Result of FASTA (omim) for
pF1KE0017
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE0017, 550 aa
1>>>pF1KE0017 550 - 550 aa - 550 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.8653+/-0.00041; mu= 10.7875+/- 0.025
mean_var=99.5071+/-20.172, 0's: 0 Z-trim(113.9): 158 B-trim: 1152 in 1/54
Lambda= 0.128572
statistics sampled from 23272 (23436) to 23272 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.647), E-opt: 0.2 (0.275), width: 16
Scan time: 10.300
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_001071172 (OMIM: 616848) mesoderm induction ear ( 433) 1296 251.2 4.8e-66
NP_001071169 (OMIM: 616848) mesoderm induction ear ( 512) 1296 251.3 5.6e-66
NP_001071170 (OMIM: 616848) mesoderm induction ear ( 450) 1280 248.3 3.9e-65
NP_001139583 (OMIM: 616848) mesoderm induction ear ( 470) 1280 248.3 4e-65
XP_016857415 (OMIM: 616848) PREDICTED: mesoderm in ( 529) 1280 248.3 4.5e-65
NP_065999 (OMIM: 616848) mesoderm induction early ( 529) 1280 248.3 4.5e-65
XP_005271133 (OMIM: 616848) PREDICTED: mesoderm in ( 529) 1280 248.3 4.5e-65
XP_016857413 (OMIM: 616848) PREDICTED: mesoderm in ( 529) 1280 248.3 4.5e-65
XP_016857414 (OMIM: 616848) PREDICTED: mesoderm in ( 529) 1280 248.3 4.5e-65
NP_001139582 (OMIM: 616848) mesoderm induction ear ( 529) 1280 248.3 4.5e-65
NP_001071171 (OMIM: 616848) mesoderm induction ear ( 486) 1279 248.1 4.7e-65
XP_016857416 (OMIM: 616848) PREDICTED: mesoderm in ( 511) 1279 248.1 5e-65
XP_016857417 (OMIM: 616848) PREDICTED: mesoderm in ( 511) 1279 248.1 5e-65
NP_001071168 (OMIM: 616848) mesoderm induction ear ( 565) 1279 248.1 5.4e-65
XP_016857419 (OMIM: 616848) PREDICTED: mesoderm in ( 511) 1257 244.0 8.4e-64
XP_016857418 (OMIM: 616848) PREDICTED: mesoderm in ( 511) 1257 244.0 8.4e-64
XP_016857410 (OMIM: 616848) PREDICTED: mesoderm in ( 545) 1257 244.0 8.9e-64
XP_016857411 (OMIM: 616848) PREDICTED: mesoderm in ( 545) 1257 244.0 8.9e-64
XP_016857409 (OMIM: 616848) PREDICTED: mesoderm in ( 548) 1257 244.0 8.9e-64
XP_016857408 (OMIM: 616848) PREDICTED: mesoderm in ( 548) 1257 244.0 8.9e-64
XP_011540167 (OMIM: 616848) PREDICTED: mesoderm in ( 589) 1257 244.0 9.5e-64
XP_011540166 (OMIM: 616848) PREDICTED: mesoderm in ( 602) 1257 244.0 9.7e-64
XP_016857420 (OMIM: 616848) PREDICTED: mesoderm in ( 485) 1182 230.1 1.2e-59
NP_001139584 (OMIM: 616848) mesoderm induction ear ( 485) 1182 230.1 1.2e-59
XP_016857412 (OMIM: 616848) PREDICTED: mesoderm in ( 541) 1019 199.9 1.7e-50
NP_001139585 (OMIM: 616848) mesoderm induction ear ( 370) 1001 196.5 1.2e-49
XP_016857421 (OMIM: 616848) PREDICTED: mesoderm in ( 449) 1001 196.5 1.5e-49
XP_016857422 (OMIM: 616848) PREDICTED: mesoderm in ( 449) 1001 196.5 1.5e-49
XP_016857423 (OMIM: 616848) PREDICTED: mesoderm in ( 449) 1001 196.5 1.5e-49
NP_001265144 (OMIM: 616848) mesoderm induction ear ( 81) 270 60.6 2.1e-09
XP_016866541 (OMIM: 610322) PREDICTED: transcripti (1129) 227 53.1 5.5e-06
XP_016866542 (OMIM: 610322) PREDICTED: transcripti (1129) 227 53.1 5.5e-06
XP_016866535 (OMIM: 610322) PREDICTED: transcripti (1232) 227 53.1 5.9e-06
XP_016866543 (OMIM: 610322) PREDICTED: transcripti (1117) 224 52.5 8e-06
NP_277037 (OMIM: 610322) transcriptional-regulatin (1200) 224 52.5 8.5e-06
XP_016866538 (OMIM: 610322) PREDICTED: transcripti (1200) 224 52.5 8.5e-06
NP_001284502 (OMIM: 610322) transcriptional-regula (1220) 224 52.6 8.7e-06
XP_016866537 (OMIM: 610322) PREDICTED: transcripti (1220) 224 52.6 8.7e-06
NP_001190187 (OMIM: 603526) metastasis-associated ( 430) 173 42.9 0.0024
XP_016866544 (OMIM: 610322) PREDICTED: transcripti ( 795) 175 43.4 0.0032
XP_016877248 (OMIM: 603526) PREDICTED: metastasis- ( 657) 173 43.0 0.0035
NP_004680 (OMIM: 603526) metastasis-associated pro ( 715) 173 43.0 0.0038
XP_016877247 (OMIM: 603526) PREDICTED: metastasis- ( 726) 173 43.0 0.0039
XP_011535612 (OMIM: 603526) PREDICTED: metastasis- ( 742) 173 43.0 0.0039
XP_016877246 (OMIM: 603526) PREDICTED: metastasis- ( 743) 173 43.0 0.0039
XP_011535611 (OMIM: 603526) PREDICTED: metastasis- ( 754) 173 43.0 0.004
XP_011535610 (OMIM: 603526) PREDICTED: metastasis- ( 758) 173 43.0 0.004
XP_011535609 (OMIM: 603526) PREDICTED: metastasis- ( 759) 173 43.0 0.004
NP_001317221 (OMIM: 603947) metastasis-associated ( 495) 170 42.4 0.0041
XP_011535608 (OMIM: 603526) PREDICTED: metastasis- ( 771) 173 43.0 0.0041
>>NP_001071172 (OMIM: 616848) mesoderm induction early r (433 aa)
initn: 1300 init1: 860 opt: 1296 Z-score: 1306.7 bits: 251.2 E(85289): 4.8e-66
Smith-Waterman score: 1296; 54.8% identity (73.4% similar) in 394 aa overlap (1-382:1-380)
10 20 30 40 50 60
pF1KE0 MAEASFGSSSPVGSLSSEDHDFDPTAEMLVHDYDDERTLEEEEMMDEGKNFSSEIEDLEK
::: : :::: :: .:.::.:::.:.:::::.::::::::::::. ::::::::: .
NP_001 MAEPSVESSSPGGSATSDDHEFDPSADMLVHDFDDERTLEEEEMMEGETNFSSEIEDLAR
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110
pF1KE0 EGTMPLEDLLAFYGYEPTIPAVANSSANSSPSELADELPDMTLD---------KEEIAKD
:: ::...::..::: :. .. . : ... : : ::: ::
NP_001 EGDMPIHELLSLYGYGSTVRLPEEDEEEEEEEEEGEDDEDADNDDNSGCSGENKEENIKD
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160
pF1KE0 LLSGDDEETQSSADDLTPSVTSHETSDFFPRPLRSNTACDG-DKESEVED-VETDSGNSP
::...::::: :: . ::.:....... :: : : : .::::. : : :
NP_001 S-SGQEDETQSSNDDPSQSVASQDAQEII-RPRR----CKYFDTNSEVEEESEEDEDYIP
130 140 150 160 170
170 180 190 200 210 220
pF1KE0 -EDLRKEIMIGLQYQAEIPPYLGEYDGNEKVYENEDQLLWCPDVVLESKVKEYLVETSLR
:: .::::.: ..::::: . .: :::::::.::::: :. . :.:: .: ..: :
NP_001 SEDWKKEIMVGSMFQAEIPVGICRYKENEKVYENDDQLLWDPEYLPEDKVIIFLKDASRR
180 190 200 210 220 230
230 240 250 260 270 280
pF1KE0 TGSEKIMDRISAGTHTRDNEQALYELLKCNHNIKEAIERYCCNGKASQEGMTAWTEEECR
::.:: .. : :.: .:::::::::.::: . .::..: : ::..: ...:::::::
NP_001 TGDEKGVEAIPEGSHIKDNEQALYELVKCNFDTEEALRRLRFNVKAAREELSVWTEEECR
240 250 260 270 280 290
290 300 310 320 330 340
pF1KE0 SFEHALMLFGKDFHLIQKNKVRTRTVAECVAFYYMWKKSERYDYFAQQTRFGKKRYNHHP
.::..: .:::::::: ::::::.:.::::::::::::::::.::::::::::.:: ::
NP_001 NFEQGLKAYGKDFHLIQANKVRTRSVGECVAFYYMWKKSERYDFFAQQTRFGKKKYNLHP
300 310 320 330 340 350
350 360 370 380 390 400
pF1KE0 GVTDYMDRLVDETEALGGTVNASALTSNRPEPIPDQQLNILNSFTASDLTALTNSVATVC
:::::::::.::.: :: .: : : :
NP_001 GVTDYMDRLLDESE--------SAASSRAPSPPPTASNSSNSQSEKEDGTVSTANQNGVS
360 370 380 390 400
410 420 430 440 450 460
pF1KE0 DPTDVNCLDDSFPPLGNTPRGQVNHVPVVTEELLTLPSNGESDCFNLFETGFYHSELNPM
NP_001 SNGPGILQMLLPVHFSAISSRANAFLK
410 420 430
>>NP_001071169 (OMIM: 616848) mesoderm induction early r (512 aa)
initn: 1343 init1: 860 opt: 1296 Z-score: 1305.5 bits: 251.3 E(85289): 5.6e-66
Smith-Waterman score: 1333; 48.4% identity (68.0% similar) in 510 aa overlap (1-491:1-488)
10 20 30 40 50 60
pF1KE0 MAEASFGSSSPVGSLSSEDHDFDPTAEMLVHDYDDERTLEEEEMMDEGKNFSSEIEDLEK
::: : :::: :: .:.::.:::.:.:::::.::::::::::::. ::::::::: .
NP_001 MAEPSVESSSPGGSATSDDHEFDPSADMLVHDFDDERTLEEEEMMEGETNFSSEIEDLAR
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110
pF1KE0 EGTMPLEDLLAFYGYEPTIPAVANSSANSSPSELADELPDMTLD---------KEEIAKD
:: ::...::..::: :. .. . : ... : : ::: ::
NP_001 EGDMPIHELLSLYGYGSTVRLPEEDEEEEEEEEEGEDDEDADNDDNSGCSGENKEENIKD
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160
pF1KE0 LLSGDDEETQSSADDLTPSVTSHETSDFFPRPLRSNTACDG-DKESEVED-VETDSGNSP
::...::::: :: . ::.:....... :: : : : .::::. : : :
NP_001 S-SGQEDETQSSNDDPSQSVASQDAQEII-RPRR----CKYFDTNSEVEEESEEDEDYIP
130 140 150 160 170
170 180 190 200 210 220
pF1KE0 -EDLRKEIMIGLQYQAEIPPYLGEYDGNEKVYENEDQLLWCPDVVLESKVKEYLVETSLR
:: .::::.: ..::::: . .: :::::::.::::: :. . :.:: .: ..: :
NP_001 SEDWKKEIMVGSMFQAEIPVGICRYKENEKVYENDDQLLWDPEYLPEDKVIIFLKDASRR
180 190 200 210 220 230
230 240 250 260 270 280
pF1KE0 TGSEKIMDRISAGTHTRDNEQALYELLKCNHNIKEAIERYCCNGKASQEGMTAWTEEECR
::.:: .. : :.: .:::::::::.::: . .::..: : ::..: ...:::::::
NP_001 TGDEKGVEAIPEGSHIKDNEQALYELVKCNFDTEEALRRLRFNVKAAREELSVWTEEECR
240 250 260 270 280 290
290 300 310 320 330 340
pF1KE0 SFEHALMLFGKDFHLIQKNKVRTRTVAECVAFYYMWKKSERYDYFAQQTRFGKKRYNHHP
.::..: .:::::::: ::::::.:.::::::::::::::::.::::::::::.:: ::
NP_001 NFEQGLKAYGKDFHLIQANKVRTRSVGECVAFYYMWKKSERYDFFAQQTRFGKKKYNLHP
300 310 320 330 340 350
350 360 370 380 390 400
pF1KE0 GVTDYMDRLVDETEALGGTVNASALTSNRPEPIPDQQLNILNSFTASD----LTALTNSV
:::::::::.::.: :: .: : : : . : :: . .. :: :.:
NP_001 GVTDYMDRLLDESE--------SAASSRAPSPPPTAS-NSSNSQSEKEDGTVSTANQNGV
360 370 380 390 400
410 420 430 440 450 460
pF1KE0 ATVCDPTDV-NCLDDSFPPLG-NTPRGQVNHVPVVTEELLTLPSNG-ESDCFNLFETGFY
.. : .. : . . : : : : :. :. .. . .:: :.: .. . .
NP_001 SS-NGPGEILNKEEVKVEGLHINGPTGG-NKKPLHAD----MDTNGYETDNLTT-DPKLA
410 420 430 440 450
470 480 490 500 510 520
pF1KE0 HSELNPMNMCSEESERPAKRLKMGIAVPESFMNEVSVNNLGVDFENHTHHITSAKMAVSV
: : .:.::::::: ... ::
NP_001 HMTARNENDFDEKSERPAKRRRVNSNGKESPGSSEFFQEAVSHGKFEELENTDD
460 470 480 490 500 510
>>NP_001071170 (OMIM: 616848) mesoderm induction early r (450 aa)
initn: 1284 init1: 860 opt: 1280 Z-score: 1290.4 bits: 248.3 E(85289): 3.9e-65
Smith-Waterman score: 1280; 53.7% identity (73.5% similar) in 389 aa overlap (3-382:20-397)
10 20 30 40
pF1KE0 MAEASFGSSSPVGSLSSEDHDFDPTAEMLVHDYDDERTLEEEE
. : :::: :: .:.::.:::.:.:::::.::::::::::
NP_001 MFMFNWFTDCLWTLFLSNYQPSVESSSPGGSATSDDHEFDPSADMLVHDFDDERTLEEEE
10 20 30 40 50 60
50 60 70 80 90 100
pF1KE0 MMDEGKNFSSEIEDLEKEGTMPLEDLLAFYGYEPTIPAVANSSANSSPSELADELPDMTL
::. ::::::::: .:: ::...::..::: :. .. . : ... :
NP_001 MMEGETNFSSEIEDLAREGDMPIHELLSLYGYGSTVRLPEEDEEEEEEEEEGEDDEDADN
70 80 90 100 110 120
110 120 130 140 150
pF1KE0 D---------KEEIAKDLLSGDDEETQSSADDLTPSVTSHETSDFFPRPLRSNTACDGDK
: ::: :: ::...::::: :: . ::.:....... :: : : ..
NP_001 DDNSGCSGENKEENIKDS-SGQEDETQSSNDDPSQSVASQDAQEII-RP-RRCKYFDTNS
130 140 150 160 170
160 170 180 190 200 210
pF1KE0 ESEVEDVETDSGNSPEDLRKEIMIGLQYQAEIPPYLGEYDGNEKVYENEDQLLWCPDVVL
: : :. : .. :: .::::.: ..::::: . .: :::::::.::::: :. .
NP_001 EVEEESEEDEDYIPSEDWKKEIMVGSMFQAEIPVGICRYKENEKVYENDDQLLWDPEYLP
180 190 200 210 220 230
220 230 240 250 260 270
pF1KE0 ESKVKEYLVETSLRTGSEKIMDRISAGTHTRDNEQALYELLKCNHNIKEAIERYCCNGKA
:.:: .: ..: :::.:: .. : :.: .:::::::::.::: . .::..: : ::
NP_001 EDKVIIFLKDASRRTGDEKGVEAIPEGSHIKDNEQALYELVKCNFDTEEALRRLRFNVKA
240 250 260 270 280 290
280 290 300 310 320 330
pF1KE0 SQEGMTAWTEEECRSFEHALMLFGKDFHLIQKNKVRTRTVAECVAFYYMWKKSERYDYFA
..: ...:::::::.::..: .:::::::: ::::::.:.::::::::::::::::.::
NP_001 AREELSVWTEEECRNFEQGLKAYGKDFHLIQANKVRTRSVGECVAFYYMWKKSERYDFFA
300 310 320 330 340 350
340 350 360 370 380 390
pF1KE0 QQTRFGKKRYNHHPGVTDYMDRLVDETEALGGTVNASALTSNRPEPIPDQQLNILNSFTA
::::::::.:: :::::::::::.::.: :: .: : : :
NP_001 QQTRFGKKKYNLHPGVTDYMDRLLDESE--------SAASSRAPSPPPTASNSSNSQSEK
360 370 380 390 400
400 410 420 430 440 450
pF1KE0 SDLTALTNSVATVCDPTDVNCLDDSFPPLGNTPRGQVNHVPVVTEELLTLPSNGESDCFN
NP_001 EDGTVSTANQNGVSSNGPGILQMLLPVHFSAISSRANAFLK
410 420 430 440 450
>>NP_001139583 (OMIM: 616848) mesoderm induction early r (470 aa)
initn: 1284 init1: 860 opt: 1280 Z-score: 1290.1 bits: 248.3 E(85289): 4e-65
Smith-Waterman score: 1280; 53.7% identity (73.5% similar) in 389 aa overlap (3-382:20-397)
10 20 30 40
pF1KE0 MAEASFGSSSPVGSLSSEDHDFDPTAEMLVHDYDDERTLEEEE
. : :::: :: .:.::.:::.:.:::::.::::::::::
NP_001 MFMFNWFTDCLWTLFLSNYQPSVESSSPGGSATSDDHEFDPSADMLVHDFDDERTLEEEE
10 20 30 40 50 60
50 60 70 80 90 100
pF1KE0 MMDEGKNFSSEIEDLEKEGTMPLEDLLAFYGYEPTIPAVANSSANSSPSELADELPDMTL
::. ::::::::: .:: ::...::..::: :. .. . : ... :
NP_001 MMEGETNFSSEIEDLAREGDMPIHELLSLYGYGSTVRLPEEDEEEEEEEEEGEDDEDADN
70 80 90 100 110 120
110 120 130 140 150
pF1KE0 D---------KEEIAKDLLSGDDEETQSSADDLTPSVTSHETSDFFPRPLRSNTACDGDK
: ::: :: ::...::::: :: . ::.:....... :: : : ..
NP_001 DDNSGCSGENKEENIKDS-SGQEDETQSSNDDPSQSVASQDAQEII-RP-RRCKYFDTNS
130 140 150 160 170
160 170 180 190 200 210
pF1KE0 ESEVEDVETDSGNSPEDLRKEIMIGLQYQAEIPPYLGEYDGNEKVYENEDQLLWCPDVVL
: : :. : .. :: .::::.: ..::::: . .: :::::::.::::: :. .
NP_001 EVEEESEEDEDYIPSEDWKKEIMVGSMFQAEIPVGICRYKENEKVYENDDQLLWDPEYLP
180 190 200 210 220 230
220 230 240 250 260 270
pF1KE0 ESKVKEYLVETSLRTGSEKIMDRISAGTHTRDNEQALYELLKCNHNIKEAIERYCCNGKA
:.:: .: ..: :::.:: .. : :.: .:::::::::.::: . .::..: : ::
NP_001 EDKVIIFLKDASRRTGDEKGVEAIPEGSHIKDNEQALYELVKCNFDTEEALRRLRFNVKA
240 250 260 270 280 290
280 290 300 310 320 330
pF1KE0 SQEGMTAWTEEECRSFEHALMLFGKDFHLIQKNKVRTRTVAECVAFYYMWKKSERYDYFA
..: ...:::::::.::..: .:::::::: ::::::.:.::::::::::::::::.::
NP_001 AREELSVWTEEECRNFEQGLKAYGKDFHLIQANKVRTRSVGECVAFYYMWKKSERYDFFA
300 310 320 330 340 350
340 350 360 370 380 390
pF1KE0 QQTRFGKKRYNHHPGVTDYMDRLVDETEALGGTVNASALTSNRPEPIPDQQLNILNSFTA
::::::::.:: :::::::::::.::.: :: .: : : :
NP_001 QQTRFGKKKYNLHPGVTDYMDRLLDESE--------SAASSRAPSPPPTASNSSNSQSEK
360 370 380 390 400
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pF1KE0 SDLTALTNSVATVCDPTDVNCLDDSFPPLGNTPRGQVNHVPVVTEELLTLPSNGESDCFN
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520
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NP_065 GKFEELENTDD
520
>>XP_005271133 (OMIM: 616848) PREDICTED: mesoderm induct (529 aa)
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XP_005 GKFEELENTDD
520
>>XP_016857413 (OMIM: 616848) PREDICTED: mesoderm induct (529 aa)
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pF1KE0 MAEASFGSSSPVGSLSSEDHDFDPTAEMLVHDYDDERTLEEEE
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10 20 30 40
pF1KE0 MAEASFGSSSPVGSLSSEDHDFDPTAEMLVHDYDDERTLEEEE
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XP_016 MFMFNWFTDCLWTLFLSNYQPSVESSSPGGSATSDDHEFDPSADMLVHDFDDERTLEEEE
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XP_016 DDNSGCSGENKEENIKDS-SGQEDETQSSNDDPSQSVASQDAQEII-RPRR----CKYFD
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pF1KE0 KESEVED-VETDSGNSP-EDLRKEIMIGLQYQAEIPPYLGEYDGNEKVYENEDQLLWCPD
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pF1KE0 GKASQEGMTAWTEEECRSFEHALMLFGKDFHLIQKNKVRTRTVAECVAFYYMWKKSERYD
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XP_016 VKAAREELSVWTEEECRNFEQGLKAYGKDFHLIQANKVRTRSVGECVAFYYMWKKSERYD
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XP_016 TNGYETDNLTT-DPKLAHMTARNENDFDEKSERPAKRRRVNSNGKESPGSSEFFQEAVSH
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pF1KE0 FENHTHHITSAKMAVSVADFGSLSANETNGFISAHALHQHAALHSE
XP_016 GKFEELENTDD
520
>>NP_001139582 (OMIM: 616848) mesoderm induction early r (529 aa)
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pF1KE0 MAEASFGSSSPVGSLSSEDHDFDPTAEMLVHDYDDERTLEEEE
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pF1KE0 D---------KEEIAKDLLSGDDEETQSSADDLTPSVTSHETSDFFPRPLRSNTACDG-D
: ::: :: ::...::::: :: . ::.:....... :: : : :
NP_001 DDNSGCSGENKEENIKDS-SGQEDETQSSNDDPSQSVASQDAQEII-RPRR----CKYFD
130 140 150 160 170
160 170 180 190 200 210
pF1KE0 KESEVED-VETDSGNSP-EDLRKEIMIGLQYQAEIPPYLGEYDGNEKVYENEDQLLWCPD
.::::. : : : :: .::::.: ..::::: . .: :::::::.::::: :.
NP_001 TNSEVEEESEEDEDYIPSEDWKKEIMVGSMFQAEIPVGICRYKENEKVYENDDQLLWDPE
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