Result of FASTA (omim) for
pF1KB9898
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB9898, 2002 aa
1>>>pF1KB9898 2002 - 2002 aa - 2002 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
61265892 residues in 86068 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 12.4615+/-0.000498; mu= -9.7689+/- 0.031
mean_var=332.6949+/-70.513, 0's: 0 Z-trim(119.1): 100 B-trim: 413 in 2/52
Lambda= 0.070316
statistics sampled from 32707 (32812) to 32707 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.688), E-opt: 0.2 (0.381), width: 16
Scan time: 20.080
The best scores are: opt bits E(86068)
NP_001120680 (OMIM: 612839,614286) methylcytosine (2002) 13593 1394.5 0
XP_005263139 (OMIM: 612839,614286) PREDICTED: meth (2002) 13593 1394.5 0
NP_060098 (OMIM: 612839,614286) methylcytosine dio (1165) 7703 796.9 0
XP_016863808 (OMIM: 612839,614286) PREDICTED: meth (1192) 7697 796.3 0
XP_006714305 (OMIM: 612839,614286) PREDICTED: meth (1902) 7697 796.3 0
XP_016859056 (OMIM: 613555) PREDICTED: methylcytos (1702) 2045 223.0 2.2e-56
XP_011530988 (OMIM: 613555) PREDICTED: methylcytos (1776) 2045 223.0 2.3e-56
NP_001274420 (OMIM: 613555) methylcytosine dioxyge (1795) 2045 223.0 2.3e-56
XP_005264244 (OMIM: 613555) PREDICTED: methylcytos (1795) 2045 223.0 2.3e-56
NP_085128 (OMIM: 607790) methylcytosine dioxygenas (2136) 1812 199.4 3.6e-49
XP_011530989 (OMIM: 613555) PREDICTED: methylcytos (1718) 1418 159.4 3.2e-37
XP_011530987 (OMIM: 613555) PREDICTED: methylcytos (1792) 1418 159.4 3.3e-37
XP_011530986 (OMIM: 613555) PREDICTED: methylcytos (1811) 1418 159.4 3.3e-37
XP_016859055 (OMIM: 613555) PREDICTED: methylcytos (1811) 1418 159.4 3.3e-37
XP_011530985 (OMIM: 613555) PREDICTED: methylcytos (1811) 1418 159.4 3.3e-37
XP_011530984 (OMIM: 613555) PREDICTED: methylcytos (1811) 1418 159.4 3.3e-37
XP_011530990 (OMIM: 613555) PREDICTED: methylcytos (1050) 1364 153.8 9.1e-36
XP_016872178 (OMIM: 607790) PREDICTED: methylcytos (1494) 1136 130.7 1.1e-28
XP_011538509 (OMIM: 607790) PREDICTED: methylcytos (1494) 1136 130.7 1.1e-28
XP_016872176 (OMIM: 607790) PREDICTED: methylcytos (1512) 1136 130.7 1.2e-28
XP_016872177 (OMIM: 607790) PREDICTED: methylcytos (1512) 1136 130.7 1.2e-28
XP_016872175 (OMIM: 607790) PREDICTED: methylcytos (1516) 1136 130.7 1.2e-28
XP_011538507 (OMIM: 607790) PREDICTED: methylcytos (1528) 1136 130.7 1.2e-28
XP_011538506 (OMIM: 607790) PREDICTED: methylcytos (2165) 1136 130.8 1.6e-28
XP_011530991 (OMIM: 613555) PREDICTED: methylcytos ( 953) 1051 122.0 3e-26
XP_011530992 (OMIM: 613555) PREDICTED: methylcytos ( 953) 1051 122.0 3e-26
XP_011538508 (OMIM: 607790) PREDICTED: methylcytos (1501) 468 63.0 2.9e-08
>>NP_001120680 (OMIM: 612839,614286) methylcytosine diox (2002 aa)
initn: 13593 init1: 13593 opt: 13593 Z-score: 7463.3 bits: 1394.5 E(86068): 0
Smith-Waterman score: 13593; 100.0% identity (100.0% similar) in 2002 aa overlap (1-2002:1-2002)
10 20 30 40 50 60
pF1KB9 MEQDRTNHVEGNRLSPFLIPSPPICQTEPLATKLQNGSPLPERAHPEVNGDTKWHSFKSY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 MEQDRTNHVEGNRLSPFLIPSPPICQTEPLATKLQNGSPLPERAHPEVNGDTKWHSFKSY
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB9 YGIPCMKGSQNSRVSPDFTQESRGYSKCLQNGGIKRTVSEPSLSGLLQIKKLKQDQKANG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 YGIPCMKGSQNSRVSPDFTQESRGYSKCLQNGGIKRTVSEPSLSGLLQIKKLKQDQKANG
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB9 ERRNFGVSQERNPGESSQPNVSDLSDKKESVSSVAQENAVKDFTSFSTHNCSGPENPELQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 ERRNFGVSQERNPGESSQPNVSDLSDKKESVSSVAQENAVKDFTSFSTHNCSGPENPELQ
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB9 ILNEQEGKSANYHDKNIVLLKNKAVLMPNGATVSASSVEHTHGELLEKTLSQYYPDCVSI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 ILNEQEGKSANYHDKNIVLLKNKAVLMPNGATVSASSVEHTHGELLEKTLSQYYPDCVSI
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB9 AVQKTTSHINAINSQATNELSCEITHPSHTSGQINSAQTSNSELPPKPAAVVSEACDADD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 AVQKTTSHINAINSQATNELSCEITHPSHTSGQINSAQTSNSELPPKPAAVVSEACDADD
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB9 ADNASKLAAMLNTCSFQKPEQLQQQKSVFEICPSPAENNIQGTTKLASGEEFCSGSSSNL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 ADNASKLAAMLNTCSFQKPEQLQQQKSVFEICPSPAENNIQGTTKLASGEEFCSGSSSNL
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB9 QAPGGSSERYLKQNEMNGAYFKQSSVFTKDSFSATTTPPPPSQLLLSPPPPLPQVPQLPS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 QAPGGSSERYLKQNEMNGAYFKQSSVFTKDSFSATTTPPPPSQLLLSPPPPLPQVPQLPS
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB9 EGKSTLNGGVLEEHHHYPNQSNTTLLREVKIEGKPEAPPSQSPNPSTHVCSPSPMLSERP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 EGKSTLNGGVLEEHHHYPNQSNTTLLREVKIEGKPEAPPSQSPNPSTHVCSPSPMLSERP
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KB9 QNNCVNRNDIQTAGTMTVPLCSEKTRPMSEHLKHNPPIFGSSGELQDNCQQLMRNKEQEI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 QNNCVNRNDIQTAGTMTVPLCSEKTRPMSEHLKHNPPIFGSSGELQDNCQQLMRNKEQEI
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KB9 LKGRDKEQTRDLVPPTQHYLKPGWIELKAPRFHQAESHLKRNEASLPSILQYQPNLSNQM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 LKGRDKEQTRDLVPPTQHYLKPGWIELKAPRFHQAESHLKRNEASLPSILQYQPNLSNQM
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KB9 TSKQYTGNSNMPGGLPRQAYTQKTTQLEHKSQMYQVEMNQGQSQGTVDQHLQFQKPSHQV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 TSKQYTGNSNMPGGLPRQAYTQKTTQLEHKSQMYQVEMNQGQSQGTVDQHLQFQKPSHQV
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KB9 HFSKTDHLPKAHVQSLCGTRFHFQQRADSQTEKLMSPVLKQHLNQQASETEPFSNSHLLQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 HFSKTDHLPKAHVQSLCGTRFHFQQRADSQTEKLMSPVLKQHLNQQASETEPFSNSHLLQ
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pF1KB9 HKPHKQAAQTQPSQSSHLPQNQQQQQKLQIKNKEEILQTFPHPQSNNDQQREGSFFGQTK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 HKPHKQAAQTQPSQSSHLPQNQQQQQKLQIKNKEEILQTFPHPQSNNDQQREGSFFGQTK
730 740 750 760 770 780
790 800 810 820 830 840
pF1KB9 VEECFHGENQYSKSSEFETHNVQMGLEEVQNINRRNSPYSQTMKSSACKIQVSCSNNTHL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 VEECFHGENQYSKSSEFETHNVQMGLEEVQNINRRNSPYSQTMKSSACKIQVSCSNNTHL
790 800 810 820 830 840
850 860 870 880 890 900
pF1KB9 VSENKEQTTHPELFAGNKTQNLHHMQYFPNNVIPKQDLLHRCFQEQEQKSQQASVLQGYK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 VSENKEQTTHPELFAGNKTQNLHHMQYFPNNVIPKQDLLHRCFQEQEQKSQQASVLQGYK
850 860 870 880 890 900
910 920 930 940 950 960
pF1KB9 NRNQDMSGQQAAQLAQQRYLIHNHANVFPVPDQGGSHTQTPPQKDTQKHAALRWHLLQKQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 NRNQDMSGQQAAQLAQQRYLIHNHANVFPVPDQGGSHTQTPPQKDTQKHAALRWHLLQKQ
910 920 930 940 950 960
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pF1KB9 EQQQTQQPQTESCHSQMHRPIKVEPGCKPHACMHTAPPENKTWKKVTKQENPPASCDNVQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 EQQQTQQPQTESCHSQMHRPIKVEPGCKPHACMHTAPPENKTWKKVTKQENPPASCDNVQ
970 980 990 1000 1010 1020
1030 1040 1050 1060 1070 1080
pF1KB9 QKSIIETMEQHLKQFHAKSLFDHKALTLKSQKQVKVEMSGPVTVLTRQTTAAELDSHTPA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 QKSIIETMEQHLKQFHAKSLFDHKALTLKSQKQVKVEMSGPVTVLTRQTTAAELDSHTPA
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pF1KB9 LEQQTTSSEKTPTKRTAASVLNNFIESPSKLLDTPIKNLLDTPVKTQYDFPSCRCVEQII
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 LEQQTTSSEKTPTKRTAASVLNNFIESPSKLLDTPIKNLLDTPVKTQYDFPSCRCVEQII
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1150 1160 1170 1180 1190 1200
pF1KB9 EKDEGPFYTHLGAGPNVAAIREIMEERFGQKGKAIRIERVIYTGKEGKSSQGCPIAKWVV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 EKDEGPFYTHLGAGPNVAAIREIMEERFGQKGKAIRIERVIYTGKEGKSSQGCPIAKWVV
1150 1160 1170 1180 1190 1200
1210 1220 1230 1240 1250 1260
pF1KB9 RRSSSEEKLLCLVRERAGHTCEAAVIVILILVWEGIPLSLADKLYSELTETLRKYGTLTN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 RRSSSEEKLLCLVRERAGHTCEAAVIVILILVWEGIPLSLADKLYSELTETLRKYGTLTN
1210 1220 1230 1240 1250 1260
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pF1KB9 RRCALNEERTCACQGLDPETCGASFSFGCSWSMYYNGCKFARSKIPRKFKLLGDDPKEEE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 RRCALNEERTCACQGLDPETCGASFSFGCSWSMYYNGCKFARSKIPRKFKLLGDDPKEEE
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pF1KB9 KLESHLQNLSTLMAPTYKKLAPDAYNNQIEYEHRAPECRLGLKEGRPFSGVTACLDFCAH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 KLESHLQNLSTLMAPTYKKLAPDAYNNQIEYEHRAPECRLGLKEGRPFSGVTACLDFCAH
1330 1340 1350 1360 1370 1380
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pF1KB9 AHRDLHNMQNGSTLVCTLTREDNREFGGKPEDEQLHVLPLYKVSDVDEFGSVEAQEEKKR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 AHRDLHNMQNGSTLVCTLTREDNREFGGKPEDEQLHVLPLYKVSDVDEFGSVEAQEEKKR
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pF1KB9 SGAIQVLSSFRRKVRMLAEPVKTCRQRKLEAKKAAAEKLSSLENSSNKNEKEKSAPSRTK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 SGAIQVLSSFRRKVRMLAEPVKTCRQRKLEAKKAAAEKLSSLENSSNKNEKEKSAPSRTK
1450 1460 1470 1480 1490 1500
1510 1520 1530 1540 1550 1560
pF1KB9 QTENASQAKQLAELLRLSGPVMQQSQQPQPLQKQPPQPQQQQRPQQQQPHHPQTESVNSY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 QTENASQAKQLAELLRLSGPVMQQSQQPQPLQKQPPQPQQQQRPQQQQPHHPQTESVNSY
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pF1KB9 SASGSTNPYMRRPNPVSPYPNSSHTSDIYGSTSPMNFYSTSSQAAGSYLNSSNPMNPYPG
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NP_001 SASGSTNPYMRRPNPVSPYPNSSHTSDIYGSTSPMNFYSTSSQAAGSYLNSSNPMNPYPG
1570 1580 1590 1600 1610 1620
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pF1KB9 LLNQNTQYPSYQCNGNLSVDNCSPYLGSYSPQSQPMDLYRYPSQDPLSKLSLPPIHTLYQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 LLNQNTQYPSYQCNGNLSVDNCSPYLGSYSPQSQPMDLYRYPSQDPLSKLSLPPIHTLYQ
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pF1KB9 PRFGNSQSFTSKYLGYGNQNMQGDGFSSCTIRPNVHHVGKLPPYPTHEMDGHFMGATSRL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 PRFGNSQSFTSKYLGYGNQNMQGDGFSSCTIRPNVHHVGKLPPYPTHEMDGHFMGATSRL
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pF1KB9 PPNLSNPNMDYKNGEHHSPSHIIHNYSAAPGMFNSSLHALHLQNKENDMLSHTANGLSKM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 PPNLSNPNMDYKNGEHHSPSHIIHNYSAAPGMFNSSLHALHLQNKENDMLSHTANGLSKM
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pF1KB9 LPALNHDRTACVQGGLHKLSDANGQEKQPLALVQGVASGAEDNDEVWSDSEQSFLDPDIG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 LPALNHDRTACVQGGLHKLSDANGQEKQPLALVQGVASGAEDNDEVWSDSEQSFLDPDIG
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pF1KB9 GVAVAPTHGSILIECAKRELHATTPLKNPNRNHPTRISLVFYQHKSMNEPKHGLALWEAK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 GVAVAPTHGSILIECAKRELHATTPLKNPNRNHPTRISLVFYQHKSMNEPKHGLALWEAK
1870 1880 1890 1900 1910 1920
1930 1940 1950 1960 1970 1980
pF1KB9 MAEKAREKEEECEKYGPDYVPQKSHGKKVKREPAEPHETSEPTYLRFIKSLAERTMSVTT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 MAEKAREKEEECEKYGPDYVPQKSHGKKVKREPAEPHETSEPTYLRFIKSLAERTMSVTT
1930 1940 1950 1960 1970 1980
1990 2000
pF1KB9 DSTVTTSPYAFTRVTGPYNRYI
::::::::::::::::::::::
NP_001 DSTVTTSPYAFTRVTGPYNRYI
1990 2000
>>XP_005263139 (OMIM: 612839,614286) PREDICTED: methylcy (2002 aa)
initn: 13593 init1: 13593 opt: 13593 Z-score: 7463.3 bits: 1394.5 E(86068): 0
Smith-Waterman score: 13593; 100.0% identity (100.0% similar) in 2002 aa overlap (1-2002:1-2002)
10 20 30 40 50 60
pF1KB9 MEQDRTNHVEGNRLSPFLIPSPPICQTEPLATKLQNGSPLPERAHPEVNGDTKWHSFKSY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 MEQDRTNHVEGNRLSPFLIPSPPICQTEPLATKLQNGSPLPERAHPEVNGDTKWHSFKSY
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB9 YGIPCMKGSQNSRVSPDFTQESRGYSKCLQNGGIKRTVSEPSLSGLLQIKKLKQDQKANG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 YGIPCMKGSQNSRVSPDFTQESRGYSKCLQNGGIKRTVSEPSLSGLLQIKKLKQDQKANG
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB9 ERRNFGVSQERNPGESSQPNVSDLSDKKESVSSVAQENAVKDFTSFSTHNCSGPENPELQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 ERRNFGVSQERNPGESSQPNVSDLSDKKESVSSVAQENAVKDFTSFSTHNCSGPENPELQ
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB9 ILNEQEGKSANYHDKNIVLLKNKAVLMPNGATVSASSVEHTHGELLEKTLSQYYPDCVSI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 ILNEQEGKSANYHDKNIVLLKNKAVLMPNGATVSASSVEHTHGELLEKTLSQYYPDCVSI
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB9 AVQKTTSHINAINSQATNELSCEITHPSHTSGQINSAQTSNSELPPKPAAVVSEACDADD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 AVQKTTSHINAINSQATNELSCEITHPSHTSGQINSAQTSNSELPPKPAAVVSEACDADD
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB9 ADNASKLAAMLNTCSFQKPEQLQQQKSVFEICPSPAENNIQGTTKLASGEEFCSGSSSNL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 ADNASKLAAMLNTCSFQKPEQLQQQKSVFEICPSPAENNIQGTTKLASGEEFCSGSSSNL
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB9 QAPGGSSERYLKQNEMNGAYFKQSSVFTKDSFSATTTPPPPSQLLLSPPPPLPQVPQLPS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 QAPGGSSERYLKQNEMNGAYFKQSSVFTKDSFSATTTPPPPSQLLLSPPPPLPQVPQLPS
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430 440 450 460 470 480
pF1KB9 EGKSTLNGGVLEEHHHYPNQSNTTLLREVKIEGKPEAPPSQSPNPSTHVCSPSPMLSERP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 EGKSTLNGGVLEEHHHYPNQSNTTLLREVKIEGKPEAPPSQSPNPSTHVCSPSPMLSERP
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KB9 QNNCVNRNDIQTAGTMTVPLCSEKTRPMSEHLKHNPPIFGSSGELQDNCQQLMRNKEQEI
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XP_005 QNNCVNRNDIQTAGTMTVPLCSEKTRPMSEHLKHNPPIFGSSGELQDNCQQLMRNKEQEI
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. : :: :. :..: . : :
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pF1KB9 ILNEQEGKSANYHDKNIVLLKNKAVLMPNGATVSASSVEHTHGELLEKTLSQYYPDCVSI
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XP_016 ILNEQEGKSANYHDKNIVLLKNKAVLMPNGATVSASSVEHTHGELLEKTLSQYYPDCVSI
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pF1KB9 AVQKTTSHINAINSQATNELSCEITHPSHTSGQINSAQTSNSELPPKPAAVVSEACDADD
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:....::::: : :. : :::::::..: :.:: : ::.:.::::.:::.::::::
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.: .::: :.: . :: . : :.: . ::. .: .: ..
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.: .: ... . . .. :. :::.. .. . . :.
XP_016 FKYSGNAVVESYSVLGNCRPSDPYSMNSVYSYHSYYAQPSLTSVNGFHSKYALPSFSYYG
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pF1KB9 LDPDIGGVAVAPTHGSILIECAKRELHATTPLKNPNRNHPTRISLVFYQHKSMNEPKHGL
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start: Fri Feb 10 15:01:56 2017 done: Fri Feb 10 15:01:59 2017
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]