-opt: 0.2 (0.258), width: 16
Scan time: 4.480
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS58979.2 PCDHGA4 gene_id:56111|Hs108|chr5 ( 962) 6056 1266.9 0
CCDS75331.1 PCDHGA4 gene_id:56111|Hs108|chr5 ( 851) 5214 1092.2 0
CCDS47290.1 PCDHGA3 gene_id:56112|Hs108|chr5 ( 932) 4693 984.1 0
CCDS54926.1 PCDHGA6 gene_id:56109|Hs108|chr5 ( 932) 4673 979.9 0
CCDS54925.1 PCDHGA5 gene_id:56110|Hs108|chr5 ( 931) 4615 967.9 0
CCDS47291.1 PCDHGA8 gene_id:9708|Hs108|chr5 ( 932) 4587 962.1 0
CCDS54927.1 PCDHGA7 gene_id:56108|Hs108|chr5 ( 932) 4562 956.9 0
CCDS47289.1 PCDHGA2 gene_id:56113|Hs108|chr5 ( 932) 4538 951.9 0
CCDS47292.1 PCDHGA10 gene_id:56106|Hs108|chr5 ( 936) 4524 949.0 0
CCDS47294.1 PCDHGA11 gene_id:56105|Hs108|chr5 ( 935) 4517 947.5 0
CCDS4260.1 PCDHGA12 gene_id:26025|Hs108|chr5 ( 932) 4509 945.9 0
CCDS54922.1 PCDHGA1 gene_id:56114|Hs108|chr5 ( 931) 4479 939.7 0
CCDS58981.1 PCDHGA9 gene_id:56107|Hs108|chr5 ( 932) 4474 938.6 0
CCDS75329.1 PCDHGA3 gene_id:56112|Hs108|chr5 ( 829) 3861 811.4 0
CCDS75335.1 PCDHGA6 gene_id:56109|Hs108|chr5 ( 818) 3838 806.6 0
CCDS75333.1 PCDHGA5 gene_id:56110|Hs108|chr5 ( 813) 3773 793.1 0
CCDS75338.1 PCDHGA8 gene_id:9708|Hs108|chr5 ( 820) 3755 789.4 0
CCDS75336.1 PCDHGA7 gene_id:56108|Hs108|chr5 ( 817) 3728 783.8 0
CCDS75345.1 PCDHGA11 gene_id:56105|Hs108|chr5 ( 837) 3696 777.2 0
CCDS75343.1 PCDHGA10 gene_id:56106|Hs108|chr5 ( 850) 3693 776.5 0
CCDS75346.1 PCDHGA12 gene_id:26025|Hs108|chr5 ( 820) 3677 773.2 0
CCDS75341.1 PCDHGA9 gene_id:56107|Hs108|chr5 ( 828) 3643 766.2 0
CCDS54924.1 PCDHGB2 gene_id:56103|Hs108|chr5 ( 931) 3062 645.6 1.3e-184
CCDS47293.1 PCDHGB7 gene_id:56099|Hs108|chr5 ( 929) 3038 640.6 4e-183
CCDS54923.1 PCDHGB1 gene_id:56104|Hs108|chr5 ( 927) 3023 637.5 3.4e-182
CCDS75339.1 PCDHGB5 gene_id:56101|Hs108|chr5 ( 923) 3020 636.9 5.3e-182
CCDS54929.1 PCDHGB6 gene_id:56100|Hs108|chr5 ( 930) 3020 636.9 5.3e-182
CCDS58980.1 PCDHGB3 gene_id:56102|Hs108|chr5 ( 929) 3017 636.3 8.1e-182
CCDS4261.1 PCDHGC3 gene_id:5098|Hs108|chr5 ( 934) 2976 627.8 3e-179
CCDS54928.1 PCDHGB4 gene_id:8641|Hs108|chr5 ( 923) 2961 624.7 2.5e-178
CCDS54930.1 PCDHGA11 gene_id:56105|Hs108|chr5 ( 750) 2809 593.1 6.6e-169
CCDS4262.1 PCDHGC4 gene_id:56098|Hs108|chr5 ( 938) 2782 587.5 3.9e-167
CCDS75332.1 PCDHGB2 gene_id:56103|Hs108|chr5 ( 811) 2249 476.9 6.8e-134
CCDS75344.1 PCDHGB7 gene_id:56099|Hs108|chr5 ( 808) 2223 471.5 2.8e-132
CCDS75342.1 PCDHGB6 gene_id:56100|Hs108|chr5 ( 820) 2219 470.7 5.1e-132
CCDS75340.1 PCDHGB5 gene_id:56101|Hs108|chr5 ( 818) 2210 468.8 1.9e-131
CCDS75330.1 PCDHGB1 gene_id:56104|Hs108|chr5 ( 810) 2197 466.1 1.2e-130
CCDS75334.1 PCDHGB3 gene_id:56102|Hs108|chr5 ( 814) 2196 465.9 1.4e-130
CCDS4257.1 PCDHB15 gene_id:56121|Hs108|chr5 ( 787) 2160 458.4 2.4e-128
CCDS4250.1 PCDHB8 gene_id:56128|Hs108|chr5 ( 801) 2157 457.8 3.7e-128
CCDS75337.1 PCDHGB4 gene_id:8641|Hs108|chr5 ( 803) 2157 457.8 3.7e-128
CCDS75348.1 PCDHGC3 gene_id:5098|Hs108|chr5 ( 863) 2143 454.9 3e-127
CCDS4255.1 PCDHB13 gene_id:56123|Hs108|chr5 ( 798) 2139 454.1 5e-127
CCDS75328.1 PCDHB9 gene_id:56127|Hs108|chr5 ( 797) 2124 451.0 4.3e-126
CCDS4245.1 PCDHB3 gene_id:56132|Hs108|chr5 ( 796) 2109 447.8 3.7e-125
CCDS4253.1 PCDHB11 gene_id:56125|Hs108|chr5 ( 797) 2106 447.2 5.7e-125
CCDS4246.1 PCDHB4 gene_id:56131|Hs108|chr5 ( 795) 2095 444.9 2.8e-124
CCDS4252.1 PCDHB10 gene_id:56126|Hs108|chr5 ( 800) 2090 443.9 5.7e-124
CCDS4251.1 PCDHB16 gene_id:57717|Hs108|chr5 ( 776) 2086 443.1 9.9e-124
CCDS4249.1 PCDHB7 gene_id:56129|Hs108|chr5 ( 793) 2069 439.5 1.2e-122
>>CCDS58979.2 PCDHGA4 gene_id:56111|Hs108|chr5 (962 aa)
initn: 6056 init1: 6056 opt: 6056 Z-score: 6785.6 bits: 1266.9 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 6056; 100.0% identity (100.0% similar) in 931 aa overlap (1-931:32-962)
10 20 30
pF1KE0 MAAPPARPDHTRLLQICLLLGVLVEIRAEQ
::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 HFILDPEDPGAPQASTEGKPKHRRLRGGVVMAAPPARPDHTRLLQICLLLGVLVEIRAEQ
10 20 30 40 50 60
40 50 60 70 80 90
pF1KE0 ILYSVFEEQEEGSVVGNIAKDLGLAPRELAERGVRIVSRGRTQLFALNPRSGTLVTAGRI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 ILYSVFEEQEEGSVVGNIAKDLGLAPRELAERGVRIVSRGRTQLFALNPRSGTLVTAGRI
70 80 90 100 110 120
100 110 120 130 140 150
pF1KE0 DREELCDRSPNCVTNLEILLEDTVKILRVEVEIIDVNDNPPSFGTEQREIKVAENENPGA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 DREELCDRSPNCVTNLEILLEDTVKILRVEVEIIDVNDNPPSFGTEQREIKVAENENPGA
130 140 150 160 170 180
160 170 180 190 200 210
pF1KE0 RFPLPEAFDPDVGVNSLQGYQLNSNGYFSLDVQSGADGIKYPELVLERALDREEEAVHHL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 RFPLPEAFDPDVGVNSLQGYQLNSNGYFSLDVQSGADGIKYPELVLERALDREEEAVHHL
190 200 210 220 230 240
220 230 240 250 260 270
pF1KE0 VLTAFDGGDPVRSGTARILIILVDTNDNAPVFTQPEYHVSVRENVPVGTRLLTVKATDPD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 VLTAFDGGDPVRSGTARILIILVDTNDNAPVFTQPEYHVSVRENVPVGTRLLTVKATDPD
250 260 270 280 290 300
280 290 300 310 320 330
pF1KE0 EGANGDVTYSFRKVRDKISQLFQLNSLSGDITILGGLDYEDSGFYDIDVEAHDGPGLRAR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 EGANGDVTYSFRKVRDKISQLFQLNSLSGDITILGGLDYEDSGFYDIDVEAHDGPGLRAR
310 320 330 340 350 360
340 350 360 370 380 390
pF1KE0 SKVLVTVLDENDNAPEVTVTSLTSSVQESSSPGTVIALFNVHDSDSGGNGLVTCSIPDNL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 SKVLVTVLDENDNAPEVTVTSLTSSVQESSSPGTVIALFNVHDSDSGGNGLVTCSIPDNL
370 380 390 400 410 420
400 410 420 430 440 450
pF1KE0 PFTLEKTYGNYYRLLTHRTLDREEVSEYNITVTATDQGTPPLSTETHISLQVMDINDNPP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 PFTLEKTYGNYYRLLTHRTLDREEVSEYNITVTATDQGTPPLSTETHISLQVMDINDNPP
430 440 450 460 470 480
460 470 480 490 500 510
pF1KE0 TFPHASYSAYIPENNPRGASILSMTAQDPDSGDNARITYSLAEDTFQGAPLSSYVSINSN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 TFPHASYSAYIPENNPRGASILSMTAQDPDSGDNARITYSLAEDTFQGAPLSSYVSINSN
490 500 510 520 530 540
520 530 540 550 560 570
pF1KE0 TGILYALCSFDYEQFRDLQLLMTASDSGDPPLSSNVSLSLFVLDQNDNVPEILYPTFPTD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 TGILYALCSFDYEQFRDLQLLMTASDSGDPPLSSNVSLSLFVLDQNDNVPEILYPTFPTD
550 560 570 580 590 600
580 590 600 610 620 630
pF1KE0 GSTGVELAPRSADSGYLVTKVVAVDRDSGQNAWLSYSLLKSSEPGLFAVGLHTGEVRTAR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 GSTGVELAPRSADSGYLVTKVVAVDRDSGQNAWLSYSLLKSSEPGLFAVGLHTGEVRTAR
610 620 630 640 650 660
640 650 660 670 680 690
pF1KE0 ALLDRDALKQRLVVVVQDHGQPPLSATVTLTVAVADSIPDVLADLGSLKPSADPDDSGLT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 ALLDRDALKQRLVVVVQDHGQPPLSATVTLTVAVADSIPDVLADLGSLKPSADPDDSGLT
670 680 690 700 710 720
700 710 720 730 740 750
pF1KE0 LYLVVAVAAVSCVFLAFVTVLLALKLRRWHKSRLLHAEGSRLAGVPASHFVGVDGVRAFL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 LYLVVAVAAVSCVFLAFVTVLLALKLRRWHKSRLLHAEGSRLAGVPASHFVGVDGVRAFL
730 740 750 760 770 780
760 770 780 790 800 810
pF1KE0 QTYSHEVSLTADSRKSHLIFSQPSYADTLISRESCEKSEPLLITQDLLETKGDPNLQQAP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 QTYSHEVSLTADSRKSHLIFSQPSYADTLISRESCEKSEPLLITQDLLETKGDPNLQQAP
790 800 810 820 830 840
820 830 840 850 860 870
pF1KE0 PNTDWRFSQAQRPGTSGSQNGDDTGTWPNNQFDTEMLQAMILASASEAADGSSTLGGGAG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 PNTDWRFSQAQRPGTSGSQNGDDTGTWPNNQFDTEMLQAMILASASEAADGSSTLGGGAG
850 860 870 880 890 900
880 890 900 910 920 930
pF1KE0 TMGLSARYGPQFTLQHVPDYRQNVYIPGSNATLTNAAGKRDGKAPAGGNGNKKKSGKKEK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 TMGLSARYGPQFTLQHVPDYRQNVYIPGSNATLTNAAGKRDGKAPAGGNGNKKKSGKKEK
910 920 930 940 950 960
pF1KE0 K
:
CCDS58 K
>>CCDS75331.1 PCDHGA4 gene_id:56111|Hs108|chr5 (851 aa)
initn: 5214 init1: 5214 opt: 5214 Z-score: 5842.1 bits: 1092.2 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 5214; 100.0% identity (100.0% similar) in 807 aa overlap (1-807:32-838)
10 20 30
pF1KE0 MAAPPARPDHTRLLQICLLLGVLVEIRAEQ
::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 HFILDPEDPGAPQASTEGKPKHRRLRGGVVMAAPPARPDHTRLLQICLLLGVLVEIRAEQ
10 20 30 40 50 60
40 50 60 70 80 90
pF1KE0 ILYSVFEEQEEGSVVGNIAKDLGLAPRELAERGVRIVSRGRTQLFALNPRSGTLVTAGRI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 ILYSVFEEQEEGSVVGNIAKDLGLAPRELAERGVRIVSRGRTQLFALNPRSGTLVTAGRI
70 80 90 100 110 120
100 110 120 130 140 150
pF1KE0 DREELCDRSPNCVTNLEILLEDTVKILRVEVEIIDVNDNPPSFGTEQREIKVAENENPGA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 DREELCDRSPNCVTNLEILLEDTVKILRVEVEIIDVNDNPPSFGTEQREIKVAENENPGA
130 140 150 160 170 180
160 170 180 190 200 210
pF1KE0 RFPLPEAFDPDVGVNSLQGYQLNSNGYFSLDVQSGADGIKYPELVLERALDREEEAVHHL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 RFPLPEAFDPDVGVNSLQGYQLNSNGYFSLDVQSGADGIKYPELVLERALDREEEAVHHL
190 200 210 220 230 240
220 230 240 250 260 270
pF1KE0 VLTAFDGGDPVRSGTARILIILVDTNDNAPVFTQPEYHVSVRENVPVGTRLLTVKATDPD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 VLTAFDGGDPVRSGTARILIILVDTNDNAPVFTQPEYHVSVRENVPVGTRLLTVKATDPD
250 260 270 280 290 300
280 290 300 310 320 330
pF1KE0 EGANGDVTYSFRKVRDKISQLFQLNSLSGDITILGGLDYEDSGFYDIDVEAHDGPGLRAR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 EGANGDVTYSFRKVRDKISQLFQLNSLSGDITILGGLDYEDSGFYDIDVEAHDGPGLRAR
310 320 330 340 350 360
340 350 360 370 380 390
pF1KE0 SKVLVTVLDENDNAPEVTVTSLTSSVQESSSPGTVIALFNVHDSDSGGNGLVTCSIPDNL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 SKVLVTVLDENDNAPEVTVTSLTSSVQESSSPGTVIALFNVHDSDSGGNGLVTCSIPDNL
370 380 390 400 410 420
400 410 420 430 440 450
pF1KE0 PFTLEKTYGNYYRLLTHRTLDREEVSEYNITVTATDQGTPPLSTETHISLQVMDINDNPP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 PFTLEKTYGNYYRLLTHRTLDREEVSEYNITVTATDQGTPPLSTETHISLQVMDINDNPP
430 440 450 460 470 480
460 470 480 490 500 510
pF1KE0 TFPHASYSAYIPENNPRGASILSMTAQDPDSGDNARITYSLAEDTFQGAPLSSYVSINSN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 TFPHASYSAYIPENNPRGASILSMTAQDPDSGDNARITYSLAEDTFQGAPLSSYVSINSN
490 500 510 520 530 540
520 530 540 550 560 570
pF1KE0 TGILYALCSFDYEQFRDLQLLMTASDSGDPPLSSNVSLSLFVLDQNDNVPEILYPTFPTD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 TGILYALCSFDYEQFRDLQLLMTASDSGDPPLSSNVSLSLFVLDQNDNVPEILYPTFPTD
550 560 570 580 590 600
580 590 600 610 620 630
pF1KE0 GSTGVELAPRSADSGYLVTKVVAVDRDSGQNAWLSYSLLKSSEPGLFAVGLHTGEVRTAR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 GSTGVELAPRSADSGYLVTKVVAVDRDSGQNAWLSYSLLKSSEPGLFAVGLHTGEVRTAR
610 620 630 640 650 660
640 650 660 670 680 690
pF1KE0 ALLDRDALKQRLVVVVQDHGQPPLSATVTLTVAVADSIPDVLADLGSLKPSADPDDSGLT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 ALLDRDALKQRLVVVVQDHGQPPLSATVTLTVAVADSIPDVLADLGSLKPSADPDDSGLT
670 680 690 700 710 720
700 710 720 730 740 750
pF1KE0 LYLVVAVAAVSCVFLAFVTVLLALKLRRWHKSRLLHAEGSRLAGVPASHFVGVDGVRAFL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 LYLVVAVAAVSCVFLAFVTVLLALKLRRWHKSRLLHAEGSRLAGVPASHFVGVDGVRAFL
730 740 750 760 770 780
760 770 780 790 800 810
pF1KE0 QTYSHEVSLTADSRKSHLIFSQPSYADTLISRESCEKSEPLLITQDLLETKGDPNLQQAP
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 QTYSHEVSLTADSRKSHLIFSQPSYADTLISRESCEKSEPLLITQDLLETKGDPNLQVSQ
790 800 810 820 830 840
820 830 840 850 860 870
pF1KE0 PNTDWRFSQAQRPGTSGSQNGDDTGTWPNNQFDTEMLQAMILASASEAADGSSTLGGGAG
CCDS75 SYNRSYHTEI
850
>>CCDS47290.1 PCDHGA3 gene_id:56112|Hs108|chr5 (932 aa)
initn: 3869 init1: 3869 opt: 4693 Z-score: 5257.2 bits: 984.1 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 4693; 77.8% identity (91.1% similar) in 920 aa overlap (13-931:13-932)
10 20 30 40 50 60
pF1KE0 MAAPPARPDHTRLLQICLLLGVLVEIRAEQILYSVFEEQEEGSVVGNIAKDLGLAPRELA
: .: :::.: : . :: ::: :: ..:: :::::.:::: :::::
CCDS47 MTNCLSFRNGRGLALLCALLGTLCETGSGQIRYSVSEELDKGSFVGNIANDLGLEPRELA
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE0 ERGVRIVSRGRTQLFALNPRSGTLVTAGRIDREELCDRSPNCVTNLEILLEDTVKILRVE
:::::::::::::::.:::.::.:::: :::::::: . : :.....::.:: .::..::
CCDS47 ERGVRIVSRGRTQLFSLNPQSGSLVTAERIDREELCAQIPLCLVKINILVEDKLKIFEVE
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE0 VEIIDVNDNPPSFGTEQREIKVAENENPGARFPLPEAFDPDVGVNSLQGYQLNSNGYFSL
.:: :.::: :.: ::. :::..: ::.:::. :::::::.::::.:.:. : ::::
CCDS47 IEIKDINDNAPNFPTEELEIKIGELTVPGTRFPIKTAFDPDVGINSLQNYKLSPNDYFSL
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE0 DVQSGADGIKYPELVLERALDREEEAVHHLVLTAFDGGDPVRSGTARILIILVDTNDNAP
:.: ..: ::::::::::::::.. .:.:::.: ::::::.::. .: .:..:.::: :
CCDS47 AVNSVSEGAKYPELVLERALDREKKEIHQLVLVASDGGDPVHSGNLHIQVIVLDANDNPP
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE0 VFTQPEYHVSVRENVPVGTRLLTVKATDPDEGANGDVTYSFRKVRDKISQLFQLNSLSGD
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CCDS47 MFTQPEYRVSVWENVPVGTRLLTVNATDPDEGFNAQVSYILDKMPGKIAEIFHLNSVSGE
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE0 ITILGGLDYEDSGFYDIDVEAHDGPGLRARSKVLVTVLDENDNAPEVTVTSLTSSVQESS
..:: .:::::. ::.: .::.::::: .:.:.:::::: ::::::.:.::::::: : .
CCDS47 VSILKSLDYEDAMFYEIKIEAQDGPGLLSRAKILVTVLDVNDNAPEITITSLTSSVPEEG
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KE0 SPGTVIALFNVHDSDSGGNGLVTCSIPDNLPFTLEKTYGNYYRLLTHRTLDREEVSEYNI
. : :::..::: ::: :: : . :::: :::. .::::.: .::::..:::::
CCDS47 TVGREIALIDVHDRDSGQNGQVEVFVLGNLPFKLEKSIDQYYRLVTATSLDREQISEYNI
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KE0 TVTATDQGTPPLSTETHISLQVMDINDNPPTFPHASYSAYIPENNPRGASILSMTAQDPD
.. :.: :.:::::::::.:.:.::::::::::: ::::::::::::::::.:.::::::
CCDS47 SLRASDGGSPPLSTETHITLHVIDINDNPPTFPHLSYSAYIPENNPRGASIFSVTAQDPD
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KE0 SGDNARITYSLAEDTFQGAPLSSYVSINSNTGILYALCSFDYEQFRDLQLLMTASDSGDP
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CCDS47 SNNNARITYALTEDTLQGAPLSSFVSINSNTGVLYALRSFDYEQFRDLKLLVTASDSGNP
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KE0 PLSSNVSLSLFVLDQNDNVPEILYPTFPTDGSTGVELAPRSADSGYLVTKVVAVDRDSGQ
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CCDS47 PLSSNVSLNLFVLDQNDNAPEILYPALPTDGSTGVELAPRSAEPGYLVTKVVAVDRDSGQ
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KE0 NAWLSYSLLKSSEPGLFAVGLHTGEVRTARALLDRDALKQRLVVVVQDHGQPPLSATVTL
:::::: :::.::::::.:::::::::::::::::::::: :::.:::::::::::::::
CCDS47 NAWLSYRLLKASEPGLFSVGLHTGEVRTARALLDRDALKQSLVVAVQDHGQPPLSATVTL
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KE0 TVAVADSIPDVLADLGSLKPSADPDDSGLTLYLVVAVAAVSCVFLAFVTVLLALKLRRWH
:::::: :::.:::::::.::: :.:: :::::::::::::::::::: :::::.:::::
CCDS47 TVAVADRIPDILADLGSLEPSAKPNDSDLTLYLVVAVAAVSCVFLAFVIVLLALRLRRWH
670 680 690 700 710 720
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pF1KE0 KSRLLHAEGSRLAGVPASHFVGVDGVRAFLQTYSHEVSLTADSRKSHLIFSQPSYADTLI
:::::.: :. ::..:.:::::.::::::::::::::::::::::::::: ::.::::::
CCDS47 KSRLLQASGGGLASTPGSHFVGADGVRAFLQTYSHEVSLTADSRKSHLIFPQPNYADTLI
730 740 750 760 770 780
790 800 810 820 830
pF1KE0 SRESCEKSEPLLITQDLLETKGDPNL-QQAPPNTDWRFSQAQRPGTSGSQNGDDTGTWPN
:.::::::::::::::::: ::: :: :::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 SQESCEKSEPLLITQDLLEMKGDSNLLQQAPPNTDWRFSQAQRPGTSGSQNGDDTGTWPN
790 800 810 820 830 840
840 850 860 870 880 890
pF1KE0 NQFDTEMLQAMILASASEAADGSSTLGGGAGTMGLSARYGPQFTLQHVPDYRQNVYIPGS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 NQFDTEMLQAMILASASEAADGSSTLGGGAGTMGLSARYGPQFTLQHVPDYRQNVYIPGS
850 860 870 880 890 900
900 910 920 930
pF1KE0 NATLTNAAGKRDGKAPAGGNGNKKKSGKKEKK
::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 NATLTNAAGKRDGKAPAGGNGNKKKSGKKEKK
910 920 930
>>CCDS54926.1 PCDHGA6 gene_id:56109|Hs108|chr5 (932 aa)
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10 20 30 40 50
pF1KE0 MAAPPAR-PDHTRLLQICLLLGVLVEIRAEQILYSVFEEQEEGSVVGNIAKDLGLAPREL
::: : :.... . . :::.: : :: ::. :: :.:: ::::.::::: :.::
CCDS54 MAPPQRHPQRSEQVLLLTLLGTLWGAAAAQIRYSIPEELEKGSFVGNIVKDLGLEPQEL
10 20 30 40 50
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pF1KE0 AERGVRIVSRGRTQLFALNPRSGTLVTAGRIDREELCDRSPNCVTNLEILLEDTVKILRV
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CCDS54 AEHGVRIVSRGRMQLFSLNPRNGSLVTAGRIDREELCAQSPRCLVSFNILVEDKLNLYPV
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KE0 EVEIIDVNDNPPSFGTEQREIKVAENENPGARFPLPEAFDPDVGVNSLQGYQLNSNGYFS
::::.:.::: : : :. :.:. :: :..:::: :..:::::.:::::..:..:..::
CCDS54 EVEIVDINDNTPRFLKEELEVKILENAAPSSRFPLMEVYDPDVGMNSLQGFKLSGNSHFS
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KE0 LDVQSGADGIKYPELVLERALDREEEAVHHLVLTAFDGGDPVRSGTARILIILVDTNDNA
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CCDS54 VDVQSEAHGPKYPELVLEGTLDREGEAVYRLVLTAMDGGDPVRSSVAQILVTVLDVNDNT
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KE0 PVFTQPEYHVSVRENVPVGTRLLTVKATDPDEGANGDVTYSFRKVRDKISQLFQLNSLSG
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CCDS54 PMFTQPVYRVSVPENLPVGTPVLAVTATDQDEGVHGEVTYSFVKITEKISQIFCLNVLTG
240 250 260 270 280 290
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pF1KE0 DITILGGLDYEDSGFYDIDVEAHDGPGLRARSKVLVTVLDENDNAPEVTVTSLTSSVQES
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CCDS54 EISTSANLDYEDSSFYELGVEARDGPGLRDRAKVLITILDVNDNVPEVVVTSGSRTIAES
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pF1KE0 SSPGTVIALFNVHDSDSGGNGLVTCSIPDNLPFTLEKTYGNYYRLLTHRTLDREEVSEYN
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CCDS54 APPGTVIALFQVFDRDSGLNGLVTCSIPRSLPFELEKSVGNYYRLVTNAALDREEVFLYN
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pF1KE0 ITVTATDQGTPPLSTETHISLQVMDINDNPPTFPHASYSAYIPENNPRGASILSMTAQDP
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CCDS54 ITVTATDKGTPPLSTETIISLNVADTNDNPPTFPHSSYSVYVLENNPRGASIFSVNALDP
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pF1KE0 DSGDNARITYSLAEDTFQGAPLSSYVSINSNTGILYALCSFDYEQFRDLQLLMTASDSGD
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CCDS54 DVDQNAQVSYSLAEDTLQGAPLSSYVSINSDTGILYALRSFDYEQLRDLQLWVTASDSGD
480 490 500 510 520 530
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pF1KE0 PPLSSNVSLSLFVLDQNDNVPEILYPTFPTDGSTGVELAPRSADSGYLVTKVVAVDRDSG
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CCDS54 PPLSSNVSLSLFVLDQNDNAPEILYPALPTDGSTGVELAPRSAEPGYLVTKVVAVDRDSG
540 550 560 570 580 590
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pF1KE0 QNAWLSYSLLKSSEPGLFAVGLHTGEVRTARALLDRDALKQRLVVVVQDHGQPPLSATVT
::::::: :::.::::::.:::::::::::::::::::::: :::.::::::::::::::
CCDS54 QNAWLSYRLLKASEPGLFSVGLHTGEVRTARALLDRDALKQSLVVAVQDHGQPPLSATVT
600 610 620 630 640 650
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pF1KE0 LTVAVADSIPDVLADLGSLKPSADPDDSGLTLYLVVAVAAVSCVFLAFVTVLLALKLRRW
::::::: :::.:::::::.::: :.:: :::::::::::::::::::: :::::.:.::
CCDS54 LTVAVADRIPDILADLGSLEPSAKPNDSDLTLYLVVAVAAVSCVFLAFVIVLLALRLQRW
660 670 680 690 700 710
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pF1KE0 HKSRLLHAEGSRLAGVPASHFVGVDGVRAFLQTYSHEVSLTADSRKSHLIFSQPSYADTL
::::::.: :. ::..:.::::::.:::::::::::::::::::::::::: ::.:::::
CCDS54 HKSRLLQASGGGLASMPGSHFVGVEGVRAFLQTYSHEVSLTADSRKSHLIFPQPNYADTL
720 730 740 750 760 770
780 790 800 810 820 830
pF1KE0 ISRESCEKSEPLLITQDLLETKGDP-NLQQAPPNTDWRFSQAQRPGTSGSQNGDDTGTWP
:..:: :::::::::::::::::.: .:::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 INQESYEKSEPLLITQDLLETKGEPRQLQQAPPNTDWRFSQAQRPGTSGSQNGDDTGTWP
780 790 800 810 820 830
840 850 860 870 880 890
pF1KE0 NNQFDTEMLQAMILASASEAADGSSTLGGGAGTMGLSARYGPQFTLQHVPDYRQNVYIPG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 NNQFDTEMLQAMILASASEAADGSSTLGGGAGTMGLSARYGPQFTLQHVPDYRQNVYIPG
840 850 860 870 880 890
900 910 920 930
pF1KE0 SNATLTNAAGKRDGKAPAGGNGNKKKSGKKEKK
:::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 SNATLTNAAGKRDGKAPAGGNGNKKKSGKKEKK
900 910 920 930
>>CCDS54925.1 PCDHGA5 gene_id:56110|Hs108|chr5 (931 aa)
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pF1KE0 MAAPPARPDHTRLLQICLLLGVLVEIRAEQILYSVFEEQEEGSVVGNIAKDLGLAPRELA
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CCDS54 MASPPRGWGCGELLLPFMLLGTLCEPGSGQIRYSMPEELDKGSFVGNIAKDLGLEPQELA
10 20 30 40 50 60
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pF1KE0 ERGVRIVSRGRTQLFALNPRSGTLVTAGRIDREELCDRSPNCVTNLEILLEDTVKILRVE
::::::::::::::::::::::.::::::::::::: .:: ::.:..::.:. .:: ::
CCDS54 ERGVRIVSRGRTQLFALNPRSGSLVTAGRIDREELCAQSPLCVVNFNILVENKMKIYGVE
70 80 90 100 110 120
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pF1KE0 VEIIDVNDNPPSFGTEQREIKVAENENPGARFPLPEAFDPDVGVNSLQGYQLNSNGYFSL
:::::.::: : : :. ..:: :: :.:. :: : : :::::::..:::.:: .:::
CCDS54 VEIIDINDNFPRFRDEELKVKVNENAAAGTRLVLPFARDADVGVNSLRSYQLSSNLHFSL
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE0 DVQSGADGIKYPELVLERALDREEEAVHHLVLTAFDGGDPVRSGTARILIILVDTNDNAP
:: ::.:: ::::::::. ::::.:.:: :.:::.:::::: :::..: . ..:.:::::
CCDS54 DVVSGTDGQKYPELVLEQPLDREKETVHDLLLTALDGGDPVLSGTTHIRVTVLDANDNAP
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE0 VFTQPEYHVSVRENVPVGTRLLTVKATDPDEGANGDVTYSFRKVRDKISQLFQLNSLSGD
.:: :: ::: ::.::::::: . ::::::: :: .:::::. ..:::. :::.: :.
CCDS54 LFTPSEYSVSVPENIPVGTRLLMLTATDPDEGINGKLTYSFRNEEEKISETFQLDSNLGE
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pF1KE0 ITILGGLDYEDSGFYDIDVEAHDGPGLRARSKVLVTVLDENDNAPEVTVTSLTSSVQESS
:. : .::::.: :: ..: :.:: .: : .::.::: : ::::::: .::::::..:.
CCDS54 ISTLQSLDYEESRFYLMEVVAQDGGALVASAKVVVTVQDVNDNAPEVILTSLTSSISEDC
310 320 330 340 350 360
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pF1KE0 SPGTVIALFNVHDSDSGGNGLVTCSIPDNLPFTLEKTYGNYYRLLTHRTLDREEVSEYNI
::::::::.:::.::: :: ..:::: :::: :::. :::.::: : :::::.:.:::
CCDS54 LPGTVIALFSVHDGDSGENGEIACSIPRNLPFKLEKSVDNYYHLLTTRDLDREETSDYNI
370 380 390 400 410 420
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pF1KE0 TVTATDQGTPPLSTETHISLQVMDINDNPPTFPHASYSAYIPENNPRGASILSMTAQDPD
:.:. :.::::::::.:: :.: :.:::::.::.::::. . ::::::.::.:.::.:::
CCDS54 TLTVMDHGTPPLSTESHIPLKVADVNDNPPNFPQASYSTSVTENNPRGVSIFSVTAHDPD
430 440 450 460 470 480
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pF1KE0 SGDNARITYSLAEDTFQGAPLSSYVSINSNTGILYALCSFDYEQFRDLQLLMTASDSGDP
::::::.::::::::::::::::::::::.::.:::: ::::::.::::: .::::::.:
CCDS54 SGDNARVTYSLAEDTFQGAPLSSYVSINSDTGVLYALRSFDYEQLRDLQLWVTASDSGNP
490 500 510 520 530 540
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pF1KE0 PLSSNVSLSLFVLDQNDNVPEILYPTFPTDGSTGVELAPRSADSGYLVTKVVAVDRDSGQ
::::::::::::::::::.::::::..:::::::::::::::. :::::::::::.::::
CCDS54 PLSSNVSLSLFVLDQNDNTPEILYPALPTDGSTGVELAPRSAEPGYLVTKVVAVDKDSGQ
550 560 570 580 590 600
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pF1KE0 NAWLSYSLLKSSEPGLFAVGLHTGEVRTARALLDRDALKQRLVVVVQDHGQPPLSATVTL
:::::: :::.::::::::::::::::::::::::::::: :::.:.:::::::::: :.
CCDS54 NAWLSYRLLKASEPGLFAVGLHTGEVRTARALLDRDALKQSLVVAVEDHGQPPLSATFTV
610 620 630 640 650 660
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pF1KE0 TVAVADSIPDVLADLGSLKPSADPDDSGLTLYLVVAVAAVSCVFLAFVTVLLALKLRRWH
:::::: :::.::::::.: ::.: :::::::::::::::::::: :::.:.:::::
CCDS54 TVAVADRIPDILADLGSIKTPIDPEDLDLTLYLVVAVAAVSCVFLAFVIVLLVLRLRRWH
670 680 690 700 710 720
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pF1KE0 KSRLLHAEGSRLAGVPASHFVGVDGVRAFLQTYSHEVSLTADSRKSHLIFSQPSYADTLI
:::::.:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: ::.:::::.
CCDS54 KSRLLQAEGSRLAGVPASHFVGVDGVRAFLQTYSHEVSLTADSRKSHLIFPQPNYADTLL
730 740 750 760 770 780
790 800 810 820 830 840
pF1KE0 SRESCEKSEPLLITQDLLETKGDPNLQQAPPNTDWRFSQAQRPGTSGSQNGDDTGTWPNN
:.::::::::::... . .: . .::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 SEESCEKSEPLLMSDKVDANKEERRVQQAPPNTDWRFSQAQRPGTSGSQNGDDTGTWPNN
790 800 810 820 830 840
850 860 870 880 890 900
pF1KE0 QFDTEMLQAMILASASEAADGSSTLGGGAGTMGLSARYGPQFTLQHVPDYRQNVYIPGSN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 QFDTEMLQAMILASASEAADGSSTLGGGAGTMGLSARYGPQFTLQHVPDYRQNVYIPGSN
850 860 870 880 890 900
910 920 930
pF1KE0 ATLTNAAGKRDGKAPAGGNGNKKKSGKKEKK
:::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 ATLTNAAGKRDGKAPAGGNGNKKKSGKKEKK
910 920 930
>>CCDS47291.1 PCDHGA8 gene_id:9708|Hs108|chr5 (932 aa)
initn: 3763 init1: 3763 opt: 4587 Z-score: 5138.3 bits: 962.1 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 4587; 75.3% identity (89.5% similar) in 932 aa overlap (1-931:1-932)
10 20 30 40 50 60
pF1KE0 MAAPPARPDHTRLLQICLLLGVLVEIRAEQILYSVFEEQEEGSVVGNIAKDLGLAPRELA
:::: .:: . .:. .: :::.: :: :: ::: :: ..:: ::::.::::: ::.::
CCDS47 MAAPQSRPRRGELILLCALLGTLWEIGRGQIRYSVPEETDKGSFVGNISKDLGLDPRKLA
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE0 ERGVRIVSRGRTQLFALNPRSGTLVTAGRIDREELCDRSPNCVTNLEILLEDTVKILRVE
..::::::::::::::::::::.:.::::::::::: .:: :. :.. :.:: :.. ::
CCDS47 KHGVRIVSRGRTQLFALNPRSGSLITAGRIDREELCAQSPRCLININTLVEDKGKLFGVE
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE0 VEIIDVNDNPPSFGTEQREIKVAENENPGARFPLPEAFDPDVGVNSLQGYQLNSNGYFSL
.::::.::: :.: .:. :.:. : ::::.::::: ::::::::::.:::. : .:::
CCDS47 IEIIDINDNNPKFQVEDLEVKINEIAVPGARYPLPEAVDPDVGVNSLQSYQLSPNHHFSL
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE0 DVQSGADGIKYPELVLERALDREEEAVHHLVLTAFDGGDPVRSGTARILIILVDTNDNAP
:::.: .: :::::::::::::::.::::::: ::: : ::.:.:: . ..:::::::
CCDS47 DVQTGDNGAINPELVLERALDREEEAAHHLVLTASDGGKPPRSSTVRIHVTVLDTNDNAP
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE0 VFTQPEYHVSVRENVPVGTRLLTVKATDPDEGANGDVTYSFRKVRDKISQLFQLNSLSGD
:: .: :.:.: ::.: ::::::: :.::::: :: :.:.:::. .: . ::::: .:.
CCDS47 VFPHPIYRVKVLENMPPGTRLLTVTASDPDEGINGKVAYKFRKINEKQTPLFQLNENTGE
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE0 ITILGGLDYEDSGFYDIDVEAHDGPGLRARSKVLVTVLDENDNAPEVTVTSLTSSVQESS
:.: .::::. .::.....:.: .: .:.:.:..: : ::: ::: .::: : : :.:
CCDS47 ISIAKSLDYEECSFYEMEIQAEDVGALLGRTKLLISVEDVNDNRPEVIITSLFSPVLENS
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KE0 SPGTVIALFNVHDSDSGGNGLVTCSIPDNLPFTLEKTYGNYYRLLTHRTLDREEVSEYNI
::::::...:::.::: :: :.: ::::: :::. ::::::.:.. ::::.:: :::
CCDS47 LPGTVIAFLSVHDQDSGKNGQVVCYTRDNLPFKLEKSIGNYYRLVTRKYLDRENVSIYNI
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KE0 TVTATDQGTPPLSTETHISLQVMDINDNPPTFPHASYSAYIPENNPRGASILSMTAQDPD
:: :.: :::::::::.:.:.: :::::::::::::::::: ::: :::::.:.::.:::
CCDS47 TVMASDLGTPPLSTETQIALHVADINDNPPTFPHASYSAYILENNLRGASIFSLTAHDPD
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KE0 SGDNARITYSLAEDTFQGAPLSSYVSINSNTGILYALCSFDYEQFRDLQLLMTASDSGDP
: .::..:::..:::.::::::::.::::.::.:::: ::::::.::::::.::::::::
CCDS47 SQENAQVTYSVTEDTLQGAPLSSYISINSDTGVLYALQSFDYEQIRDLQLLVTASDSGDP
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KE0 PLSSNVSLSLFVLDQNDNVPEILYPTFPTDGSTGVELAPRSADSGYLVTKVVAVDRDSGQ
:::::.::::::::::::.::::::..:::::::::::::::. ::::::::::::::::
CCDS47 PLSSNMSLSLFVLDQNDNAPEILYPALPTDGSTGVELAPRSAERGYLVTKVVAVDRDSGQ
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KE0 NAWLSYSLLKSSEPGLFAVGLHTGEVRTARALLDRDALKQRLVVVVQDHGQPPLSATVTL
:::::: :::.::::::.:::::::::::::::::::::: :::.:::::::::::::::
CCDS47 NAWLSYRLLKASEPGLFSVGLHTGEVRTARALLDRDALKQSLVVAVQDHGQPPLSATVTL
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KE0 TVAVADSIPDVLADLGSLKPSADPDDSGLTLYLVVAVAAVSCVFLAFVTVLLALKLRRWH
:::::::::.::..:::::::.::.::.:::::::::::.::::::::.:::.:.:::::
CCDS47 TVAVADSIPEVLTELGSLKPSVDPNDSSLTLYLVVAVAAISCVFLAFVAVLLGLRLRRWH
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KE0 KSRLLHAEGSRLAGVPASHFVGVDGVRAFLQTYSHEVSLTADSRKSHLIFSQPSYADTLI
:::::. :.::.::::::::::. :.:::::::.::::::::::::::: ::.::: ::
CCDS47 KSRLLQDSGGRLVGVPASHFVGVEEVQAFLQTYSQEVSLTADSRKSHLIFPQPNYADMLI
730 740 750 760 770 780
790 800 810 820 830
pF1KE0 SRESCEKSEPLLITQDLLETKGDPNL-QQAPPNTDWRFSQAQRPGTSGSQNGDDTGTWPN
:.:.:::.. :: . :. : :.. . :::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 SQEGCEKNDSLLTSVDFHEYKNEADHGQQAPPNTDWRFSQAQRPGTSGSQNGDDTGTWPN
790 800 810 820 830 840
840 850 860 870 880 890
pF1KE0 NQFDTEMLQAMILASASEAADGSSTLGGGAGTMGLSARYGPQFTLQHVPDYRQNVYIPGS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 NQFDTEMLQAMILASASEAADGSSTLGGGAGTMGLSARYGPQFTLQHVPDYRQNVYIPGS
850 860 870 880 890 900
900 910 920 930
pF1KE0 NATLTNAAGKRDGKAPAGGNGNKKKSGKKEKK
::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 NATLTNAAGKRDGKAPAGGNGNKKKSGKKEKK
910 920 930
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10 20 30 40 50 60
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::: : :. .. . .:::. : : .::::: :: ..:: ::.::::::: :::::
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10 20 30 40 50 60
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::::::.::::::::::: :::.:::::::::::.: .: :..:..::.:: ... ..
CCDS54 ERGVRIISRGRTQLFALNQRSGSLVTAGRIDREEICAQSARCLVNFNILMEDKMNLYPID
70 80 90 100 110 120
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pF1KE0 VEIIDVNDNPPSFGTEQREIKVAENENPGARFPLPEAFDPDVGVNSLQGYQLNSNGYFSL
:::::.::: : : ::. ..:. :: ::.:::: :: :::::.::::.:::. : .:::
CCDS54 VEIIDINDNVPRFLTEEINVKIMENTAPGVRFPLSEAGDPDVGTNSLQSYQLSPNRHFSL
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
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:::: : :::::::::.:::::: :::::::: ::::: ::.::.: . .::.::..:
CCDS54 AVQSGDDETKYPELVLERVLDREEERVHHLVLTASDGGDPPRSSTAHIQVTVVDVNDHTP
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pF1KE0 VFTQPEYHVSVRENVPVGTRLLTVKATDPDEGANGDVTYSFRKVRDKISQLFQLNSLSGD
::. :.:.:.: ::::::::::::.: : :::.::.:::::::. :. ..:.::::.:.
CCDS54 VFSLPQYQVTVPENVPVGTRLLTVHAIDLDEGVNGEVTYSFRKITPKLPKMFHLNSLTGE
250 260 270 280 290 300
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pF1KE0 ITILGGLDYEDSGFYDIDVEAHDGPGLRARSKVLVTVLDENDNAPEVTVTSLTSSVQESS
:. : :::::...::...:.:.:::: ...:::.:::: ::::::::.:::.::. :..
CCDS54 ISTLEGLDYEETAFYEMEVQAQDGPGSLTKAKVLITVLDVNDNAPEVTMTSLSSSIPEDT
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::::::: ..: ::: :: :::.::.:::: :::. :::::.: ..:::: .: :::
CCDS54 PLGTVIALFYLQDRDSGKNGEVTCTIPENLPFKLEKSIDNYYRLVTTKNLDRETLSLYNI
370 380 390 400 410 420
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pF1KE0 TVTATDQGTPPLSTETHISLQVMDINDNPPTFPHASYSAYIPENNPRGASILSMTAQDPD
:. ::: :::::: :::: .:: : :::::::::.:::.:: :::::::::. .:::: :
CCDS54 TLKATDGGTPPLSRETHIFMQVADTNDNPPTFPHSSYSVYIAENNPRGASIFLVTAQDHD
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pF1KE0 SGDNARITYSLAEDTFQGAPLSSYVSINSNTGILYALCSFDYEQFRDLQLLMTASDSGDP
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CCDS54 SEDNAQITYSLAEDTIQGAPVSSYVSINSDTGVLYALQSFDYEQLRELQLRVTAHDSGDP
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:::::.:::::::::::: ::::::..:::::::.:::::::. :::::::::::.::::
CCDS54 PLSSNMSLSLFVLDQNDNPPEILYPALPTDGSTGMELAPRSAEPGYLVTKVVAVDKDSGQ
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pF1KE0 NAWLSYSLLKSSEPGLFAVGLHTGEVRTARALLDRDALKQRLVVVVQDHGQPPLSATVTL
:::::: :::.::::::::::.:::::::::::::::::: :::.:::::::::::::::
CCDS54 NAWLSYLLLKASEPGLFAVGLYTGEVRTARALLDRDALKQSLVVAVQDHGQPPLSATVTL
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pF1KE0 TVAVADSIPDVLADLGSLKPSADPDDSGLTLYLVVAVAAVSCVFLAFVTVLLALKLRRWH
:::::::::.::::::::.:: : . ::::::::::.::::::::: :::::.:::::
CCDS54 TVAVADSIPEVLADLGSLEPSDGPYNYDLTLYLVVAVATVSCVFLAFVLVLLALRLRRWH
670 680 690 700 710 720
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pF1KE0 KSRLLHAEGSRLAGVPASHFVGVDGVRAFLQTYSHEVSLTADSRKSHLIFSQPSYADTLI
:::::.: . ::.::.:::::.:::.::::::::::::::::::::::: ::.:.: ::
CCDS54 KSRLLQASEGGLANVPTSHFVGMDGVQAFLQTYSHEVSLTADSRKSHLIFPQPNYVDMLI
730 740 750 760 770 780
790 800 810 820 830
pF1KE0 SRESCEKSEPLLITQDLLETKGD-PNLQQAPPNTDWRFSQAQRPGTSGSQNGDDTGTWPN
:.:::::.. :: . :. : : . :..:::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 SQESCEKNDSLLTSVDFQECKENLPSIQQAPPNTDWRFSQAQRPGTSGSQNGDDTGTWPN
790 800 810 820 830 840
840 850 860 870 880 890
pF1KE0 NQFDTEMLQAMILASASEAADGSSTLGGGAGTMGLSARYGPQFTLQHVPDYRQNVYIPGS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 NQFDTEMLQAMILASASEAADGSSTLGGGAGTMGLSARYGPQFTLQHVPDYRQNVYIPGS
850 860 870 880 890 900
900 910 920 930
pF1KE0 NATLTNAAGKRDGKAPAGGNGNKKKSGKKEKK
::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 NATLTNAAGKRDGKAPAGGNGNKKKSGKKEKK
910 920 930
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CCDS47 MAALQKLPHCRKLVLLCFLLATLWEARAGQIRYSVREEIDRGSFVGNIAKDLGLEPLALA
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CCDS47 EQGVRIVSRGRSQLFALNPRSGSLVTANRIDREELCAQSAPCLLNFNILLEDKLTIYSVE
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::: :.::: : ::.:. :.:..:. .:: :.:: .: : ::: :.:: : :: : .:::
CCDS47 VEITDINDNAPRFGVEELELKISETTTPGFRIPLKNAHDADVGENALQKYALNPNDHFSL
130 140 150 160 170 180
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pF1KE0 DVQSGADGIKYPELVLERALDREEEAVHHLVLTAFDGGDPVRSGTARILIILVDTNDNAP
::. :::: :::::::::.:::::::::::::.: :::::: :::.:: . ..:.:::::
CCDS47 DVRRGADGNKYPELVLERSLDREEEAVHHLVLVASDGGDPVLSGTSRICVKVLDANDNAP
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pF1KE0 VFTQPEYHVSVRENVPVGTRLLTVKATDPDEGANGDVTYSFRKVRDKISQLFQLNSLSGD
:::::::..:. ::. ::::.::: ::: ::: ..:.: ..: . :..:.:.: ::.
CCDS47 VFTQPEYRISIPENTLVGTRILTVTATDADEGYYAQVVYFLEKSPGETSEVFELKSTSGE
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pF1KE0 ITILGGLDYEDSGFYDIDVEAHDGPGLRARSKVLVTVLDENDNAPEVTVTSLTSSVQESS
.::. :::::. :..::.::.::::: .:.::.::::: :::::: .:: ::::.:.:
CCDS47 LTIIKDLDYEDATFHEIDIEAQDGPGLLTRAKVIVTVLDVNDNAPEFYMTSATSSVSEDS
310 320 330 340 350 360
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pF1KE0 SPGTVIALFNVHDSDSGGNGLVTCSIPDNLPFTLEKTYGNYYRLLTHRTLDREEVSEYNI
:::.:.:::::: ::: :...:::.:..::: :::. :::::.: :.::::. : :::
CCDS47 LPGTIIGLFNVHDRDSGQNAFTTCSLPEDLPFKLEKSVDNYYRLVTTRALDREQFSFYNI
370 380 390 400 410 420
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pF1KE0 TVTATDQGTPPLSTETHISLQVMDINDNPPTFPHASYSAYIPENNPRGASILSMTAQDPD
:.:: : :.: :::..:: ::: ::::: :.: ..:::.:::::::::::..:.::.:::
CCDS47 TLTAKDGGNPSLSTDAHILLQVADINDNAPAFSRTSYSTYIPENNPRGASVFSVTAHDPD
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pF1KE0 SGDNARITYSLAEDTFQGAPLSSYVSINSNTGILYALCSFDYEQFRDLQLLMTASDSGDP
:.:::..:::.:::: ::::::::.::::.::.:::: ::::::.::::. . : :::.:
CCDS47 SNDNAHVTYSFAEDTVQGAPLSSYISINSDTGVLYALRSFDYEQLRDLQVWVIARDSGNP
490 500 510 520 530 540
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::::::::::::::::::.::::::.::::::::::::::::. ::::::::::::::::
CCDS47 PLSSNVSLSLFVLDQNDNAPEILYPAFPTDGSTGVELAPRSAEPGYLVTKVVAVDRDSGQ
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pF1KE0 NAWLSYSLLKSSEPGLFAVGLHTGEVRTARALLDRDALKQRLVVVVQDHGQPPLSATVTL
:::::: :::.::::::.:::::::::::::::::::::: :::..::::::::::::::
CCDS47 NAWLSYHLLKASEPGLFSVGLHTGEVRTARALLDRDALKQSLVVAIQDHGQPPLSATVTL
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pF1KE0 TVAVADSIPDVLADLGSLKPSADPDDSGLTLYLVVAVAAVSCVFLAFVTVLLALKLRRWH
:::::: :::.:::::::.::: :.:: :::::::::::::::::::: :::: .:::::
CCDS47 TVAVADRIPDILADLGSLEPSAIPNDSDLTLYLVVAVAAVSCVFLAFVIVLLAHRLRRWH
670 680 690 700 710 720
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pF1KE0 KSRLLHAEGSRLAGVPASHFVGVDGVRAFLQTYSHEVSLTADSRKSHLIFSQPSYADTLI
:::::.: :. :.:. .::::::::::::::::::::::::::::::::: ::.::::::
CCDS47 KSRLLQASGGSLTGMQSSHFVGVDGVRAFLQTYSHEVSLTADSRKSHLIFPQPNYADTLI
730 740 750 760 770 780
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pF1KE0 SRESCEKSEPLLITQDLLETKGDPNL-QQAPPNTDWRFSQAQRPGTSGSQNGDDTGTWPN
:.:::::.. : :.::: . . .. :::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 SQESCEKKDFLSAPQSLLEEEREETFSQQAPPNTDWRFSQAQRPGTSGSQNGDDTGTWPN
790 800 810 820 830 840
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pF1KE0 NQFDTEMLQAMILASASEAADGSSTLGGGAGTMGLSARYGPQFTLQHVPDYRQNVYIPGS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 NQFDTEMLQAMILASASEAADGSSTLGGGAGTMGLSARYGPQFTLQHVPDYRQNVYIPGS
850 860 870 880 890 900
900 910 920 930
pF1KE0 NATLTNAAGKRDGKAPAGGNGNKKKSGKKEKK
::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 NATLTNAAGKRDGKAPAGGNGNKKKSGKKEKK
910 920 930
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pF1KE0 MAAPPARPDHTRLLQICLLLGVLVEIRAEQILYSVFEEQEEGSVVGNIAKDLGLAP
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CCDS47 MAAQRNRSKESKDCSGLVLLCLFFGIPWEAGARQISYSIPEELEKGSFVGNISKDLGLAP
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pF1KE0 RELAERGVRIVSRGRTQLFALNPRSGTLVTAGRIDREELCDRSPNCVTNLEILLEDTVKI
:::::::::::::::::::.::::::.:.::::::::::: .: ::....::.:: ::.
CCDS47 RELAERGVRIVSRGRTQLFSLNPRSGSLITAGRIDREELCAQSARCVVSFNILVEDRVKL
70 80 90 100 110 120
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pF1KE0 LRVEVEIIDVNDNPPSFGTEQREIKVAENENPGARFPLPEAFDPDVGVNSLQGYQLNSNG
. .:.:. :.::: :.: .:. ..:. :: : :::::::.::::::::::.:::. :
CCDS47 FGIEIEVTDINDNAPKFQAENLDVKINENVAAGMRFPLPEAIDPDVGVNSLQSYQLSPNK
130 140 150 160 170 180
180 190 200 210 220 230
pF1KE0 YFSLDVQSGADGIKYPELVLERALDREEEAVHHLVLTAFDGGDPVRSGTARILIILVDTN
.::: ::: :.:.::::::::..:::::::.::::::: :::::.::::. . . . :.:
CCDS47 HFSLRVQSRANGVKYPELVLEHSLDREEEAIHHLVLTASDGGDPLRSGTVLVSVTVFDAN
190 200 210 220 230 240
240 250 260 270 280 290
pF1KE0 DNAPVFTQPEYHVSVRENVPVGTRLLTVKATDPDEGANGDVTYSFRKVRDKISQLFQLNS
::::::: :::.::: ::.::::.:::: ::: ::::::.:::::::. : ::::.
CCDS47 DNAPVFTLPEYRVSVPENLPVGTQLLTVTATDRDEGANGEVTYSFRKLPDTQLLKFQLNK
250 260 270 280 290 300
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pF1KE0 LSGDITILGGLDYEDSGFYDIDVEAHDGPGLRARSKVLVTVLDENDNAPEVTVTSLTSSV
.:.: : .::::..:::.:...:.:: . : .:::.:: : :::.::.:.::: : :
CCDS47 YTGEIKISENLDYEETGFYEIEIQAEDGGAYLATAKVLITVEDVNDNSPELTITSLFSPV
310 320 330 340 350 360
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pF1KE0 QESSSPGTVIALFNVHDSDSGGNGLVTCSIPDNLPFTLEKTYGNYYRLLTHRTLDREEVS
:.: :::.::.:::: :: :: ::::: ::: :::. .::::. ::.::::.::
CCDS47 TEDSPLGTVVALLNVHDLDSEQNGQVTCSILAYLPFKLEKSIDSYYRLVIHRALDREQVS
370 380 390 400 410 420
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pF1KE0 EYNITVTATDQGTPPLSTETHISLQVMDINDNPPTFPHASYSAYIPENNPRGASILSMTA
::::::::: :.::::::.:. ::: ::::::::: ..:: .:::::: :::::.:.::
CCDS47 SYNITVTATDGGSPPLSTEAHFMLQVADINDNPPTFSQVSYFTYIPENNARGASIFSVTA
430 440 450 460 470 480
480 490 500 510 520 530
pF1KE0 QDPDSGDNARITYSLAEDTFQGAPLSSYVSINSNTGILYALCSFDYEQFRDLQLLMTASD
:::: .::.: :::::::.::.:::::.::::.::.:::: :::::::..::. .::::
CCDS47 LDPDSKENAQIIYSLAEDTIQGVPLSSYISINSDTGVLYALRSFDYEQFHELQMQVTASD
490 500 510 520 530 540
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pF1KE0 SGDPPLSSNVSLSLFVLDQNDNVPEILYPTFPTDGSTGVELAPRSADSGYLVTKVVAVDR
::::::::::::::::::::::.::::::..:::::::::::::::. ::::::::::::
CCDS47 SGDPPLSSNVSLSLFVLDQNDNAPEILYPALPTDGSTGVELAPRSAEPGYLVTKVVAVDR
550 560 570 580 590 600
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pF1KE0 DSGQNAWLSYSLLKSSEPGLFAVGLHTGEVRTARALLDRDALKQRLVVVVQDHGQPPLSA
:::::::::: :::.::::::::: ::::::::::::::::::: :::.:::::::::::
CCDS47 DSGQNAWLSYRLLKASEPGLFAVGEHTGEVRTARALLDRDALKQSLVVAVQDHGQPPLSA
610 620 630 640 650 660
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pF1KE0 TVTLTVAVADSIPDVLADLGSLKPSADPDDSGLTLYLVVAVAAVSCVFLAFVTVLLALKL
:::::::::::::.:::::::.. :. . : :::::::::::::::::::: :::: .:
CCDS47 TVTLTVAVADSIPQVLADLGSFESPANSETSDLTLYLVVAVAAVSCVFLAFVIVLLAHRL
670 680 690 700 710 720
720 730 740 750 760 770
pF1KE0 RRWHKSRLLHAEGSRLAGVPASHFVGVDGVRAFLQTYSHEVSLTADSRKSHLIFSQPSYA
:::::::::.: :. :.:: .::::::::::::::::::::::::::::::::: ::.::
CCDS47 RRWHKSRLLQASGGGLTGVSGSHFVGVDGVRAFLQTYSHEVSLTADSRKSHLIFPQPNYA
730 740 750 760 770 780
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pF1KE0 DTLISRESCEKSEPLLITQDL-LETKGDPNLQQAPPNTDWRFSQAQRPGTSGSQNGDDTG
:::::.:::::..:: . .: . . : . ::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 DTLISQESCEKNDPLSLLDDSKFPIEDTPLVPQAPPNTDWRFSQAQRPGTSGSQNGDDTG
790 800 810 820 830 840
840 850 860 870 880 890
pF1KE0 TWPNNQFDTEMLQAMILASASEAADGSSTLGGGAGTMGLSARYGPQFTLQHVPDYRQNVY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 TWPNNQFDTEMLQAMILASASEAADGSSTLGGGAGTMGLSARYGPQFTLQHVPDYRQNVY
850 860 870 880 890 900
900 910 920 930
pF1KE0 IPGSNATLTNAAGKRDGKAPAGGNGNKKKSGKKEKK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 IPGSNATLTNAAGKRDGKAPAGGNGNKKKSGKKEKK
910 920 930
>>CCDS47294.1 PCDHGA11 gene_id:56105|Hs108|chr5 (935 aa)
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]