Result of FASTA (omim) for
pF1KB9871
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB9871, 490 aa
1>>>pF1KB9871 490 - 490 aa - 490 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 9.9144+/-0.000394; mu= -0.6949+/- 0.024
mean_var=468.4187+/-105.246, 0's: 0 Z-trim(124.2): 1227 B-trim: 2226 in 1/54
Lambda= 0.059259
statistics sampled from 43874 (45499) to 43874 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.81), E-opt: 0.2 (0.533), width: 16
Scan time: 9.000
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_945194 (OMIM: 608306) transcription factor Sp8 ( 490) 3389 304.2 5.6e-82
NP_874359 (OMIM: 608306) transcription factor Sp8 ( 508) 3389 304.2 5.8e-82
NP_001287766 (OMIM: 606633,613849) transcription f ( 413) 808 83.4 1.4e-15
XP_011536202 (OMIM: 606633,613849) PREDICTED: tran ( 413) 808 83.4 1.4e-15
NP_690599 (OMIM: 606633,613849) transcription fact ( 431) 808 83.4 1.4e-15
NP_001166938 (OMIM: 606633,613849) transcription f ( 431) 808 83.4 1.4e-15
NP_954871 (OMIM: 608613) transcription factor Sp6 ( 376) 757 79.0 2.6e-14
NP_001245177 (OMIM: 608613) transcription factor S ( 376) 757 79.0 2.6e-14
XP_006722178 (OMIM: 608613) PREDICTED: transcripti ( 376) 757 79.0 2.6e-14
NP_001238754 (OMIM: 189906) transcription factor S ( 737) 682 73.0 3.3e-12
XP_011536998 (OMIM: 189906) PREDICTED: transcripti ( 778) 682 73.0 3.4e-12
NP_003100 (OMIM: 189906) transcription factor Sp1 ( 778) 682 73.0 3.4e-12
NP_612482 (OMIM: 189906) transcription factor Sp1 ( 785) 682 73.0 3.5e-12
NP_001313472 (OMIM: 600540) transcription factor S ( 471) 663 71.1 7.9e-12
XP_005249885 (OMIM: 600540) PREDICTED: transcripti ( 767) 663 71.4 1.1e-11
NP_001313471 (OMIM: 600540) transcription factor S ( 767) 663 71.4 1.1e-11
NP_003103 (OMIM: 600540) transcription factor Sp4 ( 784) 663 71.4 1.1e-11
NP_001003845 (OMIM: 609391) transcription factor S ( 398) 653 70.1 1.3e-11
XP_005246599 (OMIM: 609391) PREDICTED: transcripti ( 442) 653 70.2 1.4e-11
XP_011509461 (OMIM: 609391) PREDICTED: transcripti ( 454) 653 70.2 1.4e-11
NP_001017371 (OMIM: 601804) transcription factor S ( 713) 657 70.8 1.4e-11
NP_001166183 (OMIM: 601804) transcription factor S ( 778) 657 70.9 1.5e-11
NP_003102 (OMIM: 601804) transcription factor Sp3 ( 781) 657 70.9 1.5e-11
NP_057079 (OMIM: 605328,612001) Krueppel-like fact ( 288) 581 63.8 7.6e-10
NP_003101 (OMIM: 601801) transcription factor Sp2 ( 613) 563 62.7 3.4e-09
XP_006722088 (OMIM: 601801) PREDICTED: transcripti ( 660) 563 62.7 3.6e-09
XP_011523445 (OMIM: 601801) PREDICTED: transcripti ( 660) 563 62.7 3.6e-09
XP_016880457 (OMIM: 601801) PREDICTED: transcripti ( 660) 563 62.7 3.6e-09
XP_006722090 (OMIM: 601801) PREDICTED: transcripti ( 660) 563 62.7 3.6e-09
XP_006722089 (OMIM: 601801) PREDICTED: transcripti ( 660) 563 62.7 3.6e-09
XP_011523444 (OMIM: 601801) PREDICTED: transcripti ( 660) 563 62.7 3.6e-09
XP_016880458 (OMIM: 601801) PREDICTED: transcripti ( 660) 563 62.7 3.6e-09
XP_006722086 (OMIM: 601801) PREDICTED: transcripti ( 667) 563 62.7 3.6e-09
XP_011523442 (OMIM: 601801) PREDICTED: transcripti ( 717) 563 62.8 3.8e-09
XP_011523441 (OMIM: 601801) PREDICTED: transcripti ( 727) 563 62.8 3.8e-09
XP_011523440 (OMIM: 601801) PREDICTED: transcripti ( 760) 563 62.8 3.9e-09
XP_011523439 (OMIM: 601801) PREDICTED: transcripti ( 768) 563 62.8 3.9e-09
XP_011523438 (OMIM: 601801) PREDICTED: transcripti ( 771) 563 62.8 3.9e-09
NP_619638 (OMIM: 609393) Krueppel-like factor 14 [ ( 323) 535 59.9 1.2e-08
NP_114124 (OMIM: 606139) Krueppel-like factor 16 [ ( 252) 521 58.6 2.5e-08
NP_001197 (OMIM: 602902) Krueppel-like factor 9 [H ( 244) 484 55.4 2.2e-07
XP_011513788 (OMIM: 600540) PREDICTED: transcripti ( 711) 486 56.2 3.6e-07
NP_001027453 (OMIM: 601878) Krueppel-like factor 1 ( 469) 474 54.9 5.8e-07
NP_005646 (OMIM: 601878) Krueppel-like factor 10 i ( 480) 474 54.9 5.8e-07
XP_011525944 (OMIM: 111150,600599,613566,613673) P ( 324) 462 53.7 9.4e-07
NP_006554 (OMIM: 111150,600599,613566,613673) Krue ( 362) 462 53.7 1e-06
XP_005249886 (OMIM: 600540) PREDICTED: transcripti ( 706) 462 54.1 1.5e-06
NP_001171189 (OMIM: 603301,610508) Krueppel-like f ( 495) 458 53.6 1.5e-06
NP_001171187 (OMIM: 603301,610508) Krueppel-like f ( 495) 458 53.6 1.5e-06
NP_003588 (OMIM: 603301,610508) Krueppel-like fact ( 512) 458 53.6 1.6e-06
>>NP_945194 (OMIM: 608306) transcription factor Sp8 isof (490 aa)
initn: 3389 init1: 3389 opt: 3389 Z-score: 1592.7 bits: 304.2 E(85289): 5.6e-82
Smith-Waterman score: 3389; 100.0% identity (100.0% similar) in 490 aa overlap (1-490:1-490)
10 20 30 40 50 60
pF1KB9 MLAATCNKIGSPSPSPSSLSDSSSSFGKGFHPWKRSSSSSSASCNVVGSSLSSFGVSGAS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_945 MLAATCNKIGSPSPSPSSLSDSSSSFGKGFHPWKRSSSSSSASCNVVGSSLSSFGVSGAS
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB9 RNGGSSSAAAAAAAAAAAAAALVSDSFSCGGSPGSSAFSLTSSSAAAAAAAAAAAASSSP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_945 RNGGSSSAAAAAAAAAAAAAALVSDSFSCGGSPGSSAFSLTSSSAAAAAAAAAAAASSSP
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB9 FANDYSVFQAPGVSGGSGGGGGGGGGGSSAHSQDGSHQPVFISKVHTSVDGLQGIYPRVG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_945 FANDYSVFQAPGVSGGSGGGGGGGGGGSSAHSQDGSHQPVFISKVHTSVDGLQGIYPRVG
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB9 MAHPYESWFKPSHPGLGAAGEVGSAGASSWWDVGAGWIDVQNPNSAAALPGSLHPAAGGL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_945 MAHPYESWFKPSHPGLGAAGEVGSAGASSWWDVGAGWIDVQNPNSAAALPGSLHPAAGGL
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB9 QTSLHSPLGGYNSDYSGLSHSAFSSGASSHLLSPAGQHLMDGFKPVLPGSYPDSAPSPLA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_945 QTSLHSPLGGYNSDYSGLSHSAFSSGASSHLLSPAGQHLMDGFKPVLPGSYPDSAPSPLA
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB9 GAGGSMLSAGPSAPLGGSPRSSARRYSGRATCDCPNCQEAERLGPAGASLRRKGLHSCHI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_945 GAGGSMLSAGPSAPLGGSPRSSARRYSGRATCDCPNCQEAERLGPAGASLRRKGLHSCHI
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB9 PGCGKVYGKTSHLKAHLRWHTGERPFVCNWLFCGKRFTRSDELQRHLRTHTGEKRFACPV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_945 PGCGKVYGKTSHLKAHLRWHTGERPFVCNWLFCGKRFTRSDELQRHLRTHTGEKRFACPV
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB9 CNKRFMRSDHLSKHVKTHSGGGGGGGSAGSGSGGKKGSDTDSEHSAAGSPPCHSPELLQP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_945 CNKRFMRSDHLSKHVKTHSGGGGGGGSAGSGSGGKKGSDTDSEHSAAGSPPCHSPELLQP
430 440 450 460 470 480
490
pF1KB9 PEPGHRNGLE
::::::::::
NP_945 PEPGHRNGLE
490
>>NP_874359 (OMIM: 608306) transcription factor Sp8 isof (508 aa)
initn: 3389 init1: 3389 opt: 3389 Z-score: 1592.5 bits: 304.2 E(85289): 5.8e-82
Smith-Waterman score: 3389; 100.0% identity (100.0% similar) in 490 aa overlap (1-490:19-508)
10 20 30 40
pF1KB9 MLAATCNKIGSPSPSPSSLSDSSSSFGKGFHPWKRSSSSSSA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_874 MATSLLGEEPRLGSTPLAMLAATCNKIGSPSPSPSSLSDSSSSFGKGFHPWKRSSSSSSA
10 20 30 40 50 60
50 60 70 80 90 100
pF1KB9 SCNVVGSSLSSFGVSGASRNGGSSSAAAAAAAAAAAAAALVSDSFSCGGSPGSSAFSLTS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_874 SCNVVGSSLSSFGVSGASRNGGSSSAAAAAAAAAAAAAALVSDSFSCGGSPGSSAFSLTS
70 80 90 100 110 120
110 120 130 140 150 160
pF1KB9 SSAAAAAAAAAAAASSSPFANDYSVFQAPGVSGGSGGGGGGGGGGSSAHSQDGSHQPVFI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_874 SSAAAAAAAAAAAASSSPFANDYSVFQAPGVSGGSGGGGGGGGGGSSAHSQDGSHQPVFI
130 140 150 160 170 180
170 180 190 200 210 220
pF1KB9 SKVHTSVDGLQGIYPRVGMAHPYESWFKPSHPGLGAAGEVGSAGASSWWDVGAGWIDVQN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_874 SKVHTSVDGLQGIYPRVGMAHPYESWFKPSHPGLGAAGEVGSAGASSWWDVGAGWIDVQN
190 200 210 220 230 240
230 240 250 260 270 280
pF1KB9 PNSAAALPGSLHPAAGGLQTSLHSPLGGYNSDYSGLSHSAFSSGASSHLLSPAGQHLMDG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_874 PNSAAALPGSLHPAAGGLQTSLHSPLGGYNSDYSGLSHSAFSSGASSHLLSPAGQHLMDG
250 260 270 280 290 300
290 300 310 320 330 340
pF1KB9 FKPVLPGSYPDSAPSPLAGAGGSMLSAGPSAPLGGSPRSSARRYSGRATCDCPNCQEAER
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_874 FKPVLPGSYPDSAPSPLAGAGGSMLSAGPSAPLGGSPRSSARRYSGRATCDCPNCQEAER
310 320 330 340 350 360
350 360 370 380 390 400
pF1KB9 LGPAGASLRRKGLHSCHIPGCGKVYGKTSHLKAHLRWHTGERPFVCNWLFCGKRFTRSDE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_874 LGPAGASLRRKGLHSCHIPGCGKVYGKTSHLKAHLRWHTGERPFVCNWLFCGKRFTRSDE
370 380 390 400 410 420
410 420 430 440 450 460
pF1KB9 LQRHLRTHTGEKRFACPVCNKRFMRSDHLSKHVKTHSGGGGGGGSAGSGSGGKKGSDTDS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_874 LQRHLRTHTGEKRFACPVCNKRFMRSDHLSKHVKTHSGGGGGGGSAGSGSGGKKGSDTDS
430 440 450 460 470 480
470 480 490
pF1KB9 EHSAAGSPPCHSPELLQPPEPGHRNGLE
::::::::::::::::::::::::::::
NP_874 EHSAAGSPPCHSPELLQPPEPGHRNGLE
490 500
>>NP_001287766 (OMIM: 606633,613849) transcription facto (413 aa)
initn: 758 init1: 702 opt: 808 Z-score: 401.0 bits: 83.4 E(85289): 1.4e-15
Smith-Waterman score: 982; 40.6% identity (64.5% similar) in 431 aa overlap (72-490:4-412)
50 60 70 80 90 100
pF1KB9 ASCNVVGSSLSSFGVSGASRNGGSSSAAAAAAAAAAAAAALVSDSFSCGGSPGSSAFSLT
:: . .... . :: . : . .. .:.
NP_001 MLTAACSKFGGSSPLRDSTTLGKAGTKKPYSVG
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110 120 130 140 150
pF1KB9 SSSAAAAAAAAAAAASSSPFANDYSVFQAPGVSGGSGGGGGGGGGGSSAHS---QDGSHQ
:. .:. . . : : ::.. ... .:. : . .: .. .:: :...
NP_001 SDLSASKTMGDAYPA---PFTSTNGLL-SPAGSPPAPTSGYANDYPPFSHSFPGPTGTQD
40 50 60 70 80
160 170 180 190 200 210
pF1KB9 P-VFISKVHTSVDGLQGIYPRVGMAHPYESWFKPS-HPGLGAAGEVGSAGASSWWDV--G
: ... : :.: : : ..: . :.::: ::.: . : :. . : :.. . :::. :
NP_001 PGLLVPKGHSSSDCLPSVYTSLDMTHPYGSWYKAGIHAGI-SPGP-GNT-PTPWWDMHPG
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220 230 240 250 260 270
pF1KB9 AGWIDVQNPNSAAALPGSLHPAAGGLQTSLHSPLGGYNSDYSGLSHSAFSSGASSHLLSP
..:. . ... .: :.: :. : : :. : : ::.. :. . . . :::.:
NP_001 GNWLG-GGQGQGDGLQGTL-PT-GPAQPPLNPQLPTYPSDFAPLNPAPY---PAPHLLQP
150 160 170 180 190 200
280 290 300 310 320 330
pF1KB9 AGQHLM--DGFKPVLPGSYPDSAPSPLAGAGGSMLSAGPSAPLGGSPRSSARRYSGRATC
. ::.. : .:: :. . : :.::. : :. .:. .:. .::..:
NP_001 GPQHVLPQDVYKPKAVGN-----SGQLEGSGGAKPPRGASTGGSGGYGGSG---AGRSSC
210 220 230 240 250
340 350 360 370 380 390
pF1KB9 DCPNCQEAERLGPAGASLRRKGLHSCHIPGCGKVYGKTSHLKAHLRWHTGERPFVCNWLF
::::::: :::: :.:.::.: .::::::::::::::.::::::::::::::::::::::
NP_001 DCPNCQELERLGAAAAGLRKKPIHSCHIPGCGKVYGKASHLKAHLRWHTGERPFVCNWLF
260 270 280 290 300 310
400 410 420 430 440 450
pF1KB9 CGKRFTRSDELQRHLRTHTGEKRFACPVCNKRFMRSDHLSKHVKTHSGGGGGGGSAGS--
:::::::::::.::.:::: ::.:.: .:.::: :::::::: .::. : : .:
NP_001 CGKRFTRSDELERHVRTHTREKKFTCLLCSKRFTRSDHLSKHQRTHGEPGPGPPPSGPKE
320 330 340 350 360 370
460 470 480 490
pF1KB9 -GSGGKKGSDTDSEHSAAGSPPCHSPELLQPPEPGHRNGLE
: : . : . :. .. : .:: : . : ::
NP_001 LGEGRSTGEEEASQTPRPSASPA-TPEKAPGGSPEQSNLLEI
380 390 400 410
>>XP_011536202 (OMIM: 606633,613849) PREDICTED: transcri (413 aa)
initn: 758 init1: 702 opt: 808 Z-score: 401.0 bits: 83.4 E(85289): 1.4e-15
Smith-Waterman score: 982; 40.6% identity (64.5% similar) in 431 aa overlap (72-490:4-412)
50 60 70 80 90 100
pF1KB9 ASCNVVGSSLSSFGVSGASRNGGSSSAAAAAAAAAAAAAALVSDSFSCGGSPGSSAFSLT
:: . .... . :: . : . .. .:.
XP_011 MLTAACSKFGGSSPLRDSTTLGKAGTKKPYSVG
10 20 30
110 120 130 140 150
pF1KB9 SSSAAAAAAAAAAAASSSPFANDYSVFQAPGVSGGSGGGGGGGGGGSSAHS---QDGSHQ
:. .:. . . : : ::.. ... .:. : . .: .. .:: :...
XP_011 SDLSASKTMGDAYPA---PFTSTNGLL-SPAGSPPAPTSGYANDYPPFSHSFPGPTGTQD
40 50 60 70 80
160 170 180 190 200 210
pF1KB9 P-VFISKVHTSVDGLQGIYPRVGMAHPYESWFKPS-HPGLGAAGEVGSAGASSWWDV--G
: ... : :.: : : ..: . :.::: ::.: . : :. . : :.. . :::. :
XP_011 PGLLVPKGHSSSDCLPSVYTSLDMTHPYGSWYKAGIHAGI-SPGP-GNT-PTPWWDMHPG
90 100 110 120 130 140
220 230 240 250 260 270
pF1KB9 AGWIDVQNPNSAAALPGSLHPAAGGLQTSLHSPLGGYNSDYSGLSHSAFSSGASSHLLSP
..:. . ... .: :.: :. : : :. : : ::.. :. . . . :::.:
XP_011 GNWLG-GGQGQGDGLQGTL-PT-GPAQPPLNPQLPTYPSDFAPLNPAPY---PAPHLLQP
150 160 170 180 190 200
280 290 300 310 320 330
pF1KB9 AGQHLM--DGFKPVLPGSYPDSAPSPLAGAGGSMLSAGPSAPLGGSPRSSARRYSGRATC
. ::.. : .:: :. . : :.::. : :. .:. .:. .::..:
XP_011 GPQHVLPQDVYKPKAVGN-----SGQLEGSGGAKPPRGASTGGSGGYGGSG---AGRSSC
210 220 230 240 250
340 350 360 370 380 390
pF1KB9 DCPNCQEAERLGPAGASLRRKGLHSCHIPGCGKVYGKTSHLKAHLRWHTGERPFVCNWLF
::::::: :::: :.:.::.: .::::::::::::::.::::::::::::::::::::::
XP_011 DCPNCQELERLGAAAAGLRKKPIHSCHIPGCGKVYGKASHLKAHLRWHTGERPFVCNWLF
260 270 280 290 300 310
400 410 420 430 440 450
pF1KB9 CGKRFTRSDELQRHLRTHTGEKRFACPVCNKRFMRSDHLSKHVKTHSGGGGGGGSAGS--
:::::::::::.::.:::: ::.:.: .:.::: :::::::: .::. : : .:
XP_011 CGKRFTRSDELERHVRTHTREKKFTCLLCSKRFTRSDHLSKHQRTHGEPGPGPPPSGPKE
320 330 340 350 360 370
460 470 480 490
pF1KB9 -GSGGKKGSDTDSEHSAAGSPPCHSPELLQPPEPGHRNGLE
: : . : . :. .. : .:: : . : ::
XP_011 LGEGRSTGEEEASQTPRPSASPA-TPEKAPGGSPEQSNLLEI
380 390 400 410
>>NP_690599 (OMIM: 606633,613849) transcription factor S (431 aa)
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