Result of FASTA (ccds) for
pF1KE0256
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE0256, 399 aa
1>>>pF1KE0256 399 - 399 aa - 399 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.2574+/-0.000925; mu= 16.9226+/- 0.056
mean_var=62.9681+/-12.807, 0's: 0 Z-trim(104.6): 23 B-trim: 0 in 0/49
Lambda= 0.161627
statistics sampled from 7950 (7964) to 7950 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.608), E-opt: 0.2 (0.245), width: 16
Scan time: 2.440
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS44455.1 LIPK gene_id:643414|Hs108|chr10 ( 399) 2742 648.2 3.8e-186
CCDS7389.1 LIPF gene_id:8513|Hs108|chr10 ( 398) 1800 428.6 5e-120
CCDS55718.1 LIPF gene_id:8513|Hs108|chr10 ( 408) 1800 428.6 5.1e-120
CCDS7401.1 LIPA gene_id:3988|Hs108|chr10 ( 399) 1578 376.8 1.9e-104
CCDS31240.1 LIPJ gene_id:142910|Hs108|chr10 ( 366) 1547 369.6 2.7e-102
CCDS44457.1 LIPM gene_id:340654|Hs108|chr10 ( 423) 1473 352.3 4.7e-97
CCDS44456.1 LIPN gene_id:643418|Hs108|chr10 ( 398) 1445 345.8 4.1e-95
CCDS55719.1 LIPF gene_id:8513|Hs108|chr10 ( 365) 1368 327.8 9.8e-90
CCDS65896.1 LIPF gene_id:8513|Hs108|chr10 ( 375) 1368 327.8 1e-89
CCDS73160.1 LIPA gene_id:3988|Hs108|chr10 ( 283) 1160 279.3 3.1e-75
>>CCDS44455.1 LIPK gene_id:643414|Hs108|chr10 (399 aa)
initn: 2742 init1: 2742 opt: 2742 Z-score: 3455.4 bits: 648.2 E(32554): 3.8e-186
Smith-Waterman score: 2742; 100.0% identity (100.0% similar) in 399 aa overlap (1-399:1-399)
10 20 30 40 50 60
pF1KE0 MWQLLAAACWMLLLGSMYGYDKKGNNANPEANMNISQIISYWGYPYEEYDVTTKDGYILG
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CCDS44 MWQLLAAACWMLLLGSMYGYDKKGNNANPEANMNISQIISYWGYPYEEYDVTTKDGYILG
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE0 IYRIPHGRGCPGRTAPKPAVYLQHGLIASASNWICNLPNNSLAFLLADSGYDVWLGNSRG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 IYRIPHGRGCPGRTAPKPAVYLQHGLIASASNWICNLPNNSLAFLLADSGYDVWLGNSRG
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE0 NTWSRKHLKLSPKSPEYWAFSLDEMAKYDLPATINFIIEKTGQKRLYYVGHSQGTTIAFI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 NTWSRKHLKLSPKSPEYWAFSLDEMAKYDLPATINFIIEKTGQKRLYYVGHSQGTTIAFI
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE0 AFSTNPELAKKIKIFFALAPVVTVKYTQSPMKKLTTLSRRVVKVLFGDKMFHPHTLFDQF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 AFSTNPELAKKIKIFFALAPVVTVKYTQSPMKKLTTLSRRVVKVLFGDKMFHPHTLFDQF
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE0 IATKVCNRKLFRRICSNFLFTLSGFDPQNLNMSRLDVYLSHNPAGTSVQNMLHWAQAVNS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 IATKVCNRKLFRRICSNFLFTLSGFDPQNLNMSRLDVYLSHNPAGTSVQNMLHWAQAVNS
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE0 GQLQAFDWGNSDQNMMHFHQLTPPLYNITKMEVPTAIWNGGQDIVADPKDVENLLPQIAN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 GQLQAFDWGNSDQNMMHFHQLTPPLYNITKMEVPTAIWNGGQDIVADPKDVENLLPQIAN
310 320 330 340 350 360
370 380 390
pF1KE0 LIYYKLIPHYNHVDFYLGEDAPQEIYQDLIILMEEYLQN
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 LIYYKLIPHYNHVDFYLGEDAPQEIYQDLIILMEEYLQN
370 380 390
>>CCDS7389.1 LIPF gene_id:8513|Hs108|chr10 (398 aa)
initn: 1825 init1: 1800 opt: 1800 Z-score: 2268.4 bits: 428.6 E(32554): 5e-120
Smith-Waterman score: 1800; 63.0% identity (85.1% similar) in 395 aa overlap (1-395:1-395)
10 20 30 40 50 60
pF1KE0 MWQLLAAACWMLLLGSMYGYDKKGNNANPEANMNISQIISYWGYPYEEYDVTTKDGYILG
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CCDS73 MWLLLTMASLISVLGTTHGLFGKLHPGSPEVTMNISQMITYWGYPNEEYEVVTEDGYILE
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE0 IYRIPHGRGCPGRTAPKPAVYLQHGLIASASNWICNLPNNSLAFLLADSGYDVWLGNSRG
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CCDS73 VNRIPYGKKNSGNTGQRPVVFLQHGLLASATNWISNLPNNSLAFILADAGYDVWLGNSRG
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE0 NTWSRKHLKLSPKSPEYWAFSLDEMAKYDLPATINFIIEKTGQKRLYYVGHSQGTTIAFI
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CCDS73 NTWARRNLYYSPDSVEFWAFSFDEMAKYDLPATIDFIVKKTGQKQLHYVGHSQGTTIGFI
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE0 AFSTNPELAKKIKIFFALAPVVTVKYTQSPMKKLTTLSRRVVKVLFGDKMFHPHTLFDQF
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CCDS73 AFSTNPSLAKRIKTFYALAPVATVKYTKSLINKLRFVPQSLFKFIFGDKIFYPHNFFDQF
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE0 IATKVCNRKLFRRICSNFLFTLSGFDPQNLNMSRLDVYLSHNPAGTSVQNMLHWAQAVNS
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CCDS73 LATEVCSREMLNLLCSNALFIICGFDSKNFNTSRLDVYLSHNPAGTSVQNMFHWTQAVKS
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE0 GQLQAFDWGNSDQNMMHFHQLTPPLYNITKMEVPTAIWNGGQDIVADPKDVENLLPQIAN
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CCDS73 GKFQAYDWGSPVQNRMHYDQSQPPYYNVTAMNVPIAVWNGGKDLLADPQDVGLLLPKLPN
310 320 330 340 350 360
370 380 390
pF1KE0 LIYYKLIPHYNHVDFYLGEDAPQEIYQDLIILMEEYLQN
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CCDS73 LIYHKEIPFYNHLDFIWAMDAPQEVYNDIVSMISEDKK
370 380 390
>>CCDS55718.1 LIPF gene_id:8513|Hs108|chr10 (408 aa)
initn: 1825 init1: 1800 opt: 1800 Z-score: 2268.2 bits: 428.6 E(32554): 5.1e-120
Smith-Waterman score: 1800; 63.0% identity (85.1% similar) in 395 aa overlap (1-395:11-405)
10 20 30 40 50
pF1KE0 MWQLLAAACWMLLLGSMYGYDKKGNNANPEANMNISQIISYWGYPYEEYD
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CCDS55 MFSNANSRSKMWLLLTMASLISVLGTTHGLFGKLHPGSPEVTMNISQMITYWGYPNEEYE
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KE0 VTTKDGYILGIYRIPHGRGCPGRTAPKPAVYLQHGLIASASNWICNLPNNSLAFLLADSG
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CCDS55 VVTEDGYILEVNRIPYGKKNSGNTGQRPVVFLQHGLLASATNWISNLPNNSLAFILADAG
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KE0 YDVWLGNSRGNTWSRKHLKLSPKSPEYWAFSLDEMAKYDLPATINFIIEKTGQKRLYYVG
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CCDS55 YDVWLGNSRGNTWARRNLYYSPDSVEFWAFSFDEMAKYDLPATIDFIVKKTGQKQLHYVG
130 140 150 160 170 180
180 190 200 210 220 230
pF1KE0 HSQGTTIAFIAFSTNPELAKKIKIFFALAPVVTVKYTQSPMKKLTTLSRRVVKVLFGDKM
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CCDS55 HSQGTTIGFIAFSTNPSLAKRIKTFYALAPVATVKYTKSLINKLRFVPQSLFKFIFGDKI
190 200 210 220 230 240
240 250 260 270 280 290
pF1KE0 FHPHTLFDQFIATKVCNRKLFRRICSNFLFTLSGFDPQNLNMSRLDVYLSHNPAGTSVQN
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CCDS55 FYPHNFFDQFLATEVCSREMLNLLCSNALFIICGFDSKNFNTSRLDVYLSHNPAGTSVQN
250 260 270 280 290 300
300 310 320 330 340 350
pF1KE0 MLHWAQAVNSGQLQAFDWGNSDQNMMHFHQLTPPLYNITKMEVPTAIWNGGQDIVADPKD
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CCDS55 MFHWTQAVKSGKFQAYDWGSPVQNRMHYDQSQPPYYNVTAMNVPIAVWNGGKDLLADPQD
310 320 330 340 350 360
360 370 380 390
pF1KE0 VENLLPQIANLIYYKLIPHYNHVDFYLGEDAPQEIYQDLIILMEEYLQN
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CCDS55 VGLLLPKLPNLIYHKEIPFYNHLDFIWAMDAPQEVYNDIVSMISEDKK
370 380 390 400
>>CCDS7401.1 LIPA gene_id:3988|Hs108|chr10 (399 aa)
initn: 1567 init1: 1567 opt: 1578 Z-score: 1988.6 bits: 376.8 E(32554): 1.9e-104
Smith-Waterman score: 1578; 57.2% identity (81.7% similar) in 388 aa overlap (9-396:11-398)
10 20 30 40 50
pF1KE0 MWQLLAAACWMLLLGSMYGYDKKGNNANPEANMNISQIISYWGYPYEEYDVTTKDGYI
: .: : : . ..::.:::.:.::::::.: ::: : :.::::
CCDS74 MKMRFLGLVVCLVLWTLHSEGSGGKLTAVDPETNMNVSEIISYWGFPSEEYLVETEDGYI
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KE0 LGIYRIPHGRGCPGRTAPKPAVYLQHGLIASASNWICNLPNNSLAFLLADSGYDVWLGNS
: . :::::: . .:::.:.:::::.:..:::. :: :.::.:.:::.:.:::.:::
CCDS74 LCLNRIPHGRKNHSDKGPKPVVFLQHGLLADSSNWVTNLANSSLGFILADAGFDVWMGNS
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KE0 RGNTWSRKHLKLSPKSPEYWAFSLDEMAKYDLPATINFIIEKTGQKRLYYVGHSQGTTIA
::::::::: :: .. :.:::: ::::::::::.::::..::::...:::::::::::.
CCDS74 RGNTWSRKHKTLSVSQDEFWAFSYDEMAKYDLPASINFILNKTGQEQVYYVGHSQGTTIG
130 140 150 160 170 180
180 190 200 210 220 230
pF1KE0 FIAFSTNPELAKKIKIFFALAPVVTVKYTQSPMKKLTTLSRRVVKVLFGDKMFHPHTLFD
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CCDS74 FIAFSQIPELAKRIKMFFALGPVASVAFCTSPMAKLGRLPDHLIKDLFGDKEFLPQSAFL
190 200 210 220 230 240
240 250 260 270 280 290
pF1KE0 QFIATKVCNRKLFRRICSNFLFTLSGFDPQNLNMSRLDVYLSHNPAGTSVQNMLHWAQAV
....:.::.. .....:.:. : : ::. .::::::.::: .:.::::::::::::.:::
CCDS74 KWLGTHVCTHVILKELCGNLCFLLCGFNERNLNMSRVDVYTTHSPAGTSVQNMLHWSQAV
250 260 270 280 290 300
300 310 320 330 340 350
pF1KE0 NSGQLQAFDWGNSDQNMMHFHQLTPPLYNITKMEVPTAIWNGGQDIVADPKDVENLLPQI
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CCDS74 KFQKFQAFDWGSSAKNYFHYNQSYPPTYNVKDMLVPTAVWSGGHDWLADVYDVNILLTQI
310 320 330 340 350 360
360 370 380 390
pF1KE0 ANLIYYKLIPHYNHVDFYLGEDAPQEIYQDLIILMEEYLQN
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CCDS74 TNLVFHESIPEWEHLDFIWGLDAPWRLYNKIINLMRKYQ
370 380 390
>>CCDS31240.1 LIPJ gene_id:142910|Hs108|chr10 (366 aa)
initn: 1587 init1: 1350 opt: 1547 Z-score: 1950.1 bits: 369.6 E(32554): 2.7e-102
Smith-Waterman score: 1547; 59.3% identity (84.7% similar) in 366 aa overlap (33-397:1-366)
10 20 30 40 50 60
pF1KE0 QLLAAACWMLLLGSMYGYDKKGNNANPEANMNISQIISYWGYPYEEYDVTTKDGYILGIY
::::::::::::: ::::..:.::::::.:
CCDS31 MNISQIISYWGYPDEEYDIVTEDGYILGLY
10 20 30
70 80 90 100 110 120
pF1KE0 RIPHGRGCPGRT-APKPAVYLQHGLIASASNWICNLPNNSLAFLLADSGYDVWLGNSRGN
:::. : ... : . .:::::::..:::.:: :::::::.:.:::.:::::.::::::
CCDS31 RIPYWRTDNNKNLAQRVVVYLQHGLLTSASSWISNLPNNSLGFILADAGYDVWMGNSRGN
40 50 60 70 80 90
130 140 150 160 170 180
pF1KE0 TWSRKHLKLSPKSPEYWAFSLDEMAKYDLPATINFIIEKTGQKRLYYVGHSQGTTIAFIA
::::::: : .: :.::::.::::::::::.:.: ...: :....::::::::::.::.
CCDS31 TWSRKHLYLETSSKEFWAFSFDEMAKYDLPASIDFTVKQTRQEEIFYVGHSQGTTIGFIT
100 110 120 130 140 150
190 200 210 220 230 240
pF1KE0 FSTNPELAKKIKIFFALAPVVTVKYTQSPMKKLTTLSRRVVKVLFGDKMFHPHTLFDQFI
::: ..:..:::::::::: ..:: .::. ..: . .: .. :.: : :.: : .::
CCDS31 FSTISKIAERIKIFFALAPVFSTKYLKSPLIRMTYKWKSIVMAFSGNKDFLPKTSFKKFI
160 170 180 190 200 210
250 260 270 280 290 300
pF1KE0 ATKVCNRKLFRRICSNFLFTLSGFDPQNLNMSRLDVYLSHNPAGTSVQNMLHWAQAVNSG
..:.: ..: .:: :.:: . :.::.::::::::::.:::::::::::::::.: .::
CCDS31 GSKLCPLQIFDKICLNILFMMFGYDPKNLNMSRLDVYFSHNPAGTSVQNMLHWSQLLNST
220 230 240 250 260 270
310 320 330 340 350 360
pF1KE0 QLQAFDWGNSDQNMMHFHQLTPPLYNITKMEVPTAIWNGGQDIVADPKDVENLLPQIANL
.:.:.:::. : :..:..: : ::::.:.:.: :::::: .:..:::.::. : .:.:
CCDS31 HLKAYDWGSPDLNLVHYNQTTSPLYNMTNMNVATAIWNGKSDLLADPEDVNILHSEITNH
280 290 300 310 320 330
370 380 390
pF1KE0 IYYKLIPHYNHVDFYLGEDAPQEIYQDLIILMEEYLQN
:::: : .:::.: .: :. ...:...: .... :
CCDS31 IYYKTISYYNHIDSLFGLDVYDQVYHEIIDIIQDNL
340 350 360
>>CCDS44457.1 LIPM gene_id:340654|Hs108|chr10 (423 aa)
initn: 1463 init1: 1463 opt: 1473 Z-score: 1855.9 bits: 352.3 E(32554): 4.7e-97
Smith-Waterman score: 1473; 53.9% identity (80.6% similar) in 397 aa overlap (10-399:18-413)
10 20 30 40
pF1KE0 MWQLLAAACWMLLLGSMYGYDKKGNNA-------NPEANMNISQIISYWGYP
:.:.: : .... :.. .::: ::::.::.. :::
CCDS44 MLETLSRQWIVSHRMEMWLLIL-VAYMFQRNVNSVHMPTKAVDPEAFMNISEIIQHQGYP
10 20 30 40 50
50 60 70 80 90 100
pF1KE0 YEEYDVTTKDGYILGIYRIPHGRGCPGRTAPKPAVYLQHGLIASASNWICNLPNNSLAFL
:::.:.:.:::::.. :::.: : .:. .:.: :::::...::::: :::::::.:.
CCDS44 CEEYEVATEDGYILSVNRIPRGLVQPKKTGSRPVVLLQHGLVGGASNWISNLPNNSLGFI
60 70 80 90 100 110
110 120 130 140 150 160
pF1KE0 LADSGYDVWLGNSRGNTWSRKHLKLSPKSPEYWAFSLDEMAKYDLPATINFIIEKTGQKR
:::.:.:::.::::::.::::: :: . :.:::: ::::..::::.::::..::::..
CCDS44 LADAGFDVWMGNSRGNAWSRKHKTLSIDQDEFWAFSYDEMARFDLPAVINFILQKTGQEK
120 130 140 150 160 170
170 180 190 200 210 220
pF1KE0 LYYVGHSQGTTIAFIAFSTNPELAKKIKIFFALAPVVTVKYTQSPMKKLTTLSRRVVKVL
.::::.:::::..:::::: ::::.:::..:::::..:::...:: :. : ..: :
CCDS44 IYYVGYSQGTTMGFIAFSTMPELAQKIKMYFALAPIATVKHAKSPGTKFLLLPDMMIKGL
180 190 200 210 220 230
230 240 250 260 270 280
pF1KE0 FGDKMFHPHTLFDQFIATKVCNRKLFRRICSNFLFTLSGFDPQNLNMSRLDVYLSHNPAG
:: : : .: : . .. .:.. .. .::::... :.::. .:.:::: .:: .:. ::
CCDS44 FGKKEFLYQTRFLRQLVIYLCGQVILDQICSNIMLLLGGFNTNNMNMSRASVYAAHTLAG
240 250 260 270 280 290
290 300 310 320 330 340
pF1KE0 TSVQNMLHWAQAVNSGQLQAFDWGNSDQNMMHFHQLTPPLYNITKMEVPTAIWNGGQDIV
:::::.:::.::::::.:.:::::. .:. . .: :: : . : ::::.:.:::: .
CCDS44 TSVQNILHWSQAVNSGELRAFDWGSETKNLEKCNQPTPVRYRVRDMTVPTAMWTGGQDWL
300 310 320 330 340 350
350 360 370 380 390
pF1KE0 ADPKDVENLLPQIANLIYYKLIPHYNHVDFYLGEDAPQEIYQDLIILMEEYLQN
..:.::. :: ...::::.: ::.. :::: : :::...:...: ::.. :
CCDS44 SNPEDVKMLLSEVTNLIYHKNIPEWAHVDFIWGLDAPHRMYNEIIHLMQQEETNLSQGRC
360 370 380 390 400 410
CCDS44 EAVL
420
>>CCDS44456.1 LIPN gene_id:643418|Hs108|chr10 (398 aa)
initn: 1443 init1: 1443 opt: 1445 Z-score: 1821.0 bits: 345.8 E(32554): 4.1e-95
Smith-Waterman score: 1445; 51.0% identity (78.1% similar) in 398 aa overlap (1-396:2-397)
10 20 30 40 50
pF1KE0 MWQLLAAACWMLLLGSMY--GYDKKGNNANPEANMNISQIISYWGYPYEEYDVTTKDGY
:: ::...: :. :.. :. :..:::. :: :.:: : ::: :::.:::.:::
CCDS44 MMWLLLTTTC--LICGTLNAGGFLDLENEVNPEVWMNTSEIIIYNGYPSEEYEVTTEDGY
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KE0 ILGIYRIPHGRGCPGRTAPKPAVYLQHGLIASASNWICNLPNNSLAFLLADSGYDVWLGN
:: . :::.:: :.:.:.::.::.:.:. . :. : :.::.:::::.:::::.::
CCDS44 ILLVNRIPYGRTHARSTGPRPVVYMQHALFADNAYWLENYANGSLGFLLADAGYDVWMGN
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
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120 130 140 150 160 170
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.:.:::: ::::..::. :::.:... :: . . .. : ..:..:: : : .
CCDS44 GFVAFSTMPELAQRIKMNFALGPTISFKYPTGIFTRFFLLPNSIIKAVFGTKGFFLEDKK
180 190 200 210 220 230
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.. .::.:: :.. :::.:. .: . .:.:.::.:::.:: :.:.::.:.:: :
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CCDS44 YHSDEFRAYDWGNDADNMKHYNQSHPPIYDLTAMKVPTAIWAGGHDVLVTPQDVARILPQ
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]