Result of FASTA (ccds) for
pF1KE0375
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE0375, 567 aa
1>>>pF1KE0375 567 - 567 aa - 567 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.4472+/-0.000971; mu= 17.5629+/- 0.058
mean_var=63.9967+/-12.910, 0's: 0 Z-trim(104.2): 18 B-trim: 0 in 0/46
Lambda= 0.160323
statistics sampled from 7760 (7767) to 7760 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.599), E-opt: 0.2 (0.239), width: 16
Scan time: 3.230
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS10220.1 LCTL gene_id:197021|Hs108|chr15 ( 567) 3952 923.2 0
CCDS61678.1 LCTL gene_id:197021|Hs108|chr15 ( 394) 2752 645.6 3.3e-185
CCDS2178.1 LCT gene_id:3938|Hs108|chr2 (1927) 1413 336.2 2.2e-91
CCDS3451.1 KLB gene_id:152831|Hs108|chr4 (1044) 929 224.1 6.5e-58
CCDS9347.1 KL gene_id:9365|Hs108|chr13 (1012) 732 178.6 3.3e-44
>>CCDS10220.1 LCTL gene_id:197021|Hs108|chr15 (567 aa)
initn: 3952 init1: 3952 opt: 3952 Z-score: 4936.2 bits: 923.2 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 3952; 100.0% identity (100.0% similar) in 567 aa overlap (1-567:1-567)
10 20 30 40 50 60
pF1KE0 MKPVWVATLLWMLLLVPRLGAARKGSPEEASFYYGTFPLGFSWGVGSSAYQTEGAWDQDG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 MKPVWVATLLWMLLLVPRLGAARKGSPEEASFYYGTFPLGFSWGVGSSAYQTEGAWDQDG
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE0 KGPSIWDVFTHSGKGKVLGNETADVACDGYYKVQEDIILLRELHVNHYRFSLSWPRLLPT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 KGPSIWDVFTHSGKGKVLGNETADVACDGYYKVQEDIILLRELHVNHYRFSLSWPRLLPT
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE0 GIRAEQVNKKGIEFYSDLIDALLSSNITPIVTLHHWDLPQLLQVKYGGWQNVSMANYFRD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 GIRAEQVNKKGIEFYSDLIDALLSSNITPIVTLHHWDLPQLLQVKYGGWQNVSMANYFRD
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE0 YANLCFEAFGDRVKHWITFSDPRAMAEKGYETGHHAPGLKLRGTGLYKAAHHIIKAHAKA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 YANLCFEAFGDRVKHWITFSDPRAMAEKGYETGHHAPGLKLRGTGLYKAAHHIIKAHAKA
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE0 WHSYNTTWRSKQQGLVGISLNCDWGEPVDISNPKDLEAAERYLQFCLGWFANPIYAGDYP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 WHSYNTTWRSKQQGLVGISLNCDWGEPVDISNPKDLEAAERYLQFCLGWFANPIYAGDYP
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE0 QVMKDYIGRKSAEQGLEMSRLPVFSLQEKSYIKGTSDFLGLGHFTTRYITERNYPSRQGP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 QVMKDYIGRKSAEQGLEMSRLPVFSLQEKSYIKGTSDFLGLGHFTTRYITERNYPSRQGP
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KE0 SYQNDRDLIELVDPNWPDLGSKWLYSVPWGFRRLLNFAQTQYGDPPIYVMENGASQKFHC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 SYQNDRDLIELVDPNWPDLGSKWLYSVPWGFRRLLNFAQTQYGDPPIYVMENGASQKFHC
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KE0 TQLCDEWRIQYLKGYINEMLKAIKDGANIKGYTSWSLLDKFEWEKGYSDRYGFYYVEFND
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 TQLCDEWRIQYLKGYINEMLKAIKDGANIKGYTSWSLLDKFEWEKGYSDRYGFYYVEFND
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KE0 RNKPRYPKASVQYYKKIIIANGFPNPREVESWYLKALETCSINNQMLAAEPLLSHMQMVT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 RNKPRYPKASVQYYKKIIIANGFPNPREVESWYLKALETCSINNQMLAAEPLLSHMQMVT
490 500 510 520 530 540
550 560
pF1KE0 EIVVPTVCSLCVLITAVLLMLLLRRQS
:::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 EIVVPTVCSLCVLITAVLLMLLLRRQS
550 560
>>CCDS61678.1 LCTL gene_id:197021|Hs108|chr15 (394 aa)
initn: 2752 init1: 2752 opt: 2752 Z-score: 3438.6 bits: 645.6 E(32554): 3.3e-185
Smith-Waterman score: 2752; 100.0% identity (100.0% similar) in 394 aa overlap (174-567:1-394)
150 160 170 180 190 200
pF1KE0 SSNITPIVTLHHWDLPQLLQVKYGGWQNVSMANYFRDYANLCFEAFGDRVKHWITFSDPR
::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS61 MANYFRDYANLCFEAFGDRVKHWITFSDPR
10 20 30
210 220 230 240 250 260
pF1KE0 AMAEKGYETGHHAPGLKLRGTGLYKAAHHIIKAHAKAWHSYNTTWRSKQQGLVGISLNCD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS61 AMAEKGYETGHHAPGLKLRGTGLYKAAHHIIKAHAKAWHSYNTTWRSKQQGLVGISLNCD
40 50 60 70 80 90
270 280 290 300 310 320
pF1KE0 WGEPVDISNPKDLEAAERYLQFCLGWFANPIYAGDYPQVMKDYIGRKSAEQGLEMSRLPV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS61 WGEPVDISNPKDLEAAERYLQFCLGWFANPIYAGDYPQVMKDYIGRKSAEQGLEMSRLPV
100 110 120 130 140 150
330 340 350 360 370 380
pF1KE0 FSLQEKSYIKGTSDFLGLGHFTTRYITERNYPSRQGPSYQNDRDLIELVDPNWPDLGSKW
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS61 FSLQEKSYIKGTSDFLGLGHFTTRYITERNYPSRQGPSYQNDRDLIELVDPNWPDLGSKW
160 170 180 190 200 210
390 400 410 420 430 440
pF1KE0 LYSVPWGFRRLLNFAQTQYGDPPIYVMENGASQKFHCTQLCDEWRIQYLKGYINEMLKAI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS61 LYSVPWGFRRLLNFAQTQYGDPPIYVMENGASQKFHCTQLCDEWRIQYLKGYINEMLKAI
220 230 240 250 260 270
450 460 470 480 490 500
pF1KE0 KDGANIKGYTSWSLLDKFEWEKGYSDRYGFYYVEFNDRNKPRYPKASVQYYKKIIIANGF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS61 KDGANIKGYTSWSLLDKFEWEKGYSDRYGFYYVEFNDRNKPRYPKASVQYYKKIIIANGF
280 290 300 310 320 330
510 520 530 540 550 560
pF1KE0 PNPREVESWYLKALETCSINNQMLAAEPLLSHMQMVTEIVVPTVCSLCVLITAVLLMLLL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS61 PNPREVESWYLKALETCSINNQMLAAEPLLSHMQMVTEIVVPTVCSLCVLITAVLLMLLL
340 350 360 370 380 390
pF1KE0 RRQS
::::
CCDS61 RRQS
>>CCDS2178.1 LCT gene_id:3938|Hs108|chr2 (1927 aa)
initn: 1361 init1: 592 opt: 1413 Z-score: 1754.0 bits: 336.2 E(32554): 2.2e-91
Smith-Waterman score: 1647; 48.0% identity (75.6% similar) in 488 aa overlap (28-513:894-1374)
10 20 30 40 50
pF1KE0 MKPVWVATLLWMLLLVPRLGAARKGSPEEASFYYGTFPLGFSWGVGSSAYQTEGAWD
:. ::.::: : :::.::::: :::::
CCDS21 PSKVRAFTFPSEVPSKAKVVWEKFSSQPKFERDLFYHGTFRDDFLWGVSSSAYQIEGAWD
870 880 890 900 910 920
60 70 80 90 100 110
pF1KE0 QDGKGPSIWDVFTHSGKGKVLGNETADVACDGYYKVQEDIILLRELHVNHYRFSLSWPRL
::::::::: :::. ..: : :.:.:::.:.... :. .:: :.:. ::::.:: :.
CCDS21 ADGKGPSIWDNFTHTPGSNVKDNATGDIACDSYHQLDADLNMLRALKVKAYRFSISWSRI
930 940 950 960 970 980
120 130 140 150 160 170
pF1KE0 LPTGIRAEQVNKKGIEFYSDLIDALLSSNITPIVTLHHWDLPQLLQVKYGGWQNVSMANY
.::: : ..:..:...:. ::..:..::: :.::: :::::: :: :::.: .. .
CCDS21 FPTG-RNSSINSHGVDYYNRLINGLVASNIFPMVTLFHWDLPQALQ-DIGGWENPALIDL
990 1000 1010 1020 1030 1040
180 190 200 210 220 230
pF1KE0 FRDYANLCFEAFGDRVKHWITFSDPRAMAEKGYETGHHAPGLKLRGTGLYKAAHHIIKAH
: .::..::..:::::: :.::..: .: :: .:. ::.: : . :. :: .::::
CCDS21 FDSYADFCFQTFGDRVKFWMTFNEPMYLAWLGYGSGEFPPGVKDPGWAPYRIAHAVIKAH
1050 1060 1070 1080 1090 1100
240 250 260 270 280 290
pF1KE0 AKAWHSYNTTWRSKQQGLVGISLNCDWGEPVDISNPKDLEAAERYLQFCLGWFANPIY-A
:...:.:. .:..:.:....::. :.:: . . :.:.:::.:.::: :::::.::.
CCDS21 ARVYHTYDEKYRQEQKGVISLSLSTHWAEPKSPGVPRDVEAADRMLQFSLGWFAHPIFRN
1110 1120 1130 1140 1150 1160
300 310 320 330 340 350
pF1KE0 GDYPQVMKDYIGRKSAEQGLEMSRLPVFSLQEKSYIKGTSDFLGLGHFTTRYITERNYPS
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CCDS21 GDYPDTMKWKVGNRSELQHLATSRLPSFTEEEKRFIRATADVFCLNTYYSR-IVQHKTPR
1170 1180 1190 1200 1210 1220
360 370 380 390 400 410
pF1KE0 RQGPSYQNDRDLIELVDPNWPDLGSKWLYSVPWGFRRLLNFAQTQYGDPPIYVMENGASQ
. :::..:... : ::.::. . . ..::: :::::. . .::: :::. :::..
CCDS21 LNPPSYEDDQEMAEEEDPSWPSTAMN--RAAPWGTRRLLNWIKEEYGDIPIYITENGVGL
1230 1240 1250 1260 1270
420 430 440 450 460 470
pF1KE0 KFHCTQLCDEWRIQYLKGYINEMLKAIK-DGANIKGYTSWSLLDKFEWEKGYSDRYGFYY
:. : :: : : :::: ::: . :: ...::..:::.:.::: .::. ..:.:.
CCDS21 TNPNTEDTD--RIFYHKTYINEALKAYRLDGIDLRGYVAWSLMDNFEWLNGYTVKFGLYH
1280 1290 1300 1310 1320 1330
480 490 500 510 520 530
pF1KE0 VEFNDRNKPRYPKASVQYYKKIIIANGFPNPREVESWYLKALETCSINNQMLAAEPLLSH
:.::. :.:: .::..:: ..: ::.: :: : :
CCDS21 VDFNNTNRPRTARASARYYTEVITNNGMPLAREDEFLYGRFPEGFIWSAASAAYQIEGAW
1340 1350 1360 1370 1380 1390
540 550 560
pF1KE0 MQMVTEIVVPTVCSLCVLITAVLLMLLLRRQS
CCDS21 RADGKGLSIWDTFSHTPLRVENDAIGDVACDSYHKIAEDLVTLQNLGVSHYRFSISWSRI
1400 1410 1420 1430 1440 1450
>--
initn: 1184 init1: 491 opt: 1640 Z-score: 2037.8 bits: 388.7 E(32554): 3.5e-107
Smith-Waterman score: 1640; 48.7% identity (76.8% similar) in 474 aa overlap (35-506:1375-1843)
10 20 30 40 50 60
pF1KE0 WVATLLWMLLLVPRLGAARKGSPEEASFYYGTFPLGFSWGVGSSAYQTEGAWDQDGKGPS
: :: :: :...:.::: :::: :::: :
CCDS21 PRTARASARYYTEVITNNGMPLAREDEFLYGRFPEGFIWSAASAAYQIEGAWRADGKGLS
1350 1360 1370 1380 1390 1400
70 80 90 100 110 120
pF1KE0 IWDVFTHSGKGKVLGNETADVACDGYYKVQEDIILLRELHVNHYRFSLSWPRLLPTGIRA
:::.:.:. .: .. .:::::.:.:. ::.. :..: :.:::::.:: :.:: : .
CCDS21 IWDTFSHTPL-RVENDAIGDVACDSYHKIAEDLVTLQNLGVSHYRFSISWSRILPDGT-T
1410 1420 1430 1440 1450 1460
130 140 150 160 170 180
pF1KE0 EQVNKKGIEFYSDLIDALLSSNITPIVTLHHWDLPQLLQVKYGGWQNVSMANYFRDYANL
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CCDS21 RYINEAGLNYYVRLIDTLLAASIQPQVTIYHWDLPQTLQ-DVGGWENETIVQRFKEYADV
1470 1480 1490 1500 1510 1520
190 200 210 220 230 240
pF1KE0 CFEAFGDRVKHWITFSDPRAMAEKGYETGHHAPGLKLR-GTGLYKAAHHIIKAHAKAWHS
:. .::.:: :::...: ..: .:: : :::.. : ::. : ..:..:::::.:::
CCDS21 LFQRLGDKVKFWITLNEPFVIAYQGYGYGTAAPGVSNRPGTAPYIVGHNLIKAHAEAWHL
1530 1540 1550 1560 1570 1580
250 260 270 280 290 300
pF1KE0 YNTTWRSKQQGLVGISLNCDWGEPVDISNPKDLEAAERYLQFCLGWFANPIYA-GDYPQV
:: ..:..: :...:... ::.:: : :: .:.:::.::.:: ::::.::. ::: .:
CCDS21 YNDVYRASQGGVISITISSDWAEPRDPSNQEDVEAARRYVQFMGGWFAHPIFKNGDYNEV
1590 1600 1610 1620 1630 1640
310 320 330 340 350 360
pF1KE0 MKDYIGRKSAEQGLEMSRLPVFSLQEKSYIKGTSDFLGLGHFTTRYITERNYPSRQGPSY
:: : .: ::. :::: :. .:: :.:: ::.:..:.:: . :: . . :.
CCDS21 MKTRIRDRSLAAGLNKSRLPEFTESEKRRINGTYDFFGFNHYTTVLAYNLNYATAIS-SF
1650 1660 1670 1680 1690 1700
370 380 390 400 410 420
pF1KE0 QNDRDLIELVDPNWPDLGSKWLYSVPWGFRRLLNFAQTQYGDPPIYVMENGASQKFHCTQ
. :: . ..: .::: :: :: .:.::::.::. . .:.:::::: :::.::. . :.
CCDS21 DADRGVASIADRSWPDSGSFWLKMTPFGFRRILNWLKEEYNDPPIYVTENGVSQR-EETD
1710 1720 1730 1740 1750
430 440 450 460 470 480
pF1KE0 LCDEWRIQYLKGYINEMLKAIKDGANIKGYTSWSLLDKFEWEKGYSDRYGFYYVEFNDRN
: : :: ::. :::: :::..: ....::: :: .:.::: :.:.:.:...:...: .
CCDS21 LNDTARIYYLRTYINEALKAVQDKVDLRGYTVWSAMDNFEWATGFSERFGLHFVNYSDPS
1760 1770 1780 1790 1800 1810
490 500 510 520 530 540
pF1KE0 KPRYPKASVQYYKKIIIANGFPNPREVESWYLKALETCSINNQMLAAEPLLSHMQMVTEI
:: ::::...: ... ::::.:
CCDS21 LPRIPKASAKFYASVVRCNGFPDPATGPHACLHQPDAGPTISPVRQEEVQFLGLMLGTTE
1820 1830 1840 1850 1860 1870
>--
initn: 1361 init1: 592 opt: 1413 Z-score: 1754.0 bits: 336.2 E(32554): 2.2e-91
Smith-Waterman score: 1413; 43.1% identity (71.9% similar) in 487 aa overlap (22-503:367-847)
10 20 30 40 50
pF1KE0 MKPVWVATLLWMLLLVPRLGAARKGSPEEASFYYGTFPLGFSWGVGSSAYQ
: .. :. .: ::: :: ::....:..
CCDS21 SLALQPDQQQDHETTDSSPASAYQRIWEAFANQSRAERDAFLQDTFPEGFLWGASTGAFN
340 350 360 370 380 390
60 70 80 90 100 110
pF1KE0 TEGAWDQDGKGPSIWDVFTHSGKGKVLGNETADVACDGYYKVQEDIILLRELHVNHYRFS
.::.: . :.: :::: . . . :. : .:: :.:.:: :. :: :... :.::
CCDS21 VEGGWAEGGRGVSIWD--PRRPLNTTEGQATLEVASDSYHKVASDVALLCGLRAQVYKFS
400 410 420 430 440 450
120 130 140 150 160 170
pF1KE0 LSWPRLLPTGIRAEQVNKKGIEFYSDLIDALLSSNITPIVTLHHWDLPQLLQVKYGGWQN
.:: :..: : .. . . :. .:. ::: : ...: :..:: :::::: :: .:::::
CCDS21 ISWSRIFPMG-HGSSPSLPGVAYYNKLIDRLQDAGIEPMATLFHWDLPQALQ-DHGGWQN
460 470 480 490 500 510
180 190 200 210 220 230
pF1KE0 VSMANYFRDYANLCFEAFGDRVKHWITFSDPRAMAEKGYETGHHAPGLKLRGTGLYKAAH
:... : ::: .:: .:::::: :.:: .: .:. :: ::.: ::.. :.. .:.::
CCDS21 ESVVDAFLDYAAFCFSTFGDRVKLWVTFHEPWVMSYAGYGTGQHPPGISDPGVASFKVAH
520 530 540 550 560 570
240 250 260 270 280 290
pF1KE0 HIIKAHAKAWHSYNTTWRSKQQGLVGISLNCDWGEPVDISNPKDLEAAERYLQFCLGWFA
..::::..:: ::. : .::: ::: :: ::.::.. :.::.:.::.:.: :::::
CCDS21 LVLKAHARTWHHYNSHHRPQQQGHVGIVLNSDWAEPLSPERPEDLRASERFLHFMLGWFA
580 590 600 610 620 630
300 310 320 330 340 350
pF1KE0 NPIYA-GDYPQVMKDYIGRKSAEQGLEMSRLPVFSLQEKSYIKGTSDFLGLGHFTTRYIT
.:... :::: ... : . . . . ...:: :. ::. .::..:::::.:.:.: :.
CCDS21 HPVFVDGDYPATLRTQIQQMNRQCSHPVAQLPEFTEAEKQLLKGSADFLGLSHYTSRLIS
640 650 660 670 680 690
360 370 380 390 400
pF1KE0 ERNYPSRQG-PSYQNDRDLIELVDPNWPDLGSKWLYSVPWGFRRLLNFAQTQY--GDPPI
: :. :::.. . . :. ::. .:.:. ::::.::::.:.. .: : ::
CCDS21 --NAPQNTCIPSYDTIGGFSQHVNHVWPQTSSSWIRVVPWGIRRLLQFVSLEYTRGKVPI
700 710 720 730 740 750
410 420 430 440 450 460
pF1KE0 YVMENGASQKFHCTQLCDEWRIQYLKGYINEMLKAIK-DGANIKGYTSWSLLDKFEWEKG
:. :: . . : :..:.. ::::.::::: :......: . ::.: :: .:
CCDS21 YLAGNGMPIGESENLFDDSLRVDYFNQYINEVLKAIKEDSVDVRSYIARSLIDGFEGPSG
760 770 780 790 800 810
470 480 490 500 510 520
pF1KE0 YSDRYGFYYVEFNDRNKPRYPKASVQYYKKIIIANGFPNPREVESWYLKALETCSINNQM
::.:.:...:.:.: .: : :. :. .. .:: :::
CCDS21 YSQRFGLHHVNFSDSSKSRTPRKSAYFFTSIIEKNGFLTKGAKRLLPPNTVNLPSKVRAF
820 830 840 850 860 870
530 540 550 560
pF1KE0 LAAEPLLSHMQMVTEIVVPTVCSLCVLITAVLLMLLLRRQS
CCDS21 TFPSEVPSKAKVVWEKFSSQPKFERDLFYHGTFRDDFLWGVSSSAYQIEGAWDADGKGPS
880 890 900 910 920 930
>>CCDS3451.1 KLB gene_id:152831|Hs108|chr4 (1044 aa)
initn: 1161 init1: 607 opt: 929 Z-score: 1153.2 bits: 224.1 E(32554): 6.5e-58
Smith-Waterman score: 1230; 41.2% identity (66.1% similar) in 478 aa overlap (28-503:72-508)
10 20 30 40 50
pF1KE0 MKPVWVATLLWMLLLVPRLGAARKGSPEEASFYYGTFPLGFSWGVGSSAYQTEGAWD
: : : ::: .: ::.:..: :.::.:
CCDS34 SALILLRAVTGFSGDGRAIWSKNPNFTPVNESQLFLYDTFPKNFFWGIGTGALQVEGSWK
50 60 70 80 90 100
60 70 80 90 100 110
pF1KE0 QDGKGPSIWDVFTHSGKGKVLGNETADVACDGYYKVQEDIILLRELHVNHYRFSLSWPRL
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